Professional Documents
Culture Documents
PSP Nukleozidi1
PSP Nukleozidi1
nukleinske kiseline
O HO
O
OH O
HO šećeri
SCoA HO
O
OH
izvori ugljika i energije
acetil- pirogrožđana OH
-koenzim A kiselina glukoza
HO O OH
O OH
P
HO O-
HO OH
fosfat
ciklus NH2
limunske ATP
kiseline O OH N
N
P
HO O N N
O
HOOC R COOH
COOH
HO COOH
H NH2
limunska HO OH
aminokiselina
kiselina nukleotidi, npr. AMP
kemijske reakcije u
proteini nukleinske kiseline
živim organizmima
u građi i kao katalizatori
1
Nukleozidi
4
3N 5
PIRIMIDINSKE
2 6
N
1
NH2 O O
CH3
N HN HN
1 1 1
O N O N O N
H H H
2
6 7
N
1N 5
PURINSKE 4
8
2 N
N 9
3
H
NH2 O
N N
N HN
9 9
N N H2N N N
H H
5
O 1H HO O OH HO 5 O H
4 H 1 4 H 1
H OH 3 2 3 2 OH
H
H OH OH OH OH OH
4
H OH β α
5CH OH J1,2 = 0 - 8 Hz J1,2 = 3,5 - 8 Hz
2
RIBOZA 2-DEOKSIRIBOZA
HO 5 O OH HO 5 OH
O
4 1 4 1
3 2 3 2
OH OH OH
β-D-ribofuranoza 2-deoksi-β-D-ribofuranoza
3
PIRIMIDINSKI RIBONUKLEOZIDI
O NH2
uracil
NH citozin
NH
N N
HO O O HO O O
riboza β riboza
HO OH HO OH
PURINSKI RIBONUKLEOZIDI
H N NH2
H2N N O
N N adenin
gvanin
N N
HO N HO N
O O
riboza riboza
HO OH HO OH
PIRIMIDINSKI DEOKSIRIBONUKLEOZIDI
NH2 H3C O
NH NH
N N
HO O HO
O O O
2-deoksiriboza 2-deoksiriboza
HO HO
DEOKSICITIDIN DEOKSITIMIDIN
PURINSKI DEOKSIRIBONUKLEOZIDI
N NH2 H
H 2N N O
N adenin N gvanin
N N
HO N HO N
O O
2 2
2-deoksiriboza 2-deoksiriboza
HO HO
DEOKSIADENOZIN DEOKSIGVANOZIN
4
Tautomerija
• Broj tautomernih oblika ovisi o broju egzocikličkih OH- i
NH2-skupina
• Tautomerna ravnoteža je jako pomaknuta na stranu
diketo-oblika kod uridina i timidina, odnosno keto-amino-
oblika citidina:
O OH O
NH N N
N O N O N OH
R R R
O OH O
H3C H3C H3C
NH N N
N O N O N OH
R R R
NH2 NH NH
N NH N
N O N O N OH
R R R
Tautomerija
• Kod gvanozina ravnoteža je pomaknuta na stranu keto-
amino- oblika, kod adenozina prema aminu:
O
OH
N
HN N
N
H2N N N
H2N N N
R
R
keto enol
NH
NH2
N
N HN
N
N N
N N
R
R
amin imin
5
U molekuli DNA dušične baze mogu biti
u sin ili anti konformaciji
OH OH OH OH
ribo- arabino- ksilo- likso-
6
Nukleotidi
O
4
5 3 NH
O 6 1 2
5' N O
O P O O
O 4' 1'
esterska veza
3' 2'
N-glikozidna veza
OH OH
NUKLEOTIDNA VEZA
URIDIN-5’-FOSFAT (UMP)
Nukleotidi
• β-D-ribofuranoza i 2-deoksi-β-D-ribofuranoza vežu se na
anomerni ugljik heterocikličke baze Ö nukleozid
• Vezivanje fosfata na C-5’ Ö nukleotid
