Professional Documents
Culture Documents
DNK
DNK
Структура двоструког хеликса ДНК молекула. Атоми су обојени по елементу. Детаљна структура
два базна пара је приказана с десне стране.
У еукариотима, организмима као што су животиње, биљке, гљиве ипротисте, највећи број ДНК
молекула се налази у једру ћелије, а мањи број је у органелама, као што
су митохондрије или хлоропласти.[2] Упрокариотима (нпр. бактеријама) ДНК се налази
у цитоплазми ћелије. За разлику од ензима, ДНК молекул не утиче директно на друге молекуле,
већ различити ензими сарађују са ДНК и реализују информације било у облику РНК молекула
или у облику протеина. Овакав однос је деоцентралне догме молекуларне биологије.[3]
Ћелије садрже ДНК организован у дуге структуре које се зову хромозоми. Током припреме
за ћелијску деобу хромозоми се дуплирају процесом репликације ДНК, тако да свака од
новонасталих ћелија има комплетан сет хромозома. У хромозомима,хроматински протеини, као
што су хистони, организују ДНК на такав начин да молекул постаје веома компактан и може да
стане у ћелије које су на хиљаде пута мање од расплетених ДНК молекула. Ове компактне
структуре условљавају интеракције између ДНК и других протеина, и помажу у контролисању
делова ДНК који се транскрибују.[4]
ДНК је дугачак полимер, састављен од мањих јединица које се називају нуклеотиди. ДНК се
састоји од два полимерна ланца који имају антипаралелну оријентацију.
Међусобно повезани нуклеотиди чине скелет ДНК молекула формиран
од шећерадезоксирибозе и фосфатних група. Овај скелет такође садржи четири
различите нуклеобазе, везане за дезоксирибозу. Редослед ове четири базе је основа кодирања
генетичког материјала. Информација се чита користећи генетички код, којим се специфицира
секвенца аминокиселина у протеинима. Код се чита копирањем делова ДНК у молекуле РНК у
процесу који се назива транскрипција.
Садржај
[сакриј]
1 Особине
o 1.1 Жлебови
o 1.6 Суперспирализација
o 1.11 Вибрације
2 Модификације
o 2.2 Оштећења
o 2.3 Мутације
3 Биолошке функције
o 3.1 Гени и геноми
o 3.3 Репликон
5 Интеракције са протеинима
5.2.1 Нуклеазе
5.2.2 Лигазе
5.2.3 Топоизомеразе
5.2.4 Хеликазе
5.2.5 Полимеразе
6 Еволуција
7 Технолошка примена
o 7.2 Форензика
o 7.3 Биоинформатика
9 Види још
10 Референце
11 Литература
12 Спољашње везе
Особине[уреди]
Вотсон и Крик су 1953. показали да је у живим организмима ДНК молекул састављен од два
полинуклеотидна ланца који су спирално увијени један око другог. За то откриће су
награђени Нобеловом наградом. Вертикална дужина сваког обртаја спирале је
34 ангстрема (3,4 nm) и пречник је 10 ангстрема (1,0 nm).[12][13] Према једној другој студији, када
се мерење изврши у одређеном раствору ДНК ланац је 22 до 26 Ангстрома широк (2,2 до
2,6 nm), и једна нуклеотидна јединица доприноси дужини са 3,3 Å (0,33 nm).[14]
Шећер у ДНК молекулу је пентоза (назван тако јер садржи пет угљеникових атома) 2-
дезоксирибоза (РНК молекул се састоји од шећера рибозе, отуда и пун назив рибонуклеинска
киселина). Шећери су међусобно повезани фосфатним групама које стварајуфосфодиестарску
везу између трећег и петог угљениковог атома шећерног прстена. Фосфодиестарске везе су
асиметричне, те ДНК полинуклеотидни ланци имају смер. Како ови ланци иду у супротним
смеровима, каже се да је ДНК антипаралелна. Асиметрични крајеви ДНК база се означавају са
5' (пет прим) и 3' (три прим). Антипаралелност значи да један ланац иде у смеру 5'→ 3', док
супротни ланац иде у смеру 3'→ 5'. Спирални ланац који чини ДНК се одржава у том облику
помоћу водоничних везаизмеђу парова база.[15] У ДНК молекулу постоје четири
базе Аденин (A), Цитозин (C), Гуанин (G) и Тимин (T):[13]
Четири базе су међусобно комплементарне: аденин (A) једног ланца је увек у пару са тимином
(T) наспрамног ланца, и повезани су двема водоничним везама. Гуанин (G) једног ланца је увек
у пару са цитозином (C) наспрамног ланца, и повезани су трима водоничним везама. Сваки пар
база ротира у односу на суседни за 36°, тако да сваки обртај спирале два полинуклеотидна
ланца чине десет парова база (A-T и G-C). Полинуклеотидни ланци ротирају у правцу супротном
од казаљки на сату.
Жлебови[уреди]
Велики и мали жлеб ДНК. Мали жлеб је место где се везује боја Hehst 33258[18][19][20]
Базе малог жлеба су на подеснијем растојању за везивање лиганда, него базе великог жлеба.
Из тог разлога, протеини попут траскрипционих фактора који се везују за специфичне секвенце
двоструког ДНК хеликса обично формирају водоничне везе са изложеним странама база малог
жлеба.[22]
Када се у раствору нађу два полинуклеотидна ланца који имају комплементарне редоследе
нуклеотида, наградиће се хибриднидволанчани молекул.[24][25] Денатурисана ДНК може да
хибридизује са денатурисаном ДНК исте или различите врсте, или са РНК. Хибридизација је
нашла веома широку примену у истраживањима у молекуларној биологији и представља једну
од основних техника генетичког инжењеринга.
Спаривање база[уреди]
Антипаралелност дваполинуклеотидна ланца ДНК молекула
Горе, GC базни пар са три водоничне везе. Доле,AT базни пар са две водоничне везе. Нековалентне
везе између парова су приказане испрекиданим линијама.
Свака база једног ланца се спарује само са једном базом на наспрамном ланцу. Овакво
спаривање се назива комплементарно спаривање. Пурин се спарује
са пиримидином водоничним везама, те се А спарује само са Т(двема водоничним везама)
и C само са G (са три водоничне везе). Како водоничне везе нису ковалентне, оне се лако
раскидају и лако поново формирају. Ове везе се раскидају или механичким силама (нпр.
токомрепликације) или високомтемпературом.[26] Две водоничне везе се лакше раскидају од три.
Овај податак је битан ако секвенца ДНК молекула није унапред позната. Кад је секвенца ДНК
молекула непозната, умолекуларној биологији се између осталог примењује техника која
користи температуру. Што је температура виша, то се ДНК молекул теже раскида, те се може
претпостави да тај молекул ДНК има велики број Ц и Г база (и.е. висок GC-садржај). ДНК са
високим GC-садржајем је стабилнија од ДНК са ниским GC-садржајем.[27]
Као што је горе напоменуто, већина ДНК молекула се састоји од два полимерна ланца, спојена
у хеликсну структуру нековалентним везама. Ова дволанчана структура (dsDNA) се у знатној
мери одржава посредством интеракција међуланчаног слагања база, које се најјаче за G,C
стекове. Два ланца се могу раздвојити у процесу познатом као топљење, чиме се формирају
два молекула (ssDNA). До топљења долази кад су услови подесни, као што су високе
температуре, ниске концентрације соли и високе pH вредности (низак pH такође отапа ДНК, али
пошто је ДНК нестабилна услед денатурације киселине, низак pH се ретко користи).
