Complex Regulation of the ara Operon

Almost all the details about the mechanisms by which the lac and trp operons are
regulated are known and supported by an extensive body of experimental data. However, other
operons like the arabinose (ara) operon of E. coli exhibit much more complex patterns of
regulation that are still not completely understood. In the lac and trp operons, the product of the
regulator gene, the repressor, functions in a negative manņer, turning off transcription of the
operon. On the other hand, the catabolite activator protein (CAP) èxerts a positive control over
the lac operon by stimulating transcription of the operon. The major regulatory protein of the ara
operon exhibits both negative and positive regulatory effects on the transcription of the structural
genes of the operon depending on the environmental conditions. Moreover, the regulatory
components that control transcription of the ara operon include one element that acts from a
distance of over 200 nucleotide-pairs away from the promoter that it helps to control. Although
all the details of the ara operon regulatory circuitry are not yet established unambiguously, the
current working model is presented here to give the student an appreciation for the complexity of
the regulation of some bacterial operons.

Regulasi Kompleks dari Operon ara

Hampir semua perincian tentang mekanisme yang mengatur operon lac dan trp diketahui
dan didukung oleh badan luas data eksperimen. Namun, operon lainnya seperti operon arabinose
(ara) dari E. coli menunjukkan pola regulasi yang jauh lebih kompleks yang masih belum
sepenuhnya dipahami. Dalam operon lac dan trp, produk gen regulator, represor, berfungsi dalam
maner negatif, mematikan transkripsi operon. Di sisi lain, protein aktivator katabolit (CAP)
memberikan kontrol positif terhadap operon lac dengan merangsang transkripsi operon. Protein
pengatur utama dari ara operon menunjukkan efek regulasi negatif dan positif pada transkripsi
gen struktural operon tergantung pada kondisi lingkungan. Selain itu, komponen pengatur yang
mengontrol transkripsi ara operon mencakup satu elemen yang bertindak dari jarak lebih dari
200 pasangan nukleotida yang jauh dari promotor yang membantu pengendaliannya. Meskipun
semua detail dari sirkuit pengaturan ara operon belum ditetapkan secara jelas, model kerja saat
ini disajikan di sini untuk memberikan siswa apresiasi untuk kompleksitas regulasi beberapa
operon bakteri.

The arabinose (ara) operon of E coli contains three structural genes (araB, araA, and
araD) that encode the three enzymes involved in the catabolism of arabinose (Fig. 14.8a) These
three genes are cotranscribed on a single mRNA that is initiated at a promoter called PBAD.
(Active transport of arabinose into cells is carried out by the products of genes araE, araF, and
araG. These genes are located at sites quite distant from the araBAD operon of interest here and
will not be discussed further.) The major regulatory protein of the ara operon (the araC protein)
is produced from a transcript that is initiated at a promoter called Pc. The Pc promoter is only
slightly over 100 nucleotide-pairs away from PBAD, but the two promoters initiate transcription in
opposite directions (Figs 14.8a and b). The araC protein acts as a negative regulator (a repressor)
of transcription of the araB, araA, and araD structural genes from the PBAD promoter in the
absence of arabinose and cyclic AMP (cAMP). It acts as a positive regulator (an activator) of
transcription of these genes from the PBAD promoter when arabinose and cAMP are present. Thus
depending on the presence or absence of the effector molecules arabinose and cAMP, the araC
regulatory geneproduct may exert either a positive or a negative effect on transcription of the
araB, arA, and araD structural genes. Since the ara operon is subject to catabolite repression like
the lac operon (see the preceding section), and thus to positive control by CAP and cAMP,
induction of the ara operon depends on the positive regulatory effects of two proteins, the araC
protein and CAP (the CAMP-binding catabolite activator protein) The binding sites for these two
proteins and for RNA polymerase all appear to be located in a region of the ara operon
historically called aral (I for induction), located between the three structural genes of the operon
and the regulator gene (araC) (Fig. 14.8a)

