Ujian Biokimia 2012 1. Gambarkan struktur: '. D-arabinosa (epimer D-ribosa pada 2) _b. D-altrosa (epimer D-glukosa pada C3) Ho cHo on Ho——# a OH H#—— on 4 ‘OH n—t—on CHLOH HOH 2. Tullskan reaksi D-Arabinosa dengan pereaksi Fehling (Cu) CHO ‘COOH —. —e # OH +2Cu?*+H,0 —te HOH +2Cu" + 2H" # oH 4— ton cHOH cH,0H 3. Tuliskan reaksi pembentukan asetal antara a-D-glukoplranosa dan metanol (CH;OH) 4.Gambarkan struktur trehalosa (disakarida dari unit a-D-glukopiranosa dengan ikatan 1->1 CH,OHama wi: es 5. Gambarkan steuktur asam linoleat (C18:2A"") 1 3 3 5] 9 10 2 13 15 a 6. Tuliskan reaks! esterifikas! asam linoleat dengan etanol menghasikan ester etl inolenat 2 fe 6 8 u uw 16 ed 1 3 5 7 9 «10 2 13 1s 7SOAL LATIHAN KI 3161: KARBOHIDRAT & LIPID Bacalah petunjuk soal tatihan ini sebelum mutal bekerja: Tullskan NAMA dan NIM Anda pada setiap halaman Lembar Jawaban Jawaban ditulis pada kertas ukuran A4 dan ditulis tangan Setlap Jawaban harus mencantumkan referens! Tidak diperkenankan menyalin Jawaban teman. Mereka yang menyalin jawaban teman/mencontek, akan diberikan nial 0 bag! sl pencontek dan yang membertkan contekan. 2. Gambarkan struktur molekul : acL-furanosa a-0-GicNac @-a-Trehalosa Gentibiosa Selulosa Kitin 2. Diantara ‘molekul disakarida berikut: Maltosa, a- a-Trehalosa, Sukrosa, Selobiosa, Laks dan Gentibiosa, manakah yang akan memberikan hasil uji positif jk direakggm dew larutan Fehling. Jelaskand 3. Gambarkan struktur poiisakariia & t stiap unit penyusun terhubung oleh ikatan glikosida B1->4)! 4 Jelaskan perbedaan struktur peptidoglikan penyusun dinding sel bakteri Gram-posit # bakteri Gram-negatif! 5 Salah satu jenis protein antibeku pada ikan (fish -ontifreeze (protein) merupakan ## glikoprotein, dinotasikan dengan Gal-GalNAc-Thr. Gambarkan’ struktur glikoprotela 1 dimaksud § Produksi asam askorbat (vitamin C) dalam skala industri menggunakan prekursor D-git Tuliskan reaksi yang terlibat dan jelaskani 7. Kadar glukosa darah normal dipertahakan pada 70-90 mg/dl. Respon tubuh terti# ¢glukosa diluar batas normal sering disebut Hiperglikemia atau Hipoglikemia. Jelaskan! ® Gambarkan struktur motekul: a. n-Heksakosanoat b 20:5ch5,8,11,14,17 ©. @-{2-n-Oktilsiklopropil)-oktadekanoat reange alah GICVAB(13)GIeNAc, @ 4. Sfingomielin €. Kolesterol {. Fosfatidilinositol & Galaktosilseramida Tuliskan persamaan reaksi kimia untuk proses peroksidasi lipid dan hidrogenasi lems! 4s Salah satu fungsi lipid di dalam set adalah sebagai Komponen penyusun biownen” Biomembran sering disebut sebagal “fluida mosaik”. Jelaskan maksud pernyataan tore!11. Jelaskan perbedaan antara transpor aktif dan transpor pasif! 12. Jelaskan bagaimana sistem pompa ion Na’ dan K’ bekerja untuk mempen, konsentrasi ion Na‘ dan K* di dalam sel. 24 Tentukan nilai perubahan energi bebas ketika 1 mol ion Na* ditranspor metewati, (T= 37°C) dari daerah dengan konsentrasi 12M ke daerah dengan konsentrast 100 4, a. Tanpa keberadaan potensial membran b. Kehadiran beda potensial membran sebesar 70 mV 14, ton K* berdifusi melalui membran eritrosit (koefisien permeabilitas = 2,4 x 10* ‘Tentukan jumlah mol ion K" yang akan berdifusi melewati membran eritrosit setamay jika diketahui Cy, (di dalam membran) = 100 mM dan Cx. (di luar membran) = 151 luas permukaan 1 sel eritrosit sebesar 100 um’. 