Стабилност dsDNA форме зависи не само од GC-садржаја (% G,C базних парова) него и од
секвенце (пошто је формирање стекова зависно од ње), као и од дужине (дужи молекули су
стабилнији). Стабилност се може мерити на различите начине. Уобичајен приступ је
мерење температуре топљења (она се још назива Тм вредност), што је температура на којој се
50% дволанчаних молекула конвертује у једноланчане молекуле. Настали једноланчани ДНК
молекули немају јединствен заједнички облик, мада су неке конформације стабилније од
других.[28] Температура топљења је зависна од јонске снаге и ДНК концентрације. Консеквентно,
GC садржај и дужина двоструког ДНК ланца одређују јачину асоцијације између ланаца. Дуги
ДНК хеликси са високим GC садржајем имају ланце са јачим интеракцијама, док кратки хеликси
са високим AT садржајем имају ланце са слабијим интеракцијама.[29] У биологији, делови ДНК
двоструких хеликса који се лако раздвајају, као што је TATAATПрибнов-кутија у
неким промотерима, теже да имају висок AT садржај.[30][31][32]
Смисао и антисмисао[уреди]
Шематски приказ начина на који антисмисаони ДНК ланци могу да ометају протеинску транслацију.
ДНК секвенца се назива смисаоном (енгл. sense) (негативна (-)), ако је њена секвенца иста као
и секвенца иРНК копије која се транслира у протеин.[33]Комплементарна секвенца супротног
ланца се назива антисмисаона (позитивна (+)') секвенца. Обе секвенце могу да постоје на
различитим деловима истог ДНК ланца (и.е. оба ланца могу да садрже обе смисаоне и
антисмисаоне секвенце). Понекад се фраза кодирајући ланац среће. Међутим, кодирајућа и
некодирајућа РНК могу да буду транскрибоване на сличан начин са оба ланца. У неким
случајевима до транскрипције долази у оба правца почевши од заједничког промотерског
региона, или до транскрипције може доћи унутар интрона, на оба ланца.[34][35][36]
Код прокариота и еукариота, антисмисаоне РНК секвенце се формирају, мада функција тих
молекула није потпуно јасна.[37] Једна од претпоставки је да антисмисаони РНК молекули
учествују у регулацијиекспресије гена путем РНК-РНК спаривања база.[38]
Код малог броја ДНК секвенци прокариота у еукариота, и нешто већег броја плазмида и вируса,
разлика између смисаоних и антисмисаоних ланаца је замагљена преклапањем гена.[39] У тим
случајевима, неке ДНК секвенце имају двоструку улогу. Оне кодирају један протеин кад се
читају дуж једног ланца, и други протеин кад се читају у супротном правцу дуж другог ланца.
Кодбактерија, ово преклапање може да учествује у регулацији транскрипције гена,[40] док код
вируса, преклапајући гени повећавају количину информације која може да буде кодирана унутар
малог виралног генома.[41]
(1KX5)[42]
Идентификатори
Симбол Histone
Пфам PF00125
ИнтерПро IPR007125
СКОП 1hio
Готово код свих прокариота, ДНК је кружни молекул саграђен од два спирално увијена
полинуклеотидна ланца. Код еукариотаорганизација ДНК молекула је нешто компликованија.
ДНК молекул је веома дугачак, у просеку до 1,8 метара. Молекул те дужине мора да стане у
ћелије које су веома мале и не могу да се виде голим оком. Ћелије морају да веома компактно
спакују ДНК молекул. То омогућавају протеинима који се зову хистони.[43][44]
Хистони су мали, веома базни протеини, богати амино киселинама као што сулизин и аргинин.
Они су главне протеинске компоненте хроматина, које делују као калеми око којих се намотава
ДНК. Они учествују у регулацији генске активности. Без хистона, несавијена ДНК у хромозомима
би била веома дугачка (однос дужине и ширине је већи од 10 милиона код људске ДНК). ДНК
намотана на хистоне производи око 90 микрометера (0.09 mm) хроматина, који се дуплира и
кондензује током митозе, дајући око 120 микрометара хромозома.[45]
У еукариотским ћелијама је постоји пет типова хистона: H1, H2A, H2B, H3 и H4.[46][47] Хистони су у
директном контакту са ДНК молекулом. Осам хистона (по два H2A, H2B, H3, H4), стварају
структуре које изгледају као диск. Структура ДНК молекула обавијеног око диска се
назива нуклеозом. Око сваког диска ДНК молекул се обавије 1,65 пута, у дужини од 147 базних
парова (А-Т и Ц-Г), формирајући леворуки суперхеликсни намотај.[48] Тако увијени ДНК молекул
се обавије око преосталог хистона H1, који не формира структуру у облику диска, већ служи
само као веза до следећег диска (изграђеног од горепоменутих хистона) и поново се обавија око
следећег диска.[49] Хистон H1 омогућава формирање структуре вишег реда. Најосновнија таква
формација је влакно пречника 10 nm. Гледано кроз микроскоп свеукупна оваква структура
изгледа као перлана огрлица. Ово укључује паковање ДНК око нуклеозома са око 50 базних
парова између њих (ти сегмент се називају линкер ДНК).
Основа нуклеозома је формирана од два H2A-H2B димера и H3-H4 тетрамера. Они формирају
две скоро симетричне половинетерцијарне структуре, са C2 симетријом, где је
један макромолекул слика у огледалу другог молекула.[48] Четири основна хистона (H2A, H2B,
H3 и H4) имају релативно сличне структуре и високо су очувани током еволуције. Сви
имају хеликс обрт хеликс обрт хеликс мотив (који омогућава лаку димеризацију). Они исто тако
имају дуге репове на једном од крајевааминокиселинског ланца, на којима долази до
низа посттранслационих модификација.
Високо базна природа хистона, осим што омогућава ДНК–хистон интеракције, доприноси
њиховој растворљивости у води.
Суперспирализација[уреди]
ДНК може да буде увијена попут канапа процесом који се назива суперспирализација ДНК. Кад
је ДНК у свом „опуштеном“ стању, ланци обично обиђу осу двоструког хеликса једном свака 10,4
базна пара, док ако је ДНК упредена ланци постају више или мање збијени.[56] Када је ДНК
упредена у правцу хеликса, у питању је позитивна суперспирализација и базе су ближе једна
другој. Ако је ДНК упредена у супротном правцу (негативна суперспирализација), базе се лакше
растављају. У природи, ДНК је најчешће благо негативно суперспирализована. То се
остварује ензимима који се зову топоизомеразе.[57] Ти ензими су исто тако потребни за
отпуштање напрезања услед ДНК увијања насталог током процеса транскрипције ирепликације
ДНК.[58][59]
Хромозоми могу да буду веома велики, те средишњи сегменти могу да се понашају као да су
крајеви учвршћени. Резултат тога је да они не могу да расподеле сувишне намотаје на остатак
хромозома, или да апсорбују завијање да би се опоравили од одвијања, те сегменти могу да
постану суперспирализовани. У одговору на суперспирализацију они ће бити изложени
напрезању, као да су крајеви спојени.
