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Química biológica : guía de trabajos prácticos 2016 para alumnos de ciencias biológicas y profesorado en ciencias
biológicas : Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba / María Angélica
Perillo ... [et al.] ; compilado por María Angélica Perillo. - 1a ed . - Córdoba : Universidad Nacional de Córdoba.
Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, 2016.
CD-ROM, DOC
ISBN 978-950-33-1248-3
1. Bioquímica. 2. Fotosíntesis. 3. Proteínas. I. Perillo, María Angélica II. Perillo, María Angélica , comp.
CDD 572
AUTORES
María Angélica Perillo
Daniel A. García
Raúl H. Marín
Julieta María Sanchez
Anahi del V. Turina
Eduardo M. Clop
Jackelyn M. Kembro
Benjamín Caruso
Verónica Nolan
Mariela E. Sánchez
Dolores Carrer
Inés Burgos
Virginia Miguel
Elisa Mariani
Milagro Mottola
RESUMEN
La presente Guía incluye una descripción de las actividades Experimentales de Laboratorio, de Resolución
de Problemas y de Discusión de Trabajos Científicos que se desarrollan a lo largo de la asignatura Química
Biológica. Está dirigida a los alumnos de Ciencias Biológicas y Profesorado en Ciencias Biológicas de la
Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales de la Universidad Nacional de Córdoba. El objetivo
principal de este documento es presentar el programa y el perfil de la asignatura, orientar a los alumnos en el
estudio de los contenidos teóricos y reforzar el aprendizaje mediante un conjunto de actividades prácticas. El
trabajo se desarrolla en pequeños grupos, con encuentros semanales, bajo la orientación de los docentes y
con respeto a las normas de seguridad que aquí también se explican.
Además de la versión impresa, esta guía está disponible en versión digital con acceso en la web a través del
aula virtual de la FCEFYN, Universidad Nacional de Córdoba: http://lev2.efn.uncor.edu/
Palabras claves:
“bioquímica”, “fotosíntesis”, “proteínas”
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INDICE
DOCENTES
Profesores Asistentes
Dr. Benjamín Caruso (Inv. Asistente CONICET)
Dra. Dolores Carrer (Inv. Asistente CONICET)
Dr. Eduardo M. Clop (Inv. Asistente CONICET)
Dra. Jackelyn M. Kembro (Inv. Adjunta CONICET)
Dra. Verónica Nolan (Inv. Adjunta CONICET)
Dra. Julieta María Sanchez (Inv. Adjunta CONICET) (en uso de licencia)
Dra. Mariela E. Sánchez (Inv. Adjunta CONICET)
Dra. Anahi del V. Turina (Inv. Adjunta CONICET)
Dra Inés Burgos (Inv.Asistente CONICET)
Ayudante Alumno
Jeremías Dutto
Aspirantes a Adscripto
Lic. Milagro Mottola (Becaria Doctoral CONICET)
Biól.Sandra Flores
Colaboradores
Dra Virginia Miguel (Inv.Asistente CONICET)
Dra Elisa Mariani (Becaria posdoctoral CONICET)
Biól. Iván Felsztyna (Becario doctoral CONICET)
Biól. Nicolás Colmano (Becario doctoral CONICET)
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INFORMACIÓN GENERAL
PROGRAMA ANALÍTICO
- 1. La lógica molecular de la vida
Diversidad biológica y unidad bioquímica. Generalidades sobre metabolismo celular. Obtención, almacenamiento,
liberación y utilización de la energía. Ubicación subcelular de la actividad metabólica; fraccionamiento subcelular por
centrifugación diferencial. Macromoléculas y ensambles supramoleculares: caracterización; papel del agua, efecto
hidrofóbico e importancia de las interacciones débiles (puente de hidrógeno, van del Waals) en su estructura y función.
Propiedades coligativas de disoluciones acuosas. Superpoblación molecular: efectos sobre la actividad del agua y sobre
la actividad y difusión de los solutos.
- 2. Evolución Bioquímica
Composición química de la materia viva. Evolución prebiótica. Ribozimas. Evolución: desde la información
unidimensional de la secuencia (ADN) a la información tridimensional de la función (proteína). Transferencia de
información biológica a nivel molecular (ADN- ARN- Proteína; gradientes de carga y de materia) y de la dinámica
estructural (cambios conformacionales en proteínas, catástrofe microtubular, el citoplama celular como una matriz de
percolación de dimensión fractal). Evolución de la estructura: molécula, agregados supramoleculares,
compartamentalización, aparición de gradientes y de bombas. Mecanismos de transducción de energía y de señales.
Evolución de la complejidad. Patrones bioquímicos: metabolones.
- 5. Investigación en genética
Ingeniería genética: aplicaciones y obtención del gen: por corte del ADN con endonucleasas de restricción, por síntesis
orgánica en fase sólida y a partir del ARNm. Secuenciación por interrupción controlada de la replicación.
Amplificación: PCR. Tecnología del DNA recombinante: Unión de segmentos de ADN de distinto origen: método de
las colas homopoliméricas. Vectores: plásmidos semisintéticos y derivados del bacteriofago λ: características deseables.
Introducción del vector a la célula huésped (transformación). Selección del clon con el ADN recombinante y clonado.
Manipulación de genes de eucariotas, bibliotecas de genes a partir de ARNm. Niveles de expresión génica, chips de
genes (microarrays). Animales transgénicos. Mutagénesis dirigida para producir proteínas nuevas.
- 6. Investigación en evolución
Relaciones evolutivas a partir de secuencias de proteínas. Homologías de secuencias: secuencias alineadas,
significación estadística (“shuffling”), matriz de sustitución, bancos de datos para detectar secuencias homólogas.
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Estudio de estructuras tridimensionales. Gráfico autodiagonal (autoalineamiento) para detectar secuencias repetidas.
Relación estructura/función: evolución divergente y convergente. Construcción de árboles evolutivos. Evolución
molecular en el laboratorio.
- 7. Bioenergética
Estados de equilibrio y estados estacionarios. Entropía y vida. Bioenergética: cambios de energía libre de una reacción.
Relación entre la constante de equilibrio y el cambio de energía libre estandar. Cálculo del cambio de energía libre
estandar y el cambio de energía libre de una reacción redox. Reacciones acopladas. Energética del transporte activo.
Compuestos con alto potencial de transferencia de fosfato: factores que influyen en el cambio de energía libre estandar
durante la hidrólisis.
- 8. Enzimología
Enzimas clasificación y nomenclatura. Ribozimas. Cofactores. Coenzimas: definición: estructura química y
clasificación. Coenzimas de oxido-reducción: nicotinamida adenina dinucleótido (NAD), nicotinamida adenina
dinucleótido fosfato (NADP), flavina adenina dinucleótido (FAD), coenzima Q (CoQ) y ácido lipoico. Coenzimas que
transfieren grupos fosfato; que transfieren grupos acilo: Coenzima A (Co A). Que transfieren grupros glicosilo. Que
intervienen en reacciones de decarboxilación: piridoxal fosfato y biotina. Otras coenzimas. Vitaminas hidrosolubles que
forman parte de coenzimas. Vitaminas liposolubles, estructura y función. Estrategias catalíticas.
- 9. Cinética Enzimática
Mecanismo de la actividad enzimática. Cinética. Reacciones monosustrato: el modelo de Michaelis- Menten;
determinación de la Km y Vm por el método deLineweaver-Burk. Activadores e inhibidores. Tipos de inhibición.
Análogos del estado de transición. Anticuerpos catalíticos (reconocen el estado de transición). Reacciones bisustrato: de
desplazamiento simple y desplazamiento doble. Estrategias reguladoras: enzimas alostéricas (cinética y modelos),
isozimas, modificación covalente, escisiones proteolíticas.
- 11. Biomembranas
Estructura y función de la membrana biológica. El modelo del mosaico fluido. Membranas internas de células
eucariotas. Membranas de células procariotas. Tipos de movimientos de las moléculas constituyentes. Difusión (FRAP,
SPT). Fluidez (anisotropía) y curvatura. Efectos de factores físico-químicos y de la composición. Proteínas de
membrana: extrínsecas, ancladas, intrínsecas. Predicción de secuencias transmembrana a partir de la estructura primaria.
Secuencias señalizadoras de direccionamiento de proteínas. Fusión de membranas.
- 12. Transporte
Difusión: Difusión facilitada. Transporte activo.:Las bombas de Na +, K+ y Ca2+. Cotransporte y contratransporte.
Antibióticos de transporte. Medidas de conductancia: platch clamp. Sinapsis. Potenciales de acción. Canales activados
por voltaje. Canales activados por ligando. Canales iónicos. Nexus o uniones íntimas. Potenciales electroquímicos.
Potencial Donnan.
- 14. Metabolismo
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Metabolismo: visión de conjunto. Reacciones aclopladas. El ATP como divisa universal de energía libre. Potencial de
transferencia de grupos fosfato. Potencial de fosforilación. Motivos recurrentes en las vías metabólicas. Transportadores
activados. Evolución de las vías metabólicas.
Oxidaciones biológicas. Enzimas de oxido-reducción: Clasificación y ejemplos. Metabolismo del superóxido.
Glucólisis : reacciones, consumo y generación de ATP a nivel de sustrato. Generación de NADH. Balance energético.
Destinos del piruvato: formación de acetil-CoA, de etanol y de lactato. Entrada de fructosa y galactosa.
Gluconeogénesis : reacciones. Ciclo de Cori: rendimiento de ATP del lactato.
- 18. Fotosíntesis
Fotosíntesis: ecuación global. Ubicación del proceso en el cloroplasto, pigmentos. Reacción de Hill. Las reacciones
luminosas: fotosistemas I y II. Cadena transportadora de electrones. Formación de ATP y NADPH. Bioenergética.
Mecanismo de formación de ATP. Reacciones enzimáticas: ciclo de Calvin. Eficiencia de la fotosíntesis.
- 24. Inmunoquímica
Inmunoquímica. Inducción de anticuerpos específicos. La unión Ag-Ac. Heterogeneidad de los anticuerpos. Estructura
química de las inmunoglobulinas. Teorías sobre la formación de anticuerpos.
PROGRAMA SINTÉTICO
1. La lógica molecular de la vida
2. Evolución Bioquímica
3. Estructura y función de proteínas
4. Ácidos nucleicos y flujo de información genética
5. Investigación en genética
6. Investigación en evolución
7. Bioenergética
8. Enzimología
9. Cinética Enzimática
10. Glúcidos y lípidos
11. Biomembranas
12. Transporte
13. Transducción de la información
14. Metabolismo
15. Ciclo de Krebs
16. Fosforilación oxidativa
17. Metabolismo de glúcidos
18. Fotosíntesis
19. Metabolismo de lípidos
20. Metabolismo de amino ácidos
21. Metabolismo de ácidos nucleicos
22. Metabolismo de proteínas
23. Integración metabólica y control de la expresión génica
24. Inmunoquímica
25. Bioquímica de sistemas sensoriales
26. Motores moleculares
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TEÓRICO-PRÁCTICOS
1. ProteÍnas
2. Ácidos nucleícos
3. Investigacion en genética
4. Bioenergética
5. Cinética Enzimática
6. Ciclo de Krebs y cadena respiratoria
7. Fotosíntesis
8. Inmunoquímica
9. Integración metabólica
TRABAJOS PRACTICOS
TP 1 y 2: Espectrofotometría.
TP 3-4: Purificación, cuantificación y análisis estructural de proteínas
TP 5-7. Cinética Enzimática
TP 8 y 9 Fotosíntesis.
TP 10 y 11: : Mecanismos de transducción de energía
BIBLIOGRAFIA
Bioquímica General
- Blanco, A. Química biológica, Ed.El Ateneo, 2006.
- Bezkorovainy, A, Rafelson M.E. Concise Biochemistry. Ed. Marcel Dekker, New York, 1996*.
- Harper, H.A, Manual de Química Fisiológica. Ed. El manual moderno 1980*
- Horton, R.H, Moran, L.A., Ochs, R.S., Rawn, J.D., Scrimgeour, K.G. Bioquímica. Ed.Pentice Hall,
Hispanoamericana, SA. Mexico, 1995, 1999*.
- Lehninger, Albert L.. Principios de bioquímica . 2ºEd., Omega, Barcelona, 2001.
- Nelson, David L.. Lehninger : principios de bioquímica .3º Ed., Omega, Barcelona, 2001.
- Stryer L, Berg, JM y Tymoczko, JL. Bioquímica, 5º Ed., Reverté SA, España, 2003.
- Torres, H.M., Carminatti H. Y Cardini E. Bioquímica General. Ed. El Ateneo, Bs.As. 1983*.
- Voet D., Voet JG, Pratt C.W. Fundamentos de Bioquímica. La vida a nivel molecular, Ed. Médica Panamericana.
2006.
- Walker, J. M.. Biología molecular y biotecnología .2º Ed. Acribia, Zaragoza, 1997.
Problemas
- Esteban J.M. y Cavanillas J.M.. Problemas de Química. Ed. Alhambra. 4a. España. 1976.
- Holme, David J. . Resolución de problemas de bioquímica analítica, Acribia, Zaragoza, 1996.
- Segel I.J. Cálculos en Bioquímica. Acribia. Saragoza. España. 1972.
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Bibliografía especializada
- Aon M.A. and Cortassa S. Dynamic Biological Organization. Fundamentals As Applied To Cellular Systems.
Chapman and Hall, London, UK. 1997*.
- Daune, M.. Molecular Biophysics. Structures in motion, Oxford University Press, Oxford. 1999*.
- Makishima, Shoji. Pattern dynamics : a theory of self-organization, Ed. Kodansha Scientific, Tokio, 2001.
La bibliografía citada está disponible en la Biblioteca “Ricardo Lutti" (Centro) de la FCEFyN, UNC.
* disponibles en la Cátedra de Química Biológica.
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CRONOGRAMA 2019
TRABAJOS PRÁCTICOS
CLASES TEÓRICAS y TEÓRICO- PRÁCTICAS
Comienzan: 12 de marzo
Comienzan: 6 de marzo Finalizan: 21 de junio
Semana
Finalizan: 14 de junio
Modalidad del TP TEMA TP
Miércoles TEMA Viernes TEMA PP: Resolucion de probl.
PL: Laboratorio.
1 6/03/19 Clase inaugural 8/03/19 Redes -- --
La lógica molecular de la Metabolismo.
2 13/03/19 15/03/19 Com. 1, 3, 5, 7: PP Espectrof.
vida Evolución Bioquímica
Proteínas Com. 1, 3, 5, 7: PL Espectrof.
3 20/03/19 Proteínas 22/03/19
(Teórico-Práctico) Com. 2, 4, 6, 8: PP Espectrof.
Com. 1, 3, 5, 7: PP Purif. Proteínas
Ácidos nucleicos Investigación en Genética
4 27/03/19 29/03/19 Com. 2, 4, 6, 8: PL Espectrof.
(Teórico-Práctico) (Teórico-Práctico)
Martes
2 8 -10 hs (Aula 203) 10:30-12:30 hs (Aula 203) 8-10 hs (Aula 101) 8-12 hs (Aula 224)
3 13:30-15:30 hs (Aula 303) 14-16 hs (Aula 303) 14:30-16:30 hs (Aula 101) 14:30-18:30 hs (Aula 224)
4 13:30-15:30 hs (Aula 303) 14-16 hs (Aula 303) 14:30-16:30 hs (Aula 101) 14:30-18:30 hs (Aula 224)
5 13:30-15:30 hs (Aula 303) 14-16 hs (Aula 303) 8-10 hs (Aula 301) 8-12 hs (Aula 224)
Jue
ves
6 8 -10 hs (Aula 203) 10:30-12:30 hs (Aula 203) 8-10 hs (Aula 301) 8-12 hs (Aula 224)
7 8 -10 hs (Aula 203) 10:30-12:30 hs (Aula 203) 17:30-19:30 hs (Aula 213) 17:00-21:00 hs (Aula 224)
Vie
8 8 -10 hs (Aula 203) 10:30-12:30 hs (Aula 203) 17:30-19:30 hs (Aula 213) 17:00-21:00 hs (Aula 224)
TRABAJOS PRÁCTICOS
Los alumnos deberán:
- Aprobar antes de comenzar los trabajos prácticos un examen sobre Normas Básicas De Trabajo y Seguridad en
Laboratorios. Los contenidos a evaluar se encuentran en la guía de trabajos prácticos.
- Concurrir con guardapolvo, gafas, guantes, calzado adecuado (cerrado) y cabello recogido.
No podrá realizar el TP aquel alumno que concurra sin estos elementos mínimos de seguridad personal.
ASISTENCIA
Clases Teóricas: no obligatoria Teórico Prácticos: 80% obligatoria Trabajos Prácticos: 80% obligatoria
ACTIVIDADES
Clases teóricas: Exposición y discusión de temas teóricos.
Clases teórico-prácticas: Discusión de problemas teóricos.
Trabajos prácticos: Los mismos se diferencian en dos modalidades:
Prácticos de Problemas (PP): Los problemas y la guía de estudio deberán ser resueltos por los alumnos antes de concurrir a la clase.
En caso de necesitar aclarar dudas, los docentes estarán disponibles en sus horarios de consulta, en la cátedra. Los alumnos serán
evaluados al final del TP (evaluación escrita) y durante el desarrollo de la experiencia práctica (evaluación oral), sobre los contenidos
que se encuentran en la guía de TP.
EVALUACIONES
I. Trabajos Prácticos:
a) Evaluación oral durante el desarrollo del TP. Se tendrá en cuenta: desempeño, destreza, atención, participación,
puntualidad, y la presentación de Trabajos Científicos (cuando corresponda).
b) Una evaluación escrita al final de cada TP. El resultado de la evaluación estará disponible en el TP siguiente.
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RECUPERATORIOS
Se podrá recuperar al final del cuatrimestre:
- Un TP que haya resultado reprobado, para alcanzar las condiciones indicadas más arriba.