Operon arabinose (ara) dari E coli mengandung tiga gen struktural (araB, araA, dan araD)
yang mengkode tiga enzim yang terlibat dalam katabolisme arabinose. Ketiga gen ini
ditranskripsikan pada mRNA tunggal yang dimulai di promotor bernama PBAD. (Transpor aktif
arabinosa ke dalam sel dilakukan oleh produk-produk dari gen araE, araF, dan araG. Gen-gen ini
terletak di lokasi yang cukup jauh dari operan bunga araBAD di sini dan tidak akan dibahas lebih
lanjut.) ara operon (protein araC) diproduksi dari transkrip yang dimulai pada promotor yang
disebut Pc. Promotor Pc hanya sedikit lebih dari 100 pasangan nukleotida dari PBAD, tetapi
kedua promotor memulai transkripsi dalam arah yang berlawanan (Gambar 14.8a dan b). Protein
araC bertindak sebagai regulator negatif (penekan) transkripsi gen struktural araB, araA, dan
araD dari promotor PBAD dengan tidak adanya arabinose dan AMP siklik (cAMP). Bertindak
sebagai regulator positif (aktivator) dari transkripsi gen-gen ini dari promotor PBAD ketika ada
arabinose dan cAMP. Jadi tergantung pada ada atau tidaknya molekul efektor arabinose dan
cAMP, geneproduk pengatur araC dapat memberikan efek positif atau negatif pada transkripsi
gen struktural araB, arA, dan araD. Karena ara operon tunduk pada represi katabolit seperti
operon lac (lihat bagian sebelumnya), dan dengan demikian untuk kontrol positif oleh CAP dan
cAMP, induksi ara operon tergantung pada efek regulasi positif dari dua protein, protein araC
dan CAP (protein aktivator katabolit pengikat CAMP) Situs pengikatan untuk kedua protein ini
dan untuk RNA polimerase semuanya tampak terletak di wilayah ara operon yang secara historis
disebut aral (I untuk induksi), yang terletak di antara tiga gen struktural operon dan gen regulator
(araC) (Gbr. 14.8a)

Initially, scientists studying the regulation of the ara operon thought that all the binding
sites for the araC regulatory protein and the cAMP-CAP complex were in the araI region. The
surprising discovery was that repression of the ara operon depended on the binding of araC
protein at a site called araO2 (O for operator, 2 because it was the second ara operator identified)
located 211 nucleotide-pairs upstream (relative to the direction of transcription from PBAD) from
the araC protein-binding site in aral (Fig 14 86) (Operator araO1-the first ara operator to be
identified-controls the transcription of the araC regulator gene initiated at Pc.) The currently
accepted model for the repression of the ara operon is that the araC protein must bind (as a
dimer) at both the araI site and the araO2 site, and that these proteins then bind to each other to
form a DNA loop (Fig. 14.80). In fact there is now considerable evidence in support of this
model. For example if five nucleotide pairs are inserted or deleted in the region between araI and
araO2, normal repression of the operon cannot occur. Such an insertion or deletion will rotate one
araC protein-binding site halfway around the double helix (to the opposite face) relative to the
other arac protein-binding site. This presumably would make it difficult or impossible for the
araC dimers bound at araI and araO2 to interact and form the loop required for repression.

When the loop structure (Fig. 14.8c) is formed, it must prevent or interfere with the
binding of RNA polymerase at the adjacent promoter (PBAD) of the operon (Fig. 14.8b). In the
presence of arabinose and cAMP, the ara operon is induced. Moreover, under these conditions,
the araC protein has been shown to become an activator of transcription of the operon. The
details of the mechanism by which arabinose causes the araC protein to become a positive
regulator of transcription of the operon are not clear. Somehow, the arabinose-araC protein
complex and the cAMP CAP complex must open the loop by binding at their araI sites. This, in
turn, must permit RNA polymerase to bind at the PBAD site and initiate transcription of the ara
structural genes (Fig. 14.8d).

Awalnya, para ilmuwan yang mempelajari regulasi operara ara berpikir bahwa semua
situs pengikatan untuk protein regulator araC dan kompleks cAMP-CAP berada di wilayah araI.
Penemuan mengejutkan adalah bahwa represi ara operon bergantung pada pengikatan protein
araC di situs yang disebut araO2 (O untuk operator, 2 karena operator ara kedua yang
diidentifikasi) terletak di 211 pasang nukleotida di hulu (relatif terhadap arah transkripsi) dari
PBAD) dari situs pengikatan protein araC di aral (Gambar 14 86) (Operator araO1 - operator ara
pertama yang diidentifikasi-mengendalikan transkripsi gen regulator araC yang dimulai di Pc.)
Model yang saat ini diterima untuk represi ara operon adalah bahwa protein araC harus mengikat
(sebagai dimer) baik pada situs araI dan situs araO2, dan protein-protein ini kemudian saling
mengikat untuk membentuk loop DNA (Gbr. 14.80). Bahkan sekarang ada banyak bukti yang
mendukung model ini. Sebagai contoh jika lima pasangan nukleotida dimasukkan atau dihapus
di wilayah antara araI dan araO2, represi normal operon tidak dapat terjadi. Penyisipan atau
penghapusan seperti itu akan memutar satu situs pengikatan protein araC setengah di sekitar
heliks ganda (ke sisi yang berlawanan) relatif terhadap situs pengikatan protein arac lainnya. Ini
mungkin akan membuat sulit atau tidak mungkin bagi dimer araC terikat pada araI dan araO2
untuk berinteraksi dan membentuk loop yang diperlukan untuk represi.