Први објављени извештаји о Рендгенској структури А-ДНК и Б-ДНК форми су користили анализу
базирану наПатерсоновој трансформацији која даје само ограничену количину структурне
информације о оријентацији ДНК влакана.[83][84][85] Један алтернативни аналитички приступ су
предложили Вилкинс ет ал. 1953, за ин виво Б-ДНК дифракцију X-зрака/распореда максимума
расејавања високо хидратисаних ДНК влакана базиран на квадратимаБаселових функција.[86] У
истом журналу, Џејмс Д. Вотсон и Франсис Крик су објавили њихову анализу молекулског
моделовања ДНК дифракционих образаца X-зрака и предложили структуру двоструког
хеликса.[12]
Мада је Б-ДНК форма најчешћа под условима који владају у ћелијама,[87] она није добро
дефинисана конформација него је фамилија сродних ДНК конформација[88] која се јавља при
високим нивоима хидратације присутним у живим ћелијама. Њихови одговарајући рендгенски
дифракциони обрасци расипања су карактеристични за молекулске паракристале са знатним
степеном нереда.[89][90]
У поређењу са Б-ДНК, А-ДНК форма је шира деснорука спирала, са плитким, широким главним
жлебом и ужим, дубљим малим жлебом. А форма се јавља под нефизиолошким условима у
парцијално дехидратисаним ДНК узорцима, док се у ћелији може формирати при хибридном
спаривању ДНК и РНК ланаца,[91][92][93] као и у ензим-ДНК комплексима.[94][95] Сегменти ДНК где су
базе хемијски модификоване метилацијом могу да подлегну већим конформационим променама
и да поприме З форму. Овде, ланци формирају леворуку спиралу око хеликсне осе, што је
супротно уобичајеној Б форми.[96] Те необичне структуре се могу препознати по специфичним З-
ДНК везујућим протеинима. Оне могу да учествују у регулацији транскрипције.[97][98][99][100][101][102]
Током дужег низа година егзобиолози су предлагали постојање једне алтернативне биосфере
која користи радикално различите биохемијске и молекулске процесе него тренутно познате
животне форме. Једна од претпоставки је била постојање животног облика који
користи арсеник уместо фосфора у ДНК.
Овај налаз је наишао на јак критицизам у научној заједници. Научници тврде да нема доказа да
је арсеник заправо инкорпориран у биомолекуле.[105][106] Микробиолог Јохан Хајдер је критиковао
презентоване резултате студије. Он је упутио на могуће грешке у мерењу као и на погрешну
интерпретацију резултата студије. По њему је, у оригиналној публикацији аутора поменуто
загађење узорака остацима фосфата, који су вероватно присутни у довољној количини за
основно снабдевање бактерија.[107] Независно потврђивање овог до сад није било могуће.
Квадруплексне структуре[уреди]
3Д структура интрамолекуларног људског телемерног Г-квадруплекса у калијумском раствору (2HY9).
Основа је приказана као цев. Центар структуре садржи три нивоа Г-тетрада. Водоничне везе у тим
слојевима су представљене као плаве испрекидане линије.
Ове гуанином богате секвенце могу да стабилизују хромозомске крајеве формирањем структура
свежњева јединица са четири базе, уместо уобичајених базних парова ДНК молекула. Овде,
четири гуанинске базе формирају равну површину, и те равне четворобазне јединице се затим
слажу једна на другу да формирају стабилне Г-квадруплексне структуре (Г-тетраде Г4-
ДНК).[120][121] Ове структуре су стабилизоване водоничним везивањем између база
и хелацијом металног јона у центру сваке четворобазне јединице.[122] Низ других структуре се
може формирати, са централним сетом од четири базе које долазе било из једног ланца
савијеног око база, или неколико различитих паралелних ланаца, при чему сваки доприноси
једну базу централној структури.
Осим ових стекованих структура, теломерe исто тако формирају структуре са великим петљама
које се називају теломерне петље, или Т-петље. Овде се једноланчана ДНК склупча у већи круг
стабилизованом протеинима који се везују за теломере.[123] На самом крају Т-петље,
једноланчана теломерна ДНК је спојена са регионом дволанчане ДНК тако што теломерни
ланац делом ремети структуру ДНК двоструког хеликса и базно се спарује са једним од два
ланца. Ова троланчана структура се назива депласманска петља или Д-петља.[120]
Разграната ДНК[уреди]
До ДНК крзања долази кад некомплементарни региони постоје на једном или оба краја иначе
комплементарне дволанчане ДНК. Разграната ДНК се може јавити ако се уведе трећи ДНК
ланац који има способност хибридизације са отвореним ДНК сегментима дволанчане ДНК.
Најједноставнији пример разгранавања је троланчана ДНК. Комплекси са додатним ланцима и
вишеструким гранањем су такође познати.[185] Разграната ДНК налази примену
у нанотехнологији.
Тест разгранате ДНК је тест амплификације сигнала (за разлику од теста амплификације
биолошке мете) који се користи за детектовање молекула нуклеинских киселина.[186] Овај тест се
може користити за детектовање и квантификацију многих типова РНК или ДНК. У тесту се
разграната ДНК помеша са тестираним узорком. Детекција се врши користећи нерадиоактивни
метод. Претходна амплификација нуклеинске киселине није неопходна. Тест је у потпуности
завистан од хибридизације. Ензими се користе за одређивање степена хибридизације, али се не
користе за манипулацију нуклеинских киселина. Мале количине нуклеинске киселине се могу
детектовати и квантификовати без корака реверзне транскрипције (у случају РНК)
и/или PCR.[187][188] Тест је подесан за употребу у високо проточном моду, за разлику од
квантитативног Northern-blota[7][189] или теста РНК протекције.[190]
Вибрације[уреди]
ДНК може да изводи ниско фреквентно колективно кретање. Оно се може мерити Рамановом
спектроскопијом[191][192] и анализирати применом модела квази континуума.[193][194]
Модификације[уреди]
Модификације база[уреди]
ДНК метилација је кључни део нормалног развоја организма и ћелијске диференцијације виших
организама. ДНК метилација стабилно мења обрасце генског изражавања у ћелијама тако да
оне могу да „запамте где су биле“ или да умање експресију гена. На пример, ћелије
програмиране да буду Лангерхансова острвца током ембрионског развоја остају Лангерхансова
острвца током животног века организма. ДНК метилација се типично уклања током
формирања зигота и поново успоставља током накнадног ћелијског развоја. Недавна
истраживања су показала да се метил групе заправо не уклањају у зиготима, него да долази
дохидроксилације метил група.[209] Неке метилационе модификације које регулишу експресију
гена су наследне и то се назива епигенетичком регулацијом. ДНК метилација супресује
изражавање виралних гена и других штетних елемената који су били инкорпорирани у геном
домаћина током времена. ДНК метилација је исто тако основахроматинске структуре, која
омогућава ћелијама да поприме велики број карактеристика неопходних за мултицелуларни
живот полазећи од једне непроменљиве ДНК секвенце.