- Un examen parcial (por cualquier razón: inasistencia, reprobado o para aumentar nota).
Inasistencias:
En caso de inasistencia a un TP sólo podrá recuperarse por causa debidamente justificada (con certificado médico
expedido por Bienestar Estudiantil), en alguna Comisión donde el mismo TP aún no se hubiera dictado. En el caso de
inasistencias no habrá recuperatorio al final del cuatrimestre.
EXAMEN LIBRE: El alumno que se presente a rendir la materia en condición de Libre deberá avisar con 1 semana de
anticipación, con respecto al turno de examen.
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DNI: ……………………………….
Nº de Matrícula: ……………………………………
Firma: ……………………………………………………………..
TEMAS
TEMAS
2. HABITOS PERSONALES
Mantener en todo momento guardapolvos, camisas y vestidos abrochados.
No abandonar objetos personales en mesas de trabajo.
No comer o beber en los laboratorios.
No guardar alimentos ni bebidas en las heladeras del laboratorio.
No fumar en los laboratorios.
Llevar recogidos los cabellos.
No llevar pulseras, anillos, colgantes o mangas anchas que pudieran engancharse en
los montajes.
Los guardapolvos no deberán llevarse a lugares de asistencia común como son las bibliotecas, cafeterías,
salas de reuniones, comedores etc.
No es aconsejable guardar la ropa de calle en la mesada del laboratorio, para lo cual deberá disponerse de
armarios o lugares específicos fuera del área de trabajo.
Es recomendable usar gafas de seguridad cuando se manipulen productos químicos
líquidos de cualquier tipo en ebullición.
Si la naturaleza del trabajo lo requiere, el personal del laboratorio deberá utilizar los medios de protección
adecuados.
No utilizar lentes de contacto en el laboratorio, ya que en caso de accidentes por salpicaduras de productos
químicos o sus vapores, al pasar por detrás de las lentes, podrían provocar lesiones en el ojo antes de
retirarlas. En estos casos se recomienda el uso de gafas graduadas.
Si un producto químico salpica a los ojos, utilizar inmediatamente un lavaojos y lavarlos durante 15
minutos sin interrupción. Actuar con urgencia en menos de 10 segundos. No dirigir una corriente de alta
presión directamente al ojo porque podría lesionarse. Es necesario mantener los ojos abiertos con ayuda de
los dedos para el lavado debajo de los párpados.
Lavarse las manos: antes de abandonar el laboratorio, siempre que se quiten los guantes protectores y
después de toda operación que haya comportado el posible contacto con material irritante, cáustico, tóxico o
infeccioso.
Para secarse las manos, en vez de toallas es preferible el uso de papel desechable o secadores de aire.
La persona que al término de la jornada sea la última en abandonar el laboratorio deberá asegurarse que los
procesos que no queden en funcionamiento, las conducciones de agua y gas estén cortadas, la energía
eléctrica desconectada y que el local se encuentra en un estado que excluya el riesgo de incendio.
Asegurarse del enfriamiento de los materiales antes de aplicar directamente las manos
para tomarlos.
Al finalizar una tarea u operación, recoger materiales, reactivos, equipos, etc., evitando las
acumulaciones innecesarias y dejando la zona de trabajo en las debidas condiciones de
limpieza.
Al terminar el trabajo, asegurarse de la desconexión de los aparatos, agua, gases, etc.
Usar y almacenar sustancias inflamables en las cantidades imprescindibles.
Deberá ponerse especial cuidado en cerrar botellas y frascos inmediatamente después de
su utilización.
No transportar frascos o recipientes tomados por la tapa o tapón.
Siempre que sea posible se trabajará en bandejas con el fin de confinar un posible
derrame. Será muy conveniente forrar con papel de filtro dichas bandejas.
Siempre que sea necesario, deberán utilizarse guantes específicos para los productos que
se manipulan.
Los guantes y todo material contaminado con productos tóxicos y /o infecciosos deberán descontaminarse
y/o esterilizarse antes de ser eliminados. Cuando no se utilicen guantes en la manipulación de sustancias
químicas, las manos deberán lavarse frecuentemente. Al finalizar la sesión de trabajo, es aconsejable un
lavado cuidadoso antes de abandonar el laboratorio.
Las puertas de los laboratorios deberán permanecer cerradas durante la jornada de trabajo.
Deberá mantenerse la limpieza y el orden en los laboratorios en todo momento.
Deberán mantenerse libres los espacios de trabajo, así como las zonas de paso y salida de los recintos.
No utilizar nunca un equipo o aparato sin conocer perfectamente su funcionamiento.
Antes de comenzar un experimento asegurarse de que los montajes y aparatos están en perfectas
condiciones de uso. Ante cualquier mínima duda consultar con el responsable del equipo.
Los trapos o materiales ensuciados con aceite o sustancias inflamables deberán colocarse en recipientes
cerrados que deberán vaciarse diariamente y su contenido será neutralizado.
Las instalaciones, aparatos e instrumentos destinados a reparación, deberán enviarse limpios, sin trazas de
sustancias químicas nocivas.
Antes de utilizar sustancias inflamables deberemos asegurarnos de que no hay cerca mecheros encendidos,
calentadores etc.
No debe dejarse sin vigilancia ningún tipo de reacción química.
Al finalizar un experimento los productos deberán etiquetarse y colocarse en lugar seguro.
Las sustancias cuya disolución sea exotérmica, deberán disolverse por porciones, agitando y enfriando
continuamente.
Durante la destilación de sustancias inflamables de bajo punto de ebullición, deberá controlarse la llegada
de agua al refrigerante y alejar del aparato cualquier otra materia inflamable.
Cuando se derrame alguna sustancia combustible se procederá a:
- Apagar el mechero, si ha lugar.
- Cortar la corriente eléctrica en el exterior del laboratorio.
- Asegurar una ventilación eficaz.
- Se absorberá el líquido con un cuerpo poroso que posteriormente se depositará en un lugar sin peligro.
- Se eliminará como residuo tóxico.
Las sustancias químicas deberán estar colocadas en recipientes con materiales adecuados y etiquetados
debidamente. Los recipientes deberán estar cerrados.
Los recipientes que contengan líquidos deberán estar protegidos contra la acción directa de los rayos solares
o contra el calentamiento.
Los metales alcalinos como sodio o potasio deberán conservarse con una capa protectora de un solvente con
un punto de ebullición elevado (petróleo, aceite de parafina) y el fósforo blanco con una capa de agua.
Los productos incompatibles deberán guardarse separadamente.
Los recipientes que contengan productos agresivos no deberán almacenarse a una altura superior a sesenta y
cinco cm. Y serán recipientes de pequeña capacidad para su fácil manejo.
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4. MEDIOS DE PROTECCIÓN
El trabajo en laboratorios requiere la utilización de guardapolvos, que en trabajos con riesgo deberá
considerarse el tejido de los mismos.
Los guardapolvos deberán tener los puños ajustados a las muñecas. Asimismo, deberán estar cerrados en la
parte delantera y en el cuello.
Tener siempre a disposición las gafas de seguridad. Es recomendable el uso permanente de las mismas.
Estas serán de uso personal.
Utilizar los guantes adecuados para cada tarea que requiera el uso de tales prendas.
Conocer la protección brindada por los distintos equipos de protección individual para las
vías respiratorias.
Conocer la aplicación de los productos de primeros auxilios del botiquín y los
mecanismos para recibir posibles ayudas exteriores.
Mantener en condiciones de uso las duchas de emergencia y lavaojos.
Conocer y ensayar el funcionamiento de equipos extintores.
5.1 Derrames
. Líquidos inflamables
Absorber con carbón activado productos específicos.
Alejar cualquier foco de calor.
. Ácidos
Neutralizar con bicarbonato o emplear productos específicos comercializados para su neutralización o
absorción.
Si por casualidad se ha producido un derrame sobre la piel, el remedio inmediato sería exponer la zona
afectada al chorro de agua del grifo durante cinco o diez minutos.
Las duchas de emergencia serán utilizadas en los casos en que la zona afectada del cuerpo sea grande. Es
necesario quitar la ropa contaminada de la persona afectada mientras esté bajo la ducha. Si se produjesen
quemaduras se precisará la asistencia médica.
No utilizar cremas ni pomadas grasas en las quemaduras graves.
.Bases
Emplear productos específicos comercializados para su neutralización y absorción.
.Otros líquidos no corrosivos ni inflamables
Absorber con aserrín.
5.2. Salpicaduras.
En piel y ojos
Deben lavarse con abundante agua (si es en los ojos, mediante un lavaojos).
No intentar neutralizar. Acudir al médico con prontitud.
En la ropa
Debe quitarse rápidamente la ropa, lavándola, o colocarse bajo la ducha, según la magnitud de la
impregnación.
Si hay contacto con la piel, lavar la zona afectada y acudir al médico.
5.3. Cortes
Se deberán lavar con abundante agua corriente durante diez minutos como mínimo. Si son pequeños y dejan
de sangrar en poco tiempo, lavar con agua y jabón y taparlos con una venda o apósito adecuado. Si son
grandes y no dejan de sangrar, se requiere asistencia médica inmediata.
5.4. Ingestión
Si es un ácido o una base. Beber abundante agua, salvo que la sustancia ingerida reaccione con ella.
No provocar el vómito, salvo indicación expresa.
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Disponer de información sobre los productos que se manipulan, consultando a un servicio de información
toxicológica cuando sea posible.
Si la persona está inconsciente, Ponerlo en posición inclinada con la cabeza de lado y estirarle la lengua
hacia fuera. Taparlo para que no coja frío.
Acudir al médico con una etiqueta del producto.
5.5. Inhalación
Conducir a la persona afectada a un lugar con aire fresco.
Al primer síntoma de dificultad respiratoria, iniciar la respiración artificial boca a boca.
Tratar de identificar el vapor tóxico.
5.6. Incendio
Dar la alarma inmediatamente
Apagar los fuegos pequeños tapándolos sin utilizar agua.
Escoger adecuadamente el tipo de extintor, recordando el modo de empleo y la duración de la carga. No
utilizar nunca sobre una persona.
Si prende fuego la ropa:
-Tenderse en el suelo y rodar sobre si mismo para apagar las llamas. No correr ni intentar llegar a una ducha
de emergencia salvo que esté muy cercana.
-Se le cubrirá con una manta apagafuego, llevarle a una ducha de emergencia o hacerle rodar por el suelo.
Una vez apagado el fuego, mantener a la persona tendida procurando que no coja frío y proporcionarle
asistencia médica.
Si se evacua el laboratorio, cerrar las puertas al salir.
6. TELÉFONOS IMPORTANTES
En todos los laboratorios debe haber un listado telefónico con los Centros de URGENCIA que enumeramos
a continuación, el cual será de conocimiento general.
BOMBEROS 100
TRABAJO PRACTICO Nº 1
Los problemas y la guía de estudio deberán ser resueltos por los alumnos antes de concurrir a la clase. En caso de
necesitar aclarar dudas, los docentes estarán disponibles en sus horarios de consulta, en la cátedra. Los alumnos
serán evaluados al final del TP (evaluación escrita), sobre los contenidos que se encuentran en la guía de TP.
OBJETIVOS:
- Comprender las propiedades que deben reunir los métodos experimentales de análisis.
- Conocer los fundamentos teóricos y las aplicaciones de la espectrofotometría.
- Valorar la importancia del dominio de técnicas auxiliares, adquiriendo la capacidad de aplicarlas con
criterio ante los problemas planteados.
Errores indeterminados o aleatorios: son pequeñas fluctuaciones en los sucesivos valores de una cantidad
medida. No son evitables ni previsibles por parte del observador. Pueden tratarse por métodos estadísticos.
Dada una cantidad de datos el analista puede estimar la incertidumbre introducida por errores aleatorios y
concluir con respecto al efecto de esos errores en un resultado analítico.
ESPECTROFOTOMETRÍA - GENERALIDADES
El estudio a nivel bioquímico de cualquier biomolécula requiere la utilización de técnicas analíticas que
permitan su determinación cualitativa y cuantitativa, así como su caracterización físico-química y biológica.
Uno de los métodos más sencillos, accesibles, útiles y utilizados es la espectrofotometria, en general, y la
espectroscopía ultravioleta-visible, en particular. Estos métodos permiten identificar y cuantificar
biomoléculas en solución y en muestras biológicas. A veces es necesario el empleo de reactivos específicos
que reaccionan con el compuesto a analizar y forman un producto coloreado que permite detectarlo en
muestras complejas.
La espectrofotometría es una técnica que permite medir la absorción de radiación electromagnética, dentro
de los rangos ultravioleta (UV) y visible, de numerosas especies químicas inorgánicas y orgánicas, para su
análisis cuali y cuantitativo.
Las bandas de absorción de radiación electromagnética en las regiones UV-Visible del espectro se asocian
con transiciones electrónicas en la capa de valencia. Los electrones involucrados en dichas transiciones
corresponden a aquellos más débilmente atraídos por el conjunto de núcleos atómicos que componen la
molécula y cuyos estados pueden ser descritos a través de orbitales moleculares.
La Espectroscopía UV-Visible se ha aplicado en el campo de la elucidación de estructuras de compuestos
orgánicos desde los años 40 del siglo XX. El espectro de absorción es una propiedad física de gran utilidad
para caracterizar un compuesto y es un elemento corroborativo de una estructura propuesta. Por ejemplo:
permite detectar con rapidez la presencia de insaturación conjugada y ciertos grupos funcionales (carbonilos
en cetonas y aldehidos, algunos grupos funcionales nitrogenados). Además, la espectroscopia UV-Visible es
un método de extensa aplicación en la cuantificación de sustancias. A partir de datos espectrofotométricos
es posible calcular diferentes tipos de constantes de equilibrio (ácido-base, formación de complejos, etc) y
parámetros cinéticos, siendo condición necesaria que las especies involucradas en el equilibrio difieran en su
absorción en la región UV-Visible del espectro de radiación electromagnética.
27
x 10-17 (Hz) c
Color en el vacío (nm) E h.
7.69 – 6.59
Violeta 390 – 455
455 – 492 6.59 – 6.10 h.c
Azul
E
Verde 492 - 577 6.10 – 5.70
Amarillo 577 – 597 5.70 – 5.03 h, Constante de Planck (6.626 10-34 J.s)
Naranja 597 – 622 5.03 – 4.82 , frecuencia de la radiación
Rojo 4.82 – 3.84 c, velocidad de la luz en el vacío
622 – 780
(300000 km/s)
Las moléculas son capaces de absorber radiaciones electromagnéticas. Tanto la longitud de onda de la
radiación absorbida como la eficiencia con que se absorbe, dependen de:
la estructura de la molécula y
el medio en que se encuentra.
En el proceso de absorción de la radiación, un fotón incidente cede su energía a una molécula, lo que da
lugar a la excitación de la misma que pasa a un nivel de energía superior:
A*
E = h
A
-9
Los estados excitados de los átomos o moléculas poseen una vida media corta (10 s) y, en consecuencia,
la molécula en estado excitado vuelve rápidamente al estado fundamental. Comunmente, la energía es
28
liberada al medio como calor, pero en ciertos casos la especie química excitada puede sufrir un cambio
(reacción fotoquímica) o emitir parte de la energía absorbida como radiación electromagnética de longitud de
onda mayor a la incidente (fluorescencia o fosforescencia). La Fig.1 muestra un esquema de los procesos de
absorción, fluorescencia y fosforescencia.
Estados
Excitados Conversión
Singlete Interna
S2
Cruzamiento
Intersistemas Estado
Excitado
Absorción Triplete
T0
Fluorescencia Fosforescencia
Estado
Fundamental
Singlete
S0
LEYES DE LA ABSORCIÓN
Cuando la luz atraviesa una muestra, sólo una fracción de ella es transmitida. La proporción de luz
transmitida se denomina Transmitancia (T) y se calcula de la siguiente manera:
T = I 1 / I0
La transmitancia toma valores entre 0 – 1. También se expresa como porcentaje si se multiplica por 100 y sus
valores están en el rango de 0-100%.
%T = (I1 / I0 ) x 100
La relación (I / I0 ), también puede ser expresada como luz absorbida en lugar de luz transmitida. En ese caso
nos referimos a la Absorbancia2 (A) de una muestra.
La Absorbancia es adimensional, varía desde 0 hasta y se define como:
2 Note que el equipo detecta la transmitancia y un sistema computacional le permite calcular laabsorbancia.
Finalmenteel equipo puede mostrar uno de estos valores o ambos.
29
Todos los métodos espectrofotométricos que miden absorción, responden a dos leyes básicas:
LEY DE LAMBERT:
¨La fracción de luz absorbida por un medio transparente es independiente de la intensidad de luz
incidente, y cada capa sucesiva del medio, absorbe una fracción igual de la luz que pasa a través de él¨.
Esto lleva a un decaimiento exponencial de la intensidad de luz a lo largo del paso óptico (b) en la
muestra, que puede ser expresado matemáticamente como sigue:
%T
Log10 (I0/I) = A = K b
b
b
Donde b = la longitud del paso óptico de la cubeta de espectrofotometría y K es una constante del medio,
que fue descifrada por Beer.
LEY DE BEER:
¨La cantidad de luz absorbida es proporcional al número de moléculas de cromóforo que la luz
atraviesa¨. En el esquema siguiente, la concentración de cromóforo en la Condición 1 (C1) es menor a la
concentración de cromóforo en la Condición 2 (C2), es decir C1 C2. El decaimiento del %T es más
pronunciado en la Condición 2.
Condición 1 Condición 2
%T %T
b b
b b
ANÁLISIS CUANTITATIVO
Los espectrofotometros miden T por lo que la escala del sistema de registro del aparato es lineal para %T y
logarítmica para A. Por éste motivo, el error en las lecturas de %T es constante en toda la escala, lo cual no
ocurre con la A. Sin embargo, debido a que A y concentración se relacionan proporcionalmente, en la
práctica se lee A.
