Aminoacidos y péptidos Las proteinas son las macromoléculas mas abundantes de las células vivas, estando presentes en todas las células y en todas las partes de las mismas. Las proteinas también presentan una gran variedad; en una sola célula se pueden encontrar miles de proteinas de diferentes clases. Ademés, las proteinas muestran una gran diversidad en cuanto a su funcién biol6gica Su papel central se manifiesta de forma evidente en el hecho de que las proteinas son los productos finales mas importantes de las rutas de infor- maci6n que se discuten en la Parte IV de este libro. En cierto sentido son Jos instrumentos moleculares mediante los que se expresa la informacién genética. Es adecuado empezar el estudio de las macromoléculas biologi cas con las proteinas cuyo nombre proviene del griego protos que significa “primero” o ‘mas importante”. Subunidades monoméricas relativamente sencillas son las que propor cionan la clave de la estructura de miles de proteinas diferentes, Todas las proteinas, tanto si provienen de los linajes bacterianos més antiguos como de las formas més complejas de vida, estén constmuidas a partir del mismo conjunto ubicuo de 20 aminodcidos, unides de forma covalente en secuen- cias lineales caractersticas. Debido a que cada uno de estos aminoacidos tiene una cadena lateral propia que determina sus propiedades quimicas, se puede considerar a este grupo de 20 moléculas precursoras como el alfabeto en el que esta eserito el Lenguaje de la estructura proteica Las proteinas son cadenas de aminodcidos en las que cada uno de ellos se une a su vecino mediante un tipo especitico de enlace covalente. Lo que ls mas notable es que las células pueden producir proteinas con propieda- des y actividades claramente diferentes uniendo los mismos 20 aminoac' dos en multitud de combinaciones y secuencias distintas. A parti de estos bloques unitaios los diferentes organismos pueden fabricar productos tan diversos como envimas, hormonas, anticuerpos, la proteina del crstalino el ojo, plumas, telarafnas, cuemos de rinoceronte (Fig, 5-1), protefnas de la leche, antibidticos, venenos de hongos y una pleyade de sustancias con actividades biol6gicas distintas. Figura 5-1 Todos los vertebrados producen la proteina queratina, Es el componente estructural principal del pelo, eseamas, cuernos, lana, was y plumas. El rinocerante negro esté casi extinguido en estado salvaje debido a la ereencia extendida en algunas partes del mundo de que un polvo derivado de su cuerno liene propiedades afrodisiacas. En realidad, las propiedades quiticas no son diferentes de las de las pezunias de bovidos pulverizadas o de Tas uhas humana, CAPITULOnz Parte Il Estructura y catalisis 00 goo Ht ye NOH R H Aminodcido licina Figura 5-2 Estructura general de los aminoacids ppresentes en las proteinas. Con excepcion de la haturaleza del grupo R, esta estructura es comin a todos los a-aminoscides de las proteinas. La prolina, al ser un iminodcido, es un componente excepeional 4e las proteinas, El carbono a se muestra en azul. R {en rojo) representa el grupo Ro cadena lateral, que es diferente para cada aminoacido, En todos los aminodcidos excepto la glicina (mostrada a efectos ‘comparativos) el tomo ee carbono a tiene cuatro arupos sustituyentes diferentes, wo tcl, iaty 7 * @ 00" 00" HNeC=H H-C=NH, o 00" Aen He, du, bu, © La estructura y funcién de las proteinas es el tema de los proximos cuatro capitulos, En éste empezamos con una descripcidn de los aminoac’ dos y los enlaces covalentes que los unen en los péptidos y proteinas, Aminoacidos Las protefnas se pueden reducir a sus aminoacidos constituyentes mediante diversos métodos, Los estudios iniciales sobre las proteinas se centraron, naturalmente, en los aminodcidos libres procedentes de las mismas. El primer aminoacido descubierto en las proteinas fue la asparagina, en 1808, ¥y el ditimo de los 20 en descubrirse, la treonina, no se identifics hasta 1938, Todas los aminodcidos tienen nombres comunes o simplificados que, en algunos casos, provienen de la fuente de la cual se aislaron inicialmente. La asparagina se encontro por primera vez en el esparrago tal como es facil adivinar; el acido glutamico se encontré en el gluten de trigo; la tirosina se aislé por primera vez del queso (ast su nombre proviene del griego ros queso”); y la glicina (del griego giykos “dulce") se denomind de esta manera debido a su sabor dulce. Los aminodcldos tienen caracteristicas estructurales comunes Los 20 aminoécides encontradas en las proteinas tienen todos un grupo catboxilo y un