Undergrad. Res. J. Appl. Phys. Nov. Mater.

1, 2017

Undergraduate Research Journal for

Applied Physics and
Novel Materials
ISSN 2600-7991

Simulasi Sifat Struktur dan Elektronik Kelompok C24 Berdasarkan

Teori Fungsian Ketumpatan

Fatin Nabilah Zainal1, Nurul Ezzuana Sujari1, Amirullah Miswan1, Abdalnasser I.A.
Alselawe1, M.M. Anas2 & Geri Gopir1*
1
Pusat Pengajian Fizik Gunaan, Fakulti Sains dan Teknologi, Universiti Kebangsaan Malaysia, 43600
Bangi, Selangor, Malaysia
2
Tamhidi Centre, Universiti Sains Islam Malaysia, Bandar Baru Nilai, 71800,
Nilai, Negeri Sembilan, Malaysia.
*e-mail of corresponding author/ mel-e pengarang rujukan: gkagopir@ukm.edu.my

Abstrak: Kajian telah dilakukan terhadap sifat struktur dan elektronik bagi kelompok karbon-24,
dengan pelbagai geometri menggunakan teori fungsian ketumpatan (DFT). Pengoptimuman geometri
digunakan bagi memahami sifat-sifat struktur isomer berkemungkinan yang dimodelkan di dalam kajian
ini seperti struktur linear, cincin, satah (grafena) dan sfera (fullerena). Isomer yang mempunyai tenaga
yang terendah merupakan isomer yang paling stabil. Keupayaan pertukaran-korelasi digunakan
berdasarkan penghampiran ketumpatan tempatan (LDA) adalah untuk menentukan sifat-sifat struktur
dan elektronik bagi kelompok karbon bagi mendapatkan geometri optimum berasaskan jumlah tenaga
minimum, panjang ikatan, sudut ikatan, jurang tenaga HUMO-LUMO dan ketumpatan keadaan (DOS).
Terdapat perubahan terhadap jenis ikatan dan panjang ikatan bagi setiap struktur. Panjang ikatan
struktur menjadi lebih pendek berbanding ikatan awal yang ditetapkan iaitu 1.54 Å. Jurang tenaga
HOMO-LUMO bagi fullerena merupakan nilai paling kecil iaitu 0.09 eV berbanding grafena (2.26 eV)
dan cincin (0.87 eV). Berdasarkan kajian, fullerena merupakan struktur paling stabil bagi kelompok 𝐶24
dengan tenaga jumlah, -3708.92 eV diikuti dengan grafena dan seterusnya cincin. Struktur linear bagi
kelompok 𝐶24 tidak dapat dibina kerana tenaga tidak mampu menumpu bagi mencapai struktur
optimum. Kajian ini dijalankan menggunakan perisian Avogadro sebagai pra-pengoptimuman dan
pemodelan manakala perisian Octopus sebagai pengoptimuman struktur terakhir.

Kata kunci: kelompok karbon 𝐶24 , teori fungsian ketumpatan (DFT), panjang ikatan, tenaga
jumlah, HOMO-LUMO.

Abstract: A study of the structure and electronic properties of carbon-24, 𝐶24 , cluster with various
geometries using density functional theory (DFT) has been conducted. Geometry optimization is used
to understand the structural properties of the possible isomers that are modelled in this study such as
linear, ring, planar (graphene) and sphere (fullerene). The isomer with the lowest energy is considered
as the most stable. The electronic correlation-exchange potentials are used based on the local density
approximation (LDA) to determine the structural and electronic properties of this carbon cluster
compromising to the total energy, bond length, bond angle, HUMO-LUMO energy gap and density of
state (DOS). There are changes in type of bond and the length of bond for each structure. The length of
bond are shorter than the initial length which is1.54 Å. The HOMO-LUMO energy gap for fullerene is
the lowest which is 0.09 eV compared to graphene (2.26 eV) and ring (0.87 eV). Based on this study,
fullerene is the most stable structure for 𝐶24 cluster with the energy of -3708.92 eV followed by
graphene and then ring. The linear structure of 𝐶24 cluster failed to be build as the energy cannot
converge to obtain the optimum structure. This study using Avogadro software for pre-optimization
and modelling while Octopus software for final structure optimization.

