Tema 4: Maquinaria y mecanismos

transcripció n.
I.TRANSCRIPCIÓN EN EUCARIOTAS
1. ARNpol bacteriana
Las bacterias poseen un solo tipo de ARNpol que cataliza la síntesis de todos los
tipos de ARN bacteriano (ARNt, ARNm y ARNr). Este es un enzima de gran tamaño y
multimérica (con múltiples cadenas polipéptidicas). No necesita un cebador, sino que
puede iniciar la transcripción de novo. Posee una forma semejante a la tenaza de un
cangrejo. El centro activo se halla en la base de las pinzas dentro de una región llamada
“receso del centro activo” y es capaz de fijar dos iones de Mg 2+. Posee diversos canales
que permiten que el ADN, ARN y los ribonucleótidos que entran en el receso del centro
activo y también salgan de este.

La ARNpol de la mayoría de las bacterias poseen 5 subunidades que constituyen el

enzima núcleo: dos copias de la subunidad α y una copia de la subunidad β, β’ y ω. La
subunidad ω no es fundamental pero contribuye a la estabilización del enzima, β y β’
forman el centro activo, sus secuencias son muy semejantes a la ARN pol de eucariotas.
Las subunidades α, β y β’ son equivalentes a las 3 subunidades más grandes de las
RNApol eucariotas. La enzima núcleo cataliza la elongación de la molécula de ARN por
adicción de rNTPs.

Por si solo este enzima es incapaz de catalizar la síntesis de ARN, por lo que se
precisa de un péptido más, el factor sigma (explicado más adelante) formando la
holoenzima, el complejo es capaz de sintetizar una cadena de ARN en dirección 5’3’.

2. ARNpol de fagos, cloroplastos y mitocondrias.

Los cloroplastos también tienen una RNApolimerasa al igual que mitocondrias y
fagos. La ARNpol de cloroplastos es muy similar a la enzima bacteriana, lo que refleja
los orígenes bacterianos de estos orgánulos. Sin embargo, la RNA pol mitocondrial,
formada por una sola subunidad con una masa molecular de 140kDa, está más
estrechamente ligada con la ARNpol de ciertos bacteriófagos que con la versión
bacteriana tradicional.

Los fagos (como T7) poseen ARNpol de una sola subunidad capaces de realizar las
mismas funciones básicas que sus homologas. En T7 sus ARNpol se parece a la Pol I.

3. Factores sigma
Cuando al enzima núcleo (α, β, β’ y ω) se une con el factor sigma (σ), el complejo
formado se conoce como holoenzima, o lo que es lo mismo, nos solemos referir al
enzima ARNpol cuando al enzima núcleo se le ha unido el factor sigma, el cual, controla
la unión del enzima al promotor. Después de la unión de sigma a la enzima núcleo, la
polimerasa se une de forma estable solo a la región del promotor y comienza la
transcripción en el sitio adecuado. Posteriormente σ se libera cuando la cadena alcanza
entre 8-9pb y entonces el enzima núcleo lleva a cabo la elongación. Sin sigma, la
ARNpol iniciaría la transcripción en un punto al azar.

El factor σ posee 4 regiones, las que reconocen los elementos -10 y -35 son la 2 y 4,
respectivamente. La región 4 se une al DNA en una región formada por hélice-vuelta-
hélice, una de estas hélices se une a la región -35. La región -10 también se reconoce por
una hélice α.

La región -35 provee energía de unión para asegurar la polimerasa al promotor, la

-10 desempeña un papel más complejo en la iniciación de la transcripción, porque es
dentro de ese elemento que se inicia la desnaturalización del DNA en la transición de
complejo cerrado a abierto.

Así el factor σ se encuentra posicionado dentro de la estructura de la holoenzima de

modo que se haga posible el reconocimiento de elementos promotores diversos.

