Plasmids and Episomes

Plasmid dan Episom

In the introductor section of this chapter, we stated that the genetic material of bacteria is
carried in one main chromosome plus, in many cases, from one to several extrachromosomal
DNA molecules or mini chromosomes called plasmids. By definition, a plasmids is a replicon
(unit of genetic material capable of independent replicatìon) that is stably inherited
(maintained without specific Selection) in an exirachromosomal state. Most, but not all,
plasmids are dispensable, that is, they are not required for survival of the cell in which they
reside. In many cases, however, they are essential under certain environment conditions, such
as in the presence of an antibiotic.

Pada bagian pengantar bab ini, kami menyatakan bahwa bahan genetik bakteri dibawa dalam
satu kromosom utama plus, dalam banyak kasus, dari satu ke beberapa molekul DNA
ekstrachromosomal atau kromosom mini yang disebut plasmid. Menurut definisi, sebuah
plasmid adalah sebuah replika (unit materi genetik yang mampu melakukan replikasi
independen) yang diwariskan secara stabil (dipertahankan tanpa Seleksi spesifik) dalam
keadaan exirachromosomal. Kebanyakan, tetapi tidak semua, plasmid dapat disingkirkan,
yaitu, mereka tidak diperlukan untuk kelangsungan hidup sel tempat mereka tinggal. Dalam
banyak kasus, bagaimanapun, mereka sangat penting dalam kondisi lingkungan tertentu,
seperti di hadapan antibiotik.

The importance pf plasmids has become increasingly recognized during the last two
decades. Plasmids have been identified in almost all strains of bacteria tested. they are
known to have major practical significance in two areas. 1 the spread of multiple antibiotic
and drug resistence in phatogenic bacteria and 2. the instability of industrially important
microorganisms. Multiple antibiotic and drug resistence will be discussed in some detail in
cahapter 9. In streptococcus lactis and related bacteria used in chese processing. Multiple
plasmids have been identified and shown to carry genes coding for enzymes important in the
fermentation procceses involved in making cheese. The observations explain in part why the
cheeses starter cultures of these bacteria are unstable and frequently must be discarded at
considerable expense to the cheese making industry. See chapter 24.

Pentingnya plasmid telah semakin dikenal selama dua dekade terakhir. Plasmid telah
diidentifikasi di hampir semua jenis bakteri yang diuji. mereka diketahui memiliki
signifikansi praktis utama dalam dua bidang. 1 penyebaran berbagai antibiotik dan resistensi
obat pada bakteri phatogenik dan 2. ketidakstabilan mikroorganisme yang penting secara
industri. Beberapa antibiotik dan resistensi obat akan dibahas secara rinci dalam bab 9.
Dalam streptococcus lactis dan bakteri terkait yang digunakan dalam pengolahan chese.
Beberapa plasmid telah diidentifikasi dan terbukti membawa gen yang mengkode enzim-
enzim yang penting dalam proses fermentasi yang terlibat dalam pembuatan keju.
Pengamatan menjelaskan sebagian mengapa kultur starter keju bakteri ini tidak stabil dan
sering harus dibuang dengan biaya yang cukup besar untuk industri pembuatan keju. Lihat
bab 24.
Three major types of bacteria plasmids have been extensively studied
1. f and F aksen plasmids. The conjugation fertility factors previously discussed
2. r plasmids (previously called RTF, or resistence transfer factors), plasmids carrying genes
for resistences to antibiotics or other antibacterial drugs and
3. col plasmids (previously called colicinogenic factors), plasmids coding for colicins, which
are proteins that kill sensitive E. Coli cells. Plasmids are also know in bacteria that encode
bacteriocins other than colicins. For example, plasmids are known that code for vibriocins
these are proteins that kill sensitive vibrio cholerae cells. They appear to be analogous to col
plasmids.
Tiga jenis utama bakteri plasmid telah dipelajari secara luas
1. f dan F aksen plasmid. Faktor kesuburan konjugasi sebelumnya dibahas
2. r plasmid (sebelumnya disebut RTF, atau transfer factors resistensi), plasmid yang
membawa gen untuk resistensi terhadap antibiotik atau obat antibakteri lainnya dan
3. col plasmid (sebelumnya disebut faktor colicinogenik), kode plasmid untuk colicins, yang
merupakan protein yang membunuh sel-sel E. Coli yang sensitif. Plasmid juga dikenal pada
bakteri yang mengkode bakteriosin selain colicin. Sebagai contoh, plasmid diketahui bahwa
kode untuk vibriocins adalah protein yang membunuh sel-sel vibrio cholerae yang sensitif.
Mereka tampaknya analog dengan col plasmid.

In some respescts, the chromosomes of mitochondria and chloroplasts in eukaryotes also fit
the definition of plasmids. They will be discussed in chapter 20, along with other examples of
extranuclear inheritance in eukaryotes. Plasmids may be devided into two groups on the basis
of whether or not they mediate conjugative selftransfer. Conjugative or transmissible
plasmids mediate transfer of DNA by conjugation (as in F+ by F- matings: see pp 213-219).
All F dan F plasmids, many R plasmids, and some col plasmids are coonjugative. The
Conjugative nature of many R plasmids has major significanse in the rapid spread of
antibiotic and drug resistence genes through populations of pathogenic bacteria.
Nonconjugative or nontransmissible plasmids are those that do not mediate transfer of DNA
by conjugation. Many R and Col plasmids are nonconjugative.

Dalam beberapa hal, kromosom mitokondria dan kloroplas pada eukariota juga sesuai dengan
definisi plasmid. Mereka akan dibahas dalam bab 20, bersama dengan contoh-contoh lain dari
warisan ekstranuklear pada eukariota. Plasmid dapat dibagi menjadi dua kelompok
berdasarkan apakah mereka memediasi transferft konjugatif atau tidak. Plasmid konjugatif
atau yang dapat ditransmisikan memediasi transfer DNA dengan konjugasi (seperti dalam F +
oleh Fating: lihat hal 213-219). Semua F dan F plasmid, banyak R plasmid, dan beberapa
plasmid col bersifat koonjugatif. Sifat konjugatif banyak plasmid R memiliki signifikansi
utama dalam penyebaran cepat antibiotik dan gen resistensi obat melalui populasi bakteri
patogen. Plasmid nonconjugative atau nontransmissible adalah mereka yang tidak memediasi
transfer DNA dengan konjugasi. Banyak plasmid R dan Col bersifat nonconjugative.

Some plasmids, such as F factors, also fit the definition of genetic elements called episomes.
Episomes are genetic element that can replicate in either of two alternative states. 1. As an
integrated (covalently inserted) part of the main bost chromosome or 2. As an autosomous
genetic element, independent of the main bost chromosomes. The terms plasmid and
episome are not synonyms. Many plasmids do not exist in itegrated states and are thus not
episome. Similarly, many temperate phage chromosomes, such as the phage A genome, are
episome but are not plasmids. Spectacular progress has been made in our under standing of
the structures an properties of plasmids and episomes during the last two decades. Many of
their properties are now known to depend on the presence of short DNA squences called is
elements or insertion squences. The is element are also present in the main host
chromosomes. These short squences (from about 800 to about 1400 nucleotide pair in length)
are transposable, that is they can move from one position to another within a chromosome, or
move from one chromosome to a different chromosome. In addition, is element mediate
recombination between otherwise nonhomologous genetic elements within which they reside.
Considerable evidence indicates that is element mediate the integration of episome into host
chromosomes. This is particularly clear in the case of the integration of the E. coli K12 F
Plasmids (F factor) during the formation of Hfrs (Fig 8.20).
Beberapa plasmid, seperti faktor F, juga sesuai dengan definisi elemen genetik yang disebut
episom. Episom adalah elemen genetik yang dapat mereplikasi di salah satu dari dua keadaan
alternatif. 1. Sebagai bagian terpadu (dimasukkan secara kovalen) dari kromosom bost utama
atau 2. Sebagai elemen genetik autosom, tidak tergantung pada kromosom bost utama. Istilah
plasmid dan episome bukan sinonim. Banyak plasmid tidak ada di negara-negara yang
terdegradasi dan karena itu tidak bersifat episom. Demikian pula, banyak kromosom fag
sedang, seperti genom fag A, bersifat episom tetapi bukan plasmid. Kemajuan spektakuler
telah dibuat dalam pemahaman kita tentang struktur sebagai sifat dari plasmid dan episom
selama dua dekade terakhir. Banyak dari sifat-sifatnya sekarang diketahui bergantung pada
keberadaan DNA pendek yang disebut elemen atau penyisipan. Unsur is juga ada dalam
kromosom inang utama. Ini squences pendek (dari sekitar 800 hingga sekitar 1.400 pasangan
nukleotida panjangnya) transposable, yaitu mereka dapat bergerak dari satu posisi ke posisi
lain dalam kromosom, atau pindah dari satu kromosom ke kromosom yang berbeda. Selain
itu, elemen memediasi rekombinasi antara elemen genetik yang bukan homolog di mana
mereka berada. Bukti yang cukup menunjukkan bahwa unsur memediasi integrasi episome ke
dalam kromosom inang. Ini sangat jelas dalam kasus integrasi E. coli K12 F Plasmid (faktor
F) selama pembentukan Hfrs (Gambar 8.20).

The first four is elements to be extensively characterized and squenced IS1, IS2, IS3, and IS4
are 768, 1327, 1300, and 1426 nucleotide pairs in length, respectivelly. Several other IS
elements have subsequently been identified, characterized, and, in some cases, squenced.
The E. coli k12 chromosome apparently contains eight copies of IS1 and five copies of IS2,
plus one or more copies of IS3 and IS4. The E. coli K12 F factor contains one copy of IS2
and two copies of IS3 (fig. 8.20). The positions of the IS elements in the various F factors and
in the chromosomes of various E. coli strains are believed to determine the sites of integration
of the F factor during the formation of Hfr strains (Fig. 8.20).
Empat yang pertama adalah unsur-unsur yang dikarakterisasi secara luas dan dipadatkan IS1,
IS2, IS3, dan IS4 masing-masing 768, 1327, 1300, dan 1426 pasangan nukleotida, dengan
hormat. Beberapa elemen IS lainnya kemudian diidentifikasi, dikarakterisasi, dan, dalam
beberapa kasus, dikuadratkan.
Kromosom E. coli k12 ternyata mengandung delapan salinan IS1 dan lima salinan IS2,
ditambah satu atau lebih salinan IS3 dan IS4. Faktor E. coli K12 F berisi satu salinan IS2 dan
dua salinan IS3 (gbr. 8.20). Posisi elemen-elemen IS dalam berbagai faktor F dan dalam
kromosom dari berbagai galur E. coli diyakini menentukan lokasi integrasi faktor F selama
pembentukan galur Hfr (Gbr. 8.20).

Figure 8.19 Diagram illustrating the results (left) and interpretation (right) of the experiment
by M. S. Fox and M. K. Allen, demonstrating the covalent insertion of a single strand of
donor DNA into the recipient chromosome during trans•fornation ìn Diplococcus
pneumoniae. Donor cells were grown for several generations in medium containing the
radìoactive isotope of phosphorus, 32P, and the heavy isotopes of hydrogen and nitrogen, 2H
and 15N, respectively. The DNA of donor cells was thus both heavy and radioactive (shown
in orange). Recipient cells were grown in ‘normal” (3H, ‘14N, nonradioactive) medium, their
DNA was therefore light and nonradioactive (shown in green). Recipient cells were
transformed with heavy, radioactive donor DNA, and the state of the donor DNA fragments
in the transferred cells was analyzed using cesium chloride density gradients. (a) When the
DNA of transformants was simply extracted and analyzed in CsCI density gradients, the
donor DNA (followed by its radioactivity) banded (peak shown in orange) at a density
position only slightly heavier than that of light recipient DNA (shown in green). This
indicates that short segments of donor DNA were associated with long segments of light
recipient DNA (top right). (b) If the DNA of transformants was first sheared into short
double-stranded fragment by sonication (exposure to sound waves (I). The donor DNA
exhibited densities ranging from “hybrid” density (one strand heavy and one strand light) co
near-light density (both strands light). No fully heavy donor DNA was observed after
shearing. (c) Denaturation (2) of the DNA from transformed cells had no sinifìcant effect on
the density position of the donor DNA, except the denatured (single stranded) DNA had a
slightly higher density than native (double-stranded) DNA. The donor DNA still banded at
the near-light density. This result demonstrates that the donor DNA is covalently inserted into
the recipient chromo some. (d) Only after the DNA of transformants had been both sonicated
and denatured (3) was donor DNA recovered in the gradient at the heavy density position.
These results can be explained only if a single strand of donor DNA is covalently inserted
into the chromosome of the recipient cell during transformation in pneumococcus (Based on
the results of M. S. FOX and M.K. Allen.