7
Nukleotidi
NH2
N
N
O O O 9
N N
5'
O P O P O P O O
O O O 4' 1'
3' 2'
OH OH
Adenozin-5’-trifosfat ATP
8
Fiziološki značajni nukleotidi
• Reaktivni dio FAD - izoaloksazinski prsten,
prihvaća dva vodikova atoma sa supstrata
(FADH2 reducirani oblik) molekule
• NADPH (nikotinamid-adenin-dinukleotidfosfat) -
esterski vezan fosfat na 2'-hidroksilnu skupinu
• Prenosi elektrone, no većinom služi u
reduktivnoj biosintezi, dok NADH sudjeluje u
stvaranju ATP-a
9
Fiziološki značajni nukleotidi
• Koenzim A (CoA) - nosač aktiviranih acetilnih i drugih
acilnih skupina. Reaktivno mjesto CoA je skupina -SH
preko koje se tioesterskim vezom vežu acilne skupine
riboza-3'-fosfat difosfat pantoinska β -alanin cisteamin
NH2 kiselina
N
N
HO H
OH O OH H H
N 5' O N N
N 2' 3' P P SH
1' O
4' O O H C
3 CH3 O O
OHO O
O
P pantotenska kiselina (vitamin B5)
HO OH
pantetein
4-fosfopantetein
koenzim A
Koenzim A (CoA)
Nukleinske kiseline
Polimeri ribofuranoznih
prstena povezanih preko
fosfatne esterske skupine
Ribonukleinska kiselina
(RNA)
Deoksiribonukleinska kiselina
(DNA) =>
PRIMARNA STRUKTURA DNA –
redoslijed nukleozida
10
Ribonukleinska kiselina
• β-D-ribofuranozid vezan za heterocikličke baze (citozin,
uracil, adenin i gvanin) preko anomernog C-atoma
=>
Deksiribonukleinska kiselina
• β-D-2-deoksiribofuranoza
• Heterocikličke baze: citozin, timin (umjesto
uracila), adenin i gvanin
• Međusobno povezane preko fosfatno
esterske skupine u primarnu strukturu
11
Osnovna svojstva strukture molekule
DNA (Watson-Crickov model)
Sparivanje baza
12
Međusobno povezivanje nukleotida u
uzvojnicu DNA
• Antiparalelne uzvojnice, dva
komplementarna polinukleotidna lanca
tvore uzvojitu strukturu, helix
• Watson i Crick, 1953. god.
NH2
5' N A
N
O
N N
O P O NH2
O- O
N
C
O
N O O
O P O G
O- O N
NH
O N N NH2
O P O O
O
O- H3C NH
O T
N O
O P O O
O-
O
O P
3'
=>
O-
13
Model molekule DNA po Watsonu i Cricku
14
Međusobno povezivanje nukleotida u
uzvojnicu DNA
DNA heliks
• Dva komplementarna polinukleotidna
lanca tvore uzvojitu strukturu, heliks
• Watson i Crick, 1953.
15
• Ljudski genom podijeljen je na 24 kromosoma (22 autosoma i
2 spolna kromosoma)
16
Geni na X i Y kromosomu
17
Replikacija, transkripcija i translacija
Kemija nukleozida
18
Kondenzacije šećera i nukleozidnih baza
• Prva sinteza 1914. god.