Por consideraciones del error fotométrico, debe procurarse que los puntos situados entre valores de A de 0,1
y 1,0 (80% y 10% T) sean representados de la forma más exacta posible al trazar la gráfica. Los errores en la
determinación de absorbancia dependen de la calidad del equipo. Por ejemplo, según el grafico que se
muestra a continuación (Fig. 3a), seria recomendable trabajar en el rango de absorbancia 0.3-0.8, en la región
de mínimo error. En los equipos más modernos la precisión fotométrica que se alcanza permite extender los
límites antes mencionados.
Mediante una regresión lineal de los datos que caen en la región de mínimo error y teniendo en cuenta el
punto (0,0) se obtiene la constante de proporcionalidad entre absorbancia y concentración (absortividad) la
que permite calcular el valor de concentración de una muestra problema
(a) (b)
ANÁLISIS CUALITATIVO
ESPECTRO DE ABSORCIÓN
Las soluciones absorben energía preferentemente en una ó más regiones del espectro electromagnético,
siendo la absorción inferior o nula en las demás regiones. La representación gráfica de la probabilidad de
absorción en función de la longitud de onda se denomina Espectro de absorción (Fig. 4a). Este último se
determina midiendo la absorbancia a distintas longitudes de onda y permite caracterizar a las sustancias y
establecer la longitud de onda de máxima absorción (max).
En el siguiente ejemplo (Fig. 4a) max es aproximadamente 550nm. En la Fig. 4b se muestran 4 curvas de
calibración realizadas a diferentes longitudes de onda. Para hacer determinaciones cuantitativas, en general
es preferible trabajar a la max pues, en esas condiciones, el error de la medición es mínimo y la sensibilidad
es máxima.
32
0.8
1 mg/ml A550nm (max)
2 mg/ml 0.6 A640nm
3 mg/ml A490nm
0.6 4 mg/ml
A670nm
Absorbancia
5 mg/ml
Absorbancia
8 mg/ml
0.4
10 mg/ml
0.4
0.2
0.2
0.0
0.0
400 450 500 550 600 650 700 0 2 4 6 8 10
Proteinas (mg/ml)
(nm)
EQUIPAMIENTO Y PROCEDIMIENTOS
Espectrofotómetro
Las mediciones de absorbancia se realizan en un espectrofotómetro, que básicamente consta de una fuente
de luz, un monocromador para seleccionar la longitud de onda, una cubeta transparente para contener la
muestra, un detector de intensidad luminosa y un sistema de registro.
Fig. 5 Esquema de un
espectrofotómetro
Medicion de la Absorbancia
absorción de sustancias que no sean específicamente la sustancia problema y así poder medir la absorbancia
propia de la sustancia en estudio. Los equipos permiten descontar de manera automática el valor de
absorbancia del tubo blanco de la abosorbancia de los tubos testigo y problema.
3) Un tercer tipo de muestra que denominamos Testigos corresponde a disoluciones donde la sustancia en
estudio se encuetra concentraciones conocidas. Se preparan disolviendo una cantidad conocida de soluto en
un volumen conocido de solvente conteniendo, además, las mismas “otras” sustancias presentes en la
solución problema: por ej. NaCl al 1% e KOH al 2% para el caso que se está analizando. Se mide la
Absorvancia de la solución Testigo de la misma forma que se hizo con el Problema. Finalmente, la
concentración del Problema se puede calcular mediante la interpolación del valor de absorbancia en una
curva de calibración construida con los datos de A correspondientes a cada uno de los Testigos.
4) Lo descripto en los puntos anteriores es válido para medir la concentración de sustancias incoloras
siempre que estas sustancias sean capaces de reaccionar con otras, dando productos de reacción coloreados y
que la intensidad del color finalmente obtenido sea proporcional a la concentración de la sustancia en
estudio. El tubo blanco3, el cual no contiene la sustancia que desarrolla color, deberá ser tratado de forma
similar al tubo problema y a los testigos, es decir tendrá los mismos reactivos y se los procesará de forma
similar y paralela a los otros tubos. Hay sustancias incoloras que tienen la propiedad de absorber la luz
ultravioleta; en estos casos pueden ser cuantificadas sin tratamiento previo, midiendo la absorbancia a una
comprendida entre 200 y 400 nm (correspondiente al rango de luz ultravioleta).
3Note que, por razones prácticas u operativas, es frecuente referirse indistintamente a ”muestra Problema”, “disolución
Problema” o “Tubo Problema” (lo mismo para Blanco y Testigos). Sin embargo, no debe perderse de vista que la
absorbancia quese mide corresponde a ladisolución.
34
GUIA DE ESTUDIO
1. Observe el esquema del espectro electromagnético del Esquema 1 y compare c (velocidad), (longitud de
onda), (frecuencia) y energía de la radiación electromagnética indicada.
2. Defina luz blanca y luz monocromática.
3. ¿Qué tipos de monocromadores conoce ?
4. ¿Qué efecto produce la absorción de la luz por una molécula?
5. ¿Existe alguna restricción con respecto a la longitud de onda de la luz que una sustancia puede absorber?
6. ¿Cuál es la utilidad de un espectro de absorción?
7. Concepto de ley de Lambert y Beer.
8. Definición de absorbancia y transmitancia.
9. ¿Cómo se preparan y qué utilidad tienen los tubos blanco, testigo y problema?
10. ¿Cómo construye y qué utilidad tiene una curva de calibración ?
11. ¿Cómo elige la longitud de onda de trabajo?
12. ¿Cuál es el fundamento químico del método de Biuret para cuantificar proteínas? (Ver TP2 de esta guía).
13. ¿ Que aplicaciones puede tener la espectrofotometria en el contexto de la biologia?
35
PROBLEMAS
1- Una disolución de proteínas de concentración desconocida, se diluye 5 veces con agua destilada. A partir
de esta dilución, se vuelve a diluir 3 veces con agua destilada. Esta última dilución dió por método Biuret
una absorbancia de 0,12 (a = 0,06 0,01 ml/mg cm). ¿Cuál es la concentración de la solución original de
proteínas? Rta = 30 mg/ml.
1
2
Absorbancia
A
Concentración (mg/ml)
36
4- Se realizó un espectro de absorcion del flunitrazepam, que es una droga que posee efectos hipnoticos,
anticonvulsionante, ansiolitico y miorelajante de acción central. Los datos de la Tabla 1 corresponden a
absorbancias de una solución de flunitrazepam 25 M en etanol 3% V/V y en tris HCl 50 mM, pH 7,4
medidos a diferentes longitudes de onda:
210 220 250 260 270 280 290 320 330 340 350 360 370
A 0.2 0.604 0.446 0.407 0.320 0.286 0.272 0.250 0.190 0.120 0.070 0.040 0.020
difenilamina 2ml
Volumen final
[Albúmina](M10-3) A
0.0 0.00
0.2 0.033
0.5 0.081
1.25 0.195
3.12 0.440
7.81 0.703
7- Calcular el coeficiente de extinción molar del p-nitrofenol cuya A = 0,2 y la concentración es 11,428
moles/l, = 410 nm y b = 1 cm. Rta = 17.500 L.mol-1 . cm-1
8- Se cuantificó una solución de tirosina por absorción al UV. Esta solución dio A = 0,16 ; calcular la
concentración M de tirosina considerando que dicha solución había sido diluida primero 3 veces y luego 2
veces más. 274nm= 14.000 L.mol-1 . cm-1 , = 274 nm. Rta = 6,85.10-5 M.
9- Una solución de una sustancia de PM 600 g/mol con una concentración de 40 g/ml tiene A = 0,3 a 540
nm, medida en una cubeta de 1 cm de paso óptico. Calcular el coeficiente de extinción molar. Rta = 4.500
L.mol-1 . cm-1
10- Si tuviera una mezcla de las sustancias A y B. ¿Qué longitud de onda elegiría para cuantificar cada una
de ellas?
0.4
A
0.3
Absorbancia
0.2
0.1 B
0.0
300 450 600 750
11- Una solución contiene dos flavonoides : flavonoide 1 (F1) y flavonoide 2 (F2). Se quiere cuantificar
ambos sin una purificación previa. Analizando la Fig. 11 se observa que entre 200 nm y 420 nm sus
espectros se superponen, por lo tanto la cuantificación de cualquiera de ellos interfiere con la del otro. A
longitudes de onda superiores a 420 nm sólo absorbe F1. Calcule la concentración molar de F1 y F2 en ésa
solución sabiendo que:
F1
Testigo de F1 Testigo de F2 Solución problema (mezcla de F1/F2)
Absorbancia
c1 = 15 M c2 = 15 M c1 = ? c2 = ?
F2 A350 = 0,05 A350 = 0,4 A350 = 0,6
A500 = 0,5 A500 = 0,4
EJERCITACION ADICIONAL
2- ¿Qué cantidad de glucosa (PM=180) tiene que pesar para preparar 200 ml de una solución 0,05 M?
Rta = 1,8 g.
3- ¿Qué volumen de una solución 10 mM se puede preparar con 1 g de glucosa (PM=180). Rta = 555,6 ml.
4- Si tiene 3 litros de una solución de Na(OH) 0,5 M, ¿Cuántos moles y que concentración molar poseen los
siguientes volúmenes: a) 50 ml; b) 0,25 ml; c) 1 litro. Rta: a) 0.025 moles, 0.5 M; b) 1.25 x 10-4 moles,
0.5 M; c) 0.5 moles, 0.5 M
5- ¿Qué molaridad tiene una solución que contiene 60 gr de NA(OH) (PM=40) por litro? Rta: 1.5 M.
6- ¿Qué cantidad de NA(OH) (PM=40) estan contenidos en 3 litros de una solución 2.5 M ? Rta: 300gr.
7- Una solución de ácido sulfúrico al 98% P/P, cuya densidad es 1.8 g/cm3, ¿qué molaridad tiene? Rta: 18
M.
8- ¿Cuál será la molaridad de una solución de ácido clorhídrico (PM=36.5) al 37% P/P cuya densidad es
1.19 g/cm3?. Rta: 12 M
9- ¿Cómo procedería para preparar 2 litros de una solución de ClK 10 mM a partir de una solución 3 M ?
Rta: tomar 6.67 ml (3 M). colocarlos en un matraz de 2 litros enrasar con agua destilada.
10-Se quieren preparar 6 litros de una solución 0.25 M de ácido sulfúrico a partir de una solución 63% P/P
(densidad=1.7 g/cm3). ¿Qué volumen debe tomar?. Rta: 137,28 ml.
11-Los siguientes son los resultados de la cuantificación de H2SO4 en una misma muestra realizado por un
método "A" por cuatro analistas diferentes:
a- 50,00 % P/P, densidad= 1,3952 g/ml
b- 70,00 % P/V
c- 7,00 M
d- 7100 mM
De acuerdo al enunciado anterior diga:
a-¿Cómo procede para comparar los resultados anteriores?
b-¿Que puede decir acerca de la precisión del método empleado en la cuantificación?
DATOS: PM H2SO4 = 98,08
12- Se desea investigar los efectos de flunitrazepam sobre el comportamiento de ratas en situación de
"stress". Para ello cuenta con dos lotes de cinco ratas de 300 g cada una. El lote Nº1 (experimental) es
inyectado con una solución de flunitrazepam 67µM en cloruro de sodio 0,8775 % P/V (solución
fisiológica).
a) ¿Cómo procede para preparar 100 ml de dicha solución ?
b) ¿Cuál es la utilidad del segundo lote de ratas? ¿Con qué inyecta esas ratas? ¿Cómo prepara esa solución?
39
c) Si la dosis de flunitrazepam cuyo efecto se desea investigar es 70 µg/kg de peso corporal, ¿qué volumen
debe inyectar a cada animal?.
DATOS: flunitrazepam = droga sólida, PMflunitrazepam = 313,3 PACl = 35,5 PANa = 23
13- En el siguiente gráfico se muestran espectros de absorción de varias sustancias. ¿Cuál de las longitudes
de onda indicadas elegiría para luego trabajar con un fotocolorímetro y cuál para trabajar con un
espectrofotómetro? Estos espectros fueron obtenidos con un espectrofotómetro o con un fotocolorímetro?
Podria obtener un espectro como el B si sólo dispusiera de un fotocolorímetro para analizar su muestra?
0.4
0.3
Absorbancia
0.2 A
0.1 C
0.0
300 450 600 750
14- Calcular la absorbancia que corresponde a cada uno de los siguientes valores de transmitancia:
a) 0% b) 0,2% c) 0,8% d) 1,52% e) 68%.
15- Se desea investigar el contenido de glucosa en sangre después de la administración por vía oral de 0,5 g
de dicho compuesto. Se trabajó con un grupo de 20 ratas de 2 meses de edad, peso promedio 300 g. Se
tomaron muestras de sangre a 0, 30, 45, 60, 90 y 120 minutos después de la ingestión y se determinó en
suero la cantidad de glucosa por un método fotocolorimétrico, expresó como el valor promedio en mg %
P/V de glucosa en sangre. (Tabla 4). En otro experimento se tomó otro grupo de 20 ratas con las mismas
características y sometidas al mismo tratamiento que las anteriores. Una hora antes del experimento
fueron inyectadas por vía endovenosa con 200
una hormona pancreática que incrementa el nivel de glucosa por la estimulación de la degradación de
glucógeno en higado) (Tabla 5).
a) Identifique para cada experimento la variable dependiente y la independiente. J.S.R
b) Grafique los resultados y coloque título a los mismos.
c) Indique la ecuación matemática a la que se ajustan los datos.
TABLA 4 TABLA 5
mg % p/v glu/sangre tiempo min mg % p/v glu/sangre tiempo min
70 0 140 0
105 30 175 30
122 45 195 45
140 60 210 60
175 90 260 90
210 120 290 120
16- Postule dos modelos de experimentación donde pueda identificar variables dependientes e
independientes.
40
TRABAJO PRACTICO Nº 2
No olvidar concurrir con guardapolvo, gafas, guantes, cabello recogido y calzado cerrado. Los alumnos serán evaluados
al final del TP (evaluación escrita) y durante el desarrollo de la clase (evaluación oral), sobre los contenidos que se
encuentran en la guía de TP.
OBJETIVOS:
- Adquirir destreza en el diseño del protocolo, en el manejo de técnicas de laboratorio y en el uso del
espectrofotómetro.
- Construir una curva de calibración a partir de una muestra de albúmina de concentración conocida.
- Determinar la concentración de proteínas presente en una muestra problema.
- Valorar la importancia del trabajo prolijo y ordenado para la obtención de resultados confiables.
FUNDAMENTO DEL MÉTODO DE BIURET: Las sustancias que contienen dos grupos -CONH2 (amida);
-CH2NH2 (amina); -C(NH)(NH2) (diamina); o -CSNH2 (tioamida), unidos, sea directamente entre sí, o a
través de un átomo de carbono o nitrógeno; y las estructuras peptídicas que contengan como mínimo dos
enlaces peptídicos, en presencia de Cu++y en solución alcalina, forma un complejo de color violeta, el
complejo de Biuret.
O C C O
NH HN
RC H H CR
Cu2+
O C C O
NH HN
RC H H CR
Violeta-púrpura
El método de biuret desarrollado por Gornall et al. permite cuantificar soluciones que contengan entre 1 y
10 mg de proteínas por mililitro y no depende de la composición de aminoácidos de la proteína. (GORNALL,
A.G ET AL., 1949, J. BIOL. CHEM., 177-766).
MATERIALES Y MÉTODOS:
Protocolo:
En el tubo blanco colocar 0.5 ml de agua destilada
En los tubos testigo, de la curva de calibración, colocar entre 0.1 y 0.5 ml de solución testigo madre de
albúmina y completar con agua tal que cada tubo contenga un volumen de 0.5ml.
En el tubo problema colocar 0.5 ml de la solución problema.
Agregar a cada uno de los tubos 2 ml de reactivo de biuret.
Agitar y dejar en reposo a temperatura ambiente durante 30 minutos.
Leer la absorbancia a 550 nm. Graficar la curva de calibración y realizar la regresión lineal de los datos.
RESULTADOS
CURVA DE CALIBRACIÓN
DISCUSIÓN
BIBLIOGRAFÍA ESPECÍFICA
- Problemas de Química. J.M. Esteban y J.M. Cavanillas. Ed. Alhambra. 4a. 1976. España.
- Cálculos en Bioquímica. I.J.Segel. Ed. Acribia. Saragoza. España. 1972.
- Métodos instrumentales de análisis. H.H. Willard,.L.Merritt Jr., y J.A.Dean. Ed. CECSA. México. 1974.
- Análisis Instrumental. D.A. Skoog y D.M. West. Ed.Interamericana. México. 1975.
- Química Clínica: Bases y Técnicas. R.J. Henry, D.C. Cannon y J.W. Winkelman. Tomo I. 2a Ed. Jims. Barcelona.
España.1980.
- Lehninger Principles of Biochemistry. David L. Nelson & Michael M. Cox. Worth Publishers. 3º Ed. NY. USA.2000.
- Spectrophotometry and Spectrofluorometry A practical Approach. Edited by Michael G. Gore. Ed. Oxford University
Press. Inc. NY. USA. 2000.
- Experimentación en Química General. Joaquín Martínez Urreaga; Adolfo Narros Sierra; María del Mar de la Fuente
García-Soto. Ediciones Paraninfo, S.A.
- Análisis Químico Cuantitativo. Daniel C. Harris. Editorial Reverté.
- Química Analítica Moderna. W. F. Pickering. Editorial Reverté.
- Química Analítica Cuantitativa. Day, R. A., and A. L. Underwood. Edición Prentice Hall Hispanoamericana.
- Química Analítica. Higson S. McGraw-Hill.
- Química Analítica. Skoog, West, Holler. Cengeage Learning, 2001.