Ketika struktur loop (Gbr. 14.8c) terbentuk, ia harus mencegah atau mengganggu
pengikatan RNA polimerase pada promotor yang berdekatan (PBAD) dari operon (Gbr. 14.8b).
Di hadapan arabinose dan cAMP, ara operon diinduksi. Selain itu, dalam kondisi ini, protein
araC telah terbukti menjadi aktivator transkripsi operon. Rincian mekanisme dimana arabinose
menyebabkan protein araC menjadi regulator transkripsi operon yang positif tidak jelas. Entah
bagaimana, kompleks protein arabinose-araC dan kompleks CAP cAMP harus membuka loop
dengan mengikat di situs araI mereka. Ini, pada gilirannya, harus memungkinkan RNA
polimerase mengikat di situs PBAD dan memulai transkripsi gen struktural ara (Gbr. 14.8d).

Clearly, the regulation of transcription of the ara operon of E. coli is considerably more
complex than the regulation of transcrlption of the lac operon of this bacterium. It will be
interesting to determine whether or not this loop formation mechanism is commonly employed in
the regulation of transcription of other operons in prokaryotes or of genes in eukaryotes.

Jelas, pengaturan transkripsi ara operon dari E. coli jauh lebih kompleks daripada regulasi
transkripsinya dari lac operon bakteri ini. Akan menarik untuk menentukan apakah mekanisme
pembentukan loop ini lazim digunakan dalam regulasi transkripsi operon lain dalam prokariota
atau gen dalam eukariota.

Lanbda Prophagc Repression During Lysogeny

When a temperate bacteriophage such as lambda exists in the prophage state in a

lysogenic cell (see Chapter 8, pp. 210-213), the genes coding for products involved in the lytic
pathway—namely, the genes controlling phage DNA replication, phage morphogenesis, and
Iysis of the host cell-must not be expressed. This is accomplished by a repressor-operator-
promoter circuit, much like that involved in bacterial operons. Specifically, the C1 gene of phage
lambda codes for repressor, a well-characterized protein with a molecular weight of 27,000,
which in the dimer or tetramer state binds to two operator regions that control transcription of the
lambda genes involved in lytic growth (Fig. 14.9). These two operator regions, termed OL (for
transcription in a leftward direction) and OR, (for transcription in the rightward direction),
overlap with promoter sequences at which RNA polymerase binds and initiates transcription of
the genes controlling lytic development. Thus, with the repressor bound to the two operators,
RNA polymerase cannot bind to the two promoters and cannot, therefore, initiate transcription.
In this way, the phage genes are kept re pressed, allowing the "dormant" prophage to be
transmitted from parental host cells to progeny cells generation after generation.

Represi Lambda Profag Selama Lysogeny

Ketika bakteriofag yang beriklim sedang seperti lambda ada dalam keadaan profag dalam
sel lisogenik (lihat Bab 8, hal. 210-213), gen yang mengkode produk yang terlibat dalam jalur
litik — yaitu, gen yang mengendalikan replikasi DNA fag, fag morfogenesis fag , dan Iisis sel
inang - tidak boleh diekspresikan. Ini dilakukan oleh sirkuit represor-operator-promotor, seperti
halnya yang terlibat dalam operon bakteri. Secara khusus, gen C1 kode fag lambda untuk
penekan, protein yang dikarakterisasi baik dengan berat molekul 27.000, yang dalam keadaan
dimer atau tetramer berikatan dengan dua daerah operator yang mengontrol transkripsi gen
lambda yang terlibat dalam pertumbuhan litik (Gbr. 14.9). Dua wilayah operator ini, disebut OL
(untuk transkripsi dalam arah kiri) dan OR, (untuk transkripsi dalam arah kanan), tumpang tindih
dengan urutan promotor di mana RNA polimerase mengikat dan memulai transkripsi gen yang
mengendalikan perkembangan litik. Jadi, dengan represor terikat pada dua operator, RNA
polimerase tidak dapat mengikat ke dua promotor dan oleh karena itu, tidak dapat memulai
transkripsi. Dengan cara ini, gen fag disimpan terus ditekan, memungkinkan profag "aktif"
ditransmisikan dari sel induk induk ke generasi sel keturunan dari generasi ke generasi.