4. Proceso de transcripción

1º. Iniciación: La ARNpol al principio se une a una secuencia de DNA que se llama
promotor. Una vez formado, el complejo polimerasa-promotor sufre cambios
estructurales necesarios para que prosiga la iniciación es decir el ADN pasa del complejo
cerrado al complejo abierto, en el que las cadenas del DNA se separan en un distancia de
unos 14 pb alrededor del sitio de inicio para formar la burbuja de transcripción.

La transcripción se produce en dirección 5’ 3’ y solo una de las cadenas actúa

como plantilla sobre la que se construye la cadena de RNA.

La elección del promotor determina que segmento del DNA se transcribe y es el

paso principal sobre el que se impone la regulación. Esto significa que la decisión de
iniciar la transcripción de un gen dado o no es básicamente la forma en que la célula
regula que proteínas elaborará en cualquier momento dado.

La transición hacia la 2ª fase de alargamiento es el paso de complejo abierto a

complejo terciario estable y se produce cuando la polimerasa rebasa 10pb.

2º. Alargamiento: La polimerasa sufre cambios en la conformación adicionales que

conducen a su adherencia más firme. Aquí la polimerasa desenrolla el DNA por delante y
lo renaturaliza por detrás, disocia de la plantilla a la cadena de RNA en crecimiento
conforme avanza y cumple funciones de revisión.
 3º. Terminación: Después de que la polimerasa transcribió el gen en toda su
longitud, tiene que detenerse y liberar el producto, RNA. En algunas células hay
secuencias bien caracterizadas que desencadenan la terminación y en otras está menos
claro que indica a la enzima que cese la transcripción y se disocie de la plantilla.

Las secuencias denominadas terminadores desencadenan la disociación de la

polimerasa alargadora del RNA y la liberación de la cadena.

Por tanto la ARNpol realiza 2 funciones de revisión:

-EDICIÓN PIROFOSFOLÍTICA: cataliza la eliminación de un ribonucleótido
insertado de modo incorrecto.
-EDICION HIDROLÍTICA: La polimerasa retrocede en la distancia de un
nucleótido o mas de estos y escinde el producto de RNA para eliminar la secuencia que
contiene el error.

5. Proteínas NusA y NusB

Son un grupo de proteínas auxiliares de la ARN polimera. La NusA es un factor de
transcripción general que incrementa la eficacia de la terminación. NusA se une al
enzima nucleo y no a la holoenzima.

Cuando sigma se une al complejo enzima nucleo-NusA, se desplaza a NusA

reconstituyéndose la holoenzimas, terminándose asi la transcripción. Hay muchas
proteínas Nus que contribuyen a esta acción.

6. Promotor clásico y secuencias canónicas

Es la secuencia diana necesaria para que la ARNpol se una al molde y se produzca
la reacción de iniciación. Cuando se inactiva el locus por mutación, no se expresan los
genes del operón ya que es imposible iniciar la transcripción.

La información para que un promotor funcione está directamente en la secuencia

del ADN, su estructura será la señal. La longitud mínima será de 12pb, aunque no tienen
porque estar seguidas.

En promotores bacterianos hay 4 secuencias conservadas:

- El punto de iniciación (>90% de los casos) una purina, suele ser CAT.
- Región de 6pb. El centro del hexámero está a 10 pb antes del punto de inicio (la
distancia varia de -18 a -9). Este hexámero se conoce como secuencia -10, su
consenso es TATAAT donde las 2 primeras son mas conservadas.
- Otro hexámero que se encuentra a 35 pb antes del inicio, se conoce como
secuencia -35 y su consenso es TTGACA.
- La distancia que separa los sitios -35 y -10 es de 17pb.
 Por comparación de muchos promotores diferentes puede obtenerse una secuencia
consenso. Dicha secuencia refleja regiones -10 y -35 preferidas, separadas por el
espaciamiento óptimo (17 pb). Muy poco promotores tienen esta secuencia exacta, pero
la mayoría difiere solo por unos cuantos nucleótidos.

Los promotores con secuencias más cercanas al consenso suelen ser “más fuertes”
que los que no se le parecen tanto.