- Instrumentación química: estudio sistemático del análisis instrumental. Strobel, Howard A. Limusa Wiley. 1968.
- Química analítica cualitativa. Martí, Fernando Burriel. Editorial Paraninfo, 2002.
- Análisis químico cuantitativo. Kolthoff, I. M. I. M No. 545 ANA. 1976.
- Principios de análisis instrumental. Skoog, Douglas A., F. James Holler, and Timothy A. Nieman. (2001): 11-19.
- Métodos instrumentales de análisis en química clínica. Bender, Gary T. Acribia, 1992.
- Métodos instrumentales de análisis. Willard, Hobart H. Merritt, et al. No. QR148 W71e. 1991.
- Espectroscopia. Browning, David Robert, María Xirau Vayreda, and Francisco Moreno Martín. Toray-Masson SA,
1971.
43
PROTEÍNAS
Trabajos prácticos 3 y 4
TRABAJO PRACTICO Nº 3
Los problemas deberán ser resueltos por los alumnos antes de concurrir a la clase. En caso de necesitar aclarar
dudas, los docentes estarán disponibles en sus horarios de consulta en la cátedra. Los alumnos serán evaluados
al final del TP (evaluación escrita) y durante el desarrollo de la experiencia práctica (evaluación oral), sobre los
contenidos que se encuentran en la guía de TP.
Deberán concurrir con guardapolvo, gafas, guantes, cabello recogido y calzado cerrado.
OBJETIVOS
- Conocer los fundamentos teóricos de las técnicas utilizadas en la purificación y caracterización de
proteínas.
- Valorar la importancia del dominio de diferentes técnicas y del conocimiento acerca de las características
particulares de la proteína a purificar, para poder aplicarlos con criterio.
- Adquirir y aplicar herramientas teóricas para la resolución de los problemas planteados.
INTRODUCCIÓN
Las proteínas constituyen uno de los grupos de moléculas biológicas más importantes en cuanto a su
diversidad de funciones: catálisis, de movimiento, de recepción de información, de almacenamiento o de
respuesta inmune, entre otras. Las proteínas son macromoléculas lineales constituidas por la unión covalente
de aminoácidos. Estas estructuras lineales se pliegan adquiriendo una estructura tridimensional particular
(estructuras secundaria y terciaria) que determinará su función. La secuencia de aminoácidos de la proteína
(estructura primaria) está determinada a su vez por la información genética contenida en la secuencia de
nucleótidos de los ácidos nucleicos de un organismo (en general el ADN, en el caso de algunos virus puede
ser ARN). Algunas proteínas sufren la adición de residuos no aminoacídicos (modificaciones
postraduccionales) que también modulan su estructura y función.
La proteómica, ciencia que relaciona las proteínas con su estructura y función, estudia el conjunto de
proteínas (proteoma) que se expresan en la célula a partir del genoma en un momento dado. Esto permite
tener una imagen de todas las proteínas expresadas en un determinado momento y bajo determinadas
condiciones ambientales. Permite identificar aquellas proteínas cuya presencia, ausencia o alteración está
relacionada con diferentes condiciones metabólicas y/o patológicas, correlacionándolas con diferentes
estadios fisiológicos o patológicos.
45
La enorme complejidad del proteoma de los organismos vivos obliga al empleo de diversas técnicas
para separar las proteínas. Muchas de estas técnicas, como la cromatografía líquida y la electroforesis entre
otras, permiten tanto la separación de proteínas (purificación) como su caracterización.
Durante la separación de las proteínas es importante poder cuantificar el rendimiento del proceso de
purificación de las proteínas de interés, es decir medir cuánto de la proteína de interés nos va quedando en la
muestra en cada paso de purificación. Normalmente, es inevitable que la purificación se consiga a expensas
de la cantidad: mientras más pura resulta nuestra proteína más proteína habremos perdido en el proceso. Para
cuantificar la cantidad de proteína en cada muestra se utilizan diferentes técnicas espectroscópicas
(fluorescencia, espectrofotometría).
El análisis de la estructura y de la actividad de las proteínas nos permitirá relacionar cambios en
estos dos parámetros con condiciones fisiólógicas o patológicas.
PROCESO
ANÁLISIS DE ANÁLISIS DE
PURIFICACIÓN CUANTIFICACIÓN
ESTRUCTURA ACTIVIDAD
Fraccionamiento subcelular
Actividad
por centrifugación diferencial Espectrofotometría Espectrofluorimetría
enzimática
y por gradiente de sacarosa.
Unión de
Precipitación salina. Espectrofluorimetría Dicroismo circular
radioligandos
Formación de
Diálisis. ELISA RMN
complejo Ag-Ac
Cromatografía de filtración Conductancia a
FT-IR
por gel. iones
Cromatografía de intercambio
MALDI-MS
iónico.
Cromatografía de afinidad. Secuenciación
Cromatografía líquida de alta
Perfil hidropático
presión (HPLC).
Electroforesis en geles. Difracción de rayos X
Isolelectroenfoque y Comparación de
electroforesis bidimensional. secuencias.
Note que cada cada columna muestra un listado es independiente de técnicas para cada fin (purificar, cuantificar,
analizar, etc).
46
PROBLEMAS
1- Una disolución de una proteína cuya secuencia incluye tres residuos de triptofano (Trp), sin residuos de
tirosina, ni de fenilalanina, tiene una absorbancia de 0,1 a 280 nm en una celda de 1 cm de paso óptico.
Obtener la concentración de la proteína en unidades de molaridad. Si la proteína tiene una masa molecular
de 100 kDa, calcular la concentración en miligramos de proteína por mililitro de disolución. trp =3400
cm-1.M-1.
2- Determinación del tamaño. Las movilidades electroforéticas relativas de una proteína de 30 kDa y una de
92 kDa utilizadas como estándar en un gel de SDS-poliacrilamida son, respectivamente, 0,8 y 0,41. ¿Cuál
es la masa aparente de una proteína que tiene una movilidad de 0,62 en este gel?
3- Elegir la columna. El octapéptido AVGWRVKS se digirió con tripsina. (a) ¿Sería el intercambio iónico o
la exclusión molecular la técnica más apropiada para separar estos productos? ¿por qué? (b) Suponer que
el péptido se digiere con quimiotripsina. ¿Cuál sería la técnica de separación óptima? ¿por qué?
Datos: La tripsina corta del lado carboxilo de los residuos arginina y lisina, mientras que la quimiotripsina
lo hace del lado carboxilo de los residuos tirosina, triptofano, fenilalanina, leucina y metionina.
Ruptura enzimática
tripsina Lado carboxilo de los residuos lisina y arginina
clostripaína Lado carboxilo de los residuos arginina
Proteasa de Staphylococcus Lado carboxilo de los residuos aspartato y glutamato
(el glutamato solo en ciertas condiciones)
trombina Lado carboxilo de los residuos arginina
quimiotripsina Lado carboxilo de los residuos tirosina, triptofano,
fenilalanina, leucina y metionina.
Carboxipeptidasa A Lado amino del aminoácido C-terminal (salvo
arginina, lisina y prolina)
47
5- La tropomiosina, una proteína muscular de 93 kDa , sedimenta más lentamente que la hemoglobina (65
kDa). Sus coeficientes de sedimentación respectivos son 2,6 S y 4,31 S. ¿Cuál es la carácteristica
estructural responsable de su lentitud en la sedimentación?
6- Suponga que desea purificar por cromatografía de intercambio iónico una enzima del metabolismo del
ADN, cuyo sustrato es precisamente ADN, con el cual interactúa elestroctáticamente. ¿Seleccionaría una
resina de intercambio aniónico o catiónico? ¿Por qué?.
7-La cromatografía de filtración en gel o de tamiz molecular es un método de separación proteica basado en
el tamaño (o, más precisamente, en el radio hidrodinámico) de las moléculas. Una solución proteica se
“siembra” en una columna conteniendo pequeñas esferas de polímeros entrecruzados (por ej. Sephadex),
empaquetadas y suficientemente hidratadas4. Este soporte funciona como un filtro al revés, donde las
moléculas más grandes migran más rápido y salen de la columna antes que las pequeñas.
Una segunda técnica de separación de proteínas es la electroforesis. Existen muchos tipos de
electroforesis. En todos los casos, las proteínas, colocadas en un soporte (gel, papel, etc) se exponen a un
campo eléctrico externo. Si el soporte es un gel de poliacrilamida y el proceso se realiza en presencia de
un agente desnaturalizante, el dodecil sulfato de sodio (SDS) la técnica se denomina PAGE-SDS. En este
caso las moléculas proteicas se separan por tamaño (Las más pequeñas migran más rápidamente). (El
SDS desnaturaliza las proteínas uniéndose a ellas en forma no específica confiriéndoles carga negativa y
en una proporción definida según el PM de la proteína, con lo cual la partícula que migra (complejo
proteína-SDS) mantiene una relación carga/masa definida que se mantiene constante a lo largo de la
corrida).
Ambos procedimientos separan a las proteínas según el tamaño y utilizan polímeros entrecruzados
como medio de soporte. ¿Cómo es posible que en la filtración en gel las moléculas pequeñas se retarden
con respecto a las mayores, mientras que en electroforesis en gel de poliacrilamida ocurra lo contrario?
4 Las proteínas de tamaños diferentes varían en su capacidad de penetrar los poros hidratados de las esferas. Las proteínas
pequeñas lo hacen con mayor probabilidad que las grandes por lo cual, recorren un camino más lago y, a medida que bajan en
la columna se van retrasando respecto a las proteínas de mayor tamaño las que tienen menor probabilidad de ingreso a los poros
del gel.
48
9- ¿Haciendo más enzima? Durante la purificación de una enzima un investigador realiza un paso de
purificación que produce un incremento en la actividad total dando un valor mayor que el que está
presente en el extracto crudo. Explicar cómo se puede incrementar la actividad total.
10- Suponga que está desarrollando una marcha de purificación para obtener una enzima soluble propia
del citoplasma de las células hepáticas de rata. Inicialmente se desea evaluar el rendimiento del
primer paso del proceso que consiste en una centrifugación a 1000g durante 15 min de un
homogenato de tejido hepático. (Fracción H) separando sus componentes en un precipitado llamado
Pellet (Fracción P1 y en un sobrenadante (Fracción S1). Para ello es necesario cuantificar proteinas y
actividad enzimática por lo que se tomaron alícuotas de 0.5 ml de las Fracciones H y S1 y se
diluyeron hasta un volumen final de 4.5 ml con agua bidestilada obteniendose las Muestras H y S1
respectivamente. Por otra parte la fraccion P1 fue resuspendida en 10 ml de agua obteniendose la
Muestra P1.
El siguiente esquema resume el protocolo aplicado:
Centrifugación
Fracción
Fracción Sobrenadante 1 (S1) Muestra S1
1000 x g
Homogenato (H) 0.5 ml de S1 en 4 ml
(10 min) (Vol. Recuperado= 4 ml)
de agua (Vol.
0.5 gr de tejido en 5 ml Final= 4.5 ml)
de buffer
Fracción Pellet 1 (P1)
Muestra P1
(Vol. Recuperado= 0.5 ml) P1 resuspendido en
Muestra H 10 ml de agua (Vol.
0,5 ml de H en 4 ml Final= 10 ml)
de agua (Vol. Final=
4,5 ml)
En la Tabla 1 se muestran los valores obtenidos para la concentración de proteínas y producto formado
de las Muestras. Para cuantificar proteínas se autilizó el Método de Biuret. La cuantificación del
producto formado durante 15 min de reacción, se realizó en un sistema que contenía 0,1 ml de Muestra
en 5,5 ml finales.
Tabla 1
µmoles de
mg mg prot en la µmoles de Actividad en
Muestra Producto en la
prot/ml Muestra Producto la Muestra
Muestra
Muestra H 3,19 0,109
Muestra S1 1,50 0,098
Muestra P1 1,72 0,008
49
Tabla 2
Actividad
Actividad
Proteína específica Nivel de Rendimiento
Fracción total
total (mg) mol/min/mg purificación (%)
mol/min
proteína
H
S1
P1 -- --
a) Complete la Tabla 1 calculando los mg de proteína y µmoles de producto presentes en el volumen total
de cada Muestra y la Actividad de la enzima en cada Muestra.
b) Calcule los valores de proteína total y actividad total en cada Fracción y complete la Tabla 2.
c) En que fracción se recuperó la mayor cantidad de enzima? Por qué?
d) Según los datos mostrados, la centrifugación a 1000 g por 15 min permite purificar la enzima hepática?
BIBLIOGRAFÍA ESPECÍFICA
Lehninger Principles of Biochemistry. David L. Nelson & Michael M. Cox. Worth Publishers. 3º Ed. NY.
USA.2000
Stryer L, Berg, JM y Tymoczko, JL. Bioquímica, Ed. Reverté SA, 5ºEd. España 2003.
50
TRABAJO PRACTICO Nº 4
No olvidar concurrir con guardapolvo, gafas, guantes, cabello recogido y calzado cerrado. Los alumnos serán evaluados
al final del TP (evaluación escrita) y durante el desarrollo de la clase (evaluación oral), sobre los contenidos que se
encuentran en la guía de TP.
OBJETIVOS:
- Adquirir destreza en el manejo de técnicas de laboratorio para purificación de proteínas
- Obtener una fracción enriquecida en fosfatasa ácida, la cual será utilizada en las actividades prácticas de
cinética enzimática.
El objetivo principal de cualquier método de purificación es obtener una sustancia de interés aislada
del resto de compuestos presentes en la muestra original. El rendimiento (o porcentaje de recuperación)
alcanzado durante el proceso de purificación, es la relación entre la cantidad total de la sustancia de interés
obtenida respecto a la cantidad inicial de la misma. El proceso de purificación a partir de muestras biológicas
puede resultar muy trabajoso debido a que estas muestras son mezclas extremadamente complejas de
sustancias químicas diferentes: lípidos, proteínas, hidratos de carbono, material genómico (ADN y ARN),
compuestos solubles, entre otros. Por esta razón, los protocolos de purificación suelen constar de diversos
pasos en los que se van eliminando sucesivamente diferentes sustancias, lo cual a su vez suele ser
acompañado de métodos de monitoreo del grado de purificación logrado en cada paso. En el presente
Trabajo Práctico se llevará a cabo una marcha de purificación con el objetivo de obtener una fracción
enriquecida en fosfatasa ácida, la cual será utilizada en las actividades prácticas de Cinética Enzimática.
Las fosfatasas son enzimas que catalizan la hidrólisis de uniones ésteres de fosfato. Fosfatasa Ácida es
el nombre dado a todas las fosfatasas que tienen actividad óptima por debajo de un pH de 7.0. Éstas se
localizan fundamentalmente en los lisosomas.
Los lisosomas son estructuras esféricas rodeadas por una membrana. Podrían considerarse “bolsas de
enzimas” las que, en caso de liberarse, destruirían la célula. Una característica común entre ellos es que
contienen enzimas hidrolíticas que funcionan a pH ácido: se han identificado unos 40 tipos distintos de
enzimas hidrolíticas que degradan proteínas (proteasas), ésteres de sulfato (sulfatasas), lípidos (lipasas y
fosfolipasas) o fosfatos de moléculas orgánicas (fosfatasas),siendo la más común la fosfatasa ácida. El pH
interno del lisosoma es de aproximadamente 5 que es, asu vez, pH óptimo para la actividad de las enzimas
que se encuentran en su interior.
Para obtener la proteína de interés debemos fraccionar la célula y conocer o determinar cuál es la
fracción subcelular que está enriquecida en la proteína que nos interesa. Para esto, procederemos a diagramar
un protocolo de centrifugación diferencial que nos permita obtener la fracción celular enriquecida en la
proteína de interés.
En nuestro caso, la fosfatasa ácida se encuentra, como se mencionó anteriormente, en los lisosomas,
que se aislan en la fracción microsomal del protocolo de centrifugación diferencial.
51
Centrifugación
1000 x g
(10 min)
Sobrenadante 1
(S1) Pellet 1: fracción
Homogenato nuclear (P1)
(H)
Centrifugación
10000 x g
(20 min)
Sobrenadante 2: (S2)
Pellet 2: fracción
Lisosomas + Proteínas mitocondrial (P2)
solubles citosólicas
(S2)
PROTOCOLO
- Paso 1: cortar 0,5 gr hígado y resuspenderlo en 5 ml de buffer fosfato pH 7 + sacarosa 0,33 M (condiciones
isosmóticas), concentración de tejido de 10 % P/V
- Paso 2: homogeneización en frio.
- Paso 3: centrifugación a 1000xg (2800 rpm en la centrífuga del TP) durante 10 min.
- Paso 4: tomar el sobrenadante de la centrifugación anterior y someterlo a una nueva centrifugación durante
20 min. a 10000xg (8900 rpm en la centrífuga del TP).
- Material final: sobrenadante.
Las distintas alícuotas serán diluidas en condiciones hipo-osmóticas de acuerdo al siguiente esquema:
Alícuota
Fracción Agua bidestilada Volumen total
de la fracción
Homogenato 0,5 ml 3,5 ml 4 ml
ESQUEMA DE DILUCIONES
Esquema adaptado de la monografía presentada a esta materia por la alumna Antonella C. Gerbaldo (2015).
53
RESULTADOS
Cuantificación de Proteínas
mg proteína en la
Tubo Absorbancia [Proteinas] (mg/ml)
Muestra
Muestra Testigo
Muestra H
Muestra P 1
Muestra S1
Muestra P2
Muestra S2
54
Actividad Enzimática
Tubo No Absorbancia moles de P moles de P/min
Muestra H
Muestra P1
Muestra S1
Muestra P2
Muestra S2
Tabla de Purificación
Procedimiento de Proteína Actividad
Actividad específica Nivel de Rendimiento
purificación total total
(moles/min/mg prot) purificación (%)
(Fracciones) (mg) (moles/min)
Homogenato
1 100
(H)
Pellet
Centrifugacion
1000g x 10 min (P1)
Sobrenadante
Centrifugacion
1000g x 10 min (S1)
Pellet
Centrifugación
10000g x 20 min
(P2)
Sobrenadante
Centrifugación
10000g x 20 min
(S2)
CONCLUSIONES
BIBLIOGRAFÍA
- Lehninger Principles of Biochemistry. David L. Nelson & Michael M. Cox. Worth Publishers. 3º Ed. NY.