Keywords: C24 carbon cluster, density functional theory (DFT), bond length, total energy, HOMO-
LUMO

152
Undergrad. Res. J. Appl. Phys. Nov. Mater. 1, 2017

1. Pengenalan

Beberapa tahun kebelakangan ini, penghasilan peranti berteknologi tinggi semakin berkembang
pesat seiring dengan perkembangan dalam teknik mikrofabrikasi. Para saintis bahan bersaing bagi
menemukan atau menghasilkan suatu bentuk jirim yang baharu bagi memaksimumkan kehidupan
sejagat.
Justeru itu, penemuan baharu iaitu pembentukan fullerena di nebula planet oleh para
saintis melalui teleskop angkasa Spitzer Space Telescope pada tahun 2010 telah mencetuskan
pelbagai reaksi (Cami et al. 2010). Molekul 𝐶70 dan 𝐶60 dapat dilihat oleh para astronomi melalui
Spitzer Space Telescope yang terletak di NASA. Penemuan ini menepati jangkaan Osawa pada
lebih 4 dekad yang lalu mengenai kebarangkalian percantuman karbon di alam semesta (Osawa
1970). Seterusnya, Kroto et al. (1985) telah menjalankan kajian makmal dan menemukan
pembentukan fullerena serta mencadangkan geometri ikosahedral-terpangkas bagi kelompok
karbon ini. Pelbagai kajian secara teori mengenai struktur dan sifat 𝐶60 telah ditulis hasil daripada
penemuan Kroto.
Kajian terkini juga mendapati bahawa terdapat kemungkinan wujudnya 𝐶24 bersatah yang
dapat dikesan di awan Magellan di nebula planet (Garcia 2010). 𝐶24 merupakan fullerena terkecil
(Ovsiannikova et al. 2012) yang boleh dibentuk secara simetri. Garcia membuktikan bahawa
fullerena mudah terbentuk di kawasan yang mengandungi banyak hidrogen. Oleh itu, kajian ini
mengaplikasikan teori fungsian ketumpatan (DFT) menggunakan perisian Octopus bagi
menentukan sifat elektronik bagi 𝐶24. Seiring dengan perkembangan ilmu sains pada masa kini,
simulasi bagi menentukan isomer stabil bagi 𝐶24 dapat dihasilkan dalam 4 keadaan iaitu linear,
cincin, grafena dan juga fullerena.
Kajian lepas seperti Krylova et al. (2015), Melker dan Krupina (2016) serta Wei An et al.
(2008) hanya menumpukan pembentukan dan sifat elektronik bagi 𝐶24 yang berbentuk fullerena.
Kajian teori mengenai 𝐶24 ada dilakukan oleh Garcia et al. (2010). Kewujudan kelompok karbon
ini di awan Magellan hanyalah hipotesis. Namun, ia tidak melaporkan tentang struktur-struktur
yang dapat dibentuk oleh 𝐶24 seperti struktur linear (1D), grafena (2D - satah) dan fullerena (3D -
bola). Oleh kerana kelompok atom ini masih belum dapat ditemui oleh ahli sains, maka kajian ini
lebih memfokuskan dapatan secara komputasi menggunakan teori fungsian ketumpatan (DFT)
yang mengaplikasikan teorem Hohenberg dan Kohn (HK), persamaan Kohn-Sham, fungsian
pertukaran korelasi, penghampiran ketumpatan (LDA) dan penghampiran kecerunan menyeluruh
(GGA) untuk mendapatkan sifat struktur dan elektronik bagi kelompok 𝐶24.
Objektif kajian ini adalah bagi menentukan sifat utama kelompok karbon-24 iaitu sifat
elektronik bagi 𝐶24 dengan menggunakan perisian Octopus. Selain itu, kajian ini juga bertujuan
menentukan isomer paling stabil bagi setiap molekul yang dibina dengan menjalankan simulasi.

