Lehninger Principios de Bioquimica David L. Nelson Michael M. CoxTitulo original Leininger Principles of Biochemistry Third Edition David L. Nelson and Michael M, Cox First published in the United States by WH. FREEMAN AND COMPANY, New York, New York and Basingstoke Copyright 2000 by Worth Publishers, Inc All rights reserved Lehniager Princfpios de Bioguimica Terccia edigdo, agosto de 2002 Direitos reservados pars a lingua portuguesa ‘Coordenagio da tradugio Amaléo Antonio Simoes Wikon Roberto Navega Lodi Projeto Gréfico CLR Balieiro Editores Impressio/Acabamento RR Donrelley Dados Internacionsie de Catalogagio na Publicagio (CIP) (CAmera Brasileira do Livro, SP, Brasil) Lebninger, Albert Lester, 1917-1986. Lehninger principios de bioqulmica / David L. Nelsen, ‘Michael M. Cox 5 traduzido por Amaido Antonio Simées, ‘Wilson Roberto Navega Lodi. 3.ed.-- Sdo Paulo 2002. ‘Titulo original: Lehninger principles of biochemistry Bibliografia. ISBN 85-7378-125-4 1. Bioquimica I. Nelson, Devid L. Il, Cox, Michael M. ML Titulo. 02-3820 cDD-574.192 Indices pare catélogo sistemiticor 1. Biogutmica 574.192Lehninger Principios de Bioquimica David L. Nelson Professor de Bioquimica Universidade de Wisconsin—Madison Michael M. Cox Professor de Bioquimica Universidade de Wisconsin—-Madison Coordenagao da tradugao Arnaldo Antonio Simoes Médico, Doutor em Bioquimica Departamento de Bioquimica e Imunologia Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto - USP Wilson Roberto Navega Lodi Médico, Professor Associ Departamento de Bioquimica e Imunologia Faculdade de Medicina de Ribeirao Preto - USPPrefacio Lehninger Principios de Bioqudmica, terceira edigio, éumaiintrodugioa nos- 50 assunto favorito — € nosso esforgo em torné-to seu. Ele foi plancjado para cursos de um-dois semestres para estudantes com interesse principal em bioquimica e disciplinas relacionadas, bem como para estudantes de ‘graduagaio que requeiram uma introdugio mais extensa a biequimica,e para estudantes nos programas de medicina, odontologia, veterindria e farmacia, Ao revisé-lo, fomos encorajades e ajudados por comentérios titeis de mui- tos extudantes e professores 20 redor do mundo que usaram a segunda edi- géo de nosso livro em uma das muitas Iinguas em que ele foi publicudo. Abioguimica sofreu profundas alteragoes desde a ultima edigao (1993) dolivro. A terceira edigao reflete essas alteragbes. Cade capitulo foi revisto. Hi capitulos novos e inteiramente reorganizados, tépicos novos ou muito expandidos que cobrem dreasde progresso recente, muitas ilustragdes noven, incluindo um programa de graticos moleculares inteiramente novo. Juntos, cles perfazem mais de um milhar de ilustragoes coloridas (diagramas, fotos, grificos moleculares) nesta edigdo. Entretanto, nossa ambigao nesta nova edigao se estende bem além de uma simples atualizagao. Empregamos pelo menos 0 mesmo esforco em melhorar a nossa fundamentagao. Alteracdes na Nova Edicdo: Contetido Revisado, Refinado e Atualizado A terceira edigao evoluiu gradualmente durante aqueles raros momentos -almos em nossos escritérios, em passtios ao lago Mendotta, em longas viagens de avido ao redor do mundo, em intervalos durante 0s jogos de futebol americano do Badger, em conversagées com colegas, durante tardes “livres” em encontros cientificos, Evolugdo nao é revolugae. Enquanto al révamos 0 contetido extenisivamente, nosso objetivo era manter as excelen~ tes qualidades que levaram muitos usuarios a amar os livros de Albert Leh- ninger desde a primeira edigio de Bioquimica langada trinta anos atras prosa clara e boas ilustragoes, organizagao e desenvolvimento logico das matérias, questoes de estudo desafiadoras. A organizagéo do livro perma- nece fiel a uma ordem de apresentacao qute consistentemente tem se prova- do bem-sucedida por miltiplas edigoes deste livro, e que agora € familiar aos instrutores e estudantes de todo mundo. A Parte I fornece uma série de fundamentose capftulos introdutorios, A Parte Il introduz as principais classes de moléculas nas células vivas.O metabolismo intermedirio é apre- sentado na Parte III. O livro termina com uma discussio sobre as vias da informagio na Parte T Entretanto, hé algumas mudangas notaveis. Uma & a cobertura das proteinas e enzimas nos Capitulos 5-8. Os Capitulos 5 e 6 da segunda edigao foram fundidos em um novo ¢ atual Capitulo 5, que agora introduz as pro- teinas e alguns dos mais importantes métodos usados para analisé-las. O Capitulo 6 é uma apresentagao inteiramente revisada da estrutura, enovela~ mento ¢ desnaturacdo das proteinas. O Capitulo 7 focaliza as fungdes das proteinas. Desenvolvidos a partir de um suplemento publicado para a se- gunda edicio, estes novos capitulos exibem um tratamento expandido dos prinefpios subjacentes 4 ligacao reversivel de ligantes a proteinas, com uma discussae atualizada sobre a fungao da mioglobina, hemoglobina, imuno- globulinas e miisculo. O Capitulo 8, que focaliza a fungio das enzimas, oi também extensamente revisado e atualizado. pagina 212 Capitulos novos ¢ reorganizados, topicos novos ou ampliados cobrindo o progresso recente, programa inteira- mente novo de graficos Mantém a tradicéo dos admirados livros-texto de Albert Lehninger Os antigos Capitulos 5 e 6 foram fundidos em um novo e atual Capitulo 5 Estrutura, enovelamento e desnaturaio no Capitulo 6 Novo Capitulo 7 sobre as funcées das proteinasNovo capitulo sobre a biossinalizagao analisa um dos mais ativos campos de Fost pesquisa da atualidade forilagao oxidativa inteiramente revisada, inch mecanismo da ATP sintase Revisdo extensa das vias de informacéo ‘Novo material sobre NMR, SELEX, pegina 644 | microarranjos de DNA e outros importantes métodos Seguindo um capitulo sobre membranas e transporte, um novo capi- tulo (Capitulo 13; Biossinalizagio} cobre uma das éreas mais ativas da pes. guisa atual em bioguimica: as transilugdes de sinais pelas quais as células detectam ¢ respondem a sinais externos como hormonios, neurotransmis- sores, fatores de crescimento e estimulos ambientais. Esse capitulo enfatiza as propriedades universais dos receptores e os mecanismos de transdugio, incluindo aqueles para a visdo, olfate e gustag2o dos vertebrados. © capitu- lo descreve também os mecanismos que regulam o cielo celular e detalha os efeitos das proteinas regulatérias alteradas, codificadas em oncogenes e ge hes supressores de tumores. Finalmente, o capitulo de biossinalizagao for: nece @ ponte entre a estrutura biomolecular ea proxima parte do livro, © metabolismo intermediério. Os capitulos na Parte III (Bioenergética e Metabolismo) foram atuali zados para incorporar os novos desenvolvimentos na regulagao metabslica, na estrutura das enzimase dos complexos enzimiticos, e novos exemplos de doengas humanas que resultam do metabolismo defeituoso. O capitulo so- bre a fosforilacio oxidativa ¢ a fotofosforilagio (Capitulo 19) foi inteira mente retrabalhado ¢ agora inclui a informacdo recente sobre a estrutura dos complexos enzimaticos ligados as membranas e o admiravel mecanis- mo da ATP sintase, Também usamos, nesse capitulo e em todo o livro, a estequiometria largemente accita para a produgao de ATP na fosforilacao oxidativa — de 2,5 ATP, por par de elétrons, a partir do NADK e 1,5 ATP a partir do FADH. Os capitulos sobre as vias de informagao, na Parte IV, foram sistema ticamente revisados para refletir 0 répido ritmo do avango em muitas das Areas de pesquisa cobertas ¢ para melhorar a ordem e o fluxo da apresenta: ‘¢io, Poucas areas ficaram intocadas. Os destaques incluem uma nova apre- sentagio do metabolismo do DNA, que inclui uma lista de discernimentos experimentais recentes, @ coberiura expandida ¢ atualizada da transcrigao eucaridtica e da regulagao da expresso dos genes, as descricées de novas informasdes concernentes 2 sintese de proteinas e A distribuicao das protet- nas, € uma atualizagio da tecnologia coberta no capitulo final. Uma Visa Mais Detalhada dos Métodos Experimentais Uma compreensio da bioquimica moderna impossivel sem uma introdu- ‘G40 aos metodos experimentais que tornaram possivel cada avango princi- pal. Consideramos a metodologia tao intrinseca aos resultados que entrela- ‘amos descrigdes de muitas dessas importantes técnicas na apresentagao dos conceitos e principios que elas revelaram. Ha novos t6picos sobre métodos como NMR, espectrometria de massa, SELEX e microarranjos de DNA. As apresentacoes da cristalografia de raios X., do seqtienciamento de proteinas DNA, de métodos de hibridizacao, sintese de peptideos e écidos nucléicas, purificagao de proteinas, PCR e de muitos outros métodos foram melhora- das e atvalizadas, Uma lista completa dos métodos experimentais descritos neste livro pode ser encontrada no indice remissivo, sob o titulo “Técnicas”, Novo Trabalho de Arte Pedagégico A diferenga mais imediatamente visivel entre esta ea edigdo anterior éa de muitas ilustragdes novas de estruturas macromoleculares geradas por jean- ‘Yves Sgro, biofisico € mestre de grificos moleculares. Apoiados no encosto de bragos da sua cadeira por muitas, muitas horas na frente do seu compu- tador, desctevemos 0 que gostariamos de ver e lean- Yves conseguia mais do que esperévamos. Sgro tem sido nosso valioso parceiro nessa revisdo, pro- duzindo imagens claras e bonitas que estao intimamente coordenadas com © texto € a arte. As mais de 200 imagens gréficas moleculares sdo todas novas, originaise exchusivas para este livro, Nossa habilidade em ilustrar os principios bioquimicos com estruturas conhecidas foi muito aumentada pelas dramaticas melhorias nos métodos de resolugio das estruturas ma-cromoleculares por cristalografia de raios X e espectroscopia de ressondin- cia nuclear magnética. Os tiltimos anos de pesquisa em biologia estrutural produziram uma profusio de estruturas de proteinas ¢ écidos nucléicos, ricas em detalhes moleculares. © progresso é claramenteaparente quando a presente edigio é comparada com a primeira edigao (1970) de Bioguttnica de Lehninger, que exibia um desenho de apenas uma proteina (mioglobi- na) com detalhe molecular, €nfase na Fundamentacao Para ajudar os estudantes a navegar o oceano de informagio em bioquimi- «a, escrevemos com estes objetivos: + introduzir a tinguagem da bioguimica, com explanagdes cuidadosas sobre a idéia, a origem ¢ o significado dos termos; + providenciar uma compreensio equilibrada do contexte fisico, 4 ico e bial6gico no qual cada biomolécula, reacao ou via metabolica opera: + eniatizar, clara e repetidamente, os principais temas, especialmente aqueles relacionados & evolucao, & termodinamica, a regulacao ea re- laglo entre estrutura e fun + explicar e contextualizaras mais importantes técnicas que nos trouxe- ram a compreensio atual da bioquimica; ¢ + mantero interesse do estudante, desenvolyendo tépicos de uma ma- neira gradual ¢ légica; aproveitando cada oportunidade para apontar conexdes entre processos: identificando lacunas em nosso conheci- mento que prometam desafiar futuras geragdes de cientistas; suprin- do contexto historico da selegao das principais descobertas, quando tal contexto for titi ¢ fornecendo em cada capitulo problemas desa: fiadores que requeiram do estudante trabalhar com dados ou sitta goes reais, As quatro partes de Leininger Principios de Bioquémica, em sua tercei- 1a edigao, foram planejadas com esses objetivos em mente, Temas que uni- ficam grupos de capitulos foram introduzidos na abertura de cada parte ¢ teforcam os capitulos individuais. A organizagao dos capitulos ajudaré os ¢studantesa manter o foco nos temas principais e na informagaio essencial e, 4ssim, aumentara a compreensao do estudante. Escrevemnos introdugdes para cada capitulo que permitem uma auto-suficiéncia, de forma tal que um instrutor, 20 utilizar este livro, nao seja obrigado 2 ministrar seu curso na seqdéncia exata do livro. Isso € especialmente verdadeito para os capitulos intermediarios sobre o metabolismo, em que existe uma variagao conside: rével na seqUéncia usada por diferentes professores. (Os apéndices incluem uma extensa lista de abreviagdes encontradas naliteratura bioquimica ¢ solugdes para os problemas do final de cada cay tulo, 0 Glossirio foi revisto e ampliado para fornecer definicoes de mais de 800 termos importantes. Ao aprescntar esta nova edigio de Priteipios de Bioguimica, recebere mos com prazer suas criticas, sugestoes e comentarios de qualquer espécie. David L. Nelson Michael M. Cox | Todos os graficos e diagramas moleculares seguem um esquema de cores consistente ao longo do texto Novos Adendos e Problemas com Aplicacées Praticas Para encorajar os estudantes & ir mais fundo aplicagdes e implicagSes da pesquisa bio- suimi + Um maior nimero de adendos sobre rele vancia da bioquimica na medicina, biotec nologia e outros aspectos da vide d + Novos problemas nos términos de cada ca- pitulo, que desafigm os estudantes a aplicat os principios bioguimicos a questoes do mundo real esta edigio apresenta: + Problemas da Bioquirmica na internet, que colocam questies ¢ apresentam estratégias para o encontro de respostas usando as fon- tes bioquimicas na World Wide Web.Notas da Terceira Edicao Portuguesa ite anos, em 1982, ocorreu a primeira edigio de Principles of Biocke- istry do Professor Albert Lester Lehninger que em pouco tempo ganhou a prestigiada condicto de paradigma didiatico e texto de referéncia no ensino de Bioquimica. Pouco depois, em 1984, apresentamos a tradugio para a lingua portuguesa e ficamos felizes em verificar que, em seu ambito, ela se manteve dentro da mesma condigao. A continuidade desta obra foi mantida coma segunda edigao na lingua inglesa em 1993 ea nossa tradugdo dela em « 1995, Nestes tltimosanos ocorreu um espantoso crescimento do saber cien- Uifico & em nenhuma area isso foi tao evidente como na Biologia, Nesta, as aplicagdes préticas vém sendo implantadas acompanhando passo a passo os avangos desse saber principalmente nossetoresda medicina humana e vete~ rindria, na agricultura e na nutrigdo, na produsdo industrial de drogas far- ‘mactuticas e de outros empregos, além de miriades de outros. Esse progres- so implica a criagao de termos novos, muitas vezes descritivos de fangdes de moléculas, de procedimentos laboratoriais, de caracteristicas morfolégicas celulares ou subcelulares... Quase invariavelmente esses termos inovadores nascem grafados no idioma inglés € ndo raro sua tradugao ¢ adaptacao ao nosso idioma representam um problema com miltiplas escolhas. Assi nesta edigao, como nas anteriores, seguimos como normas orientadoras, ‘mas nao estritas: primeiro, sempre privilegiar 0 texto € o estilo com mais facil acesso & compreensio do estudante de graduagao, isto é,aquela pessoa que est4 realizando 0 seu primeira contate com a Bioquimica por meio deste livro; segundo grafar a tradugao dessas palavras novas nia forma mais empregada pelos proprios bioquimicos na vivencia diaria dentro dos labo- ratérios, nas aulas de graduagao e pés-graduagio, nas conferéncias, durante as apresentagdes e conversas nos congressos, em trabalhos publicados em portugués e outras diferentes situagoes, Entretanto, as siglas foram manti- das como sdo grafadas em sua forma original pois a mudanga para ¢ forma correspondente ao portugues acarretaria grandes e intiteis cificuldades a0 estudante quando da Ieitura de outros trabalhos em inglés. Pelo uso fre quente e disseminado, algumas siglas novas sobreviverao e serao incorpora- das & nossa lingua, outras serdo esquecidas. Ao prepararmosa terceira edi- ‘¢8o portuguesa de Lehninger Principias de Bioquimica ampliamos a equipe de tracutores 0 que tornou ainda mais seguro e preciso o texto ora apresen- tado, sem perda das qualidades caracteristicas clo anterior. Apesar dos cui- dados, atengaio e carinho empregados na elaboragao e revisio deste texto, acreditamos que corregSes podem ser necesssrias e receber dos nossos leito- rey g adverténcia para aquelas que forem notadas sera uma distingdo pela qual agradecemos desde agora.Tradugéo Arnaldo Antonio Simoes (Cepirtoe 15,16, 17,28, 20.21 622) Professor Aposentado PMRP-USP. Gatlos Curti (Cepindo 14) Professor Associado FCFRP-USP Ccarem Gledes Vargas Rechia (Capiuio9) Professora Doutora FCFRP-USP Francisco de Assis Leone Capitles4,8€19) Professor Titular FFCLRP-USP. Isis do Carmo Kettelhut {Captule 23) Profesiora Associada FMRP-USP Ikhamar Vugman {(Captulo7) Professor Titular Aposentado FMRP-USP Vanderlei Rodrigues (Capttulos 229) Professor Associado FMRP-USP Vitor Diaz Galbon (Capialos 506) Doutor em Bioguimica pela FMRP-USP FMRP-USP, Yara Maria Lucisano Valim ‘(Capitules €3) Profeisora Astociada FCERP-USP Zalleica Rotschield (Capitaio 11) Professera Titular Aposentada FCFRP-USP Wilkon Roberto Navega Lodi (Capitalos 12, 13,2425, 26, 27628) Professor Associado EMRP-USPFerramentas e Técnicas © testo descreve muitas técnicas usadas ne pesquisa bioquimica,a maioria das unis esté misturada com os resultados de sua aplicagao. Entre as técnicas des- critas neste livro esto: © trabalho com células ¢ animais Bscolha do organismo experimental 17-18 Centrifugagao diferencia no isolamento das organclas subcelulares 32-33 Ultracentrifugagdo isopicnica no fracionamento celular 32,33, Produgdo de animais transgénicos 903 Teste de Ames para a mutagenicidade 747 0 trabalho com polipeptideos e proteinas Separagio cromatogratica de proteinas: afinidade, troca iénica, fittragzo em gel (exclusdo pelo tamanho), HPLC 100-103 Cinética enzimatica pata determinar K,q, Vpn 198-207, Adendo 8-1, 215-216 Quantificagao da cooperatividade na ligagao do ligante: diagrama de Hill 168 Anilise de Scatchard da interacao ligante-proteina, 342, ‘Adendo 13-1 Eletroforese em gel de poliacrilamida com SDS (SDS- PAGE) 103 Focalizacao isoelétrica de proteinas 104-105 Bletroforese de mistura de proteinas em gis de duas dimensbes. 104-105 Transferencia de proteinas para uma membrana, identificadas com anticorpo (“immunoblotting”, “Western blotting”) 179-180 ELISA (“enzyrne-finked immunosorbent assay" ou ensaio imunocomplexo ligaco a enzima) 179-180 Radioimunioensaio (RIA) 694, 696 Seqitenciamento de proteinas pela degradacao de Edman 109-112 Espectrometria de massa (MS/MS), 113-115, Adendo 5-3 espectometria de massa por dessorgao/ionizagao assistida or uma matriz (MALDIMS) 113 ‘espectrometria de massa por ionizagio ¢ cletropulverizacao (ESI MS)113, espectrometria de massa seqencial 114-115 Sintese quimica de peptideos 16-117 saga 334 O trabalho com DNA e RNA Sintese quimica de oligonucleotideos 273 SELEX (“systematic evolution of ligands by exponential enrichment’, ou desenvolvimento sistematico de ligantes por enriquecimento exponencial) 801 Cortando e ligando DNA. 882-884 Construgio de vetores de clonagem ¢ expres 886-887 Clonando cromossomos bacterianos artificiais (BACs) 887 Clonando longos segmentos de DINA em cromossomos ée fungos artificiais (YACs) 894, 896 Plasmfdio Ti como vetor de clonager em plantas. 