La légica molecular de la vida La unidad quimica de los diferentes organismos vivos Los organismos vivos se componen de moléculas inanimadas. Cuando estas moléculas se aislan y examinan individualmente, cumplen todas las leyes fisicas y quimicas que describen el comportamiento de la materia inanima- da, No obstante, los organismos vivos poseen atributos extraordinarios que no se observan en ningin conjunto de moléculas inanimadas. En este capitulo consideraremos en primer lugar aquellas propiedades de los orga- rismos vivos que los distinguen de otras agrupaciones de materia. Después de haber fijado una definicién general del concepto de vida, podremos deseribir los principios que caracterizan a todos los organismos vivos. Estos principios se encuentran en la base de la organizacién de los organismos y de las células que los constituyen y representan el marco de referencia de ‘este libro. Le ayudaran a mantener presentes los conceptos generales mientras explora los ejemplos ilustrativos que se presentan en el texto. La materia viva posee diversas caracteristicas 2Qué es lo que distingue a los organismos vivos de los objetos inanimados? En principio, son estructuralmente complicados y altamente organizados. Poseen intrincadas estructuras interas (Fig. I-Ia) y contienen muchos tipos de moléculas complejas. Ello contrasta con la materia inanimada de nuestro entorno ~arcilla, arena, rocas, agua del mar que suele consistir en rmezclas de compuestos quimicos relativamente simples. En segundo lugar, los organismos vivos extraen, transforman y usan cenergia de su entorno (Fig. 1-1b), generalmente en forma de nutrientes ‘quimicos 0 como energia radiante de la luz solar. Dicha energia permite a Jos organismos vivos construir y mantener sus propias complejas estruct ras y realizar trabajo mecénico, quimico, osmotico y de otras clases. En cambio, la materia inanimada no utiliza energia de un modo sistematico con objeto de mantener estructuras 0 realizar trabajo. La materia inanimada tiende a degradatse y a alcanaar un estado més desordenado, a establecer un equilibrio con su entomno. El tercer atrbuto de los organismos vivos, y el més caracteristico, es la capacidad de autorreplicarse y autoensamblarse (Fig. I-Ie), una propiedad ‘que puede consideratse la quintaesencia del estado vital. Una tinica célula bacteriana, depositada en un medio nutrtivo esteil, puede generar mil millones de células “hijas” idénticas en 24 horas. Cada una de estas células contiene miles de moléculas, algunas de ellas extremadamente complejas; no obstante, cada una de las células bacterianas es una copia fiel del original, y ha sido construida exclusivamente a partir de la informacion contenida en el material genético de la célula original. En contraste con CAPITULO Figura 1-1 Algunas caracteristcas de la materia viva. (a) En esta fina seecién de telido muscular de vertebrado, vista por el microscopio electr6nico, se aprecia su organizacion y complejidad microsc6pica. (B) El leén utliza compuestos ‘organicos obtenidos de otros animales como fuente de energia, La cebra obtiene energia de compuestos presentes en las plantas; las plantas, a su vez, la Dbtienen de la luz solar. (¢) La reproduccién biol6gica tiene lugar com fidelidad casi perfecta,4 Parte I Fundamentos de bloquimlea Enwin Schrodinger 1887-1961 Figura 1-2 Organisms vivos diferentes comparten caractersticas quimicas comunes. El guia, el roble, la Dacteria del suelo y los seres humanios comparten las mismas unidades estracturales basicas (células), Jos mismos tipos de macromoléculas (DNA, RNA, proteinas) compuestas por los mismos tipos de subunidades monoméricas (nucle6tidos, aminoacids), los mismos mecanismos de sintesis de Jos componenites celulares, el mismo c6digo genético y los mismos ancestros evolutivos. ello, las mezclas de materia inanimada no presentan ninguna capacidad de desarrollarse y reproducirse en entidades idénticas en masa, forma y estruc- tura interna, generacién tras generacion. La capacidad de autorreplicacién no tiene parangén en el mundo inanimado, pero existe una analogia instructiva en el fendmeno del creci- miento de cristales en disoluciones saturadas. La cristalizacién multiplica ‘material gue, en su estructura de malla tridimensional, es