9/10/19

Pendahuluan
Klasifikasi dan Identifikasi • Ilmu klafisikasi makhluk hidup:
Mikroorganisme taksonomi
• Taksonomi à rujukan untuk identifikasi
Ratna Yuliani organisme yang telah diklasifikasikan
• Contoh: identifikasi isolat bakteri
Semester Gasal 2019/2020
• Taksonomi modern à urutan DNA

http://www.healthandphysicaleducati
onteacher.com http://s3.amazonaws.com/readers/2010/05/28/bc_1.jpg
http://www.geneticstimes.com/Images/microbes_w300.jpg

http://c.asstatic.com/images/794155_634315421710928750-1.jpg
Sistem klasifikasi
• Sekitar 1,7 juta organisme hidup telah
• Dari awal studi ilmiah,
diidentifikasi.
organisme telah dipilih dan
• Jumlah spesies hidup = 10-100 juta diklasifikasikan
• Organisme tersebut mempunyai • Yunani kuno (1700) à 2
perbedaan tapi punya beberapa
kingdom, tanaman dan hewan http://danmarkltd.tripod.com/sitebuildercontent/sitebuilde

persamaan misalnya: rpictures/flowers.jpg

– Sel yang dikelilingi membran plasma • Linnaeus (1735) à 2 kingdom,

plantae dan animalia
– ATP à energi
– Informasi genetik à DNA • Carl von Nageli (1857) à
bakteri dan jamur dimasukkan
dalam kingdom tanaman http://img.ehowcdn.com/article-new

• Ernst Haeckel (1866) à kingdom protista • Roger Stanier (1961) à prokariot: sel
untuk memasukkan bakteri, protozoa, yang materi intinya tidak dikelilingi oleh
alga, dan fungi/jamur membran inti
• Mikroskop elektron à beda antar sel • Robert G.E Murray (1968)à mengusulkan
kingdom prokariot
semakin jelas
• Robert H Whittaker (1969) à sistem 5
• Edouard Chatton (1937) à prokariot à kingdom, organisme prokariot dimasukkan
tidak punya nukleus kingdom prokariota atau monera, eukariot
terbagi dalam 4 kingdom yang lain

1
 9/10/19

1. Monera atau prokariot à semua prokariot

yang berarti semua bakteri
2. Kingdom protista à eukariot uniseluler
(protozoa, jamur lendir)
3. Kingdom fungi à yeast uniseluler, jamur
multiseluler (mikroskopik), jamur
makroskopik
4. Kingdom plantae à tanaman
5. Kingdom animalia à hewan
http://images.slideplayer.info/11/3026721/slides/slide_3.jpg

http://www.kirksville.k12.mo.us/khs/teacher_web/alternative/t http://www.schenectady.k12.ny.us/TechResources/EE
axonomy.html TT/Taxonomy/Taxonomy.html

3 Domain
• Perbedaan sekuen RNA ribosomal à 3
kelompok sel à sel eukariotik dan 2 sel
prokariotik: bakteri dan archaea
• Th 1978 Carl R. Woese: ketiga sel tersebut
menjadi tingkatan klasifikasi
organisme di atas kingdom yaitu
domain

http://www3.amherst.edu/magazine/issues/02fall/features/woese.htm
l

Domain Eukaria
Apakah nama organisme berikut?
Domain Bakteria
•Hewan
•Prokariot patogenik
•Tanaman
•Prokariot non patogenik
•Jamur
•Prokariot fotoautotrofik
•Protista

Domain Archaea http://bibitbunga.com/wp-content/uploads/2016/03/how-to-

grow-banana.jpg
http://www.biodiversitywarriors.org/isi-katalog.php?idk=2780&judul=Monyet-Ekor-Panjang-,-Macaca
https://www.dosenpendidikan.co.id/101-pengertian-rhizopus-orizae-serta-peranannya/

• Metanogen: metana dari CO2 dan H2

• Halofil ekstrim
• Hipertermofil

http://raihanarasyid.gurusiana.id/article/bunga-tapak-dara-catharanthus-roseus-yang-memikat-dengan-banyak-manfaat-10351 http://fredikurniawan.com/klasifikasi-dan-morfologi-kucing-felis-silvestris-catus/

2
 9/10/19

Sistem tata nama ilmiah

• Organisme hidup dikelompokkan • Nama organisme sama à tata nama ilmiah à
binomial nomenclature à genus + spesies
berdasarkan kemiripan karakteristik à • Protozoa and cacing parasit à International Code
setiap organisme mempunyai nama ilmiah of Zoological Nomenclature.
yang unik • Jamur and alga à the International Code of
Botanical Nomenclature.
• Bakteri baru à International Committee on
Zingiber zerumbet Zingiber spectabile Zingiber cassumunar Zingiber flagelliforme
Systematics of Prokaryocytes and published in the
International Bacteriological Code. They are then
included in the standard of reference for bacteria,
Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology.