In experiments in which the operator and promoter regions of phage lambda were
sequenced, each operator was unexpectedly found to contain three repressor binding sites with
similar, but not identical, sequences of 17 nucleotide-pairs. Each repressor binding site has
partial twofold symmetry around the central base pair (i.e., is partially palindromic; see Chapter
13, pp. 349351). It has been speculated that this partial symmetry may facilitate interaction with
repressor dimers, which might also have twofold symmetry. Although this is an attractive
possibility, it is nothing more than that at present.

The interaction of lambda repressor with DNA seqence, OLPL, and ORPR nicely explains
how the lambda prophage genes are maintained in the repressed state. The rnechanism
responsible for the decision between lytic development and lysogenic development after
infection of an E. coli cell with a lambda phage is considerably more corplex, involving
interactions among several other lambda regulatory genes. The reader is referred to one of the
papers by Ptashne and coworkers (see the Reterences for this chapter) for a discussion of the
mechanism by which the choice between the lytic pathway and the lysogenic pathway is made.

Dalam percobaan di mana daerah operator dan promotor phage lambda diurutkan,
masing-masing operator secara tak terduga ditemukan mengandung tiga situs pengikat represor
dengan urutan 17 pasangan nukleotida yang serupa, tetapi tidak identik. Setiap situs pengikat
represor memiliki simetri rangkap dua parsial di sekitar pasangan basis pusat (mis., Sebagian
palindromik; lihat Bab 13, hal. 349351). Telah berspekulasi bahwa simetri parsial ini dapat
memfasilitasi interaksi dengan dimer penekan, yang mungkin juga memiliki simetri ganda.
Meskipun ini adalah kemungkinan yang menarik, itu tidak lebih dari itu saat ini.

Interaksi represor lambda dengan seqence DNA, OLPL, dan ORPR dengan baik
menjelaskan bagaimana gen-gen ramalan lambda dipertahankan dalam keadaan tertekan.
Mekanisme yang bertanggung jawab untuk keputusan antara pengembangan litik dan
perkembangan lisogenik setelah infeksi sel E.coli dengan fag lambda jauh lebih kompleks,
melibatkan interaksi antara beberapa gen pengatur lambda lainnya. Pembaca dirujuk ke salah
satu makalah oleh Ptashne dan rekan kerja (lihat Reterences untuk bab ini) untuk diskusi tentang
mekanisme di mana pilihan antara jalur litik dan jalur lisogenik dibuat.

CONTROL OF THE trp OPERON BY ATTENUATION

Repression and derepression can change the level of expression of the structural genes of
the trp operon by about 70-fold. There is a second level of regulation of trp operon expression,
however, In trpR mutants that cannot make repressor, Moreover, deletions that remove part of
the trpL region (Fig. 14.5) result in increased rates or expression of the trp operon. The effects of
these deletions are independent of repression; the increase occurs in both the repressed and the
derepressed state.

PENGENDALIAN OPERON trp OLEH PERHATIAN

Represi dan derepresi dapat mengubah tingkat ekspresi gen struktural dari operon trp
sekitar 70 kali lipat. Ada tingkat kedua regulasi ekspresi trp operon, namun, Dalam mutan trpR
yang tidak dapat membuat represor, Selain itu, penghapusan yang menghapus bagian dari
wilayah trpL (Gbr. 14.5) menghasilkan peningkatan laju atau ekspresi operon trp. Efek dari
penghapusan ini tidak tergantung pada represi; peningkatan terjadi pada kondisi tertekan dan
derepresi.

This second level of regulation of the trp operon is called attenuation, and the sequence
within trpL that controls this phenomenon is called the attenuator (Fig. 14.10). Attenuation
occurs by control of the termination of transcription at a site near the end of the mRNA leader
sequence. This "premature" termination of trp operon transcription occurs only in the presence of
tryptophan-charged tRNAtrp and yields a 140-nucleotide-long leader-sequence transcript (Fig.
14.10).