idéntico al cristal original que sirve como “semilla” del crecimiento. Los cristales son mucho menos complejos que los mas simples de los organismos vivos y su estruc- tura es estatica, no dinamica como en las células vivas. A pesar de ello, la ‘capacidad de los eristales para “reproducirse” condujo al fisico Erwin Schrddinger a proponer en su famoso ensayo {Qué es la vida?” que el material genético de las células debia tener algunas de las propiedades de Un cristal. La noci6n que tuvo Schrddinger en 1944 (aitos antes de que se llegara a la moderna comprensiOn de la estructura de los genes) describe de manera bastante exacta algunas de las propiedades del acido desoxirri- bonucleico, el material genético. Cada uno de los componentes de un organismo vivo tiene una funcién specifica, Esta afirmacion no es solamente clerta para estructuras macros: cOpicas como las hojas y 10s tallos 0 el corazén y los pulmones, sino también para estructuras intracelulares microscopicas como el niicleo y los cloroplastos. Incluso los compuestos quimicos celulares individuales tienen funciones especificas. La interrelaciOn entre los componentes quimicos de un organismo vivo es dinamica; los cambios en uno de los componentes provoca cambios compensadores o coordinadores en otto, con el resulta: do que el conjunto manifiesta un caracter que trasciende al de los constitu yentes individuales. La coleccién de moléculas ejecuta un programa, el resultado final del cual es la reproduccién del programa y la autoperpetua~ ion de este conjunto de moléculas, La bioquimica trata de explicar la vida en términos quimicos Las moléculas que componen los organismos vivos cumplen todas las leyes familiares de la quimica, pero también interaccionan entte ellas de acuerdo con otra serie de principios a los que nos referiremos colectivamente como la l6gica molecular de [a vida, Estos principios no ineluyen leyes o fuerzas fisieas nuevas 0 todavia por descubrir. Son un conjunto de relaciones que caracterizan la naturaleza, la funcién asi como las interacciones de las bio- moléculas. 'Si los organismos vivos se componen de moléculas intrinsecamente inanimadas, como pueden estas moléculas dar lugar a la remarcable combinacién de caracteristicas que denominamos vida? ¢Cual es la razon de que un organismo vivo parece ser mas que la summa de sus partes inanimadas? Hubo un tiempo en que los fildsofos enunciaron que los seres vivos estén dotados de una fuerza vital misteriosa y divina, pero esta doctrina (el vitalismo) ha sido firmemente rechazada por la ciencia moder- za, El objetivo fundamental de la ciencia bioquimica es el de determinar de qué modo interactan unos con otros los conjuntos de moléculas inanima- das que constituyen los organismos vivos para mantener y perpetuar la vida. ‘Aunque la bioquimica proporciona conocimientos y aplicaciones practicas que son importantes en medicina, agricultura, nutricion e industria, su preocupacion ditima es el prodigio de la vida misma, Debajo de la diversidad biol6gica subyace una uniformidad quimica Entre un majestuoso roble, un aguila que remonta el vuelo por encima de su copa y una bacteria del suelo que crece entre sus raices parece en principio que debe haber muy pocas cosas en comin. Sin embargo, después de cienCapftuto 1 aiios de investigacién bioquimica resulta evidente que los organismos vivos son notablemente similares en los niveles quimico y microscépico (Fig. 1-2), La bioguimica pretende describir en términos moieculares aquellas cestructuras, mecanismos y procesos quimicos compartidos por todos los ‘organismos y descifrar los principios organizativos en los que se basa la vida en todas sus diversas formas. 