USA.2000
- Stryer L, Berg, JM y Tymoczko, JL. Bioquímica, Ed. Reverté SA, 5ºEd. España 2003.
55
CINÉTICA ENZIMÁTICA
Trabajos Prácticos 5, 6 y 7
TRABAJO PRACTICO Nº 5
Los problemas deberán ser resueltos por los alumnos antes de concurrir a la clase. En caso de necesitar aclarar
dudas, los docentes estarán disponibles en los horarios de consulta en la Cátedra. Los alumnos serán evaluados al
final del TP (evaluación escrita) sobre los contenidos que se encuentran en la guía de TP.
OBJETIVOS
- Conocer el mecanismo por el cual transcurren las reacciones catalizadas por enzimas.
- Comprender cómo influyen las variables tiempo de incubación, concentración de enzima, concentración de
sustrato, temperatura, pH, y la presencia de inhibidores sobre la velocidad inicial y la cantidad de producto
formado en reacciones catalizadas por enzimas “Michaelianas”.
- Interpretar el significado de las constantes cinéticas KM y Vmax.
- Valorar la importancia del trabajo prolijo y ordenado para la obtención de resultados confiables.
CONCEPTOS TEÓRICOS
Todas las reacciones químicas pueden ser descriptas en términos de su estado de equilibrio y de su cinética.
La condición de equilibrio ocurre cuando las concentraciones de reactivos y productos permanecen
constantes en un sistema cerrado. El estado de equilibrio está caracterizado por la constante de equilibrio
(K) (ec.1), la cual relaciona las concentraciones de los reactivos y productos en el equilibrio ([A]eq y [B]eq).
A su vez, el valor de K está relacionado directamente con la energía libre de Gibbs estándar (G0’) (ec.2),
cuyo valor es una referencia y permite predecir la dirección en la que la reacción transcurrirá
espontáneamente si ocurre en condiciones estándar (concentraciones 1M para A y B, T=25°C, P= 1 atm).
.A k1 B (a) K
B (ec. 1) Gº' = - RT ln K (ec. 2)
k-1 A
Si las condiciones no son las estandar, la dirección en la que transcurrirá la reacción se define mediante ∆G
(ec.3) el cual depende de los valores de concentración y temperatura reales a los que ocurre el proceso.
𝐵
∆𝐺 = ∆𝐺°′ + 𝑅𝑇 ln (eq.3) ∆G<0 indica cambio espontáneo en la dirección planteada
𝐴
Teniendo en cuenta las ecuaciones 2 y 3, vemos que el valor de K da una idea de la dirección y magnitud en
que ocurriría la reacción alejada del equilibrio.
La cinética de una reacción es la descripción de la velocidad y del mecanismo por el cual la reacción
llega al estado de equilibrio y está caracterizada por las constantes de velocidad, k1 y k-1 (a).
Una reacción con un valor grande de K implica que la formación del producto B está muy favorecida en
términos energéticos, sin embargo, la velocidad a la cual A se transforma en B puede ser muy lenta, tardar
años o cientos de años, o necestitar condiciones de presión y temperatura extremas para que ocurran en una
escala de tiempo observable. La velocidad de la reacción aumenta con la temperatura, ya que aumenta la
fracción de moléculas que tiene una energía cinética suficiente (energía de activación) para transformarse en
productos (Fig. 1A). La cinética de la reacción estará condicionada por la magnitud de la barrera de energía
57
necesaria para pasar de reactivos a productos la que se denomina energía de activación (∆G‡), que como se
observa en la figura 1B puede ser disminuida por la presencia de un catalizador teniendo como resultado un
aumento en la velocidad de reacción.
A B
Fig.1 A: Efecto de la temperatura sobre la distribución del número de moléculas en función de la energía. B: Efecto
de un catalizador sobre la energía de activación de la reacción (∆G‡).
La mayoría de las reacciones biológicas transcurren lentamente si no son catalizadas. Las enzimas son
catalizadores biológicos, en la mayoría de los casos de naturaleza proteica y en esencia, catalizan reacciones
mediante la estabilización del/de los estados de transición, disminuyendo así la energía de activación
necesaria para transformarse en producto.
En consecuencia, la velocidad de la reacción aumenta (aumenta la fracción de moleculas con energía igual
o superior a ∆G‡) y aunque el equilibrio de esas reacciones no cambia, es alcanzado rápidamente.
Para el caso de reacciones catalizadas por enzimas ¿Cómo cree que afectará el aumento de la
temperatura en la cinética de la reacción? ¿Por qué?
El esquema más sencillo para representar una reacción catalizada por una enzima es el siguiente: Una
determinada enzima (E) se combina con un determinado sustrato (S) formando un complejo enzima-sustrato
(E-S) el cual se descompone para dar el producto (P) y enzima libre (E):
k1 k2
E + S ES E + P
k-1 k-2
La naturaleza proteica de las enzimas determina que varios factores tales como: a) la temperatura del medio,
b) el pH, c) la concentración de enzima, d) el tiempo de incubación y e) la concentración de sustrato,
influyan en el transcurso de la reacción.
Actividad
Temperatura
b) EFECTO DEL PH DEL MEDIO DE INCUBACIÓN: Cambios moderados en el pH afectan el estado iónico de
la enzima y con frecuencia también del sustrato. Muchas de las enzimas conocidas presentan actividad
máxima a pH fisiológico (entre pH 5 y pH 9), por ejemplo la tripsina, la β-galactosidasa (Fig.3), sin embargo
algunas enzimas como la pepsina (Fig.4) tiene su óptimo a valores de pH bastante alejados de dichos límites.
A valores extremos de pH se produce desnaturalización de la enzima.
Actividad
Actividad
6 8 10 2 4 6
pH pH
Fig. 3. Actividad de la tripsina a distintos pH. Fig. 4. Actividad de la pepsina a distintos pH.
¿Cómo se obtiene la velocidad de formación de producto a cada tiempo a partir de las curvas?
La Fig. 5 muestra que a un valor de tiempo corto la cantidad de producto formado es mayor cuanto mayor
es la concentración de enzima.
Esto se evidencia claramente en la Fig.6 donde se grafica la velocidad de formación de producto en función
de la concentración de enzima, [E], si se toma la [P] a un mismo valor de tiempo. A una concentración inicial
de sustrato [S] constante, y en un rango de baja [E], la velocidad de formación de producto aumenta en forma
directamente proporcional a [E], es decir que toda la enzima que se incorpora al sistema tiene la posibilidad
de reaccionar con el sustrato y formar producto (Fig. 6). La velocidad en función de la [E] en este rango de
baja [E] puede ser explicada por la ecuación de una recta y se denomina velocidad inicial, V0 (ver modelo de
Michaelis Menten, más adelante)
59
Sin embargo cuando [E] es alta la velocidad de la reacción tiende a permanecer constante a pesar de que [E]
aumente.
Concentración de enzima E
óptima para trabajar a V0
Fig. 5. Formación de producto en función del tiempo Fig. 6. Velocidad de reacción en función de
con concentraciones crecientes de enzima y una [S] la concentración de enzima.
inicial constante
Tiempo
V0 V0, max
Fig. 8. Velocidad de reacción en función de
la concentración de sustrato.
k1 k2
E + S ES E + P
k-1
Debido a que la etapa limitante de la reacción es la conversión del complejo E-S hacia producto y enzima…
¿Cuál es la ecuación de velocidad catalítica de la reacción?
Teniendo en cuenta que para la aplicación del modelo de M-M la velocidad se mide en condiciones de estado
estacionario para el complejo E-S, repase la deducción de la ecuación de M-M.
Vmax.[S] (ec.4)
V0=
KM + [S]
Tambien se pueden representar los valores de V0 para dis tintas [S] con sus correspondientes recíprocos, 1/
V0 y 1/[S] y construir una representación gráfica de dobles recíprocas o de Lineweaver-Burk. Este gráfico
permite identificar más facilmente los recíprocos de los parámetros cinéticos, KM y Vmax (Fig. 9b).
61
Vo
(a) 1
Vo
Vmax (b)
Vmax 1
2 Vmax
KM [S] 1
1
KM [S]
A partir de estos gráficos se pueden determinar los parámetros cinéticos que caracterizan a una enzima: KM
(constante de Michaelis) y Vmax (velocidad máxima), para un sustrato y en condiciones determinadas.
Vmax.[S]
V=
KM + [S]
KM: este valor corresponde a la concentración de sustrato necesaria para alcanzar una velocidad igual a la
mitad de la Vmax y esta relacionada inversamente con la afinidad de la enzima por el sustrato
Vmax: es la velocidad que se alcanza cuando la enzima está saturada con sustrato (a altas concentraciones de
sustrato).
GUÍA DE ESTUDIO
1-Concepto de catalizador.
2-Enzimas. Características. Sitio activo de una enzima: características. Cofactor. Coenzima. Holoenzima
3. Clasificación de enzimas.
4. Ubicación de las enzimas en la célula.
5. ¿Alteran las enzimas el equilibrio de la reacción?
6. ¿Cómo se mide la concentración de una enzima?
7. ¿Qué es la actividad específica de una enzima y en qué unidades se expresa?
8. Factores que influyen en una reacción catalizada por enzimas.
9. Función de Michaelis Menten. Representación gráfica.
10. Velocidad inicial. Velocidad máxima. Unidades.
11. ¿Porqué se debe trabajar a velocidad inicial?
12. KM. Unidades. ¿Cómo se determina?
13. Ecuación de Lineweaver-Burk. Representación gráfica.
14. Inhibición reversible e irreversible, concepto. Inhibidores competitivos y no competitivos, concepto.
¿Cómo se diferencian? ¿cómo son las curvas de las directas e inversas de la velocidad en función de la
concentración de sustrato?
15. Reacciones bisustrato.
16. Enzimas alostéricas. Modelos.
62
PROBLEMAS
1-¿En las curvas de la Fig. 5, se ha llegado al equilibrio en todos los casos? ¿Cómo es la concentración de P
en el equilibrio? Si la concentración inicial de sustrato es 0.006 M, por qué la concentración de P nunca
llega a ese valor?
Tiempo
5. ¿Qué relación existe entre KM y la afinidad de una enzima por un determinado sustrato?
6. ¿Cuándo la concentración de sustrato es igual a KM, cual es el valor de la velocidad inicial? (resuelva
analíticamente)
7. ¿Qué relación exíste entre KM y la concentración de sustrato cuando la velocidad de la reacción catalizada
por la enzima alcanza el 80% de la Vmáx?
8. Se ha aislado una enzima dimérica que contiene dos centros de activos idénticos. La unión del sustrato a
un centro activo disminuye la afinidad por el sustrato del otro centro activo. ¿Qué modelo alostérico se
ajusta mejor a esta cooperatividad negativa (concertado o secuencial)?
9. Para medir la actividad catalítica de la fosfatasa ácida de higado de rata, la preparación enzimática fue
obtenida homogenizando 0.5 g de hígado en 10 ml de buffer. Se incubaron 0.2 ml de la preparación
enzimática a pH 5 y 37ºC en presencia de Ca++ durante 6 min., en un volumen de 0.4 ml de sustrato. Para
detener la reacción se agregó 3,4 ml de NaOH. Calcule los moles de producto formado por min. y por
mg de tejido, sabiendo que la absorbancia fue 0.2, : 17500 M-1 cm-1.
10. Se incubaron 200 l de una preparación enzimática (0,3 mg proteínas/ml) en presencia de 0,5 ml del
sustrato correspondiente y de 0,5 ml de buffer pH 5, durante 15 min. a una temperatura constante de 37ºC.
La reacción se detuvo por dilución del incubado hasta un volumen final de 10 ml con NaOH 0,1 M. La
absorbancia de esta solución fue 0,215. Calcular los moles de producto formado por min, y por mg de
proteínas. Solución testigo 2 M Abs. 0,15.
63
11. La trehalasa cataliza la hidrólisis de la trehalosa, en determinadas condiciones (pH 7, 30ºC). Una muestra
de trehalasa presenta un valor de Vmáx de 1.5 mol de glucosa formada por minuto por mg de proteína.
¿Cuál será el valor de Vmáx para la misma preparación enzimática, pero en presencia de 5 mmoles de
trehalosa 6-fosfato el cual es un inhibidor competitivo con Ki = 2mmol/ml?
12. Pseudomonas aeruginosa cultivada en un medio de acetato posee una enzima que puede hidrolizar la
propionamida.
CH3CH2CONH2 + H2O -----------------> CH3CH2COOH + NH3
los estudios de velocidad inicial en los que se midió la producción de amoníaco a partir de la
propionamida a pH 7 y 37oC demostraron que la urea inhibe esta reacción. Examinando los efectos de dos
concentraciones diferentes de urea sobre un rango de concentraciones de propionamida se obtuvieron los
siguientes resultados:
VELOCIDAD INICIAL
(µmoles de NH3 liberados/min/mg de proteína)
[Propionamida]
CON INHIBIDOR (Urea)
SIN INHIBIDOR
1 mM 2mM
5 160 111 76
6.7 194 140 95
10 263 183 123
20 400 279 188
50 576 400 277
Determinar la KM para las diferentes condiciones. ¿Actúa la urea como un inhibidor competitivo o no
competitivo?
13. A partir de los siguientes datos correspondientes auna reacción enzimática, determinar:
a. El tipo de inhibición
b. La KM
VELOCIDAD INICIAL
Concentración de S (µg de producto formado/hora)
(mM)
Sin inhibidor Con inhibidor 6 mM
2 139 88
3 179 121
4 213 149
10 313 257
15 370 313
14. Realice el protocolo de trabajo para determinar los parámetros cinéticos de la fosfatas ácida. Incluya en el
protocolo el uso de un inhibidor de fosfatasa ácida como (tartrato de sodio) para evaluar el tipo de
inhibición que ejerce sobre la enzima.
Tenga en cuenta cual es la variable independiente y que factores se deberán mantener constantes.
64
TRABAJO PRACTICO Nº 6
No olvidar concurrir con guardapolvo, gafas, guantes, cabello recogido y calzado cerrado. Los alumnos serán
evaluados al final del TP (evaluación escrita) y durante el desarrollo de la clase (evaluación oral), sobre los
contenidos que se encuentran en la guía de TP.
Reacción Enzimática
HO Paso nº 1 Paso nº 2
P O
O OH O-
OH
-
Enzima -3
OH
+ + Enz + PO4 + H2O
H
O2N O2N
O2N
I. CURVA DE TIEMPO
OBJETIVOS
- Medir la formación de producto en función del tiempo de incubación.
- Determinar rango de tiempo (t) donde la variación de [P] vs. t sigue la ecuación de una recta.
Es decir, se determinarán las condiciones óptimas de tiempo de incubación, que garanticen condiciones de
V0. Note que este valor de “tiempo óptimo” de incubación será el que se aplique en el experimento para
determinar los parámetros cinéticos.
El sustrato, p-nitrofenilfosfato disódico, es una reactivo artificial que tiene la propiedad de ser hidrolizado
por la fosfatasa ácida del hígado y de otros tejidos, por ello puede ser usado para estudiar dichas enzimas.
La reacción se mide registrando la cantidad de producto formado, el p-nitrofenol, a distintos tiempos. Para
esto, se incuba el sustrato en presencia de la enzima purificada o de homogenato de tejido conteniendo la
enzima (Paso nº 1). Una vez transcurrido el tiempo establecido, la reacción se detiene por medio del
agregado de una base fuerte (NaOH) la cual, además de inhibir la actividad enzimática debido al cambio de
pH, induce una disociación total del p-nitrofenol a p-nitrofenolato (Paso nº 2). La concentración de esta
última especie química se puede medir mediante espectrofotometría en un medio alcalino a 410 nm
(Coeficiente de extinción molar: 17500) (ref. Methods in Enzimology ed. Colowick-Kaplan vol. XXXI).
65
MATERIALES Y MÉTODOS
Preparación de la enzima:
Homogeneizar (en homogeneizador a émbolo) 0.25 g de hígado en 15 ml de agua destilada. Dejar en baño de
hielo durante 10 min. En esas condiciones hipo-osmóticas, se rompen los lisosomas que contienen la enzima,
la cual queda soluble. Luego, llevar la suspensión a 30 ml con buffer acético- acetato de sodio, pH 5 y 0,2 M.
La suspensión queda con una concentración de 1 mg de proteína por ml (1mg/ml).
Sistema de incubación:
Contiene cantidades variables de los siguientes componentes:
Sustrato: p-nitrofenilfosfato, 25 mM. PM 371,12.
Buffer: acido acético- acetato de sodio, pH 5, 0,1 M.
Enzima: homogeneizado de hígado 1 mg de proteína / ml.
Activador: Cl2Ca 11 mM.
Inactivador: NaOH 0,1 M.
Recomendaciones:
Colocar en un tubo todos los componentes menos la enzima. La reacción comienza con el agregado de la
enzima y la incubación a 37°C. Mezclar rápidamente y continuar la incubación durante un tiempo que se
indicará en cada caso. La reacción se detiene por el agregado de 5 ml de NaOH 0,1 M. El álcali, por un lado
inactiva a la enzima y por otro provee el medio alcalino necesario para que el producto (p-nitrofenol)
desarrolle color. Es importante preparar una muestra denominada tiempo cero de incubación. Esta muestra
contiene los mismos componentes que las muestras problema pero en ella la enzima se agrega después que
el NaOH. Esta muestra se usa como blanco para el espectrofotómetro.
