BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Dalam waktu lebih dari 3 milyar tahun, berbagai macam molekul protein
telah berevolusi menjadi mesin kompleks dari sel dan organisme. Molekul-
molekul ini telah berkembang dengan perubahan acak pada gen oleh mutasi titik,
exon shuffling, rekombinasi dan transfer gen antarspesies, dalam kombinasi
dengan seleksi alam untuk produk gen yang telah memiliki keuntungan fungsional
yang membantu dalam keselamatan organisme individu. Dengan munculnya
genetika molekul dan dalam teknik-teknik tertentu untuk memanipulasi gen, kini
kita telah memasuki era 50 tahun yang lalu. Kini kita dapat merancang gen-gen
untuk memproduksi, dalam organisme peliharaan, produk gen baru untuk
keuntungan manusia; kita tidak lagi terbatas untuk menyeleksi gen-gen yang
berguna dari mutasi. Akan tetapi, kita hanya pada awal era baru ini, dan sejauh ini
kita baru menggores permukaan pengetahuan yang diperlukan untuk rekayasa
sebenarnya dan rancangan molekul protein. Kita membedakan rekayasa protein,
yang diartikan memutasikan gen suatu protein yang ada sebagai usaha untuk
mengubah fungsinya dengan cara yang bisa diperkirakan, dari rancangan protein,
yang mempunyai tujuan lebih ambisius untuk merancang de novo suatu protein
untuk memenuhi fungsi yang diinginkan.
Pengetahuan akan struktur tertier protein adalah penting untuk mengerti dan
merekayasa fungsinya. Sayangnya, selain dari keuntungan teknologi tinggi masa
kini, penentuan secara eksperimen suatu struktur tertier masih berlangsung lambat
dibanding dengan laju akumulasi data urutan asam amino. Hal ini membuat
masalah pelipatan, prediksi tepat struktur tertie protein dari urutan asam
aminonya, menjadi inti bagi kecepatan progres dalam postgenomic biologi.
Karena itu, salah satu yang perlu diketahui yaitu tentang homologi protein.
Dua protein dianggap homolog jika memiliki residu asam amino identik
dalam sejumlah besar posisi beruutan sepanjang rantai polipeptida. Jika urutan
asam amino identitas ditemukan dalam potein yang struktur kristalnya diketahui,

1
model tiga dimensi untuk protein baru bisa disusun, menggunakan pemodelan
komputer, atas dasar urutan dan struktur tiga dimensi yang diketahui. Model ini
lalu dapat berperan sebagai dasar yang bagus untuk identifikasi residu asam
amino yang terlibat dalam sisi aktif atau dalam epitop antigen, dan model ini bisa
digunakan untuk rekayasa protein, rancangan obat, atau penelitian imunologi.
Berdasarkan pernyataan diatas dapat dilihat bahwa yang melatarbelakangi
pembuatan makalah ini yaitu untuk memberikan pengetahuan tentang protein
homolog yang sangat penting dalam merekayasa dan merancang struktur protein.

B. Rumusan Masalah
1. Apa itu protein homolog serta residu tetap, residu tidak tetap, homolog
deret dan contoh pentingnya homologi deret dari berbagai spesies?
2. Mineral apa yang diperlukan dalam nutrisi baik tumbuhan maupun hewan?

C. Tujuan

1. Untuk mengetahui protein homolog serta residu tetap, residu tidak tetap,
homolog deret dan contoh pentingnya homologi deret dari berbagai spesies.
2. Untuk mengetahui mineral yang diperlukan dalam nutrisi baik tumbuhan
maupun hewan.

2
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Protein Homolog

Istilah homolog seperti digunakan dalam konteks biologi didefinisikan

sebagai kesamaan struktur, fisiologi, perkembangan, dan evolusi organisme
berdasarkan atas faktor-faktor genetika yang sama. Pernyataan bahwa dua protein
merupakan homolog menandakan bahwa gen keduanya telah berevolusi dari satu
gen leluhur yang sama.
Protein homolog adalah protein yang menjalankan fungsi yang sama pada
berbagai spesies. Protein homolog dari berbagai spesies biasanya mempunyai
rantai polipeptida yang identik atau hampir identik panjangnya. Protein-protein
homolog sebagian besar dikenali oleh kesamaan yang begitu banyak dalam urutan
asam aminonya. Biasanya, mereka juga memiliki fungsi yang serupa meskipun
terdapat beberapa pengecualian, yang mana gen untuk enzim-enzim leluhur telah
diambil pada tahap akhir dalam evolusi untuk menghasilkan protein dengan fungsi
yang berbeda. Suatu contoh diberikan oleh salah satu komponen dalam lensa mata
yang homolog dengan enzim glikolisis leluhur laktak dihidrogenase. Sekali gen
baru telah dikloning dan diurutkan, pencarian kesamaan urutan asam amino
diantara protein yang sesuai dan urutan protein lain harus dilakukan. Biasanya, hal
ini dilakukan dengan membandingkan dengan database urutan protein yang
diketahui menggunakan salah satu program komputer pengurutan standar.
Dua protein dianggap homolog jika memiliki residu asam amino identik
dalam sejumlah besar posisi berurutan sepanjang rantai polipeptida.
Menggunakan metode statistik berdasar atas perbandingan urutan acak yang
dihasilkan komputer, relatif langsung bisa mengetahui beberapa posisi yang harus
identik untuk identitas statistik antara dua urutan. Akan tetapi, sering ditemukan
dua protein dengan identitas urutan di bawah level statistik memiliki fungsi serupa
dan struktur tiga dimensi juga serupa. Dalam hal ini, residu-residu yang penting
secara fungsional adalah identik dan biasanya residu-residu seperti ini membentuk
pola urutan atau motif yang bisa digunakan untuk mengidentifikasi protein lain