'A pesar de que existe una uniformidad fundamental en todas las mani- festaciones de la vida, es importante reconocer en primer lugar que existen muy pocas generalizaciones acerca de los organismos vivos que sean absolutamente correctas para todos ellos bajo todas las condiciones. La gama de habitats en los que viven los organismos, desde aguas termales hasta la tundra artica, desde el intestine animal hasta los dormitorios de colegios mayores, tiene su reflejo en la gama igualmente amplia de adapta~ ciones bioquimicas especificas. Estas adaptaciones respetan la organiza- ci6n quimica fundamental compartida por todos los organismos. Las gene- ralizaciones son tiles aunque no sean perfectas. De hecho, las excepciones suelen a menudo confirmar las generalizaciones cientificas Todas las macromoléculas se construyen a partir de un mimero limitado de compuestos simples La mayor parte de los constituyentes moleculares de los sistemas vivos se componen de atomos de carbono unidos covalentemente con otros ato- mos de carbono y con hidrégeno, oxigeno o nitrogeno. Las especiales propiedades de enlace del carbono permiten la formacién de una gran variedad de moléculas. Los compuestos organicos de masa molecular (M.) ‘menor de aproximadamente 500 daltons, como aminoacidos, nuclestidos y ‘monosacéridos, sirven como subunidades monoméricas de proteinas, Acidos nucleicos y polisacaridos, respectivamente. Una sola molécula de proteina puede estar compuesta por 1,000 0 més aminoacidos, mientras que el acide desoxirribonucleico posee millones de nucledtidos. Cada una de las células de la bacteria Escherichia coli (E. coli) contiene ‘mas de 6.000 compuestos organicos diferentes, entre los que se incluye un total de aproximadamente 3,000 proteinas y un ntimero similar de diferen- tes moléculas de Acido nucleico. En el organismo humano puede haber decenas de miles de proteinas diferentes, asi como muchos tipos de polisacaridos (cadenas de azicares simples), una vatiedad de lipidos y muchos otros compuestos de menor masa molecular. La purificacion y caracterizaci6n profunda de todas estas moléculas serfa una empresa insuperable si no fuera por el hecho de que cada clase de ‘macromoléculas (proteins, cidos nucleicos, polisacéridos) se compone ‘de una serie reducida y comin de subunidades monométicas. Estas subuni- dades monoméricas pueden unirse covalentemente y dar lugar a un reper- torio de secuencias virlualmente ilimitado (Fig. 1-3) del mismo modo que Jas 26 letras del alfabeto inglés pueden ordenarse en un nimero ilimitado de palabras, frases o libros. Los dcidos desoxirribonucleicos (DNA) se construyen a partir de linicamente cuatro clases de unidades monoméricas sencillas, los desoxirn- bonuclestidos, mientras que los éeidos ribonucleicos (RNA) se compo- rnen de Gnicamente cuatro tipos de ribonucledtidos. Las proteinas se componen de 20 clases diferentes de aminodcidos. Los ocho tipos de ucledtidos a partir de los que se construyen todos los acidos nucleicos y Figura 1-3 Subunidades monoméricas colocadas fotmando secuencias lineales pueden dar lugar a ‘mensajes infinitamente complejos. El numero posible de secuencias diferentes (S) depende del numero de clases de subunidades diferentes (N) y de la La L6glea molecular de ta vida 5 Subunidades monoméricas Letras del Desonimbo Amino alfabeto retectidos ios inglés (28 caracteres) erases) (20 clases) Jyt a. ZYN BpyeQv vis wat oe oe BAA ipa a eee eee IKIKG AAA Hmm Goo Rae eEP RPE O08 $$s ¢¢7 O66 * pate foo nen Secuencias lineales ordenadas Para un segmento de 8 subunidades, 1 nimero de posbies secuencas citerentes es 20" 0 2.563100 2680 4o ads to! 65.536 Jongitud de la secuencia lineal (J): $ = Ni Para polimeras del tamano de las proteinas (L ~ 1.000), ‘Ses muy grande, y para los 4cidos nucleicos, para Jos que £ puede valer varios millones, Ses astronémica,6 Parte 1 Fundamentos de bloquimica “ee Poe ooh B Se ech FC] me = (CI = i 8 Sh Subjnidades a rogers aa > proteina, lipidas, ete Figura 1-4 Los organismos vivos no estén en ‘equilibrio con su entomo. La muerte y la pultefaccion restauran el equllibrio. Durante el crecimiento, la energia contenida en los alimentos fs ullizada para sintetizar moléculas complejas y para concentrar los jones de! entomno. Cuando el ‘organismo mucre, pierde su capacidad para obtener cenergia de los alimentos. Sin energia, el cuerpo no puede mantener los gradientes de concentracin y Tos iones se filtran hacia el exterior. De modo inexorable, los componentes macromoleculares se escomponen en compuestos mas simples. Estos Sirven de fuente nuritiva para el fitoplancton, que es Inds tarde consumnido por organismos de mayor tamaiio. (Convencionalmente, los corchetes son ingicativos de concentracién en este caso de ‘especies ionicas.) los 20 tipos diferentes de aminoacidos a partir de los que se forman las protefnas son