898-900 Hibridizagde de colbnias 888, 892 PCR (“polymerase chain reaction, ou reagao em. cadeia da polimerase) para amplificar uma seqiiéncia de DNA 887-889 Microarranjos de DNA 711-712, 888, 893 Seqiienciamento de DNA 271-273 Superexpressao de genes clonados 843 Impressio digital ou perfil de DNA. 890-891 Impressio digital de DNA para identificar sitios de ligagio de proteinas no DNA 775 Mutagenese sitio-dirigida 894-895 Anilise de polimorfismo de restrigio de tamanhos dos fragmentos (RFLP — “restriction fragment length polymorphism analysis”), 890, Adendo 29-1 Transferéncia ¢ identificagao de DNA em membranas, 880- 891, Adendo 29-1 ‘Terapia génica humana, 897-898, Adendo 29-2, 902-903 0 trabalho com carboidratos, lipidios e membranas Extragao de lipidios com solventes orginicos 295-296 Andlise de lipidios por cromatografia liquida gasosa (GLC) e cromatografia de camada fina (TLC) 296, 297 Determinagao da estrutura de lipidios por espectrometria de massa 298 Anilise de oligossacarideos ¢ polissacarideos 243-245 Eletromictoscopia por criofratura de membranas, 307, ‘Adendo 12-1 Determinacao da assimetria de membrana com sondas impermedveis. 307-308 Fletrofisiologia do pincamento da membrana para estudar canais iénicos 334 Anilise de hidropatia para detectar segmentos transmembrana 311-313 As técnicas fisicas para a determinagao de estruturas Determinagao da estrutura protéice tercidria por ctistalografia de raios X, 138-139, Adendo 6-3 espectropia de ressonancia magnética nuclear, 139-141, Adendo 6-3 Espectrometria UV/visivel ea st Determinagao experimental do potencial de redugio 400, 401 ide Lambert-Beer, 93, AdendoAplicagées e Explanagées nos Adendos Osadendos exididos ao longo do texto fomecem informacio suplementar so- bre aplicagées da bioquimica, explanagdes de fendmenos biol6gicos fascinantes + outros tipot de enriquecimento ans estudantes. Aplicagies a jonais da bio- quimica relacionadas a satide e A doenga, ao meio ambiente, industria, agricul- tua ¢ outros campos aparecem 2o longo das paginas dest livro. m Adendo 3-1 Louis Pasteur ea atividade 6ptica: in vino, veritas 47 Adendo 4-1 Resposta ao toque nas plantas: um evento ommético 73 m Adendo4-2 0 produto iénico de agua: dois problemas ilustrativos 75 Adendo 4-3 Resolvendo problemas usando a equagdo de Henderson-Hasselbach 79 Adendo 4-4 Sangue, pulmoes ¢ tampio: 0 sistema-tamptio bicarbonato 80 mAdendo 5-1 Absorgio da luz pelas moléculas:alei de Lambert-Beer 93 = Adendo 5-2 Homologia de proteinas entre as espécies 107 ™ Adendo 5-3 Investigando proteinas com a espectrometria de masa 3 MAdendo 6-1 Identificando hélices orientadas a direita e& esquerda 127 mAdendo 6-2 A ondulagdo permanente em cabelos € uma engenharia bioguimica 133 " Adendo6-3 Métodos para a determinagio da estrutura tridimensional de uma proteina 138 mAdendo 6-4 A morte por enovelamento incorreto, adoenga do prion 153 Adendo 8-1 Transformagdes da equacio de Michaelis- Menten: o grifico dos duplos reciprocos 201 Adendo 8-2 Testes cinéticos para a determinagio dos mecanismes de inibicao 206 mAdendo 8-3 Evidéncias da complementaridade entre a enzima e oestaco de transicio 208 mAdendo 11-1 Os cachalores:cabeses de sebo das profundezss 283 mAdendo 11-2 Doengas humanas herdadas resultam do actimule anormal delipidios de membrana 280 mAdendo 12-1 Observando ss membranas 307 mAcendo 12-2 Transporte defeituoso da glivose « da agua ‘emduas formas de diabetes 321 Adendo 12-3 Um canal ibnico defeituoso causa afibrose cistica 326 sAdendo 13-1 A andlise de Scatchard quantifica a interagio receptor-ligante 342 WAdendo 13-2 Cegueira as cores: 0 experimento de John Dalton direto do timulo 361 "Adendo 14-1 Entropie: as vantagens de haver desorganizagio 385 mAdendo 14-2 A energia livre de hidrélise do ATP no interior das eélulss: 0 verdadeiro custo dos negocios metabélicos 390 "Adendo 14-3 O relampear dos vaga-lumes: relates brilhan- tesdoATP 396 mAdendo 15-1 Glicdlise na presenga de concentracoes limitantes de oxigénio: atletas,jacarése celacantos 471 Adendo 15-2 A fabricagao de cerveja 422 ® Adendo 15-3 Isoenrimas: proteinas diferentes que catalisara amesma reagio 431 Adendo 15-4 Deficiéncia da glicose-6-fosiato desidrogenase: por que Pitégoras nao comia falafel 434 M Adendo 16-1 Sintases sintetasess ligases e llases; quinases, fosfatases ¢ fosforilases: fal, Tantos nomes realmente confundem! 448 ™ Adendo 16-2 Citeato: uma molécula simétrica que reage assimetricamente 451 m Adendo 16-3 Citrato sintase, refrigerantes e 0 suprimento ¢e alimentos para o mundo 454 Adendo 17-1 Os ursos obesos realizam a B-oxidagio durante seu periodo de hibernagao 472 Adendo 17-2 Coenzima B,: uma solugio radical para um problema desconcertante 475 m Adendo 18-1 Ensaios para o diegnéstico de tecidos 462 m Adendo 18-2. Detetives cientificos resolvem um assassinate misterieso 509 m= Adendo 19-1 Vias respirat6rias alternativas calor, plantas malcheirosas 527 Adendo 20-1 A penicilina ea f-lactamase: « bila magica contra 0 colete prova de balas $80 mAdendo 21-1 Oxidases de fungdo mista, oxigenases ¢ citocromo P-450 610 m Adendo 21-2 Cicloxigenases isozimas e a pesquisa por uma aspirina melhor: 0 alivio esta no sitio ativo 614 Adendo 21-3 Osalelos da apolipoproteina E predizem a incidancia da doenga de Alzheimer 630 mAdendo 22-1 Bioguimica de reis ede vampiros 659 m Adendo 22-2 Curando a doenga do sonoafficana com um “cavalo de Tréia” bioguimico 664 Adendo 23-1 Como um horménio é descoberto? 0 frduo caminho na purificagio da insulina 695 MAdendo 25-1 Reparodo DNA ecancer 750 m Adendo 26-1 A RNA polimerase deixa a sua pegida em um promotor 775 m Adendo 26-2 Lutando contra a AIDS com inibidores da transcriptase reversa do HIV 796 ™Adendo 27-1 Deslocamento da janela de tradugio ¢ editoragao do RNA: mRNAs que mudam as regras ses de no meio do jogo 810 m Adendo 27-2 Variagdes naturais no cédigo genético 814 Adendo 27-3 Variagao induzida no cédigo genético: supressio sem sentido 829 = Adendo 29-1 Uma potente arma na medicina forense 890 WAdendo 29-2 © genoma humane e a terapia génica humana 897Agradecimentos ‘Nossa escrita foi apoiada por muites pessoas cujos conselhos € encoraja- mentos foram cruciais ao longo dos anos de revisao, estamos em débito com todos eles. A Editora Worth, a onganizadora geral do projeto e gerencia- dora de seu desenvolvimento, administrada nas fases iniciais per Judith Wil- son € na fase principal por Morgan Ryan, com a ajuda na hora certa, em alguns capitulos, de Linda Strange e Valerie Neal. O que mais pesou no es- forco geral foi s enorme contribuigao de critica construtiva, divides, enco- rajamento € inspiragao feita por Morgan Ryan, Seu toque editorial habil melhorou o livro de imtimeras meneiras. O manuscrito final beneficiou-se da soberba co-editoria de Linda Strange (que tem participado de todas as cinco edigdes dos textos de bioquimica de Lehninger), Nossa editora do pro- jeto, Elizabeth Geller, manteve todos os elementos do livro movendo-se na direcdo correta ao longo do processo de producio, mostrando-nos as vezes veludo As ve7es cimento. Sua energia e concentragio manteve o projeto nos trilhos. Em Madison, contames com o forte estimulo editorial eorganizacio- nal, envolvendo cada fase do projeto, fornecido por Brook Soltvedt. Na area de secretaria, foi prestada notdvel assisténcia por Shannon Baruth, Foi um grande privilégio trabalhar com um time tio talentoso e energético a to- dos eles deve-se muito da qualidade deste livro. Aarte desta edigdo inclui o trabalho de Susan Tilberry, Laura Duprey ¢ J.B. Woolsey e Assaciados. Paull Lacy, mago da Photoshop e artista da diagramagio das paginas, repetitivamente alegrava-nos com paginas em que as ilustragoes e 0 texto estavam em perfeita sincronia. Ficamos impressio- nados e gratificados em testemunhar o processo pelo qual nossos quase indecifraveis rabiscos foram transformados nas figuras elegantes que enfei- tam estelivee, J4 registramos a valiosa contribuiggo de Jean-Yves Sgro, que fez todos 0 graficos moleculares. As fotografias usadas nesta edicdo foram seleciona- das pela infatigavel Deborah Coodsite, com assisténcia de Joan Peterson, Connie Gardner e Jennifer MacMillan. Yuna Leearticulou os muitos reviso- res deste livro e coordenou o desenvolvimento dos suplementos escritos. O desenvolvimento do site na Web do livro esteve sobre a supervisio editorial de Sonia DiVittorio. Marcy Osgood ¢ Karen Ocorr da Universidade de Mi- chigan, Ann Arbor, escreveram muitos dos problemas encontrados nos fi- nais de capitulos, incluindo todos os problemas da Bioguimica na internet.e fizeram comentarios iiteis sobre 0 manuscrito 4 medida que revisavam 0 seu guia de estudos para este livro. Lou Pech do Colégio Carroll pesquisou e escreveu cinco dos novos adendos desta edigao. Paul Marrione ajudou-nos, asclecionar problemas do guia de Paul Van Fikeren para a primeira edicao. Uma das vantagens especiais que tivemos foi nosso acesso a extraordi- ndria comunidade de pesquisadores da Universidade de Wisconsin-Madi- son, Mais freqtentemente do que nao, a experiéncia de que necessitévamos para desatar um né ou desenvolver um novo tépico estava sempre 4 mao. ‘Nossos colegas municiavam-nos com dados na hora certa ¢ ajudavam-nos de outras inumeras maneiras. O espago impede um detalhamento de cada contribuigao, mas estamos especialmente gratos a Laurens Anderson, Way- ne Becker, Brian Fox, Hazel Holden, Ivan. Rayment e Brian Volkman, que passaram muitas horas nos ajudando,Estes outros colegas de Madison também fizeram contribuigées im- portantes a alguns aspectos do livro: Rick Amasino, Alan Attie, Sebastian Bednarek, Susan Eichhorn, Jerry Ensign, Ray Evert, Bob Fillingame, Perry Frey, Rick Gourse, Colleen Hayes, Judith Kimble, Bob Landick, Paul Lud- den, John Markley, Anant Menon, James Ntambi, Ann Palmenberg, Ron Raines, Tom Record, George Reed, Bill Reznikoff, Ruth Saecker, Heinrich Schnoes, ‘Tom Sharkey, Lloyd Smith, Sue Smith, Gary Splitter, Bill Sugden, Mike Sussman ¢ Marv Wickens. Fomos também capazes de nos aproveitar de contatos de todo o mun- do. Por sua paciéncia em responder nossas questées, que freqtientemente inciufam uma leitura adicional e critica de certas passagens, agradecemos a: ‘Andre Adoutté (Universidade de Orsay), Marlene Belfort (Centro Wadswor th, Departamento de Satide do Estado de Nove York), Terry Beveridge (Uni- versidade de Guelph), Pat Brown (Universidade de Stanford), Peter Burgers (Bscola de Medicina da Universidade de Washington), Joseph Clark (Uni- versidade de Oxford), Ron Conaway (Universidade de Oklahoma), Herbert Friedmann (Universidade de Chicago), Barry Ganong (Universidade de Mansfield), Myron Goodman (Universidade do Sul da California), Jack Griffith (Universidade da Carolina do Norte), Carol Gross (Universidade da California, Sao Francisco), Peter Hinkle (Universidade de Cornell), Denis Lynn (Universidade de Guelph), Lynn Margulis (Universidade de Massa- chusetts, Amherst), Ken Marians (Centro de Cancer do Memorial Sloan- Kettering), Stanley Miller (Universidade da California, Sao Diego), Paul Modrich (Universidade Duke), Chris Raetz (Universidade Duke), Azia San- car (Universidade da Carolina do Norte, Chepel Hill), William Schopf (Uni- versidade da California, Los Angeles), Sue Travis (Universidade de Iowa), Claire Walezak (Universidade de Indiana) Richard Wolfenden (Universi- dade da Carolina do Norte). O livro se beneficiou enormemente da experiéncia e sabedoria com- binadas de muitos revisores. Cada capitulo foi examinado em diverses eta- as por bioguimicos com interesse ¢ experiéncia tanto no tpico de capitu- lo quanto na educardo bioquimica. Estes revisores metédicos ajudaram a dar forma a esta nova edi¢do de muitas maneiras, Pelos seus conselhos ¢ criticas indispensiveis, agradecemos: Revisores da terceira edigao: Sankar Adbya John Browse Insiuto Nacional do Cicer, Istituto Universidade do Estado de Washington Nacional da Sate rasbueei ‘Tom Alber Escola de Medicina da Universidade de Universidade da California, Berkeiey Washington Laurens Anderson ‘Thomas K.Cech Universidade de Wisconsin-Madison Universidade do Colorade, Boulder Norman Ambhein: Michsel J. Chamberlin Universidade do Sul da Califia Universidade da Califia, Berkley ‘Alan Atti Ron Conaway Universidade de Wiconsin-Madison univesidade de OKahoma Tania Baker ; Joseph Clark Inter de Teonologia de Massachusers See aoa Vahe Bandarian aaa Univeidade de Wiconi- Maison Unread de Wicoin Medion Weyne Beckcr 5 H. Garry Dallmann Universidade de Wiscorsin- Madison: Universidade do Colorado, Centro de Ciéncias Robert W. Berhohe da Saide Penn State University Louis). Delbaere Michael R. Borenstein Universidade de Saskatchewan Temple Universidade wali Decks Ross D. Brown, Je Excola de Medicina da Universidade do Texas, Universidade da Florida, Gainesville Houston Diana Downs Universidade de Wisconsin-Madton Jeftrey D. Esko Universidade do Alabama, Birmingham Gerald W, Feigenson Universidade de Gernelt Bob Fillingame Universidade de Wisconsin. Madison Hertmut Follmann, Universidade de Kassel Kassel Alemarha Brian Fox Universidade de Wiseonsin- Madison ‘Maxim D. Frank-Kamenetskit Universidade de Beston Herbert Friedmann Universidade de Chicago David Goodman Universidade de Princeton Myron Goodman Universidade do Sul da California Jack Gorski Universidade de Wisconsin-MadisonRicek Gourse Universidade de Wisconsin: Madivon Lawrence M. Grace Colégio de Facraicia e Citrcias da Si de Massachusetts Rachel Green Esvola de Medicina da Universidade Jobs Hopkins tide Carol Gross Universidade da California, Sto Francie Lawrence Grossman Universidade de Johns Hopkins Richard 1, Gumport Universidade de Minois, Urbana-Champaign Mitchell, Halperin Hospital St. Michacl, Universidade de Toronto Ulrich Hard Instiuao de Binguirnica Max-Planck John W.8. Hershey. Paula de Medicina Davis.da Universidade sa California Lowell E, Hokin Escola de Medicina da Universidade dle Wisconsin-Madison Jon M, Kaguni Universidade do Estado de Michigan Pierre Kamoun Hospital de Duengas infantis le Nocker Harold Kasinsky Universidade da Colirabin Briviica Judith Kimble Universidade de Wiscousin-Madison Roy L. Kisliuk Universidade de Tf Randy D, Krauss tscola de Medicina da Universidade fe Boston Bob Landick Universidade de Wisconsin-Madison Bob LaRossa Companhia DuPont Michael Lieberman, Coligio de Medicina, Universidade de Cincinnati Janet E. Lindsley Escola le Medicina da Universidade de U Stuart Lian Universidade da California, Berkeley Ekebot Lund Universidade de Wisconsin- Madison Michael J. MacDonald Escola de Medicina, Universidade de Wisconsin TR}. Martin, Universidade de Wisconsin-Madison Anant Menon Universidade dle Wisconsin-Madison Julie T. Millacd Colegio Colby Cynthia J. Moore Universidade de Washingion, St, Louis Pierre Morell Universidade da Carolina do Norte, Chapel Hil Ronald L. Niece Universidade da California, Irvine James Ntambi Universidade de Wisconsin-Madison Michael O'Donnell Universidade Rockefeller James Ofengané cola de Medica da Universidade de Miami Archie R, Portis. Te Servico de Pesguisa da Agriculuera USDA Jack Preiss Universidade do Estado de Michigan Frank Pugh Universidade do Estado da Pevsitvnia George Reed Universidade de Wisconsin-Madtison David Reibstein Universidade da Pensitednia Bill Reznikoft Universidade de Wisconsin-Madison Daniel H. Rich Universidade de Wisconsin-Madivon Peter I. Resch : scola de Medicina da Universidade de indiana Gary Roberts Universidade de Wisconsin Meatison Jef? Roberts Universidade de Comell Francia Rolleston Consethe de Pesguists Médicas do Canada Douglas W. Russell Universidade Dalhousie, Nowa Escécia, Canada Lisa M. Salat scala de Medicina da Universidade da Virgbria do Oeste ‘viz Sencar Universidade da Carolina do Norte ‘Chapel Fill Paul Schimmel Institwi de Pesquisas Seripps Bob Scheleit Universidade Jolows Hopkins Herbert 2 Schweizer Universidade dy Fstado do Colorado Tom Sharkey Universidade de Wisconsin-Madison Richard R. Sinden Instituto de Biocigucas » Teonolegi, Universidade do Texts A&M Cassandra L, Smith Universidade de Boston Lloyd M. Smith Universidade de Wisconsin-Macdison Gary Splitter Universidade de Wiseonsin-Madison Howard Sprecher Colegio de Medicina e Satie Priblica, Universidade do Estado de Ohio ‘William Tapprich Gniversidade de Nebraska, Omaia Teremy Thornes Universidade da Califia, Berkeley Bruce Tibertis Universidade da Colton Britanien Harald Tschesche Universidade de Bielefeld, Bielefeld, Alerantsa ‘Thomas Vandergon Universidade de Pepperdine Désinée Vanderwel Universidade de Winnipeg Alsjandeo |. Universidade da Coldinbia Briranien Jon A, Wolff Escola de Medicina, Universidade de Wisconsin ‘Willhm Wolodko Universdate de AlbertaNao temos espago aqui para agradecer a todos os outros individues cujos esforgos especiais se encaminharam para este livro, Em vez disso, oferece- ‘mos nossos sinceros agradecimentos e o livro pronte que eles ajudaram a guiar para a finalizagao. Nos, € claro, assumimos a total responsabilidade pelos erros de fato ou énfase, Somos gratos aos nossos estudantes na Universidade de Wisconsin Madison, que forneceram inspiragio (especialmente Jason Celitti, que ofe- receu valiosa critica, e Erik Mikkelson, um excelente revisor de quimica); aos estudantes e técnicos de nossos grupos de pesquisa, que nos ajudaram a equilibrar a competicao entre as demandas de pesquisa, ensino,administra- sfo ¢ escrita do livro; aos nossos colegas do Departamento de Bioguimica em Madison, que pacientemente responderam nossas questoes, corrigiram nosso conceitos equivocados e, em muitos casos, revisaram nessos capitu- los, Recebemos muitas cartas nos tltimos oito anos de estudantes e profes- sores que usaram nosse livro © que apontaram pontos que poderiam estar melhores, aos quais agradecemos, (Esperamos que 0s usuarios futuros con- tinuem a nos contar como podemos melhorar este livro.) Queremos tam- bém agradecer ao time de Lehninger na Editora Worth, que nos permitiram aliberdade de que necessitavamos eexibiram extraordingria paciéncia quan- do faziamos a tiltima interrupeao para “finalizar” os capitulos, ¢ cuja dedi- cagio em produzir um livro de qualidade inspirava nossos melhores esfor- {08 ¢ tornaram esta uma experiéncia recompensadora. Finalmente, exprimimos 0 nosso mais profundo apreco a nossas es- posas, Brock e Beth, ¢ a nossas crianeas, que suportaram as longas noites ¢ fins de semana que dedicamos & escrita do livro com extraordinaria boa vontade e constante encorajamento. Madison, Wisconsin David L, Nelson Outubro 1999 Michael M. CoxSobre os Autores Michael M. Cox e David L, Neon David L. Nelson, nascido em Fairmont, Minnesota, recebeu seu BS em Q mica ¢ Biologia no Colegio St. Olaf em 1964. Ele obteve seu PhD em Bio- uimica na Escola de Medicina em Stanford com Arthur Kornberg ¢ foi um. boksista de pos-doutorado na Escola de Medicina de Harvard com Eugene P. Kennedy, que foi um dos primeiros estudantes de pés-graduagio de Leh- ninger. Nelson foi para a Universidade de Wisconsin-Madison em 1971 e tornou-se um professor titular de bioguimica em 1982. A tese de pesquisa em Stanford foi sobre 0 metabolismo intermedis- rio da bactéria durante @ esporulagao e germinagao. Em Harvard, ele est dou a energetica, genetica ¢ bioquimica do transporte iénico em E. coli. Em. Wisconsin, sua pesquisa tem focalizado as transdugdes de sinais que regu: lam a moyimentagio ciliar e a exocitose no protozodtio Raramecium As enzimas das transdugdes de sinais, incluindo uma variedade de proteinas quinases, sao seus principais alvos de estudo. Seu grupo de pesquisa usa a Purificacao de enzimas, ténicas imunologicas, microscopia eletrOnica, ge nética, biologia