PROTOCOLO:
Muestra No sustrato l Cl2Ca l buffer l enzima l tiempo
(min)
1 100 (5 mM) 100 250 100 (0,1 mg
prot)
2
3
4
5
Blanco
Incubar a 37°C. Al cabo del tiempo de incubación frenar la reacción agregando 5 ml de NaOH 0.1 M. En el
blanco la enzima debe añadirse después del alcali. Leer la absorbancia a 410 nm usando el espectrofotómetro
y calcular los µmoles de producto formado.
66
RESULTADOS
Tubo No Absorbancia µmoles de P µmoles de P/min
1
2
3
4
5
Curva de Tiempo
Conclusión:
OBJETIVOS
- Evaluar la variación de la velocidad de formación de producto en función de la concentración de la enzima.
- Determinar el rango de [E] donde la variación de V vs. [E] responda a la ecuación de la recta.
Es decir, se determinarán la concentración de enzima óptima (que permita alcanzar condiciones de V 0) que
será usada luego para determinar KM y Vmax.
67
PROTOCOLO:
Suspensión de enzima
Sustrato 5mM Cl2Ca Buffer
Muestra
(l) (l) (l) Volumen (l) Masa proteína (mg)
Incubar a 37°C durante 10 minutos. Frenar la reacción agregando 5 ml de NaOH 0.1 M. En el blanco la
enzima debe añadirse después del álcali. Leer la absorbancia a 410 nm en el espectrofotómetro y calcular los
moles de producto formado.
RESULTADOS
Muestra No Absorbancia µmoles de P µmoles de P/min
1
2
3
4
5
Conclusión:
68
OBJETIVO
Determinar los valores de KM y Vmáx de la fosfatasa ácida de hígado. Determinar el tipo de inhibición que
induce tartrato de sodio sobre la fosfatas ácida.
Análisis de datos:
a) Calcular las inversas de las concentraciones de sustrato indicadas en el Protocolo.
b) Calcular las inversas de la masa de producto (moles) formado en cada muestra.
c) Graficar 1/Vo en función de 1/[S].
d) Determinar los valores de KM y Vmáx.
PROTOCOLO
Inhibidor
Disolución de Sustrato Suspensión Tiempo de
CaCl2 Buffer o Buffer
Muestra de enzima Incubación
(l) (l) (l)
(l) (min)
Volúmen
[S] (mM)
(l)
1 2.5 50 100 200 50
2
3 ESTIMADO ESTIMADO
4 EN: TP6 EN: TP6
5
blanco
Incubar a 37°C según el tiempo determinado en TP 8. Luego agregar a cada tubo 5 ml de NaOH 0.1 M. En el
blanco la enzima se añade después del alcali. Leer en el fotocolorímetro a 410 nm y calcular los µmoles de P
formado.
RESULTADOS
Curva de Saturación
Sin Inhibidor Con Inhibidor
Mues Absorbancia moles moles de Absorbancia moles de P moles de
tra No de P P/min P/min
1
2
3
4
5
69
1
2
3
4
5
CONCLUSIONES
70
TRABAJO PRÁCTICO Nº 7
OBJETIVOS
Exponer el trabajo cientifico de manera clara y prolija.
Responder individualmente a las preguntas formuladas por el docente.
GUÍA DE ESTUDIO.
Jung G.Y. and Stephanopoulos G. (2004). A functional protein chip for pathway optimization and in
vitro metabolic engineering. Science 304: 428-431.
1. Escriba la cita bibliográfica completa (busque en bases de datos tales como PubMed).
2. Optimización de vías metabólicas: a) ¿cuál es su interés?, b)¿dónde reside su dificultad?, ¿cómo puede
encararse?.
3. ¿Qué son los microarreglos?, ¿en qué contexto se comenzaron a desarrollar?.
4. ¿Cuál es el objetivo del presente trabajo?
5. ¿Cuál es la estrategia experimental elegida? (palabras clave: fusión RNA-proteína, polilisina, DNA,
hibridización).
6. ¿Cuáles son las dos reacciones acopladas que se usan para poner apunto el sistema experimental?. ¿Cuál es
la utilidad del DNA marcado con fluoresceína?. ¿Cómo se detecta el producto de estas reacciones
acopladas?. Describa los experimentos realizados para poner a punto la técnica (Figs. 1 y 2).
7. ¿Qué es la trehalosa y cuál es su importancia?
8. ¿Cuál es la vía metabólica a cuyo estudio se aplica la técnica desarrollada?
9. Describa la Fig. 3.
10.¿Cuáles son las conclusiones alcanzadas respecto al funcionamiento de esta vía metabólica? ¿Es posible
generalizar estas conclusiones a otras vías metabólicas?.
BIBLIOGRAFIA
. Stryer L, Berg, JM y Tymoczko, JL. Bioquímica, Ed. Reverté SA, 5ºEd. España 2003.
. Lehninger Principles of Biochemistry. David L. Nelson & Michael M. Cox. Worth Publishers. 3ºEd. NY.
USA. 2000.
. Harper H.A, Manual de química fisiológica. Ed. El manual moderno 1980
. Neilands J.B., Stumpf P.K., Principios de enzimología. Ed Aguilar. 1967.
. Morris J., Fisicoquímica para biólogos.
. Bezkorovainy, A, Rafelson M.E. Concise Biochemistry. Ed. Marcel Dekker, New York, 1996.
. Horton R.H, Moran L.A., Ochs R.S., Rawn J.D., Scrimgeour K.G. Pentice Hall, Hispanoamericana, SA.
México, 1995.
- Methods Enzimology ed. Colowick-Kaplan Vol. XXXI.
71
TRABAJO PRACTICO Nº 8
En caso de necesitar aclarar dudas, los docentes estarán disponibles en sus horarios de consulta en la cátedra. Los
alumnos serán evaluados al final del TP (evaluación escrita) y durante el desarrollo de la experiencia práctica
(evaluación oral), sobre los contenidos que se encuentran en la guía de TP.
Deberán concurrir con guardapolvo, gafas, guantes, cabello recogido y calzado cerrado.
OBJETIVOS
Valorar la importancia de la fotosíntesis como proceso necesario para la vida en el planeta
Conocer los procesos bioquímicos y termodinámicos involucrados en el proceso.
Comprobar algunos aspectos de la fotosíntesis por medio de experimentos.
INTRODUCCIÓN
La vida en la tierra depende de la energía derivada del sol, en este contexto la fotosíntesis es uno de
los procesos más importantes para la vida de todos los organismos de nuestro planeta ya que es un proceso
biológico que puede emplear esta energía solar para la sintesis de carbohidratos, a patir de dioxido de
carbono y agua, liberando oxigeno. La energía almacenada en las moléculas sintetizada es usada luego como
poder energético celular en la misma planta y además como recurso para el desarrollo de todas las formas de
vida, donde gran parte de los recursos energéticos del planeta son el resultado de la actividad fotosintética del
presente (Biomasa y Oxigeno) o del pasado (combustibles fósiles).
El concepto de fotosíntesis fue forjado a lo largo del tiempo, como fruto de observaciones,
generación de hipotesis e investigaciones, en un intento de comprender fenomenos naturales.
En la antigua Grecia, Aristóteles propuso que la luz solar estaba directamente relacionada con el
desarrollo del color verde de las hojas de las plantas, pero esta idea no trascendió en su época. También
Empédocles propuso que las hojas de las plantas asimilaban el aire pero no fue apoyado por Aristóteles, ya
que su discípulo Teofrasto pensaba que todo el sustento de las plantas provenía de la tierra. De hecho, estas
ideas no volvieron a ser recuperadas hasta el siglo XVII.
En 1648, Van Helmont desarrolló el primer experimento biológico relacionado a la nutrición o
crecimiento vegetal. El experimento consistía en determinar si el crecimiento ocurría a expensas del suelo en
que la planta crecía. Para ello, plantó un Sauce joven en una maceta que contenía suelo previamente pesado.
72
Luego de regarlo con agua durante cinco años determinó que el suelo no era el único elemento que
sustentaba la alimentación vegetal, porque durante todo ese tiempo el peso del suelo se mantuvo
aproximadamente constante, a pesar del notable incremento de peso de la planta (Fig. 1).
Peso de la planta
(solo raices y ramas):
Riego, 5 años 76.1 Kg
Peso de la maceta:
Maceta con tierra 89.9 Kg
(90 Kg peso seco)
+ planta joven (2,25 Kg)
Si el arbol no obtenia su masa desde el suelo, ¿de dónde se nutrían las plantas? Van Helmont
consideraba al aire y al agua como los elementos básicos del Universo, y concluyó que era el agua quien
desempeñaba un papel crucial en el crecimiento vegetal. A pesar de que Van Helmont fue tambien quien
propuso la existencia del dióxido de carbono luego de sus experimentos quemando carbón, no lo relacionó
con la causa del aumento de masa del vegetal, no estaba aún la idea de que las plantas incorporaran “aire”.
Recién en 1727, Stephen Hales, después de que se conocieran los estomas, hizo mención a las antiguas
hipótesis, y afirmó que el aire que penetraba por las hojas en las plantas era empleado por ellas como fuente
de alimento y observó que el agua absorbida por las plantas a través de las raíces era expulsada de nuevo en
forma de vapor por las hojas.
Joseph Priestley alrededor de 1774 demostró la producción de oxígeno por los vegetales y propuso que
este proceso era inverso al de la respiración animal. Llegó a esta conclusión luego de realizar un experimento
en el que introduciendo en una cúpula cerrada, una planta y un ratón, los dos lograban sobrevivir, en tanto
cuando colocaba al ratón en la cúpula, sin la planta, éste moría (Fig. 2). Lo mismo ocurría si se disponia en la
cúpula una vela encendida. A pesar de ser el descubridor del oxígeno en otros experimentos, no llamó al gas
producido por las plantas como Oxígeno sino que hablo del “aire deflogisticado”.
Casi dos siglos después de los experimentos de Van Helmont, en 1778, Jan Ingenhousz observó,
aparte de que las plantas también respiran, que las plantas sólo producen oxígeno en presencia de luz y no en
la noche y le permitió acuñar el término FOTOSÍNTESIS. También concluyó que la fotosíntesis sólo podía ser
llevada a cabo por las partes verdes de la planta (Fig. 3).
Fig. 3: Experiencias de J Ingenhousz. Observó los vegetales iluminados con luz solar liberan
aire cargado con oxígeno.
Hasta ese momento, se sabía que las plantas producían oxígeno y alimentos. En 1782 Jean Senebier
diseñó un experimento que le permitió aceptar la tesis de Ingenhousz acerca de que la luz era esencial para la
producción de oxígeno y además lo llevó a sospechar que el dióxido de carbono estaba relacionado con este
proceso.
La idea que las plantas necesitaban dióxido de carbono sólo fue comprobada doce años después en
1804 por Nicolas Theodore de Saussure (1804), quien comprobó cuidadosamente que el aumento de peso de
la planta está relacionado con el consumo de CO2 y de agua.
En 1932, Robert Hill concentró sus experimentos en la fotosíntesis y en la creación de oxígeno en los
cloroplastos, lo que condujo al descubrimiento de la “Reacción de Hill”. En 1937 logró demostrar que los
cloroplastos son capaces de producir oxígeno en ausencia de dióxido de carbono, uno de los primeros
indicios de que la fuente de electrones en las reacciones de la fase clara de la fotosíntesis es el agua. En su
experimento in vitro empleó un aceptor de electrones artificial, el 2,6 diclorofenolindofenol quien recibe los
electrones a la altura entre el FII y el FI, entre las plastoquinonas. Varios años más tarde, Severo Ochoa
demostró que el NADP+ es el aceptor biológico de electrones en los cloroplastos, según la siguiente
ecuación:
Luz
2H2O + 2NADP --------------- 2NADPH + 2H+ + O2
+
Estos son sólo algunos de los Investigadores que se interesaron y algunos de los experimentos que
permitieron arribar al concepto de fotosíntesis que conocemos hoy que nos permite entender como es el flujo
de la energía en los seres vivos de nuestro planeta.
A continuación se proponen 2 experiencias prácticas que permiten estudiar diferentes aspectos de la
fotosíntesis.
En una de ellas se reproduce la reacción de Hill. Como aceptor artificial de electrones se utilizará el
2,6 diclorofenolindofenol, el cuál presenta color azul en su estado oxidado (máxima absorsión a 600 nm) y es
incoloro en el estado reducido.
En otra experiencia se utilizará como modelo vegetal al alga Elodea (Elodea sp). En el caso de las
algas, éstas aprovechan el dióxido de carbono que se encuentra disuelto en el agua. Es sabido que el dióxido
de carbono participa en la siguiente reacción:
74
El consumo de dióxido de carbono por parte del alga desplazaría la reacción hacia los reactivos,
causando un aumento em el pH del sistema.
Se utilizará el indicador de pH Rojo Fenol para monitorear la reacción, el cual presenta color amarillo en su
forma protonada (pH ácido) y color rojo cuando se encuentra desprotonado (pH básico), siendo su intervalo
de viraje pH = 6.6 - 8.
Un indicador ácido-base o de pH es una molecula cuyas formas moleculares protonada y desprotonada
presentan distinto color. Cuando el indicador es añadido a una disolución, el color del indicador dependerá
de la forma molecular que se vea favorecida en el pH de la solución. Por ejemplo, Rojo Fenol.
OBJETIVOS:
1- Demostrar que durante el proceso fotosintético se libera O2 .
2- Demostrar que durante el proceso fotosintetico se consume CO 2.
MATERIALES:
Material vegetal: un trozo de Elodea (Elodea sp).
Solución de rojo de fenol.
Papel de aluminio.
Tubos de ensayo, tapones de goma atravesados por un tubo de 0,5 cm de diámetro, pipetas de 0,2 ml.
Fuente de luz blanca.
Soportes y gradillas.
PROTOCOLO
1. Preparar 2 tubos de la siguiente manera:Introducir en cada tubo de ensayo un trozo de Elodea que ocupe
al menos la mitad del largo del tubo.
2. Diluir la solución de Rojo Fenol provista con agua de la canilla hasta llegar a 50 ml.
3. Colocar 10 ml de solución de rojo de fenol diluida en dos tubos de ensayo e insuflar aire con una pipeta
hasta que la solución vire de color rojo a color amarillo (Ver Fig. 4).
4. Disponer los elementos en la manera indicada en la Fig. 5, teniendo en cuenta que desde el tubo de
ensayo hasta la pipeta graduada el sistema debe estar lleno de solución.
5. Marcar el nivel del líquido contenido en la pipeta.
6. Conectar la fuente de luz a 10 cm de distancia y observar la base del tallo de Elodea.
7. Exponer un tubo a la luz (Fig. 5) y cubrir el otro con papel de aluminio (oscuridad).
8. Observar los tubos y controlar el pH de la solución a los 45 min de iniciada la experiencia.
75
Fig .4 CO2
Fig. 5
Rojo Amarillo
Discusión:
Para discutir sus resultados tenga en cuenta las siguientes preguntas.
a) ¿Qué efecto produce el desprendimiento de oxígeno en el sistema?
b) ¿Qué función cumple el Rojo Fenol?
c) ¿Por qué el color vira a amarillo cuando se insufla dióxido de carbono?
d) ¿Cuál es la fuente de dióxido de carbono?
e) ¿Cambió el pH?
f) ¿Qué sucedería en el sistema si modificara la distancia entre la planta y la lámpara?
g) ¿Que sucede en el sistema en ausencia de luz?
OBJETIVO:
Demostrar el poder reductor derivado del proceso de fotosíntesis.
MATERIALES:
Material vegetal: hojas de espinaca (Spinacea oleracea) (50 g)
Solución de NaCl 0,035 M.
Solución de NaCl 0,35 M.
Solución de 2,6-diclorofenolindofenol 2,5 x 10-4 M
Licuadora o mortero
Atención: tanto el material vegetal como las soluciones que toman contacto con él deben mantenerse en frío
(0 - 4 oC) durante todo el proceso.
76
PROTOCOLO
1- Homogeneizar 50 g de material vegetal en 100 ml de NaCl 0,35 M. Filtrar por gasa doble, recoger en un
vaso y mantener en baño de hielo. Tomar 30 ml del homogeneizado y centrifugar a 1000 rpm durante 5 min.
Decantar y eliminar el precipitado de restos celulares. Centrifugar el sobrenadante a 4000 rpm durante 10
min. Separar el sobrenadante y resuspender el precipitado de tilacoides en NaCl 0,035 M (2.5 ml). Mantener
en baño de hielo.
Fig. 6
2,6 di-Cl-fenolindofenol
Discusión:
Para discutir sus resultados tenga en cuenta las siguientes preguntas.
a) ¿Porqué utiliza NaCl 0.35 M para realizar el homogeneizado?
b) ¿Porqué utiliza NaCl 0.035 M para resuspender los cloroplastos?
c) ¿Qué función cumple el 2,6-diclorofenolindofenol?
d) ¿Cómo podría demostrar la producción de oxígeno?
e) ¿Cómo podría mejorar esta experiencia?
77
BIBLIOGRAFÍA
. Lehninger Principles of Biochemistry. David L. Nelson & Michael M. Cox. Worth Publishers. 3ºEd. NY.
USA. 2000.
. Stryer L, Berg, JM y Tymoczko, JL. Bioquímica, Ed. Reverté SA, 5ºEd. España 2003.
. Hall D.O., Rao K. Fotosíntesis. Ed. Omega, Barcelona, 1977.
. Tribe M y Whitaker P. Cloroplastos y motocondrias. Ed.Omega, Barcelona, 1977.
. Andreo C., Vallejos R. Fotosíntesis. Serie Biología, monografía no 30 OEA, 1984.
. Molt A.S. et al. 1951, Plant Physiology, 26, 164-175.
. Torres H.M., Carminatti H. Y Cardini E. Bioquímica General Ed. El Ateneo, Bs.As. 1983.