idénticos en todos los organismos vivos, La mayor parte de las subunidades monoméricas a partir de las que se construyen todas las macromoléculas desempefian mas de una funcién en las células vivas. Ademés de servir como subunidades de los acidos nucle'- cos, los nucledtidos actian como moléculas portadoras de energia. Los aminoacidos son, ademas de subunidades de moléculas de proteina, pre- cursores de hormonas, neurotransmisores, pigmentos y muchas otras clases de biomoléculas, ‘A partir de estas consideraciones podemos definir algunos de los principios de la logica molecular de la vida Todos'los organismos vivos poseen las iismas clases de subuni- dades monoméricas. Existen patrones comunes en la estructura de las macromoléculas biologicas. La identidad de cada organismo queda preservada por la pose- sién de un conjunto distintivo de dcidos nucleicos y protefnas. Produccién y consumo de energia en el metabolismo La energia es un tema central en la bioquimica: las células y organismos dependen de un suministro constante de energia para oponerse a la tenden cia natural inexorable hacia la degradacién hasta el estado de menor energia, Las reacciones sintéticas que ocurren en el seno de una célula requieren energfa del mismo modo que los procesos sintéticos de cualquier industria, En el desplazamiento de una bacteria y en el de un atleta limpico, en el destello de una luciérnaga y en la descarga eléctrica de una anguila se consume energia, Fl almacenamiento y la expresién de informa- ci6n tiene un coste energético, sin el cual las estructuras ricas en infor maci6n se transforman inevitablemente en desordenadas y faltas de senti- do. Las células han desarrollado mecanismos altamente eficientes para capturar la energia de la luz solar o para extraer la energia de los combusti- bles oxidables, y también para acoplar la energia obtenida de este modo con los muchos procesos consumidores de energia que llevan a cabo. Los organismos no se encuentran nunca en equilibrio con su entorno Uno de los primeros acontecimientos en el transcurso de la evolucion bioldgica debe haber sido el desarrollo de una membrana lipidica que contenia las moléculas solubles en agua de la célula primitiva, mantenién- dolas aisladas y permitiendo que se acumularan en concentraciones rela vamente elevadas. Las moléculas e iones contenidos en un organismo vivo difieren en cuanto a sus caracteristicas y concentracion de las que se encuentran en el entorne del organismo. Las células de un pez de agua dulce contienen ciertos iones inorganicos a concentraciones muy diferen: tes de las observadas en el agua circundante (Fig. 1-4). El pez contiene proteinas, acidos nucleicos, glicidos y grasas, compuestos esencialmente ausentes del medio circundante, que por su parte contiene atomos de carbono, hidrogeno y oxigeno en forma de moléculas mas simples, coma didxido de carbono y agua. Cuando el pez muere, su contenido llega finalmente a un equilibrio con su medio ambienteCapituto 1 La composicin molecular es un reflejo de un estado estacionario dinémico [A pesar de que la composicién quimica de un organismo puede mantenerse précticamente constante a lo largo del tiempo, la poblacién de moléculas, de una célula u organismo se encuentra bien lejos de ser estitica. Las moléculas se sintetizan y més tarde se degradan mediante reacciones quimicas continuas que implican la existencia de un flujo constante de masa y energia en el sistema, Las moléculas de hemoglobina que estén transportando en este momento oxigeno desde sus pulmones a su cerebro se sintetizaron el mes pasado. Dentro de un mes se habran degradado y nuevas moléculas de hemoglobina las habran reemplazado. La glucosa que ingirid en la tltima comida se encuentra ahora circulando por su torrente sanguineo; antes de que termine el dia estas mismas moléculas de glucosa se habran convertido en alguna otra cosa, como por ejemplo, didxido de carbono 0 grasa, y habran sido reemplazadas por un suministo fresco de sglucosa. La cantidad de hemoglobina y de glucosa en sangre permanece prdcticamente constante porque la velocidad de sintesis © ingestion de cada una de ellas compensa con exactitud la velocidad de su degradacién, consumo 0 conversion en algin otro producto (Fig. 1-5). La constancia