molecular ¢ eletrofisiologia para estudar esses processos. * ‘© Dr. Nelson possui tum registro ilustre de conferencista e supervisor de pesquisa, Por trinta anos ele lecionou um curso intensivo de bioquimica para estudantes avangados de bioquimica ¢ estudantes de pés-graduasao nas ciéncias da satide (usando os livros Bioguimica ¢ Prinscipios de Bioquimi ca de Lehninger). Ele também lecionou um curso de bioquimica para estu- dantes de enfermagem, um curso de pés-graduacao sobre estrutura e fun- gio de membrana e um semindrio de pés-graduag3o sobre membranas ¢ transdugdes sensoriais. Patrocinou numerosos PhD, MS e teses de honras colegiais e recebeu prémios por sua exceléncia no ensino, incluindo o Pré: mio Escolar Dreyfus e de Distinto Professorado Atwod, Em 1591-1992, ele foi um professor visitante de quimica c biologia no Colegio Spelman. Michael M. Cox, nascido em Wilmington, Delaware, No seu primeiro cur so de bioguimica, 6 livro Bioguimica de Lehninger foi uma grande influen- cia que o fez, voltar & sua fascinagao pela diologia e inspiré-lo 2 seguir uma cartcira em bioquimica. Apés sua graduagio na Universidade de Delaware em 1974, Cox foi a Universidade de Brandeis para fazer o scu trabalho dou: toral com William Jencks ¢ depois para Stanford em 1979 para seu estudo p6s-doutoral com I. Robert Lehman, mudando-se para a Universidade de Wisconsin-Madison em 1983. Tornou-se professor titular de bioquimica em 1992, Sua tese de doutoramento foi sobre a catalise écido e base como um modelo para as rea¢des catalisadas por enzimas. Em Stanford, Cox comegou atrabalhar com as enzimas envolvidas na recombinagio genética, deseavol- vendo métodos de purificagao ¢ de ensaios ainda usados, iluminando 0 pro- ccesso de migracdo da ramificagio do DNA e clonando gene para uma recombinagao sitio-especifica de levedura. A exploracio das enzimas de re- combinagao genética permaneceu seu tema central de pesquisa. © Dr Gox tem coordenado um grande ¢ ativo grupo de pesquisa em Wisconsin, investigando a enzimologia, a topologia e a energética da re- Jaga genética. Um primeiro foco tem sido o mecanismo da troca fitas do DNA ¢ 0 papel do ATP no sistema da RecA. © grupo de pesquisa tem também se concentrado na recombinase FLP da levedura eno process queele controla, eestd desenvolvendo sistemas cromossémicos alvos basea- dos na recombinase FLP. Durante os dltimos quinze anos ele ensinou (com David Nelson) um curso de bioquimica ¢ lecionou em cursos de pos-gra- duagao sobre a estrutura e topologia do DNA, interagdes proteina-DNA ea bioquimica da recombinagdo. Recebeu prémios tanto em pesquisa quanto ‘em ensino, incluindo o Prémio Escolar Dreyfus ¢ 0 Prémio Eli Lilly de 1989 em Quimica Biolégica, Seus passatempos incluem jardinagem, colegao de vinho ¢ ajudar na planificagio de prédios de laboratorAos nossos professores: Paul R. Burton Albert Finholt William P. Jencks Eugene P. Kennedy Homer Knoss. Arthur Kornberg 1. Robert Lehman Earl K. Nelson David £. Sheppard Harald B. WhiteContetido Resumido 23 Iv 24 25 26 27 28 29 Fundamentos de Bioquimica 1 ALégica Moleculer da Vida 3 Células 16 Biomoléculas 41 Agua 64 Fstrutura e Catalise 87 Aminodcidos, Peptideos e Proteinas 89 Estruturé Tridimensional das Proteinas 123 Func6es das Proteins 159 Enzimas 189 Carboidratos e Glicoconjugados 225 Nucleotideos e Acidos Nucleicos 250 Lipidios 280 Membranas Biolégicas e Transporte 301 Biossinalzacao 340 Bioenergetica e Metabolismo 379 Principios de Binenergética 383 A Glicblise e © Catabolismno das Hexoses 409 © Ciclo do Acido Citrico 441 A Oxidacdo dos Acidos Graxos. 465 ‘A Oxidacao dos Aminoacidos © 3 Producao de Uréia 486 Fosforilagao Oxidativa e Fotofosforilagao 515 Biossintese de Carboidratos 563 Biossintese de Lipidios 590 Biossintese de Aminoacidos, Nucleotideos e Moléculas Relacionadas 639 Integragao e Requlacac Hormonal do Metabolismo de Mamiferos 682 Vias da Informagio 711 Genese Cromossomos 713 Metabolismo do DNA 733 Metabolismo do RNA 771 Metabolismo des Protenes 605 Regulacdo da Expressao Génica 846 Tecnologia do DNA Recombinante 880 Apéndice A Abreviagoes Comuns na Literatura da Pesquisa Bioauimica 909 Apéndice B Solugdes Resumidas dos Problemas 912 Créditos das Hustragdes 931 Glossério 937 Indice Remissiva 955Contetdo ie 0 reticulo endoplasmatico organize a sintese das proteinas e I Fundamentos de Bioquimica 1 ini ae 0 complexo de Golgi processa e distribui as proteinas 25 1 A Légica Molecular da Vida 3 Os lisossomios S20 05 locais das reacoes degradativas 26 0s vactolos das células de plantas desempenham varias A Unidade Quimica des Diferentes Organismos fungGes importantes 26 Vivos 3 0s peronissomos destioem 05 perdxidos de hidrogénio € os A bioquimica procura explicar a vida em termos quimicos 4 lioxissomos converte gorduras em cerboidatos 26 ‘Todas as macromolécuias sao constiufdas a partir de 0 nuicleo contém 0 genoma 26 poUcOs compostos simples 5 ‘As mitocdndras sao as estacdes de forca das células eucaroticas aerobicas 28 0s cloronlastos corvertem a energia solar em energia quimea 29 As mitocéndrias @ os cloroplastes provavelmente se A Produsao de Energia e seu Consumo no Metabolismo 5 (0s organsmos nunca estao em equilorio cor seu ambiente deserve de bacteasendossrbistcas 29 A compo recurs un stato estcor oes we eiele eee 78 “oplima ¢ produz movimento 29 Sesto ce senaleinrr ate ees Tee 0 etopasna ¢sbarctao, skamente rdenado @ fluxo de elétrans fornece energia para as organisnos 7 aramice. 22, Acopiamenta de enercia iga as reagoes quimicas em 0 Estudo dos Componentes Celulares 32 biologia 8 As arganelas podem ser isoladas por centrfugacao 32 As enzimas promavem reacdes quimicas em cadeia 9 Estudos in vitro podem oferecer uma visio geral de O metabolisro @ regulad para ser ecandmico © importantes nteraces entre as moles 33 equilibeado 10 Evolugao dos Organismos Multicelulares e da Transferéncia da Informacéo Biolégica 11 Diferenciagao Celular 34 Aouad greta = aga Ca C8 we es eee ‘A estrutura do DNA permite seu reparo e sua replicagao com Resumo 37 Leitura Adicional 38 Problemas 39 idelidade quase perfeta 11 ‘Mudanas nas instrucdes hereditarias permitem a evolucao 12 A anatomia molecular revela relacbes evalucionaias 12 3 Biomoléculas 41 {A sequéncia linear co DNA codifica prateinas com estruturas Be eee Surender. 13 Composigio e Ligagéo Quimica 41 Interacdes néo-covalentes estabilizam as estruturas ss Pannen bud ia Be eatboni =a Sidmersonn 14 & > grupos Tuncionais determinant as propriedades guiness. 2 {As RaizesFisicas do Mundo Bioquimico 14 Leitura Adicional 15 2 Células 16 Ware ON a AS Dimensées Celulares 17 WN CeulaseTeidos Usados em Estudos Bioquimicos. 17 2 Evolucao e Estrutura das Células Procariéticas 19 A Eschorichia col & a célula procaniética mass bom estudads 20 Evolugdo das Células Eucariéticas 21 As cClulas eucarioticas evoluiram das procarioticas em varias, elapas 21 ‘As células eucarioticas pmtivas deram origem a diversos protistas 22 Principais Caracteristicas Estruturais das Células Eucariéticas 22 ‘4 membrana plastica contém transportadores & receptores 22 A endocitose e a exoctose realizar 0 flixo através da ‘membrana plesmatca 24 pig 1Estrutura Tridimensional: Configuracao e Conformagio 44 A configuragéo de uma moléula ¢ mudada somente pela ‘quebra de uma ligagao 45 ' Adendo 3-1 Louis Pasteur e a atividade Optica: in vino, veritas 47 ‘A conformacio molecular ¢ alterada pela rotacéo a0 redor das ligagdes simples 47 Configuracéo e conformacao definem estruturas de biorroléculas 48 Interacces entre biomoliculas sio estereoespectticas 48 Reatividede Quimica 49 ‘A forga da ligacao esta relacionada a propriedades dos atomos que dela particpam 49 'Nas cells Ocorrem cinco tpos gerade transtormacoes quimices 50 Todas as reaches de oxiedugdo envolvem transteréncia de eletrons 50 Ligagbes cartoro-carbono so quebradas ¢ formadas por reacées de substituigdo nuceoflica 51 Transferencia de eétions intramolecular procuz rearranios internos 51 Reacoes de trarsferéncia de grupos ativam interrmedarios matabdlicos 52 Biopolimeros sto formados por condensaches 53 Macromoléculas e Suas Subunidades Monomeéricas 54 0s ptncipais constitutes das células s80 macromoléculas 54 ‘As macromoléculas s40 consiruidas com subunidedes monoméricas 54 ‘As subunidades monomércas tm estruturas simples 54 A condensagio entre as subunidades cia ordem e requer ereraia 56 Acestrutura celular é hierarquizeda 56 Evolugio Pré-Bidtica 57 ‘As piimeiras blomoléculas apareceram por evolugao quitrice 57 ‘A evolugdo quimica pode ser simuiada no laboratorio 58 ‘As moléculas de RNA podem ter sido os primelios genes € catalsadores 59 ‘A evolugdo bioldgca comecou ha mais de trés & meio bilhoes de anos 58 Resumo 60 Leitura Adicional 61 Problemas 62 Agua 64 Interagoes Fracas em Sistemas Aquosos 64 ‘As pontes de hidrogenio conferem a agua suas propriedades Incomuns 64 II ‘A agua forma pontes de hicrogénio com os solutos polares 66 ‘A agua interage eletrostaticarnente com os solutos que cexibem carga elétrica 65 Aeentropia aumenta quando substancias crstalinas sé dssolvidas 68 (05 cases ndo-polares S40 pouco saliveis em agua 68 Compestos nao-colares forcam mudancas eneraeticamente desfavoraves na estrutura da agua 68 As interacOes de van der Walls sao attacces interatémicas fracas 70 ‘As interacOes fracas so cruciais para a estrutura e 2 funglo. das macromaléculas 70 (0s solutos afetam at propriedades coligativas das colugoes aquosas 70 lonizayao da Agua, Acidos Fracos e Bases Fracas 72 ‘A dqua puta é ligeiramente ionizada 72 sAdendo 4-1 Resposta 20 toque nas plantas: um evento osmotco 73 ‘Aionizacio da agua é expressa por uma constante de equilibio 74 ‘A-escala de pH designa as concentragées de Ht @€ OH” 74 Adendo 4-2 0 produto fonico da aqua dois problemas iustratives 75 ‘Acids tracos e bases fracas tém constantes de dissoclagéo caracteristicas 76 ‘As curvas de titulagdo revelam o pk, dos Acids fracos 76 ‘Ago Tamponante contra as Variagdes de pH nos ‘Sistemas Biolégicos 77 (Os tamptes so misturas de dcidos fracos e suas bases conjugadas 78 Umma expressao simples relaciona o pH, 0 pk e a concentracao do tampao 78 ‘ Adendo 43 Resolvendo problemas usando 2 equacio de Henderson-Hasselbach 79 05 écidos fracas ou as bases fracas tamponam as células e os, tecidos contra as vaiacoes de pH 79 Adendo 4-4 Sangue, pulmdes @ tamnao: 0 sstema-tamyaso bicarbonato 80 ‘A Agua como Reagente 81 A Adequacio do Ambiente Aquoso para os Organismos Vivos 81 Resumo 82 Leitura Adicional 82 Problemas 83 Estrutura e Catdlise 87 Aminoacidos, Peptideos ¢ Proteinas 89 Aminoscidos 89 (Os aminoscidos tm caracteristicas estruturais comuns 30 5 residuos de aminodcidos nas proteinas so LestereoisOmeros 91 (s eminoscides podem ser classificades pelos seus guposR 92 = Adendo 5-1 Absorcdo da luz pelas moléculas: a lei de lambert-Beer 93 (0s aminoacidos ndc-primarios também possuem importantes fungdes 94 (0s emnodcidos podem agir como acidos e bases 95 Os aminoacidos tm curvas de titulacéo caractefsticas 95 As curas de titulacdo predizem a carga elétrica dos aminoicidos 96 5 aminoacidos diferem em suas propriedades acidabasicas 96 Peptideos e Proteinas 97 (5 peptideos sao cadeias de aminozcidos 97 (5 peptideos podem ser distinguidos entre si por meio de seu Comportamento de ionizagéo 98Peptideos e polipeptideos biologicamente ativos ocorrem em ‘uma ampla faixa de tamanhos 98 05 polipeptideos possuem composicoes de aminodicidos caracteristicas 99 Algumas proteinas contém outros grupos quimicos além dos ‘amnoacidos 99 Existem diversos niveis de estrutura protéica 100 Trabalhando com as Proteinas 100 As proteins podem ser separedas ¢ putificadas 100 ‘As proteinas poder ser separades e caracterizadas por eletroforese 103 Proveinas que nao foram separadas podem ser ‘quantificadas 104 A Estrutura Covalente das Proteinas 106 A fungio de uma proteina depende da sua sequiéncia de aminoscidos 106 "Adendo 5.2 Homologia de proteinas entre as espécies 107 As sealéncias de aminodcidos de numerosas protelnas ja forem determinadas 108 Polipeptideos pequenos s30 seqdenciados por procedimentos automatizados 109 Grandes protenas devem ser sequenciadas em segmentos enores 110 As sequencias de aminoacidos também podem ser deduzidas or outros metodos 113 "Adendo 5-3 investigando proteinas com @ espectromeria ce massa 113, A seqiéncia de aminodcidos fornece importantes informacdes bioquimicas 116 Peptideos pequenos e proteinas podem ser sintetizades ‘uimicamente 116 Resumo 118 Leitura Adiconal 118 Problemas 119 Estrutura Tridimensional das Proteinas 123 Aspectos Gerais da Estrutura Protéica 123 A conformacéo de uma proteina ¢ estabilzada em grande parte por interagées fracas 129 A ligagio peptidica € rigida e plana 124 A Estrutura Secundéria das Proteinas 126 A cchélce 6 uma estrutura secundaviacomum 126 "Adendo 6-1 Wentificando helices orientadas & dircita ou 3 esquerdo 127 A seqiéncia de aminoscidos afeta a estabilidade da «- hélice 128 A conformacao B organiza as cadeias polipeptidicas em folhas 129 . ‘As dobras f s80 comuns nes proteinas 130 Estruturas secundarias comumente encontradas apresentam “ngules de ligecao e conteudo de aminoacidos ‘arecteristicos 130 Estruturas Terciérias e Quaterndrias das Proteinas 131 As protelnas fibrosas so estruturalmente adaptadas para uma fung3o 132 Adendo 6-2 A ondulacdo permanente em cabelos é uma engenharia bioguimca 133 A divessidade estruturalreflete a diversidade funcional nas proteinas globulares 136 A rriogiobina forneceu as primeiras evidencias sobre a ‘complexidade da estrutura proteica glabular 136 Adendo 6:3 Métodos para a determinacso da estrutura ‘tidimensional de uma protein 138 4s protelnas globulares apresentam diversas estruturas tercdrias 142 A andlise de muitas proteinas dlobulares revela padres estruturais comuns 143 (0s motivos das proteinas formam a base para a classificacto estrutural das protefnas 144 Estruturas quaternarias de proteinas variam desde simples dimeros até orandes complexos 145 Ha limites para o tamanho des proteinas 149 Desnaturagio Protéica e Enovelamento 149 A petda de estrutura proteicaresuta na perda da fungao 150 | sequencia de arrinoacidos determina a estrutura tercigna 150 ‘05 patipeptideos se enovelam rapidamente por um processo em etapas 151 ‘*Adendo 6-4 4 morte por enovelamento incorteto: a doenca do prion 153 Alaumas proteinas sao submetidas a enovelamento assstido 153 Resumo 155 Leitura Adicional 156 Problemas 157 Funcées das Proteinas 159 Ligacdo Reversivel de uma Proteina com um Ligante: Protefnas Ligadoras de Oxigénio 159 0 oxigenio pode ligarse a um grupo prostético heme 159 ‘A mioglobina tem un unico sitio de ligacao para o oxigénio 160 As interacdes proteina-ligante padem sex descritas quantitativamente 161 A estrutura proteica afeta a maneira pela qual os ligantes se ligam 162 0 oxiginio do sanque ¢ transportado pola hemoglobina 163, 4s subunidades da hemoglobina sio estruturalmente semelhantes as da mioglobina 163 ‘A hemoglobina passa por uma mudange estrutwral com 8 ligag30 do oxgenio 165 A hemoglobina liga-se a0 oxigénio de modo cooperative 166 A ligacao cooperativa do ligarite pode ser descrita de modo quantitative 167 os modelos sugerem mecanismos de ligacao cooperative 167 4 hemoglobina também transportao Ht e CO) 168 ‘A ligaca0 do oxigénio a hemoglobina ¢ requlada pelo 2,3- bifostogicerato 169 A anemia falciforme ¢ uma doenga molecular de hemogicbina 171 Interacdes Complementares entre Proteinas & Ligantes: Sistema Imunolégico e Imunoglobulinas 172 A resposta imunolégica caracteriza-se por um grande nimero de células e proteinas especialzedas 172 A apresentecao de peptidens na superficie das células distingue 0 “proprio” do “nao-proprio” 173 pip ‘Interacbes moleculares na supericie celular desencadeam a resposta imundlogica 175 (0s anticorpos possuem dois ienticas 176 0s anticorpas ligam-se firme e especificamente aos antigenos 178 ‘A interacéo anticorpo-entigeno & a base de uma variedade de importantes pracedimentas analfiicos 179 InteragGes entre Proteinas Moduladas por Energia Quimica: Actina, Miosina e Motores Moleculares 180 ‘As principals proteinas do musculo sto a miosina e @ actina 181 Proteinas adicionas orcanizam os filamentos finos € grossos ‘em estiuturas ordenadas 182 0s fiamentos arosses da miosina deslizam ao longo dos filamentos fos de actina 184 Resumo 185 Leitura Adicional 186 Problemas 187 3s de ligacdo a0s antigencs Enzimas 189 Uma Introdugao as Enzimas 189 ‘Amaloria das enzimas so proteinas 190 ‘As enzimas séo classticadas pelas reacdes que catalsam Como as Enzimas Funcionam 191 As enzimes afetam a velocidade mas ndo © equilbrio guimico dos weegoe> 191 A velocdade e 0 equiltrio das reacces 18m detinkoes tetrrodinemicamente precisas 193 ‘Alguns princppios explicam o poder cataltico e a espectficdade das encimas 193, {As interagdes fracas entre a enzima e 0 substrato s30 cotimizadas no estado de ‘ransigao 194 A eneraia de ligacio contribui para 2 especificidade da reacéo ea catilise 196 Grupos cetalticos especificos contribuem para a catalise 197 A Cinética Enzimatica como uma Abordagem para a Compreenséio do Mecanismo de Agéo das Enzimas 198 ‘A concentracao do substrato ateta a velotidade cas reacces %, wEM, ae G6, Xx fe, KVL" Gc Gi i ADP + P, (exerg6nica, AG & negstivo) Nesta reagio, os produtos contém menos energia que os reagen- tes — a reacio libera energia, As duas reagdes quimicas compat- titham um intermediério comum. Po qual € consumide na reagdo 1 ¢ produzido na reagio 2. As duas reagées podem ser acopladas na forma de uma reagio 3, que € escrita como a soma das reacdes 1 e 2, com o intermedirio comum P, omitido dos dois lados da equaco: Reagio 3: Glisose + AEP —> glicose6-foufawo + ADP Por ser a energia liberada na reagdo 2-maior do que aquela con- sumida na reacdo 1, a reagio 3 & exergdnica: alguma energia é liberada (AG, na Fig. 1-8b). Célulzs vivas entao sintetizam gli- cose-6-fosfato, catalisando uma reagdo direta entre glicosee ATR, de fato acoplando a reagao | a reagio 2. ‘0 acoplamento de reagdes enderginicas com aqueles exergo- nicas é absolutamente central para trocas de energia nos sistemas vos. Omecanismo pelo qual o acoplamento de energia ocorre nas reag6es biologicas € via um intermecirio compartilhado, Veremos due na reagdo 2, na Figura 1-96, a quebra de adenosina trifosfato (ATP) é a reac exergénica, que dirige muitos processos endergo- nicos, nas célulss. De fato ATP (Fig. 1-10) 6 0 maior transportador deencrgia quimica em todasascéhulas,acoplando processos endler- _gonicosaqueles exergonicos. O grupo fesfato terminal do ATP, som- bbreado em rosa-escuro na Figura 1-10, transferido para uma varie- dade demaléculasreceptoras, que sio aivadhs para favorecer trans- FormagSe: quimicas. Adenosina difosfato (ADP) é reciciado (fosforiado) para ATP, custa de energia quimica (durante oxida- ‘¢40 dos combustiveis) ou da luz soler (na fotossintese celular), HOH Figura 1-10 - Adenosina wifostato (ATP), A remocio do grupo fesfato terminal do ATP (sombreado em rosavescuro) é altamente evergénica e esta reacao € acoplada a muites reagoes endergenicas ra célua, como no exemplo descrito na Figura 1-30 + Reagdes celulares endergOnicas sdo dirigidas pelo seu aco- plamento a processos quimicos ou fotoquimicos exergoni- cos por meio de intermediétios quimicos compartilhades. As enzimas promover reagées quimicas em cadeia © fato de uma reacao ser exergonica nao significa que ela neces- sariamente se processari de forma rapida. O caminho que vai do reagenteao produto quase invariavelmente envolve uma bar- reira energética, chamada barreirada ativagzo (Fig. 1-11), a qual precisa ser superada para que qualquer reagio ocorra. A quebra 2a sintese de ligacOes geralmente tecuerem o tensionamento ea torgio das ligacdes existentes, criando um estado de transiglo de ato nivel de energia livre, tanto em relagao a0 reagente quan 1 a0 produto. O ponto mais alto da coordenada da reagio, no iagrama, representa o estado de transigio. steiras de ativacZo so crucialmente importantes para 4 estabilidade das biomoléculas existentes nos sistemas vivos. 