1.

1 Basics of the Fluid-Structure Interaction problem in Deep Vein:

Damarların içindeki kan akışının canlı dokularla sürekli etkileşim içinde olması HAD (Hesaplamalı
Akışkanlar Dinamiği) ile eşzamanlı materyal stres analizinin önemini ortaya çıkarmaktadır. Bu nedenle
açık kaynak sayısal çözücüler kullanarak kan akışının HAD analizini geliştirmek ve bunu canlı dokuların
stres ve deformasyon analizleri ile birleştirmek bu projenin en önemli kısmıdır. Kan akışının damarın
elastik yapısını deforme etmesi ve bu deformasyonun damarın etrafındaki akışı etkilemesi FSI'ın bizim
projemizde uygulanmasının ana nedenidir. FSI (Akışkan-Yapı Etkileşimi) simülasyonu yaklaşımı 2 kısma
ayrılabilir:

1) Anlık veya monolitik yaklaşım: Bu yaklaşımda akışkanın ve katının arayüzdeki etkileşimleri birleşik
matematiksel modeller ve birleşik ayrıştırma metodları ile senkronize olarak ele alınır.
Denklem sistemleri iteratif olarak çözülür, böyle çözülmesi koşullardan bağımsız bir kararlılık
yaratır.Monolitik şemalar genellikle doğru ve stabildir ama çok hesaplama gücü isterler.
Monolitic yaklaşım akışkanı ve katıyı güçlü bir şekilde eşleştirmek (ing: coupling) için
idealdir.

2) Bölüntülü (ing: partitioned) yaklaşım: Bu yaklaşımda akışkan ve katı için birbirinden ayrı
matematiksel model bulunur. Akışkanın ve katının süreçleri birbirlerinden bağımsız olarak çözülürler
ve aralarındaki ortak arayüz vasıtasıyla bilgi aktarımı gerçekleştirirler. Eşleme akışkan ve katının ortak
sınırlarında sınır şartlarının kinematik ve dinamik şartlarını uygulanmasını sağlaması ile mümkün
olur. Çözüm sıralıdır ve ilerleyiş katıdan akışkana doğru devam eder, bu durum şekil 1.1'de
görülebilir. Teoride, bölüntülü şemalar monolitik şemalara göre daha az doğru ve daha az stabildir
ama hesaplama gücü olarak daha verimlidirler. Bölüntülü metod katı ve akışkan arasında güçsüz ve
güçlü eşleştirme için kullanılır.

Figure 1.1: The Partitioned Approach with Implicit (Strong) Coupling

Şekil 1.7
İki adet güçlü eşleştirme şeması vardır: Aitken ve IQN-LS. İkisi de numerik olarak stabil sonuç üretir.
Fakat “flow induced oscillation flexible beam” örneğinde daha önce yürüttüğümüz testler sonucuna
göre IQN-LS metodu Aitken’e göre neredeyse iki kat daha iyi performans sergilemiştir.

Figure 1.2: FSI coupling methods on flow induced oscillating flexible

beam benchmark.

OpenFOAM ve foam-extend programlarının sunduğu FSI paketlerinde akışkanı ve katıyı güçlü şekilde
eşlemek için kullanılan bölüntülü yaklaşıma fsiFoam denir. FSI paketi "extend-bazaar" dan bulunup
bağımsız bir şekilde derlenebilir. Projenin bu bölümündeki kısmı 2 aşama ile belirlenebilir: İlk olarak yeni
çıkmış olan ve foam-extend.3.1 ile uyumlu nonNewtonianConssistenIcoFlow adlı çözücüyü uygulamaya
çalışacağız ve deneysel sonuçlar ile sağlamasını yapacağız. Sonra , kanın karmaşık Newtonyen olmayan
(ing: non-Newtonian) yapısı bizi katıyı elastik ve hiperelastik materyaller için de çözebilen iki fazlı Euler-
Euler çözücüsünü geliştirmeye iter.