cen la concentracién no refleja, por tanto, una falta de actividad quimica de los componentes, sino que es el resultado de un estado estacionario dinémico, + Hemoglobina “°° productos de degradacion (ene! eitocitoy (20 aminoseides) Precursores (20 aminodcidos) Cuando 4; ~ fy la concentracin de hemoglobina es constante @ 1A C0; desprendio Civcosa wits fr Seaaea PSs ones productos Nlmentos S, : Gaasas de reserva Giicidos) Cuando 1, = r+ % +r la concentracion de glucosa en sangre es constante oo Los organismos intercambian energia y materia con su entorno Las células y organismos vivos deben realizar trabajo para permanecer vivos y reproducirse. La sintesis continua de componentes celulares requiere trabajo quimico; la acumulaciGn y retencién de sales y diversos componen- tes orginicos en contra de un gradiente de concentracién implica la realizaci6n de trabajo osmotico; la contraccién miscular 0 el movimiento bacteriano representan un trabajo mecanico. La bioquimica examina los procesos por los que se extrae, canaliza y consume energia, por lo que resulta esencial conocer los principios fundamentales de la bioenergética. Considérese el sencillo ejemplo mecénico mostrado en la Figura 1-6. Un objeto situado en la parte superior de un plano inclinado posee una cierta cantidad de energia potencial como resultado de su elevacion. Tiende a deslizarse esponténeamente por el plano, perdiendo progresivamente su energia potencial al acercarse al suelo. Si el objeto es acoplado a un mecanismo de cuerda y polea, el movimiento espontaneo hacia abajo puede realizar una cierla cantidad de trabajo, cantidad que nunca sera mayor que el cambio en energia potencial de posicién. La cantidad de logic molecular de ta vida 1 Figura 1-5 Cuando la velocidad de aparici6n de ‘componentes celulares se corresponde exactamente ‘con la velocidad de su desaparicidn se produce un estado estacionario dinamico. En (a), una proteina Chemoglobina) se sinetiza, degradandose & ‘continuacién. En (b), la glicosa procedente de los alimentos (0 de las reservas de glicidos) penetra en €l torrente sanguineo desde Varios teidos (intestino, higado) para més tarde desaparecer del medio sanguineo y ser consumida como combustible para los procesas metabolicos de otros tejidos (corazén, cerebro, misculo esquelético). En este esquema, 7), rr etc. representan las velocidades de los diversos procesos. Las concentraciones de hemoglobina y glucosa en el estado estacionario dinémico se mantienen mediante complejos mecanismos reguladores de las velocidades relativas de los procesos que aqui se comentan.8 Parte | Fundamentos de bioquimica Ejemplo mecanico Ejemplo quimico 0) Endergénico fl Exergénico Figura 1-6 (Parte superior) El movimiento descendente de un objeto libera energia potencial capaz de producir trabajo. La energia potencial liberada por el movimiento descendente esponténeo (un proceso exergénico, representado por la caja violeta) puede acoplarse al movimiento ascendente de otro objeto (un proceso endergénico, representado por la caja azul). (Parte inferior) Una reaccién quimica espontanea (exergénica) (B > C) libera energia libre que puede estimular o dirigir una reacci6n endergoénica (A - B) cuando las dos reacciones comparten un mismo intermedio, B. La reaccién exergénica B-> C comporta una variacién fuertemente negativa de energia libre (AG _. ¢), mientras que la reacci6n endergonica _ A—B comporta una variacién de energia positiva y de menor valor absoluto (AG, _, 3). La variacion global de energia libre para la reaccibn A> C es la suma aritmética de los dos valores (AG, _, <). Dado que el valor de (AG, _, -) es negativo, la reaccién global es exergonica y se da esponténeamente. energia realmente transformable en trabajo (denominada energia libre) siempre sera ligeramente inferior a la variacion energética total, habida cuenta de que una parte de la energia se disipa en forma de calor de fricci6n. Cuanto mayor sea la elevacién del objeto con relacion a su posicion final, mayor sera el cambio energético al deslizarse hacia abajo y mayor sera la cantidad de trabajo que puede realizar. En una analogia quimica de este ejemplo mecanico (Fig. 1-6, parte inferior), un reactivo, B, se convierte en un producto C. Cada uno de los compuestos