Professional Documents
Culture Documents
Darmawati2015 Sistematika Numerik Fenetik PDF
Darmawati2015 Sistematika Numerik Fenetik PDF
1
Fakultas Ilmu Keperawatan dan Kesehatan Universitas Muhammadiyah Semarang .
E-mail: ciciekdarma@unimus.ac.id ,
2
Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada Yogyakarta
3,4
Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada Yogyakarta
Abstract
Sensitivity, specificity, and predictive value of Widal test were varied followed by the success
values of blood cultures by 40%-89%. The purpose of this study was to identify Gram-negative
bacillus bacteria in positive Widal blood cultures based on phenotypic. One hundred and thirty
six (136) samples were gathered from in and outpatients of 4 hospitals and 2 community health
centers in Semarang. Bact/Alert FAN, Mac Conkey, Rapid Test Kit API 20E, API 50CHB/E
were used Blood culture, isolation and characterizations. Sensitivity test to 6 types of antibiotics
were used for phenotypic characterization. The results were classified into four clusters. Cluster
I consisted of 5 isolates of Salmonella typhi (KD 30.4, SA 02.2, KD 30.3, NCTC 786, BA 07.4)
with similarity value of 91.8%-97.4%. Cluster II: Escherichia coli (BA 30.1 ; BA 30.2) and
Salmonella sp. BA 30.5 (88.2%-97.4%). Cluster III, Serratia marcescens KD 08.4 and KD 08.5
(94.7%). Cluster IV, Enterobacter cloacae BA 45.4.1, TG 03.5, KT 16, SA 02.1 and 1 isolate of
Klebsiella pneumoniae KD 58.4 (83.9%-94.7%) . The results of sensitivity test of 14 bacterial
isolates and one reference strain of S. typhi NCTC 786 showed that 93.3 % was sensitive to
chloramphenicol, 86.7 % to ciprofloxacin, 66.7 % to gentamicin, respectively to cefotaxime
(60%), trimethoprim-sulfametoksasol (60%), and ampicillin (53.3%).
Bacterial species diversity in blood caused sensitivity and specificity of Widal various. The
bacterial sensitivity to chloramphenicol was still high.
Keywords: Widal, Kultur darah, BacT/Alert FAN, API 20E, API 50 CHB/E
89
ISSN 2407-9189 University Research Colloquium 2015
90
University Research Colloquium 2015 ISSN 2407-9189
91
ISSN 2407-9189 University Research Colloquium 2015
Gambar 1. Dendrogram yang menunjukkan hubungan kemiripan antara 14 isolat bakteri batang gram
negatif (Kleb. pneumoniae KD 58.4; Ent. cloacae SA 02.1; Ent. cloacae KT 16; Ent. cloacae BA 45.4.1;
Ent. cloacae TG 03.5; Ser. marcescens KD 08.5; Ser. marcescens KD 08.4; E. coli BA 30.2; E. coli BA
30.1; Salmonella sp.BA 30.5; S. typhi BA 07.4; S. typhi SA 02.2; S. typhi KD 30.4; S. typhi KD 30.3)
hasil isolasi dari sampel darah Widal positif pada pasien gejala klinis demam tifoid dengan satu strain
acuan S. typhi NCTC 786 yang didasarkan atas analisis Simple Matching Coefficient (SSM) dan algoritma
UPGMA berdasarkan karakter fenotipik
Tabel 2. Analisis klaster 14 isolat bakteri batang Tabel 3. Karakteristik klaster hasil klasifikasi 14 isolat
gram negatif anggota familia Enterobcteriaceae bakteri batang gram negatif dengan satu strain acuan S.