7. Secuencias externas del promotor

a. Operador: Región adyacente al promotor que regula la iniciación de la
transcripción del operón.

b. Represor: Molécula que se une al operador e impide que la RNApol se una al

promotor, simplemente por negarle el acceso al segmento de DNA pertinente.

c. Inductor: Molécula que se une al represor impidiendo que este reconozca al

operador como un sitio de unión del DNA.

d. Correpresor: Molécula que se une al represor, incitando a este a que se una al

DNA. Suele ser el producto final de la ruta (ej: trp en el operón del trp).

e. Activadores y coactivadores: Aumentan la eficacia de la iniciación de la

transcripción, en el segundo caso se une inespecíficamente al DNA o trabaja
mediante interacciones proteína- proteína.

f. Potenciadores o silenciadores: Son secuencias de reconocimiento para proteínas

que aumentan o reprimen genes con los que no están estrechamente relacionados.

8. Terminaciones (dependientes e independientes de Rho)

Hay dos tipos de terminación de la transcripción en bacterias, dependiente e
independiente de Rho.

a. La terminación independiente de Rho o intrínseca, se produce por la aparición

en la cadena de dos motivos estructurales:
- Una horquilla en la estructura secundaría (repetición invertida corta de más
o menos 20 nt) y
- Una hilera de aproximadamente 6 residuos de uracilos en el extremo de la
unidad.

Ambas características son necesarias para la terminación.

Generalmente la horquilla contiene una región rica en G-C cerca de la base
del tallo. Estos elementos no afectan a la polimerasa hasta no haber sido
transcritos, al transcribir la horquilla se cree que esta estructura distorsiona
 el complejo de alargamiento, esto se logra por la apertura forzada del canal
de salida de RNA ó por la distorsión de las interacciones RNA-plantilla.

La estructura en horquilla solo funciona como terminador eficaz cuando está

seguida de un segmento de pares de bases A-U, esto es así porque, bajo estas
circunstancias, en el momento en que se forma la horquilla, la cadena de RNA
en crecimiento se mantiene sobre la plantilla en el sitio activo solo por pares
de bases A-U son los más débiles de todos, son más fáciles de destruir por los
efectos de la horquilla sobre la polimerasa que transcribe y en consecuencia el
RNA se disocia con mayor facilidad.

El efecto de la horquilla es hacer que la ARNpol vaya más lenta o que haga
una pausa en la síntesis del RNA, haciendo esta última que se dé la
terminación. La pausa se da entre la horquilla y la hilera de U. No siempre el
sitio de la pausa es el de la terminación.

b. En la terminación dependiente de Rho (ρ) , son necesarias regiones de 50-90 pb

delante del terminador. Posee una alta concentración de residuos de C, la
eficacia se incrementa cuando hay una alta relación [C]/[G].

El factor ρ es una proteína de forma anular con 6 subunidades idénticas, que

se une al RNA monocatenario conforme sale de la polimerasa.

El factor Rho se une al RNA en algunos puntos anteriores al terminador. El

proceso se inicia, al reconocer el ρ a los denominados sitios rut, que suelen
poseer unos 40 nt que no se pliegan en estructura secundaria, si no que quedan
como monocaterios y que poseen abundantes C. Entonces Rho se desplaza
sobre el ARNm mas rápido de que lo hace la ARN pol. La enzima hace una
pausa cuando llega al terminador y la terminación tiene lugar si Rho la alcanza
allí.

El factor no se une al transcrito si este ya se está traduciendo. En ausencia

de RNA pol, Rho tiene actividad helicasa usando la hidrólisis del ATP. Esta
proteína también tiene actividad ATPasa: una vez unida al transcrito, utiliza la
energía derivada de la hidrólisis del ATP para separar el RNA de la plantilla y
la polimerasa.

9. Antiterminación
En algunos terminadores, el suceso de terminación puede evitarse con factores
auxiliares específicos que interaccionan con la ARNpol.