. Harper H.A, Manual de química fisiológica. Ed. El manual moderno 1980
. Morris J., Fisicoquímica para biólogos.
. Bezkorovainy, A, Rafelson M.E. Concise Biochemistry. Ed. Marcel Dekker, New York, 1996.
. Horton R.H, Moran L.A., Ochs R.S., Rawn J.D., Scrimgeour K.G. Pentice Hall, Hispanoamericana, SA.
Mexico, 1999.
78
TRABAJO PRACTICO Nº 9
Los problemas y la guía de estudio deberán ser resueltos por los alumnos antes de concurrir a la clase. En caso de
necesitar aclarar dudas, los docentes estarán disponibles en sus horarios de consulta en la cátedra. Los alumnos
serán evaluados al final del TP (evaluación escrita) sobre los contenidos que se encuentran en la guía de TP.
Deberán concurrir con guardapolvo, gafas, guantes, cabello recogido y calzado cerrado.
OBJETIVOS
- Valorar la importancia de la fotosíntesis como proceso necesario para la vida en el planeta
- Conocer los procesos bioquímicos y termodinámicos involucrados en el proceso.
INTRODUCCIÓN
La fotosíntesis es un proceso que consiste en la transducción de energía lumínica en energía química que
lleva a la síntesis de sustancias orgánicas a partir de dióxido de carbono y agua. Este proceso puede tener
lugar tanto en células vegetales como en bacterias verde-azuladas. Los organismos capaces de fotosintetizar
se denominan fotoautótrofos (del griego: foto = luz, auto = sí mismo, trofos = nutriente). A través de la
fotosíntesis estos organismos son capaces de utilizar la luz solar como fuente de energía para la sintesis de
carbohidratos en primera instancia, y luego a partir de éstos se sintetizarán todos los otros compuestos
orgánicos que conforman el cuerpo del organismo.
Puede resolverse en dos etapas caracterizadas por el tipo de reacciones que se realizan en cada una. Éstas
son:
Reacciones dependientes de la luz (o reacciones claras): la energía luminosa es captada por los
pigmentos y transformada en ATP y NADPH. Simultáneamente se libera oxígeno molecular
proveniente de la ruptura de moléculas de agua (Fotólisis del agua ó reacción de Hill).
Reacciones de fijación del carbono (o de fase oscura): llamada así porque no es necesaria la luz para
llevarse a cabo; aquí el ATP y el NADPH se emplean como fuentes de energía y poder reductor,
respectivamente, y se produce la reducción del CO2 y la síntesis de glucosa.
Luz
2 H2O + 2A ----------------> 2AH2 + O2
Fig. 1: Esquema en Z.
80
La flecha punteada (Fig. 1) indica la vía cíclica de la transferencia de electrones, donde sólo está
involucrado P700; los electrones regresan por una vía cíclica al P700, en lugar de reducir NADP+ a NADPH.
Las cianobacterias utilizan citocromo b6f, citocromo c y plastoquinonas para la fosforilación oxidativa
y la fotofosforilación. En la fotofosforilación los electrones fluyen desde el agua al NADP +. En la
fosforilación oxidativa los electrones fluyen desde el NADH al O2. Ambos procesos son acompañados por el
movimiento de protones a través de la membrana (Fig. 2).
Explique las diferencias entre los cloroplastos y las mitocondrias con respecto a la síntesis de
ATP, basándose en la Fig. 2.
GUIA DE ESTUDIO
1.Concepto de fotosíntesis.
2.Concepto de reacciones dependientes de la luz y de fijación del carbono.
3.Formas de captación y transferencia de Energía.
4.Fuerza electrón-motriz.
5.Fuerza protón motriz
6.Potencial redox.
7.Dadores y aceptores de electrones.
8.Diferencia entre mitocondrias y cloroplastos.
9.Importancia de la reacción de Hill.
10. Diferencias entre fosforilación a nivel de sustrato, fosforilación oxidativa y fotofosforilación.
82
PROBLEMAS
1. Interprete el siguiente gráfico en el que se observan varios factores que afectan la velocidad de la
fotosíntesis:
2. Explique las causas de las interconversiones entre RuDp (ribulosa 1,5-bisfosfato) y PGA (·3-
fosfoglicerato) en experimentos de fotosíntesis, cuando varían la intensidad de iluminación y la
concentración de CO2.
PGA RUDP
RUDP
PGA
Tiempo (min) Tiempo (min)
3. El aparato fotosintético del alga verdeazulada contiene grandes cantidades de ficoeritrina y ficocianina,
además de la clorofila A. La ficoeritrina tiene una absorción máxima entre 480 y 680 nm; la ficocianina a
620 nm. Sugerir la misión de estos pigmentos.
6. Calcular la fuerza electrón-motriz expresada en voltios, registrada por un electrodo sumergido en una
solución que contiene las siguientes mezclas de NAD+ y NADH a pH=7 y 25oC, con referencia a una
semicelda de 0,00V:
a) NAD+ 1 mM y NADH 10 mM
b) NAD+ 1 mM y NADH 1 mM
c) NAD+ 10 mM y NADH 1 mM
83
Tiempo
Tiempo
9. Suponiendo que se necesitan 8 cuantos de luz para la incorporación de una molécula de CO2 en moléculas
de glúcidos por medio de la fotosíntesis, calcule la eficiencia termodinámica en condiciones estándar, para
la síntesis de 1 mol de glucosa, si la longitud de onda de la luz utilizada es:
a) 400 nm y b) 750 nm. (Energía necesaria para la síntesis de glucosa = 686 Kcal).
10. Cuantificación de carotenoides, clorofilas y feofitinas. Una manera de valorar el nivel de estrés en los
vegetales es medir la disminución de los niveles de los distintos pigmentos presentes en las plantas.
Preparación: homogeneizar 100 mg de material vegetal en 10 mL de etanol al 96% V/V. Luego separar el
sobrenadante y en él medir la Absorbancia a 470, 665 y 649 nm para la cuantificación de carotenoides,
clorofilas a y b (Carot, Cl-a, Cl-b) respectivamente, y a 666 y 654 nm para la cuantificación de feofitinas
a y b (Feof-a, Feof-b) según el método de Wintermans y De Mots (1965).
Se extrajeron muestras de material vegetal de las sierras de Córdoba de tres puntos distintos, como se
muestra en el siguiente mapa
Sitios Absorbancia
Punto 1 0,15
Punto 2 0,25
Punto 3 0,20
84
BIBLIOGRAFÍA
- Lehninger Principles of Biochemistry. David L. Nelson & Michael M. Cox. Worth Publishers. 3ºEd. NY.
USA. 2000.
- Stryer L, Berg, JM y Tymoczko, JL. Bioquímica, Ed. Reverté SA, 5ºEd. España 2003.
- Hall D.O., Rao K. Fotosíntesis. Ed. Omega, Barcelona, 1977.
- Tribe M y Whitaker P. Cloroplastos y motocondrias. Ed.Omega, Barcelona, 1977.
- Andreo C., Vallejos R. Fotosíntesis. Serie Biología, monografía no 30 OEA, 1984.
- Molt A.S. et al. 1951, Plant Physiology, 26, 164-175.
- Torres H.M., Carminatti H. Y Cardini E. Bioquímica General Ed. El Ateneo, Bs.As. 1983.
- Harper H.A, Manual de química fisiológica. Ed. El manual moderno 1980
- Morris J., Fisicoquímica para biólogos.
- Bezkorovainy, A, Rafelson M.E. Concise Biochemistry. Ed. Marcel Dekker, New York, 1996.
- Horton R.H, Moran L.A., Ochs R.S., Rawn J.D., Scrimgeour K.G. Pentice Hall, Hispanoamericana, SA.
Mexico, 1999.
85
TRABAJO PRACTICO Nº 10
Los problemas deberán ser resueltos por los alumnos ANTES de concurrir a la clase. En caso de necesitar aclarar
dudas, los docentes estrán disponibles en sus horarios de consulta, en la cátedra. Los alumnos serán evaluados al
final del TP (evaluación escrita), sobre los contenidos que se encuentran en la guía de TP .
OBJETIVOS
- Reconocer la aplicabilidad de las leyes de la Física y la Físico-Química a los sistemas biológicos.
- Analizar fenómenos biológicos desde un punto de vista termodinámico. Fotosíntesis, respiración y motores
moleculares como ejemplos.
y que la constante de equilibrio en condiciones estándares, K'eq, se define como una relación de
concentraciones de reactantes y productos en el equilibrio a 25°C y 1 atm.:
K'eq = [Ceq]c.[Deq]d / [Aeq]a.[Beq]b
entonces Gº' = - RT ln ([Ceq]c[Deq]d / [Aeq]a[Beq]b) (ec3)
Ejercicio 1 - Condiciones estándar frente a la vida real. La aldolasa cataliza la siguiente reacción en la
glicólisis:
aldolasa
Fructosa 1,6-bifosfato dihidroxiacetona fosfato + gliceraldehído 3-fosfato
El ∆G 0’ para esta reacción es de + 5,7 kcal.mol-1, mientras que el ∆G en la célula es -0,3 kcal.mol-1.
Calcular la relación entre reactantes y productos en el equilibrio y en condiciones intracelulares. Utilizando
los resultados obtenidos explicar: ¿cómo puede resultar esta reacción endergónica en condiciones estándar
y exergónica en condiciones intracelulares?
TRANSPORTE
Desde el traslado de iones o moléculas a través de la membrana plasmática hasta los motores moleculares
dentro de una célula, el movimiento de iones o moléculas requiere ser termodinámicamente espontáneo
(∆G<0) o tener una reacción acoplada que provea la energía necesaria para que ocurra, por ejemplo, la
hidrólisis de ATP.
Una molécula en solución tiende a moverse de una región de alta concentración a una de baja concentración
dado que esto produce un cambio favorable de energía libre (∆G < 0). En el caso de una molécula que puede
moverse libremente a través de la membrana plasmática sólo se debe considerar la diferencia de
concentración a ambos lados de la membrana.
𝐶𝑎𝑓𝑢𝑒𝑟𝑎 (ec5)
∆𝐺 = 𝑅𝑇 ln
𝐶𝑎𝑑𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜
Sin embargo, en el caso de los iones (cualquier átomo o molécula con carga) hay otras consideraciones que
se deben tener en cuenta que son el motivo de las siguientes secciones.
Tanto las células como todas las organelas rodeadas por una membrana (mitocondrias, cloroplastos,
lisosomas) se pueden considerar como compartimientos capaces de acumular ciertas moléculas, siendo
delimitados por una membrana semipermeable. Las características de permeabilidad de esta membrana
dependerán de la composición de la membrana y la presencia o no de canales y transportadores de iones en
ella. De particular importancia es la capacidad que tienen estos compartimientos de acumular (o no) ciertas
moléculas cargadas a ambos lados de una membrana y de esta manera crear un potencial de energía a través
de la membrana (Fig. 1) que puede ser utilizado para la realización de trabajo.
87
La energía libre asociada a la transferencia de carga puede expresarse en función del potencial eléctrico ( V)
mediante
(ec6)
donde es la carga y es la constante de Faraday.
Entonces, el cambio de energía libre (∆G) para transportar una especie cargada depende no sólo de su
concentración a ambos lados de la membrana (Cafuera/Cdentro) sino también del potencial eléctrico o ∆Vm,
(dado que los iones serán repelidos por las cargas del mismo signo). La suma de los términos de
concentraciones y eléctricos se denomina potencial electroquímico. El cambio de energía libre viene
entonces dado por:
𝐶𝑎𝑓𝑢𝑒𝑟𝑎 (ec7)
∆𝐺 = 𝑅𝑇 ln + 𝑧𝐹∆𝑉𝑚
𝐶𝑎𝑑𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜
Ejercicio 2 - Considerando un soluto pequeño sin carga que puede atravesar libremente la membrana
plasmática (∆Vm = -60), que tiene una concentración de 10 mM afuera de la célula y 1 mM adentro de la
célula, calcular la energía libre del sistema. Ahora suponiendo que el soluto es el ion K +, vuelva a calcular
la energía libre del sistema. Explicar en ambos casos si el soluto puede cruzar la membrana plasmática y
donde se acumulará.
Es importante notar que si pensamos en el transporte de una molécula a través de la membrana mediante una
proteína (un canal o transportador), si ∆G es negativo el transporte será pasivo (se realizará sin gasto de
88
energía), mientras que si es positivo el transporte es un proceso activo que requiere un suministro acoplado
de energía libre, por ejemplo, mediante la hidrólisis de ATP.
Un ejemplo de transporte y generación de gradiente electroquímico ocurre en las membranas de las neuronas.
En las neuronas el transportador Na+K+ ATPasa expulsa a 3 Na+ hacia fuera de la célula por cada 2 K+ que
acumula dentro de la célula. Este proceso de transporte es activo. El resultado es una carga neta negativa
dentro de la célula comparado con el medio extracelular (la membrana está polarizada (∆Vm ≈ -60)). Cuando
llega la señal de conducción del impulso nervioso (trabajo) se abren los canales y los iones fluyen
libremente, ingresando a la célula Na+ y saliendo al espacio extracelular Cl-, despolarizando la membrana y
llevando al ∆Vm cerca de 0. Esta dirección del flujo de iones es pasivo, es decir espontáneo (sin gasto de
energía) y se encuentra determinada por el potencial electroquímico de los iones a través de la membrana.
En el equilibrio (ΔG = 0), no habrá flujo neto de moléculas, es decir que las contribuciones química y
eléctrica se igualan.
Entonces, si ∆G=0
𝐶𝑎𝑓𝑢𝑒𝑟𝑎
−𝑅𝑇 ln = 𝑧𝐹∆𝑉
𝐶𝑎𝑑𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜
y podemos escribir:
𝑅𝑇 𝐴𝑓𝑢𝑒𝑟𝑎
∆𝑉𝑒𝑞 = − ln (ec8)
𝑧𝐹 𝐴𝑑𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜
Esta ecuación es conocida como potencial de equilibrio de Nernst, y nos permite calcular el potencial que
será establecido a través de una membrana si conocemos la carga y el gradiente de concentración de un ion
(este potencial se representa con frecuencia con una “E”). En la fisiología se usa el potencial de Nernst para
determinar el potencial de membrana al que un ion de interés (por ejemplo, el K +) se encontrará en equilibrio
(no habrá movimiento neto de iones a través de la membrana), por lo que se le llama potencial de equilibrio
de ese ion.
El potencial de equilibrio difiere para cada especie iónica porque los gradientes de concentración son
diferentes para cada uno. En el equilibrio, los gradientes químicos y eléctricos son iguales y de signos
opuestos. Por lo que se puede ver que, cuando el sistema está en equilibrio, la tendencia de un ion difusible
de escaparse por la membrana, en contra de su gradiente de concentración, se balancea exactamente con la
fuerza eléctrica que lo atrae a la dirección contraria. Básicamente, en el equilibrio, la concentración mayor de
un ion positivo va a estar en el lado negativo de la membrana, y vice versa.
Ejercicio 3 - Calcular el valor del potencial eléctrico de membrana que debería haber para que no haya
movimiento neto de K+ a través de la membrana cuando la concentración del ion dentro de la célula es de
140 mM y afuera de la célula es de 5 mM.
R= -89 Mv.
Equilibrio Gibbs-Donnan
El equilibrio de Gibbs-Donnan o equilibrio Donnan es la base para los cambios eléctricos que ocurren a
través de la membrana de muchas células, como las musculares y las nerviosas. Este tipo de equilibrio surge
89
cuando existen moléculas cargadas que no pueden alcanzar su equilibrio de difusión porque no pueden
atravesar la membrana.
El flujo de moléculas e iones a través de las membranas de todas las células es regulado por el equilibrio
Donnan. Las células contienen coloides aniónicos (por lo general proteínas y fosfatos orgánicos) que no
pueden atravesar la membrana. Debido a esto, hay una alta concentración de aniones no difusibles en el
interior de las células. Esto hace que haya más iones en el interior que en el exterior de las células.
Afuera Adentro
A- 100 mM
El potencial eléctrico en el equilibrio Donnan puede expresarse para los aniones o cationes, es decir:
Por lo que, si utilizamos la siguiente expresión para despejar la relación de concentraciones de los iones que
pueden atravesar la membrana,
𝑅𝑇 𝐴𝑓𝑢𝑒𝑟𝑎
∆𝑉𝑒𝑞 = − ln
𝑧𝐹 𝐴𝑑𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜
llegamos a:
𝑐𝑎𝑡𝑖ó𝑛 𝑎𝑓𝑢𝑒𝑟𝑎 𝑎𝑛𝑖ó𝑛 𝑎𝑑𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜
=
𝑐𝑎𝑡𝑖ó𝑛 𝑎𝑑𝑒𝑛𝑡𝑟𝑜 𝑎𝑛𝑖ó𝑛 𝑎𝑓𝑢𝑒𝑟𝑎
De esta manera, a partir de la siguiente expresión es posible predecir las concentraciones de iones en el
equilibrio Donnan a partir de modificaciones en las condiciones iniciales:
Afuera: 9mM Na+, 9mM Cl- Afuera: X mM Na+, XmM Cl- Afuera: 12 mOsM
Adentro: 9mM Na+, 9mM Proteina- Adentro: XmM Na+, 9mM Proteina- Adentro: 24mOsM
Notar que el equilibrio Donnan no se corresponde con el equilibrio osmótico (la cantidad total de osmolitos
no es la misma de cada lado). ¿Cuál es la consecuencia de ésto? Al haber tantos iones dentro de la célula, el
agua tenderá a entrar a la célula, hinchándola y finalmente haciéndola explotar. ¿Por qué no explotan las
células? La respuesta es la bomba de sodio (la Na+K+ATPasa) que se encuentra en la membrana. Esta bomba
trabaja utilizando el acoplamiento al ATP, que le da la energía libre necesaria a la reacción para poder
bombear Na+ permanentemente hacia afuera de la célula, balanceando el efecto Donnan. Es este balance el
que permite que las células mantengan su volumen normal.