dengan satu strain acuan S. typhi NCTC 786 typhi NCTC 786 anggota familia Enterobacteriaceae
didasarkan atas analisis Simple Matching didasarkan atas analisis Simple Matching Coefficient
(SSM) dan algoritma UPGMA dan berdasarkan
Coefficient (SSM) dan algoritma UPGMA persentase respon positif
No Grup 1 Grup 2 Simi ∑
Karakteristik Klaster
dus larit objek
I II III IV
as yang
(%) bergab β-galaktosidase 0 66,7 100 80
ung Arginin dihidrolase 0 33,3 50 80
Ornitin dekarb. 0 66,7 100 80
1 KD 30.4 SA 02.2 97,4 2
H2S 80 33,3 0 0
2 BA 30.1 BA 30.2 97,4 2
Ferm/Oks.D-arabinosa 0 0 0 100
3 KD 30.3 S. typhi 96,1 2
Ferm/Oks.L-sorbosa 0 100 0 0
NCTC 786
Ferm/Oks.Dulsitol 0 100 0 0
4 Nodus 3 Nodus 1 95,4 4
Ferm/Oks.Inositol 0 0 100 0
5 KD 08.4 KD 08.5 94,7 2
Ferm/Oks. Metil-αD- 0 0 0 100
6 TG 03.5 BA 45.4.1 93,4 2
Glukopiranosida
7 Nodus 4 BA 07.4 91,8 5
Ferm/Oks.D-selobiosa 0 0 0 100
8 Nodus 6 KT 16 91,4 3
Ferm/Oks.D-rafinosa 0 0 0 100
9 BA 30.5 Nodus 2 88,2 3
Ferm/Oks.Xilitol 0 0 100 0
10 Nodus 8 SA 02.1 85,5 4
Ferm/Oks.Gentiobiosa 0 0 0 80
11 Nodus 10 KD 58.4 83,9 5
Ferm/Oks..D-turanosa 0 0 0 20
12 Nodus 7 Nodus 9 80,0 8
Ferm/Oks.L-lixosa 0 0 100 0
13 Nodus 12 Nodus 5 70,4 10
Ferm/Oks.D-tagatosa 0 100 0 0
14 Nodus 13 Nodus 11 67,5 15
Ferm/Oks.D-fukosa 0 100 0 0
Ferm/Oks..D-arabitol 0 0 0 100
Ferm/Oks.Pot. 5- 0 100 0 0
ketoglukonat
92
University Research Colloquium 2015 ISSN 2407-9189
93
ISSN 2407-9189 University Research Colloquium 2015
IV yang beranggotakan isolat Ent. cloacae al., 2003; Willey et al., 2009), sedangkan
dan Kleb. pneumoniae pada nilai similaritas resistensi terhadap antibiotik lini ketiga yaitu
67,5%. Sistematika numerik fenetik yang golongan quinolon seperti siprofloksasin
ditampilkan dalam bentuk Dendrogram karena terjadinya mutasi pada gen gyr A atau
tersebut mempunyai tingkat resolusi gyr B yang berada pada kromosom (Anonim,
diskriminatif yang baik sehingga dapat 2001; Thong et al., 2000; Hirose et al.,
memisahkan isolat-isolat yang sama dari 2003; Mandal et al., 2004).
anggota setiap spesies pada klaster yang
Seseorang dapat terinfeksi oleh 2 isolat
berbeda, sehingga dapat digunakan untuk
S. typhi yang memiliki resistensi berbeda
kalsifikasi sampai tingkat spesies dan dapat
terhadap kloramfenikol, seperti isolat KD
untuk menentukan karakter yang dapat
30.4 sensitif terhadap kloramfenikol
memisahkan klaster, hasil ini berbeda dengan
sedangkan KD 30.3 resisten, karena R-
yang disampaikan oleh Sembiring dan
plasmid dapat ditransfer melalui mekanisme
Goodfellow (2001) dan Vandamme et al.
konjugasi, transduksi dan transformasi baik
(1996) bahwa sistematika klasifikasi
pada jenis spesies bakteri yang sama ataupun
numerik fenetik dapat digunakan untuk
yang berbeda pada lingkungan dimana
identifikasi sampai pada tingkat genus.
bakteri tersebut berada (Willey et al., 2009).