15. a, Gambarkan struktur kimia asam laurat (C120) b, Gambarkan struktur kimia asarn arakhidonat (C20:4, sernua cis O°, A". O".A") ¢. Gambarkan struktur kimia fosfatidat (diasilgliserol-3-fosfat) 16. Liposom dapat digunakan untuk terapi gen. Jelaskan bagaimang cara Membuat liposom yang mengandung DNA untuk dibawa ke sel kanker. 17. Tentukan AG untuk mertibawa untuk transport ion Na‘ dan K” dengan proses yang terjadi: 02 Kin + 3 Na‘out Pada kondisi dimana (Na‘in] = 10 naM; (Na’out] = 140 mM; {K'in] = 100 mM; [K’out] = 5 mM dan Y= 70 mV. Apakah proses ini dapat terjadijika hidrolisis ATP menghasilkan energi sebesar 43,9 Wi/mol. 2 Kout+ 3 Na’SOAL LATIHAN KI3161: DNA DAN RNA 1. Struktur basa nukleotida adalah sebagai berikut m8 Sop nldinn—_yterine ‘2, Gambarkan struktur ppGpp (guanosin 3-difostat S-fosft) 2, Tuliskan komplemen dari nukleotida berikut dengan arah 5'->3" 2. CCGATC 3, Kelompokkan komponen-komponen berikut apakah termasuk ke dalam replikasi (A), transkripsi (8) atau translasi (C) i. RNA polimerase NTP. {i BNA polimerase mRNA fi, Ribosom Primer iw.ANTe ix cRNA vRNA x. Promoter 4, Suatu gen X dengan panjang 3,0 kb dipotong dengan tiga perlakuzn enzim restriksi secara terpisah, ‘masing-masing dengan Hall saja, EcoRI saja, dar. campuran EcoR|-Hpall. Hasil elektroforesis dari ‘paca pita-pita fragmen DNA yang diperoleh ditunjukkan sebagai berikut: tots rw Fens june Peete sue Fast os joe PJous L ‘Gambar peta restriksi hasil pemotongan gen X tersebut dengan Hpoll saja adalah —_— 16 14 a. Gambarkan peta restrksi gen X hasil pemotongan dengan EcoRI-Hpall,b. Gambarkan pula peta restriksi gen X hasil pemotongan dengan EcoRI saja 'S. Gambarkan sketsa pola gel elektroforesis empat lajur fragmen DNA yang menjelaskan hasil penentuan urutan menggunakan templat polinukleotida GAATCCGATT 6. Sebutkan empat karakteristik plasmid pBR322 berikut: Tetracydine resistance Origin of replication Plaseald pBR322Tutorial 3: Peranan molekul air dalam sistem biologi Data dan Persamaan Penting Kekutan ion: !=17C,Z}; Ci=konsentrasi garam; Z = muatan ion-ion garam. Persamaan Debye-Huckel: r oa =jarak dua makroion yang berinteraksi; K= tetapan yang bergantung pada tetapan “2lektrik medium. Massa atomn relatif: Na =23; K =39; P=31 Ke HaPO¥ = 1,38 107 1. Seorang mahasiswa mengambil sampel sel darah merah kelinci. Sel darah tersebut dia simpan di dalam tiga tabung yang berbeda: tabung A hanya berisi air, tabung B berisi 0,85%(w/w) NaCl dan tabung C berisi 0,85%{w/w) (NH.)SO«. Perkirakan apa yang terjadi pada bentuk sel darah mecah yang disimpan pada ketiga tabung di atas, bila diamati esok harinya di bawah mikroskop? 2. Dalam suatu percobaan interaksi protein dan DNA, seorang peneliti menyiapkan DNA dan Protein dengan konsentrasi masing-masing i ivi dan dalam dua tabung yang memiliki konsentrasi garam berbeds, yait 10 mM (Sampel A) dan 100 mM (Sampel B) Perkirakan sampel manakah yang memiliki peluang terbesar untuk terjadinya interaks! antara protein dan DNA, jelaskan. 3, Dalam suatu prosedur percobaan dinyatakan bahiva kekuatan ion larutan harus di jag pada nilai 10 Mahasiswa A mengikuti prosedur percobaan tersebut denge menggunaka NaCl 1 M, tetapi mahasiswa B melakukannya dengan garam (NH:}S0 1M. Perkirakan, siapa yang kemungkinan besar gagal melakukan percobaan, dar jelaskan mengapa? 