Şekil 1.7
1.2 Derin Vende Fsi Analizi İçin Geometri Oluşturulması

akışkan-Yapı Etkileşimi (FSI) çoklu fizik arayüzü, akışkan ile katı yapı arasındaki etkileşimi yakalamak için
akışkan akışını katı mekaniği ile birleştirir.Katı Mekaniği arayüzü ve Tek Fazlı Akış arayüzü sırasıyla katı ve
akışkanı modellemektedir. Daha önce de bahsedildiği gibi, foam-extend-3.1, akışkan ve katı alanların ayrı
ayrı iki farklı parçada üretilmesi gereken fsiFoam çözücüsünü kullanıma sunar. Bu nedenle, derin
damarlardaki Akışkan-Katı Etkileşimi göz önüne alındığında, geometri 2 ana parçadan oluşur: Katı
arayüzlü venöz valfler (katı) geometrisi ve akışkan arayüzlü damar duvarı. Aynı kavram, sırasıyla mesh
atma işlemi için de geçerlidir. Şekil 1.3, venöz kapak içeren derin ven geometrisinin başlangıç konumunu
göstermektedir. Bununla birlikte, gerçek venöz valfler sürecin en başında birbirlerine keskin bir şekilde
değmektedir ve bu durum damar geçişi içinde akışkanı üst ve alt akışkan alanı olarak ayırır.Bu fenomen
kan akışını bloke eder ve damar içinde vakum benzeri bir etki yaratır. HAD yöntemlerini kullanarak bu
kavramı simüle etmek söz konusu olduğunda, iki ayrı akışkan alanı bağlamak neredeyse imkansızdır. Bu
sorunun üstesinden gelmek için, sade ama etkili bir yol izledik. İki ayrı akışkan alanı kullanmak zorunda
kalmak yerine, başlangıçta tek bir akışkan alanı oluşturarak iki paralel kapakçık arasında çok kalın bir
boşluk yarattık. Boşluk, kanın üst tarafa doğru akışını engellemek için yeterince küçüktür (~ 0.3mm)

Figure 1.3. Deep vein geometry containing venous valve for fluid and solid domains
respectively.

Şekil 1.7
OpenFOAM çözücüsü kullanarak derin damarlardaki tek fazlı HAD analizi hakkındaki önceki raporlarımız
da gözönünde bulundurulursa, sonlu hacim alanı simetri sınır koşulları kullanılarak yarı boyutuna
bölünebilir. Böylelikle, mesh boyutu kısalacak ve simülasyon çok daha hızlı olacaktır. Bununla birlikte,
simetri sınır koşulu, FSI yaklaşımını uygulama konusunda birçok dezavantaja sahiptir. İlk olarak, simetri
sınır koşulu sadece bir varsayımdır ve çözümün hızlı bir yakınsamaya sahip olduğu basit HAD analizleri
için uygundur. Ancak FSI yöntemi o kadar basit değildir, bu yüzden birçok varsayımda bulunmak
sonuçlarımızı olumsuz yönde etkileyebilir. İkincisi, simetri sınır koşulu simulasyon paralel olarak
çalışırken birçok hataya neden olur, ancak FSI yaklaşımı çok zaman alır, bu yüzden vakamızı paralel
olarak çok çekirdekli sistem kullanarak simüle etmemiz gerekir. Bunu göz önünde bulundurarak, simetri
sınır şartını görmezden gelmemiz ve şekil 1.3 ‘teki bütün bir 3D damarı ve venöz geometrisini
kullanmamız gerekir. Tüm uygulanan geometrik detay ve boyutların ötesinde, bu raporun önceki
bölümünde verilen önceki tek fazlı HAD analiziı için aynıdır.

1.3 Derin Vende Fsi Analizi İçin Mesh Oluşturulması

FsiFoam çözücüsü ile ilgili daha önce de belirtildiği gibi, sıvı ve katı alan için ayrı ayrı mesh oluşturmamız
gerekir. Sonra ortak arayüzle birleştirilebilirler. Mesh oluşturma işleminden önce birkaç önemli konuyu
göz önüne almamız gerekti. İlk olarak, FSI yaklaşımı, orta arayüz üzerinden veri aktarımına karşı çok
hassastır, bu nedenle, aynı anda hızlı ve kesin bir veri aktarımı sağlamak için mesh çözünürlüğü ve
kalitesi yeterince hassas olmalıdır. İkincisi, bölüntülü (ing: partitioned) FSI yaklaşımları HAD ve malzeme
gerilmesi analizi için iki farklı çözücü kullandığından, yüzeyleri tam olarak yakalamak ve daha hızlı
yakınsama yapmak için mesh boyutu dikkatlice seçilmelidir. Bunu göz önünde bulundurarak, tamamen
hexahedra alan, hem hızlı hem de doğru yakınsamaya sahip olmak için çok önemli bir rol oynamaktadır.
Ansys ICEM CFD, çoklu blok yapıları konseptini kullanarak tamamen hexahedra hücrelerden oluşan mesh
üretimi için kullanıldı. Şekil 1.4, iki farklı bölgedeki sıvı ve katı mesh’leri göstermektedir.