The attenuator region has a nucleotide-pair sequence essentially identical to the

transcription-termination signals found at the ends of most bacterial operons (including tle trp
operon; see Fig. 14.11a). These termination signals contain a GC-rich palindrome followed by
several AT base-pairs. Transcription of these termination signals yields a nascent RNA with the
potential to form a hydrogen bonded "hairpin" structure followed by several U's (Fig. 14.11a).
When a nascent transcript forms this hairpin structure, it is believed to cause a conformational
the regulation associated RNA polymerase, resulting in bacterium. It will transcription within the
following or not this loop forngen-bonded, region of DNA RNA base pairing . The nucleotide
sequence of the attenuator therfore explains its ability to prematurely terminate trp operon
transcription. But how can this be regulated by the presence or absence of tryptophan?

Regulasi level kedua dari operon trp ini disebut atenuasi, dan urutan dalam trpL yang
mengendalikan fenomena ini disebut attenuator (Gbr. 14.10). Atenuasi terjadi dengan kontrol
dari penghentian transkripsi di situs dekat akhir urutan pemimpin mRNA. Ini penghentian
"prematur" transkripsi operon trp hanya terjadi di hadapan tRNAtrp bermuatan triptofan dan
menghasilkan transkrip urutan-pemimpin panjang 140-nukleotida-panjang (Gbr. 14.10).

Wilayah attenuator memiliki urutan pasangan nukleotida yang pada dasarnya identik
dengan sinyal terminasi transkripsi yang ditemukan di ujung sebagian besar operon bakteri
(termasuk operon tp trp; lihat Gambar 14.11a). Sinyal terminasi ini mengandung palindrom yang
kaya GC diikuti oleh beberapa pasangan basa AT. Transkripsi sinyal terminasi ini menghasilkan
RNA yang baru lahir dengan potensi untuk membentuk struktur "jepit rambut" yang terikat
hidrogen diikuti oleh beberapa U (Gbr. 14.11a). Ketika transkrip yang baru lahir membentuk
struktur jepit rambut ini, diyakini menyebabkan konformasi regulasi terkait RNA polimerase,
menghasilkan bakteri. Ini akan mentranskripsi dalam lingkaran pasangan ikatan DNA RNA yang
terikat sebelumnya atau tidak. Urutan nukleotida attenuator karenanya menjelaskan
kemampuannya untuk menghentikan transkripsi operon trp sebelum waktunya. Tetapi bagaimana
ini bisa diatur oleh ada atau tidak adanya triptofan?

First,recall that transcription and translation are copled in prokanyotes, that is, ribosomes
begin translating mRNAs while they are still being produced by trapscription. Thus, events
occurring during translation may also affect transcription.

Second, note that the 162-nucleotide-long leader sequence of the trp operon mRNA (Fig.
14.10) contains sequences that can base-pair to form alternate secondary structures. Two of these
sequences form the previously mentioned transcription-termination hairpin (Fig. 14.11c). This
hairpin is formed by base-pairing between nucleotide sequences 114-121 and 126-134(nucleotide
1 is at the 5' terminus). An alternate secondary structure resuls from base-pairing between lender
sequences 74-85 and 108-119 (Fig 14.11b). Obviously, only one of these structures can exist at
one time, since nucleotides 114-119 are part of both. Thus, if sequences 74-85 and 108-119 are
base-paired, the attenuator transcription-termination hairpin cannot form.

Third, note that the leader sequence contains an AUG translation-initiation codon,
followed by 13 codons for amino acids, followed in turn by a UGA translation-termination
codon (Fig. 14.10). Moreover, the trp leader sequence has been shown to contain an efficient
ribosome-binding site located in the appropriate position for the initiation of translation at the
leader AUG initiation codon. It seems very likely that a 14-amino-acid-long "leader peptide" is
synthesized as diagrammed in Fig. 14.10. This putative leader peptide has not yet been detected
in vivo, but short peptides of this type are very rapidly degraded in E. coli, so failure to detect it
is not unexpected.

Pertama, ingatlah bahwa transkripsi dan terjemahan dicangkokkan dalam prokanyote,

yaitu, ribosom mulai menerjemahkan mRNA sementara mereka masih diproduksi oleh
trapscription. Dengan demikian, peristiwa yang terjadi selama terjemahan juga dapat
memengaruhi transkripsi.