009 Quando isoladas dos demais componentes celulares, a maioria das biomoléculas é estével por dias, ou mesmo anos, no interior das células; entrecanto, elas softem transformagdes quimicas em milissegundos. Sem a barreira de ativarao, as biomoléculas no interior das células seriam rapidamente quebradas em forma sim- ples e de pequeno contetido energético. O tempo de existéncia das moléculas complexas seria muito curto, e a extraordindria continuidade e organizagao da vida seriam impossiveis. No interior das células, todas as reagbes quimicas ocorrem devido & presenca de enzimas — catalisadores que sfo capazes de aumentar enormemente a velocidade de reag6es quimicas ex- pectficas sem serem consumidos no processo. As enzimas como Catalisadores agem diminuindo a barreita de ativagao enire 0 reagente e 0 produto. A energia de ativagao (AG; Fig. 1-11) requerids para superar essa barreira energética pode, em princi- pio, ser suprida pelo aquecimento da mistura de reagzo, mas ‘essa opgao nao é possivel nascélulas vivas. Assim, durante area Gao, as enzimas ligam-se as moléculas dos reagentes no estado de transicao, diminuindo, dessa maneira,a energia de ativacdo ¢ acelerando enormemente a velocidade da reacio (Fig. 1-12) ‘Cocrdenada da reagio (A —> B) Figura 1-11 - Curso de uma reagio quimica do ponto de vista ‘energético. Uma barreira de ativac3o alta, representando o estado de vansigio, precisa ser vencida no processo de conversio dos rea- gentes (A) em produtos (8), ainda que os produtos sejam mais esta: vveis que 05 reagentes — como indicado por uma variagko de energio livre grande (4G), A energia necessaria pera vencer a barreira de ativagao € a energia de ativaggo (AG). As enzimas catalisam as rea {goes dimnuindo a barreira de ativacao. Ligarn-se aos intermediarios no estado de transicao de forma muito firme, @ @ energie de ligaco dese interacao reduz efetivamente a energia de ativaca0 de AG*rn-stalado para AGt.sasaso. (Note que a energia de atvacao nao ¢ relacionada ‘com a vaiagdo da energaa Ivre ca reacao AG.) 35 3 a ‘Tempo Figura 1-12 ~ Uma enzima aumenta a velocidade de uma reacéo quimica espectica. Na presence de uma enzima espectfica para a conversao de Um reagente A em um produto B, a veiocidede da reacdo pode aumentar um milhao de vezes, ou mais, em relagao & velocidade da reacdo nao-catalisada. A enzma nao é consumida no pracesso; uma molécula de enzima pode acir repetidamente na con- verso de muitas moléculas de & pare B.010 Arelagio entre aenergia de ativagio. 2 velocidade da reagioé exponencial, uma pequena diminuigao no AG resulta em um grande aumento na velocidade da reagdo, As reagdes catalisadas por enzimas normalmente se processam a velocidades ao redor de 10°" até 10" vezes maior do que as reagdes nao catalisadas, As erizimas sio protefnas. com um niimero muito peque- no de excegses, como moléculas de RNA, que serio conside- radas no Capitulo 26. Cada proteina emzimética ¢ especifica para a catalise de uma determinada reagdo, ¢ cada reagio no interior da célula é catalisada por uma enzima diferente, Cada céiula requer, portanto, milhares de tipos diferentes de enzi- ‘mas.A multiplicidade de enzimas,a suaalta especificidade para osreagentes e a sua suscetibilidade a regulagao dao as célulasa capacidace de diminuir as barreiras de ativagao seletivamen- te, Essa seletividade & crucial na eficaz regulagao dos proces- sos celvlares. Os milhares de ceages quimicas enzimaticamente catalisa- das nas celulas sao funcionalmente organizades em muitas se- giiéncias diferentes de reagées consecutivas chamadas vias, nas quais 0 produto de uma reagdo se torna o reagente para a proxi- ma reagio (Fig. 1-13). Algumas dessas seqiténcias de reagdes encimaticamente eatalisadas degradam nutrientes organicos em produtes finais simples, de forma a extrair energia quimica e converté-Ia em uma forma utilizével pele célula, Juntos, esses processos degradativas liberadores de energia livre sio designa- don catabolismo, Outras vias enzimaticamente catalisadas par tem de meléculas precursoras pequenas ¢ as convertem, progres- sivamente, em moléculas maiores ¢ mais complexas, incluindo proteinas ¢ écidos nudléicos, Essas vias sintéticas requerem in- variavelmente a adigao de energia, e quando consideradas em conjunto zepresentam 0 anabolismo. Esse conjunto de vias im- bricadas e enzimaticamente catalisidas constitui 0 que chama- mos de metabolismo. © ATP € 0 mais importante elo de cone- xa0 (intermedisrio compartilhado] entre os componentes cata- bélicos e anabélicos dessas vias (Fig, 1-14), Essasredes de reagoes catalisadas por enzzimas so virtualmente idénticas em todos os organismos vivos, + O ATP étransportador universal de energia metabélica € une 0 catabolismo ¢ © anabolismo. ‘O metabolismo é regulado para ser econdmico e equilibrado ‘As eélulas vivas nio 86 podem sintetizar simultaneamente mi Ihares Ge tipos diferentes de moléculas de carboidrates, lipidi- 605, proteinas e dcidos nucleicos e suas subunidades mais sim- ples, mas também podem fazé-lo nas precisas proporcdes re- aqueridas pelas células. Por exemplo, quando ocorte uma répida multiplicagao celular, os precursores de protefnas e acidos mu- cléicos precisam ser sintetizados em grandes quantidades, en- ‘quanto as necessidades por esses precursores para células, que do estio em processo de multiplicagao, so muito reduzidas. ‘As enzimas-chave em cada via metabélica sio regulacas de tal forma que cada tipo de molécula precursora 6 produzido em quantiéace apropriada as necessidadies correntes da célula. Con- sidere «via mostrada na Figura 1-15, a qual leva a sintese da isoleucina (um dos aminoicides, as subunidades monoméri- as das proteinas). Se a célula comesa a produzir mais isoleuei na do que o necessério pare a sintese protéica, a isoleucina nao utilizada se acumula. Altes concentragdes de isoleucina inibem a atividade catalitica da primeira enrima na via, diminindo, imediatamente, a produgio esse aminoicido. Esss retroalimen- tagdo (“feedback”) negativa mantém er equilforio a produgio 2 utilizagao de cada intermeditrio metabolico. Amanat, yale, Cine, 5 ainas, p evims, | Figura 1-13 ~ Uma via metabélica linear, Nesta via. oreagente A é ccanvertide no produto F apds cinca etapas, sendo que cada etapa & catalisada por uma enzima especifica para cada reacto. Nutrientes Alimentos Petes simp Figura 1-14 - 0 ATP é 0 intermed.dro quimico que une os processos . Essa vantagem se traduz pela predominancia de orga- nismos aerobicos nos ambientes ricos em 02. As bactérias modernas habitam quase todos os nichos eco- lgicos na biosfera, hé espécies de bactérias capazes de usar pra ticamente todo tipo de composto orginico como fonte de car- bono e energia, Bactérias fotossintetizantes em éguas marinhas ‘ou frescas captam energia solar ea usam para gerar carboidratos ¢ todos os outros constituintes celulares, os quais s40 por outro lado usados como alimento pelas outras formas de vida. Um potencial limitante para crescer na reserva da biosfera é a dispo: nibilidade de compostos contendo nitrogénio ¢ aqui as bacté- sio uma ligagio essencial na rede global de alimentos. Umas pouces linhagens de baciérias, chamadas de diazotréficas, s30 0s Gnicos organismos sobrea Terra que podem converter meta- bolicamente o nitrogénio atmosférico (Na) para compostes bio- lagicamente necessdrios, em um processo conhecido como fixa- so de nitrogénio. Reagdes impulsionacas pela luminosidade ¢ a industria fertilizante também contribuem significativamente pata 0 balango global de nitrogtnio fixado. Entretanto, estas tlti- ‘mas fontesde nitrogénio biodisponivel nio sao necessariamente as fontes imediatas de suprimento para a biosfera. A maioria ‘dos compostos de nitrogénio captados pelos organismos € re- ciclada a partir do rejeito orginico e aqui, outra vez, as bacté- rias exercem um papel essencial na rede global, atuando como ultimos consumidores, degradando 0 material orginico de plantas ¢ animais mortos e reciclando 0s produtos finais para © ambiente. A Escherichia coli é a célula procariética mals bem estudada ‘As células bacterianas compartilham certas caracteristicas es- ‘ruturais comuns, mas também apresentam especializagbes gru- po-especificas (Fig. 2-5). A F. cali é um habitante usualmente inofensivo do trato intestinal dos seres humanos e de muitos ‘outros mamiferos, A célula da E. colé em cerca de 24m de com primento ¢ um pouco menos de lym de didmetro, tem uma membrana externa protetora ¢ uma membrana plasmitica in terna que envolve o citoplasma eo nucledide. Entre as membra rasintema externa hd uma fina, mas forte,cameda de peptidco elicanos (polimeros de aguicar unidos por ligagoes cruzadas de aminodcidos), que fornece a célula sua formae rigidez. A mem bbrana plasmitica e as camadas externas constituem o envelope celular. Diferencas no envelope celular sao zesponsiveis pelas afinidades diferentes para o corante violeta de genciana que é a base do corante de Gram; as bactérias gram-positivas retém 0 corante,¢ as bactérias gram-negativas nio. A membrana exter- na da E. coli, como a de outras eubactérias gram-negativas, é semelhante & membrana plasmética na estrutura, mas é dife- rente na composigio, Nas bactéries gram-positivas (Bacitlus sub- filis € Staphylococcus aureus, por exemplo} nao ha membrana externa ¢ a camada de peptideoglicanos que envolve a membra- rna plasmatica é muito mais espessa do que nas bactérias gram. negativas. Ne Arquco, a rigidez. € conferida por um tipo dife- rente de ligagoes cruzadas de polimero de acucar (“pseudopep- tideoglicano”), As membranas plasmiticas das eubactérias consistem de uma fina bicamada de moléculas de lipidios pene. trada por proteinas. As membranas das arqueobactérias possu em uma arquitetura semethante, embora 0s seus lipidios difi ram dos das eubactéries A membrana plasmatica contém proteinas capazes de trans- portar certos fons e compostos para dentro da célula e transpor- tar prodatos e res{duos para fora, Também na membrana plas- madtica da maioria das eubactéries estio as proteinas transpor- tadoras de elétrons (citocromos),essenciaisna formagao do ATP a partir do ADP (Capitulo 1). Na bactéria fotossintetizante. as membranas internas derivadas da membrana plasmitica con- tém dlorofila ¢ outros pigmentos que captam a luz.Ribossomos Os ribossomos bacterianos sto menores do que os ribossomos euearticos, mas apreseniam a mesma Fungdo = sintese protéics a partie de um RNA measageito. Nucleside Contém uma longa e simples ‘molécula de DNA cicular Filo Fornece pontos de aadesto para a superficie de ourras células, Flagelo Impulsiona a célula atcavés de seu ambiente, Envelope celular A cestutura via com o tipo de bactéria Bacteria gram-negativa Membrana excerna e camada de peptideoglicano Bactéria grarm-positiva CCamada de peptideoglicano mais grossa; membrana cexierna ausente Arqueobactéria Camade de pseudopeptideo- slicano fora éa membrana plasmatica; austacia de ‘membrana externa Tipo de bactéria gram negativa com camada de peptideoglcano flexivel « exterso sistema de membranas {ncernas contenco pigmentos fotossinvetizantes Figura 2-5 ~ Catacteristicas estruturais comuns das células bacte- tanas, Por causa das ciferencas na estrutura da parede celuay, aguas, eubactéias (bacterias cramm-positivas)retém o corante do Gam e outras nfo (bactéras ram-negatives) A E colié gram-negatva. As cianobacté fia sio também eubacterias, mas se dstinguem pelo seu extenso siste- ima de membrane interna, em que estao locaizados os prgmentos fotos- sintetzantes, Embora a parede celular de arquebactéria ea de eubactéria grampositiva aarecam semelhantes a microscopa elettOnica, as estrutu- fas da membrang de lpicios e dos polisacarideos da parece celular s80 distitamente diferentes nesses organisms. 021 A partir ds membrana extema, células da E. coli e de algu- ‘mas outras eubactérias projetam estrutures curtas, semelhantes a.um cabelo, chamadas de pilos, pelas quais as céhulas aderem a superficie de outras células. Cepas de E. coli e outras bactérias méveis possuem um ou mais flagelos, que podem propelir a bactérie através da sua vizinhanga aquosa. Os flagelos bacteria~ ‘nos sao bastoes helicoidais, fines, rigidos, de 10 a 20nm de es- pessura e alcangando varias centenas de micrémetros de com- primento. Eles estao ligados 2 um motor rotatério, uma estru- tura protéica que gira no plano da superficie celular, rodando 9 flagelo. O citoplasma da £ coli contém cerca de 15.000 ribossomos, milhares de cépias de cada um dos varios milhares de enzimas diferentes, numerosos metsblitos e co-fatores e uma variedade de fons inorganicos. Sob algumes condigdes, granulos de polis sacarideos ou goticules de lipidios se acumulam. 0 nucledide contém uma molécula circular nica de DNA. Embora a molé- cula de DNA de uma célula da E. col sejaquase 1.000 veres maior do que a prépria célula, ela 6 empacotada com proteinase fir- memente dobrada no nucledide, que é menor que ]pm na sua maior dimensdo. Como em todas as bactérias, nenhuma mem- brana envolve o material genético. Além do DNA no nucledide, © citoplasma da maioria das bactérias contém segmentos circu- lares de DNA menores chemados de plasmidios, Na natureza, alguns plasmidios conferem resistencia a toxinas € antibisticos 1no ambiente, No laboratério, esses segmentos de DNA nao-es- senciais sio especialmente apropriados & manipulagao experi- mental e extremamente titeis aos geneticistas moleculares. Huma divisao de trabalho dentro da célula becteriana. © envelope celular, que inclue a membrana plasmética, regula 0 fluxo de materiais para dentro e para fora da célula e protege a célula de agentes ambientais nocivos. A membrana plasmatica e © citoplasma contém uma variedade de enzimas essenciais 20 -etabolismo energéticoe 2 sintese de moléculas precursoras; os ribossomos fabricam proteinas; o nucleGide armazena e trans- mite a informagio genética. A maioria das bactérias leva uma existincia que é quase independente de outras células, mas al- ‘gumas espécies bacterianas tendem a se associar em agrupamen tos ou filamentos algunas (as mixobactérias, por exemplo) demonstram um comportamento social simples. Evolucao das Células Eucaridticas Fosseis mais antigos do que 1,5 bilhto de anos estéo limitados Aqueles organismos pequenose relativamente simples, semelhan- tes na forma e no tamanho aos procariotos modernos. Inician- do-se hé cerca de 1,5 bilhao de anos, os registros fésseis come ‘gam a mostrar evidencia de organismos mais complexos ¢ maio- res, provavelmente as primeiras células eucarioticas (Fig. 2-4). Detalhes da via evolucionéria dos procariotos pera os eucet tos no podem ser deduzidos apenas a partir dos registros fs- seis, entretanto comparasées morfolégicas ¢ bioquimicas de or- ¢ganismos modemnos sugerem uma seqaéncia razodvel de even- 10s consistentes com a evidencia fossil. As células eucariéticas evoluiram das procaridticas em varias etapas hes alteragoes principais devem ter ocotrido quando os proca- riotos deram origem aos eucariotos (Fig. 2-6). Primeiro, as of- Iulas adquiriram mais DNA, surgiram mecanismos que 0 do- braram e 0 compactaram em diseretos complexos com protei- nas especificas e dividiram-no igualmente entre as células filhas durente a divisio celular. Esses complexos DNA-proteina, os022 |[-—————— Sane ee Ganobactéria (fotossintetizante) So $$ 5c Bactéri purpura (aerodiea) Eubactéria Procaricto. ancestral Arqueobectria a Eucariotos primitives (anaerdbices) Eucatloios aerabicos Paracoceus Plantas ) Protistas Animais Fungos > Thermoplasma Figura 2-6 - Evolugéo dos eucariotos. 0s orgarismos modernas padem ter se originado a partir de um ancestral procarioto comum por meio de Umra série de associacdes endossimtidticas. O eucarioto anaer6bico primitivo derivou sues estruturas nudeares (vermelho) a gaitir de uma arqueo- bacteria, e suas estrututras moveis (ndo mastiadas) a partir de uma eubactérie anaerdbica com aqual se fundiu. Esse eucarioto primitivo mais tarde adguiriu a bactétia pGfpura endossimbidtica (lararjal, a qual adauiriu sua capacidade para catabolismo aerdbico e se tornou mais tarde a mitocén- fia. Quando a cianobactéra fotossntetzante (verde) se tornou subseauentemente encossimbionte de alguns eucarictos aerébicos, essas c#luas se foinaram os precursores fotossintetizantes das modernas algas verdes e plantas cromossomos (do grego chroma, “cor’, € soma, “corpo”), tor- nam-se especialmente compactadas no instante da divisio celu- las, quando podem ser visulizadosac microscépio éptico como fios de cromatins, Segundo, a mecida que as células se tornaram maiores, um sistema de membranas intracelulares se desenvolveu, incluindo a membrana dupia que envolve o DNA. Essa membrana separa ‘ processo nuclear da sintese de RNA usando o DNA como molde do processo citoplasmatico da sintese das proteinas nos ribos- somos, Finalmente, as células eucaridticas primitivas, que eram incapazes de realizar fotossintese ou metabolismo anaerdbico, misturaram suas vantagens com as das bactérias aerdbicas ou fotossinterizantes para formar associagdes endossimbidticas que se tornaram permanentes. Algumas bactérias aerdbices evolui- ram para as mitocéndrias dos eucariotos modernos e algumas cianobactérias fotossintetizantes tornaram-se os plastidios, tais como os cloroplestos das elgas verdes, os provéveis ancesirais des modernas células das plantas. As cétulas procarioticas e eu- cariéticas so comparadas na Tabela 2-1. As células eucariéticas primitivas deram origem a diversos protistas Com o surgimento das células eucarioticas primitivas, 0 passo sequinte da evolucio levou a uma tremenda diversidade de or- ‘ganismos unicelulares eucariéticos (protistas). Alguns deles (os com cloroplastos) assemelhavam.se aos protistas fotossinteti- zamtes modernos como a Euglena e as Chlamydomonas; outros protistas nao-fotossintetizantes eram mais parecides com 0 Pa- ramecium ou 0 Dictyostelium. Os cucariotos unicelulares si0 abundantes e as céiulas de todos os organismos multicelulares, animais, plantas e fungos so eucaridticas. Principais Caracteristicas Estruturais das Células Eucariéticas ‘As células eucaristicas tfpicas (Pig. 2-7) sa0 muito maiores do que as células procaristicas, comumente de 5 a 10Dyim de dia- metro, com volumes celulares de milhares a milhses de vezes maiores do que aqueles das bactérias. A caracteristica diferencia- dora dos eucariotos €0 nticleo com uma estrutura interna com- plexa, envolvida por uma membrana dupla. Outra diferenga ‘marcante entre eucariotase procariatos éque os eucariotoscon- tém vérias outras organclas limitedes por membranas. Os itens a seguir descrevem com mais cetalhes as estruturas e os papéis dos componentes das células eucariéticas. A membrana plasmética contém transportadores e receptores A superficie externa de uma celula esta em contato com outras células, com o fluido extracelular e os solutos, assim como com moléculas nutrientes, horménios, neurotransmissores e antige- ros presentes naquele fluido, As membranas plasmiticas de to-Tabela 2-1 - Comparacio de células procariéticas com eucaridticas 023 Caracteristicas Célula procariética Célula eucaribtica Tamanho Geralmrente pequeno (1-10hm) Geralmente grande |5-100um) Genoma DNA com proteinas nac-histonas, genomano DNA complexado com protelnas histonas e Tnucledide, nao envolvdo por membrana ‘io-hisionas ern cromossomos; romossomos no nucleo com envelope membranoso Dirsto celular Fesdo ou brotaente, noha ritese Iuitose inclundo fuse mitético; centroles em Organs ligades ¢ rrembranas Nutro Metabalisma enargético Citoesqueleto Movimento intreceular Ausenites Absorcio, alguns fotossinietizantes Nao hd mitocondtia, enzimas axidativasligadas ‘3 membrana plasmatica: grande vatiacio no padrao metabaiico Renhum Nao possul rruitas espéces IMitoconeta, coroplastos (er plartas € algumes ages), reco endoplasmatico, Completos de Golgi Iscssomas fem anierais et.) Absorsio, ingestéo, fotossintese em algurnas especies Enzimas oxiativas empacatadas na rmtocondra: padréo mas uniicado de rretabolisma onidativa Compiexo, com micotabulos, flamentes * itermedidries, filamentes de actne Citoplasma fluidico, endocitese, fagccitose, rritose, vesicula de transporte Fonte: Modif cado de Hiceran CP, Raber LS & hickman FM. (1990) Bolegy of Anmal, Sth edn, ». 