http://botany.si.edu/zingiberales/genera/genuspage.cfm?mygenus=zingiber&myfamily
http://botany.si.edu/zingiberales/genera/genuspage.cfm?mygenus=zingiber&myf =zingiberaceae#
http://alterminds.xyz/40-of-the-worlds-weirdest-flowers/
http://wildlifeofhawaii.com/flowers/author/admin/page/25/ amily=zingiberaceae#

Hirarki taksonomi
• Nama ilmiah bisa berubah • Urutan taksa yang digunakan untuk
• Streptococcus faecalis dan Streptococcus mengklasifikasikan organisme hidup:
1. Domain (this is the relatively new one)
fecium à Enterococcus faecalis dan
2. Kingdom
Enterococcus faecium. 3. Phylum
4. Division (this one may be used in
place of phylum in botany)
Studi dengan hibridisasi DNA à kedua spesies 5. Class
“berhubungan jauh” dengan spesies stretococcal yang 6. Order
lain à genus baru dibuat 7. Family
8. Genus
Burkholderia (Pseudomonas) pseudomallei 9. Species
Nama lama http://en.citizendium.org/wiki/Taxonomy

Staphylococcus

http://www.cdc.gov/media/subtopic/library/DiseaseAgents/img12.jpg

Lebih dekat dengan apa?

Streptococcus

http://www.cdc.gov/media/subtopic/library/DiseaseAgents/img35.jpg Bacillus

http://www.nyrture.com/blog/2015/5/23/the-subtle-beauty-of-bacillus-subtilis-
part-ii

3
 9/10/19

Klasifikasi prokariot
• Skema klasifikasi taksonomi prokariot • Spesies prokariotik à populasi sel dengan
dapat ditemukan di Bergey’s Manual of karakteristik yang sama
Systematic Bacteriology, edisi kedua • Antar anggota spesies bakteri tidak dapat
dibedakan, tapi dapat dibedakan dari anggota
• Prokariot dibagi menjadi 2 domain: bakteri
spesies lain biasanya berdasarkan beberapa fitur
dan archaea • Bakteri yang ditumbuhkan dalam media selama
• Setiap domain dibagi menjadi phyla waktu tertentu disebut kultur
• Phyla à classes à orders à families à
genera à species

http://www.microbiologyinpictures.com/bacteria-photos/escherichia-coli-photos/salmonella-ecoli-colonies.html

http://www.care2.com/news/member/976361965/2654308

• Kultur murni biasanya berupa
klon (populasi sel yang
diturunkan dari sel induk
tunggal) à seharusnya identik
• Dalam beberapa kasus, kultur
murni spesies yang sama, tidak
identik
• Setiap kelompok tersebut disebut
dengan strain
Klasifikasi eukariot
• 1969, eukariotik sederhana, kebanyakan
uniseluler dimasukkan ke dalam kingdom
protista (beraneka ragam organisme)
• 200.000 protista telah diidentifikasi à dari
fotosintetik – parasit intraseluler obligat
http://biologyuofteeb.blogspot.co.id/2015/06/ecoli-grown-on-macconkey-agar.html
• Sekuensing RNA ribosom memungkinkan
membagi protista menjadi kelompok-
kelompok berdasarkan nenek moyangnya

• Protista dibagi lagi menjadi clades • Kingdom fungi à unicellular yeast,

(kelompok yang secara genetik masih multiseluler molds, dan mushrooms
berhubungan)

http://www.scientistlive.com/media/images/11942
9_fullsize.jpg

http://www.infobarrel.com/media/image/568.jpg

http://www.celtnet.org.uk/images/field_mushroo
m.gif

4
 9/10/19

• Kingdom plantae (tanaman) à alga,

tanaman kecil (1-10 cm), tanaman • Kingdom animalia à sponges, cacing,
berbunga, paku-pakuan, dan konifer serangga, dan hewan bertulang belakang
http://www.mikesparr.com/wp-
content/uploads/2007/04/turks_scuba_sponges.jpg

http://a-weed-of-national-
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commo significance.smartcode.com/images/sshots/a_weed_of_nati
ns/6/6a/Mosses_on_a_tombstone.jpg onal_significance_27863.jpeg

http://cdn.phys.org/newman/csz/news/800/2015/bird.jp
g http://butterflyfarms.org/wp-content/uploads/2013/09/butterfly01.jpg

http://www.mikesparr.com/wp-content/uploads/2007/04/turks_scuba_sponges.jpg

http://gardenwebs.net/Australian.conifer.garden.jpg

http://www.wetwebmedia.com/Algae%20and%2
0Plt%20Pix/Red%20Algae/red%20alga%20id%
http://www.gardensoyvey.com/catalog/images/schield-fern.jpg 20wwm.jpg