Kedua, perhatikan bahwa urutan pemimpin 162-nukleotida-panjang dari mRNA operon

trp (Gbr. 14.10) mengandung urutan yang dapat berpasangan untuk membentuk struktur
sekunder alternatif. Dua dari sekuens ini membentuk jepit rambut transkripsi-terminasi yang
disebutkan sebelumnya (Gbr. 14.11c). Jepit rambut ini dibentuk oleh pasangan-basa antara
urutan nukleotida 114-121 dan 126-134 (nukleotida 1 ada di ujung 5 '). Struktur sekunder
alternatif resuls dari pasangan-dasar antara rentetan urutan 74-85 dan 108-119 (Gbr 14.11b).
Jelas, hanya satu dari struktur ini yang dapat ada pada satu waktu, karena nukleotida 114-119
adalah bagian dari keduanya. Dengan demikian, jika urutan 74-85 dan 108-119 berpasangan-
basa, jepit rambut penghentian transkripsi attenuator tidak dapat terbentuk.
 Ketiga, perhatikan bahwa urutan pemimpin mengandung kodon inisiasi penterjemahan
AUG, diikuti oleh 13 kodon untuk asam amino, diikuti oleh kodon terminasi terjemahan UGA
(Gbr. 14.10). Selain itu, urutan pemimpin trp telah terbukti mengandung situs pengikatan
ribosom efisien yang terletak di posisi yang sesuai untuk inisiasi terjemahan pada kodon inisiasi
AUG pemimpin. Tampaknya sangat mungkin bahwa "peptida pemimpin" yang panjangnya 14
asam amino disintesis seperti yang ditunjukkan pada Gambar 14.10. Peptida pemimpin putatif ini
belum terdeteksi secara in vivo, tetapi peptida pendek dari tipe ini sangat cepat terdegradasi
dalam E. coli, sehingga kegagalan untuk mendeteksinya tidak terduga.

Note that the leader peptide contains two contiguous tryptophan residues. The two Trp
codons are positioned such that in the absence of tryptophan (and thus the absence of Trp-
tRNAtrp), the ribosome will become stalled before it encounters the base-paired structure formed
by leader sequences 74-85 and 108-119 (Fig. 14.11b). This base-pairing precludes the formation
of the transcription-termination hairpin. Thus, in the absence of tryptophan, transcription will
continue past the attenuator into the trpE gene.

In the presence of tryptophan, the ribosome can translate past the Trp codons to the
leader-peptide termination codon. In the process, it will have to disrupt the base-pairing between
leader sequences 74-85 and 108-119. This, In turn, frees the 114-121 sequence, allowing it to
base-pair with the 126-134 sequence and form the transcription-termination hair pin (Fig.
14.11c). Thus, in the presence of tryptophan, transcription frequently terminates at the attenuator
reducing the amount of mRNA for the trp structurall genes.

The transcription of the trp operon can be regulated over a range of almost 700-fold by
the combined effects of repression (up to 70-told) and attenuation (up to 10-fold).

Regulation of transcription by attenuation is not unique to the trp operon. Six operons
(trp, thr, ilv, leu, phe, and his) are known to be regulated by attenuation. Of these, trp and
possibly phe are also regulated by repression. The his operon, which has long been thought to be
repressible, is now believed to be regulated entirely by attenuation. Although minor details vary
from operon to operon, the main features of attenuation are the same for all six operons.

Perhatikan bahwa peptida pemimpin mengandung dua residu triptofan yang berdekatan.
Kedua kodon Trp diposisikan sedemikian rupa sehingga tanpa triptofan (dan dengan demikian
tidak adanya Trp-tRNAtrp), ribosom akan terhenti sebelum bertemu struktur berpasangan-dasar
yang dibentuk oleh urutan pemimpin 74-85 dan 108-119 (Gbr. 14.11b). Pasangan berpasangan
ini mencegah pembentukan jepit rambut transkripsi-terminasi. Dengan demikian, tanpa adanya
triptofan, transkripsi akan terus melewati attenuator ke dalam gen trpE.

Di hadapan tryptophan, ribosom dapat menerjemahkan melewati kodon Trp ke kodon

terminasi pemimpin-peptida. Dalam prosesnya, itu harus mengganggu pasangan-dasar antara
urutan pemimpin 74-85 dan 108-119. Ini, pada gilirannya, membebaskan urutan 114-121, yang
memungkinkannya untuk berpasangan dengan urutan 126-134 dan membentuk pin rambut
pemutusan transkripsi (Gbr. 14.11c). Dengan demikian, di hadapan triptofan, transkripsi sering
berakhir di attenuator mengurangi jumlah mRNA untuk gen trp structurall.

Transkripsi dari operon trp dapat diatur pada kisaran hampir 700 kali lipat oleh efek
gabungan dari represi (hingga 70-diberitahu) dan redaman (hingga 10 kali lipat).