30 Mesby-Yearbock, nc, St Louis, MO. Envelope nuclear (a) Membrane plasmética Cloroplasto. —___-—~ Granule de amide. ——— Tilacoides varede celular Parede celular da cella adiacenve — Ribessomos Reticulo ‘endoplasmitico Vaciiola Masmodesma Peroxissome. Citoesqueleto ech Vesicula de transporte Complexo de Golgi Reticulo «encoplasmitico liso Niicteo ) Ribossomor | Ciroesqueleto (by Figura 2-7 - llstiacao esquemstica dos dois tioos de celulas eucarbticas: uma célula animal representatva (a) e uma célula de planta representativa (b) As células de plantas sdo usuammente ce 10 2 100m de dametro, maior do que as céulas animas, a5 qua'stipcamente veriam de 5 2 30um. AS estutures marcadas em vermelho s30 especiicas para células anrmais ou de plantas.024 das as células contém uma variedade de transportadores, protet- nas que atravessam a espessura da membrana e transportam nutrientes para dentro e produtos residuais para fora da célula. ‘As eélulas possuem também proteinas de superficie da mem- brana (receptores de sinais) que apresentam sitios de li altamente especificos para moléculas sinalizadoras extrecelula- res (ligantes dos receptores). Quando um ligante extemo se une ao seu receptor especifico, a proteina receptora traduz.o sinal transportado por esse ligante em uma mensegem intracelular (Fig, 2-8). Por exemplo, alguns receptores de superficie estio associades com canais idnicos que se abrem quando o receptor estd ocupado, permitindo a entrada de fons especificos; outros ativam ou inibem enzimas celulares na supecficie da membrana interne, Qualquer que seja modo de transducio de sinal, os receptores da superficie atuam caracteristicamente como am- plificadores de sinal — uma nica molécula ligante unida 2 um tinico receptor pode provocat o fluxo de milhares de ‘ons atra- vés de um canal sberto, ou a sintese de milhares de moléculas de tum mensageiro intracelular por uma enzima ativada. | Receptor Canal receptor | Tramsportador —deenzima devon fons, nutrients Ligantes fons Substratom fons, nutentes Produo fons (Sims intracelutar) Figura 2-8 - Proteinas na membrana plasmatica funcionam como trans- portadores recentores de snas e canis dices. Transportacores carre- ‘gam substincias para interior eo exterior da célula, alguns transroria- {ores usam energia para bombear fons e compastos contra um gradien- tedeconcentiacéo. Sinaisextracelulares ao amplificadospebosreceptores: 2 igecdo de uma Gnica molécula igante ro receptor de superice provi- ia a formacdo de mutas moléculas de um mensageiro ntiaceluar, ou 0 fluxo de muitos jons através de um canal aberta, Alguns receptores de superficie reconhecem ligantes de bai- x0 peso molecular e outros reconhecem macromoléculas. Por ‘exernplo, a ligagdo da acetilcolina (M, 146) ao seu receptor de- sencadeia uma cascata de eventos celulares que estéo por tris da transmissio de sinais para a contragao muscular. Proteinas san~ ‘guineas (M, > 20.000) que transportam lipidias (lipoproteines) sdo reconhecidas por teceptores especificos da superficie celular e entao transportadas para dentro das células. Antigenos (pro- tefnas, virus ou bactérias reconhecidos pelo sistema imune como estranhos) ligam-se a receptores espectficos e desencadeiam a producao de anticorpos. Durante o desenvolvimento de orga- nismos multicelulares, células vizinhas influenciam as vias de desenvolvimento da outra, como se fossem moléculas-sinal de ‘um tipo celular reagindo com receptores de outras eélulas. Des- se forma, a superficie da membrana de urna célula é um mosai- co complexo de diferentes espécies de “antenas moleculares” al- tamente especificas. por meio das quais as células recebem. am~ plificam e reagem a sinais externos. A maioria das células das plantas superiores possui uma parede celular do lado de fora da membrana plasmatica (veja Fig. 2-7b) que funciona como uma cobertura protetora rigida. A parede celular compesta de celulose e outros polimeros de car boldratos € espessa, mas porosa. Ela permite quea dgua e as mo- lkculas pequenas passem facilmente, entretanto o inchago da cé- lula devido ao actimulo de Sgua é contido pela rigidez da parede. A endotitose e a exocitose realizam fluxo através da membrana plasmatica Endocitose ¢ um mecanismo para o transporte de componentes do meio circundante para o interior do citoplasma, Nesse pro- <2ss0 (Fig. 2-9), uma regio da membrana plasmética se invagi na, englobendo um pequeno volume do fluide extracelular den- tro de um broto que se estreita e entra na célula pela fissio da ‘membrana. A pequena vesicula resultante (endossomo) pode- se mover dentro do interior da célula, entreganda o seu conteti- do para uma outre organela limitada por ume membrana tnica (um lisossomo, por exemplo, veja pag, 26), pela fusdo das duas ‘membranas. O endossomo, dessa forma, funciona como uma extensio intracelular da membrana plasmatica, permitindo efe- tivamente o contato intimo entre componentes do meio extra celular ¢ regides do citoplasma, que ndo poderiam ser atingidas pele difusao simples. A fagocitose € um caso especial de endoci- tose, em que o material transportado para dentro da célula (den- tro de um fagossomo) ¢ uma particula como um fragmento ce- lular ou mesmo uma outta célula pequena. O inverso da endo- citose ¢a exocitose (Fig. 2-9), na qual um vesfcula no citoplasma se move para a superficie interna da membrana plasmatica e se fundecom ela, liberando o contetido vesicular para fora da mem- brana. Muitas proteinas destinadas 4 secrecio para o espago ex- tracelular sio empacotades para o interior de vesfculas, chama- das de granulos de secrecio, e sao liberadas pela exocitose. © reticulo endoplasmitico organiza a sintese de proteinase lipidios ‘AS pequenas vesiculas de transporte que se movern para dentro pera fora da membrana plasmatica na endocitose na exocito- se sio partes de um sistema dinamico de membranas intraceh leres que inclui o reticulo endoplesmatico, o complexo de Gol envelope nuclear e uma variedade de vesfculas pequenas como 0s lisossomos e 0s peroxissomos (Fig. 2-9). Embora geralmente apresentadas como elementos estiticos e distintos, esses estru- turas estio de fato em fluxo constante, com vesiculas continua. mente brotando de uma estrutura, movendo-se através da célule e fundindo-se com estruturas membranosas em outros lugares. Oreticulo endoplasmatico (RE) é uma rede tridimensional de espacos enwvoltes por membrana altamente enrolada, que se estende por todo o citoplasma e envolve um compartimento subcelular (a luz do reticulo endoplasmatico) separado do cito- plasma. Muitas das ramificagées planas (cisternas) desse com- Partimento séo continuas entre sie com o envelope nuclear. Nas ccélulas especializadas na seerecio de proteinas para o espago ex- tracelular, como as células pancreéticas que secretam o hormé nio insulina, o reticulo endoplesmatico ¢ particularmente proe- minente, Os ribossomos que sintetizam as proteinas destinadas a exportacio se ligam a superficie externa (citoplasmatica) do reticulo endoplasmatico, ¢ as proteinas secretadas passam atra- ‘vés da membrana para a luz, assim que sio sintetizadas, Enzi- mas digestivas sequestradas dentro dos lisossomos ou proteinas destinadas para a inser¢do nas membranas plasmaticas ou nu- cleares sio também sintetizadas nos ribossamos ligados ao reti- culo endoplasmitico. Diferentemente, proteinas que devam per- manecer ¢ funcionar dentro do citosol so sintetizadas nos bossomos citoplasméticos ndo associados com o reticulo en- doplasmatico,Lisossomo id = Endocitose ou fogocitose de bacteria, fragmeates etc. Exocitove de produtos secreiados, proteinas, polissacarideos ete. Figura 2.9 - 0 sistema das endomembranas, [sse sistema incl s 2 snare ie) Reticulo 5 endoplasmatico \ liso } 025 Reticulo endoplasmitico rugoso Protefnas simetizadas. para exportar \ Vesicula de © erveiope ruceay, 0 retfoulo endoplasmatico, 0 compleyo de Gelgi e wat tipos de vesiculas pequenas. Esse sistema envolve um compartiment (luz) distro do | Centriugagzo a baixa velocidade (1.0005, 10min} Sobrenadante submetide a médin velocidade de centrifugarse (20.000, 20min} Scbrenedante submetido a alta velocidade de centrifugagao (80.000, th) Precipitado contendo cafuas ineiras, nucleos, Gitossqueletos, membra- Sobrenadante submetido altissima velocidade de ‘entrifugasdo (150.0005, 2h) 033 (b) Centrifugacia isopicnica (em gradiente de sacarose) a ]Centritugagio Amostra nas plasmiticas es Precipitado contendo de sacarose rmitocénndrias,lisosso- » Sobrenadante nos, peroxisomes ae Componente Le menos denso Fracionamente proteinas soliveis Precipitado contend ‘microssomos (fragmentos do RE), pequenas vesiculas Precipitado contendo ribossomos, grandes ‘macromaléculas Componente mais denso tronnent Figura 2-20 - Fracionamento subcelular de um tecido, Um tecido como o figado ¢ homogeneizado mecanicamente para romper as celles € dspersar seu contedico em um tampso aquoso. As partculas grandes e pequenas nessa suspensio podem ser separadas por certritugacio em diferentes velocidaces (a) ou as paticuias de diferentes densidades podem ser separadas por centritugacdo isopknica(b). Na centrfugagdo isopcica, tum tubo de centrifuga ¢ preenchido com uma solugéo, cuja densidade aumenta do topo para a bese; alguns solutos, como a sacarose, S80 dssalvidos em concentracoes diferentes para prodwir esse gradiente de densidade, Quando a mstura das orcanelas & colocada no topo do gracierte de densdade e o tubo é centnfujado em aita velocdede, as organelas sedimentam incividualmente até que a sua densdade de flutuacéo se iguale evatamente aquela no gradiente, Cade camada pode ser coletada separadarente. ddosa do material de cada regidio do gradiente e observacdo por meio de um microscépio, o bioquimico pode estabelecer a posi- gio de cada organela e obter organelas purificadas para estudos posteriores. Dessa forme, foi estabelecido, por exemplo, que os lisossomos contém enimas degradativas, as mitocondrias con- tém enzimas oxidativas ¢ os cloroplastos contém os pigmentos fotossintetizantes. © isolamento de uma organela enriquecida com ums certa enzima é freqentemente o primeio passo na parificagao dessa enzima, Estudos in vitro podem oferecer uma visdo get importantes interacdes entre as moléculas Uma das abordagens mais efetivas para entender um processo Diologico ¢ estudar moléculas individuais purificadas como en- zimas, 4cidos nucléices ou protefnas estruturais. Os componen- tes purificados sio apropriados a caracterizacio minuciosa in vitro, suas propriedades fisicas e atividades eataliticas podem ser cstudadas sem “interferéncia” de outras moléculas presentes na Aula intacta, Embors essa abordagem tenha sido notavelmente reveladora, sempre deve ser lembrado que o interior de uma cé- lula é bem diferente do interior de um tubo de ensaio. Os com- ponentes “interferentes” eliminados pela purificaglo podem ser citicas a fungao ou a regulasao biolégica da molécula purifica- da, Estudos in vitro de enzimas puras sio comumente realizados em concentracdes de enzimas muito baixas, em solugdes aquo- sas homogéneas. Na célula, uma enrima est dissolvida ou sus- ppensa num citoplasma gelatinoso com milhares de outras pro ‘efnas, algumas das quais se ligam aquela enzima ¢ influenciam sua atividade. Dentro das células, algumes enzimas so parte de complexos multienzimiticos, nos quais os reagentes sao canali- zados de uma enzima para outra sem nunca entrar na massa do solvente. A difusdo é atrapalhada num citoplasma gelatinoso ¢ « composigao citosdlica varia em diferentes regioes da célula. Em resumo, iuma certamolécula pode funcionar diferentemente den- ‘10 da célula ¢ in vitro. Um dos principais desafios da bioquimi ea é compreender a influéncia da organizagio celular e éas asio- ciagdes macromoleculares na fungao de enzimas individuais para entender a fungio in vivo, bem como in vitro.034 Evolugao dos Organismos Multicelulares e de Diferenciagéo Celular ‘Todos os eucariotos unicelulates modernos — os protistas — contém as organelas e os mecanismos que descrevemos, indi cando que essas organelase mecanismos devem ter se originedo relativamente cedo. Os protistas sto extraordinariamente versd- teis. O protista ciliado Paramecium, por exemplo, move-se rapi- Figura 2-22 -Conexées celulares. As células animais p>- idem ser mantidas por ts tipos de juncoesentre as céulas. a) Junctes apertadas produzem uma selagem entre célu- 'as epteiais adjacentes. (b) Desmossomos soldam células epteliis adjacentes e séo reforcadas por varios elementos, do ctoesqueleto. (¢) Canais ce juncao permitem que fonse correntes eétvcas fluam entre células adjacentes. (d) Em plantas, plasmodesmata conectam células adjacenies, for- necendo um caminho através da parede celular para a pas- sagem de pequenos metab6ltes e proteinas @ Gala Célula 2 Membrana’ plasmstica Gitoplasma «© (o) Cana juncionais (“gap junctors”) Espago extracelular ([d) Plasmodesmata Membranas plasméticas de duas élulas adjacentes © Figura 2-23 ~ Uma galeria de virus. (a) Vicrogratiaeletrdnica mostrando o virus do masaico amarelo de nabo (partculas esféncas, pequenas), ‘us do rosaico Co tabaco (clindros longos; e bacteti6iago TA [com 3 forma de um esoeho de mal, (b) Micrografia eletronica (cor arf >lostrando 0 vitus da imurodeticénc humana (HIV), 0 agente causador ca AIDS, saindo de um linféxito T infectado do sistema imune. (¢) [Modelo molecuiar da supertice ¢o fago flamentoso 1 (d) Modelo molecular da superficie da parvovirus canino, um problema de said serio para caes nao vacinados (@) Modelo molecular da supertice do polovus humana (ipo 2|, um picornavius. A vacinagso em larga escala tem {uase eliminado © potowrus como um problema de saude para 0 orem. (f) Modelo molecular da superficie do bacteriofago 4X 174,As células, unidades estruturais e fancionais dos or- ganismos vivos, sto de dimensées microscépicas, Sea pequeno tamanho, combinado com vonvolu- goes da sua superficie, produ altas razoes entre a superficie € 0 volume, facilitandoa difusdo de com- bustiveis, nutrientes e produtos residuais entre a célula e seus arredores. Todas as células comparti- tham certas caracteristicas: DNA contendo a infor- ‘mago genética, ribossomose uma membrana plas- -mitica que envolve o citoplesma, Nos eucarioros, 0 ‘material genético ¢ envolto por um envelope mucle- ar; 0s procariotos nao possuem esse membrana, ‘A membrana plasmitica é uma barreira de per- meabilidade, firme e flexivel, que contém numero- s0s transportadores, bem como receptores para uma variedade de sinais extracelulares. O citoplasma de Células eucaridticas consiste de citosol e organelas. O citosol € umasolugdo.concentrada de proteinas, RNA, intermediérios metabblicos, co-fatores e fons inor- ginicos. Os ribostomos slo complexos supramole- culares nos guais acorre a sintese protéica; os ribos- somos bacterianos sio um poueo menores que aque- les das célules eucarioticas, mas sio semelhantes na estrutura e na fangao. Certos organismos, tecidos e células oferecem vantagens para os estudos bioguimicos. A E.coli ea levedura podem ser cultivadas em grandes quanti dads, possuem tempo de gerajao curto e sio espe- Gialmente apropriadas & manipulagio genética. As fungoes especializacas do figado, do musculo, do tecido adiposo e dos eritrécitos os tornam atrae tes para 0 estudo de processos especificos. As primeiras células vivas foram os procariotos e anaerdbices; eles provavelmente surgiram cerca de 3,5 bilhées de anos atrés, quando a atmosfera era desprovida de oxigenio, Com a passagem do tem- oa evolugio bioldgica conduziu as células capa- zes de produzir fotossintese, com 0 Os como sub- produto, A medida que o O: se acumulava, surgiam células procaristicas capazes de produzirem oxida- Go serSbica dos combustiveis. Os deis principais grupos de procariotos — eubactérias e arqueobac~ teérias — divergirem cedo na evolugdo. O envelope celular de alguns tipos de bactérias incluem cama das fora da membrana plasmatica, que fornecem Bide? ou protegéo. Algumas bactérias possuiem ilage- Jo para a propulsdo. © citoplasme das bactérias no contém organelas envoltas por membrana, mas con- tém ribossomas e granulos de nutrientes, bem como tum nucledide que contém todo 0 DNA da célula, Algumas bactérias fotossintetizantes possuem exten- sas membranas intracelulares que contém pigmen- tos captadores da lu. Cerea de 1,5 illo de anos airés surgiram as céiu- laseucariéticas. Ela eram maiores do que as procario~ ticas ¢ 0 seu material genético era mais complex, Es- 037 Resumo ss célulasiniias estabeleceram relog6es simbisticat com 0: procariotos que viviam no seu citoplasma: as :mitocOndries € 0s coroplasios modlernos so deriva dos desses endossimbiontes primitivos. As mitocon- drias eos cloroplestos sio onganelas intracellares en- voltas por ume dupa membrana, Els sio os princi- pais stios di sintese do ATP nas células eucaristicas aerdbicas. Os cloroplastossio encontradosapenss nos ‘organismos fotossintetizantes,entretanto as mitoedn drias sto ubiquas entre os encariotos. As células eucariotices madernas possuem um sistema complexo de mermbranasiniracelulares. Esse sistema de endomembranasconsistede envelope nu- clear, reticulos endoplasmaticos liso e rugoso, com: plexo de Golgi, vesiculas de transporte, lisossomos endossomos, Protefnas sintetizadas nos ribosso- ‘mos ligados a0 endoplasmatico rugoso passam pare © sistema endomembranoso, percorrendo 0 com- plexo de Golgi no seu trajeto para atingir as organe- las ou para a superficie celular, nas quais serio se ‘exetades por exocitose, A