Şekil 1.7
 Figure 1.3. Deep vein geometry containing venous valve for fluid and solid domains respectively.

Mesh oluşturma süreci, yüzeyler ve eğrilerle ilintili çoklu blok yapısıyla başlar. Sonraki adım olarak
düğüm (ing: node) boyutunu ilişkili kenar ve eğriler üzerinde tanımlamalıyız. Sıvıdan katı çözücülere ve
bunun tersi durumdaki veri transfer döngüsünün neden olduğu olası enterpolasyon hatalarını
engellemek için, hem katı hem de sıvı arayüzleri üzerindeki mesh’ler tam olarak eşleşmelidir. Bu sorun,
her iki taraftaki blok yapılarını tek bir ICEM projesinde üretip bunları farklı mesh dosyalarına
kaydedersek çözülebilir. Aşağıdaki adımlar izlenerek, uzunluk oranı (ing: aspect ratio) ve eğriltme (ing:
skewness) kalitesi yüksek bir mesh oluşturduk. Tablo 1.1, hem sıvı hem de katı alanlar için mesh
boyutunu göstermektedir. Valf yapraklarının üzerindeki mesh yoğunluğu, kayma gerilmesi (ing: shear
stress) ve akış davranışını aynı anda değerlendirmeyi planladığımız yerlerde yeterince yüksek olmalıdır.

Fluid Domain 590,000

Solid Domain 6,000
Interface 1800
Table 1.1. Grid size

FSI’da Akışkan-Katı Etkileşim Sorunu:

Şekil 1.7
Açık kaynak foam-extend-3.1, FSI simulasyonu imkanını fsiFoam çözücüsü ile sağlar. Bu çözücü
bölüntülü, güçlü bir şekilde eşleştirilmiş (ing: strongly coupled) bir FSI çözücüsüdür. Bölüntülü yöntem,
akış ve yapıdaki denklemleri iki bağımsız çözücü ile ayrı ayrı çözmektedir. Genel fsiFoam algoritması
aşağıdaki adımlardan oluşur:

1. Akışkan ve katı mesh’ini hareket ettirmek

2. Akışkan denklemlerini çözmek

3. Katı denklemlerini çözmek

4. Residual’ları hesaplamak

Residual’lar belirtilen toleranstan küçük olana kadar 1-4 adımları tekrarlanır. Değişen değişkenler basınç
ve akışkandaki viskoz kuvvettir. Katıda, yer değiştirme artışı ve hız değiştirilir.

Iterate 1-4 until residual is smaller than the specified tolerance. The exchanged variables are pressure,
and viscous force in the fluid. In the structure, displacement increment and velocity are exchanged.

5. Zamanı arttırmak

Simülasyon dosyası, sıvı ve katı bir klasörün yanı sıra makeLinks, makeSerialLinks ve removeLinks
dosyalarına sahiptir. Akışkan klasörü, akışkan hesaplamaları için gerekli dosyaları içerir. Benzer şekilde,
katı klasör katı hesaplama için dosyaları içerir. Simülasyon akışkan dizininden çalıştırıldığı için katı dizinin
akışkan dizinine bağlanması gerekir. Bu, sırasıyla paralel veya seri hesaplama için makeLinks veya
makeSerialLinks dosyalarıı çalıştırılarak yapılır. RemoveLinks dosyasını çalıştırmak dizinler arasındaki
bağlantıları kaldıracaktır. Şekil 1.4, foam-extend-3.1'deki derin ven FSI simülasyonumuzu
göstermektedir.

Şekil 1.7
 Figure 1.3. Deep vein FSI case in foam-extend-3.1.