Ejercicio 5 - Una solución 0.10M de palmitato de sodio se separa de un volumen igual de solución 0.20M de
cloruro de sodio mediante una membrana permeable a los iones sodio y cloruro, pero no a los
iones palmitato. Calcule las concentraciones finales y el potencial de Nernst de 298 K,
suponiendo comportamiento ideal.
Ejercicio 6 - Dos soluciones de igual volumen están separadas por una membrana permeable a los iones K+
y Cl- pero no a los iones P-. Las concentraciones iniciales se indican a continuación:
[K+] = 0.05 M [K+] = 0.15 M
[Cl-] = 0.05 M [P-] = 0.15 M
Calcule las concentraciones a ambos lados de la membrana, una vez que se establece el equilibrio. ¿Qué
lado de la membrana tiene carga positiva? Calcule el potencial de Nernst a través de la membrana si la
temperatura es de 370C.
91
En 1961, Peter Mitchell propuso la hipótesis quimiosmótica en donde el transporte de electrones y la síntesis
de ATP están acoplados mediante un gradiente de protones a través de la membrana interna mitocondrial.
Explicó que la oxidación sucesiva de los sustratos en la cadena respiratoria por los Complejos I (NADH
deshidrogenasa), III (citocromo c reductasa) y IV (citocromo c oxidasa) está acoplada a la translocación
hacia afuera de protones a través de la membrana interna mitocondrial creando una fuerza proton motriz
(f.p.m.) compuesta principalmente por una parte eléctrica (potencial de membrana, ΔVm), y una parte
química (ΔpH=pHc -pHmatriz)
f.p.m. (mV)= ΔVm −2.3(RT/z.F) ΔpH (ec9)
De esta ecuación, donde z = +1, se puede observar cómo un incremento de pH puede generar una
fuerza considerable. Esto implica una energía libre que es aprovechada para la síntesis de ATP por la ATP
sintetasa. El cambio de energía libre para la síntesis de ATP (GP) se denomina potencial de fosforilación.
Ejercicio 7- Estimar la fuerza protón motriz generada si ΔVm = -140 mV (signo afuera positivo por
convensión) y el pH afuera de la mitocondria es 1.4 unidades menor que adentro5.
Rta: f.p.m. = -226 mV.
Ejercicio 8- Suponiendo que la energia libre generada por la fuerza protón motriz estimada es de ∆G = 21.8
kJ por mol de H+ estime si esta fuerza aportaría suficiente energía para lograr una relación de
[ATP]/([ADP]+[Pi])=10.
Ejercicio 9- Para una fuerza protón-motriz de 0,2 V (negativa en el lado de la matriz). ¿Cuál es el valor
máximo del cociente [ATP]/ [ADP] [Pi] compatible con la síntesis de ATP? Calcular el valor de este
cociente de tres maneras, suponiendo que el número de protones translocados por cada ATP formado es
dos, tres, y cuatro respectivamente. La temperatura es de 25ºC.
Muchas moléculas de interés, por ejemplo, una variedad de fármacos, son ácidos o bases débiles. Una
molécula sin carga es en general más liposoluble y puede difundir por la membrana plasmática. En contraste,
una molécula ionizada por lo general no puede penetrar la membrana plasmática debido a su baja solubilidad
en lípidos. Por lo tanto, la distribución transmembrana de electrolitos débiles es determinada por su pK a y el
gradiente de pH a través de la membrana. El pKa es el pH en el cual la mitad de las moléculas del electrolito
se encuentran en su estado ionizado.
𝐹𝑜𝑟𝑚𝑎 𝑝𝑟𝑜𝑡𝑜𝑛𝑎𝑑𝑎 (ec10)
log = 𝑝𝐾𝑎 − 𝑝𝐻
𝐹𝑜𝑟𝑚𝑎 𝑑𝑒𝑠𝑝𝑟𝑜𝑡𝑜𝑛𝑎𝑑𝑎
5 En este caso los protones se mueven hacia afuera de la matriz mitocondrial por lo cual se calcula ΔV=V
afuera -V matriz). Por otra
parte, la diferencia en la concentración de protones también se calcula como Δ[H+]=[H+]afuera-[H+]matriz, pero como pH= -log[H+], al
calcular ΔpH, el orden de los términos se invierte y ΔpH=[pHmatriz –pHafuera] resultando en este caso ΔpH =x-(x-1.4); pH=1.4).
92
Recordar que Ka es la constante de disociación ácida, por lo que hay que tener en cuenta si la molécula es
una base o un ácido.
𝐴− 𝐻 + 2
Acido: entonces 𝐾𝑎 =
𝐻2 𝐴
𝐵 𝐻+
Base: entonces 𝐾𝑎 =
𝐵𝐻 +
Por otro lado, es útil recordar la relación entre ∆G y la constante de equilibrio de una reacción:
∆G = -RT ln K
Ejercicio 11- Se está desarrollando un fármaco nuevo que es un ácido debil (pKa = 4.4) y que sería
suministrado por vía oral, por lo que debe determinarse si puede ser absorbido a nivel del estómago.
Calcular la relación este los estados protonado (no ionizado) y no protonado (ionizado) de la droga a cada
lado de la barrera mucosa lipídica teniendo en cuenta el esquema representado abajo. ¿Cómo sería el caso
si el fármaco fuese una base débil (pKa = 4,4)?
- +
+
HA A +H
Plasma pH = 7.4
Barrera mucosa lipídica
TRABAJO PRACTICO Nº 11
MOTORES MOLECULARES
Las células eucariotas tienen tres familias de motores moleculares: miosina, kinesinas y dineínas, capaces de
moverse por el citoesqueleto, contribuyendo así al movimiento de la célula como un todo y al transporte de
proteínas, vesículas y organelas dentro de la célula. El funcionamiento de estos motores depende de cambios
conformacionales asociados a la unión e hidrólisis de ATP. Una excepción notable son las bacterias
flageladas. En este caso los flagelos rotan utilizando la energía almacenada por un gradiente de protones a
través de la membrana. El mecanismo que acopla el transporte transmembrana de protones a la rotación
macromolecular es aparentemente similar al usado por la ATP sintasa.
Ejercicio 1 - Las helicasas tales como la PcrA pueden utilizar una hebra sencilla de ADN como guía. En
cada ciclo la helicasa se desplaza una base en el sentido 3’-5’. Teniendo en cuenta que la PcrA en presencia
de un molde formado por una hebra sencilla de ADN puede hidrolizar ATP con una velocidad de 50
moléculas por segundo (se hidroliza una molécula por ciclo) y que la longuitud de una base de ADN es 3,4
Å. ¿Cómo es esta velocidad comparada con la velocidad de la quinesina que es de 6400 Å por segundo? ¿A
qué se puede deber la diferencia de velocidad entre estos dos motores moleculares?
Ejercicio 2 - Cuando a las bacterias tales como E. coli se las mantiene en ayunas durante un período de
tiempo suficiente, dejan de moverse. Sin embargo, cuando estas bacterias inmóviles se colocan en un medio
ácido nuevamente comienzan a moverse. Aportar una explicación teniendo en cuenta el mecanismo de
movimiento del flagelo de una bacteria.
Nota sobre la nomenclatura: por cuestiones históricas, los potenciales eléctricos a veces se denominan con
la letra V y a veces con la letra E. Sin embargo, para nuestros fines utilizaremos las dos letras como
equivalentes.
Los electrones que son derivados por ejemplo a la cadena respiratoria son transferidos desde una molécula en
su forma reducida (Red1) hacia la forma oxidada (Ox2) de otra molécula, resultando en la oxidación de la
primera (Ox1) y la reducción de la segunda (Red2). Podemos escribir las dos hemirreacciones que tienen
lugar como:
Red1 Ox1 + n e- (Eox')
Ox2 + n e- Red2 (Ered')
Sumando las dos hemirreacciones, la ecuación global es:
Red1 + Ox2 ↔ Ox1 + Red2
La dirección del flujo de electrones está dada principalmente por la suma de los potenciales redox, E, de cada
una de las especies involucradas.
∆E' = Ered' + Eox'
94
El potencial redox, o potencial normal, se determina a una temperatura y presión dadas (25 °C, 1 bar) y se
define como el potencial normal E° para un sistema que conste de un electrodo de hidrógeno y del electrodo
problema. Por convención, todos los potenciales normales son potenciales de reducción.
Note que las tablas informan los potenciales de reducción. En consecuencia, para la hemireacción de
oxidación, corresponde aplicar el valor absoluto del potencial redox tomado de la tabla, pero con el signo
opuesto.
Una reacción redox es una reacción de transferencia de carga, donde el incremento de energía libre estándar
∆Gº' está relacionado con el incremento del potencial de reducción ∆E' mediante la expresión:
∆Gº' = - nF∆E'
donde n es el número de electrones transferidos, F es el constante de Faraday (23,06 kcal mol-1 V-1 = 96,48 kJ
mol-1 V-1), ∆E' se expresa en voltios y ∆Gº' en kilocalorías o kilojules por mol.
La diferencia entre los potenciales redox de dos especies determina si la reacción es termodinámicamente
favorable, es decir, si ∆G < 0, donde ∆G es el cambio en energía libre de Gibbs, una medida cuantitativa de
la fuerza impulsora neta a temperatura y presión constantes.
Ejercicio 3 - Calcular el incremento de energía libre de la reacción de reducción del piruvato por el NADH
que cataliza la enzima lactato deshidrogenasa, teniendo en cuenta los potenciales de reducción estándar de
las hemirreacciones que se muestran a continuación. (consultar el libro Stryer como guía)
Piruvato + NADH + H+ lactato + NAD+
Hemireacciones de reducción (según las tablas):
piruvato lactato E= -0,19 V
NAD+ NADH + H+ E= -0,32 V
El cambio de energía libre de una reacción depende de la presión, la temperatura, la composición, el campo
eléctrico, el estado de reducción, etc. Ahora, si la concentración de reactantes y productos no se encuentran a
concentraciones estándares y estos además se están oxidando o reduciendo, debemos combinar el cambio en
la energía libre de reacción debido a la composición química ( ) con la energía libre
asociada a la transferencia de electrones (∆G = -nF∆E). De esta manera podemos obtener una diferencia de
potencial que nos permite calcular la fuerza electromotriz, y que se llama ecuación de Nernst:
𝑅𝑇
∆𝐸 = ∆𝐸° − ln 𝑄
𝑛𝐹
Figura 1. Representación de Nernst de algunas parejas redox y la dirección principal de flujo de electrones. Los valores
graficados fueron obtenidos a partir de la ecuación de Nernst. Notar que el valor del potencial redox depende de la
relación entre las concentraciones de productos y reactivos (Q, en la Ecuación de Nerst), que en este caso se hace
referencia al estado oxidativo (si están predominantemente en estado oxidado o reducido) de los compuestos
involucrados. La pareja NADP+/NADPH posee el potencial de reducción más negativo6, es decir posee la menor
tendencia a la reducción, de manera que puede proveer los electrones necesarios para las otras parejas redox. Los
cuadrados coloreados corresponden a potenciales redox fisiológicamente relevantes. Los potenciales de reducción
estándar (∆E°) utilizados para producir este gráfico son -320 mV para el par NADPH/NADP+, -160 mV para el
superóxido y 1,349 V para H2O2 . En el eje y se muestra el % de la forma oxidada = ([oxidado]/total) *100. El análisis
se realizó a 25°C y pH= 7,2. Dado que la condición estándar corresponde a concentraciones 1M de reactantes y de
productos, los ∆E° se pueden leer el eje x, al interpolar en las curvas el valor de 50% de y.
(Esta ecuación se aplica a una sola especie que se reduce o se oxida). La Figura 1 ilustra el comportamiento
de la ecuación de arriba para varios pares redox. Como ejemplo, podemos determinar la probabilidad
termodinámica de la transferencia de electrones (n = 2) desde NADPH hacia O2, en la matriz mitocondrial a
pH 7,2, calculando el ∆G. Considerando una relación de NADPH/NADP+ = 0,7/0,3 (NADP+ = 30%,
cuadrado negro) y de O.2-/O2 = 0,8/0,2 (O2 = 20%, cuadrado verde), podemos escribir las hemirreacciones
correspondientes:
6 NAD+ ===== NADH + H+ E= -0,32 V, es una hemi-reacción con tendencia espontánea a desplazase en la
dirección opuesta a la que está planteada (es decir hacia la oxidación), de modo que la especie reducida (NADH) tiende
a oxidarse y por lo tanto funciona como un buen reductor.
96
61,51 mV 0,7
ENADPH/NADP+=-320 mV+ 7,2-7 * -61,51 mV -( * log )= -343,6 mV
2 0,3
61,51 mV 0,8
E𝑂2/𝑂2−=-160 mV+ 7,2-7 * -61,51 mV -( * log )= -209,33 mV
1 0,2
Entonces,
∆E = E NADPH/NADP+ + E O2/O2- = 343,6mV + (– 209,33mV) = 134,27 mV
Ejercicio 4 -
Es posible determinar el lugar exacto donde actúa
un inhibidor de la cadena respiratoria gracias a la
técnica de punto y corte. Britton Chance diseño
elegantes métodos espectroscópicos para
determinar el cociente entre las formas oxidada y
reducida de cada uno de los transportadores. Este
cálculo es posible porque cada uno de los estados
tiene un espectro de absorción característico, tal y
como se ilustra en el gráfico adjunto para el caso
de citocromo c. Si usted se encuentra en posesión
de un inhibidor y descubre que al añadirlo a
mitocondrias que respiran, los transportadores
localizados entre el NADH y QH2 se encuentran más reducidos y los transportadores localizados entre el
fitocromo c y el O2 se encuentran más oxidados ¿cómo actúa el inhibidor?
97
OTROS EJERCICIOS
1- Las concentraciones de ATP, ADP y Pi difieren según el tipo de célula, consecuentemente la liberación de
energía libre para la hidrólisis de ATP será también diferente según el tipo de célula. Utilizando los datos
de la tabla siguiente, calcular ∆G para la hidrólisis de ATP en las células de músculo, hígado y cerebro.
Teniendo en cuenta que el ∆G 0’ para esta reacción es de - 7,3 kcal.mol-1,
36
2- El gráfico siguiente muestra como el ∆G0 para la 8.4
35
hidrólisis de ATP varía en función de la concentración de 8.2
-G (kcal.mol )
Mg2+ (pMg=log 1/[ Mg2+ ]).
-1
34 8.0
-G (kj.mol )
-1
7.8
a) ¿Cómo afecta el descenso de [Mg2+] al ∆G para la 33
7.6
hidrólisis de ATP? 32
7.4
b) ¿Cómo se puede explicar este efecto? 31
7.2
30
2 3 4 5 6 7 8
pMg2
3- Supongamos que la transferencia de energía entre dos moléculas de clorofila a distantes entre sí 10 Å tiene
lugar en 10 picosegundos. Supongamos que la distancia se incrementa hasta 20 Å manteniendo constantes
el resto de los factores. ¿Cuánto tardará en ocurrir la transferencia de energía?
4- A su máxima velocidad una molécula de quinesina se desplaza con una velocidad de 6400 Å por segundo.
Teniendo en cuenta que el tamaño de la región motriz del dímero de quinesina es de 80 Å, calcular su
velocidad en unidades de su tamaño por segundo. Según esta relación ¿cuál sería la velocidad
correspondiente de un automóvil que tuviera una longitud de 3 metros?
5- Un único dominio motor de la miosina puede desarrollar una fuerza de aproximadamente 4 piconewtons
(4pN) ¿Cuántas veces puede levantar su peso un dominio motor de miosina? Tener en cuenta que 1
newton = 1 kg fuerza (1kg masa m.s-2). Considerar que la masa molecular del dominio motor es de 100
kDa.
98
6- Considérese la actividad de una única molécula de quinesina que transporta una vesícula a lo largo de un
microtúbulo. La fuerza necesaria para arrastrar una partícula esférica de radio a con una velocidad ν en un
medio de viscosidad es: F= 6 π η a x
Supongamos que una esfera de 2 μm de diámetro se transporta con una velocidad de 0,6 μm. s -1 en un medio
acuoso con una viscosidad de η= 0.01 g.cm-1. s-1.
a) ¿Cuánta es la fuerza desarrollada por la quinesina? Expresar el valor en dinas (1 dina= 1 g.cm. s-2)
b) ¿Cuánto trabajo realiza en un segundo? Expresar el valor en ergios (1 ergio=1 dina cm).
c) Un motor de quinesina hidroliza aproximadamente 80 moléculas de ATP por segundo. ¿Cuánta es la
energía asociada a esta hidrólisis de ATP expresada en ergios? Comparar este valor con el trabajo
realizado.
99
OBJETIVOS
Exponer el trabajo científico de manera clara y prolija.
Responder individualmente a las preguntas formuladas por el docente.
GUÍA DE ESTUDIO.
Trabajo científico: Yasuda, R., Noji, H., Kinosita, K., & Yoshida M. (1998). F1-ATPase Is a Highly
Efficient Molecular Motor that Rotates with Discrete Steps. Cell. 93: 1117–1124.
1. ¿Cúal es la función del ATP sintetasa? ¿Cómo es su estructura? ¿Cuál es la función de cada una de las
subunidades?
2. ¿Qué fenómeno se observa si la parte F1 se encuentra en ausencia de la parte F0 en un medio que contiene
ATP?
3. ¿Cómo se logra experimentalmente observar la rotación γ del F1-ATPase?
4. Explicar brevemente los resultados que se observa en la Figura 2a y 2b.
5. A cuál de los experimentos que se realizaron en los Trabajos Prácticos de la materia, se asemeja el
experimento del gráfico 2b.
100
EL PRINCIPIO
Los infrarealistas.
http://www.corneta.org/no_95/los_infrarrealistas_manifesto.html