endocitose traz materiais entracclulares para dentro da eélula, onde podem ser digeridos por enzimas digestivas nos lisossomos, Nas planias, o vactiolo central €0 sitio dos proces- sos degradativos, ele também funciona como um depésito de armezenamento Ge pigmentose outros produtos metabélicas e mantém o turgor celular. ‘© material genético nas céhulas cucaristis esté or- {ganizado 005 cromossomos, complexos altamente or- {ganizados de DNA e proteinas histOnicas. Antes da di- visto celular (citocinese), cada cromossomo ¢ replica- do eestes sio separados pelo proceso da moe. ccitoesqueleto & uma rede intracelular de fila- mentos de actina, mierotibulos ¢ filamentos inter- medidrios de varios tipos. O citoesqueleto confere forma a célula, ea reorganizagao dos flamentos do citoesqueleto resulta nas alteragoes de forma que acompanham o movimento amebéide e a divisio celular. As organelas intracelulares movem-se a6 longo dos filamentos do citocaqueleto, propelidas por proteins como a cinesina, a dinefna citoplas- matica e a migsina, usando a energia do ATP. Os bioguimicos usam a centrifugagae diferencial e 2 centrifugagéo isopicnica para isolar componentes subcelulaces para estudo, Nos organismos multicelulares hé uma divisto de trabalho entre 0s vérios tipos de células. As él Jas individuais em animals sdo unidas entre si me- canicamente por jungdes apertadas e desmossomos; canais de comunicagao sto fornecidos pelos canais juncionais (emanimais) e pelos plasmodesmata (em plantas). Os virus sto parasitas das céhulas vivas ca pazes de subverter ¢ maquinaria celular para a sua propria replicagzo. Eles infectam células bacteria- nas, plantas ¢ animais e sao responsaveis por uma variedade de sérias doengas humaras,038 | Leitura Adicional Geral Alberts B, Beay D, Lewis I, Raff M, Roberts K, & Watson, ID. (1994) Moleelar Biology of the Cel, rd edn, Garland Publishing, Ine., New York. Um livro-terto soberbo sobre estrutura ¢ funglo cel lar, cobrindo o: tépicos considerados neste capitulo € ‘um referencial Gt] pars muitos capitulos seguimtes. ‘Becker WM, Reece JM, & Peonle MF. (1995) The World of the Cell, 3rd edn, The Benjamin/Cummings Publishing, Company, Redweod City, CA, ‘Um excelent lvro-textointrodutorio de biologie cau. Lodish H, Baltimore D, Berk A, Zipursky SL, Matsudaira 2, & Darnell J. (1995) Molecular Cell Biology, 3rd edn, Sci- ‘entific American Books, Inc., New York. Como o livro de Alberts e co-autores, um texto sober- bo, stl para este ¢ outras capitulo Margulis L, (1996) Archacal-cubacterial mergers in the origin of Fuzarya: phylogenetic classification of lie. Prac Natl Acad, Sei USA 93, 1071-1076, (Os zrgumenos para 3 divisio de todae at craturss vi- ‘as emcinco reinos: Monera, Protista, Animalia, Pana. MargulisL, Gould S) Schwartz: KY, & Margulis AR. (1998) ‘ive Kingdoms: An lestated Guide ro the Phyla of Life on fark, 3rd edn, WH. Freeman and Company, New York, Descriqdo de todos os maiores grupos de organisms, lindamente ilustrados com micrografias eletronicas e desenhos. Purves WK, Orians GH, Heller HG, & Sadava D, (1998) Life: The Scense af Biology, Sth edn, Sirauer Associates, Inc, and WH, Freeman and Company, New York, Um ivo-texto de biologia geral, bem escrito, bem il ado e atualizado, Estrutura das células, organelas e citoesqueleto Block SM, (1998) Leading the procession: new insights into kinesin motos, j. Cel! Biol. 140, 1281-128. Fawcett DW &&Jensh RO (eds). (1997) Bloor arid Fawe~ ‘ett: Concise Histology, Chapman & Hall, London, {Um livro-texto bem ilustrado da estrutura da eétula cem alvel microseepico. Frontiers in Cell Biology: The Cytoskeleton. (1998) Sei ence 279, 509-533. Esse volume especial inclui os seguintes artigos: Hall A. Rho GTPases and the actin cytoskeleton (pp 509-514); Fuchs E & Cleveland DW. A structural seaf= folding of intermediate filaments in health and disease (pp. 514-519); Hirokava N. Kinesin and dynein super- family proteins and the mechanism of organelle trant- port (pp. $19.525): Mermall V; Past BI. & Mooseker (MS. Unconventional myosin in cell movement, mem brane trafic and signal transduction (pp. 527-533). Gelfand V & Berstadsky AD. (1991) Microtubule dynam- ies; mechanism, regulation, and function. Ann, Rev. Cll Biol. 7, 93-116. Organization of the Cytoplasm. (1981) Cold Spring Harb, ‘Symp. Quant, Biol 46. Mais de 9) excelentes artigos sobre microtibulos, mi- HGH = ii 5 42H — 8H = SH H | H Sulfto de hidrogénio H on MsBstG:—s Beka om} —on ou sénio (Fig. 3-3). Da maior importancia em biologia, éa capsci- dade de os domes de carbono compartilharem pares de elé- trons entre si para formar ligagdes simples carbono-cardono, 2s quais sdo muito estiveis. Cada tomo de carbono também pode formar ligacbes simples com um, dois, trés ou quatro ou- tros étomes de carbone, Dois stomos de carbono podem tam- bem comparcilhar dois (ou trés) pares de elétrons, formando assim ligaces duplas ou triplas carbono-carbono (Fig. 3-3). ‘As quatro ligagdes simples que podem ser estabelecidas por tum étomo de carbono estio dispostas tetraedricamente, com um Angulo de 109,5" entre duas ligagies quaisquer (Fig. 3-4) © um ‘comprimento médio de 0,154nm. Os grupos participantes de cada ligico simples carbono-carbono podem girar livremente a0 redor dela: essa liberdade softe restrigies somente quando cssasligagdes estdo ocupadas por grupos muito grandes ou quan- do so portadoras de cargas elétricas muito altas. Uma dupla ligagao carvono-carbono é mais curta (perto de (,134nm) e mais rigide, ¢, por isso, permite uma liberdade de rotagao muito me- ror a0 longo do seu eixo. Os stomos de carbono unidos entre si covalentemente po. dem formar cadeias lineares, cadeias ramificadas e escruturas cicticas, Outros grupos de étomos, chamados de grupos funcio- nais, sdo adicionados a esses esqueletos carbénicos, 0 que con- fere propriedades quimicas especificas & molécula assim formada. Acide fostSrico ‘As moléculas que contém esqueletos carbénicos sto chamadas de compostos organicos; eles ocorrem em uma variedede quase ilimitada. A maioria das biomoléculas so. compostos orgini- cos; portanto, podemos inferir que a versatilidede de ligaco do carbono foi um fator maior na selesto dos compostos de carbo- hho para a maquinaria molecular das células durante a origem € a evolucao dos organismos vivos. Nenhum outro elemento qui- mico pode formar moléculas com tanta diversidade de formas e de tamanhos ou com tal variedade de grupos funcionais. Os grupos funcionais determinam as propriedades quimicas ‘A maioria das biomoléculas pode ser vista como derivada dos hi- drocarbonetos, os quais sio compostos formados por um esque- leto de étomos de carbone ligados covalentemente entre si € aos quais estao ligados apenes dtomos de hidrogtnio, Os esqueletos carbénicos cesses compostos sto muito estaveis. Os étomos de hidrogénio podem ser substituides individualmente por uma grande variedade de grupos funcionais para formar familias dife- rentes de compostos orginicos. Familias tipices de compostes otganicos sao: 08 dlcoois, os quais possuem um ou mais grupos hidroxila; as aminas, possuidoras do grupo funcional amino; os aldefdos e as cetonas, os quais possuem 0 grupo carbonila; ¢ os Acidos carbolicos, que exibem os grupos carboxilas (Fig. 3-5).Figura 3-3 - Observe a versatiidade do atomo de carbono em formar ligacées covalentes simples, duplas e tripls (estas em vermelhol, particu larmente consigo mesmo. As ligagoes tiplasraramente ocarrem em bo- molécubs. Hidroxia (alecot) Carbouila (aldeido) Carbonlla (cetena) Carboxila Netila Fenila 6 © C4 e «: Amino Amido Guanidina Imidzzol Sulfér Dissulfeto Fosforila Figura 3-4 --Geomettia da ligatdo do carboro. (a) Os stomos de carbo- no tm um artanje texratdico caracertstico de suas quai valbncas, estas tér 0,154nmm de comprimento e um angulo de 109,5° entve uma e outa {(b) ugagdes simples carbono-carbono témlberdade de rata a0 redor de Seu ei sso & mostad, na figura, para.o compostoetano (CHs—C+} LigagSes dupias carbonoafbcno slo mais cutase ndo permite ve roa ‘lo dos grupos igedls por elas. As igacbessimpes,pertencentes a cadaum ‘os terns de carbone unos por igarSo dul, fezem ur angulo de 120" lente. Os dos storos de cabono unidos por igacio dupla eos atoms dasgnades poe A, 8, Ke Y esto todos em um mesma para rigid. r | - eG G a a Ester ‘Tiodster Frer Anidrido (dos sicos carboxilicos} Anidrido misto (icido carboxtlco € ‘cido fost6rieo, também chemado fosfato de acila) Fosioanidrido ~ R Figura 3-5 — Alguns dos grupos funcionais comuns de biomoléculas. Todos os grupos s80 mostrados em sua forma neutta ino-ionizada). Nesta figura e em toda parte do lio, usamos para representar "qualquer substituinte”. Pode ser um simples. tomo de H. mas tipicamente ele & uma pargio que contém carcono. Quanda dos au mais substituintes sio mostrados em uma malécula, desgnamovos R™. Ri, assim por dianteGO ann aN ‘mite Histidina inde sid erito “LL . ei idol frat etl 1 oe von Oh Vrs Epinefrina stile foward Acetl-coenzima A Figura 3-6 - Grupos funcionais comuns nas biomoléculas. Histdina 6 um dos aminodcitos encontrados em proteinss; epinefnra é um hotménia: aceti-coenzima A é um» transportador de crupos aceti em algumas reacdes enzamiticas. Note que o grupo amino na epinetrina & lum grupo arnino secundério (5) com um de seus hidrogénios arrinicas suastitude por outro grupo, Maitas biomoléculas sdo polifuncionais, contendo dois ou. rmait grupos funcionais diferentes (Fig, 3-6), eada um com svas reagdes quimicas caracteristicas. A “personalidade” quimica de um composto como epinefrina ou acetil-coenzima A ¢ determi- radi pele quimica de seus grupos funcionais ea disposicao des- tes no espaco tridimensional Estrutura Tridimensional: Configuracdo e Conformacao Embora as ligacdes covalentes ¢ os grupos funcionais das bio- ‘moléculas tenham importincia central para a funsio destas, eles nao contam toda a histéris; 0 acranjo espacial em trés di- mensoes dos dtomos de uma biomolécula — sua estereoqui- mica — é também crucialmente importante. Os compostos de carbono podem, freqtientemente, existir como estereoiséme- +03, moléculas nas quais a ordem das ligagSes ¢ a mesma, mas a relacdo espacial entre os atomos ¢ diferente. Interagoes molecu- lares entre biomoléculas sio invariavelmente estercoespecifica; isto é, elas requerem estereoquimica especifica nas moléculas interativas. ‘A Figura 3-7 mostra trés maneiras de ilustrar configura- ‘#0 estereoquimica das moléculas simples. O diagrama em pers pectiva especifica de forma nao-ambigua a configuracao (este- reoquimica) de um composto. 0 modelo bola-e-bastio repre- senta melhor os Angulos entre as ligagdes e © comprimento da ligagdo centro a centro, enquanto os contornos das moléculas ‘io mais bem representados pelos modelos do tipo espago-cheio. Nestes titimos modelos, 0 raio de cada atomo proporcional a0 seu raio de van der Waals (Tabela 3-1) € 08 contornos da maolécula representam os limites externos da regido da qual sio excluidos outros atomos e moléculas. Vr HaN=C=H HOCH (@ ©) Figura 3-7 ~ A esirutura do aminoacido alanina representada por dife- Fentes modelos. (a) Formula estrutural em perspectiva. 0 simboio na for ra de curha(-—) representa uma ligacao na qualo atomona extremida- de larga projete-se para fora do plano do papel, em directo ac lator: © ‘simbolo ponilhado (=) representa uma ligacio que se diige para was do plano do papel. (b) Modelo bole-e-basto mostrando os cormprimen 1s relativos das ligacOes e 0s ngulos iormados entre eas. As bolas indi- ‘cam 0 tamanho apraximado dos nuicleos atdmicas. (e) Modele do tipo espaco-cheio, no qual cada atomro ¢ mostrado com o seu taio de van der Waals coreto (veja a Tabela 3-1). o ‘“Tabela 3-1 — Ralo de van der Waals e raio da ligaySo covalente {ligacio simples) de alguns elementos* eae Raio de alo covalente para van der Waals (nm) __a ligacéo simples (nm) H ar 0030 ° ora 0074 N as 0.073 c 07 oo77 5 ois 0103 P a9 0,110 1 02 133 * bara cada elemento, rao de van der Waal & cerca de das veres maior que ‘oo covalente. Em uma interacdo de van der Woals ou em uinaligaSo cova- lene, 3 dsténca entie 0s nddeos € apronmadaments igual a soma desses Valores para os dos étomos. Assim, 0 compremento de uma ligacao simples ‘atbonoxarkona @ cerca de 0,077 + 0,077 = 0,1 Sarm. A configuracéo de uma molécula é mudada somente pela quebra de uma ligacéo Configuragdo é o arranjo espacial de uma molécula orginica, que lhe é conferido ou (1) pela presenga de duplas ligacbes, a0 redor dis quaisndo existe liberdade de rotegao, ouentao (2) por centros quirais, ao redor dos quais os grupos substituintes estio arranjados em uma seqUténcia espectfica. A caracteristica identi- ficadors dos isomeros configuracionais € que eles podem ser ‘convertidos um no outro sem a quebra de uma ou mais ligagbes covalentes. nH Se HOO” ‘COOH, ‘Acid maki (cis) M-sisetinal a () {A Figura 3-84 mostra a configurasdo do dcido maléico € de seu isomero, 0 icido fumarico. Esses compostos sio isd- ‘eros geométricos ou isOmeros cis-trans; les diferem no ar- ranjo de seus grupos substituintes com respeito 4 dupla liga- 0, a qual é incapaz de girar. O dcido maléico é 0 isdmero Cis, € 0 dcido fumarico ¢ 0 isomero trans, cada um deles € um composto bem definido e pode ser isolado, tendo proprieds- des quimicas dnicas — um sitio de ligagdo (por exemplo, em uma enzima) que é complementar a ums desias moléculas ngo seria apropriado para a outra, © que explica 0 porque esses compastos terem papéis bioldgicos distintos, apesar de sua semelhanga quimica. Quatro substituintes diferentes ligados « um dtomo de car- bono tetraédrico podemestar arranjados espacialmente em duas, formas diferentes (isto ¢, ter duas configuragdes; Fig. 3-9), pro- duzindo dois estereoissmeros com propriedades quimicas idén- ticas ou similares, porém diferindo em certas propriedades fis cas e bioldgicas. Um étomo de carbono com quatro substituin- tes diferentes € dito assimétrico, ¢ carbonos assimétricos sio chamados centros quirais (do grego chiros, “mao", alguns este- reois6meros estio relacionados estruturalmente como a mio dlireita esta para a esquerda). Uma molécula com um carbono quiral pode ter epenss dois estereoisémeros, mas quando deis ‘ou mais (71) carbonos quirais esta presentes, podem existir 2" estereoisomeros. Alguns estereoisomeros sao imagens especula- res um do outro e s0 chamados de enantiémeros (Fig. 3-9). ares de estereoisémeros que no sio imagens especulares um do outro so chamados de diasteredmeros (Fig. 3-10). ‘coon, cH Todo-trans-retinal Figura 3-8 - Configuragées de Isomeros geométricos, (8) Os ixdmetos come o acide maléio.e 0 dcido fumarico nao podem ser intercon- vertidos serv a quebra de igecdes covalentes, © que requer 9 fornacimento de uma grade quantidade de energia. (b) Na retina de vertebra- dos, cevento inical na detecrBe da luz ¢ a absorsde da radiagao vislel polo 11-ci-etinal cornu, & energia da luz absorvida (cerca de 250k ino} converte o 11-cistetial em todo-trans-retinal, desencadeando mudangas eléricas na célula da retina que levarn a formag0 do impulso 045046 Moku guira meso safrendo rotate essa i molécula nao pode mage —~ ee a ] eer sirerpone ae i [agers epecear soils | as moc rein original Molécula erin (a) Moléeala aquiral: apés rotasto. sdequada essa i smoléeula pode ser imagem superposia & expecular da parrot imagem expecu lar da molécula criginal molgcula original Molécula original ) Figure 3-9 - Assimetria molecular: moléculas quirals e aquirals.(a) Quando Um stoma de carbono ter quatio rupos substituintes diferentes (A, 8, X,Y), eles podem ser arranjados de duas formes que regresentain imagers especulares nao-superponWvels lenantiomeros). Um tal atomo de carbor assimético ¢ chamade étomo quiral ou centio quial.(b) Quando ha apenas trés grupos quimicos diferentes ligados a um mesmo atomo ce carboro {ste ¢, um mesmo grupo ocorte duas vezes), epenas uma configuracao espacial é possivel ea molecula é simetiica, ou aquira. Neste caso, a molecu ¢ superpenivel 8 sua imagem escecular: a mokcula a esquesde pode ser girada em direcao antinorara (a0 redor de eixo detindo pela ligaceo AC «no sentido de A pera C) para crier @ molécula em espelo, Enantiomeros (imagens especulares) Enantiomeros (imagens especulares) ous wed -n Baga cit ” § ce an Bonn Og Ry? BoE =i | nog Og R80 Eo CHs ic z CHy — id Diastereomeros (imagens do-especulares) Figura 3-10 Do's tipos de estereolsémeros. Existem quatro butanos dferentes 2,3 dissubstituldos ( 2 carbonos assimétricos, € pr iso 2° = 4 esterecisémeros). Cada um € mostrado em um boxe, com a formula estrutural em perspectiva e com o medelo bola-e-bastio, que sofreu rotacso nara Permitr ao litor ver todos os grupos. Alguns pares de esterecisémeros sdo imagens especulares um do outro, portanta enantidrreros. Outres pares "00 imagers em espelho, estes so dastereOmeros. (Adaptado de Carrol F. (1998) Perspectives on Structure and Mechanism in Organic Chemstr. . 