Gambar 8.19 Diagram yang menggambarkan hasil (kiri) dan interpretasi (kanan) dari
percobaan oleh M. S. Fox dan M. K. Allen, menunjukkan penyisipan kovalen dari untai
tunggal donor DNA ke dalam kromosom penerima selama trans • fornation Dipln
Diplococcus pneumoniae. Sel-sel donor ditanam selama beberapa generasi dalam medium
yang mengandung isotop radìoaktif fosfor, 32P, dan isotop berat hidrogen dan nitrogen, 2H
dan 15N, masing-masing. DNA sel donor dengan demikian baik berat dan radioaktif
(ditunjukkan dalam oranye). Sel-sel penerima ditumbuhkan dalam medium “normal” (3H,
‘14N, nonradioaktif), oleh karena itu DNA mereka ringan dan nonradioaktif (ditunjukkan
dengan warna hijau). Sel-sel penerima ditransformasikan dengan berat, DNA donor
radioaktif, dan keadaan fragmen DNA donor dalam sel yang ditransfer dianalisis
menggunakan gradien kepadatan cesium klorida. (a) Ketika DNA transforman diekstraksi
secara sederhana dan dianalisis dalam gradien kepadatan CsCI, DNA donor (diikuti oleh
radioaktivitasnya) diikat (puncaknya ditunjukkan dengan warna oranye) pada posisi
kerapatan hanya sedikit lebih berat daripada DNA penerima cahaya (diperlihatkan dalam
hijau). Ini menunjukkan bahwa segmen pendek dari DNA donor dikaitkan dengan segmen
panjang dari DNA penerima cahaya (kanan atas). (B) Jika DNA transforman pertama kali
dicukur menjadi fragmen ganda-untai pendek oleh sonication (paparan gelombang suara (I).
DNA donor menunjukkan kepadatan mulai dari kepadatan "hibrida" (satu untai berat dan satu
untai cahaya) co dekat -cahaya kepadatan (kedua helai cahaya). Tidak ada DNA donor yang
sepenuhnya berat diamati setelah geser (c) Denaturasi (2) dari DNA dari sel yang
ditransformasi tidak memiliki efek yang sama pada posisi kepadatan DNA donor, kecuali
yang didenaturasi (tunggal). DNA terdampar memiliki kepadatan yang sedikit lebih tinggi
daripada DNA asli (double-stranded) .Donor donor masih terikat pada kerapatan dekat
cahaya.Hasil ini menunjukkan bahwa DNA donor dimasukkan secara kovalen ke dalam
kromo penerima. (d) Hanya setelah DNA transforman telah disonikasi dan didenaturasi (3)
adalah DNA donor pulih dalam gradien pada posisi kepadatan berat.Hasil ini dapat dijelaskan
hanya jika satu untai DNA donor dimasukkan secara kovalen ke dalam kromosom penerima.
sel t selama transformasi dalam pneumococcus (Berdasarkan hasil M. S. FOX dan M.K.
Allen.

Figure 8. 20 (a) Abbreviated genetic map of the E. coli K 12 F factor (F plasmid) and (b) the
postulated IS element mediated integration of the F factor during Hfr formation. (a) The inner
circle shows the location of one 1S2 element and two 1S3 elements. The distances given
within the inner circle are in kilobases (1000 nucleotide-pair units); the E. coli Kl 2 F factor is
94,500 nucleotide-pairs in length. The approximate locations of 13-genes involved in
chromosome transfer (fra genes), the origin of transfer (ori), the genes required for replication
(rep genes), and the genes involved in the inhibition of growth of F -specific baaeriophages
such as phage 17 (phi, for phage inhibition, genes) are shown on the outer circle. The sites of
recombination with the host chromosorne during negration are shown by the arrows for three
Hfr strains Note that these sites coincide with the known locations of the three IS elements.
(b) Proposed ‘mechanism of integration of the F factor mediated by the homology of an IS
element in the chromosome and in the F facor. Such integration results in the F factor being
flanked by identical IS elements when covalently inserted into the chromosome of an Hfr
cell.
Gambar 8. 20 (a) Peta genetik singkat dari faktor E. coli K 12 F (F plasmid) dan (b) elemen
IS yang dipatenkan memediasi integrasi faktor F selama pembentukan Hfr. (a) Lingkaran
dalam menunjukkan lokasi satu elemen 1S2 dan dua elemen 1S3. Jarak yang diberikan dalam
lingkaran dalam adalah dalam kilobase (1000 unit nukleotida-pasangan); faktor E. coli Kl 2 F
panjangnya 94.500 pasang nukleotida. Perkiraan lokasi 13-gen yang terlibat dalam transfer
kromosom (gen fra), asal transfer (ori), gen yang diperlukan untuk replikasi (gen rep), dan
gen yang terlibat dalam penghambatan pertumbuhan baaeriofag spesifik-F seperti fag 17 (phi,
untuk penghambatan fag, gen) ditunjukkan pada lingkaran luar. Situs-situs rekombinasi
dengan host chromosorne selama negasi ditunjukkan oleh panah untuk tiga strain Hfr.
Perhatikan bahwa situs-situs ini bertepatan dengan lokasi yang diketahui dari ketiga elemen
IS. (B) Usulan osed mekanisme integrasi faktor F yang dimediasi oleh homologi elemen IS
dalam kromosom dan dalam facor F. Integrasi tersebut menghasilkan faktor F yang diapit
oleh elemen IS identik ketika secara kovalen dimasukkan ke dalam kromosom sel Hfr.

Summary
Ringkasan

In bacteria there different mechanisms for the transfer of genetic material from one cell, the
donor cell. to a second cell, the recipient cell During . 1) transforrnation naked donor DNA
molecules are taken up enzyrnatically by competent recipient cells. (2) Transduction occurs
when a fragment of the donor chromosome is carried to and inected into the recipiens cell by
bacterial virus (bacteriophage), (3) Conjugation requires direct cell contact and involves the
transfer of donor DNA to recipient cell through a conjugation tube that forms between the
two cells. Transduction is of two tpes (I) generalized transduction, in which all genetic
markers of the donor cell are represented in a population of transducing phage, and (2)
restricted transduction, in which only genetic markers near the prophage (integrated phage
chromosome) site are transduced.
Pada bakteri ada mekanisme berbeda untuk mentransfer materi genetik dari satu sel, sel
donor. ke sel kedua, sel penerima Selama. 1) molekul DNA donor transforrnasi telanjang
diambil secara enzimatik oleh sel-sel penerima yang kompeten. (2) Transduksi terjadi ketika
sebuah fragmen dari kromosom donor dibawa ke dan diinfeksi ke dalam sel penerima oleh
virus bakteri (bacteriophage), (3) Konjugasi memerlukan kontak sel langsung dan melibatkan
transfer DNA donor ke sel penerima melalui tabung konjugasi. yang terbentuk antara dua sel.
Transduksi adalah dua transduksi umum tpes (I), di mana semua penanda genetik sel donor
diwakili dalam populasi fag transduksi, dan (2) transduksi terbatas, di mana hanya penanda
genetik di dekat situs profag (kromosom fag terintegrasi) ditransduksi.

A plasmid is an extrachromosomal DNA molecule or “minichrornosome” that can replicate

independently of the main cellular chrornosom. The three main types of plasmids arc (I) F
plasmids, the F factors responsible for DNA transfer during conjugation. (2) R plasmids.
DNA molecules carrying gene for resistance to various antibiotics and antibacterial drugs,
and (3) Col plasmids, plasmids that code for proteins called colicins, which kill sensitive E
.coli cells. All known plasmid are circular molecules of DNA.

Plasmid adalah molekul DNA ekstrachromosomal atau "minichrornosome" yang dapat

mereplikasi secara independen dari chrornosom seluler utama. Tiga jenis utama dari plasmid
adalah plasmid (I) F, faktor F yang bertanggung jawab untuk transfer DNA selama konjugasi.
(2) R plasmid. Molekul DNA membawa gen untuk resistensi terhadap berbagai antibiotik dan
obat antibakteri, dan (3) Col plasmid, plasmid yang mengkode protein yang disebut colicins,
yang membunuh sel-sel E.coli sensitif. Semua plasmid yang dikenal adalah molekul DNA
sirkular.

Episome are genetic elements that can replicate (1) in an integrated state, covalently inserted
in the host chromosome and 2) in an autosomous or extrachromosomal state. The E. coli K
12 F factor and the phage chromosome are the best known episomes A cell carrying the F
factor in the autonomous state is called an F+ donor. During conjugation be tween an F donor
and an F recipientI. only the factor is transferred A cell carrying the E factor in the integrated
state is called an Hfr (for high frequency recombination). During conjugation between an Hfr
cell and an F cell. the Hfr chromosome undergoes linear transfer to the F cell. Usually only
part Of Hfr chromosome transferred before the cells separate The origin and direction of
transfer are determined by the site and orientition of the F factor the chromosome.

Episome adalah elemen genetik yang dapat mereplikasi (1) dalam keadaan terintegrasi,
dimasukkan secara kovalen ke dalam kromosom inang dan 2) dalam keadaan otosom atau
ekstrachromosomal. Faktor E.coli K12 F dan kromosom fag adalah episom yang paling
dikenal. Sel yang membawa faktor F dalam keadaan otonom disebut donor F +. Selama
konjugasi menjadi tween donor F dan penerima FI. hanya faktor yang ditransfer. Sel yang
membawa faktor E dalam keadaan terintegrasi disebut sebagai Hfr (untuk rekombinasi
frekuensi tinggi). Selama konjugasi antara sel Hfr dan sel F. kromosom Hfr mengalami
transfer linier ke sel F. Biasanya hanya sebagian kromosom Hfr yang ditransfer sebelum sel-
sel terpisah. Asal dan arah transfer ditentukan oleh lokasi dan orientasi faktor F kromosom.

Occasionally, anomaous excision of the F factor from Hfr chromosome occur. producing
recombinant F factor, . called F factors, that carry chromosomal genes. The conjugative
transfer of donor chromosomal genes carried F factors to recipient cells is called Sexduction.

Kadang-kadang, eksisi anoma faktor F dari kromosom Hfr terjadi. menghasilkan faktor F
rekombinan,. disebut faktor F, yang membawa gen kromosom. Transfer konjugatif gen donor
kromosom membawa faktor-faktor F ke sel-sel penerima disebut Sexduction.

Transfómation, transduction, and conjugation al most always produce cells that are partial
zygotes or partial diploids called Meroxygotes. Meroxygotes contain only a part al the donor
chromosome, the exogenote, plus the intact recipient chromosome, the endogenote
Crossovers in merozygotes must there fore always occur in pairs, to yield intact chromosome
Recombination in bacteria occurs by breakage and reunion of parental chromosome.

Transfomasi, transduksi, dan konjugasi hampir selalu menghasilkan sel-sel yang sebagian
zigot atau diploid parsial yang disebut Meroxygotes. Meroxygotes hanya mengandung
sebagian dari kromosom donor, exogenote, ditambah kromosom penerima yang utuh,
Crossover endogenote dalam merozigot harus ada sebelum itu selalu berpasangan, untuk
menghasilkan kromosom utuh. Rekombinasi pada bakteri terjadi oleh kerusakan dan
penyatuan kembali kromosom orangtua.
The integration of episomes and the evolution of plasmids, particularly R plasmids, are
mediated by short (about 800-1400 nucleotide pairs long) DNA squences called inserttion
squences or IS elements. These IS elements are transposable, that is, they can move ffrom
one position to another in the genome of a cell. The IS elements can also mediate
recombination between genetic element in which they are inserted.

Integrasi episom dan evolusi plasmid, khususnya R plasmid, dimediasi oleh pendek (sekitar
800-1400 pasangan nukleotida panjang) kotak DNA yang disebut squence sisipan atau
elemen IS. Elemen-elemen IS ini bersifat transposable, yaitu, mereka dapat bergerak dari satu
posisi ke posisi lain dalam genom sel. Elemen IS juga dapat memediasi rekombinasi antara
elemen genetik di mana elemen tersebut dimasukkan.
Rina
TRANSPOSABLE GENETIK ELEMENT
ELEMEN GEN TRANSPOSABEL
A great part of clasical genetic analysis has been devoted to the localization of genes
on chromosomes. As discussed in previous chapter, genetic mapping depend on the
assumption that genes do not move from one position to another. To great extent, this
assumption has been satisfied. Most genes occupy fixed sites on the chromosomes, and the
overall structure of the genetic map is practically invariant. However, beginning in the 1940s,
researcher have found that some DNA sequences can actually change position.
Sebagian besar analisis genetik klasik telah dikhususkan untuk lokalisasi gen pada
kromosom. Seperti dibahas dalam bab sebelumnya, pemetaan genetika bergantung pada
asumsi bahwa gen tidak berpindah dari satu posisi ke posisi lain. Sejauh ini, asumsi ini telah
terpenuhi. Sebagian besar gen menempati lokasi tetap pada kromosom, dan struktur
keseluruhan dari peta genetik praktis tidak berubah. Namun, mulai tahun 1940-an, peneliti
telah menemukan bahwa beberapa sekuens DNA sebenarnya dapat mengubah posisi.
These mobile sequences are called transposable genetic elements, or simply
tranposon. Typically they are quite small, ranging from 500 to 10.000 nucleotide-pairs, but
some are larger. Studies with diverse organism, including bacteria, fungi, nematodes, insect,
plants and mammals, suggest that transposable element are widespread among both
prokaryotes and eukaryotes. At the molecular level, these elements exhibit considerable
variation in structure and function.
Urutan mobile (mungkin maksudnya bisa berubah posisi) ini disebut elemen genetik
transposable, atau hanya tranposon. Biasanya mereka cukup kecil, mulai dari 500 hingga
10.000 pasangan nukleotida, tetapi ada juga yang lebih besar. Studi dengan beragam
organisme, termasuk bakteri, jamur, nematoda, serangga, tanaman dan mamalia,
menunjukkan bahwa unsur transposabel tersebar luas di antara prokariota dan eukariota. Pada
tingkat molekuler, unsur-unsur ini menunjukkan variasi struktur dan fungsi yang cukup besar.
GENETIC INSTABILITY AND THE DISCOVERY OF TRANSPOSABLE
ELEMENT
KETIDAKSTABILAN GENETIK DAN PENEMUAN ELEMEN TRANSPOSABEL
Transposable elements were discovered by B Mc Clintock through an analysis of
genetic instability in maize. The instability involved chromosome break-age and was found to
occur at sites where transposable element were located. In McClintock’s analysis, break-age
events were detected by following the loss of certain genetic markers. In some experiment,
Mc Clintock used marker that controled the deposition of pigmentation in the aleurone. The
outermost layer of the endosperm of maize kernels. Recall that the endosperm is triploid,
being produced by the union of two maternal nuclei and one paternal nucleus. Mc Clintock’s
marker was allele of the C locus on the short arm of chromosome 9. Since this allele, called
C1, is dominant inhibitor of aleurone coloration, any kernel possessing it should be colorless.
Mc Clintock fertilized CC ears with pollen from C1 C1 tassels, producing kernels in which the
endosperm was C1CC. Although may of these kernels were colorless, as expected, some
showed patches of brownish-purple pigment (Fig 9.1). Mc Clintock guessed that in such
mosaics, the inhibitory C1 allele had been lost sometimes during endosperm development,
leading to a clone of tissue that was capable of producing pigment. The genotype in such a
clone would be –CC, where the dash indicates loss ogf the C1 allele. Further analysis
demonstrated that this allele had been lost through chromosome breakage.
Unsur transposable ditemukan oleh B Mc Clintock melalui analisis ketidakstabilan
genetik pada jagung. Ketidakstabilan melibatkan usia kromosom dan ditemukan terjadi di
situs di mana elemen transposable berada. Dalam analisis McClintock, peristiwa break-age
dideteksi dengan mengikuti hilangnya penanda genetik tertentu. Dalam beberapa percobaan,
Mc Clintock menggunakan marker (penanda) yang mengontrol deposisi pigmentasi pada
aleuron. Lapisan terluar dari endosperma kernel jagung. Ingat bahwa endosperma adalah
triploid, diproduksi oleh penyatuan dua inti maternal dan satu inti paternal. Penanda Mc
Clintock adalah alel dari lokus C pada lengan pendek kromosom 9. Karena alel ini, yang
disebut C1, adalah penghambat dominan pewarnaan aleuron, setiap kernel yang memilikinya
seharusnya tidak berwarna. Mc Clintock membuahi telinga CC dengan serbuk sari dari
jumbai C1C1, menghasilkan kernel di mana endosperma adalah C1CC. Meskipun mungkin
dari kernel ini tidak berwarna, seperti yang diharapkan, beberapa menunjukkan bercak
pigmen ungu kecoklatan (Gambar 9.1). Mc Clintock menduga bahwa dalam mosaik seperti
itu, penghambatan alel C1 kadang-kadang telah hilang selama pengembangan endosperma,
yang mengarah ke klon jaringan yang mampu menghasilkan pigmen. Genotipe dalam klon
semacam itu adalah –CC, di mana tanda hubung menunjukkan kehilangan dari alel C1.
Analisis lebih lanjut menunjukkan bahwa alel ini telah hilang melalui kerusakan kromosom.

