Nieco matematyki 1

Wykład 8 Częstość występowania (prawdopodobieństwo), gdzie n – liczba

wystąpień np. danej cechy, N – liczebność populacji.
n
p
N
Prawdopodobieństwa zdarzeń wykluczających się sumują się,
prawdopodobieństwo jednoczesnego wystąpienia zdarzeń niezależnych jest
iloczynem częstości występowania tych zdarzeń.
Średnia: Wariancja Odchylenie standardowe:
Genetyka populacji x  (x  x) 2
 (x  x) 2
x i
V s 2
 i
s i

n n 1 n 1

Nieco matematyki 2 Nieco matematyki 3

Krzyżując ze sobą kwiaty czerwone (cecha dominująca) z białymi (cecha
c2
Test służy do sprawdzania hipotez, czyli testowania zgodności recesywna) w drugim pokoleniu (F2) dostajemy 63 kwiaty czerwone i 37
otrzymanych wyników (Oi) z ich wartościami oczekiwanymi (Ei). białych. Czy proporcja taka jest prawidłowa, czy jest to błąd próby?
Oi  Ei 2 63  752  37  252  1,92  5,76  7,68
c2   c2 
Ei 75 25
P + Ponieważ dane dotyczą n=2 kategorii, więc ilość
Wyliczona wartość c2 pozwala na określenie poziomu istotności hipotezy.
AA aa stopni swobody w badanym problemie wynosi
Poziom istotności określa się (korzystając z tablic rozkładu c2) znając
p.d.=n-1=1. Z tabeli rozkładu wynika, że poziom
wartość c2 oraz ilość stopni swobody badanego problemu.
istotności p zawiera się w przedziale
Ilość stopni swobody to ilość kategorii występujących w danym problemie F1 + 0,01>p>0,005. Oznacza to, że stosunek 63:37
pomniejszona o 1 (p.d.=n-1). Dla n alleli z jednego locus p.d.=(n2-n)/2. Aa Aa nie pasuje do zakładanego 3:1.
Poziom istotności oznacza prawdopodobieństwo popełnienia błędu Zakładając, że wystąpienie koloru czerwonego
F2
(odrzucenia hipotezy zerowej wtedy, gdy jest ona prawdziwa.). wymaga współpracy dwóch genów, jako hipotezę
AA Aa Aa aa
przyjmujemy stosunek 9:7.
3: 1
c2 
63  56,252  37  43,752  0,81  1,04  1,85
56,25 43,75
Wówczas 0,2>p>0,05 i hipoteza jest prawdziwa.

Genetyka populacji i ewolucja Podstawy teorii Drawina

Genetyka populacji (populacyjna): badanie Założenia:

częstotliwości występowania alleli w populacji. - Liczba potomstwa danego gatunku może być potencjalnie
nieograniczona
Ewolucja: zmiany częstotliwości występowania alleli w - Wzrost populacji hamowany jest przez ograniczone zasoby
czasie. środowiska
- Między osobnikami istnieją różnice (decydujące o
Dobór naturalny: jeden z mechanizmów ewolucji, przystosowaniu)
organizmy lepiej przystosowane mają większe szanse Wnioski:
reprodukcyjne i swoje cechy przekazują większej ilości - Pomiędzy osobnikami danego gatunku istnieje walka o dostęp
organizmów potomnych. do zasobów
- Osobniki wygrywające konkurencję przekazują swoje cechy
potomstwu
- Cechy pomocne we współzawodnictwie stopniowo stają się
coraz częstsze w populacji.

1
 Modele doboru naturalnego
• Dobór stabilizujący: eliminuje
fenotypy odchodzące zbyt daleko od
optimum.
• Dobór kierunkowy: działa przeciwko
jednemu krańcowi zakresu
fenotypów i dąży w ten sposób do
Dobór płciowy
Ze względu na różnice pomiędzy płciami dobór na każdą z
płci może oddziaływać odmiennie.
Dobór wewnątrz płci: bezpośrednia konkurencja pomiędzy
osobnikami tej samej płci (najczęściej pomiędzy
populacja
wyjściowa

przesunięcia średniej wartości danej samcami o samice).

cechy (nowe optimum). Dobór
kierunkowy występuje przy dostosowanie
Dobór między płciami: konkurencja o osobniki przeciwnej
zmianach w środowisku i
współzawodnictwie z innymi płci.
gatunkami. populacja
po zadziałaniu
• Dobór rozrywający: działa przeciwko doboru
fenotypom średnim, faworyzuje
fenotypy skrajne. Może się rozwinąć fenotyp fenotyp fenotyp

np. jako różnica płci.