• Mjesta supstitucije na nukleozidnim bazama
• Metode kondenzacije:
1. Metoda teških metala (Koenigs-Knorr)
2. Fuzija (Helferich)
3. Hilbert-Johnsonova i sililna metoda
O R
HN 3 N
N 7
1 3
O N N 9
N
H H
N-1 N-3
N-3 N-9
N-1,N-3 disupstituticija N-7
HO O OMe
HO BzO OMe
OH O O
HCl / MeOH BzCl / Py
OH OH
OH OH OBz OBz
D-riboza
Ac2O / Py CH3COCl
HAc / HCl
BzO O
OAc
BzO O
OBz OBz Cl
OBz OBz
19
1. Metoda teških metala (Koenigs-Knorr)
N O N
Cl HgX'X
O N
Cl
HgX' +
BzO O
BzO O
O
OBz O + O
C6H5 OBz O
C6H5
O N
BzO O
20
Pretvorba O-glikozida u nukleozid
OR,
OR,
N
N
O N+
BzO O
O N
BzO O
O
BzO O OBz O C6H5
OBz OBz O
+ BzO O
OBz O C6H5
OBz OBz
peracilirani šećer
PURINSKA BAZA NUKLEOZID
katalizator Δ
21
2. Fuzija (HELFERICH) - bez otapala
Cl
Cl
N
N N
N
Cl N N
Cl N N
H 9
+ AcO O
AcO O CH3
O
O OAc OAc
OAc OAc
R R R
N N + HCl
N N N
+ - N
N R N
R 3 N + 3 N R N N+
ZnCl2 H ZnCl
Cl- ZnCl
+
AcO O CH3 AcO O
O
O
OAc OAc OAc OAc
R
N
N
9
R N N
AcO O
+ ZnCl2
OAc OAc
22
3. Hilbert-Johnsonova i sililna metoda
Koriste se:
dialkoksi pirimidini - nisu komercijalni – sinteza u više stupnjeva
1-halogenirani derivati šećera
Metoda nije stereoselektivna – nastaju smjese α i β− nukleozida
Mehanizam Hibert-Johnsonove
kondenzacije dialkoksipirimidina
ribo-serija
trans Cl
BzO Cl BzO
O O
BzO N
O
O
+ O β
OBz O OBz O
R R
OBz OBz
Cl
β α
cis Cl
BzO O BzO +
O
H
BzO O α
Cl N
OBz O R R
OBz O OBz OBz
O O
OR OR OR
N šećer N N
Cl-
RO N R O N O N
+
šećer šećer
R = Me, Et
23
Mehanizam Hilbert-Johnsonove
kondenzacije dialkoksipirimidina
2-deoksiribo-serija
OR
RO O
+ N
RO α N
O RO O
Cl
RO N β
OR N
R = Me, Et OR OR
p-Cl-C6H4-CO-
R=
p-NO2-C6H4-CO-
R'
O
CH2 +
O
O
OR
SnCl4
Katalizatori
trimetilsilil triflat Me3SiO-SO2CF3
trimetilsililnonaflat Me3SiO-SO2C4H9
24
Sililna metoda kondenzacije
O CH3
BzO O CH3COSiMe3
O H3C Si OSO2CF3 BzO O
CH3 +
+
O CH3
+ O
OBz O OBz O CF3-SO2-O-
C6H5 R
OSiMe3
OSiMe3
N
CH3 N
H3C Si O N
CH3 O N + CF3-SO2-O-SiMe3
CF3-SO2-O-
BzO O BzO O
+ O
OBz O OBz OBz
R
izolacija
O NaHCO3/H2O
HN
O N
BzO O
OBz OBz
H H HN
BzO NH2
O H
+ EtO O N
N
O OEt
OBz OBz HO O
O
akriloilurea
β−etoksi-N-etoksikarbonilakrilamid
OH OH
25
Transformacije funkcionalnih
skupina nukleozida
NH2
N
NH3 N
N N
R
Cl
S
N
N N
H2S NH
N R = β-D-ribozil
HO N
N N
O
R
OH OH
H
H2 N
N
Ni
N N
dibenzilfosfokloridat
O
HO baza (C6H5CH2O)2P O baza
O
O piridin O
(C6H5CH2O)2P Cl +
O O O O
1. H3O+, H2O
izopropilidenska
2. H2, Pd
zaštitna skupina
O
HO P O baza
OH O
OH OH
26
Modificirani nukleozidi kao lijekovi
Modificirani nukleozidi
27
Modifikacije pirimidinske jezgre
supstitucija u C(5)-položaju
O
I
H H HN
N O N O
HO O N
NH N O
F F
O NH2
OH
fluorouracil flucitozin
idoksuridin
antitumorsko antifungalno
djelovanje djelovanje IdU, prvi antivirusni agens,
u oftalmologiji
O O O
H
N Br
HN HN HN
HO O N HO O N HO O N
O O O
HO
OH OH OH
H2N N N H2N N N
purinski nukleozidni antimetabolit,
protiv leukemije otporan na deaminazu HO
O tiogvanin
antitumorski agens kao fosfat
OH OH antitumorsko
djelovanje
tiogvanozin
28
aza analozi
NH2 O
O
N
N N
NH
HN N
H3C N
N NH O N N NH2
O N HO O N
HO O HO P O
O O N O O
H O
OH OH OH OH
6-azatimin OH OH
deaza analozi
NH2
N N
N N N N
HO HO
O O
OH OH OH OH
O
NH2 NH2
NH2 NH
N N HN (CH2)20CH3
N N
N N
N F N N
N N
HO O N HO O N
HO HO O
O O O HO O N
HO HO HO O
HO
OH OH
OH OH
OH
enocitabin ancitabin
vidarabin fludarabin citarabin
arabino- konfiguracija!