La antiterminación hace que la enzima continúe la transcripción a través de la

secuencia terminadora. Se usa como mecanismo de control en operones bacterianos y en
circuitos reguladores de fagos.
 Los factores antiterminación se producen cuando la bacteria ha sido infectada por
un fago, permitiendo a la polimerasa que pase por alto secuencias terminadoras
específicas.

10. Polaridad
Cuando la ARNpol está transcribiendo el ADN, a la vez, prácticamente el ribosoma
va traduciendo el ARN formado a proteína (esto solo ocurre en procariotas). La enzima
desplaza la cadena en crecimiento solo unos pocos nucleótidos por detrás de donde se
añade cada ribonucleótido, es por ello que el RNA se traduce inmediatamente en su
producto proteíco. Esto también provoca que varias ARNpol puedan llevar a cabo la
transcripción en un mismo gen, casi inmediatamente.

Si se produce una mutación en el ADN que cause una secuencia terminadora, la

ARNpol la identificará como tal y se producirá un corte en la hebra que se está
sintetizando, teniendo como consecuencia una proteína (y un ARN) defectuoso que será
afuncional ó tendrá sus funciones reducidas, ó incluso no tendrá casi efecto en su función
si la mutación se produce en un sitio que no fuese importante para la unión de la enzima
al DNA o en su centro activo.

II. TRANSCRIPCIÓN EN PROCARIOTAS

1. RNApol eucariota
Hay tres tipos de RNApol eucariota:

o RNApol II: es la encargada de transcribir la mayoría de los genes (los

que codifican proteínas, basicamente)

o RNApol I: Transcribe el gen del gran precursor ribosómico del RNA.

o RNApol III: transcribe los genes de los RNAt y de algunos genes

pequeños nuclear y el gen del RNAr 5S.

2. Promotores eucariotas y secuencias canónicas

Cuando se habla de promotor eucariota, nos referimos a todas las secuencias

importantes para la iniciación de la transcripción de un gen. Estas secuencias pueden ser
numerosas y diversas en sus funciones, e incluyen no solo el promotor central,
denominado a veces promotor basal, que es el sitio en el que se ensambla el complejo de
iniciación, sino también uno o más elementos promotores corriente arriba que, como su
nombre indica, residen corriente arriba del promotor central. Por lo general, el ensamblaje
del complejo de iniciación en el promotor central puede tener lugar en ausencia de los
elementos corriente arriba, pero solo de manera ineficiente.

El promotor central es el juego mínimo de elementos de secuencia necesaria para

la iniciación precisa de la transcripción, también suelen haber secuencias reguladoras y
que comprenden unos elementos promotores proximales, las secuencias activadoras
corriente arriba (UAS), los amplificadores y una serie de elementos represores
denominados silenciadores, elementos limítrofes y aislantes.

Los promotores varian, dependiendo del tipo de ARNPol:

a. La ARNpol I posee un promotor central que abarca el punto de inicial de la
transcripción (-45 y +20) y un elemento de control corriente arriba (+100).

b. La ARNpol II posee distintos promotores de mayor tamaño (kbases), como es

la secuencia TATA, la secuencia iniciadora (Inr), que es consenso en
mamíferos. Tambien se consideran parte del promotor:
- Elemento promotor corriente abajo (DPE), al que se une el factor de
transcripción TFIID
- Un motivo de 7pb rico en G-C inmediatamente después de la caja TATA
y que es sitio de unió para TFIIB
- Elemento de la secuencia proximal (PSE), a -45.

c. La ARNpol III, posee promotores variables de 3 tipos, dos de ellos

pertenecen a la secuencia del propio gen y la tercera es semejante a la caja
TATA.

3. Proceso de transcripción

a. INICIACION DE LA ARNpol II
Se lleva a cabo gracias a los siguientes tipos de Factores de transcripción
generales humanos (GTF):

GTF Función

TFIID - Reconocimiento de la secuencia TATA

(TBP) - Posiblemente reconocimiento de la secuencia Inr
- Forma una plataforma de unión para TFIIB.