Klasifikasi virus
• Virus tidak dimasukkan ke http://www.microbiologyonline.org.uk/about-
microbiology/introducing-microbes/viruses • The International Committee on Taxonomy of
dalam salah satu dari 3 Viruses à spesies virus adalah populasi
domain
virus dengan sifat yang sama termasuk
• Virus tidak terdiri atas sel,
menggunakan mesin anabolik
morfologi, gen, dan enzim
dalam inang untuk • Virus à parasit intraseluler obligat
berkembang biak http://ep00.epimg.net/elpais/imagenes/2015/12/09/ciencia/1449684423_617874_1449684661_noticia_normal.jpg

• Genom virus dapat mengatur A section through a cell being

biosintesis di dalam sel inang destroyed by herpes simplex
virus infection. At centre is a
dan beberapa genom virus large cluster of viral capsids
(protein coats, red) which the
dapat digabung dengan cell has produced at the
direction of the virus's genetic
genom inang material.

Mengapa identifikasi
Metode untuk mengklasifikasikan mikroorganisme penting?
dan mengidentifikasi
mikroorganisme Teknik identifikasi tidak sama dengan
klasifikasi

http://exploringmedicalcareers.com/wp-content/uploads/2013/06/Cytotechnologist.jpg
http://www.ehow.com/info_8631959_methods-identify-bacteria.html https://lyfeinspired.files.wordpress.com/2010/10/bad_bacteria.jpg http://www.labtimes.org/editorial/img/e_323.jpg http://previews.123rf.com/images/mjak/mjak1204/mjak120400012/13026543-Group-of-cartoon-germs-on-some-dirty-surface-Stock-
Vector-cartoon-bacteria-microbiology.jpg

5
 9/10/19

Karakteristik morfologi
Tidak mengklasifikasikan
bakteri berdasarkan hubungan
• Karakteristik morfologi (struktural) à
evolusi tetapi berdasarkan: klasifikasi organisme
1. Komposisi dinding sel • Mikroorganisme kelihatan sama jika
2. Morfologi diklasifikasikan berdasarkan strukturnya
3. Pengecatan diferensial
4. Kebutuhan oksigen • Ratusan spesies bakteri berupa batang
5. Uji biokimia kecil dan kokus kecil

http://ctle.hccs.edu/biologylabs/GB2/02Bacteria/BacterialShapesStructures_Quiz
/Bacteria6.jpg http://ctle.hccs.edu/biologylabs/Micro/01MicrobialMorphologyStaining/01BacterialShapes/Ba
cteria_Shapes_Coccus.png

Pengecatan diferensial
• Morfologi sel à sedikit informasi tentang • Kebanyakan bakteri à bakteri Gram positif
hubungan filogenetik atau Gram negatif
• Acid fast stain à terbatas untuk
• Karakteristik morfologi masih berguna
mikroorganisme tertentu
untuk mengidentifikasi bakteri
• Pengecatan à komposisi dinding sel
• Perbedaan struktur endospora atau flagela • Pengecatan Gram atau acid fast
http://textbookofbacteriology.net/Bacillus_2.html
digunakan untuk memperoleh informasi
secara cepat dalam lingkungan klinik

Acid fast: Bright red to

intensive purple (B), Red,
straight or slightly Tes biokimia
curved rods, occurring
singly or in small groups, may
appear beaded
Non-acid fast: Blue color (A)
• Aktivitas enzimatik
• Bakteri yang berkerabat dekat dapat
dibedakan menjadi spesies yang berbeda
http://www.microbiologyinfo.com/acid-fast-stain-principle-procedure-interpretation-and-examples/
• Fermentasi komponen media
• Waktu yang dibutuhkan untuk identifikasi
bakteri dapat dikurangi dengan
penggunaan media selektif dan diferensial
atau metode identifikasi cepat
http://science.kennesaw.edu/~jdirnber/Bio2108/Lecture/LecBiodiversity/27_Labeled_Images/27_03cGramStainingPhoto-L.jpg

6
 9/10/19

Penyebab diare?