Akış bölgesi (HAD kısmı) dikkate alındığında taşınım denklemini çözmek için sonlu hacimler yöntemi
(FVM) kullanılır. Ayrıca, kan akışının Newtonyen olmayan (ing: non-Newtonian) doğası gereği,
Newtonyen olmayan bir akış çözücüsü de seçmemiz gerekti. Geçici, sıkıştırılamaz ve laminer akış için
foam-extend--3.1-fsi ile uyumlu Newtonyen olmayan akış çözücüsü olan nonNewtonianIcoFlow
uygulanacaktır. Akış ve Newtonyen olmayan akışkan özellikleri, fluid/constant klasörü içindeki
flowProperties ve transportProperties klasörleri ile tanımlanır:

object flowProperties; object transportProperties;

// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * // // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *//
flowModel nonNewtonianIcoFlow
nonNewtonianIcoFlow; transportModel Casson;
{
nCorrectors 3; rho rho [1 -3 0 0 0 0 0] 1060; //blood density
nNonOrthogonalCorrectors 1; CassonCoeffs
} {
consistentNonNewtonianIcoFlow m m [ 0 2 -1 0 0 0 0 ] 3.934986e-6;
{
nCorrectors 3;
tau0 tau0 [ 0 2 -2 0 0 0 0 ] 2.9032e-6;
nNonOrthogonalCorrectors 1;
}
nuMax nuMax [ 0 2 -1 0 0 0 0 ] 13.3333e-6;

nuMin nuMin [ 0 2 -1 0 0 0 0 ] 3.9047e-6;

Katı bölge göz önüne alındığında (malzeme gerilme kısmı), sonlu hacimli yöntem (FVM) de kullanıılabilir.
Katı denklemler, doğrusal olmayan elastik malzemenin deformasyonunu modellemek için St. Venant-
Kirchhoff stres modeli kullanılarak tanımlanmıştır. foam-extend-3.1'deki stressFoam çözücüsü, doğrusal
olmayan malzemeler için geçici (ing: transient) bir Updated Lagrangian formülasyonunu aşağıdaki gibi
modellemek amacıyla uygulanmıştır:

Şekil 1.7
stressModel unsTotalLagrangianStress; rheology //material properties
unsTotalLagrangianStressCoeffs {
{ type linearElastic;
nCorrectors 1000; rho rho [1 -3 0 0 0 0 0] 1060; //Density
convergenceTolerance 1e-7; E E [1 -1 -2 0 0 0 0] 2e5; // Young’s modulus
relConvergenceTolerance 1e-3; nu nu [0 0 0 0 0 0 0] 0.49 //Poisson’s ratio.
nonLinear yes; }
debug no;
moveMesh yes;
}

Şekil 1.7
Sıvı ve katı çözücülere benzer şekilde, deepVeinFsi durumunda, 0 klasörü içinde iki ayrı bölge için sınır
koşullarının ayrı ayrı tanımlanması gerekir. Bu nedenle, akışkan alanı sınır şartları gerektirir. Hız, basınç
ve ve pointMotionU aşağıdaki gibi tanımlanmıştır:

object U; object p;
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * // // * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
dimensions [0 1 -1 0 0 0 0]; dimensions [0 2 -2 0 0 0 0];
internalField uniform (0 0 0); internalField uniform 0;
{ {
interface interface
{ {
type movingWallVelocity; type extrapolatedPressure;
value uniform (0 0 0); value uniform 0;
} }
inlet inlet
{ {
type timeVaryingUniformFixedValue; type zeroGradient;
fileName "$FOAM_CASE/Book22"; }
outOfBounds clamp; outlet
} {
outlet Type fixedValue;
{ value uniform 0
type zeroGradient; }
} veins
veins {
{ type extrapolatedPressure;
Type fixedValue; value uniform 0;
value uniform (0 0 0) }
} }
}
object pointMotionU;
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *//
dimensions [0 1 -1 0 0 0 0];
internalField uniform (0 0 0);
{
interface
{
type fixedValue;
value uniform (0 0 0);
}
inlet
{
type fixedValue;
value uniform (0 0 0);
}
outlet
{
type fixedValue;
value uniform (0 0 0);
}
veins
{
type fixedValue;
value uniform (0 0 0);
}
}

Şekil 1.7
TimeVaryingUniformFixedValue giriş hızı sınır koşulu kullanılması, giriş bölgesi için zamana göre değişen
bir hız profili kullanmamıza olanak tanır. Derin ven girişinden gerçek hız profili womersley hız profili
kullanılarak uygulanabilir. Ancak bu bölümde 0.2 m / s genlik ve 0.5 s periyotlu sinüzoidal bir hız profili
denedik. Fig1.5. giriş hızımızın profilini göstermektedir.