Profil sensitivitas bakteri terhadap Demikian pula 2 isolat yang berbeda berasal
antibiotik dari pasien yang sama tetapi memiliki sifat
sensitivitas yang berbeda, seperti S. typhi SA
Hasil uji sensitivitas 14 isolat bakteri
02.2 sensitif terhadap gentamisin,
dan satu strain acuan S. typhi ATCC 786
siprofloksasin dan sefotaksim, sedangkan
menunjukkan bahwa 93,3% sensitif terhadap
Ent. cloacae SA 02.1 resisten terhadap jenis
kloramfenikol, 86,7 % terhadap
antibiotik yang sama. Pola sensitivitas ini
siprofloksasin, 66,7% terhadap gentamisin,
menunjukkan bahwa pemberian antibiotik
berturut-turut terhadap sefotaksim (60%),
pada pasien harus didahului dengan uji
trimetoprim-sulfametoksasol (60%) dan
sensitivitas terhadap jenis-jenis antibiotik
ampisilin 53,3%. Hal ini seperti yang
untuk dapat memilih antibiotik yang tepat,
dilaporkan Tjaniadi et al.(2003) bahwa
sehingga efisien dan tidak menimbulkan
bakteri enterik patogen di Indonesia seperti
terjadinya peningkatan resistensi terhadap
Shigella spp., Vibrio cholera, Vibrio
antibiotik. Demikian pula uji sensitivitas
parahaemplyticus, S. typhi, S. paratyphi A
pada satu jenis bakteri terhadap antibiotik
mengalami penurunan sensitivitas terhadap 8
yang sama sebaiknya dilakukan pada
jenis antibiotik (ampisilin, trimetoprim-
beberapa isolat dari jenis yang sama pula.
sulfametoksasol, kloramfenikol,
siprofloksasin, tetrasiklin, sepalotin, 4. SIMPULAN
seftriason, norfloksasin). Demikian pula
Hasil isolasi dan identifikasi bakteri
kejadian di Sulawesi selatan, bahwa
pada kultur darah Widal positif asal Kota
resistensi S. typhi terhadap kloramfenikol
Semarang berdasarkan karakter fenotipik
meningkat setiap tahunnya dari 1,04% pada
menggunakan media API 20E, API 50
tahun 2001 menjadi 7,84% pada tahun 2007
CHB/E dan uji sensitivitas terhadap 6 jenis
(Hatta & Ratnawati, 2008).
antibiotik dapat diketemukan 14 isolat
Resistensi terhadap antibiotik lini bakteri batang gram negatif anggota familia
pertama (ampisilin, trimetoprim- Enterobacteriaceae yaitu: Salmonella typhi,
sulfametoksasol, kloramfenikol dan
Salmonella sp., Serratia marcescens,
gentamisin) karena memiliki R-plasmid
Escherichia coli dan Klebsiella pneumoniae.
(resistance plasmid) yang membawa satu
atau lebih gen yang mengkode protein yang Berdasarkan sistematika numerik
dapat merusak antibiotik misalnya dengan fenetik hasilnya dapat dikelompokkan
terjadinya asetilasi kloramfenikol dan menjadi empat klaster, klaster I
golongan aminoglisida yang lain (Tjaniadi et beranggotakan 5 isolat Salmonella typhi
94
University Research Colloquium 2015 ISSN 2407-9189
95
ISSN 2407-9189 University Research Colloquium 2015
Suharjono, Sembiring, L., Subagja, J., Vollaarrd, AM., Soegianto, A., Suwandhi,
Ardyati, T. dan Lisdiana, L. 2007. W., Henri A.G.H. van Asten, Leo G.
Sistematik Numerik Strain-strain V. Charles, S., J.T. van Dissel, 2005.
Anggota Genus Pseudomonas Identification of typhoid fever and
Pendegradasi Alkilbenzen Sulfonat paratyphoid fever at presentation in
Liniar Berdasarkan Sifat Fenotip dan outpatient clinics in Jakarta, Indonesia.
Protein Fingerprinting. Biota, 12 (1): Royal Society of Tropical Medicine
47−54 and Hygiene. Elsever. Vol. 99: 440-
450
Thong, KL., Altwegg, M., Pang, T. 2000.
Comparative Analysis of Salmonella WHO, 2003. Background Document: The
typhi by rRNA Gene Restriction and Diagnosis, Treatment and Prevention
Phage Typhing. Pakistan Journal of of Typhoid Fever. Communicable
Biological Sciences. 3 (5): 738-739 Disease Surveillance and Response
Vaccines and Biologicals.
96