2. Bahan dan Kaedah

2.1 Avogadro

Perisian Avogadro merupakan penyunting dan memaparkan reka bentuk molekul untuk digunakan
dalam kimia pengkomputeran, pemodelan molekul, bioinformatik, sains bahan dan bidang
berkaitan yang mana dicipta untuk Windows, Linux dan Mac OS X. Perisian ini menyediakan
tetapan pengoptimuman secara auto dengan beberapa pilihan medan daya. Medan daya semesta
(Universal Force Field, UFF) merupakan medan daya yang tersedia dalam perisian ini di samping
terdapat pilihan lain seperti medan daya molekular Merck (Merck Molecular Force Field,
MMFF94), Ghemical dan sebagainya (Hanwell et. al, 2012). Tambahan itu, Perisian Avogadro
ini menggunakan medan daya universal (UFF) dengan menyelesaikan tenaga minimum
yang diperolehi daripada tenaga ikatan meregang dan ikatan membengkok. Antara
algoritma yang disediakan adalah algoritma penurunan tercuram, kecerunan konjugat dan dinamik
molekul. Pemilihan algoritma ini bergantung kepada saiz molekul yang divisualkan.

153
Undergrad. Res. J. Appl. Phys. Nov. Mater. 1, 2017

Perisian Avogadro adalah langkah pra pengoptimuman sebelum pengoptimuman

sepenuhnya dijalankan menggunakan perisian Octopus. Beberapa konfigurasi dan susunan awal
bagi struktur kelompok karbon-24 yang tidak dioptimumkan telah dipilih. Antaranya adalah
susunan linear, cincin, grafena dan juga fullerena bagi kelompok karbon 24. Susunan linear
divisualkan dengan rantaian 24 karbon dengan nilai jejari awalan 1.54Å bagi setiap panjang ikatan.
Begitu juga bagi susunan geometri cincin yang merupakan 24 atom karbon disambung berbentuk
gelung. Susunan geometri grafena pula terdiri daripada gabungan tujuh heksagon secara satah dan
ia mempunyai empat panjang ikatan yang berbeza. Fullerena ataupun bebola sfera pula terdiri
daripada gabungan dua heksagon dan 12 pentagon.
Pembinaan bagi struktur-struktur awalan ini dibina menggunakan perisian Avogadro
bergeometri sfera. Panjang ikatan dan sudut di antara ikatan C-C ditetapkan adalah sama bagi
setiap ikatan iaitu 1.54 Å. Nilai ini digunakan berdasarkan nilai panjang ikatan tunggal antara atom
karbon. Oleh kerana struktur ini merupakan struktur yang tidak optimum, maka ia perlu
dioptimumkan menggunakan perisian Octopus.

2.2 Perisian Octopus

Perisian Octopus merupakan pakej perisian yang menggunakan pengiraan teori fungsian
ketumpatan (DFT) Kohn-Sham dan DFT tidak bersandarkan masa (TDDFT) bagi mencirikan
elektron secara mekanik kuantum. Perisian Octopus ini digunakan untuk menjalankan pengiraan
pengoptimuman geometri dan pengiraan sifat elektronik kelompok karbon
Kaedah kuasi-Newton digunakan bagi mendapatkan struktur unggul santaian. Kaedah
pengoptimuman geometri yang digunakan adalah kecerunan konjugat (CG) bagi algoritma
Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shannon (CG-BFGS) yang merupakan salah satu kaedah kuasi-
Newton. CG-BFGS ini digunakan untuk menyelesaikan permasalahan pengoptimuman tidak linear
bagi peminimaan tenaga. Oleh itu, jumlah tenaga bagi setiap struktur boleh diperolehi
menggunakan CG-BFGS.
Seterusnya, semua struktur yang telah dioptimumkan sepenuhnya menggunakan Octopus
dengan kaedah pengoptimuman geometri digunakan bagi melakukan pengiraan sifat elektronik
khususnya ialah jumlah tenaga kelompok, jurang tenaga bagi HOMO dan LUMO serta ketumpatan
keadaan.

3. Hasil dan Perbincangan

3.1 Sifat Struktur

Struktur yang optimum diperoleh melalui perisian Octopus dijadualkan seperti di dalam Jadual 1.

Jadual 1. Struktur optimum yang diperoleh daripada perisian Octopus

Struktur Cincin Grafena Fullerena

Struktur
Optimum

Berdasarkan Jadual 1, terdapat perubahan terhadap panjang ikatan dan jenis ikatan bagi
setiap model struktur. Ini kerana, pengoptimuman yang dijalankan menggunakan kaedah CG-
BFGS2 menyusun ikatan terjuntai yang menyebabkan struktur menjadi kurang stabil.