Regulasi transkripsi oleh atenuasi tidak unik untuk oper trp. Enam operon (trp, thr, ilv,
leu, phe, dan miliknya) diketahui diatur oleh atenuasi. Dari jumlah tersebut, trp dan mungkin phe
juga diatur oleh represi. Operonnya, yang telah lama dianggap dapat ditindas, sekarang diyakini
sepenuhnya diatur oleh pelemahan. Meskipun detail kecil bervariasi dari operon ke operon, fitur
utama dari atenuasi adalah sama untuk keenam operon.

FEEDBACK INHIBITION AND ALLOSTERIC ENZYMES

Earlier in this chapter, we described the mechanism by which the transcription of

bacterial genes coding for enzymes in a biosynthetic pathway is repressed when the end product
of the pathway is present in the medium in which the cells are growing. A second, and more
rapid, regulatory fine-tuning of metabolism often occurs at the level of enzyme activity. The
presence of sufficient concentrations of an end product (such as histidine or tryptophan) of a
biosynthetic pathway will frequently result in the inhibition of the first enzyme in the pathway.
This phenomenon is called feedback inhibition or end product inhibition; it should not be
confused with repression (inbibition of enzyme synthesis). Feedback inhibition results in an
almost instantaneous arrest of the synthesis of an end product when it is added to the medium.

Feedback inhibition-sensitive enzymes have been shown to have an end product binding
site (or sites) in addition to the substrate binding site (or sites). In the case of some multimeric
enzymes, the end prodact or regulatory binding site is on a different subunit (polypeptide) than
the substrate site. Upon binding the end prodact, such enzymes are believed to undergo changes
in conformation, called allosteric transitions, that reduce their affinity for their substrates.
Proteins that undergo such conformational changes are usually referred to as allosteric proteins.
Many exanples are known, including numerous feedback inhibition-sensitive enzymes and the
repressor molecules discussed in the preceding sections.

INHIBISI UMPAN BALIK DAN ENZIM ALOSTERI

Sebelumnya dalam bab ini, kami menggambarkan mekanisme transkripsi gen bakteri
yang mengkode enzim dalam jalur biosintesis ditekan ketika produk akhir jalur hadir dalam
media di mana sel-sel tumbuh. Pengaturan metabolisme kedua, dan lebih cepat, sering terjadi
pada tingkat aktivitas enzim. Kehadiran konsentrasi yang cukup dari produk akhir (seperti
histidin atau triptofan) dari jalur biosintetik akan sering mengakibatkan penghambatan enzim
pertama di jalur. Fenomena ini disebut penghambatan umpan balik atau penghambatan produk
akhir; seharusnya tidak dikacaukan dengan represi (inbibition of enzyme enzyme).
Penghambatan umpan balik menghasilkan penangkapan hampir seketika sintesis produk akhir
ketika ditambahkan ke media.

Enzim penghambat umpan balik telah terbukti memiliki situs pengikatan produk akhir
(atau situs) di samping situs pengikatan substrat (atau situs). Dalam hal beberapa enzim
multimerik, produk akhir atau situs pengikatan pengatur berada pada subunit yang berbeda
(polipeptida) daripada situs substrat. Setelah mengikat produk akhir, enzim tersebut diyakini
mengalami perubahan konformasi, yang disebut transisi alosterik, yang mengurangi afinitasnya
terhadap substratnya. Protein yang mengalami perubahan konformasi seperti itu biasanya disebut
sebagai protein alosterik. Banyak exanples diketahui, termasuk sejumlah enzim umpan balik
yang sensitif terhadap penghambatan dan molekul penekan yang dibahas pada bagian
sebelumnya.

TEMPORAL SEQUENCES OF GENE EXPRESSION DURING PHAGE

INFECTION

Regulation of gene expression during the lytic life cycles of bacteriophages is quite
different from the reversible on-off switches characteristic of bacterial operons. Instead, viral
genes are expressed in genetically preprogrammed seqtences, possibly analogous to the
preprogrammed sequences of gene expression putatively involved in differentiation in higher
organisms. Although different bacterial viruses exhibit variations of the specific mechanisms
involved, a common picture emerges. One set of phage genes, usually called "early" genes, is
expressed immediately after infection. The product(s) of one or more of the "early" genes is
responsible for turning off the expresston of the "early' genes and turning on the expression of
the next set of genes, and so on. Two to four sets of genes, depending on the virus, are
characteristically involved. In all cases studied so far, the regulation of sequntial gene expression
during phage infection occturs primarily at the level of transcription.

In three of the most extensively studied bacterial viruses-E coli phages T4 and T7 and
Bacillus subtilis phage SP01—the sequential gene expression is controlled by modifying the
promoter specificity of RNA polymerase, either by the synthesis of a new RNA polymerase (T7)
or by phage-induced alterations of the host cell's RNA polymerase (T4 and SP01).