The situation is diagrammed in Fig 9.2. A break at the site labeled by the arrow would
detach a segment of the chromosome from its centromere, creating what cytologists call an
acentric fragment. Such a fragment tends to be lost during cell division, so all the descendants
of this cell would lack part of the paternally derived chromosome. Since the lost fragment
carried the C1 allele, none of the cells in this clone would be inhibited from forming pigment,
and if any of them produced a part of the aleurone, a patch of color would appear. This is the
result that is seen in the kernel shown in Fig. 9.1
Situasi ini digambarkan pada Gambar 9.2. Terobosan pada situs berlabel panah akan
melepaskan segmen kromosom dari sentromernya, menciptakan apa yang oleh para ahli
sitologi disebut sebagai fragmen asentrik. Fragmen seperti itu cenderung hilang selama
pembelahan sel, sehingga semua keturunan sel ini akan kekurangan bagian dari kromosom
yang diturunkan dari paternal. Karena fragmen yang hilang membawa alel C1, tidak ada sel
dalam klon ini yang akan dihambat untuk membentuk pigmen, dan jika salah satu dari
mereka menghasilkan bagian dari aleuron, sepetak warna akan muncul. Ini adalah hasil yang
terlihat di kernel yang ditunjukkan pada Gambar. 9.1
 McClintock found that such kernel mosaics frequently resulted from breaks at a
particular site on chromosome 9. She named the factor that produced these breaks Ds for
"Dissociation". In her experiments. the chromosome that carried the C1 allelc also carried the
Ds factor. However, by itself, this factor was not capable of inducing chromosome breakage.
Through careful work, McClintock found that Ds had to be activated by another factor, called
Ac, for “Activator." The Ac factor was present in some maize stocks, but absent in others. By
"crossing different stocks. Ac could be combined with Ds, creating the condition that led to
chromosome breakage.
McClintock menemukan bahwa mosaik kernel seperti itu sering dihasilkan dari
kerusakan pada situs tertentu pada kromosom 9. Dia menyebutkan faktor yang menghasilkan
istirahat (breaks) ini Ds untuk "Dissociation". Dalam eksperimennya. kromosom yang
membawa alel C1 juga membawa faktor Ds. Namun, dengan sendirinya, faktor ini tidak
mampu menginduksi kerusakan kromosom. Melalui kerja yang hati-hati, McClintock
menemukan bahwa Ds harus diaktifkan oleh faktor lain, yang disebut Ac, untuk "Aktivator."
Faktor Ac hadir di beberapa persediaan jagung, tetapi tidak ada pada yang lain. Dengan
"melintasi berbagai persediaan (stocks). Ac dapat dikombinasikan dengan Ds, menciptakan
kondisi yang menyebabkan kerusakan kromosom.
This two-factor system provided an explanation for the genetic instability that
McClintock had observed on chromosome 9. However, additional experiments demonstrated
that this was only one of many instabilities present in the maize genome. McClintock found
other instances of breakage at different sites on chromosome 9, and also on other
chromosomes. Since breakage at these sites depended on activation by Ac McClintock
hypothesized that Ds factors were also involved. A simple explanation was that Ds could
exist at many different sites in the genome and that it was possible for Ds to change its
position.
Sistem dua faktor ini memberikan penjelasan untuk ketidakstabilan genetik yang telah
diamati McClintock pada kromosom 9. Namun, percobaan tambahan menunjukkan bahwa ini
hanya satu dari banyak ketidakstabilan yang ada dalam genom jagung. McClintock
menemukan contoh kerusakan lainnya di lokasi berbeda pada kromosom 9, dan juga pada
kromosom lain. Karena kerusakan pada situs-situs ini bergantung pada aktivasi oleh Ac
McClintock berhipotesis bahwa faktor Ds juga terlibat. Penjelasan sederhana adalah bahwa
Ds bisa ada di banyak situs berbeda dalam genom dan bahwa Ds mungkin untuk mengubah
posisinya.
This explanation has been borne out by subsequent analysis. Both Ac and Ds are
members of a family of transposable elements. These elements are structurally related to each
other and can insert at many different sites on the chromosomes. ln fact, there often are
multiple copies of the Ac and Ds elements present in the maize genome. Through genetic
analysis, McClintock demonstrated that both Ac and Ds could move. When one of these
elements was inserted in or near a gene, McChntock sometimes found that the gene's function
was altered. In extreme cases, the function was completely abolished. Because of this
influence on gene expression, McClintock referred to AC and DS as controlling elements.
Penjelasan ini telah dilakukan oleh analisis selanjutnya. Baik Ac dan Ds adalah
anggota keluarga elemen transposable. Elemen-elemen ini secara struktural terkait satu sama
lain dan dapat menyisipkan di banyak situs yang berbeda pada kromosom. Faktanya,
seringkali ada banyak salinan elemen Ac dan Ds yang ada dalam genom jagung. Melalui
analisis genetik, McClintock menunjukkan bahwa Ac dan Ds dapat bergerak. Ketika salah
satu elemen ini dimasukkan ke dalam atau di dekat gen, McClintock kadang-kadang
menemukan bahwa fungsi gen diubah. Dalam kasus-kasus ekstrem, fungsi itu sepenuhnya
dihapuskan. Karena pengaruh ini pada ekspresi gen, McClintock merujuk AC dan DS sebagai
elemen pengontrol.
 Sometimes mutations that are due to controlling element insertions are unstable (Fig.
9.3). For instance, one of the mutations of the bronze locus, bz-m2, reverts spontaneously at a
very high rate. This mutation contains an insetion of the Ac element and reverts when the Ac
element is excised. Another mutation,bz-m1, contains a Ds insertion; however, in this case,
reversions occur only if an Ac element is present elsewhere in the genome. The difference
between these two mutable alleles demonstrates an important feature of the Ac/Ds system. Ac
elements can activate themselves, but Ds elements cannot. Whenever a transposon is seIf-
activating, it is said to be functionally autonomous; whenever it is not self-activating, it is
considered to be nonuutonomous.
Kadang-kadang mutasi yang disebabkan oleh pemasangan elemen kontrol tidak stabil
(Gbr. 9.3). Misalnya, salah satu mutasi lokus perunggu, bz-m2, kembali secara spontan pada
tingkat yang sangat tinggi. Mutasi ini berisi penyisipan elemen Ac dan kembali ketika elemen
Ac dikeluarkan. Mutasi lain, bz-m1, berisi penyisipan Ds; Namun, dalam kasus ini,
pembalikan terjadi hanya jika elemen Ac hadir di tempat lain dalam genom. Perbedaan antara
kedua alel yang dapat berubah ini menunjukkan fitur penting dari sistem Ac / Ds. Elemen ac
dapat mengaktifkan dirinya sendiri, tetapi elemen Ds tidak bisa. Setiap kali transposon
diaktifkan, ia dikatakan berfungsi secara otonom; setiap kali itu tidak mengaktifkan dirinya
sendiri, itu dianggap nonutonom.

TRANSPOSABLE ELEMENT IN BACTERIA

ELEMEN TRANSPOSABLE PADA BAKTERI
Genetic instabilities have also been found in bacteria, and in many cases these have
led to the identification of transposable elements. These bacterial transposons were the first to
be studied at the molecular level and therefore provided important clues about the
organization and behavior of eukaryotic transposons. The simplest bacterial transposons are
the insertion sequences, or IS elements, which were introduced in Chapter 8. These are
typically less than 1500 nucleotide-pairs long and contain only genes involved in promoting
or regulating transposition. Sometimes two homologous IS elements combine with other
genes to form a composite transposon, denoted by the symbol Tn. This symbol is also used to
denote transposons that do not contain IS elements, such as the element known as Tn3. Like
the composite transposons, this element contains a gene that is not necessary for
transposition. The integrating bacteriophage A (see Chapter 8, pp. 210-213) is also
considered to be a transposable element because it can insert inself into a bacterial
chromosome. However, this phage represents the upper limit of transposon size and
obviously contains many genes that are not necessary for the insertion behavior.