3
yang termasuk dalam famili fungsional yang sama. Seringkali, anggota famili
seperti ini juga dianggap homolog, meskipun identitasnya tidak statistik, hanya
fungsional. Database untuk famili seperti ini, berdasarkan pada motif urutan
identik atau serupa, tersedia dalam database dang sangat berguna untuk
menentukan fungsi protein baru. Contohnya hemoglobin yang berfungsi
melangsungkan transport oksigen pada berbagai jenis vertebrata.
Hemoglobin merupakan komponen penting dari sel darah merah yang
berfungsi membawa oksigen dan mendistribusikan ke seluruh bagian tubuh.
Identitas lebih detil dapat dilihat dari namanya “hemoglobin” yang jika diurai
menjadi “heme” dan “globin”. Beberapa sumber mendefinisikan heme sebagai
pigmen organik berwarna merah dan atom lain dimana keduanya berikatan
dengan oksigen, sedangkan globin diartikan sebagai jenis dari protein globular.
Struktur dari heme berupa cincin heterosiklik (cincin siklik lebih dari satu macam)
dan lazim disebut dengan porfirin yang mengikat atom Fe (besi). Jika
digambarkan terlihat seperti gambar ilustrasi berikut.

Struktur heme

Sedangkan struktur globin akan sulit digambarkan secara detil karena

besarnya molekul globin, namun jika globin ini bergabung dengan heme akan
membentuk hemoglobin dengan ilustrasi seperti pada gambar berikut.

4
 Struktur hemoglobin

Banyak posisi di dalam deret asam amino dari protein homolog yang
ditempati oleh asam amino yang sama pada semua spesies, dan karenanya di sebut
residu tetap. Pada posisi lain, terdapat variasi asam amino yang cukup besar dari
spesies satu ke yang lain, asam amino ini disebut residu tak tetap. Serangkaian
persamaan di dalam deret asam amino pada protein homolog seperti itu disebut
homologi deret. Contoh penting homologi deret dari berbagai spesies ini yaitu
dapat merekayasa dan merancang struktur protein. Hal ini dapat dilakukan dengan
membuat struktur protein yang serupa dengan protein yang diinginkan fungsinya
sesuai dengan pengertian protein homolog.

B. Mineral
1) Mineral yang diperlukan tumbuhan
Tanaman autotrof umumnya memerlukan C, H, dan O yang diperoleh dari
CO2, H2O, O2. Selain itu juga memerlukan 13 unsur anorganik lainnya (mineral).
Enam dari 13 elemen tersebut diperlukan dalam jumlah besar dibandingkan
dengan 7 sisanya. Unsur-unsur makro tersebut adalah N, P, K, Ca, Mg dan S.
Sedangkan 7 elemen mikro yang lain adalah Mo, Cu, Zn, Mg, B, Fe dan Cl.
Unsur-unsur ini sangat penting untuk menunjang kebutuhan tanaman.
Ketersediaan unsur hara yang kurang dari jumlah yang dibutuhkan tanaman,
maka tanaman tersebut akan terganggu metabolismenya yang secara visual dapat
dilihat dari penyimpangan-penyimpangan pada pertumbuhannya. Gejala

5
kekurangan unsur hara ini dapat pertumbuhan akar, batang, atau daun yang
terhambat (kerdil) dan klorosis atau nekrosis pada berbagai organ tanaman
(Ferguson, 1960).
Nutrisi mineral merupakan elemen utama yang diperoleh dalam bentuk
anorganik ion dari dalam tanah. Meskipun nutrisi mineral siklusnya berkelanjutan
pada semua organisme, memasuki predominan biosfer ke seluruh sistem akar
pada tumbuhan , jadi dalam aksi tumbuhan sebagai mineral kerak bumi. Daerah
permukaan terluas akar dan kemampuan akar dan kemampuan mereka untuk
menyerap ion-ion anorganik pada konsentrasi rendah dari tanah membuat
penyerapan mineral berlangsung sangat efektif prosesnya pada tumbuhan setelah
dilakukan penyerapan oleh akar, elemen mineral akan ditranslokasikan ke
berbagai bagian tumbuhan dimana mereka digunakan dalam banyak fungsi
biologi. Organisme lain seperti mikorhiza, fungi, dan nitrogen pada bakteri sering
bekeja sama dengan akar dalam penyerapan nutrisi (Taiz dan Zeiyer, 2002).
Unsur-unsur C, H, O, N, S, P, K, Ca, Mg adalah makro elemen karena
diperlukan oleh tanaman dalam jumlah yang lebih besar (0.5-3% berat tubuh
tanaman), sedangkan Zn, Mn, Cu, Fe, B, Mo, Sr dan Al disebut mikro elemen
karena mikro diperlukan oleh tanaman dalam jumlah yang relatif kecil (beberapa
ppm/ part per million dari berat keringnya) (menurut Dwidjoseputro, 1990).