ДНК метилација у позицији 5 цитозина има специфичан ефекат редуковања генске експресије и
нађена је код свих кичмењака. У соматском ткиву одраслих особа, ДНК метилација се типично
јавља у CpG динуклеотидном контексту, док је у ембрионскимматичним ћелијама тренд
супротан.[210][211][212]
ДНК метилација је од пресудне важности у развоју скоро свих типова канцера.[213] Упркос
важности 5-метилцитозина, може доћи до деаминације чиме се формира база тимин, тако да су
метилисани цитозини посебно склони мутацијама.[214] Аберантни обрасци ДНК метилације су
везани за велики број људских малигности и групишу се у две дистинктне форме:
хиперметилација и хипометилација у односу на нормално ткиво. Хиперметилација је једна од
главних епигенетичких модификација које репресују транскрипцију путем промотерског региона
тумор супресивних гена.[215][216][217] Хиперметилација се типично јавља на CpG острвима у
промотерском региону те производи инактивацију гена. Глобална хипометилација је била
имплицирана у развој и прогрес канцера путем различитих механизама.[218][219][220]
Оштећења[уреди]
ДНК може да буде оштећена многим врстама мутагена, који мењању ДНК секвенцу. Мутагени
обухватају оксидационе агенсе,[229][230][231] алкилирајуће агенсе,[232][233] као иелектромагнетну
радијацију високе енергије, попут ултраљубичастог светла[234][235] и X-зрака.[236][237] Тип
произведеног ДНК оштећења зависи од типа мутагена. На пример, UV светло може да оштети
ДНК формирањем тиминских димера, који су међусобно повезани између пиримидинских
база.[238] С друге стране, оксиданси попут слободних радикала[239][240] или водоник
пероксида[241][242] производе вишеструке форме оштећења, као што су модификације база,
посебно гуанозина, и прекиди двоструких ланаца.[243] Типична људска ћелија садржи око 150.000
база које су подлегле оксидативним оштећењима.[244] Међу тим оксидативним озледама,
најопаснији су прекиди двоструких ланаца, јер се они тешко поправљају и могу да
произведу генске мутације, генетичка уметања и делеције из ДНК секвенце, као и хромозомске
транслокације.[245]
Мутације[уреди]
Илустрација пет типова хромозомских мутација
Мутације могу да узрокују дуплирање великих делова ДНК, обично путем генетичке
рекомбинације.[266] Та дуплирања су главни извор полазног материјала за еволуцију нових гена.
Од неколико десетина до неколико хиљада гена се дуплира у животињском геному сваких
милион година.[267] Већина гена припада већимфамилијама гена са заједничким
наслеђем.[268] Нови гени настају на неколико начина. До тага најчешће долази путем дупликације
и мутације наслеђених гена, или рекомбинацијом делова различитих гена чиме се формирају
комбинације са новим функцијама.[269][270]
Овде, домени делују као модули, сваки од којих има специфичну и независну функцију. Њихове
комбинације могу да произведу гене који кодирају нове протеине са јединственим
особинама.[271] На пример, очи човека користе четири гена за формирање структура које реагују
на светло: три за распознавање боја и један заноћни вид. Сва четири су настала од заједничког
предачког гена.[272] Још једна предност дуплирања гена (или чак целокупног генома) је да то
повећава редундантност. Тиме се омогућава једном гену да у пару поприми нову функцију, док
друга копија има оригиналну функцију.[273][274] Други типови мутација понекад креирају нове гене
из претходно некодирајуће ДНК.[275][276]
Промене у броју хромозома могу да обухвате мутације још већих размера, при којима се ДНК
сегменти хромозома одвајају и затим преуређују. На пример, код раних хоминина, два
хромозома су спајањем дала људски хромозом 2. Та фузија се није јавила у родовима других
човеколиких мајмуна, те су код њих та два хромозома засебна.[277] У еволуцији, најважнија
последица таквих хромозомска реаранжмана јесте убрзање дивергенције популација у нове
врсте путем умањивања вероватноће укрштања између популација. [278]
Секвенце ДНК које могу да се померају у геному, попут транспозона, сачињавају главну
фракцију генетичког материјала биљки и животиња, и сматра се да су биле важне у еволуцији
генома.[279] На пример, више од милион копија Alu секвенце је присутно у хуманом геному, и те
секвенце поседују функције као што је регулација генске експресије.[280] Још један ефекат тих
мобилних ДНК секвенци је да њихово померање унутар генома може да проузрокује мутације
или делеције постојећих гена, те оне стога доприносе генетичкој разноврсности.[281][282][283]
На пример, лептир може да произведе потомство са новим мутацијама. Већина тих мутација
неће имати ефекта, док једна може да промени боју једног од лептирових потомака, чинећи га
теже (или лакше) уочљивим за предаторе. Ако је та промена боје корисна, вероватноћа
преживљавања тог лептира и произвођења потомства је у извесној мери повећана, и током
времена број лептира са том мутацијом може да формира већи удео популације.
Генетичке рекомбинације[уреди]
Структура Холидејовог интермедијара угенетичкој рекомбинацији. (1M6G)[289]
Рекомбинација се састоји од раскидања и спајања два хромозома (M и F), чиме се формирају два
преуређена хромозома (C1 и C2).
RAD51 филамент базиран на 1SZP.[290]
ДНК хеликс обично не формира интеракције са другим ДНК сегментима, и у људским ћелијама
различити хромозоми чак заузимају засебне области једра које се називају „хромозомске
територије“.[291] Ова физичка сепарација различитих хромозома је важна за способност ДНК да
функционише као стабилна ризница информација. Један од ретких случајева кад хромозоми
формирају интеракције је током хромозомског кросинг-овера у процесурекомбинације. При
укрштању хромозома два ДНК хеликса се раскидају, замењују секције и поново спајају.
Гени на једном хромозому називају се везани гени. Они се заједно преносе у потомство и да не
постоји кросинг-овер увек би се јављали у истим комбинацијама. Број група везаних гена једног
организма једнак је његовом броју хромозоних хаплоида. Заједничко испољавање два или више
гена који се налазе на истом хромозому назива везано наслеђивање (корелативно
наслеђивање). У стварности међутим, није довољно да се два гена налазе на истом хромозому
да би се везано наслеђивали. Они морају бити врло близу један до другог на истом хромозому.
Уколико то није случај може доћи до њиховог рекомбиновања током кросинг-овера.
Вероватноћа одигравања кросинг-овера између два гена на истом хромозому зависи од
њиховог међусобног растојања. Што је то растојање веће и вероватноћа да ће доћи до кросинг-
овера је већа и обратно. У геному човека постоје гени између којих је растојање толико мало да
се практично кросинг-овер не одиграва. Такви скупови гена који се као целина преносе на
потомство називају се хаплотипови.[7][75]
Биолошке функције[уреди]
ДНК се обично јавља у облику линеарних хромозома код еукариота, и кружних хромозома
код прокариота. Сет хромозома у ћелији чини њен геном. Људски геном има око 3 милијарде
базних парова ДНК груписаних у 46 хромозома.[309] Информације су садржане у
деловима секвенце ДНК који се називају гени. Трансмисија генетичке информације садржане у
генима се остварује путем комплементарног спаривања база. На пример, током транскрипције,
кад ћелија користи информацију у генима, ДНК секвенца се копира у комплементарну РНК
секвенцу путем привлачења између ДНК и коректних РНК нуклеотида. Обично се ова РНК
копија затим користи за прављење одговарајуће протеинске секвенце у процесу транслације,
која зависи од истих интеракција између РНК нуклеотида. У алтернативном маниру, ћелија може
да једноставно копира свој генетички садржај у процесу репликације ДНК.