7
 9/10/19

Serologi
• Mikroorganisme à antigen dan merangsang
pembentukan antibodi
• Larutan antibodi digunakan untuk
mengidentifikasi banyak mikroorganisme à
antiserum
• Slide agglutination test à sampel dari bakteri
yang belum diketahui ditempatkan pada
setetes salin di atas slide lalu antiserum
diteteskan pada sampel
• Hasil uji positif jika terjadi aglutinasi
• Bisa mengidentifikasi strain dalam 1 spesies

Western
blotting

Elisa (enzyme-linked immunosorbent assay) à

antibodi diteteskan ke sumuran + bakteri yang
belum diketahuià reaksi?

https://www.researchgate.net/figure/Phage-typing-The-bacterial-sample-to-be-typed-is-plated-together-with-a-series-of_fig4_261034087/download

Tipe faga
• Phage typing à menggunakan virus yang
menyerang bakteri (bakteriofag)
• Virus tsb sangat spesifik (strain bakteri) dan
biasanya menyebabkan lisis pada bakteri
yang sensitif terhadapnya
• Bakteri disebar di atas permukaan agar dan
dibiarkan untuk tumbuh. Satu tetes fag Incubation
(beberapa fag) diteteskan pada bakteri. Jika
bakteri sensitif thd fag tertentu, area jernih
yang disebut plak akan terlihat

8
 9/10/19

Profil asam lemak

• Bakteri mensintesis asam lemak dan
secara umum, asam lemak ini tetap untuk
spesies tertentu
• Asam lemak dibandingkan dengan profil
asam lemak dari organisme yang telah
diketahui
• Profil asam lemak yang disebut FAME
(fatty acid methyl ester) banyak digunakan
pada laboratorium

Flow cytometry
• Flow cytometry à identifikasi bakteri
tanpa mengkulturnya
• Cairan berbakteri yang masuk disinari oleh
laser, cahaya yang tersebar memberikan
informasi mengenai ukuran sel, bentuk,
densitas, dan permukaannya à dianalisis
oleh komputer
TLC of lipids extracted from three different
bacteria: E. coli, B. subtilis and F. novicida

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jsfa.3931

Komposisi basa DNA

• Fluoresensi dapat • Taksonomis dapat menggunakan komposisi
digunakan untuk basa DNA untuk menyimpulkan kekerabatan
mendeteksi sel • Komposisi basa biasanya diekspresikan sebagai
yang berfluoresensi persentase guanin + sitosin (G+C)
seperti • Komposisi basa pada spesies tunggal à tetap,
Pseudomonas perbandingan G+C dalam spesies yang berbeda
dapat menunjukkan tingkat kekerabatan
• Deteksi Listeria • Dua organisme berkerabat dekat à banyak gen
dalam susu identik atau mirip à jumlah basa di DNA hampir
sama
http://missinglink.ucsf.edu/lm/molecularmethods/flow.htm

• Hasil identifikasi harus didukung oleh data lain

9
 9/10/19

In one hospital, patients

DNA fingerprinting undergoingvcoronary-bypass
surgery developed infections
caused by Rhodococcus
bronchialis (rō-dō-kokʹ kus bron-
• Seluruh urutan DNA tidak praktis untuk kēʹ al-is).
identifikasi The DNA fingerprints
of the patients’ bacteria and the
• DNA dari 2 mikroorganisme dipotong dengan bacteria of one nurse
enzim restriksi yang sama à elektroforesis were identical. The hospital was
thus able to break the chain of
à DNA fingerprint transmission of this infection by
encouraging this nurse to use
• Perbandingan jumlah dan ukuran potongan aseptic technique.
DNA à persamaan dan perbedaan
• Semakin mirip polanya semakin dekat
kekerabatannya

Sekuensing RNA ribosom

• RNA ribosom à sedikit berubah
• Jika rRNA berubah drastis,
mikroorganisme tidak mampu membuat
protein dan akan mati
• Persamaan rRNA dari 2 mikroorganisme
yang berbeda menunjukkan
kekerabatannya Figure 2-A 275 bp segment of the 16S rRNA gene from
Macedonia Park nitrite-oxidizing bacteria compared to the entire
16S rRNA sequence for Nitrobacter winogradskyi (L11661, N. sp.
(L11662), N. hamburgensis (L1166l). All four segments are highly
homologous.
http://www.biotechniques.org/students/jeanies/

Polymerase chain reaction (PCR)

• PCR à meningkatkan jumlah DNA agar
bisa diuji dengan elektroforesis
• Tahun 1992, peneliti menggunakan PCR
untuk menentukan penyebab penyakit
Whipple yang sebelumnya tidak diketahui
à Tropheryma whipplei (trōʹ fėr-ē-mä whipʹ
plē-e)
• Tidak ada yang dapat menumbuhkan
bakteri untuk diidentifikasi à PCR

https://ib.bioninja.com.au/standard-level/topic-3-genetics/35-genetic-modification-and/pcr.html

10
 9/10/19

Hibridisasi asam nukleat

• DNA untai ganda jika dipanaskan akan
memisah à suhu diturunkan à menyatu
• Sekuen asam nukleat à kekerabatan
• DNA untai ganda dari 2 mikroorganisme
yang berbeda dicampur à semakin
banyak yang berpasangan à semakin
dekat kekerabatannya

Buku Acuan

Access code schoology

QZHW-DQ9J-M3663 Terima Kasih

11