Ketidakstabilan genetik juga telah ditemukan pada bakteri, dan dalam banyak kasus hal ini
mengarah pada identifikasi unsur-unsur transposabel. Transposon bakteri ini adalah yang
pertama dipelajari pada tingkat molekuler dan karenanya memberikan petunjuk penting
tentang pengaturan dan perilaku transposon eukariotik. Transposon bakteri yang paling
sederhana adalah urutan penyisipan, atau elemen IS, yang diperkenalkan pada Bab 8. Ini
biasanya kurang dari 1500 pasangan nukleotida-panjang dan hanya mengandung gen yang
terlibat dalam mempromosikan atau mengatur transposisi. Terkadang dua elemen IS homolog
bergabung dengan gen lain untuk membentuk transposon komposit, dilambangkan dengan
simbol Tn. Simbol ini juga digunakan untuk menunjukkan transposon yang tidak
mengandung elemen IS, seperti elemen yang dikenal sebagai Tn3. Seperti transposon
komposit, elemen ini mengandung gen yang tidak diperlukan untuk transposisi. Bakteriofag
A yang terintegrasi (lihat Bab 8, hlm. 210-213) juga dianggap sebagai elemen transposabel
karena dapat memasukkan inself ke dalam kromosom bakteri. Namun, fag ini mewakili batas
atas ukuran transposon dan jelas mengandung banyak gen yang tidak diperlukan untuk
perilaku penyisipan.
IS Elements
IS Element
IS elements are compactly organized. Typically there is a single coding sequence with short,
identical, or nearly identical sequences at both ends (Fig. 9.4). These terminal sequences are
always in inverted orientation with respect to each other, so they are called inverted terminal
repeats. Their lengths range from 9 to 40 nucleotide-pairs.
Elemen-elemen IS disusun secara kompak. Biasanya ada urutan pengkodean tunggal dengan
urutan pendek, identik, atau hampir identik di kedua ujungnya (Gbr. 9.4). Urutan terminal ini
selalu dalam orientasi terbalik sehubungan dengan satu sama lain, sehingga mereka disebut
terminal berulang. Panjangnya berkisar antara 9 hingga 40 pasangan nukleotida.
When IS elements insert into chromosomes or plasmids, they create a duplication of
the DNA.sequence at the site of the insertion. One copy of the duplication is located on each
side of the element. These short (3-12 nucleotide-pairs), directly repeated sequences are
therefore called target site duplications and are thought to arise from staggered breaks in
double-stranded DNA (Fig. 9.5). As discussed in Chapter 8, IS elements mediate the
integration of episomes into bacterial chromosomes. This process involves homologous
recombination between IS elements located in the episome and in the chromosome.
Ketika elemen-elemen IS menyisipkan ke dalam kromosom atau plasmid, mereka
menciptakan duplikasi DNA. Selanjutnya di lokasi insersi. Satu salinan duplikasi terletak di
setiap sisi elemen. Karenanya, sekuens pendek (3-12 nukleotida) yang diulang secara
langsung ini disebut duplikasi lokasi target dan diperkirakan timbul dari kerusakan yang
berlebih pada DNA beruntai ganda (Gbr. 9.5). Seperti dibahas pada Bab 8, elemen-elemen IS
memediasi integrasi episom ke dalam kromosom bakteri. Proses ini melibatkan rekombinasi
homolog antara elemen-elemen IS yang terletak di episome dan dalam kromosom.
Composite transposons are created when two IS elements insert near each Other. The
sequence between them can then be transposed by the joint action of the flanking elements.
Figure 9.6 gives three examples. In Tn9, the flanking IS elements are in direct orientation
with respect to each other, whereas in Tn5 and Tn10, the orientation is inverted. Each of
these composite transposons carries a gene for antibiotic resistance-chloramphenicol
resistance in Tn9. kanamycin resistance in Tn5, and tetracycline resistance in Tn10. It should
be noted that sometimes the flanking IS elements in a composite transposon are n0t quite
identical. For instance, in Tn5, the element on the left called IS50L, is incapable of
stimulating transposition. but the element on the right, called IS50R, is capable. This
difference is due to a single nucleatide pair change that prevents IS50L from synthesizing a
necessary transposition factor. However. since this factor, a protein called the transposase, is
synthesized by IS50R, the entire composite transposon can be mobilized.
Transposon komposit dibuat ketika dua elemen IS menyisipkan di dekat satu sama
lain. Urutan di antara mereka kemudian dapat ditransposisikan oleh aksi bersama dari elemen
mengapit. Gambar 9.6 memberikan tiga contoh. Dalam Tn9, elemen-elemen IS yang
mengapit berada dalam orientasi langsung sehubungan satu sama lain, sedangkan pada Tn5
dan Tn10, orientasinya terbalik. Masing-masing transposon komposit ini membawa gen
untuk resistensi antibiotik-resistensi kloramfenikol pada Tn9. resistensi kanamycin di Tn5,
dan resistensi tetrasiklin di Tn10. Perlu dicatat bahwa kadang-kadang elemen IS mengapit
dalam transposon komposit tidak cukup identik. Misalnya, dalam Tn5, elemen di sebelah kiri
yang disebut IS50L, tidak mampu merangsang transposisi. tetapi elemen di sebelah kanan,
yang disebut IS50R, mampu. Perbedaan ini disebabkan oleh perubahan pasangan nukleatide
tunggal yang mencegah IS50L dari mensintesis faktor transposisi yang diperlukan. Namun.
karena faktor ini, protein yang disebut transposase, disintesis oleh IS50R, seluruh transposon
komposit dapat dimobilisasi.
Tn5 also illustrates another feature of the IS class of element: transpositional activity
is regulated (Fig 9.7). This can be seen when a bacterial cell is infected with a nonlytic
bacteriophage that carries Tn5 on its chromosome. In such infections, the frequency of Tn5
transposition is dramatically reduced whenever the infected cell already carries a ccpy of
Tn5. This reduction implies that the resident transposon inhibits the transposition of an
incoming transposon, possibly by synthesizing a repressor. Detailed analyses have shown that
this hypothesis is correct. The 1550R element of Tn5 actually produces two proteins. One.
the transposase, catalyzes transposition, whereas the other a shortened version of the
transposase, prevents tramposition. Since the shorter protein is the more abundant, Tn5
transposition tends to he repressed.
Tn5 juga menggambarkan fitur lain dari elemen kelas IS: aktivitas transposisi diatur
(Gbr 9.7). Ini bisa dilihat ketika sel bakteri terinfeksi bakteriofag nonlitik yang membawa
Tn5 pada kromosomnya. Pada infeksi semacam itu, frekuensi transposisi Tn5 berkurang
secara dramatis setiap kali sel yang terinfeksi telah membawa ccpy Tn5. Pengurangan ini
menyiratkan bahwa residen transposon menghambat transposisi transposon yang masuk,
kemungkinan dengan mensintesis suatu penekan. Analisis terperinci telah menunjukkan
bahwa hipotesis ini benar. Elemen 1550R dari Tn5 sebenarnya menghasilkan dua protein.
Satu. transposase, mengkatalisis transposisi, sedangkan yang lain versi singkat dari
transposase, mencegah tramposisi. Karena protein yang lebih pendek lebih banyak,
transposisi Tn5 cenderung ditekan.
Vilda
The Tn3 Familiy
The elements in the group of transposons have inverted terminal repeats that are 38-
40 nucleotide-pairs long and produce target site duplications of 5 nucleotide pairs upon
insertion. They are larger than the IS elements (typically 5000 nucleotide pairs long or
longer) and usually contain accessory genes as well as the genes needed for transposition.
Tn3 is the most thoroughly studied example.
Kelompok Tn3
Unsur-unsur dalam kelompok transposon telah membalik terminal berulang yang 38-40
nukleotida-panjang dan menghasilkan duplikasi situs target 5 pasang nukleotida pada saat
penyisipan. Mereka lebih besar dari elemen IS (biasanya 5000 pasang nukleotida panjang
atau lebih lama) dan biasanya mengandung gen aksesori serta gen yang diperlukan untuk
transposisi. Tn3 adalah contoh yang paling banyak dipelajari.
The genetic organization of Tn3 is shown in Figure 9.8. There are three genes, tnpA,
tnpR, and bla, encoding respectively, a transposase, a resolvase/ repressor, and an enzyme
called beta lactamase. The beta lactamase confers resistance to the antibiotic ampicillin,
whereas the other two proteins play important roles in transposition.
Organisasi genetik Tn3 ditunjukkan pada Gambar 9.8. Ada tiga gen, tnpA, tnpR, dan bla,
yang masing-masing mengkodekan, transposase, resolvase / repressor, dan enzim yang
disebut beta lactamase. Beta laktamase memberikan resistensi terhadap antibiotik ampisilin,
sedangkan dua protein lainnya memainkan peran penting dalam transposisi.
The transposition of Tn3 occurs in two stages (figure 9.9). First, the transposase
mediated the fusion of two molecules, forming a structure called cointegrate. During this
process, the transposon is replicated and one copy is inserted at each junction in the
cointegrate. Notice that the twoTn3 elements are oriented in the same direction. In the second
stage of transposition, the tnp-R- encoded resolvase mediates a site specific recombination
event between the two Tn3 elements. This event occurs at a sequence in Tn3 called res, the
resolution site, and generates two molecules, each with a copy of transposon.
Transposisi Tn3 terjadi dalam dua tahap (gambar 9.9). Pertama, transposase memediasi fusi
dua molekul, membentuk struktur yang disebut kointegrasi. Selama proses ini, transposon
direplikasi dan satu salinan dimasukkan di setiap persimpangan di cointegrate. Perhatikan
bahwa elemen twoTn3 berorientasi pada arah yang sama. Pada tahap kedua transposisi,
resolusi tnp-R-encoded memediasi peristiwa rekombinasi khusus situs antara dua elemen
Tn3. Peristiwa ini terjadi pada urutan dalam Tn3 yang disebut res, situs resolusi, dan
menghasilkan dua molekul, masing-masing dengan salinan transposon.
The tnpR gene product also has another function, namely, to repress the synthesis of
both the transposase and resolvase proteins. The repression occurs because the res site is
located in between the tnpA and tnpR genes. By binding to the site, the tnpR protein interferes
with the synthesis of both gene-products, leaving them in chronic short supply. Consequently,
the Tn3 element tends to remain immobile.
Produk gen tnpR juga memiliki fungsi lain, yaitu, untuk menekan sintesis protein transposase
dan protein resolvase. Represi terjadi karena situs res terletak di antara gen tnpA dan tnpR.
Dengan mengikat ke situs, protein tnpR mengganggu sintesis kedua produk gen, membuat
mereka kekurangan pasokan kronis. Akibatnya, elemen Tn3 cenderung tetap tidak bergerak.
Medical Significance of Bacterial Transposons
Bacterial transposons are clearly responsible for the transposition of genes controlling
resistance to antibiotics (and other drugs) from one molecule to another. They are believed to
play a role in the observed rapid evolution of R plasmids (Chapter 8). All conjugative R
plasmids have at least two components, one segment carrying a set of genes involved in
conjugative DNA transfer (probably analogous to the tra genes of F plasmids) and a second
segment carrying the antibiotic and/ or drug resistance gene or genes (Figure 9.10). The
segment carrying the transfer genes is called RTF (Resistance Transfer Factor) component,
the segment carrying the resistance gene or genes is called the R-determinant. The RTF
components of several different conjugative R plasmids appear to have a large amount of
homology, based on DNA-DNA cross hybridization experiments. The R-determinant
components exhibit more divergence. In several R plasmids, the R-determinant is flanked by
homologous IS elements. In some cases, these are present in the same orientation and in
others they are inserted with opposite orientations. In either case, they can mediate the
transposition of an R-determinant from one R plasmid to another. Several compound R
plasmid have been characterized as carrying two or more R determinants, each flanked by IS
elements. These IS elements are almost certainly responsible for the rapid evolution of
bacterial plasmids that carry multiple antibiotic and drug resistance.
Signifikansi Medis Transposon Bakteri
Transposon bakteri jelas bertanggung jawab atas transposisi gen yang mengendalikan
resistensi terhadap antibiotik (dan obat lain) dari satu molekul ke molekul lain. Mereka
diyakini berperan dalam evolusi cepat yang diamati dari R plasmid (Bab 8). Semua plasmid
R konjugatif memiliki setidaknya dua komponen, satu segmen membawa set gen yang
terlibat dalam transfer DNA konjugatif (mungkin analog dengan gen tra F plasmid) dan
segmen kedua membawa gen atau gen antibiotik dan / atau resistensi obat (Gambar 9.10).
Segmen yang membawa gen transfer disebut komponen RTF (Resistance Transfer Factor),
segmen yang membawa gen atau gen resistensi disebut penentu-R. Komponen RTF dari
beberapa plasmid R konjugatif yang berbeda tampaknya memiliki sejumlah besar homologi,
berdasarkan pada percobaan hibridisasi silang DNA-DNA. Komponen penentu-R
menunjukkan lebih banyak perbedaan. Dalam beberapa plasmid R, determinan-R diapit oleh
elemen-elemen IS yang homolog. Dalam beberapa kasus, ini hadir dalam orientasi yang sama
dan dalam kasus lain mereka dimasukkan dengan orientasi yang berlawanan. Dalam kedua
kasus, mereka dapat memediasi transposisi penentu-R dari satu plasmid R ke yang lain.
Beberapa senyawa R plasmid telah ditandai sebagai membawa dua atau lebih determinan R,
masing-masing diapit oleh elemen IS. Unsur-unsur IS ini hampir pasti bertanggung jawab
atas evolusi cepat plasmid bakteri yang membawa banyak antibiotik dan resistensi obat.
The transmissibility of R plasmids, the transpos ability of the R determinants, and the
rapid evolution of compound R plasmids, which carry genes for resistance to a whole battery
of our most effective antibiotics and drugs, are of great concern to medical practitioners. Not
only are these plasmids rapidly dispersed within a bacterial species, but they are also
transmitted across species and even generic lines. For example E. coli R plasmids are known
to be transferred to several genera, including Proteus, Salmonella, Hemophilus, Pasturella
and Shigella, all of which include pathgenic species. The increases frequency of bacteria
carrying plasmids with R determinants, which result in resistance to antibiotics such as
penicillin, tetracycline, streptomicyn and kanamycin, in hospital populations (which are
continously exposed to these antibiotics) has been extensively documented. Of even greater
concern are the results of studies in Japan that show that, in less than 10 years, natural
populations of bacteria (in sewers and in polluted lake and streams) have envolved from very
low frequencies (less than 1 percent) of R plasmid mediated antibiotic resistance to relatively
high frequencies (50-80 percent).
Transmisibilitas R plasmid, kemampuan transposen dari penentu R, dan evolusi cepat
senyawa R plasmid, yang membawa gen untuk ketahanan terhadap seluruh baterai antibiotik
dan obat kami yang paling efektif, merupakan perhatian besar bagi praktisi medis. Tidak
hanya plasmid ini tersebar dengan cepat di dalam spesies bakteri, tetapi mereka juga
ditransmisikan melintasi spesies dan bahkan garis generik. Misalnya E. coli R plasmid
diketahui ditransfer ke beberapa genus, termasuk Proteus, Salmonella, Hemophilus,
Pasturella dan Shigella, yang semuanya termasuk spesies patogen. Meningkatnya frekuensi
bakteri yang membawa plasmid dengan determinan R, yang mengakibatkan resistensi
terhadap antibiotik seperti penisilin, tetrasiklin, streptomisin, dan kanamisin, pada populasi
rumah sakit (yang terus menerus terpapar antibiotik ini) telah banyak didokumentasikan.
Yang lebih memprihatinkan adalah hasil penelitian di Jepang yang menunjukkan bahwa,
dalam waktu kurang dari 10 tahun, populasi alami bakteri (di selokan dan di danau dan
sungai yang tercemar) telah dilibatkan dari frekuensi yang sangat rendah (kurang dari 1%) R
plasmid resistensi antibiotik yang dimediasi ke frekuensi yang relatif tinggi (50-80%).
The result of these studies make it eminently clear that we should restrict our use of
antibiotics to serious bacterial infections and not use them for every minor infection that
comes along. If we do not restrict use, the antibiotics and drugs that are so effective today
may have little, if any utility in the future.
Hasil dari penelitian ini membuatnya sangat jelas bahwa kita harus membatasi penggunaan
antibiotik untuk infeksi bakteri serius dan tidak menggunakannya untuk setiap infeksi kecil
yang datang. Jika kita tidak membatasi penggunaan, antibiotik dan obat yang sangat efektif
saat ini mungkin memiliki sedikit, jika ada utilitas di masa depan.

Transposable Elements In Eukaryotes

Elemen Transposable Dalam Eukariota

Although some of the most detailed studies of transposable elements have been done
with bacteria, there has also been extensive research on transposons in eukaryotes, beginning
with the classic work of Mc-Clintock. Some of the more recent discoveries with yeast, maize,
and Drosophila transposons are discussed next.

Meskipun beberapa studi terinci unsur transposable telah dilakukan dengan bakteri,
ada juga penelitian ekstensif tentang transposon pada eukariota, dimulai dengan karya klasik
Mc-Clintock. Beberapa penemuan terbaru dengan transposon ragi, jagung, dan Drosophila
dibahas selanjutnya.