Figure 1.4. Inlet velocity profile

Katı faz için sınır şartları yer değiştirme D ve pounD'dir. Alt duvara sabitlenmiş olan venöz valfler aynı
anda deforme olmaktadır.

object D; object pointD;

// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * // // * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *//
dimensions [0 1 0 0 0 0 0]; dimensions [0 1 0 0 0 0 0];
internalField uniform (0 0 0); internalField uniform (0 0 0);
{ {
interface interface
{ {
type tractionDisplacement; type calculated;
traction uniform ( 0 0 0 ); value uniform (0 0 0);
pressure uniform 0; }
value uniform (0 0 0); bottom
} {
Bottom type fixedValue;
{ value uniform (0 0 0);
type fixedDisplacement; }
value uniform (0 0 0); .
} .
} }

Şekil 1.7
1.2 Sonuçlar ve Genel Değerlendirme

Derin ven FSI simülasyonumuzun başlangıcı, birkaç nedenden ötürü en önemli adımdır. İlk olarak, venöz
valfler arasındaki boşlukta çok küçük boyutlu bir sürü mesh olması, uygun bir courant sayısı (~ 0.2) elde
etmek için zaman adımını çok küçük tutmamızı zorunlu kılar. Bu, zaman adımımızı 1e-5s'ye ayarlamamızı
gerektirir. Bir süre sonra valfler uygun bir mesafeye ulaştığında, aynı anda zaman adımını arttıracağız. FSI
simülasyonumuzun başlangıçta çok yavaş olmasının nedeni budur. İkincisi, başında çok doğru bir
yakınsamaya sahip olmak FSI'ın sonuna kadar başarılı bir şekilde devam etmesini sağlayacaktır. Mevcut
simülasyon süremiz, bölge ayrışması için basit bir algoritma kullanan 18 çekirdekli sistemde çalışan 0.02
saniyedir. Şekil 1.4 ve 1.5, farklı anlardaki için valf yer değiştirmelerini ve gerilme göstermektedir.

Akış valflere doğru yönelmeye başladığında, duvarlar üzerindeki statik basınç artar. Statik basınç
gradyanının varlığı, valflerin aşağı tarafını bastırır ve gerilme ve gerginlik seviyesini arttırır. Malzeme
gerilmesinin maksimum değeri sabit alt duvar çevresinde gözlemlendi. Bununla birlikte, maksimum
malzeme yer değiştirmesi valflerin başında gözlemlendi. Daha önce de belirtildiği gibi, bu bizim FSI
simülasyonumuzun başlangıcıdır, ancak hem gerilme hem de yer değiştirme değerlerinde büyük bir artış
bekliyoruz.

Şekil 1.6, giriş kısmında sinüzoidal bir hız profili kullandığımız zamanki hız değişikliğini göstermektedir.
Başlangıç hızı 0 m/s’den başlayıp 0.2 m/s'ye çıkacaktır. Beklendiği gibi, akış hızı boşluk bölgesine
ulaştığında maksimum değerini alır, ancak açıklık ilerlemesine izin verecek kadar yüksek değildir. Valflerin
tepesi, sürekli viskozite ve sürtünme yükselmesi anlamına gelen yüksek hız alanlı akış ile sürekli etkileşim
halindedir. Boşluğun içindeki ve etrafındaki hız yükselirken malzemenin yer değiştirmesi de artar.

Şekil 1.7, akış bölgesi içindeki girişten çıkış bölümüne doğru basınç gradyanını göstermektedir. Çıkış basıncı
sıfıra sabitlenir. Bununla birlikte, hafif kapanmış venöz valfler basınç değerini valflerin üstünde neredeyse
sıfıra eşit tutar ve ekstra akış sızıntısını engeller. Bu nedenle, akış yukarı bölgeye doğru geniş bir girişe
ulaşmak için önce valfleri yukarı kaldırmalıdır.

Şekil 1.7
t = 0.005s t = 0.015s

t = 0.0175s t = 0.02s
Şekil 1.4

Şekil 1.7
t = 0.005s t = 0.01s

t = 0.02s
Şekil 1.5

Şekil 1.7
t = 0.005s t = 0.015s

t = 0.0175s t = 0.02s

Şekil 1.7
t = 0.005s t = 0.015s t = 0.0175s t = 0.02s

Şekil 1.7