4. Misalkan anda diminta membuat buffer dengan pH 7,0 menggunakan KH:PO« dit NaHPO. (a) Bila anda memiliki larutan 0,1 M KH:POx, berapakah konsentrasi dari NasHPO. yay, diperlukan? (b) Bila anda diminta membuat larutan dengan pH yang sama dan menggunakan bah? yang sama tetapi dengan syarat bahwa konsentrasi fosfat total ({HPC.7] + [H:POT sama dengan 03. Berapakah konsentrasi KH:PO:dan NasHPO« yang diperlukan? ¢ (c) Berapatah kapasistas buffer fosfpat pH 7 di atas. Apakah buffer ini cukup efelt’' dalam mempertahankan pH akibat penambahan asam?‘Tatorial € Straktur dan Sifat Kimis Asam Amino 1. Sebutkan karakteristik ‘umum untuk semua) asam amino yang ditemukan sebagai penyusun protein? 2. Apakah Keuntungan dengen edanys 20 asam amino yang berteda yang digunakan dalam ‘membentuk struktur protein? 3. Terangkan mengenai keundkan sifat asam basa dari gugus R histidin dalam hubungannya dengan pH Esiologis? 4. Asam-amino Histidin|memilikd rantal samping dengan nilai pKa = 6. Hitung fraksl dari rantai samping histidin yang mengemban muatan positif pada pH $4. 5S. Suatu tetrapeptida memiliki urutan Gly“App-Ais-tis. a. Gambarkan struktumya pada pH 1, pH 7 dan pH 9 b. Gambarkan struktur zwitter ionnya, pada pH berapa semua tetrapeptida dalam bentuk © Sketsa kurvaltitrasinya.Autorial-5: Struktur primer protein 1. Insulin terdiri dari dua rantai polipeptida, yaitu rantai A dan B, yang, digabung melalui ikatan disulfida. Pada insulin manusia, rantai A adalah rantai yang lebih pendek dan terdiri dari 21 asam amino, sedangkan rantai B adalah rantai yang lebih panjang yang terdiri dari 30 asam amino. Insulin dari berbagai hewan mirip dengan insulin manusia, tetapi tidak sepenuhnya identik, seperti yang diberikan pada Tabel-1 di bawah ini. ‘Tabel-1. Variasi struktur primer insulin pada posisi A8, A9, A10, B1, B2, B27 dan 630 (semua asam amino lain adalah sama. | Spesies As [a9 [Aw [61 [b2_ [627 [B30 - [manusia—~ [Thr [Ser [Tle “Phe [Val | Tw _| Thr Ter Ala [Ser _[Vaf* | Phe _[Val_| Thr | Ala, Babi The [Ser [ile | Phe |Val_| Thr | Ala Kuda The _[Giy~ [te [Phe |val_| Thr | Alas Kelind The [Ser-|te [Phe |Val_| Thr | Ser | Anjing The [Ser [Me | Phe [Val | Thr | Ala ‘Ayam Ais) | Asn [Thr | Ala | Ala_| Ser_| Ala Bebek Gia aa eae ‘Ala_| Ser_| Thr (A) Hewan manakah yang dapat digunakan sebagai sumber insulin untuk pengobatan diabetes? Jelaskan (8) Apakah nilai pl dari insulin hewan sama atau lebih besar atau lebih kecil dari insulin manusia? {© Beberapa orang menunjukan gejala alergi ketika disuntikan insulin hewan karena sistem kekebalan orang tersebut mengenalinya sebagai protein asing. Terangkan mengapa sistem kekebalan manusia dapat mengenali insulin hewan. 2. Suatu protein diketahui terdiri dari dua rantai peptida yang dihubungkan satu sama lain melalui satu atau lebih ikatan disulfida, N-terminal dati dua peptida adalah valin dan prolin. Ikatan disulfida dipotong dengan asam performat, dua residu asam sisteik (Cys.SO3H) tebentuk dari setiap pemotongan ikatan disulfida. Setelah itu, setiap rantat peptida kemudian dipotong dengan tripsin dan memberikan lima fragmen berikut: Val-Ser-Lys Gly-Cys.SOsH-Phele-Ala Pro-Arg ” Glu-Trp-CysSOH-Gly Cys SOSH:Leu-Tyr-Cys SOsHDArg Selain dengan tripsin, dalam ek3petimen terpisah setiap rantai peptida awal juga dipotong dengan menggunakan enzim pepsin dan juga memberikan lima fragmen berikut: Val-Ser-Lys- De-Ala Pro-Arg:Gly-CysSO# Trp-fyssO Gly Tyr-CysSOmp Arg Gia Sampel protein awal dihidrolisis dengan pepsin tanpa perlakuan awal dengan asam performat. Fragmen yang dihasilkan kemudian dipisahkan satu sama lain. Salah satu fragmen