Samolubny gen Rozkład genów w populacji

Pula genowa: zbiór wszystkich alleli występujących w danej populacji
Genom osobników rozmnażających się płciowo jest (wyposażenie genowe).
rozrywany podczas gametogenezy i tylko fragmenty DNA Poszczególne osobniki posiadają allele wybrane losowo z puli
przekazywane są z pokolenia na pokolenie w stanie nie genowej.
zmienionym. Częstość występowania allela A w populacji osobników diploidalnych:
Koncepcja „samolubnego genu” zakłada, że ta część DNA n  2n AA
lub genomu, która może usprawnić przenoszenie kopii do p  Aa
2N
następnego pokolenia ma przewagę selekcyjną. Jeśli częstość występowania allela a oznaczyć jako q to:
Fragmenty DNA (transpozony), przemieszczające się z p  q 1
częstotliwością większą niż przy segregacji mendlowskiej Częstość występowania genotypu AA wynosi p2, genotypu aa – q2,
mają duże znaczenie w procesie doboru (zakłócenie zaś genotypu Aa – 2pq (kwadrat Punnet’a).
segregacji mejotycznej). A a
(p) (q)
Allele SD (segregation distorter) u Drosophila działają
przez niszczenie nasienia, które nie zawiera ich kopii.  p  q2  p2  2 pq  q2  1 A AA Aa
2
(p) (p ) (pq)
a Aa aa
2
(q) (pq) (q )

Prawo Hardy’ego-Weinberga Równowaga Hardy’ego-Weinberga 1

AA Aa aa A
W stabilnej populacji względne (q 2)
Nawet jeśli pewien allel uniemożliwia
(p 2) (2pq)
reprodukcję to na skutek mutacji nie a
stosunki różnych alleli znika on całkowicie z danej populacji AA
(genotypów, fenotypów) AA 4 2 2 3
lecz występuje z częstotliwością
pozostają stałe. 2
(p ) (p ) (2p q) (p q ) wynikającą z warunków równowagi
Hardy’ego-Weinberga. O istnieniu tego Aa
Populacja spełniająca prawo Aa 3
(2p q) (4p 2q 2) (2pq )
3 typu równowagi można mówić, gdy A
(2pq)
Hardy’ego-Weinberga jest w badana populacja jest odpowiednio
aa liczna a proces kojarzenia par jest Aa
równowadze H-W. 2
(q )
2 2
(p q ) (2pq ) (q )
3 4
losowy.

aa a
AA: p4 + 2p3q + p2q2 = p2(p2 + 2pq + q2)
Aa: 2p3q + 4p2q2 + 2pq3 = 2pq(p2 + 2pq + q2)
 p  q2  p2  2 pq  q2  1
homozygota aa eliminowana z populacji
aa: p2q2 + 2pq3 + q4 = q2(p2 + 2pq + q2)

2
Równowaga Hardy’ego-Weinberga
Dla allela recesywnego a (związanego z występowaniem choroby)
łatwe jest określenie częstości występowania homozygot aa, na ogól
jednak niemożliwe jest rozróżnienie fenotypowo normalnych
osobników heterozygotycznych Aa i homozygotycznych dominujących
AA. Częstość występowania takiego allela (q) można określić
zakładając, że zachodzi równowaga Hardy’ego-Weinberga.
q  q2
Przykład: około 1/2500=0,0004 osobników białej rasy rodzi się z
mukowiscydozą – są oni homozygotami pod względem nie działającego genu
kodującego białko transportujące jony chlorkowe (CFTR). Częstość
występowania tego allela wynosi zatem:
q  q 2  0,0004  0,02
Zmienność genetyczna
Przyczyną występowania zmienności genetycznej są wyłącznie
mutacje.
Mutacje milczące – nie dają widocznego efektu fenotypowego.
Synonimiczna zmiana kodonów (np. AAA na AAG, Liz) nie
powoduje zmiany w sekwencji białka. Zróżnicownie sekwencji może
wystąpić również w miejscach niekodujących, nie posiadających
również funkcji regulatorowych.
Mutacje null (zerowe) – powodują całkowitą utratę funkcji danego
genu. Mogą występować głównie przez delecję jak również przez
powstanie mutacji nonsensownej lub posiadającej przesuniętą
ramkę odczytu.
Mutacje neutralne – powodują nieznaczne zmiany (np. niektóre
mutacje punktowe), nie posiadające istotnego znaczenia. Mutację
uznaje się za neutralna jeśli dryf ma większy wpływ na jej
występowanie niż dobór.
Dryf genetyczny 1 Dryf genetyczny
Częstość występowania allelu nie jest stała i może ulegać drobnym
zmianom w kolejnych pokoleniach (fluktuacja). Takie zmiany mogą
kumulować się w kolejnych pokoleniach, co prowadzić może do
trwałej zmiany częstości występowania danego genu (dryfu
genetycznego).
Wariancja częstości dwóch typów allelu a wynosi:
pq
s2  0 0
2N
gdzie p0 i q0 są częstościami początkowymi
występowania dwóch typów allelu a N jest
liczebnością populacji. Po upływie t generacji
wariancja ta będzie wynosiła:

  1 
t
 wzrasta homozygotyczność i zwiększa
s 2  p0 q0 1  1   

  2 N  
2 Zakłócenia równowagi H-W
Równowaga Hardy’ego-Weinberga może być zakłócona przez szereg
czynników:
• Dobór obniża płodność lub przeżywalność pewnych genotypów.
• Migracja osobników może zmieniać częstość alleli
• Kojarzenie nielosowe podobnych lub niepodobnych osobników
zwiększa występowanie odpowiednio homo- lub heterozygot.
• Wewnątrz subpopulacji, której członkowie krzyżują się między sobą
wzrasta częstość występowania homozygot.
• Dryf genetyczny (występowanie fluktuacji) powoduje odchylenia od
przewidywanych wartości, szczególnie w małych populacjach.
• Mutacje zmieniają częstości występowania alleli.
• Zmiany liczebności populacji (spadek i potem gwałtowny wzrost) mogą
wpływać na częstości występowania alleli.
Odchylenia od równowagi oceniane mogą być za pomocą testu c2.
Mutacje a dobór
Załóżmy, że niefunkcjonalne allele są recesywne i że w jednej
generacji tempo ich powstawania wynosi m, zaś tempo usuwania
przez dobór zmutowanych alleli wynosi s. W diploidalnej populacji N
osobników ustali się równowaga pomiędzy ilością powstających
(2pNm) i usuwanych alleli (2Nsq2) jeśli:
2 pNm  2 Nsq 2
Zakładając, że częstość występowania allela zmutowanego jest
mała, można przyjąć p~1, a wówczas:
m  sq 2
m
q
s
2
Możliwość występowania dryfu
genetycznego zależy od kilku czynników:
• w przypadku nowych alleli muszą one być
wynikiem mutacji neutralnej lub
korzystnej (nie ma negatywnego wpływu
doboru naturalnego).
• początkowa liczba alleli – proporcjonalnie
większy dryf występuje dla rzadkich alleli.
• zakres zmian wynikających z dryfu jest
skorelowana odwrotnie z wielkością
populacji, dryf w wielkich populacjach jest
mały.
• w małych populacjach nowe allele łatwiej
ulegają utrwaleniu (fiksacji) lub eliminacji.
• efekt założyciela – w małych populacjach
o małej różnorodności genetycznej
się częstość występowania chorób
genetycznych.
3
 Dostosowanie Dobór a częstość alleli
Dostosowanie (W) danego genotypu wyraża stosunek sukcesu w Zmiany częstości występowania alleli zależą od typu doboru.
przekazywaniu materiału genetycznego (ilości potomstwa) osobników z C – dominujący allel ciemnego ubarwienia (carbonaria), c – recesywny
danym genotypem do sukcesu osobników z genotypem optymalnym. allel ubarwienia jasnego.
Przy doborze przeciwko allelom recesywnym (podlegających doborowi
Współczynnik selekcji s=1-W.
tylko w homozygotach cc) niezależnie od współczynnika selekcji
Szybkość zmian częstości występowania danego allela jest większa częstość szybko ustala się na niskim poziomie.
przy wyższym współczynniku selekcji. Przy doborze przeciwko allelom dominującym szybkość zmian
Krępak nabrzozak (Biston betularia) jako przykład dostosowania częstości zależy od współczynnika selekcji.
(melanizm przemysłowy). 1,0
sCC&Cc=0,9
0,9
0,8
0,7 s CC&Cc=0,1

0,6
q
0,5

0,4
0,3
0,2
0,1 scc=0,1
scc=0,9

20 40 60 80 100 120 140 160

pokolenia