154
Undergrad. Res. J. Appl. Phys. Nov. Mater. 1, 2017

Namun begitu, struktur optimum linear bagi 𝐶24 tidak berjaya diperolehi oleh kerana
kaedah pengoptimuman tidak dapat menumpu bagi mencapai struktur paling stabil. Hal ini kerana
𝐶24 tidak dapat wujud dengan sendirinya tanpa berinteraksi dengan unsur-unsur lain
disekelilingnya seperti unsur hidrogen bagi melengkapkan ikatan yang terjuntai.

Jadual 2. Panjang ikatan bagi struktur optimum

Struktur Label Panjang Ikatan ( Å ) Sudut Ikatan (°)

r1 = 1.302
Cincin r2 = 1.159 <(C1C2C3)> = 122.9
r3 = 1.249

r1 = 1.232
<(C1C2C24)> = 135.8
r2 = 1.372
Grafena <(C2C3C19)> = 120
r3 = 1.482
<(C3C19C22)> = 120
r4 = 1.434

r1 = 1.410 Heksagon atas: <(C1C2C3)>

r2 = 1.480 = 119.2
Heksagon bawah:
r3 = 1.420 <(C7C8C9)> = 121.3
Fullerena r4 = 1.470 Pentagon: <(C13C14C15)> =
107.1
r5 = 1.526 Pentagon: <(C14C15C16)> =
r6 = 1.453 105.0
Pentagon: <(C15C16C17)> =
111.7

Berdasarkan Jadual 2, nilai panjang ikatan bagi struktur optimum adalah lebih kecil
berbanding nilai tetapan awal iaitu 1.54 Å. Hal ini kerana, bagi mendapatkan struktur optimum,
kelompok karbon perlu meminimakan tenaga bagi pembentukan struktur.

3.2 Sifat Elektronik

Pencirian sifat elektronik terbahagi kepada 3 iaitu tenaga jumlah, tenaga HOMO-LUMO dan
ketumpatan keadaan. Hasil tenaga jumlah digunakan bagi menentukan struktur paling optimum di
antara semua struktur yang dibina. Jadual 3 menunjukkan tenaga jumlah yang diperoleh bagi setiap
struktur.

Jadual 3. Tenaga jumlah bagi setiap struktur

Struktur
Jenis Tenaga (eV)
Cincin Grafena Fullerena

Tenaga Jumlah -3694.08 -3707.54 -3708.92

Tenaga Ion-Ion 15647.95 19651.92 23289.26
Tenaga Hartree 18375.23 22393.82 26019.03

155
Undergrad. Res. J. Appl. Phys. Nov. Mater. 1, 2017

Tenaga Pertukaran -972.30 -970.394 -980.79

Tenaga Korelasi -140.99 -141.41 -142.40
Tenaga Kinetik 2725.89 2675.46 2686.17
Tenaga Luaran -39329.87 -47316.95 -54580.18

Berdasarkan Jadual 3, dapat dilihat bahawa struktur fullerena mempunyai tenaga paling
minimum berbanding dengan struktur cincin dan grafena. Hal ini menunjukkan bahawa struktur
fullerena merupakan geometri paling stabil bagi kelompok 𝐶24. Namun begitu, terdapat perbezaan
kecil bagi tenaga jumlah grafena dengan fullerena sebanyak 1.38eV.

Seterusnya ialah jurang HOMO-LUMO bagi setiap struktur. Jurang tenaga HOMO-
LUMO bagi struktur fullerena adalah paling kecil iaitu 0.09 eV berbanding struktur cincin (0.87
eV) dan struktur grafena (2.26 eV) seperti di Jadual 4.

Jadual 4. Tenaga HOMO-LUMO

Tenaga HOMO Jurang tenaga HOMO

Struktur Tenaga LUMO (eV)
(eV) - LUMO (eV)
Cincin -5.61 -4.74 0.87
Grafena -6.52 -4.26 2.26
Fullerena -5.23 -5.14 0.09

Tenaga HOMO-LUMO menjelaskan tenaga yang diperlukan bagi pergerakan elektron dari
HOMO ke LUMO. Jurang tenaga yang kecil menggambarkan bahawa elektron mudah untuk
bergerak ke keadaan lain.
Ketumpatan keadaan merupakan kaedah yang menerangkan bilangan keadaan bagi selang
tenaga pada setiap aras tenaga yang boleh diisi. Kaedah ini menunjukkan taburan elektron bagi
sesuatu bahan. Jadual 5 menunjukkan taburan ketumpatan keadaan bagi kelompok 𝐶24 yang
dianjakkan sebanyak 3 dan 6 masing-masing bagi cincin dan grafena.