63, Brooks(Cole Publishing Co,, Pacific Grove, CA.) Como Louis Pasteur observou (Adendo 3-1), enantibme- ros tém propriedades quimicas idénticas, porém diferem em ‘uma propriedade fisica ceracteristica, sua interacéo com a luz plano-polarizada. Em solugbes separadas, dois enantiomeros giram o plano da luz plano-polarizada em ditegdes opostas, mas solugdes equimolares de dois enantiémeros (mistures 1 micas, na terminologia de Pasteur) nao mostram roracao 6ptica. Compostos sem centros quirais nao giram o plano da luz plano-polarizeda. Interagdes biolégicas (entre enzima e substrato, receptor € hormonio, ou anticorpo e antigeno, por exemplo) sao este- reoespectfica: “encaixe” nessasinteragdes necessita ser estereo- quimicamente correto A estrutura de uma biomolécula preci- sa ser chamadae representada de forma clara para que sua este- seoquimica ndo seja ambigua, Para compostos com mais de um centro quiral, o sistema RS de nomenclatura é frequentemente mais Gtil que o sistema D e L descritos no Capitulo 5. No siste- ma RS, cada grupo ligada ao carbono quiral recebe uma priori- dade, As prioridades de elguns substituintes comuns sio OCH, > OH > NH > COOH > —CHO> —CH,OH > -CH> -HAdendo 3-1 Lous Fasteur (1822-1895) 047 Louis Pasteur e a atividade optic: Louis Pasteur, em 1843, foi o primeiro a oferecer uma explicaggo correta para 0 fenbmeno chamado de atividade optica, durante suas investigacbes do ‘material cristalino que s acumulava nos barris de vinho (“icido paratartérico’, também chamado de Acido racémico, da palavza latina racemus, isto é, ca cho de uvas"). Fle usou uma pinga muito fina para seperar dois tipos de cristais de forma semelhante, porém imagens especulares um do outro, Ambes Provaram ter todas as caracteristicas quimicas do 4cido tartarico, porém um deles girava a luz plano- polarizaca para a esquerda (levorrotat6rio) & 0 ou- ‘to para a (dextrorrotat6rio). Depois, Pas- teur descreveu 0 experimento ¢ sua interpretagio: “Nos corpos isoméricos, os elementos e as pro- orgées nos quais eles estio combinadas sdo os ‘mesmos, apenas o arranjo dos étomos & ciferente. Nos sabemos, por um lado, que 0 arranjo molect- lar dos dois deidos tartériens & assimétrico e, por ‘outra lado, que esses arranjos sto absolutzmente idénticos, 4 exeegao de que eles exibem a assime tin em diregses opostas. Estario 08 stomes do den tro-cido agrupados na forma de uma espical or eniada & diteita, 04 entio colocades no Spice de tum tetesedro irregular, ou entio dispostos de weor do com tal ou qual arranjo assimétrico? Nds nie 0 in vino, veritas Hojesnéso sabemes, Estudos de cristalograiade raios X,em 1951, confirmaram que as formas levo e dex- trorrotat6rias do dcido tartérico sto imagens espe- culares uma da outra e estabeleceram a configura- sao absoluta de cada uma delas (Fig. 1). mesma abordagem foi usida para demonstrar que o ami nofcido alanina tem duas formas estersoisoméricas {dlesignades D € L), no entanco a alanina nas protel- nas existe exclusivamente em uma forma (o isime- ro L, veia Capitulo 5), HOOg. {600 HOOg_—_sG00H ee Rie Get ca. "& Yee not Ni (28,38)-dcido tartiiéo (evorrotatsrio} (28 3R)-tcido tartérico (dextrorrotatério) figura 1 ~ Fasteur separou os cristals dos dois estereoisd- eros do acide tartarico e mostrou que solucdes das fer- nas separadas giravam a luz plano-polanzada na mesma extensao, porem em diracces apostas. As formas dextroe levorrotaronas de Pasteur foram depols demorstradas, como send os isoreras (Rf) € (5,5) Mosttads aqui. O sistema RS de nomenclatura @ descnito no text. * Betraido da conferéncia de Pesteur na Societé Chimi- ‘que de Paris em 1883, ctzdo em DuBlos R. (1976) Louis Pasteur: Free Lance of Science, p. 98, Charles Scribner's Sons, New York Otomo de carbone quiral é observado com o geupo de me- ror priotidade (4) apontado para longe do observador. Sz a prio- ridade dos ourros trés grupos (1 a 3) diminui em ditegio horcia, aconfiguracdo é R (do latim rectus, “diteita”), se em direcao anti- horéria, a configurado & S (do latim sinister, “esquerda”). Hotitie @ © Anti-horirio Dessa forma, cada carbono quiral é designado ou como R ou como $, €a incluso dessas designacdes no nome do cor posto fornece uma descricao sem ambighidades da estereog nica em cada centro quiral. A conformacéo molecular 6 alterada pela rotagio ao redor das ligacdes simples © termo conformagao molecular refere-se ao arranjo espacial os grupos substituintes que sio livres para assumir diferentes posigdes no espace, sem a quebra de qualquer ligacio, devido & liberdede de rotagio da ligaglo. Por exemplo, no ctano, um i= drocarboneto simples, existe uma liberdade de rotagao quase ‘completa a0 redor da ligagdo simples carbono-carbono, Muitas conformacées moleculares do etano, diferentes e interconvertt- wis, so possiveis, dependendo do grau de rotagdo (Fig. 3-11). a On elipsade. Excalomad Energis potencial (kj/mol) D 60 120 18) 240 30060 Angulo de toega (gras) Figura 3-11 ~ Wuites conformagoes do etano 580 possiveis device 3 lberdade de rotagso a0 redor da ligacao srrples carboro-carbono, Quan 40.0 dtomo de carbone frontal (como visto pela leon € 05 tres akomOS de hidrogéni a ele igadosgiram em relagac.ac étoma de carboro situado atrés, a energie potencial da molécula aurmenta até um maximo alana 0 na conformagio totalmente ecligsada angulos de torcao O°, 120" etc) €. entdo, cai na conformacao toda excalorada (angulos de tora0 602, 190° cic.) As diferencas d= energia sdo suikientemente pequenas para permitiem ume réprda interconversdo das duas formes (ilhoes de ‘ezes por segundo). Assi, as formas ecipsada e excaloneda neo podem ser soladss ura da outa,048 Duas dessas conformagdes sao de interesse especial: a confor- macio escalonads que é muito mais estivel que todas as outras « portanto predomina,¢ a forma eclipsada, que € a menos esta~ vel, Nao é possivel isolar nenhuma dessas formas conformacio- nais, porque elas sio interconvertiveise estio em equilfbrio uma com a outra, Entretanto, quando tum ou mais étomos de hidro- génio em cada dtomo de carbono & substitulde por um grupo funcional que € muito grande ou eletricamente cerregado, a li berdade de rotacao ao redor da ligagao simples carbono-carbo- no € diminuida, Isso limita 0 mimero de conformacées estaveis dos derivados do etano, Configuragéo e conformacéo definem estruturas de blomoléculas A estrutura tridimensional de biomoléculas grandes e pequenas —a combinacio entre configuragao ¢ conformasio — é de ex- treme importéncia em suas interages biologicas. Por exemple, na ligagdo de um substrato (reagent) ao sitio catalitico de uma ‘enzima, as duas moléculas precisam ser estruturalmente com- plementares, para que acatélise ocorra comeeficiéncia, Essacom- plementaridade também é requerida na ligecao de uma molécu- |i de horménio ao seu receptor presente na membrana da célula €na interagao entre uma molécula de antigeno com uma molé- cula de anticorpo especifico (Fig. 3-12), Figura 3-12 ~ Ajuste complementar de uma macromolécula ¢ de uma pequena molécula. Um segmento ce RNA da rego requiatoria, TAR do genoma do HIV (cinza) ea argininarrida (colorido, ur residuo de lume proteina que se lige nessa regiéo, aqui sdo mostrados Aarginnami- fa ajusta-se dentio de uma fends na superficie do RNA € mantida essa onentacao por vias interagbes ndo-coralentas com o RNA. Essa representacao ca molécula de RNA é produzida com o programe de com: putador GRASP, que pode calcula 2 forma exterior de urra superficie ‘oe uma macromolécula, definida ou peloraio de van der Waals de todos (5 atomos na molécula ou pelo "volume de exclusdo do solvente” alm (0 qual ume molécula de agua nao pode penetrar. Oestudo daestrutura tridimensional das biomoléculas com nétodos fisicos precisos 6 uma parte muito importante ns pes- guisa moderna sobre estrutura celular e fungio bioguimica, O método mais informative € a cristalografia de raios X. Se um composto pode ser cristalizado, a dilraso de raios X pelos ct tais pode ser empregada para determinar, com grande precisio, a posigao de cada dtomo em relaglo a cada um de todos os ou {ros dtomos, A estrutura da maioria das biomoléculas pequenas (aquelas com menos de 50 atomos), € muitas das moléculas maiores, como as proteinas, tem sido deduzida por esse meio. A ctistalografia de raios X fornece uma figura estatica da molécula dentro dos limites do cristal. Entretanto, as biomiolé- ‘ules quase nunca existem como cristais dentro da lula; eas estao dissolvidas no citosol ou associadas @ algum outro com- ponente da célula, Quando em solucao, as moléculas tém mais liberdade de movimento intramolecular em comparagio a quan do em um cristal. Em moléculas grandes, como as proteinas, as ‘pequenas variagdes permitidas as suas unidaces monoméricas, de acordo com a estrutura tridimensional, adicionam-se de for ma ¢ conferir i molécula uma extrerna flexibilidade. Varias té: nicas, comoa espectroscopia por ressonancia nuclear magnética (RNM), complementam a cristalografia com raios X fornecendo informagdo a respeito da estratura da biomolécula, quando em solucio. O avango da tecnologia, com a produsdo de campos mag. néticos muito fortes, ampliou o uso da espectroscopia da RNM nna determinacio de estruturas de moléculas maiores, incluindo proteinas (Fig, 3-13). As técnicas de critalografia de raios X e es- pectroscopia da RNM esta descritas adiante, no Adendo 6-3 Figura 3-13 - Esirutura da protefna “brazzein” determinada por espec- troscopia de RNM. “Brazzein”, isolada do fruto da Pentadiplancta, uma planta do ceste da Africa, € 2.000 vezes mais doce que a sacerose (gra- ma a grama). Nesta representacdo, somente a parte mais importante da estruture da proteina & mostrada sem as cadetas indviduels aterais de ammnodcidos. Espectroscopia de RNM mostra que em solucao a protelna ode assumir acima de 43 conformagoes muito semehantes, sendo aqui ada uma mostrada em cores diferentes. Esta especie de variabilidade Conformacional ro. vista por cristalografia de rai X, que requer que 3 Drotehna estejacongelada em uma conformacio em siaformacrstaina Interages entre biomoléculas sao esterecespecificas As moléculas quirais nos organismos vivos esto geralmente resentes em apenas uma de suas formas quirais. Por exemplo, ‘98 aminoécidos que ocorrem nas protefnaso fazem apenas como os isdmeros t. A glicose, a subunidade monomérica do amido, tem cinco carbonos assimétricos, porém biologicamente ocorre emapenas ume de suas formas quirais: 0 is6mero D (as conven ses para denominar os estereoisomeros dos aminoscidos esto descritas no Capitulo 5, ¢ aquelas para os agticares, no Capttulo 9). Quando um composto que tem um stomo de carbono assi- eétrico é sintetizado quimicamente no laborat6rio, as reagdes ndo-biolégicas geralmente procuzem todas as formas quitais posstveis, resultando em uma mistura equimolar que nio gira a Juz plano-polarizada (uma mistura ractmica). As formas «| ras em tal mistura somente podem ser separadas por métodos fisicos muito trabalhosos. Os compostos cuirais nas células vas sio produzidos em apenas uma forma quiral, porque as en- aimas que os sintetizam so também moléculas quitais. Esterevespecificidade, a habilidade para distinguir entre es- tereoisémeros, é uma propriedade comum das enzimas e de ou- tras proteinas, ¢ uma caracteristica peculiar da légica molecular das células vivas. Se o sitio de ligagao de uma proteina é comple mentar @ um isémero de um composto quiral, ele ndo sera com- plementar a outro isomero, pela mesma razdo que uma luva da Indo esquerda no se ajusta 4 mao direita. Dois exemplos da ca- pacidade de os sistemas biolégicos distinguirem entre o dois estereoisomeros si0 mostrados na figura 3-14. Receptores scn- soriais especificos (para odor € para sabor) facilmente distin- guem os membros de cada par de diastereémeros.(R)-Carvona (S}-Carvona ‘hortela) {alearévia) w Leasparti-tfenilalanina met éster (aspartame) (doce) (emargo) Reatividade Quimica Os mecanismos das reagdes bioquimicas, fundamentalmente, no sto diferentes dos de outras reagtes quimicas. Eles podem ser entendidos e previstos a partir da natureza dos grupos fur: ionais dos reagentes. Os grupos funcionais alteram a distri- buicdo eletronica e a geometria dos dtomos vizinhos e dessa ‘maneira afetam a reatividade quimica de toda a molécula. Em- bora um grande ntimero de reacdes quimicas diferentes ocor- ra-em uma célula tipica, essas reagdes sio de apenas alguns ti- os geruis, Brevemente serto revistos 0s aspectos fundamen- tais sobre ligacdo quimica e reatividade, e entio resumidos os cinco tipos de reagdes mais comumente encontrados em bio- quimica. As reagdes especificas serio consideredas em maiores dealhes posteriormente, A forca da ligacéo esta relacionada as propriedades dos dtomos que dela participam Nas reajdes quimicas, ligagdes sio quebradas ¢ novas $20 for- ‘madas. A forya de uma ligacdo quimica depende ée eletronege- tividedes relativas — as afinidades relativas por elétrons — dos elementos ligados (Tabela 3-2), da distincis éos elétrons que participam da ligagdo em relagao a cada um dos micleos ¢ da carga nuclear de cada atomo. O numero de elétrons comparti- Ihados também influencia a forge da ligagdo; ligacdes dupias so mais fortes queligacies simples, e ligacdes triplas sio ainda mais fortes (Tabela 3-3). A forca de uma ligagio quimica é expressa «em joules,e conhecida como energia de ligegao (em bioquimica, ascalorias tem sido as unidades de energia mais frequentemente empregidas, como por exemplo para expressar a forca de liga- fo e a energia livre: 0 joule &a unidede de energia no Sistema Iniernacional de Unidades eseré usado ao longo deste livro: para converses, Ieal ¢ igual a 4,184J). A energia de ligagdo pode ser imaginada quer como a quantidade de energia necesséria para romper uma ligagio quer como a quantidade de energia ganha pelo ambiente, quando os dois 4tomos formam essa ligagao. Um meio de se introduzir energia em um sistema é aquecé-lo, 0 que dd as moléculas maior energia cinética; a temperatura ¢ uma medida de energia cinética média de uma populagdo de molé- Figura 3-14 - Os estereoi6meros pasem ser dis tinguidos por receptores senserias. humanos do odor € do sabor. (al Os dois estereasomeros da carvona, designados Re 5. & (R}-carvona obtida do dleo de hortela tem iragréncia caracteisica de hortels e a (S}-carvona ebtida do dleo de se- mente de acarévia cheira como a alearévia, (b) O adogante atificial aspartame é vendiga comercial: mente ¢ facimente distinguivel pelo sator de seu estorcoisSmera que tem sabor amaigo, enbora (0 dois difrar apenas na configuragio a0 redor cde um dos dos ctomos de carbone quirais. Lasparti-p-fenilalanina metl éter 049 Tabela 3-2 ~ A eletronegatividade de alguns elementos quimicos Elemento Eletronegatividade® Elemento _Eletronegatividede F 40 Fe 18 ° 35 fo 18 a 30 Ni 18 N 30 Mo 18 or 28 mm 16 s 25 Mn 15. ci 25 Mg 12 ' 25 ca 10 Se 24 ui 10 P 2 Na o8 4 2a K os cu 19 Quanto maior ete nome, tanto mas elevonegatha € elemento Tabela 3-3 - Energia de dissociacio (resistncia) das ligagBes male freqiientes nas biomoléculas Tro sent “mao” Ligagoes simples a ee = Se ie cs = os i = = = = = = = = = = = S = = Re Ligacées duplas pa eee pa a = ss © Quanto maior # energia requeria para a dssocacio da ligacto (queba), mais forte € essa igagao050 cults. Quando 0 movimento molecular é suficientemente vio- lento, as vibragées intramoleculares ¢ as colisées intermolecula- res podem, em dlgumas ocasioes, quebrar as ligagdes quimicas. 0 aquecimento aumenta a fragio de moléculas com energia su- ficientemente alta para reagir. Quando o movimento molecular ésuficientemente violento, vibragées intramoleculares ecolisées intermoleculares, algumas vezes, quebram ligagdes e permitem a formacao de novas, ‘Quando nas reagdes quimices es ligacdes sio quebradas e nnovas ligagbes sio formadas,a diferenca entrea energiado am- biente usada para romper as ligagdes e a energia ganha pelo ambiente na formagio de novas ligagdes € virtualmente idén- tica a variagdo da entalpia para a reacdo, AH (a diferenca de energia toma-se exatamente igual a variaao da entalpia de- pois de uma pequena cortegio para a pequena variacdo do vo- lume em sistemas com pressio constants). Se o sistema absor- ve energia na forma de calor a medida que a transformacao ocorre (isto é, se a reagdo é endotérmica), entdo AH tem, por definicao, um valor positivo: quando ocalor é produzido, como nas reacbes exotérmicas, AH é negative, De forma sucinta, a variagio na entalpia para uma reagzo vovalente reflete 0s tipos € 0 numero dessas ligasoes que sao sintetizadas e quebradas. ‘Como veremos depois neste capitulo, a variacdo na entalpia é tum dos tr&s fatores que determinam a variegao na energia livre (63 05 outros dois sao a temperatura ¢€ a mudanga Nas células ocorrem cinco tipos gerais de transformagées quimicas ‘A maioria das células tem a capacidade de realizar milhares de reagOes espectficas e enzimaticamente catalisadas como, por exemplo, a transformacio de nutrientes simples, como a glicose em aminoscidos, nucieotideos ou lipidios; a extracao de energia dos alimentos por oxidegao ou a polimerizacdo de subunidades em macromoléculas. Felizmente para o estudante de bioquimi- ca existe um padrao nessa multidao de reacbes. Nos nao preci- samos aprender todas essas reagdes para compreender a ligica moleculer da vida. ‘A maioria das reagées nas células vivas pertence a um dos cinco tipos (ou categorias) gerais: (1) oxidagao-reducao; (2) reagbes que formam ou quebram ligagdes carbono-carbono; (3) reacdes que rearranjam a estratura das ligagées a0 redor de uum ou mais étomos de carbono; (4) transferéncia de grupos (3) reagdes nas quais duas moléculas se conden- sam com a eliminagio de uma molécula de agua. As reacdes em uma mesma categoria geral ocorrem por meio de mecanis- ios similares Todas as reagées de oxida;ao-redugao envolvem transferéncia de elétrons ‘Quando os dois dtomos que compartilham elétrons em uma li- Bacio covalente tém afinidade igual pare os clétrons, como no caso de dois étomos de carbone, ligagdo resultante é nao-po~ lar, Quando dois elementos que diferem em afinicade por elé- trons, ou eletronegatividade (Tabela 3-2), formam uma ligagao covalente (por exemplo, C e O), a ligagio é polarizada; os elé- trons compartilhados provavelmente estardo na regido do 10- ‘mo mais eletronegativo (O) ¢ nao naquela do atomo menos ele- tronegativo (C).No caso extremo de dois étomos de eletronega- tividade muito diferente (Nae Cl, por exemplo), um dos dtomos cede os elétrons para 0 outro dtomo, resultando na formagio de fons ¢ interagdes idnicas, como aquelas existentes no cloreto de sédio (NaCI) solido. Nas ligagbes carbono-hidrogénio, o carbono mais eletrone- gativo possui os dois elétrons compartilhados com H, mas, nas ligagoes carbono-origenio, 05 dois elétrons estdo deslocados unicamente em favor do oxigénio. Entao, na transformacao de —CH; (um aleano) para —CH.OH (um Alcool), 0 stomo de carbono perde efetivamente elétrons —o que é, por definigao, oxidasao, A Figura 3-15 mostra que étomos de carbono encon- trados em bioquimica podem existir em cinco estados de oxida- «cdo, dependendo des elementos com os quais 0 carbono com- partilha elétrons. Alesno Alcool Aldeido Acido carboxtlico Digxide de carbone Figura 3-15 - Estados de oxidacio do carbono em biomoléculas. aca composto ¢ formado pela oxidacdo de carboro (ent vermelho) nos compostos lstads acima, Déxdo de carboro ¢ a forma mas oxicada o carbone encontrada nos sisternas vnos. Em muitas oxidagdes biologicas, um composto perde dois clétrons ¢ dois ions de hidrogénio (isto é, dois étomos de hi drogénio); essas reagdes sio comumente chamadas de desi- drogenagaes € as enzimas que as catalisam so chamadas de desidrogenases (Fig. 3-16). Em algumas, mas nao em todas as oxidases biolégicas, um tomo de carbone torna-se covalen- temente ligado a um tomo de oxigenio. As enzimas que cata- lisam essas oxidagdes sio geralmente chamadas de oxidases ou, se 0 dtomo de oxigénio ¢ diretamente derivado do oxigénio molecular (0,), oxigenases onl ¢ Lactate abl? 2H" + 2e W Pirwvate Figure 3-16 Uma reagao de oxidagdo-reducto. A oxidacao do lacta 1 para pruvato e mosirada aqui, Nessa desicrogenacio, dais eletrons e ols lons hidrogenie (a equvalente a dois atomos de hidrogenio) sa0 removdes do C-2 da lactato, um alccol. Nas cellas, a reaceo € catalse (a pela desitrogenase lacica e 0s elettons sao trarsteridos para um co fator Giamado de nicounemida adenina dinuclectideo. Essa reagan ¢ t0- lalmente reversivel,pirwvato pode ser reduzido pelos eletors a partir do corfator. Os fatores que deterrninam a clregao de uma reacao serao dis- cutis no Capitulo 14 ‘Toda oxidagdo ¢ acompanhada de redugio, na qual um grupo querecebe elétrons edquire os elétrons removidos pela oxidagao. Reagoes de oxidagao geralmente liberam energia (imagine um incéndio no campo, em que varios compostos a madeira sao oridados pelas moléculas de oxigénio do ar), A maioria das células vivas obtém a energia necesséria para © trabalho celular oxidando combustive's, como carboidra- tos ou gorduras; organismos fotossintéticos podem tambémusar a energia da luz solar. As vias catabélicas (produtoras de energia) descritas nos Capitulos 15 a 19 sio reacies de ‘oxidagio-redugio em cadeia que resultam na transferéncia de elétrons das molécules combustiveis por meio de uma série de transportedores de elétrons até oxigenio. A afinida- de alta do Os por elétrons torna todo o processo de transfe- réncia de elétrons altamente exergénico, fornecendo a ener~ gia que impulsiona a sintese de ATP — o objetivo central do catabolismo. Ligagdes carbono-carbono séo quet ¢ formadas por reagées de substituigao nudeofilica Uma ligacao covalente pode ser quebrada de duas formas ge- rzis (Fig. 3-17). Na quebra homolitica, cada atomo deixa a ligagae como ur radical, levando um dos dois elétrons (ago- 1a desemparclhado) que mantinhe os étomos ligados. Rea- gées homoliticas ocorrem raramente nos organismos vivos (veja Fig. 22-39 como um exemplo). Quebras heteroliticas sio mais comuns, nas quais um dtomo mantém os dois elé- trons da ligagio (formanco um anion), deixando 0 outro éto- mo com um elétron a menos (um cétion). Quando um se- gundo grupo rico em elétrons substitui o anion que saiu, uma substituicao nucleofilica ocorre (Fig. 3-18). Muitas reagdes bioquimicas envolvem interacdes entre nucleéfilos, grupos fancionais ricos em elétrons ¢ capazes de dod-los, ¢ eletr6fi- los, grapos funcionais deficientes em elétrons, que procuram elétrons. Nucle6filos combinarn com eletréfilos fornecendo-lhes elétrons. Grupos funcionais que contém oxigénio, nitrogénio ¢ enxofre sio importantes nucle6files biolégicos (Tabela 3-4). Aro- ros de hidrogénio carregados positivamente (tons hidrogénio, ou prdtons) ¢ meiais carregacos positivamente (cations) fre- ilentemente atuam como eetréfilos nas células, Um atomo de ‘carbono pode atuar ou como um nucle6filo ou como um ele- tréfilo, dependendo de quais ligagdes ¢ grupos funcionais © cercam. 