Ang Nobelang El Filibusterismo ay nagsimula sa isang paglalakbay ng
bapor sa pagitan ng Maynila at Laguna. Kabilang sa mga pasahero ang mag- aalahas at nagbabalat kayong si Simoun na walang iba kundi si Ibarra, ang makatang si Isagani, at si Basilio, si Huli, na ngayo'y binata na. Labintatlong taon na ang nakalipas mula nang mamatay si Elias at si Sisa. Nakarating si Basilio sa San Diego at sa isang makasaysayang pagkakataon ay nakatagpo ni Simoun sa pagdalaw niya sa pinagbaunan sa kanyang ina sa loob ng libingan ng mga Ibarra. Nakilala niyang si Simoun ay si Ibarra na nagbabalatkayo. Upang ang ganitong lihim ay huwag mabunyag, ay tinangka ni Simoun na patayin si Basilio. Datapwa't nakapaghunos-dili siya at sa halip ay hinikayat ang binata na makiisa sa kanyang layuning maghiganti sa Pamahalaang Kastila sa Pilipinas. Si Basilio ay tumanggi dahil sa ibig niyang matapos ang kanyang pag-aaral. Habang ang Kapitan Heneral ay nagliliwaliw sa Los Banos, ang mga estudyanteng Pilipino ay naghain ng isang kahilingan sa Kanyang kamahalan upang magtatag ng isang Akademya ng Wikang Kastila. Ang kahilingang ito ay di napagtibay, ayon sa nais ng mga estudyante, sapagka't napag-alamang ang mamamahala sa akademyang ito ay ang mga prayle, samantalang ang mga estudyante ay magiging tagapangilak lamang. Sa gayon, sila'y di magkakaroon ng karapatang makapangyari sa anupamang pamalakad ng nasabing akademya. Samantalang nangyayari ito, si Simuon ay nakipagkita kay Basilio at muling hinikayat ang binatang umanib sa binabalak niyang paghihimagsik at mangulo sa isang pulutong na sapilitang magbubukas sa kumbento ng Sta. Clara upang agawin si Maria Clara. Subali't hindi naibunsod ang ganitong gawain dahil si Maria Clara'y namatay na nang hapong yaon. Ang mga estudyante naman, upang mapapaglubag ang kanilang sama ng loob ukol sa kabiguang natamo sa panukalang pagtatatag ng akademya ng Wikang Kastila, ay nagdaos ng isang salu-salo sa Panciteria Macanista de Buen Gusto. Sa mga talumpating binigkas habang sila'y nagsisikain ay tahasang tinuligsa nila ang mga prayle. Ang pagtuligsang ito ay nalaman ng mga Prayle kaya ganito ang nangyari. Kinabukasan ay natagpuan na lamang sa mga pinto ng unibersidad ang mga paskil na ang nilalaman ay mga pagbabala, pagtuligsa, at paghihimagsik. Ang pagdidikit ng mga paskil na ito ay ibinintang sa mga kasapi ng kapisanan ng mga estudyante. Dahil dito ay ipinadakip sila at naparamay si Basilio, bagay na ipinagdamdam nang malabis ni Huli na kanyang kasintahan. Sapagka't ang mga estudyanteng ito ay may mga kamag-anak na lumakad sa kanila upang mapawalang-sala, kaya't sila'y nakalaya, maliban kay Basilio na walang makapamagitan ng kanyang kadukhaan at pagkamatay ni Kapitan Tiago. Sa isang dako naman ay ipinamanhik ni Huli kay Padre Camorra na tulungan siya upang mapalaya si Basilio nguni't sa halip na makatulong ang paring ito ay siya pang nagging dahilan ng pagkamatay ni Huli, gawa ng pagkalundag nito sa durungawan ng kumbento. Upang maisagawa ni Simoun ang kanyang balak na paghihiganti, ay nakipagsama siya sa negosyo kay Don Timoteo Pelaez, ang ama ni Juanito. Sa ganitong paraan ay nagawa niyang maipagkasundo ang kasal nina Juanito at Paulita Gomez. Ang magiging ninong sa kasal ay ang Kapitan Heneral. Naanyayahan din niya upang dumalo sa piging na idaraos upang ipagdiwang ang kasal, ang mga may matatas na katungkulan sa Pamahalaan at mga litaw na tao sa lunsod. Pagkaraan ng dalawang buwang pagkapiit ay nakalaya rin si Basilio sa tulong ni Simoun. Kaagad siyang nagtungo kay Simoun upang umanib sa paghihimagsik na di natutuloy. Sinamantala ni Simoun ang ganitong pagkakataon upang ipakita sa binata ang bombang kanyang niyari. Ito ay isang lampara na may hugis granada at kasinglaki ng ulo ng tao. Ang magarang ilawang ito ay siya niyang handog sa mga ikakasal na sina Juanito at Paulita. Ipalalagay ni Simoun ang lamparang ito sa gitna ng isang kiyoskong hapag kainan na ipasasadya niya ang pagkakayari. Ang ilawan ay magbibigay ng isang maningning na liwanag at pagkaraan ng dalawampung minuto ay manlalabo. Kapag hinanggad na itaas ang mitsa upang paliwanagin, ay puputok ang isang kapsulang fulminato de mercurio. Ang Granada ay sasabog at kasabay nito ay ang pagkawasak at pagkatunaw ng kiyoskong hapag kainan, at walang sinumang maliligtas sa mga naroroon. Sa isang dako naman, ay malakas na pagsabog ng dinamita sa lampara ay siyang magiging hudyat upang simulan ang paghihimagsik na pangungunahan ni Simoun. Matapos ang pangyayari, namundok si Simoun dala ang kaniyang mga alahas at nakipagkita kay Padre Florentino. Nangumpisal si Simoun at pinatawad naman ng pari. Uminom si Simoun ng lason upang hindi mahuli ng mga guardia sibil na buhay. Matapos nito, inihagis ni padre Florentino ang kayamanan ni Simoun sa dagat at umasang matatagpuan iyon at magagamit para sa kabutihan ng taumbayan.