18
16
14
Ketumpatan keadaan

12
10
Grafena
8 G
Cincin
6
C Fullerena
4
2 F
0
-30.0 -25.0 -20.0 -15.0 -10.0 -5.0 0.0
Tenaga (eV)

Rajah 1. Graf taburan ketumpatan keadaan

Dapat dilihat bahawa puncak bagi kelompok 𝐶24 adalah lebih besar daripada kelompok
𝐶1 − 𝐶3 . Ini menunjukkan taburan elektron lebih banyak pada tenaga julat -10 eV dan -5 eV bagi
ketiga-tiga struktur.
156
Undergrad. Res. J. Appl. Phys. Nov. Mater. 1, 2017

4. Kesimpulan

Kesimpulannya, struktur fullerena merupakan struktur paling stabil dengan tenaga jumlah paling
minimum yang mana bersamaan dengan -3708.92 eV diikuti dengan grafena dan cincin. Hal ini
menunjukkan bahawa struktur geometri yang simetri merupakan struktur yang paling stabil dan
mampu wujud dalam alam sekitar dengan sendirinya tanpa interaksi dengan unsur-unsur
lain.Seterusnya, struktur linear bagi kelompok 𝐶24 tidak berjaya dijalankan menggunakan kaedah
komputasi. Hal ini kerana, perisian tidak mampu menumpu bagi mencapai struktur yang optimum.
Di samping itu, struktur linear kelompok 𝐶24 tidak boleh wujud dengan sendirinya tanpa
berinteraksi dengan unsur-unsur lain seperti hidrogen dan oksigen.

Penghargaan

Sekalung penghargaan kepada Kementerian Sains, Teknologi dan Innovasi (MOSTI) diatas
sumbangan yang diberikan. Geran penyelidikan bagi kajian ini adalah 06-01-02-SF0988.

Rujukan

Bagheri, Z., 2016. On the utility of C24 fullerene framework for Li-ion batteries: Quantum chemical analysis.
Applied Surface Science, 383, p.294299.
Cami, J., Bernard-Salas, J., Peeters, E., Malek, S.E., 2010. Detection of C 60 and C70 in a young planetary
nebula. Science (New York, N.Y.), 329(5996), pp.1180–2.
García-Hernández, D.A, Manchado, A., García-Lario, P., Stanghellini, L., Villaver, E., Shaw, R. A.,
Szczerba, R., Perea-Calderón, J. V., 2010. Formation of Fullerenes in H-Containing Planetary
Nebulae. The Astrophysical Journal, 724(1), pp.L39–L43.
Kroto, H.W., Heath, J. R., O'Brien, S. C., Curl R. F. & Smalley, R. E., 1985. C60: buckminsterfullerene.
Nature, 318, p.162.
Krylova, K.A., Baimova, Yu. A., Dmitriev, S. V., Mulyukov, R. R., 2015. Calculation of the structure of
carbon clusters based on fullerene-like C24 and C48 molecules. Physics of the Solid State, 58(2),
pp.394–401.
Melker, A.I. & Krupina, M.A., 2016. Geometric modeling of midi-fullerenes growth from C24 to C48. St.
Petersburg Polytechnical University Journal: Physics and Mathematics, 2(3), pp.201–208.
Osawa, E., 1970. Superaromaticity, Kagaku (Chemistry) 25, pp.854-863
Ovsiannikova, L.I., Naumenko, A.P., Kartuzov, V.V., Smolyar, A.S., 2012. Optical vibration spectra of C 24
and C48 cage clusters and simple cubic fullerite, pp.214–218.
Wei An, Shao, Nan., Bulusu, Satya., Zeng,X C., 2008. Ab initio calculation of carbon clusters. II. Relative
stabilities of fullerene and nonfullerene C24. Xiao Cheng Zeng Publications.

157