Yeast TY Element
Elemen TY Ragi
 The yeast Saccharomyces cerevisiae carries about 35 copies of a transposable element
called Ty in its haploid genome. These transposons are about 5900 nucleotide pairs long and
are bounded at each end by a DNA segment called the β sequence, which is approximately
340 base pairs long (figure 9.11). Each δ sequences is oriented in the same direction, forming
what are known as direct long terminal repeats or LTRs. Sometimes an LTR becomes
detached from a Ty elements creating so called solo δ. It is thought that the solo δ's are
generated by recombination between the LTRs of a complete Ty element as shown in Figure
9.12. The fate of the circular molecule that is formed as a by product of this event is not
known, but such molecules have been detected in yeast cells, giving plausibility to the model
Ty elements are flanked by five nucleotide pair direct repeats created by the duplication of
DNA at the site of the Ty insertion. These target site duplications do not have a standard
sequence, but they tend to contain AT base pairs. This may indicate that Ty elements
preferentially insert into A-T rich regions of the genome.

Saccharomyces cerevisiae ragi membawa sekitar 35 salinan unsur transposabel yang disebut
Ty dalam genom haploid-nya. Transposon ini memiliki panjang sekitar 5.900 pasang
nukleotida dan dibatasi pada setiap ujungnya oleh segmen DNA yang disebut β sequence,
yang panjangnya sekitar 340 pasangan basa (gambar 9.11). Setiap δ sekuens berorientasi
pada arah yang sama, membentuk apa yang dikenal sebagai pengulangan terminal panjang
langsung atau LTR. Terkadang LTR terlepas dari elemen Ty yang menciptakan solo disebut
solo. Diperkirakan bahwa solo generated dihasilkan oleh rekombinasi antara LTR elemen Ty
lengkap seperti yang ditunjukkan pada Gambar 9.12. Nasib molekul sirkular yang dibentuk
sebagai produk sampingan dari peristiwa ini tidak diketahui, tetapi molekul-molekul tersebut
telah terdeteksi dalam sel-sel ragi, sehingga masuk akal bagi model elemen-elemen Ty diapit
oleh lima pengulangan langsung pasangan nukleotida yang dibuat oleh duplikasi dari DNA di
situs penyisipan Ty. Duplikasi situs target ini tidak memiliki urutan standar, tetapi cenderung
mengandung pasangan pangkalan AT. Ini mungkin menunjukkan bahwa unsur-unsur Ty
istimewa dimasukkan ke dalam daerah kaya gen A-T.

The genetic organization of the Ty elements resembles that of the eukaryotic retroviruses
(Figure 9.13a) These single stranded RNA viruses synthesize DNA from their RNA after
entering a cell. The DNA then inserts itself into a site in the genome, creating a target site
duplication. This inserted material has the same overall structure as a yeast Ty element- a
DNA sequence bounded by LTRs- and is called a provirus. The simplest of the proviruses
possess three genes, gag, pol and env, which encode structural, catalytic, and membrane
proteins, respectively. Ty elements have only two genes, A and B, which are analogous to the
gag and pol genes of the retroviruses. Biochemical studies shown that the products of these
two gene can form viruslike particles inside yeast cells. However, it is known whether these
particles are genuinely infectious. One hypothesis is that yeast Ty elements are primitive
retroviruses, capable of moving from one site to another inside a cell, but not capable of
moving from between cells. In this regard, it has been shown that the transposition of Ty
elements involves an RNA intermediated (Figure 9.13b) . After the RNA is synthesized from
Ty DNA, a product of the TyB gene uses the RNA to make double stranded DNA. The
process is called reverse transcription. The the newly synthesized DNA is inserted
somewhere in the genome, creating a new Ty element. Because of their overall similarity to
the retroviruses, yeast Ty elements are sometimes called retrotransposons.

Organisasi genetik dari unsur-unsur Ty menyerupai retrovirus eukariotik (Gambar 9.13a).

Virus RNA untai tunggal ini mensintesis DNA dari RNA mereka setelah memasuki sel. DNA
kemudian memasukkan dirinya ke situs dalam genom, menciptakan duplikasi situs target.
Materi yang dimasukkan ini memiliki struktur keseluruhan yang sama dengan elemen Ty ragi
- sekuens DNA yang dibatasi oleh LTRs - dan disebut provirus. Provirus yang paling
sederhana memiliki tiga gen, gag, pol, dan env, yang masing-masing mengkodekan protein
struktural, katalitik, dan membran. Elemen Ty hanya memiliki dua gen, A dan B, yang analog
dengan gen gag dan pol dari retrovirus. Studi biokimia menunjukkan bahwa produk dari dua
gen ini dapat membentuk partikel mirip virus di dalam sel ragi. Namun, diketahui apakah
partikel-partikel ini benar-benar menular. Satu hipotesis adalah bahwa unsur-unsur Ty ragi
adalah retrovirus primitif, yang mampu bergerak dari satu situs ke situs lain di dalam sel,
tetapi tidak mampu bergerak dari sel. Dalam hal ini, telah ditunjukkan bahwa transposisi
unsur-unsur Ty melibatkan RNA yang ditengahi (Gambar 9.13b). Setelah RNA disintesis dari
DNA Ty, produk dari gen TyB menggunakan RNA untuk membuat DNA untai ganda. Proses
ini disebut transkripsi terbalik. DNA yang baru disintesis dimasukkan di suatu tempat dalam
genom, menciptakan elemen Ty baru. Karena kesamaan keseluruhannya dengan retrovirus,
elemen Ty ragi kadang-kadang disebut retrotransposon.

Figure 9.5 Production of target site duplications by the insertion of an IS element. The
element causes breaks in the target DNA at the sites indicated by the arrows. After insertion,
DNA synthesis (green) fills in the gaps left by the staggered breaks, producing direct repeats
on each side of the element.
Gambar 9.5. Produksi duplikasi situs target dengan memasukkan elemen IS. Elemen ini
menyebabkan kerusakan pada DNA target di situs yang ditunjukkan oleh panah. Setelah
penyisipan, sintesis DNA (hijau) mengisi celah yang ditinggalkan oleh istirahat yang
terhuyung-huyung, menghasilkan pengulangan langsung pada setiap sisi elemen.

Figure 9.6 Genetic organization of composite transposons. The orientation and length of
constituent nucleotide sequence are indicated; sequence length are given in nucleotide pairs
(np). (a) Tn9, This transposon consist of two IS 1element flanking a gene of chloramphenicol
resistance, (b) Tn5, This transposon consist of two IS 50 element flanking a gene for
kanamycin resistance, (c) Tn10, This transposon consists of two IS 10 elements flanking a
gene for tetracycline resistance.
Gambar 9.6 Organisasi genetik transposon komposit. Orientasi dan panjang urutan nukleotida
konstituen ditunjukkan; panjang urutan diberikan berpasangan nukleotida (np). (a) Tn9,
transposon ini terdiri dari dua elemen IS 1 yang mengapit gen resistensi kloramfenikol, (b)
Tn5, transposon ini terdiri dari dua elemen IS 50 yang mengapit gen untuk resistensi
kanamisin, (c) Tn10, transposon ini terdiri dari dua IS 10 elemen mengapit gen untuk
resistensi tetrasiklin.

Figure 9.7 Regulation of Tn5. (a) Infection E. Coli cells with bacteriophages carrying Tn5.
Cells that already possess a copy of Tn5 repress transposition. (b). Genetic basis of Tn5
regulation. The IS50R element produces two proteins. One, a transposase, catalyzes
transposition, but the other a repressor inhibits transposition. The repressor protein is more
abundant than the transposase, so its effect usually prevails.
Gambar 9.7 Peraturan Tn5. (a) Infeksi sel E. Coli dengan bakteriofag yang membawa Tn5.
Sel yang sudah memiliki salinan transnisi penekan Tn5. (b). Dasar genetik dari regulasi Tn5.
Elemen IS50R menghasilkan dua protein. Satu, transposase, mengkatalisis transposisi, tetapi
yang lain represor menghambat transposisi. Protein penekan lebih banyak daripada
transposase, sehingga efeknya biasanya berlaku.

Figure 9.8 Genetic organization of Tn3. This transposon contains three that produce the
proteins indicated lengths of DNA sequences are given in nucleotide pairs (np).
Gambar 9.8 Organisasi genetik Tn3. Transposon ini mengandung tiga protein yang
menunjukkan panjang urutan DNA yang diberikan berpasangan nukleotida (np).

Figure 9.9 Transposition of Tn3. The donor plasmid caries single copy of Tn3 and the
recipient plasmid lacks Tn3 altogether. A transposase produced by the tnpA gene of Tn3
catalyzes the formation of a cointegrate in which the two plasmids are fused. During the
process, Tn3 is also replicated so there is a copy of the element at each junction in the
cointegrate. A resolvase produced by the tnpR gene resolves the cointegrate by mediating a
recombination event between the two Tn3 elements. Donor and recipient plasmids are
thereby separated, each with copy of Tn3.

Figure 9.10 Structure of conjugative and nonconjugative R plasmids (a) and a proposed
mechanism for the evolution of compound R plasmids, which provide multipleantibiotic
resistance and drug resistance to bacterial cells b) (a) Simple conjugative R plasmids contain
two major components (1) the RTF component (shown blue), which contains the tra genes
responsible for conjugative transfer of the plasmids, and (2) the R-determinant component
(shown in yellow green), which carries the gene or genes for antibiotic or drug resistance.
The R-determinant in several characterized conjugative R plasmids is flanked by identical IS
elements. These IS elements are believed to mediate the transposition of R-determinants from
one R plasmid to another (or to other genetic elements). Nonconjugative R plasmids (top
right) do not carry the RTF (tra genes) component. (b) IS element mediated formation of a
compound R plasmid, carrying genes that provide resistance to both streptomycin and
tetracycline. The mechanism is as shown in (a), from right to left. This process may continue
with R-determinants carrying genes for resistance to other antibiotics and drugs until
conjugative R plasmids have evolved, which provide the host cell with resistance to a whole
battery of antibiotics and drugs Sm and Tc symbolize the plasmid carried genes providing
streptomycin and tetracycline resistance, respectively.

Gambar 9.10 Struktur plasmid R konjugatif dan non-konjugatif (a) dan mekanisme yang
diusulkan untuk evolusi senyawa R plasmid, yang memberikan resistensi multi-antibiotik dan
resistensi obat terhadap sel-sel bakteri b) (a) Plasmid konjugatif R sederhana mengandung
dua komponen utama (1) komponen RTF (diperlihatkan biru), yang berisi gen tra yang
bertanggung jawab untuk transfer konjugatif plasmid, dan (2) komponen penentu-R
(ditunjukkan dengan warna kuning hijau), yang membawa gen atau gen untuk resistensi
antibiotik atau obat. Penentu-R dalam beberapa plasmid R konjugatif yang ditandai diapit
oleh elemen IS yang identik. Elemen-elemen IS ini diyakini memediasi transposisi penentu-R
dari satu R plasmid ke yang lain (atau ke elemen genetik lainnya). Plasmid R nonconjugative
(kanan atas) tidak membawa komponen RTF (gen tra). (B) elemen IS dimediasi pembentukan
senyawa R plasmid, membawa gen yang memberikan perlawanan terhadap streptomisin dan
tetrasiklin. Mekanisme ini seperti yang ditunjukkan pada (a), dari kanan ke kiri. Proses ini
dapat berlanjut dengan determinan-R yang membawa gen untuk resistensi terhadap antibiotik
dan obat-obatan lain sampai plasmid R konjugatif telah berevolusi, yang memberikan sel host
dengan resistensi terhadap seluruh baterai antibiotik dan obat-obatan Sm dan Tc
melambangkan gen yang dibawa plasmid yang menyediakan streptomycin dan resistensi
tetrasiklin, masing-masing.

Figure 9.11 Genetic organization of yeast Ty elements. The long terminal repeat (LTR)
sequences are denoted by the Greek letter δ. Ty elements apparently contain two genes, TyA
and TyB, as shown. Sequence lengths are given in nucleotidepairs (np).
Gambar 9.11 Organisasi genetik elemen Ragi Ty. Urutan long terminal repeat (LTR)
dilambangkan dengan huruf Yunani δ. Elemen Ty tampaknya mengandung dua gen, TyA dan
TyB, seperti yang ditunjukkan. Panjang sekuens diberikan dalam nukleotidepairs (np).