Гени и геноми[уреди]
Геномска ДНК је чврсто и уредно упакована процесом који се зове ДНК кондензација тако да се
може сместити у мали доступни простор унутар ћелије. Код еукариота, ДНК је лоцирана
у ћелијском нуклеусу. Мање количине ДНК су присутне и умитохондријама и хлоропластима.
Код прокариота, ДНК се налази унутар тела неправилног облика у цитоплазми које се
називануклеоид.[310] Комплетна генетичка информација једног организма је његов генотип. Ген је
јединица наслеђивањаи и регион ДНК који производи специфичну карактеристику организма.
Гени садрже отворене оквире читања[311][312] који се могу транскрибовати, регулаторне
секвенце као што су промотери, и појачиваче,[313] који контролишу транскрипцију отворене
оквире читања.
Код многих врста, само мала фракција тоталне секвенце генома кодира протеине. На пример,
само око 1,5 % хуманог генома се састоји од протеин кодирајућих ексона, и преко 50% хумане
ДНК су некодирајуће понављајуће секвенце.[314] Разлози за присуство толике
количине некодирајуће ДНК у еукариотским геномима и изузетно велике разлике у величинама
генома, или Ц-вредностима, између врста представља дугогодишњу загонетку познату као
„енигма Ц-вредности“.[315] Међутим, ДНК секвенце које не кодирају протеине још увек могу да
кодирају функционалне некодирајуће РНК молекуле, који учествују урегулацији генске
експресије.[316][317]
Транскрипција и транслација[уреди]
Дијаграм приказује транслацију иРНК и синтезу протеина рибозомом
Серија кодона у делу молекулаинформационе РНК (иРНК). Сваки кодон се састоји од три нуклеотида, и
обично представља једну аминокиселину. Нуклеотиди су означени словима A, U, G и C. иРНК користи У
(урацил), док ДНК користи T (тимин).
Т7 РНК полимераза (плаво) формира иРНК (зелено) из ДНК обрасца (наранџасто). (1MSW)[329]
Ген је ДНК секвенца која садржи генетичке информације и која може да утиче
нафенотип организма.[330][331] Структура и/или ензимска активност сваког протеина првенствено
произлази из његовепримарне секвенце аминокиселина. Путем одређивања секвенце
аминокиселина протеина гени имају способност ношења информације неопходне за
дефинисање активног полипептидног ланца. На тај начин један једноставан тип молекулске
структуре има способност изражавања безбројнихпротеинских форми. Колективно дејство
разних протеинских производа ћелије спроводи каталитичке и структурне активности које су
неопходне за успостављање фенотипа.
Унутар гена, секвенца база дуж ДНК ланца дефинише секвенцуинформационе РНК, која затим
дефинише једну или више протеинских секвенци. Однос између нуклеотидних секвенци гена
иаминокиселинских секвенци протеина је одређен правилима транслације, која су позната
као генетички код. Он се састоји од речи са три слова које се називају кодони. Они су
формирани од секвенци са три нуклеотида (нпр. ACT, CAG, TTT).[332] Генетички код декодира
комплексни апарат који стоји између нуклеинске киселине и протеина. Тај апарат је есенцијалан
за пренос информације коју садржи ДНК. Само један од два ДНK ланца кодира протеин, тако да
се генетички код записује као секвенца нуклеотида, а не базних парова.
Током транскрипције, кодони гена се копирају у информационе РНК молекуле посредством РНК
полимеразе. Те РНК копије се затим декодирају у рибозомима који читају РНК секвенце путем
базног спаривања информационе РНК са транспортним РНКмолекулима, који носе
аминокиселине. Пошто постоје четири базе у комбинацијама од три слова, могућа су 64 кодона
(43комбинације).[333] Кодони кодирају двадесет стандардних аминокиселина. Већина
аминокиселина је кодирана са више од једног кодона. Постоје три стоп или несмисаона кодона
који означавају крај кодирајућег региона. То су: TAA, TGA и TAG кодони.[334]
Ген садржи серију кодона која се чита секвенцијално од почетне тачке на једном крају до крајње
тачке на другом. Написана у конвенционалном 5'-3' смеру, секвенца нуклеотида ДНК ланца која
кодира протеин одговара секвенци аминокиселина написаној у правцу од N-терминуса до C-
терминуса.
Општа база кода је откривене путем генетичке анализе мутација rII региона бактеријског
вируса, фаг Т4. Крик је 1961. показао да се код мора читати у непреклапајућим триплетима
почевши од фиксне почетне тачке. Непреклапање значи да се сваки кодон састоји од три
нуклеотида и да су узастопни кодони представљени узастопним тринуклеотидима. Употреба
фиксне почетна тачке значи да конструкција протеина мора да почне на једном крају и тече ка
другом, тако да се различити делови кодирајуће секвенце не могу независно читати.
Ако се генетички код чита у непреклапајућим триплетима, онда постоје три могућа начина
транслирања нуклеотидне секвенце у протеин у зависности од почетне тачке. Они се називају
оквирима читања. На пример за секвенцу ACGACGACGACGACGACG три оквира читања су:
Мутација која уметне или уклони једну базу мења оквир читања целокупне
секвенце. Промена те врсте се назива померање оквира (енгл. frameshift). Пошто
се секвенца новог оквира читања комплетно разликује од старе, целокупна
аминокиселинска секвенца протеина је промењена иза места мутације, те се стога
функција протеина вероватно комплетно губи.
Репликон[уреди]
Било да ћелија има само један хромозом (као као прокариота) или мноштво
хромозома (као код еукариота), целокупни геном се мора репликовати једном
током сваке ћелијске деобе.[3] Два општа принципа се користе за поређење стања
репликације са условима ћелијског циклуса:
Бактеријски репликон[уреди]
Прве две функције су особине места почетка. Сегрегација може да буде независна
функција, али у прокариотским системима обично почива на секвенци у близини
места почетка. То није случај код еукариота. ДНК секвенца места почетка
репликона има способност подржавања репликације било које ДНК секвенце у коју
се унесе. Кад се она клонира у молекул који не садржи место почетка,
реконструкција формира плазмид који има способност аутономне репликације.
Места почетка су идентификована код
бактерија, квасаца, хлоропласта и митохондрија. Опште својство је да је секвенца
богата AT паровима. Сматра се да је то услед потребе да се дволанчана ДНК
отопи како би се иницирала репликација.
Код Ешерихије коли репликациона рачва се обично зауставља у тачки на пола пута
око хромозома. Постоје два терминациона региона (terD,A и terC,B) лоцирана око
100 кб на свакој страни места сретања. Сваки терминални регион је специфичан за
један смер кретања рачве, и они су распоређени на такав начин да би свака рачва
морала да пређе други завршни регион да би досегла до завршног краја који
препознаје. Овај аранжман формира клопку за репликационе рачве. Ако је из било
ког разлога једна рачва касни, тако да рачве не успеју да се сретну у уобичајеној
централној позицији, бржа рачва ће бити заустављена у тер региону и чекаће
долазак спорије рачве.