In phage T7-infected cells, the "early" genes are transcribed by the E. coli RNA
polymerase. One of the "early" genes codes for T7 RNA polymerase, which then transcribes all
the "late" genes (coding for T7 structural proteins, lysozyme, etc.). Bacillus subtilis phage SP01
exhibits a slightly more complex pathway of sequential gene expression, involving three sets of
genes. "These three sets of genes are called "early," "middle," and "late" genes in reference to
their time of expression during the phage reproductive cycle. The SP01 "early" genes are
transcribed by the B. subtilis RNA polymerase. One of the "early gene-products is a polypeptide
that binds to the host cell's RNA polymerase, changing its specificity such that it transcribes the
"middle" genes of SP01. Two of the products of "middle" genes are, in turn, polypeptides that
associate with the B. subtilis RNA polymerase, further changing its specificity so that it then
transcribes the "late' genes of SP01

Phage T4 exhibits an even more complex pattern of sequential gene expression, involving
several different modifications of the host cell's RNA polymerase. Thus, in the case of these
bacterial viruses, the control of the observed sequential gene expression occurs primarily at the
level of transcription and is mediated by specific RNA polymerase-promoter sequence
interactions.

URUTAN SEMENTARA DARI GEN FXPRESI SELAMA INFEKSI FASE

Regulasi ekspresi gen selama siklus hidup litik bakteriofag sangat berbeda dari sakelar
on-off reversibel yang menjadi karakteristik operon bakteri. Alih-alih, gen virus diekspresikan
dalam seqtences yang diprogram secara genetik, mungkin analog dengan sekuens ekspresi gen
yang diprogram sebelumnya yang diduga terlibat dalam diferensiasi pada organisme yang lebih
tinggi. Meskipun berbagai virus bakteri menunjukkan variasi mekanisme spesifik yang terlibat,
gambaran umum muncul. Satu set gen fage, biasanya disebut gen "awal", diekspresikan segera
setelah infeksi. Produk dari satu atau lebih gen "awal" bertanggung jawab untuk mematikan
expresston gen "awal" dan menghidupkan ekspresi set gen berikutnya, dan seterusnya. Dua
hingga empat set gen , tergantung pada virus, secara khas terlibat. Dalam semua kasus yang
dipelajari sejauh ini, regulasi ekspresi gen sequntial selama infeksi fag terjadi terutama pada
tingkat transkripsi.

Dalam tiga dari virus bakteri yang paling banyak dipelajari - E coli fag T4 dan T7 dan
Bacillus subtilis phage SP01 — ekspresi gen sekuensial dikendalikan dengan memodifikasi
spesifisitas promotor RNA polimerase, baik dengan sintesis RNA polimerase baru (T7) atau oleh
perubahan yang diinduksi fag dari RNA polimerase sel inang (T4 dan SP01).

Dalam sel yang terinfeksi T7 fag, gen "awal" ditranskripsi oleh E. coli RNA polimerase.
Salah satu kode gen "awal" untuk T7 RNA polimerase, yang kemudian mentranskripsikan semua
gen "terlambat" (pengkodean untuk protein struktural T7, lisozim, dll.). Bacillus subtilis phage
SP01 menunjukkan jalur ekspresi gen sekuensial yang sedikit lebih kompleks, yang melibatkan
tiga set gen. "Tiga set gen ini disebut gen" awal, "" tengah, "dan" terlambat "mengacu pada
waktu ekspresi mereka selama siklus reproduksi fag. Gen" awal "SP01 ditranskripsi oleh B.
subtilis RNA polimerase. Salah satu "produk gen awal" adalah polipeptida yang berikatan
dengan RNA polimerase sel inang, yang mengubah kekhususannya sehingga mentranskripsi gen
"tengah" SP01. Dua produk dari gen "menengah" adalah, pada gilirannya, polipeptida yang
berasosiasi dengan B. subtilis RNA polimerase, selanjutnya mengubah spesifisitasnya sehingga
kemudian menyalin gen "terlambat" dari SP01

Phage T4 menunjukkan pola ekspresi gen sekuensial yang lebih kompleks, melibatkan
beberapa modifikasi berbeda dari RNA polimerase sel inang. Jadi, dalam kasus virus bakteri ini,
kontrol ekspresi gen sekuensial yang diamati terjadi terutama pada tingkat transkripsi dan
dimediasi oleh interaksi sekuens RNA polimerase-promoter spesifik.