Figure 9.12 Formation of a solo δ sequence by the excision of a yeast Ty element. The
excision event is thought to involve homologous recombination between the δ sequences at
the ends of the element
Gambar 9.12 Pembentukan urutan δ solo oleh eksisi elemen Ty ragi. Peristiwa eksisi diduga
melibatkan rekombinasi homolog antara δ sekuens di ujung elemen

Vindi
Maize Transposons
Transposable elements have been found in several plants, most notably maize (zea
mays) and snapdragons (antirrbinum mjus). The most extensive investigations have involved
maize, in which everal transposon families have been identified.
Transposon Jagung
Unsur transposabel telah ditemukan di beberapa tanaman, terutama jagung (zea mays)
dan snapdragon (antirrbinum mjus). Investigasi paling luas telah melibatkan jagung, di mana
keluarga transposon abadi telah diidentifikasi.
Ac and Ds elements
Elemen Ac dan Ds

The Ac/Ds family maize, initially discovered by McClintock, comprises numerous

elements scattered throughout the genome. Molecular studies have shown that the
functionally autonomous element, Ac, consist of 4563 nucleotide-pairs bounded by an 8-
nucleotide pair direct repeat (figure9.14 a). this direct repeat is created at the time that the
element inserts into a site on a chromosome. Other repeat sequences are found within the
element itself. The most conspicuous of these are at the ends, where an 11-nucleotide-pair
sequence at one end is repeated in the opposite orientation at the other end. These inverted
terminal repeats are thought to play an important role in transposition.
Jagung keluarga Ac / Ds, awalnya ditemukan oleh McClintock, terdiri dari banyak
elemen yang tersebar di seluruh genom. Studi molekuler telah menunjukkan bahwa elemen
otonom fungsional, Ac, terdiri dari 4563 pasangan nukleotida yang terikat oleh pengulangan
langsung pasangan 8-nukleotida (gambar 9.14 a). pengulangan langsung ini dibuat pada saat
elemen memasukkan ke dalam situs pada kromosom. Urutan pengulangan lainnya ditemukan
dalam elemen itu sendiri. Yang paling mencolok dari ini adalah di ujung, di mana urutan 11-
nukleotida-pasangan di satu ujung diulang dalam orientasi yang berlawanan di ujung lainnya.
Pengulangan terminal terbalik ini dianggap memainkan peran penting dalam transposisi.
All the Ac elements in the maize genome appear to be structurally similar, if not
identical. This is not the case with the Ds elements, in which considerable structural
heterogeneity has been observed. One class of Ds elements is derived from Ac elements by
deletions of internal sequence. Figure 9.14b gives some examples. Another class possesses
the characteristic inverted terminal repeat sequence of Ac, as well as some of the subterminal
sequence, but the remainder of the DNA is different (figure 9.14c). these unusual members of
the Ac/Ds family are called aberrant Ds elements. A third class of Ds elements is
characterized by a peculiar piggybacking arrangement (Fig 9.14d). one Ds element is inserted
into another, but in an inverted orientation. It has been shown that these double Ds elements
are responsible for chromosome breakage.
Semua elemen Ac dalam genom jagung tampaknya secara struktural serupa, jika tidak
identik. Ini tidak terjadi dengan elemen Ds, di mana heterogenitas struktural yang cukup telah
diamati. Satu kelas elemen Ds berasal dari elemen Ac dengan penghapusan urutan internal.
Gambar 9.14b memberikan beberapa contoh. Kelas lain memiliki karakteristik urutan
sekuens terminal terbalik terbalik, serta beberapa urutan subterminal, tetapi sisa DNA
berbeda (gambar 9.14c). anggota keluarga Ac / D yang tidak biasa ini disebut elemen D yang
menyimpang. Kelas ketiga elemen Ds ditandai oleh pengaturan piggybacking yang aneh
(Gambar 9.14d). satu elemen Ds dimasukkan ke elemen lain, tetapi dalam orientasi terbalik.
Telah ditunjukkan bahwa elemen Ds ganda ini bertanggung jawab atas kerusakan kromosom.
The activating function of Ac elements is associated with a protein that they
synthesize. Since this protein is involved in transposition, it is sometimes called the
transposase of the Ac/Ds family. Deletions or mutation in the gene that encodes this protein
abolish the activating signal and explain why Ds elements, which have such lesions, cannot
activate themselves. However, since this transposase is diffusable, a single Ac element can
provide it to all the ac and Ds elements in the, genome (see rig. 9.3). we therefore say that the
Ac of Ds transposases is trans acting.
Fungsi aktivasi elemen Ac dikaitkan dengan protein yang disintesis. Karena protein
ini terlibat dalam transposisi, kadang-kadang disebut transposase dari keluarga Ac / Ds.
Penghapusan atau mutasi pada gen yang mengkode protein ini menghapuskan sinyal
pengaktif dan menjelaskan mengapa elemen-elemen Ds, yang memiliki lesi seperti itu, tidak
dapat mengaktivasi dirinya sendiri. Namun, karena transposase ini dapat difus, elemen Ac
tunggal dapat menyediakannya untuk semua elemen ac dan Ds dalam genom (lihat rig. 9.3).
oleh karena itu kami mengatakan bahwa transposase Ac of Ds adalah trans acting.
Genetic analysis has provided some information about the mechanism whereby Ac
(and presumably Ds) elements transpose. After an Ac element has been replicated as part of
the DNA in a chromosome, it can excise from its position and move to a new one, usually
nearby. The situation is diagrammed in Fig 9.15 The line represents a chromosome in the
process of replication. Once the replication fork has passed over the .bout the mechanism
whereb Ac (and presumably Ac element, a copy of that element can transpose to a site ahead
of the replication fork When the replication process is finished, there will be two sister
chromatids one with a single copy of Ac (in the new location only) say th.t the AciDs
response is traris anlig and one with two copies (one in the new locationa one in the old).
Notice that in this process, the Ac element does not replicate itself during transposition rather,
it is copied by the normal replication machin ery before and after movement. For this reason,
the actual transposition of an Ac element is considered to be nonreplicative.
Analisis genetik telah memberikan beberapa informasi tentang mekanisme dimana
unsur-unsur Ac (dan mungkin Ds) berubah. Setelah elemen Ac telah direplikasi sebagai
bagian dari DNA dalam kromosom, ia dapat keluar dari posisinya dan pindah ke yang baru,
biasanya di dekatnya. Situasi ini digambarkan pada Gambar 9.15. Garis mewakili kromosom
dalam proses replikasi. Setelah garpu replikasi melewati .tentang mekanisme di mana elemen
Ac (dan mungkin elemen Ac, salinan elemen itu dapat dipindahkan ke situs sebelum garpu
replikasi. Ketika proses replikasi selesai, akan ada dua saudara perempuan kromatid dengan
satu salinan Ac (di lokasi baru saja) mengatakan bahwa respons Aci adalah traris anlig dan
satu dengan dua salinan (satu di lokasi baru dan satu di yang lama). Perhatikan bahwa dalam
proses ini, elemen Ac tidak mereplikasi dirinya sendiri selama transposisi, itu disalin oleh
mesin replikasi normal sebelum dan sesudah gerakan.Untuk alasan ini, transposisi aktual dari
elemen Ac dianggap tidak replikasi.Efm

Spm and dspm Elements

Another maize transposon family discovered by Mo Clintock is the Suppressor

mutator family (Fig 9.16) In this family, the autonomous element is calied Spr Transposition
of one copy of Ac and the nonautonomous elements are called dSpm ("d" stands for deleted
or defective). Spm elements are 8287 nucleotide-pairs long, including 13-nucleotide
Completion ofpair inverted terminal repeats. When they insert into a DNA replication
chromosome, they create a 3-nucleotide-pair target site duplication. The dspm elements are
smalier than the Spm elements because part of the DNA sequence has been deleted. These
deletions disrupt the function of a gene carried by complete Spm elements and therefore
prevent the synthesis of the gene's product. Since this product is necessary for transposition,
deleted dSpm elements are unabie to stimulate their own movement.
Spm dan dspm
Keluarga transposon jagung lain yang ditemukan oleh Mo Clintock adalah keluarga
mutator Suppressor (Gbr 9.16) Dalam keluarga ini, elemen otonom disebut-sebut Spr
Transposisi dari satu salinan Ac dan elemen-elemen yang tidak otonom disebut dSpm ("d"
singkatan dihapus atau rusak). Spm elem Panjangnya adalah 8287 pasangan nukleotida,
termasuk 13-nukleotida Penyelesaian pasangan terminal terbalik berulang. Ketika mereka
memasukkan ke dalam kromosom replikasi DNA, mereka membuat duplikasi situs target 3-
nukleotida. Elemen-elemen dspm lebih smalier daripada elemen-elemen Spm karena bagian
dari sekuens DNA telah dihapus. Penghapusan ini mengganggu fungsi gen yang dibawa oleh
elemen Spm lengkap dan karena itu mencegah sintesis produk gen. Karena produk ini
diperlukan untuk transposisi, elemen dSpm yang dihapus tidak dapat digunakan untuk
merangsang gerakan mereka sendiri.
The Spm family was named because its elements can suppress the function of genes
into which they have transposed. This occurs when an inserted dspm elemer: interacts with an
Spm element located elsewhere in the genome Figure 9 17 shows an example in which a
dSpm element has insented into one of the genes controlling pigmentation in the kernel.
Notice that although the dSpm insertion reduces the expression of this gene, it does not
abolish it completely. However, when an autonomous Spm elements introduced into the
genome the expression of the, pigmentation gene is completely inhibited in most of the
kernel. This indicates the "suppressor" action of dSpm element. In addition, this element
stimulates the excision of the dspm element in some of the cells, leading to clones in which
gene function is partially restored. These clones, which are recognized by their moderate to
heavy pigmentation, demonstrate the transacting, "mutator function of the Spm element.
Keluarga Spm dinamai karena unsur-unsurnya dapat menekan fungsi gen di mana
mereka telah berubah. Ini terjadi ketika elsp dspm yang disisipkan: berinteraksi dengan
elemen Spm yang terletak di tempat lain dalam genom Gambar 9 17 menunjukkan contoh di
mana elemen dSpm telah berinsentasi ke dalam salah satu gen yang mengendalikan
pigmentasi dalam kernel. Perhatikan bahwa meskipun penyisipan dSpm mengurangi ekspresi
gen ini, ia tidak menghapusnya sepenuhnya. Namun, ketika unsur-unsur Spm otonom
dimasukkan ke dalam genom ekspresi, gen pigmentasi sepenuhnya dihambat di sebagian
besar kernel. Ini menunjukkan aksi "penekan" elemen dSpm. Selain itu, elemen ini
merangsang eksisi elemen dspm di beberapa sel, yang mengarah ke klon di mana fungsi gen
sebagian dikembalikan. Klon-klon ini, yang dikenali dari pigmentasi sedang hingga beratnya,
menunjukkan fungsi mutator yang bertransaksi, dari elemen Spm.
Recently, biochemical analysis has indicated that the activity of Ac and Spm elements
is controlled by the methylation of selected nucleotides in the DNA se quence. Research on
this phenomenon is currently under way and may lead to a deeper undersanding of the
mechanisms that regulate the behavior of these transposable element families.
Baru-baru ini, analisis biokimia menunjukkan bahwa aktivitas unsur-unsur Ac dan
Spm dikendalikan oleh metilasi nukleotida yang dipilih dalam DNA. Penelitian tentang
fenomena ini saat ini sedang berlangsung dan mungkin mengarah pada pemahaman yang
lebih dalam tentang mekanisme yang mengatur perilaku keluarga elemen transposabel ini.
Drosophila Transposons
 Transposable elements have been discovered in many animals, but some of the best
information comes from studies with Drosopbila, in which as much as 15 percent of the DNA
is mobile. Several classes of Drosophila transposons have been identitied.
Transposon Drosophila
Elemen transposabel telah ditemukan pada banyak hewan, tetapi beberapa informasi
terbaik berasal dari studi dengan Drosopbila, di mana sebanyak 15 persen dari DNA
bergerak. Beberapa kelas transposon Drosophila telah diidentifikasi.
Retrotransposon
The largest group of Drosopbila transposons comprises the retroviruslike elements, or
retrotransposons. These elements are 5000 to 15,000 nucleotide-pairs long and resemble the
integrated forms of retroviruses, much like the TY elements of yeast. Each retrotransposon is
demarcated at either end by a long terminai repeat sequence, or LTR, that may contain a few
hundred nucleotide-pairs. Both of the LTRs are oriented in the same direction. In addition,
the LTRs are bounded by short repeat sequences that are oriented in opposite directions.
When a retrotransposon inserts into a chromosome, it creates a target site duplication, with
one copy on each side of the transposon. The size of this duplication is characteristic of each
retrotransposon family. For instance, the members of the copia family (Fig 9.18a) produce a
5- nucleotide pair duplication, whereas the members of the gypsi family () produce a 4-
nucleotide-pair duplication. Target site duplications are always oriented in the same direction.
Retrotransposon
Kelompok transposon Drosopbila terbesar terdiri dari unsur-unsur seperti retrovirus,
atau retrotransposon. Unsur-unsur ini adalah 5000 hingga 15.000 nukleotida-pasangan.
panjang dan menyerupai bentuk retrovirus yang terintegrasi, sangat mirip dengan eleme TY
ragi. Setiap retrotransposon dibatasi pada kedua ujungnya dengan urutan pengulangan
terminai panjang, atau LTR, yang mungkin mengandung beberapa ratus pasangan nukleotida.
Kedua LTR berorientasi pada arah yang sama. Selain itu, LTR dibatasi oleh urutan
pengulangan pendek yang berorientasi pada arah yang berlawanan. Ketika retrotransposon
memasukkan ke dalam kromosom, ia menciptakan duplikasi situs target, dengan satu salinan
di setiap sisi transposon. Ukuran duplikasi ini adalah karakteristik dari masing-masing
keluarga retrotransposon. Sebagai contoh, anggota keluarga copia (Gambar 9.18a)
menghasilkan duplikasi pasangan 5- nukleotida, sedangkan anggota keluarga gipsi ()
menghasilkan duplikasi pasangan 4-nukleotida. Duplikasi situs target selalu berorientasi pada
arah yang sama.
 It is not clear how many different retrotranspososn family exist in Drosophila, but
probably there are not more than 30. Studies with different strains indicate that the size of
each family varies. For example, some drosophila strains have only a few gyps elements,
whereas others have more than 100. Moreover, these elements may be scattered all over the
genome, occupying different positions in different strains. Much of this variation is probably
random, but some researchers have speculated that the number of elements in a
retrotranspososns family might be regulated.
Tidak jelas berapa banyak keluarga retrotranspososn yang berbeda ada di Drosophila,
tetapi mungkin tidak lebih dari 30. Penelitian dengan strain yang berbeda menunjukkan
bahwa ukuran setiap keluarga bervariasi. Sebagai contoh, beberapa strain drosophila hanya
memiliki beberapa elemen gyps, sedangkan yang lain memiliki lebih dari 100. Selain itu,
elemen-elemen ini dapat tersebar di seluruh genom, menempati posisi yang berbeda dalam
strain yang berbeda. Sebagian besar variasi ini mungkin acak, tetapi beberapa peneliti
berspekulasi bahwa jumlah elemen dalam keluarga retrotransposisi mungkin diatur.
Retrotranspososns are responsible for many of the mutations of classic drosophila
genetic. Fig 9.19 shows four alleles of the X-linked white locus that are due to
retrotransposons insertions. In one case, the expression of the locus is essentially abolished,
whereas in the other it is merely reduced from wild type levels. Although most of the
retrotransposons insertion mutation in drosophila are stable, a few revertants have been
observed. For instance, a gypsy insertion mutation of the cut wings locus sometimes reverts
to wild type. Reversions of this allele are apparently associated with the excision of the gyps
element.
Retrotranspososis bertanggung jawab atas banyak mutasi genetik drosophila klasik.
Gambar 9.19 menunjukkan empat alel lokus putih terkait-X yang disebabkan oleh
pemasangan retrotransposon. Dalam satu kasus, ekspresi lokus pada dasarnya dihapuskan,
sedangkan yang lain hanya dikurangi dari tingkat tipe liar. Meskipun sebagian besar mutasi
penyisipan retrotransposon dalam drosophila stabil, beberapa revertant telah diamati.
Misalnya, mutasi penyisipan gipsi dari lokus sayap potong kadang-kadang kembali ke tipe
liar. Reversi alel ini tampaknya terkait dengan eksisi elemen gip.
As with the Ty elements of yeast, transposition of the drosophila retrotranspososn
seems to involve an RNA intermediate. The detailed mechanism is not known, but it is
thought to resemble the process of retroviral infection. In some cases, there is evidence for
the formation of virus like particles, but to date no one as demonstrated that these are able to
leave one cell and enter another one.
 Seperti halnya unsur-unsur Ty dari ragi, transposisi dari retrosranspososn drosophila
tampaknya melibatkan zat antara RNA. Mekanisme terperinci tidak diketahui, tetapi
diperkirakan menyerupai proses infeksi retroviral. Dalam beberapa kasus, ada bukti untuk
pembentukan virus seperti partikel, tetapi sampai saat ini tidak ada yang menunjukkan bahwa
ini dapat meninggalkan satu sel dan memasuki sel lain.