grupo amino unidos al mismo atomo de carbono (el ccatbono a) (Pig. 5-2). Difieren unos de otros en sus cadenas laterales, 0 grupos R, que varian en estructura, tamafo y carga eléctrca y que influyen fen la solubilidad en agua de los aminoacidos. Cuando el grupo R contiene carbonos adicionales en cadena, se designan B, 7, 8, 8, ele., empezando a partir del carbono a. A menudo se hace referencia a los 20 aminodcidos de las protenias denominandolos aminodcidos estandar, primarios 0 normales para cistinguirlos de aminodcidos encontrados en protefnas que han sido modificados después de la sintesis de las mismas y de otras clases de aminodcidos presentes en organismos vivos pero no en prote‘nas, A los aminoécidos estandar se les han asignado abreviaturas de tres letras y simbolos de una sola letra (Tabla 5-1) que se utilizan para indicar la ‘composicién y secuencia de aminodcidos de las protetnas. ‘Observamos en la Figura 5-2 que en todos los aminodcidos estandar ‘excepto uno (la glicina) el carbono aes asimétrico, estando unido a cuatro grupos sustituyentes diferentes: un grupo carboxilo, un grupo amino, un grupo Ry un tomo de hidrogeno. E] 4tomo de carbono es asi un centro uiral (ver Fig. 3-9), Debido al ordenamiento tetraédico de los orbitales de enlace alrededor del tomo de carbono a de los aminodcidos, los cuatro grupos sustituyentes distintos pueden ocupar dos ordenamientos Figura 5-3 (a) Los dos estereoisomeros de la alanina, La - y la b-alanina son imagenes ‘especiilares no superponibles. (b, €) Dos ‘convenciones alerentes para mostrar a ‘configuracion en el espacio de los estereoisomeros. En las formulas de perspectiva (b) los enlaces con forma de cura se proyectan fuera del plano del papel; los enlaces a trazos lo hacen por detras. En. las fGrmulas de proyeccién (e) se supone que los enlaces horizontales se proyectan fuera del plano del papel, los enlaces vertcales por detrés. No obstante, se utlizan a menudo las formulas de proyeccién de una forma descuidada sin hacer Teterencia a la configuracion estereogufmicaCapitulo 5 Aminodeldos y péptides us *fxcala que combina idrolobiida la hioliciad pede ita pra predece qt amiaosekoe te econaén ep un anbvente ckeu ores negitos) yells en an anbsete narototco (aloes postos). Ver Recuadro 102 De Kite. 1% Doce RF. (19RD FM Bl 1B, 18-12 Presenca media en mis de 200 pts. De Kiser, MH. C1977) Blochem Biophys Res Commun 78, 10181024 diferentes en el espacio que son imagenes especulares no superponibles (Fig, 5-3). Estas dos formas se denominan enantiémeros o estereoiséme- ros (ver Fig. 3-9). Todas las moléculas con un centro quiral son éptica- mente activas, es decir, pueden hacer gar el plano de la luz polarizada con la direccién de rotacién diferente para los diferentes estereoisomeros. La clasificacion y nomenclatura de los estereoisomeros se basa en la configuracién absoluta de los cuatro sustituyentes del atomo de carbono asimétrico. Con este fin se ha de escoger un compuesto de referencia con el que se comparan todos los compuestos épticamente activos. Este com- puesto de referencia es el aziicar de 3 carbonos gliceraldehido (Fig. 5-4) que es el aziicar més pequefio con un dtomo de carbono asimétrico. La nomenclatura de las configuraciones tanto de los azicares sencillos como e los aminoacidos se basa en la configuracién absoluta del gliceraldehido tal como se ha establecido por andlisis de difraccion de rayos X. Los. estereosiémeros de todos los compuestos quirales que tienen una configu- racién relacionada con la del t-gliceraldehido se designan | (de levégiro, proveniente de levo, “izquierda’) y los estereoisomeros relacionados con el D-gliceraldehido se designan D (de dextrogiro, proveniente de dextro, “derecha’). Los simbolos Ly D se refieren asia la configuracién absoluta de los cuatro sustituyentes alrededor del carbono quit. ‘cHo Ho HOwC—H H-C-0n HoH Gicealdehide 00" He-¢=NH, cH, Alanina Alaina Figura 5-4 Relacion estérica de los estereoissmeros de Ia alanina con la configuracion absoluta del t- y D-gliceraldehido, En estas formulas de perspectiva| los carbonos estan alineados vericalmente con el tomo quiral en el centro. Los earbonos de estas moléculas estén numerados empezando con los carbons aldehido 0 carboxilo en el extremo, 0 1 a 3 de arriba a abajo tal como se muestra, Cuando se Dresentan de esta forma, el grupo R del aminoscido (en este caso el grupo metilo de la alanina) esta siempre debajo del carbono a. Los \-aminodcidos son los que tienen el grupo a-amino a la izquierda y Jos D-aminodcidos los que Io tienen a la derecha,