29
- supstitucija na riboznom prstenu NH2
HO O N
O
F
OH F
gemcitabin
HO O N HO O N N N N N HO O N
O O HO O N
O HO HO O
O O
S
N3
stavudin (d4T)
zalcitabin lamivudin dideoksiadenozin
didanozin zidovudin (AZT)
(DDI)
N3
HO
NH2 OH O
N N I
N N NH
N N N NH2 N O
OH N HO
HO
OH OH HO OH
(−)-1S,2R,3S,4R- (+)-1R,2R,3S-BHCG (+)-1R,3S,4R-C-IDU
5'-noraristeromicin
O OH O
Br N Me
NH N NH
N O N N NH2 O O
HO OH N
H O P O O
HO 3
OH OH OH
30
Aciklički purinski analozi
O O
O N
N HN
HN
N
HN
N H2N N N
H2N N
H2N N N HO
HO
HO O
O
OH OH
aciklovir penciklovir
ganciklovir
protiv virusa herpes simplex protiv citomegalovirusa karba- analog,
protiv virusa herpesa
N O
N
N
N HN
H2N N
H2N N N
O
O O O
O
O O NH2
famciklovir valaciklovir
2-aminopurinski analog L-valinski ester!
Prolijek valaciklovir
O
O HN N
HN N H2N N N
O OH
O CH3 hidrolaza
H2N N N aciklovir
O
O CH3
NH2 O CH3
valaciklovir HO CH3
NH2
L-valin
Prolijek famciklovir
O
N N
HN N
esteraza
H2N N N
H2 N N N
OAc oksidaza
OH
OAc
OH
famciklovir penciklovir
31
Aciklički pirimidinski analozi
NH2
N CN
O O O O
O N O F
O N O N
O P OH
OH O
OH
O
cidofovir
emitefur
aciklički citidinski fosfonilni derivat,
djeluje protiv citomegalovirusa
O
F
N N
H supstitucija u C-5 položaju!
O N O antitumorsko djelovanje
H
carmofur
ANALOZI NUKLEOZIDA
KAO ANTIVIRALNI AGENSI
Virus Bolesti
RNA-virusi Human immunodeficiency virus (HIV) AIDS
32
Biokemijski mehanizam djelovanja aciklovira na virusnu DNA-polimerazu
O O O
HN N N N
HN HN
H2N N N virusna H2N N N stanična H2N N N
TK GMPK
HO O PO O P PO O
ACV ACV-MP ACV-DP
O
HN N
stanična K
H2N N N
P P PO O
ACV-TP
virusna DNA
polimeraza
DNA
DNA
N O dT K N O dTMP K N O
HO O P O O P P O O
N3 N3 N3
AZT AZT-MP AZT-DP
O
NH
NDP K
N O
P P P O O
N3
AZT-TP
reverzna
transkriptaza
DNA
RNA
33
Odobreni lijekovi u tretmanu HIV-infekcije:
34