P Elements and Hybrid Dysgenesis

Some of the most extensive research on Drosophila transposons has focused on the members
of the P element family (Fig 9.20). These small transposons terminate in 31-nucleptide pair
inverted repeats and are flanked by 8-nucleotide-pair target site duplications.
Elemen P dan Disgenesis Hibrida
Beberapa penelitian paling luas tentang transposon Drosophila berfokus pada anggota
keluarga unsur P (Gambar 9.20). Transposon kecil ini berakhir pada 31-nukleotida pasangan
terbalik berulang dan diapit oleh duplikasi situs target 8-nukleotida-pasangan.

The members of the P element family vary in size. The largest elements are 2907 nucleotide
pairs long, including the terminal inverted repeats but excluding the target site duplications.
These complete elements autonomously mobile because they carry a gene. When this protein
attaches to the element, it can move the element to another position in the genome. Other P
elements are structurally incomplete (Fig 9.20b). Although such elements lack the ability to
produce the transposase, they do possess the tenminal and subterminal sequences that are
needed for transposition. Consequently, these elements can be mobilized if a transposase
producing element is present somewhere in the genome.
Anggota keluarga elemen P bervariasi dalam ukuran. Elemen terbesar adalah 2907 pasangan
nukleotida panjang, termasuk terminal berulang berulang tetapi tidak termasuk duplikasi situs
target. Elemen-elemen lengkap ini bergerak secara mandiri karena mengandung gen. Ketika
protein ini menempel pada elemen, ia dapat memindahkan elemen ke posisi lain dalam
genom. Elemen P lainnya secara struktural tidak lengkap (Gambar 9.20b). Meskipun unsur-
unsur tersebut tidak memiliki kemampuan untuk menghasilkan transposase, mereka memang
memiliki urutan tenminal dan subterminal yang diperlukan untuk transposisi. Akibatnya,
elemen-elemen ini dapat dimobilisasi jika elemen penghasil transposase ada di suatu tempat
dalam genom.
Surveys of natural populations of Drosopilha have demonstrated that there is considerable
variation in the number of P elements present in the genome. Some flies have as many as 50,
whereas others have only a few. Perhaps the most suprising discovery is that flies derived
from strains captured before 1950 have no P elements at all. Detailed studies have suggested
that these empty strains represent the primitive condition, and that P elernents have invaded
natural populations of Drosophila during recent times. In this context, it is interesting to note
that the closest relatives of D melanogaster have preserved the empty condition, whereas
other, more distantly related species have acquired P elements. At the present time, it is not
possible to say how these elements were introduced into so many difierent Drosophila
species. however, some rescarchers have speculated that they gained entry by hitchhiking on
viruses that naturally infect Drosophila. Such a process would be analogous to the
transduction of E coli cells by a bacteriophage that carried an IS element.
Survei populasi alami Drosopilha telah menunjukkan bahwa ada variasi yang cukup besar
dalam jumlah elemen P yang ada dalam genom. Beberapa lalat memiliki sebanyak 50,
sedangkan yang lain hanya memiliki beberapa. Mungkin penemuan yang paling mengejutkan
adalah bahwa lalat yang berasal dari strain yang ditangkap sebelum tahun 1950 tidak
memiliki unsur P sama sekali. Studi terperinci menunjukkan bahwa galur kosong ini
mewakili kondisi primitif, dan elenen P telah menginvasi populasi alami Drosophila selama
beberapa waktu terakhir. Dalam konteks ini, menarik untuk dicatat bahwa kerabat terdekat D
melanogaster telah mempertahankan kondisi kosong, sedangkan spesies lain yang lebih jauh
yang terkait telah memperoleh unsur P. Pada saat ini, tidak mungkin untuk mengatakan
bagaimana unsur-unsur ini dimasukkan ke dalam banyak spesies Drosophila yang berbeda.
namun, beberapa penyelidik berspekulasi bahwa mereka memperoleh entri dengan
menumpang virus yang secara alami menginfeksi Drosophila. Proses seperti itu akan
dianalogikan dengan transduksi sel E coli oleh bakteriofag yang membawa elemen IS.
Populations of Drosophila that possess P elements have evolved mechanisms to regulate their
movement. In some strains, this regulation depends on a maternally inherited property called
the P cytotype. Drosophila with this condition repress P element movement more or less
completely. This can be seen by crossing P cytotype flies with flies that have neither P
elements not the ability to regulate P element movement (Fig 9.21). This absence of
regulatory ability is called the M cytorype. Hybrids derived from a cross between P cytoype
females and M cytorype males inherit P elements from their mothers, however, since they
also inherit the P cytooype through the maternal cytoplasm, the movement of these elements
is repressed. This is not the case with hybrids from the reciprocal cross, P cytorype x M
cytotype . Such hybrids do not inherit the P cytoype even though they do inherit P elements
from their fathers. Consequently, the P elements present in these hybrids transpose freely,
leading to a syndrome of genetic abnormalities called P-M hybrid dysgenesis. This includes
high mutation and chromosome breakage, aberrant chromosome segreration, and, in extreme
cases, faulty development of the gonads. This last condition may cause the hybrid fly to be
sterile. Given the damage that can be caused by extensive P element movement, it may seen
suprising that P x M crosses produce any viable progeny at all. However, the progeny of
these crosses are reasonably healthy because P element movement is confined to the cells of
the germ line. ln the somatic tissues, where the mobilization of P elements would certainly
cause vesy serious problems, there is little, if any, transposition. This selective inhibition of
transposition occurs because the transposase gene that is carried by complete P elements
cannot be expressed in sormatic tissues. Current research in several laboratories is attempting
to determine why this is so.
Populasi Drosophila yang memiliki elemen P telah mengembangkan mekanisme untuk
mengatur pergerakan mereka. Dalam beberapa strain, peraturan ini tergantung pada sifat yang
diturunkan secara maternal yang disebut sitotipe P. Drosophila dengan kondisi ini menekan
gerakan elemen P kurang lebih sepenuhnya. Hal ini dapat dilihat dengan memotong lalat
sitotipe P dengan lalat yang tidak memiliki elemen P yang tidak memiliki kemampuan untuk
mengatur pergerakan elemen P (Gambar 9.21). Tidak adanya kemampuan pengaturan ini
disebut cytorype M. Hibrida yang berasal dari persilangan antara betina Pytoype dan jantan
sittorpe M mewarisi unsur P dari ibu mereka, namun, karena mereka juga mewarisi P
cytooype melalui sitoplasma ibu, pergerakan unsur-unsur ini ditekan. Ini bukan kasus dengan
hibrida dari pasangan resiprokal, sitotipe P sitotipe M. Hibrida semacam itu tidak mewarisi
Pytoype meskipun mereka mewarisi unsur P dari ayah mereka. Akibatnya, unsur-unsur P
yang ada dalam hibrida ini berubah secara bebas, yang mengarah ke sindrom kelainan genetik
yang disebut disgenesis hibrida P-M. Ini termasuk mutasi tinggi dan kerusakan kromosom,
segrerasi kromosom menyimpang, dan, dalam kasus ekstrim, perkembangan yang salah dari
gonad. Kondisi terakhir ini dapat menyebabkan lalat hibrida menjadi steril. Mengingat
kerusakan yang dapat disebabkan oleh pergerakan elemen P yang luas, mungkin terlihat
mengejutkan bahwa persilangan P x M menghasilkan keturunan yang layak sama sekali.
Namun, keturunan dari persilangan ini cukup sehat karena pergerakan elemen P terbatas pada
sel-sel garis kuman. Pada jaringan somatik, di mana mobilisasi unsur P pasti akan
menyebabkan masalah serius, ada sedikit, jika ada, transposisi. Penghambatan transposisi
selektif ini terjadi karena gen transposase yang dibawa oleh elemen P lengkap tidak dapat
diekspresikan dalam jaringan sormatik. Penelitian saat ini di beberapa laboratorium sedang
mencoba untuk menentukan mengapa demikian
Figure 9.21 P element -mediated hybrid dysgenesis in Drasophila. P element acivity is
repressed by a cellular state called the P cytorype. Since thi state is maternally inherited, the
hybrid progeny of crosses between P cytorype females and M cytotype males do not
experience much P element movement. However, the progeny of P cytotype males and M
cytotype females do not inherit the P cytotype so they experience considerable P element
activity. This activity leads to a syndrome of genetic abnormalities called hybrid dysgenesis.
Gambar 9.21 Disgenesis hibrida yang dipediasi elemen P dalam Drasophila. Akivitas elemen
P ditekan oleh keadaan seluler yang disebut cytorype P. Karena keadaan ini diturunkan secara
maternal, keturunan hibrida dari persilangan antara betina tipe P betina dan jantan sitotipe M
tidak mengalami banyak pergerakan elemen P. Namun, keturunan dari P sitotipe jantan dan
betina M sitotipe M tidak mewarisi sitotipe P sehingga mereka mengalami aktivitas unsur P
yang cukup besar. Aktivitas ini mengarah ke sindrom kelainan genetik yang disebut hybrid
dysgenesis.