У случају да репликациона рачва (која се креће десет пута брже) наиђе на РНК
полимеразу која се креће у истом смеру, она је обилази без поремећаја
транскрипције. Механизам ове интеракције није познат. У случају да се РНК
полимераза креће у супротном смеру, конфликт се вероватно не би могао решити,
те може доћи до леталног исхода. То је могући разлог што су код Ешерихије коли
скоро све активне транскрипционе јединице оријентисане тако да се изражавају у
истом смеру као и репликациона рачва. Изузеци су једино мале транскрипционе
јединице које се ретко изражавају.
Еукариотски репликон[уреди]
Сваки ДНК сегмент који садржи место почетка би требало да има способност
репликације. Мада су плазмиди ретки код еукариота, могуће их је формирати путем
подесних манипулација ин витро. То је остварено код квасца, мада не и код виших
еукариота. Saccharomyces cerevisiae мутанти се могу трансформисати до дивљег
типа додатком ДНК која садржи копију гена дивљег типа. Неки ДНК фрагменти
квасца (често кружни) имају способност веома ефективног трансформисања
дефективних ћелија. Ти фрагменти могу да опстану у ћелијама у неинтегрисаном
(аутономном) стању, попут саморепликујућих плазмида. Фрагменти који се
трансформишу са високом фреквенцијом поседује секвенце које имају способност
ефективне репликације у квасцу. Тај сегмент се назива АРС (аутономно
репликујућа секвенца). АРС елементи су изведени из аутентичних места почетка
репликације хромозома. Секвенце са АРС функцијом се јављају са скоро једнаком
фреквенцијом као и места почетка репликације. АРС елементи су систематски
мапирани на дужим регионима хромазома. Само део њих се заправо користи за
иницијацију репликације. Други су неми, или се можда користе повремено. Ако је
тачно да нека места почетка имају варирајућу вероватноћу активације, следи да
границе репликона нису фиксне. У том случају дати регион хромозома може да
буде репликован из различитих места почетака у различитим ћелијским циклусима.
АРС елемент се састоји од AT богатог региона који садржи одређена дискретна
места на којима мутације имају знатан утицај. Садржај база уместо саме секвенце
може да буде значајан за остатак региона.
Репликација ДНК. Двоструки хеликс се размотава и сваки ланац делује као шаблон за
следећи ланац.
Репликација ДНК молекула је веома сложен и важан процес. Стога је пуно времена
и труда је уложено у његово разумевање.
Репликација ДНК се такође може изводити ин витро (вештачки, изван ћелије). ДНК
Полимеразе, изоловане из ћелија, и вештачки ДНК прајмери се користе за
иницирање синтезе ДНК на познатим секвенцама молекулских
темплета. Полимеразна ланчана реакција (ПЦР) је уобичајена лабораторијска
техника у којој се примењује таква вештачка синтеза у цикличном режиму ради
умножавања специфичног циљног ДНК фрагмента из ДНК смеше.
Еукариотска репликација[уреди]
ДНК полимераза
3Д структура хеликс-завој-хеликс мотива ДНК везивања људске ДНК
Идентификатори
ЕЦ број 2. 7. 7.7
[покажи]Претрага
Репликација ДНК молекула почиње на месту који се зове oriC локус.[335][336]Протеин
ДНК-А се везује за oriC локус и притом се врши хидролиза аденозин трифосфата.
Ово прво надовезивање доводи до почетног одвијања ДНК молекула из спирале у
два линеарна ланца повезана водоничним везама. Да би репликација била
успешна ДНК мора да постане линеарна, а не спирално увијена, дакле мора да
изгледа као мердевине. Ензими који одвијају ДНК молекул у облик мердевине се
зову хеликазе.[341][342] Ензими одвијају ДНК молекул веома брзо, чак 75 до 100
револуција у секунди.[343] Овакво брзо одвијање молекула ДНК може да доведе до
стварања тензија полинуклеотидних ланаца. Ова појава тензија се на пример може
видети када се увију пертле и када покушамо брзо да их раздвојимо, пертле се
увију у чворове услед тензије. Да би се ово избегло стварање чворова које би
могло да оштетити ДНК молекул, присутни су ензими који се зову ДНК
топоизомеразе. Они попуштају водоничне везе како би се тензија и стварање
чворића избегло.[57][58][59] У исто време док се ДНК молекул раздваја у облик
мердевина, структура која се називарепликациона виљушка (или рачва)[342] иде
одмах иза топоизомераза и раздваја водоничне везе између парова (А-Т и Г-Ц). Да
би ови полинуклеотидни ланци остали раздвојени раздвајајући протеини се везују
на обе стране сваког ланца и на тај начин одржавају ланце одвојене. Репликација
ДНК молекула се може упоредити са рајсфершлусом. Када желимо да отворимо
рајсфершлус, вучемо механизам на доле, и на тај начин добијамо две стране
рајсфершлуса за раздвојеним зупчаницима. На исти начин се ДНК раздваја, при
чему механизам рајсфершлуса представља репликациону виљушку.
Након раздвајања постоје два полинуклеотидна ланца, један иде у правцу 3'→
5'док други иде у правцу 5'→ 3' (антипаралелност). Веома важан ензим који
синтетише нове полинуклеотидне ланце ДНК полимераза δ,[344][345] може да
синтетише нови ланац само у правцу 5'→ 3'. То није проблем за водећи ланац који
се синтетише у правцу кретања репликационе виљушке.[346][347]
Синтезу оба ланца обавља ДНК полимераза тек пошто се веже за родитељски
ланац који служи као матрица. Овај ензим не може да се веже за огољени ланац-
матрицу већ захтева постојање зачетника (прајмера). Зачетник је кратки ланац РНК
и његову синтезу катализује ензим примаза. Када се кратки ланац РНК
комплементарно спари (хибридизује) са почетком ланца матрице то омогућује
везивање ДНК полимеразе и почиње синтеза новог ланца. За синтезу ланца који
заостаје потребно је да се синтетише већи број зачетника. Оказакијеве фрагменте,
по завршетку синтезе, међусобно повезује ензим лигаза.[348][349]
Ланац који се синтетише правцу супротном од правца кретања репликационе
виљушке 3' → 5' не може да буде синтетисан без прекида. Он се синтетише у
фрагментима који се називају Оказакијеви Фрагменти[350][351] (названим по научнику
Реији Оказаки који је први указао на њихово постојање 1966.[352]) и појављују се
само на ланцу који иде у овом правцу. Они су комплементарни са темплетом
заостајућег ланца, са којим формирају дволанчане ДНК секције. Оказакијеви
фрагменти су између 100 до 200 нуклеотида дугачки код еукариота, док
код Ешерихије коли имају 1 000 то 2 000 нуклеотида. Они су раздвојени РНК
примерима од ~10-нуклеотида и до спајања долази након уклањања прајмера.