Unsur Fungsi utama

Makronutrien
Karbon Komponen utama senyawa-senyawa organik tumbuhan
Oksigen Komponen utama senyawa-senyawa organik tumbuhan
Hidrogen Komponen utama senyawa-senyawa organik tumbuhan
Nitrogen Komponen asam nukleat, protein, hormon, klorofil, koenzim
Kalium Kofaktor yang berfungsi dalam sintesisd protein, zat terlarut
utama yang berfungsi dalam keseimbangan air; kerja stomata
Kalsium Penting dalam pembentukan dan stabilitas dinding sel serta
pemeliharaan struktur dan permeabilitas membran;
mengaktivasi beberapa enzim; meregulasi respons-respons sel

6
 terhadap stimulus
Megnesium Komponen klorofil; mengaktivasi berbagai macam enzim
Fosfor Komponen asam nukleat; fosfolipid,ATP, beberapa koenzim
Sulfur Komponen protein, koenzim
Makronutrien
Klorin Dibutuhkan untuk langkah pemecahan air dalam fotosintesis;
berfungsi dalam keseimbangan air
Besi Komponen sitokrom; mengaktivasi beberapa enzim;
Mangan Aktif dalam pembentukan asam amino; mengaktivasi
beberapa enzim; dibutuhkan untuk langkah pemecahan air
dalam fotosintesis
Boron Kofaktor dalam sintesis klorofil; mungkin terlibat di dalam
transpor karbohidrat dan sintesis asam nukleat; berperan
dalam fungsi dinding sel
Seng Aktif dalam pembentukan klorofil; mengaktivasi beberapa
enzim
Tembaga Komponen dari berbagai redoks dan enzim-enzim lignin-
biosintetik
Nikel Kofaktor untuk sebuah enzim yang berfungsi dalam
metabolisme nitrogen
Molibdenum Esensial untuk hubungan mutualistik dengan bakteri
pemfikasi nitrogen; kofaktor dalam reduksi nitrat

Fungsi mineral bagi hewan:

Mineral makanan merupakan nutrien-nutrien anorganik, misalnya seng
dan kalium, yang biasanya dibutuhkan dalam jumlah sedikit-mulai kurang dari 1
mg hingga sekitar 2.500 mgper hari. Kebutuhan mineral bervariasi di antara
spesies-spesies hewan. Misalnya, manusia dan vertebrata yang lain membutuhkan
kalsium dan fosfor dalam jumlah yang relatif besar untuk membangun dan
memelihara tulang. Selain itu, kalsium dibutuhkan untuk memfungsikan saraf dan

7
otot, dan fosfor merupakan bahan ATP dan asam nukleat. Besi adalah komponen
sitokrom yang berfungsi dalam respirasi seluler dan hemoglobin, yaitu protein
pengikat oksigen pada sel darah merah. Kebanyakan mineral merupakan kofaktor
yang digabungkan ke dalam struktur enzim; magnesium, misalnya, terdapat di
dalam enzim-enzim yang memecah ATP. Vertebrata memelukan yodium untuk
membuat hormon-hormon tiroid, yang meregulasi laju metabolik. Ion-ion
natrium, kalium, dan klorida penting dalam memfungsikan saraf dan dalam
mempertahankan keseimbangan osmotik antara sel-sel dan cairan tubuh
disekitarnya.

8
 BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan

Protein homolog adalah protein yang menjalankan fungsi yang sama pada
berbagai spesies, contohnya hemoglobin yang berfungsi melangsungkan transport
oksigen pada berbagai jenis vertebrat. Protein homolog dari berbagai spesies
biasanya mempunyai rantai polipeptida yang identik atau hampir identik
panjangnya. Banyak posisi di dalam deret asam amino dari protein homolog yang
ditempati oleh asam amino yang sama pada semua spesies, dan karenanya di sebut
residu tetap. Pada posisi lain, terdapat variasi asam amino yang cukup besar dari
spesies satu ke yang lain; asam amino ini disebut residu tak tetap. Serangkaian
persamaan di dalam deret asam amino pada protein homolog seperti itu disebut
homologi deret.

B. Saran

Menyadari bahwa makalah ini masih jauh dari kesempurnaan, kedepannya

penulis akan lebih fokus dan details dalam menjelaskan tentang makalah di atas
dengan sumber-sumber yang lebih banyak.

9
 DAFTAR PUSTAKA

Campbell, Reece Urry, Cain, Wasserman Minorsky dan Jackson. 2008. Biologi
Edisi Kedelapan Jilid 3. Jakarta: Erlangga.
Ngili, Yohanis. 2013. Biokimia Dasar edisi revisi. Bandung: Rekayasa Sains.

10