THE GENETIC AND EVOLUTIONARY SIGNIFICANCE OF TRANSPOSBLE

ELEMENTS
SIGNIFIKANSI GENETIK DAN EVOLUSIONER TERHADAP UNSUR TRANSPOSBLE
Mutation and Chromosome Breakage
Mutasi dan Kerusakan Kromosom
There is little doubt that transposable elements are mutations in a wide variety of organisms.
The best evidence for this comes from Drosopbhila, in which many mutant alleles have been
shown to involve transposon insertions. However, experimental work with different kinds of
transposable elements suggests that the occurrence of an insertion mutation is still a rather
rare event, possibly because many transposon families are stringently regulated. When this
regulation is upset, a burst of transposition may occur, causing many mutations
simultaneously. This is apparently what happens when P elements are mobilized in dysgenic
hybrids of Drosophila.
Ada sedikit keraguan bahwa unsur-unsur transposable adalah mutasi dalam berbagai
organisme. Bukti terbaik untuk ini berasal dari Drosopbhila, di mana banyak alel mutan telah
terbukti melibatkan penyisipan transposon. Namun, penelitian eksperimental dengan berbagai
jenis elemen transposable menunjukkan bahwa terjadinya mutasi penyisipan masih
merupakan peristiwa yang agak langka, mungkin karena banyak keluarga transposon diatur
secara ketat. Ketika peraturan ini terganggu, ledakan transposisi dapat terjadi, menyebabkan
banyak mutasi secara bersamaan. Inilah yang tampaknya terjadi ketika unsur-unsur P
dimobilisasi dalam hibrida Drosophila yang disgenik.
Transposable elements also produce chromosome breakage. This is demonstrated by the
behavior of the double Ds elements in maize and by the P elements in Drosophila. In both
cases, breaks can lead to the loss or rearrangement of chromosomal material. A full
discussion of these structural aberrations is presented in Chapters 18 and 19.
Unsur transposabel juga menghasilkan kerusakan kromosom. Ini ditunjukkan oleh perilaku
unsur Ds ganda pada jagung dan oleh unsur P di Drosophila. Dalam kedua kasus, istirahat
dapat menyebabkan hilangnya atau penataan ulang bahan kromosom. Diskusi lengkap
tentang penyimpangan struktural ini disajikan dalam Bab 18 dan 19.
Sometimes, transposable elements mediate recombination events between DNA molecules.
One example is the IS mediated insertion of" plasmids into the E coli chromosome. Another
is the structural rearrangement of X chromosomes in Drosophila following recombination
between homologous trans that are located in different positions. J. K. Lim has found that one
family of transposable elements (called bobo) apparently mediates these events, leading to
the deletion or inversion of large segments of the chromosome. This and other findings
suggest that transposons may play an important role in the evolution of chromosome
structure.
Terkadang, elemen transposable memediasi peristiwa rekombinasi antara molekul DNA.
Salah satu contoh adalah insersi yang dimediasi oleh IS dari "plasmid ke dalam kromosom E
coli. Yang lain adalah penataan ulang struktur kromosom X di Drosophila setelah
rekombinasi antara trans homolog yang terletak di posisi yang berbeda. JK Lim telah
menemukan bahwa satu keluarga elemen transposable (disebut bobo) rupanya menengahi
peristiwa ini, yang mengarah ke penghapusan atau inversi segmen kromosom yang besar.
Temuan ini dan lainnya menunjukkan bahwa transposon mungkin memainkan peran penting
dalam evolusi struktur kromosom.
Use in Genetic Analysis
Menggunakan dalam Analisis Genetik
The natural ability of transposable elements to cause mutations has been harnessed in the
laboratory. In several organisms, it is now feasible to stimulate the transposition of a
particular family of elements thereby increasing the natural mutation rate. This procedure has
an advantage over traditional methods of including muations (see Chapter 11) because a
transposable inserting into a gene can serve as a landmark for more detailed studies. This
feature is best seen, in Drosophila, in which the technique of in situ hybridization can be used
to locate the site of a transposon insertion. In this technique, radioactively labeled transposon
sequences are made single stranded and then hybridized to single stranded DNA in the giant
chromosomes of the salivary glands. The hybridization reaction takes place on the surface of
a microscope slide, where the chromosomes have been spread by squashing dissected glands.
When the hybridization reaction is completed, the location of the radioactive sequences can
be determined by autoradiography. Figure 9.22 shows typical result. The chromesomes in this
squash were hybridized with a gypsy element sequence, autoradiographed, and stained. Each
of the dark spots in Fig 9.22 indicates where the radioactive gypsy sequences have hybridized
with the chromosomal DNA. These spots therefore identify the chromosomal sites that
contain gypsy elements.
Kemampuan alami elemen transposable untuk menyebabkan mutasi telah dimanfaatkan di
laboratorium. Dalam beberapa organisme, sekarang layak untuk merangsang transposisi
sekumpulan unsur tertentu sehingga meningkatkan laju mutasi alami. Prosedur ini memiliki
keunggulan dibandingkan metode tradisional untuk memasukkan muasi (lihat Bab 11) karena
memasukkan transposable ke dalam gen dapat berfungsi sebagai tengara untuk studi yang
lebih rinci. Fitur ini paling baik dilihat, di Drosophila, di mana teknik hibridisasi in situ dapat
digunakan untuk menemukan lokasi penyisipan transposon. Dalam teknik ini, urutan
transposon berlabel radioaktif dibuat untai tunggal dan kemudian hibridisasi menjadi DNA
untai tunggal dalam kromosom raksasa kelenjar ludah. Reaksi hibridisasi terjadi pada
permukaan slide mikroskop, di mana kromosom telah menyebar dengan menekan kelenjar
yang dibedah. Ketika reaksi hibridisasi selesai, lokasi sekuens radioaktif dapat ditentukan
dengan autoradiografi. Gambar 9.22 menunjukkan hasil yang khas. Kromesom dalam labu ini
dipibridisasi dengan urutan elemen gipsi, autoradiograf, dan diwarnai. Setiap bintik hitam
pada Gambar 9.22 menunjukkan di mana sekuens gipsi radioaktif telah berhibridisasi dengan
DNA kromosom. Bintik-bintik ini karena itu mengidentifikasi situs kromosom yang
mengandung unsur gipsi.
Genes that have been mutated by the insertion of a transposable element are said to have been
tagged. This word is used deliberately to convey the sense that the gene can be readily
identified. When used together with gene cloning and colony or plaque hybridization
procedures (Chapter 13), transposon tagging provides an extraordinarily useful way of
identifying gene se quences in large, heterogeneous mixtures of DNA. It is therefore a
standard technique in genetic engineering.
Gen yang telah dimutasi oleh penyisipan elemen transposabel dikatakan telah ditandai. Kata
ini digunakan dengan sengaja untuk menyampaikan pengertian bahwa gen dapat dengan
mudah diidentifikasi. Ketika digunakan bersama dengan prosedur kloning gen dan koloni
atau hibridisasi plak (Bab 13), penandaan transposon memberikan cara yang sangat berguna
untuk mengidentifikasi urutan gen dalam campuran DNA yang besar dan heterogen karena
itu teknik standar dalam rekayasa genetika.
Transposable elements are also useful in the genetic transformation of higher organisms.
Chapter 8 discussed how bacteria can be transformed by the physical incorporation of DNA
fragments. The cells of higher organisms can also be transformed, but the frequency of
transformation is significantly increased if the DNA fragments are inserted into transposable
elements. Perhaps the most suphisticated system has been developed by using the P elements
of Drosophila (Fiyg 9.23). In this system, a nonautonomous element serves as the
transformation vector and a complete element serves as the source of the transposase that is
needed to insen the vector into the chromosomes of a Drosophila cell. Practically any DNA
sequence can be placed into the vector element (the term vector comes from the Latin word
for "carrier" and is used because the vector element carries a nonhomologous sequence of
DNA). The only concern in constructing the vector is to preserve the terminal and
subterminal sequences of the P element that are needed for transposition. In a typical
experiment, a mixture of the vector and complete elements is injected into very young
Drosophila embryos. If the injection is not too traumatic, the embryos will survive and
develop into healthy, fertile adults. During development, there is a chance that transposase
from the complete element will catalyze the insertion of the vector element into one of the
Drosophila chromosomes. If this event occurs in a cell that eventually gives rise to part of the
adult germ line, the vector element may be passed on to the next generation, producing
genetically transformed progeny. Using this technique, hundreds of Drosophila have been
transformed, some carrying DNA from other organisms. Other aspects of the process of P
element-mediated transformation are discussed in Chapter 24.
Elemen-elemen yang dapat dipindahkan juga berguna dalam transformasi genetik organisme
yang lebih tinggi. Bab 8 membahas bagaimana bakteri dapat diubah oleh penggabungan fisik
fragmen DNA. Sel-sel organisme yang lebih tinggi juga dapat ditransformasikan, tetapi
frekuensi transformasi meningkat secara signifikan jika fragmen DNA dimasukkan ke dalam
elemen transposable. Mungkin sistem yang paling canggih telah dikembangkan dengan
menggunakan elemen P Drosophila (Fiyg 9.23). Dalam sistem ini, elemen non-otonom
berfungsi sebagai vektor transformasi dan elemen lengkap berfungsi sebagai sumber
transposase yang diperlukan untuk memasukkan vektor ke dalam kromosom sel Drosophila.
Praktis setiap urutan DNA dapat ditempatkan ke dalam elemen vektor (vektor istilah berasal
dari kata Latin untuk "pembawa" dan digunakan karena elemen vektor membawa urutan
DNA yang tidak homologis). Satu-satunya perhatian dalam membangun vektor adalah untuk
menjaga urutan terminal dan subterminal elemen P yang diperlukan untuk transposisi. Dalam
percobaan yang khas, campuran vektor dan elemen lengkap disuntikkan ke dalam embrio
Drosophila yang sangat muda. Jika injeksi tidak terlalu traumatis, embrio akan bertahan
hidup dan berkembang menjadi orang dewasa yang sehat dan subur. Selama pengembangan,
ada kemungkinan transposase dari elemen lengkap akan mengkatalisasi penyisipan elemen
vektor ke dalam salah satu kromosom Drosophila. Jika peristiwa ini terjadi dalam sel yang
pada akhirnya menimbulkan bagian dari garis kuman dewasa, elemen vektor dapat diteruskan
ke generasi berikutnya, menghasilkan keturunan yang ditransformasikan secara genetis.
Dengan menggunakan teknik ini, ratusan Drosophila telah diubah, beberapa membawa DNA
dari organisme lain. Aspek-aspek lain dari proses transformasi yang dimediasi unsur-P
dibahas dalam Bab 24

Figure 9.22 In situ hybridization with gypsy transposon sequences. Radioactively labeled
gypsy DNA has been hybridized with DNA from the giant salivary gland chromosomes to
produce this autoradiogram. The darkened regions over the chromosomes indicate where the
gypsy sequences have bound to chromosomal DNA. Each darkened region therefore
identifies the location of gypsy elements in the chromosomes. (Photo courtesy of Fang-miin
Sheen, University of Minnesota.) Gambar 9.22 Hibridisasi in situ dengan sekuens transposon
gipsi. DNA gipsi berlabel radioaktif telah dipibridisasi dengan DNA dari kromosom kelenjar
ludah raksasa untuk menghasilkan autoradiogram ini. Daerah gelap di atas kromosom
menunjukkan di mana sekuens gipsi terikat dengan DNA kromosom. Setiap daerah yang
gelap karenanya mengidentifikasi lokasi elemen gipsi dalam kromosom. (Foto milik Fang-
miin Sheen, University of Minnesota.)

Figure 9.23 Genetic transformation of Drosophila by means of P element vectors. P element

sequences (yellow) are combined with a sequence of non-P DNA to produce a vector P
element. This element is then mixed with a complete P element and the mixture is injected
into Drosophila embryos to produce genetic transformants. The complete element furnishes
the transposase that is needed to insert the vector element into the chromosomes of an
embryo Gambar 9.23 Transformasi genetik Drosophila melalui vektor elemen P. Urutan
elemen P (kuning) dikombinasikan dengan urutan DNA non-P untuk menghasilkan elemen P
vektor. Elemen ini kemudian dicampur dengan elemen P lengkap dan campuran disuntikkan
ke dalam embrio Drosophila untuk menghasilkan transforman genetik. Elemen lengkap
melengkapi transposase yang diperlukan untuk memasukkan elemen vektor ke dalam
kromosom embrio
Evolutionary Issues
Masalah Evolusi
The widespread distribution of transposable elements suggests that they have played a role in
evolution. One hypothesis is that these elements are nature's tools for genetic engineering.
Their ability to copy, transpose and rearrange other DNA sequences, such as genes for
antibiotic resistançe, can be construed as a benefit for the organisms that carry them. In this
view, transposable elements have spread because they have given a selective advantage to
their carriers. Another hypothesis is that transposable elements have spread simply because
they have an ability to multiply independently of the normal replication machinery. This may
not be true for all transposons, but it probably applies to some of them, such as the bacterial
elements that transpose by a replicative mechanism. In this view trasposable elemenis are
little more than genomic parasites segments of DNA that replicate selfishly possibly even to
the detriment of their hosts
Distribusi luas unsur-unsur transposabel menunjukkan bahwa mereka telah memainkan peran
dalam evolusi. Satu hipotesis adalah bahwa unsur-unsur ini adalah alat alami untuk rekayasa
genetika. Kemampuan mereka untuk menyalin, mengubah posisi dan mengatur ulang urutan
DNA lainnya, seperti gen untuk resistensi antibiotik, dapat ditafsirkan sebagai manfaat bagi
organisme yang membawanya. Dalam pandangan ini, elemen transposable telah menyebar
karena mereka telah memberikan keuntungan selektif kepada operator mereka. Hipotesis lain
adalah bahwa elemen transposable telah menyebar hanya karena mereka memiliki
kemampuan untuk berkembang biak secara independen dari mesin replikasi normal. Ini
mungkin tidak berlaku untuk semua transposon, tetapi mungkin berlaku untuk beberapa
transposon, seperti elemen bakteri yang ditransposisikan oleh mekanisme replikasi. Dalam
pandangan ini elemenis yang dapat ditembus hanya sedikit lebih dari segmen parasit genom
DNA yang mereplikasi secara egois bahkan mungkin untuk merugikan inang mereka.
How might the first transposons have evolved N. Kleckner has suggested that a primordial
transposon might arise by the modification of a gene encoding an enzyme for the creation and
repair of DNA breaks. All that would be needed is for the enzyme to develop a modest degree
of specificity, perhaps by recognizing a particular DNA sequence of six or eight nucleotide
pairs. Such a sequence might occur by chance in inverted orientation on either side of the
gene, creating a situation in wich the gene's product could interact with each of these flanking
sequences. By "cutting and pasting the DNA, this modified enzyme could then transpose the
entire unit to a new position in the genome. Such a unit would therefore behave as a
primordial transposon.
Bagaimana transposon pertama dapat berevolusi N. Kleckner telah menyarankan bahwa
transposon primordial mungkin muncul dengan modifikasi gen yang mengkode enzim untuk
pembuatan dan perbaikan jeda DNA. Semua yang diperlukan adalah agar enzim
mengembangkan tingkat spesifisitas yang sedang, mungkin dengan mengenali sekuens DNA
tertentu dari enam atau delapan pasangan nukleotida. Urutan seperti itu mungkin terjadi
secara kebetulan dalam orientasi terbalik di kedua sisi gen, menciptakan situasi di mana
produk gen dapat berinteraksi dengan masing-masing urutan mengapit ini. Dengan
"memotong dan menempelkan DNA, enzim yang dimodifikasi ini kemudian dapat mengubah
seluruh unit ke posisi baru dalam genom. Karena itu, unit seperti itu akan berperilaku sebagai
transposon primordial.
Other questions concern the evolutionary relationship between retrotransposons, such as the
Ty elements of yeast, and full-fledged retroviruses. Collectively, these entities have been
referred to as retroelements. A. J. Kingsman and S.M. Kingsman have proposed that
retroviruses have developed from the simpler retrotransposons by the addition of a gene
(called env) that synthesizes a membrane protein. With this addition, the retroelement could
produce a particle capable of escaping from one cell and entering another one. Such a particle
would be infectious and would therefore provide the retroelement with the opportunity to
transpose between genomes as well as within them
Pertanyaan lain menyangkut hubungan evolusi antara retrotransposon, seperti elemen Ty ragi,
dan retrovirus lengkap. Secara kolektif, entitas-entitas ini telah disebut sebagai retroelements.
A. J. Kingsman dan S.M. Kingsman telah mengusulkan bahwa retrovirus telah berkembang
dari retrotransposon yang lebih sederhana dengan penambahan gen (disebut env) yang
mensintesis protein membran. Dengan penambahan ini, elemen retro dapat menghasilkan
partikel yang mampu keluar dari satu sel dan memasuki sel lainnya. Partikel seperti itu akan
menjadi infeksius dan karenanya akan memberikan retroelement kesempatan untuk transpos
antara genom serta di dalamnya