Да би нови ДНК молекул био комплетан и без прекида, ензим лигаза има улогу
лепка и везује фрагменте један за други, и тако настају од једног ДНК молекула,
два новоформирана ДНК молекула. ДНК полимераза β има важну улогу у провери
нових ДНК молекула,[353][354] тако што иде дуж целих новонасталих ланаца, чита их
и проверава да ли су све базе коректно повезане (А-Т и Г-Ц). ДНК репликација се
зауставља када репликациона виљушка наиђе на секвенцу на ДНК молекулу који
кодира за стопирање ДНК репликације.
Прокариотска репликација[уреди]
Bac_DnaA_C
Идентификатори
Симбол Bac_DnaA_C
Пфам PF08299
ИнтерПро IPR013159
СКОП 1j1v
Фагне стратегије[уреди]
Други фагови имају двоструки начин постојања. Они могу да производе литичке
циклусе, што је отворена стратегија којом се производи што више копија за што
краће време. Они исто тако имају алтернативну форму постојања, у којој је геном
фага присутан у бактерији у латентној форми познатој као профаг. Та форма
пропагације се назива лизогенија. У лизогеној бактерији профаг је интегрисан у
бактеријски геном, и наслеђује се на исти начин као и бактеријски гени. Услед
поседовања профага, лизогена бактерија је имуна на даљу инфекцију другим
фаговима истог типа. Имуност се успоставља интеграцијом једне копије профага,
тако да бактеријски геном садржи само једну копију профага било ког типа.
Транзиција се јавља између лизогеног и литичког мода постојања. Кад је фаг
произведен литичким циклусом уђе у нову бактеријску ћелију, он било понавља
литички циклус или улази у лизогено стање. Исход зависи од услова инфекције и
генотипа фага и бактерије. Профаг се ослобађа лизогених ограничења
процесом индукције, у коме се издваја из бактеријског генома, да формира
слободну ДНК фага, која затим пролази кроз литички пут. Алтернативне форме у
којима се фагови пропагирају су одређене регулацијом траскрипције. Лисогенија се
одржава путем интеракције фагног репресора са оператором. За литички циклус је
неопходна каскада транскрипционе контроле. Транзиција између два начина
живота се остварује успостављањем репресије (литички циклус у лизогенију), или
ослобађањем од репресије (индукција лизогена у литички циклус).
Плазмиди су још један тип постојања ДНК унутар бактерије. Они су аутономне
јединице које постоје у ћелији као екстрахромозомни геноми. Плазмиди су
саморепликујући кружни ДНК молекули, који се одржавају у ћелији са стабилним и
карактеристичним бројем копија.[39] Другим речима, њихов број остаје константан из
генерације у генерацију. Неки плазмиди такође имају алтернативне животне
стилове. Они могу да постоје било у аутономном екстрахромозомском стању, или
могу да буду уметнути у бактеријски хромозом, и онда су ношени као његов део
попут било којег дела секвенце. Такве јединице се називају епизоми, мада се
термини плазмид и епизом често користе као синоними. Попут лизогених фагова,
плазмиди и епизоми одржавају себичну поседовање њихове бактерије и често
онемогућавају другим елементима истог типа да се успоставе. Тај ефекат се
назива имуност, мада се база плазмидне имуности разликује од лизогене
имуности. Неки плазмиди и епизоми се преносе између ћелија путем коњугативног
процеса који обухвата директни контакт између ћелија донора и примаоца.
Литички развој[уреди]
Геноми фага су неопходно мали.[40] Као и код свих вируса, они су ограничени
потребом да се упакује нуклеинска киселина унутар протеинског омотача. То
ограничење диктира многе виралне репродукционе стратегије. Типично вирус
преузима контролу над ћелијом домаћина и користи њену структуру за репликацију
и изражавање својих гена. Обично фаг садржи гене чија функција је осигуравање
преферентне репликације фагне ДНК. Протеини кодирани тим генима обављају
иницијацију репликације. Фаг може да садржи ген ДНК полимеразе. Фаг мења
капацитет ћелије домаћина да обавља транскрипцију. То се постиже заменом РНК
полимераза или модификовањем способности иницијације или терминације.
Резултат је увек исти: фагни иРНК молекули су преферентно транскрибовани. У
погледу синтезе протеина фаг се обично ослања на апарат домаћина,
преусмеравајући његове активности заменом бактеријске иРНК фагном.
Секвенца кодирајућег ланца ДНК, која се чита у смеру од 5' да 3', се састоји од
нуклеотидних триплета (кодона) и одговара аминокиселинској секвенци протеина
од N до C-терминуса. Секвенцирање ДНК и протеина омогућава директно
поређење секвенци нуклеотида и аминокиселина. Транспортна РНК је адаптер који
повезује кодон са одговарајућом аминокиселином. Транспортна ТРК има пивоталну
улогу у синтези протеина. Она је посредник који омогућава транслацију кодона у
аминокиселине. Значење кодона који представља аминокиселину је одређено
његовом транспортном РНК, док значење терминирајућих кодона произилази
директно из протеинских фактора.
Пошто постоји више кодона (61) него амино киселина (20), скоро све
аминокиселине су представљене са више кодона. Једини изузеци
су метионин и триптофан. Кодони са истим значењем се називају синоними. Пошто
се генетички код заправо чита наиРНК, он се обично описује користећи РНК базе:
U, C, A и G. Кодони који представљају исту или сродне аминокиселине теже да
имају сличне секвенце. Често база у трећој позицији кодона није значајна, јер
четири кодона која се разликују у само у трећој бази представљају исту
аминокиселину. У неким случајевима разлика се прави само
између пурина и пиримидина у тој позицији. Умањена специфичност на задњој
позицији кодона је позната као дегенерација треће базе.
2. база
1. 3.