1) Loo Quetra he s L e homaltica (J TF Radiceis de carbeno ae | sewstca “F-F Carhinion Carbocition Figura 3-17 Dois mecanismos de quebra de uma ligago C—C. Nas quebras homolticas, cada dtomo de carbone mantémn um dos eitions da igagao, resuitando em dos radicais de earboro (sto & carbons ten: do eletrons desemparehacios). Nas quebras heteralitcas, um dos dos. ftomas de carkono mantém 05 dois elétvons da iges80, preducindo um ‘arbarion, € 0 outro se torne um carbocation. tye ry Senn Side ws [See ee Figura 3-18 -Uma reacdo de substituicdo nucleofilica, Um nucteot- loricoem etrons 2) ataca um centro deficente em elétions (um atomo de catbcno, por exemplo) e desioca um grupo nucleaftico (WW), que & chamado de grupo de safda O51 ‘Tabela 3-4 - Alguns grupos funcionals que atuam como nucdesti- los no interior das células* Nome Estrutura quimica ne ae 0 es * Tol RS : a we im a Crtefosfato inorganico * Listados ert ordem decrescerte, Nuclbfils mais facos s8o mehores grupos: e sala, Existem dois mecanismos gerais pelos quais um nucledfilo pode substituir outro na formagao de ligagdes carbono-carbo- no. No primeiro (Fig. 3-19a), 0 grupo de saida (0 mucle6filo W, veja Fig, 3-18) parte com seus elétrons, deixando o parceirocomo um carbocdtion, relativamente instével {carbono carregado po- sitivamente, um eletréfilo), antes que um grupo substituinte (2, ‘um nucle6filo) apareca em cena, Esse mecenismo € chamado resslo SNI (SN1 indica substituigao nudeofilica, unimolecu- lar). No seguneo tipo de substituigio nucleofilica, um nucledfi- lo atacante (Z) chega antes que o grupo de safda (W) parta € ‘ransitoriamente se forma um intermedidrio pentavalente (Fig. 3-19b). Essa é uma reagdo SN2 (substituicéo nucleofilca, bi- molecular). Como a Figura 3-19 sugere, reagoes SN? tipicamen- te resullam em uma inversio da configuragdo 40 redor do car- bono atacado apos a partida do grupo de safda, enquanto rea- ces SNI usualmente resultam ou na retencio da configuracio original ou na racemizagao. Em geral, nucledfilos fracos sdo melhores grupos de saida ¢ os nucledfilos fortes sio melhores espécies atacantes, ‘A condensagio aldélica, catalisada pela aldolase (veja Fig. 15-4), € um exemplo de uma substituicdo nucleofilice, empre- gada para formar ligagdes carbono-carbono nas células. Fsses reagdes slo reversivcis, aldolase pode ligar duas ‘tomos de carbono para formar um agticer de pode quebrar o acticar de seis carbonos para formar duas espé- cies de trés unidades de carbono cada. ‘Transferéncia de elétrons intramolecular produz rearranjos internos Outro tipo de reagdo celular comum ¢ 6 de rearranjo intramole- cular no qual a redistribuigao de elétrons resulta em isomeriza- (ao, transposicao de ligagdes duplas ¢ rearranjos de ligagdes du- phi cis-trans. Um exemplo de isomerizacdo ¢ a formacio de fru- tose-6-fosfato a partir de glicose-6-fosfato durante o metabolismo de agticar (Capitulo 15).Nessa reagde (Fig. -20a), C-1 6 teduzi-052 (4) Reagdes SN {b) Reagbes $x2 nee a Sha a ! ze Seow R ok wo NEF wd Me Z 7 2 Re NE bS Be Intermedisrio Sei} Intermediseio EQ 4 W carboeition Nee pentacovalente w Pe Retensdo da Inversdo da configuracio configuracio Figura 3-19 - Duas classes de reacbes de substituicSo nucleofilica, (a) SN: 0 orupo de saida (Wi) parte com os elétrons da ligacio, deixanco um carbocation, antes do nucledfilo atacante Z)chegar.(b) SN? 0 nucleéfiloatacante (2) aproxima-te de ur lado dd carton eletroflco enquante 0 grupo de saida (W) permanece ligado 2o outro lado, resultando ern um intermediario pentaco- valente Asaida de Wdexao composto substituido com uma configuracéo completamente invertida no atone de carbono reagente @ HH Hekt ee Frutove-6-fosfito , ot TL badwh | f° SE Glen ona A Omran i ‘hpi tpaao Oe on © 8 sbsuaium prcon By (peters as eigen eee sober tn ats "4 seen O i ini 4 * oa ligagio C=O a Intermedisrio enediot Figura 3-20 - Uma reagdo de isomerizagio. (a) A conversio de glcose-6-fostato para irutose--festato, uma reacao do metabo liso de aucar catalisada pela fostoexose isorrerase.(b) Esta reacéo ocorre por meio de umintermediario enediol. A seta azul cua representa 0 movimento dos eletrons da ligacao do nucledfilo (vermetno} para o eletréilo (azul). By € B; s30 grupos bésicas da enzima; ees S80 capazes de doar e ceder Ions hidrogénio (protons) conforne a reagaa ocorre. do (de aldeido para Aleool) ¢ C-2 ¢oxidado (de slcool para ceto- 1a). Ne Figura 3-20b, em que se mosiram os detalhes dos movi- mentos do eléiron que resulta em isomerizagdo, empregamos a convengao de diagramas “clectron-pushing”, os quais serio usa- dos para indicar 0s mecanismos de reagdo por todo o livro. Se- tas ezuis curvas mostram 0 movimento dos elétrons, & m. que a reagio ocorre. ‘Uma trangposicao simples de uma ligegao C=C ocorre du- rante 0 metabolismo do Acido oléico, um dcido graxo (veja Fig. 17-5), ¢ exemplos espetaculares de reposicionamenta de ligagées uplas serdo vistos na sintese de colesterol (veja Fig, 21-35) Reagées de transferéncla de grupos ativam intermediarios metabélicos Em metabolismo, um tema geral e importante ¢ a necessidade de ligagdo a um intermedidrio metabélico de um bom grupo de saida com a finalidade de “ativé-lo”, para que com isso ocorre a reagdo subseqiiente. Entre os melhores grupos de sefda nas rea bes de substituigao nucleofilicas (Tabela 3-4) esto 0 ortofos- fato inorginico (a forma ionizada de H,PO, em pH neatro,uma mistura de HPO; e HPO? comumente abreviado de P;) piro- fosfato inorginico (P;O* .abreviado de PP:), Esteres e anidridos do icido fosforico tém papel central na quimica celular. Substi tuigéo nuclcofilica ne qual o grupo fosforil (—PO) serve como tum grupo de saldz ocorre em centenas de reagdes metebilicas, isso porque essa substituicdo se torna mais favordvel pela liga- Gio de um grupo fosforil em vez de um grupo de saida pobre como é OH. Fosforo poce formar cinco ligacoes covalentes. A represen tacdo convencional do P; (Fig. 3-214) com trés ligagdes P—O ‘uma ligagdio P= nao é correta, No P, as quatro ligacGes P—O possuem um cardter de dupla ligagdo, ¢ o Anion tem uma estru- tura tetraédrica (Fig, 3-21b), Como 0 oxigénio € mais eletrone- gativo que o fosforo, os elétrons nao sio compartithados igual- mente. O fosforo central possui uma carga positiva e pode atuar como um eletrdfilo, Em um grande ntimero de reagdes metabs- licas, um grupo fosforil (—PO}-) é transferido do ATP para um Alco! (formando um éster de fosfato) (Fig, -21c) ou para um Acido carboxilico (formando um anidriéo misto; veja Fig. 3-5). Quando um nucleéfilo ataca 0 étomo de fésforo eletrofilico no ATP, uma estrutura pentacovalente relativamente estivel € for- ‘mada, como um intermediério de reasdo (Fig. 3-214). Com a9 (eee ca (6 [Aderinal-{Ribese Po lesdlve ales Re i a Glicose [Adenina App Gee oat, rurnene de eee a ‘ 2 $ Fgura 3.21 — Vis sternativs para mostrar a etutura do orto- fostato Inorginico, (a) Ropresentacio nfo apropriada, trés oxigénios io ligades 20 féstoro por ligagao smples eo quarta¢ ligade por igacéo {upla, permitindo as quateo estruturas diferentes de ressonancia mostra das, (b) 2s quatro estruturas de ressonancia podem ser representadas ‘om maior precisto, mostranda o cardter de dupla ligacao das quatro Iigacbes PO. Os orbitais hibridos, asim representados, s8o arranjados fm um tetraedro com 9 F em seu Cento. €) Quando um nuclesfiio Z (paste caso, 0 —OH no C-6 da glicose) ataca ATP. ele desloca ADP iW), Nesta reacdo SH2, um intermed rio pentacovatente (d) forma-se trans- ‘oriamente retirada do grupo de saida (ADP), a transferéncia de um grupo fosforil é completa. A grande farnlia de enzimas que catalisa a transfcréncia de grupos fosforil, tendo ATP como dosdor, é cha- mada de quinase (do grego kineit, “mover"), Hexoquinase, por cxemplo, “move” um grupo fosforil do AT? para a glicose. Grupos fosforil nao sio os tinicos ativadores desse tipo. Tio- ileoois (tidis), nos qusis 0 étomo de oxigénio de um alcool & substituido por um dtomo de ensofre, também sao bons grupos de saida. Tidis ativam acidos carborilicos pela formagao de tio- {stores (ésteres de tiol) com eles (Fig. 3-5). Encontra-se um gran- denimero de casos, incluindo-se as reagbes catalisadas pelasacil transferases na sintese de lipidios (veja Fig. 21-2), na qual « subs- tituicao nucleofitica do carbono da carbonila de um tiogster re~ sulta na transferéncia de um grupo acil para outra metade da molécula. Biopolimeros sio formados por condensa;des ‘As subunidades monoméricas que compoem proteinas, 4cidos nucléicos e polissacarideos so ligadas por reagdes de desloca~ mento nucleofilico que substituem um bom grupo de saida. Por exemplo, a ligagao de duas moléculas de aminodcidos para for- 053 ‘mar um dipeptideo poderia ocorter por um mecanismo simples cobservado ne Figura 3-22a, No entanto, —OH ¢ um grupo de safda pobre, a reacdo por esse mecanismo nao é eficiente. Célu lis solucionam este problema, primeiramente, pela ligacio de tum grupo de saida melhor, uma moléculade RNA pequena [RNA de transferéncia, cerca de 75 nucieotideos de comprimento) no grupo a-carboxil do.aminodcido (ligacdo éster). Isso ativa o gru- po carboxil para condensagdo com a-amino grupo do outro aminodcido (Fig, 3-22b). Estratégias semelhantes sio emprega das pare a biossintese de écidos nucléices e polissacarideos. Macromoléculas podem ser quebradas por reacoes de hi- drolise, nas quais HO € 0 nucle6filo que ataca, deslocando uma subunidade monomérica ou um fragmento menor do polimero (Fig, 3-220). Enzimas que catalisam hidrélise de biopolimeros (hidrolases) sao essenciais no processo digestivo ¢ servem tam- ‘bem para regular o nivel de macromoléculas criticas, como sa0 ‘os RNA mensageiros. @ Wp on 9 [eae oak \, (o) NH 0 Ieee ae é on < oma Sx Aminodcide ativido —_Plipepsideo YH 0 cad ° tr 4 \qeaiee ener Polipeptideo alongado © R!—NH—CH,—¢ 9 Ny o NH—cn.—< 1.0: NHR! Potipeptideo po , o a \ won + cn ‘oH OH WHR? Dois fragmentos peptidicos Figura 3-22 - Condensagio © hidélise. 4 formacio e a hidrlise de uma ligagdo peptidica sio mostradas aqui (a) Remosto do elemento ‘gua de duas moléculas do aminodcido gicina produ uma ligacso pep- ‘idica, mas, por ndo ter 0 grupo —OH um bom grupo de salda, essa reacso nae ¢ favorivel, fb) Nas células, aminoscidos so ativados antes da polimenzagac pelaligagto de um grupo de saida melhor que 0 OH, lm RNA pequero (RNA de transferdncia ou tRNA) que forma um éster de oxiginio com um grupo a-carboxil.(€) A hidrélse de uma ligacio peptidica (mestrada aqui em um polipeptideo) & escencalmente o rever- 0 da reagio am (a). HzO faz um ataque nucleotico no carbona da car- bonila, dedocando 0 nittagéno do grupa a-amino054 Macromoléculas e Suas Subunidades Monoméricas Muitas das moléculas encontradas no interior das células sio macromolécuias, polimeros de alto peso molecular construi- dos com precursores relativamente simples. Os polissacarideos, as protefnas e os Acidos nucléicas, os quais podem ter pesos moleculares variando de dezenas de milhares até bilhes (como no caso do DNA), so construldos pela polimerizagao de su- bunidades relativamente pequenas, de peso molecular ao re- dor de 500 ou menos. sintese das macromoléculas € uma atividade celular que pode ser classificada como forte consu- midora de energia. As macromoléculas, por sua vez, poder scr arranjadas em complexos supramoleculares formendo unida- des fuiicionais como os ribossomos, que so construidos com cerca de 70 proteinas diferentes e vérias moléculas de RNA diferentes. s principais constituintes das células so macromoléculas A Tebela 3-5 mostra as principais classes de biomoléculas em tum organismo unicelular tipico, « Escherichia cali. A égua é 0 composto simples mais abundante na £. col € em todas as ou- tras células e organismos. Em todos os tipos de células, quase toda a matéria sélida é substancia orginica e ests presente em quatro formas principais: proteinas, acidos nucléicos, polissa- carfdeos ¢ lipidios. Os sais inorginicos ¢ os elementos minerais, por ou:ro lado, conistituem apenas uma fragdo muito pequena do peso seco total ‘Tabela 3-5 - Componentes moleculares de uma célula da E. coll Porcentagem Numero aproximado do peso total das diferentes jacelula__espécles moteculares Tae 70 T Proteinas 18 3.000 Acidos nucléicos NA 1 1 PNA 6 3.000 Polssacardeos 3 5 Lipidios 2 2 ‘Subunidades ronoméricas @ 2 300 intermedianis lons inorgancos 1 20 As proteinas,longos polimeros de aminodcidos, constituem, ao lado da gua, a maior fragao das células. Algumas proteinas tem atividade catalitica e funcionam como enzimas, outras ser- ver como elementos estruturais e ainda outras transportam si- nas especificos (no caso dos receptores) ou substinecias especi- ficas (no caso das proteinas de transporte) para o interior ou 0 exterior das células, As proteinas sao talvez as mais versateis das biomoléculas. Os cidos nucléicos, DNA e RNA, sao polimeros de nucleotideos. Hles armazenam, transmitem e transcrevem a informagio genética. Os polissecar{deos, polimeros de agica- res simples, como a glicose, tem duas fungoes principais: ser- vem como armazenadores de alimentos, liberadores de energia € como elementos estruturais extracelulares, Polimeros peque- nos de agiicares (oligossacarideos) ligados a protefnas ou a li- pidios na superficie celular servem como sinais celulares expe- cificos. Entre seus inuimeros papéis, 0s lipidios, derivados oleo- sos dos hidrocarbonetos, servem principalmente como componentes estruturais das membranas ecomo formadearma- zenamento de alimentos ricos em encrgia. Todas essas quatro classes de grandes biomoléculas so sintetizadas em reacdes de condensacdo. Nas macromolécules (prote{nas, écidos nucléicos, polissacarideos}, o ntimero de subunidades monoméricas é muito grande. As proteinas tém pesos moleculares que veriam de 5,000 até um milhao; os dcidos nudéicos tém pesos molecu- lates que variam na casa dos virios milhdes; 0s polissacarideos, ‘como 0 amido, também tém pesos moleculares na casa dos viri- 8 milhdes, As moléculas lipidicas individuais so muito meno. res (M, 7504 1.500) ¢ nio sio classificadas como macromolécu- las, Entretanto, quando um grande numero de moléculas lipidi- as se associa nzo-covalentemente, resulta em estruturas muito grandes. As membranas celulares so construfdas por enormes agregados que contém milhées de moléculas de lipidios. ‘As macromoléculas séo construidas com subunidades monoméricas 5 Embora os organismos vivos contenham um auimero muito grande de proteinas ¢ de dcidos nucléicos diferentes, uma sim- plicidade fundamental ests na base das suas estruturas (Capitu- lo 1). As subunidades monomeéricas simples, com as quais todas as protefnas e todos os icidos nucléicos sto construidos, sio em rnimero pequeno e idénticas em todas as espécies, As proteinas ¢ 93 dcidos nucléicos so as duas macromoléculas informacio- nis: cada proteina e cada acido nuciéico tém uma seqiiéncia de subunidades caracteristica e rica em informagio (Fig. 3-23). A T€-G—A-c—G a (DNA) r pea Gle—Gle—Gle—Gle—Gle— (celalose) Ole Figura 3-23 - Macromoléculas informacionais e estruturais, As le- 11as A, T, Ce G representam os quatro desoxiriibonucleotideos do DNA, glicose (Gi) & 2 subunidade monomerica tepetitiva do amido e da Celulose. 0 numero de combinacces possiveis das quatro desoxiribo- Tucleotideos é virtualmenteilmitado, como o numero de melodias pos- siveis de serem compostas com um pequeno nimero de notas musi= ais. Um polimero de um unico tipo de sutunidade € mongtono e po- bre em intormagao, (Os polissacarfdeos construides apenas com um tipo de uni- dade ou de duas unidades diferentes e alternadas nao sao molé- culas informacioneis no mesmo sentido em que o sioas protei- nas e os écidos nudléicos, entretanto os polissscarideos comple 1x08 feitos de seis ou mais tipos diferentes de agicares, ligados em cadeias ramificadas, tém as variedades estruturais e estereo- quimicas capazes de habilité-los a transportar informagées re- conhecfveis por outras macromoléculas. As subunidades monoméricas tem estruturas simples A Figura 3-24 mostra as estruturas de algumas unidades mono- méricas das biomoléculas grandes arranjadas em familias, Vinte aminoicidos diferentes sio encontrados nas proteinas, todos tém. um grupo amino (um grupo imino no caso da proline) ¢ um grupo carboxila ligado ao étomo de carbono, designado de car- bono a. Bsses a-aminoicidos diferem uns dos outros somente pela cadeia lateral (Fig. 3-242).055 ‘As unidades estruturais recorrentes de todos os dcidos nu- (© lipfdios sio construidos a partir de relativamente poucos ti- ldicos sao oito nuclectideos diferentes; quatro tipos de nucleo-_posde subunidades. A maioria das moléculas lipidicas contém um tideos so unidades estruturais do DNA, ¢ 05 cutros quatro sto. 04 mais dcidos graxos de cadeia longa, dos quais 0 palmitato eo olea- ‘unidades do RNA (Fig. 3-24b). Cada nucleotideo & feito de trés to sio os compostos tipicos (Fig. 3~24c). Muites ipidios tambem componentes: (1) uma base orginics nitrogenada; (2) um agii-_contém um dleoel, por exemplo,o glicero, e alguns contém fosfato. car de cinco étomos de carbone ¢ (3) fosfato, Os oito nucleoti- ‘Os polissacarideos mais abundantes da natureza, amido e deos diferentes do DNA e do RNA séo constraidos a partir de _celulose, consistem de unidades repetidas de D-glicose (Fig. 3- cinco bases orgdnicas diferentes combinadas com dois agticares 24d). Outros polissacarideos s4o compostas de uma variedade diferentes. de moléculas de acticares derivados de glicose. i Alguns dos aminoicidos das proteinas ee cook ook as-d—n nda ‘tania Serna (OS heido oe goon coon oH nx—don anton na din Cisene Misiine Ttresna (eae ea 7 e dt @ [Fer in awenaic as as emees [Ansgar | Omar anced | Hs jook goon ‘ | cat—cucton di, bs ae Calne | t oF l C a ie bn ht { ; xu, Hoc, 0 Gh | y qe WA, CH,OH_ CH rH bn bron I 7 oy f i ? H ca CH,0K CH Hs Gisina asleep. sae Sa, ine ty i ae fhe he

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