TFIID - Reconocimiento del promotor central.

(TAF) - Regulación de TBP.

TFIIA - Estabiliza la TBP y la unión de TAF.

 TFIIB - Intermediario en el reclutamiento de la RNApolII.
- Influye en la selección del punto de inicio de la transcripción

TFIIF - Reclutamiento de la RNApolII

- Interacción con la cadena codificante

TFIIE - Intermediario en el reclutamiento de TFIIH

- Modula diversas actividades con TFIIH

TFIIH - Actividad helicasa, responsable del paso de complejo promotor

cerrado a abierto.

Los factores de transcripción generales (GTF) cumplen de forma colectiva las

funciones desempeñadas por σ en la transcripción bacteriana. Los GTF contribuyen a que
la polimerasa se una al promotor y desnaturalice el ADN, también colaboran para que la
polimerasa escape del promotor y se dedique a la fase de alargamiento. El juego completo
de GTF y la polimerasa unidos juntos en el promotor y preparados para la iniciación,
recibe el nombre de COMPLEJO DE INICIACIÓN.

Los promotores suelen contener la secuencia TATA, es aquí donde comienza la

formación del complejo de preiniciación. El elemento TATA es reconocido por TFIID,
más concretamente el elemento TBP. Las demás subunidades de este complejo reciben el
nombre de TAF y que contribuyen a la unión del DNA a ciertos promotores y otros
controlan la actividad de unión del DNA de la TBP.

Cuando se une al DNA, la TBP distorsiona mucho la secuencia TATA. El complejo

TBP-DNA resultante provee una platafroma para reclutar otros GTF y a la polimerasa en sí
al promotor, estos son: TFIIA, TFIIB, TFIIF junto con la polimerasa y posteriormente
TFIIE y TFIIH.

A la formación del complejo de preiniciación que contiene estos componentes le

sigue la desnaturalización del promotor que necesita de la hidrólisis del ATP y está
mediada por TFIIH. Es la actividad semejante a la de una helicasa que tiene ese factor la
que estimula el desenrollamiento del promotor.

b. INICIACION DE LA ARNpol I

Es necesaria para la expresión de un solo gen, el que codifica el precursor del

ARNr y que se expresa en un grado mucho más alto que cualquier otro gen, lo que tal vez
explique porque tiene su propia polimerasa.

El promotor del gen del RNAr comprende dos partes, el elemento central y el
UCE (elemento de control corriente arriba).
 Además la PolI, en la iniciación necesita otros dos factores llamados SL1 y UBF.
El SL1 comprende la TBP y las tres TAF específicos para la transcripción por la Pol I.
Este complejo se une a la mitad corriente abajo del UCE (sitio A). El SL1 se une al DNA
solo si hay UBF. Ese factor se une a la mitad corriente arriba del UCE (sitio B) y atrae a
SL1 y estimula la transcripción desde el promotor central mediante el reclutamiento de la
pol I.

c. INICIACION DE LA ARNpol III

Los promotores de pol III se suelen situar corriente abajo del sitio de inicio de la
transcripción. Algunos promotores de la Pol III presentan 2 regiones, llamadas caja A y
caja B, separadas por un elemento corto, aunque otros contienen la caja A y la caja C y
otros poseen la caja TATA de la pol II.

Es necesaria la presencia de factores de transcripción además de la polimerasa. En

este caso son TFIIB y TFIIC (para los genes de los ARNt) y TFIIA, TFIIB y TFIIC para
el gen del rRNA 5s.

Para el caso de la transcripción de tRNA se debe unir el complejo TFIIC a la

región promotora. Este complejo recluta TFIIB hacia el DNA justo corriente arriba del
sitio de inicio, donde a su vez recluta la PolIII hacia le sitio de iniciación de la
transcripción. Luego la enzima se inicia y según crece, desplaza el TFIIC de la plantilla
de DNA conforme avanza. Al igual que con las otras dos clases de polimerasas, la pol III
usa la TBP que se encuentra en este caso en TFIIB.