ба ба
за за
U C A G
U U U
UU
C A G U
U
U U U
(Phe/F)Фени (Tyr/Y) Тироз (Cys/C) Цист
лаланин ин еин
UU U U U
C
C CC AC GC
(Ser/S) Сери
U
н
U U
UC
UUA A Стоп G Стоп A
A
A A
U U
UC (Trp/W)Трип
UUG A Стоп G G
G тофан
G G
CC CA CG
CUU (Leu/L) Леуц U
U U U
ин
(His/H) Хисти
дин
CU CC CA CG
C
C C C C
(Pro/P) Прол (Arg/R) Арги
C
ин нин
CC CA CG
CUA A
A A A
(Gln/Q) Глута
мин
G
CU CC CA CG
G G G G
A A A
AU
C A G U
U
U U U
(Asn/N) Аспа
(Ser/S) Серин
рагин
AU (Ile/I) Изолеу A A A
C
C цин CC AC GC
(Thr/T)Треон
A
ин
A A
AC
AUA A G A
A
A A
(Arg/R)
(Lys/K) Лизин
Аргинин
A A A
AU (Met/M) Мет
C A G G
G [A]
ионин
G G G
G G G
GU
C A G U
U
U U (Asp/D) Аспа U
рагинска
киселина
GU G G G
C
C CC AC GC
A
Кодон AUG kодира метионин и служи као место иницијације: прва AUG
секвенца у иРНК kодирајућем региону је где транслација у протеин
почиње.[371]
Инверзна табела (сажето користећи IUPAC нотацију)[372]
UUA,
UUG,
GCU, GCC, YUR,
Ala/A GCN Leu/L CUU,
GCA, GCG CUN
CUC,
CUA, CUG
CGU, CGC,
CGN,
Arg/R CGA, CGG, Lys/K AAA, AAG AAR
MGR
AGA, AGG
CCU, CCC,
Cys/C UGU, UGC UGY Pro/P CCN
CCA, CCG
UCU,
UCC,
UCN,
Gln/Q CAA, CAG CAR Ser/S UCA,
AGY
UCG,
AGU, AGC
ACU,
Glu/E GAA, GAG GAR Thr/T ACC, ACN
ACA, ACG
GGU, GGC,
Gly/G GGN Trp/W UGG
GGA, GGG
UAA, UAR,
СТАРТ AUG СТОП
UGA, UAG URA
Кодон-антикодон препознавање[уреди]
U A или G
C само G
A само U
G C или U
Често једна иРНК може да препозна више кодона. То значи да базе у првој
позицији антикодона морају да имају способност формирања интеракција са
алтернативним базама у одговарајућој трећој позицији кодона. Спаривање
база у тој позицији не може да буде ограничено на уобичајене G-C и A-U
парове. Правила која одређују обрасце препознавања се могу
сумиратихипотезом флексибилности, која наводи да спаривање између
кодона и антикодона у прве две позиције кодона увек следи уобичајена
правила, док се флексибилност јавља у трећој позицији. До тога долази зато
што конформација петље тРНК антикодона омогућава флексибилност на првој
бази антикодона. Правила препознавања треће базе кодона дозвољавају
додатно спаривање између G и U. Та једна промена формира образац базног
спаривања у коме А више нема јединствено значење у кодону, јер U које га
препознаје мора исто тако да препозна G. Слично томе C такође више нема
јединствено значење, јер G које га препознаје мора такође да препозна U.
Препознавање јединствених кодона је могуће само кад је трећа база G или U.
Та опција се не користи често. UGG и AUG су једини примери првог типа, а
нема примера другог типа.
G-U парови су чести у РНК дуплекс структурама. С друге стране формирање
стабилних контакта између кодона и антикодона, где се само три пара база
могу формирати је знатно ограниченије, и стога G-U парови могу да допринесу
само у задњој позицији кодона.
Интеракције са протеинима[уреди]
Ови ДНК циљеви се могу јавити широм генома једног организма, те стога
промене у активности једног типа фактора транскрипције фактора могу да
утичу на хиљаде гена.[388] Консеквентно, ти протеини су често мета за
процесе преноса сигналакоји контролишу одговоре на промене у околини, или
на ћелијску диференцијацију и развој. Специфичност интеракција
транскрипционих фактора са ДНК молекулом се производи контактом протеина
са ивицама ДНК база, што им омогућава да „читају“ ДНК секвенце. Већина тих
интеракција са базама се одвија у главном жлебу, где су базе
најприступачније.[22]
EcoRV расцепљује ДНК. Протеин се лабаво везује за ДНК и скенира је тражећи своју
секвенцу. Кад је нађе, EcoRV повије ДНК за 50° и раздвоји препознату секвенцу.
Рестрикциони ензим[389][390][391] EcoRV (зелено) у комплексу са његов супстратом ДНК,
(1RVA).[392]
Лигаза такође може да спаја тупе крајеве, мада су више концентрације ензима
и различити експериментални услови неопходни.[407][408]
ДНК лигаза II: алтернативно сплајсована форма ДНК лигазе III која је
присутна у ћелијама које се не деле.
ДНК лигаза III: формира комплексе са протеином ДНК поправке XRCC1 да
би помогла у спајању ДНК током процеса корекције ДНК.
Топоизомеразе[уреди]
Хеликазе[уреди]
Полимеразе[уреди]
РНК полимераза II квасца Saccharomyces cerevisiae која се састоји од 12 подјединица.
(2B8K)[427]
Еволуција[уреди]
Технолошка примена[уреди]
Генетички инжењеринг[уреди]
Форензика[уреди]
Форензичка анализа може да користи ДНК
из крви, сперме, коже, пљувачке или косе нађене на месту злочина за
идентификацију подударајуће ДНК неке особе, као што је починилац. Овај
процес се формално назива ДНK профилисање, а познат је и као „узимање
генетичког отиска“. Мада је 99,9% ДНК секвенци исто код свих људи, довољна
количина ДНК се разликује, тако да могуће разликовати једну особу од друге,
уколико оне нису монозиготни близанци.[454] У ДНК профилисању, дужина
променљивих секција понављајуће ДНК, као што су кратка тандемна
понављања и минисателити,[455] се пореде између људи. Тај метод је обично
изузетно поуздана техника за идентификацију подударне ДНК.[456] Међутим,
идентификација може да буде компликована ако је место злочина
контаминирано са ДНК-ом од неколико људи.[457][458] ДНК профилисање је
развио1984. британски генетичар Сир Алек Џефриз,[459] и први пут је
коришћено у форензичкој науци да се осуди Колин Пичфорк 1988, у
случају Ендерби убистава.[460]
Биоинформатика[уреди]
Податке који обухватају целокупне геноме, као што су на пример подаци које је
произвеоПројекат људског генома, је тешко користити без записа који
идентификују локације гена и регулаторних елемената на сваком хромозому.
Региони ДНК секвенце који имају карактеристичне обрасце асоциране са
протеинским или РНК кодирајућим генима се могу идентификовати применом
алгоритама за предвиђање гена, који омогућавају формирање хипотеза о
постојању специфичних генских производа и о њиховим могућим функцијама у
поједином организму пре него што дође до њихове експерименталне
идентификације и изолације.[469] Поређења целокупних генома могу да дају
индикације о еволуционој историји појединог организма и омогуће разматрање
комплексних еволуционих догађаја.
Статички
Динамички
ДНК нанотехнологија[уреди]
Шема ДНК структура са леве стране се самостално склапа у структуру приказану
посредством микроскопа атомских сила са десне стране. ДНК нанотехнологија је поље
које се бави дизајном структуре на нанометарској скали користећи својства молекулског
препознавања ДНК молекула.[471]
Овај молекул „двоструке раскрснице“ (DX) се састоји од пет ДНК ланаца који формирају
два домена двоструког хеликса.[478]
Популациона генетика[уреди]
Генетичка генеалогија[уреди]
ДНК је први изоловао швајцарски лекар Фридрих Мишер, који је 1869. открио
микроскопску супстанцу у гноју одбачених завоја. Она се налазила
у нуклеусима ћелија, те ју је он назвао „нуклеин“.[491] Албрехт Косел је 1878.
изоловао непротеинску компоненту „нуклеина“, нуклеинску киселину. Он је
касније изоловао и пет примарних нуклеобаза.[492] Фибус Лавин је 1919.
идентификовао базу, шећер и фосфат нуклеотидне јединице.[493] Лавин је
дошао до закључка да се ДНК састоји од низа нуклеотидних јединица
повезаних фосфатним групама. Међутим, он је сматрао да је ланац кратак и да
се базе понављају у фиксном поретку. Вилијам Астбури је 1937. произвео
прве Рендгенске дифракционе обрасце који су показали да ДНК има уређену
структуру.[494][495]
Розалинд Франклин је користила Рендгенску кристалографију да омогући визуелизацију
ДНК структуре.