ini, kemudian diperlakukan dengan t, ternyata menghasilkan dua fragmen berikut: Val-Ser-Ly: Trp-CysSOH-Gly Tentukan struktur primer dari protein berdasarkan data di atas. _6 utorial-b: Struktur tiga dimensi protein Setiap protein dikarakterisasi oleh urutan asam amino dan struktur tiga dimensi yang unik Terangkan bagaimana keduanya saling bechubungan dengan menggunakan percobaan yang dilakukan oleh Afinsen ketika mendenaturasi dan merenaturasi ribonuklease. Konformasi native protein distabilkan oleh berbagai interaksi lemah non-kovalen: ‘ a. Sebutkan empat interaksi yang berkontribusi dalam menstabilkan konformasi native dari suatu protein. b. Sebutkan reagen atau kondisi apa yang dapat mengganggu masing-masing interaksi di atas selain oleh pemanasan. ¢. Terangkan, mengapa justru interaksi non-kovalen bukan ikatan kovalen yang berperan penting dalam mendukung stabilitas maupun fungsi dari protein? 4. Selain konformasi native, yang distabilkan oleh berbagai interaksi lemah antar gugus samping (R) asam amino penyusun protein, konformasi keadaan terdenaturasi juga distabilkan oleh interaksi serupa antara molekul air dengan gugus samping protein. Akan tetapi dalam kondisi alamiab/fisiologis protein lebih stabil dalam konformasi native, mengapa demikian? fe. Selain gugus samping protein, ikatan peptida dalam backbone protein juga memerankan fungsi yang penting dalam menstabilkan konformasi native protein, jelaskan. Pauling dan Corey memperiihatkan bahwa dalam suatu peptida kecil, 6 atom yang tergabung dalam ikatan peptida semua terletak dalam satu bidang. a. Gambarkan Tripeptida dalam konformasi trans, tunjukan 6 atom mana saja yang berada dalam satu bidang planar dari ikatan peptida (Gunakan simbol Ry, Rs, dan Rs untuk gugus rantai samping asam amino). b. Gambarkan struktur resonansi ikatan peptida untuk menerangkan mengapa tidak ada rotasi disekitar ikatan C-N pada ikatan peptida © Berdasarkan gambar tripeptida di atas tunjukan pada ikatan pasangan atom manakah rotasi dapat berlangsung. 4. Dalam rantai polipeptida sudut dihedral pada ikatan pasangan atom yang dapat berotasi dibedakan dengan sudut simbol y dan ¢. Tunjukkan bagaimana kedua sudut dihedral ini ditentukan. ‘¢. Informasi apa yang tampilkan dalam plot Ramachandran? ‘Tentang struktur sekunder dari protein. a. Deskripsikan minimal tiga citi utama dari struktur a-heliks. b. Terangkan kondisi apa saja yang dapat mempengaruhi kestabilkan struktur a-heliks © Deskiipsikan minimal tiga Gri utama dari struktur B-sheet. 4. Terangkan alasan utama bahwa struktur B-sheet antiparalel lebih stabil dibandingkan struktur B-sheet paralel ‘¢. Mengapa glisin dan prolin sering ditemukan dalam struktur B-turn? {. Terangkan apa yang dimaksud dengan motif dalam struktur protein. ‘Tentang struktur tersier protein. 2. Dalam lingkungan berpelarut air, konformasi protein ditentukan olch dua faktor tam ‘Terangkan kedua faktor tersebut. b. Selain distabilkan olch interaksi-interaksi lemah, struktur tersier protein juga distabilkan oleh ‘dua tipe ikatan Kovalen. Sebutkan kedua tipe ikatan kovalen tersebut. © -Mengapa residu asam amino polar tak bermuatan seperti Ser, Thr, Asn, Gin dan Tyr dapat ditemukan di interior maupun dipermukaan protein? 4. Apa yang, dimaksud dengan domain Struktur kwatemer dibangun dari beberapa struktur tersier protein (subuniprotomer) Ay euntungan das penobungan beberapaprtein membent suse hwstemet