contiene una cierta cantidad de energia potencial, relacionada con la clase y niimero de enlaces en cada tipo de molécula. Esta energia es andloga a la energia potencial de un objeto elevado. Parte de la energia es capaz de realizar trabajo en la conversién de B en C a través de una reacci6n quimica que no implica cambio alguno de temperatura o presiOn. Esta porcion de la energia total, la energia libre, se designa como G (por J. Willard Gibbs, quien desarroll6 gran parte de la teoria de la energé- tica quimica), y la variacién de energia libre durante la conversion de B en Ces AG Podemos definir un sistema como el conjunto de los reactivos y productos, el disolvente y la atmésfera circundante o, dicho de otro modo, todo aquello que esta incluido en una regién definida del espacio. El conjunto del sistema y sus alrededores configuran el universo. Si el sistema no intercambia materia ni energia con sus alrededores, se denomi- na cerrado. La magnitud de la variaci6n en energia libre de un proceso que se dirige al equilibrio depende de lo lejos que se encontrara del mismo en su estado inicial. En el ejemplo mecanico no se producira deslizamiento espontaneo una vez el objeto haya alcanzado el suelo; el objeto se encuen- tra entonces en equilibrio con su entorno y la variacidn de energia libre del proceso de deslizamiento a lo largo de la superficie horizontal es cero. En el caso de reacciones quimicas en sistemas cerrados, el proceso se produce también espontaneamente hasta que se alcanza el equilibrio. La variacién de energia libre (AG) de una reaccién quimica es una expre- sion cuantitativa de lo lejos que se encuentra el sistema del equilibrio quimico. Aquellas reacciones que liberan energia libre se denominan exer- génicas. Dado que los productos de estas reacciones tienen menor energia libre que los reactivos, AG es negativa. Aquellas reacciones en las que los Productos poseen mayor energia libre que los reactivos son endergénicas, y para estas reacciones AG es positiva. Cuando todas las especies quimicas de un sistema se encuentran en equilibrio, la variacion de energia libre para la reacci6n es cero y ya no puede darse conversién neta de reactivos en productos sin la adicién de energia o materia desde el exterior hacia el sis- tema. Del mismo modo que en el ejemplo mecAnico, parte de la energia liberada en un proceso espontaneo es capaz de transformarse en trabajo -trabajo quimico en este caso. En los sistemas vivos, asi como en los procesos mecAnicos, parte de la variacién energética total de una reaccion quimica no es utilizable para realizar trabajo. Una porcién se disipa en forma de calor, y otra se pierde en forma de entropia, una medida de la energia debida al desorden que mas tarde definiremos con mayor rigor. gDe qué modo se canaliza en un organismo vivo la energia de una reaccién quimica hacia aquellos procesos que la requieren? En el ejemplo mecanico de la Figura 1-6 resulta claro que si un objeto deslizante se acopla a otro objeto en otro plano inclinado, la energia liberada por el objeto que se desliza espontaneamente hacia abajo puede aprovecharse para producir un movimiento del otro objeto hacia arriba, movimiento que, por otra parte, no puede producirse espontaneamente. Existe aqui una analogia directa con los procesos bioquimicos en los que la energia liberada en una reacci6n exergonica puede usarse para dar lugar a otra reacci6n endergoni- ca que no tendria lugar espontaneamente. Las reacciones de este sistema seCapitulo 1 La Logica molecular de ta vida 8 encuentran acopladas porque el producto de una (el compuesto B) es un reactivo en la otra. Este acoplamlento de una reaccién exergonica con una reaccién endergénica juega un papel absolutamente central en los intercambios de energia libre que tienen lugar en todos los sistemas vivos. En el acoplamiento de energia biol6gica no es suficiente que dos reaccio- res se den al mismo tiempo. Las dos reacciones deben acoplarse en el sentido mostrado en la parte inferior de la Figura 1-8, donde las dos reacciones comparten el intermedio B. Un organismo vivo es un sistema abierto que intercambia materia y energia con su entorno. Los organismos vivos emplean una de las dos estrategias siguientes para extraer energia libre de su entomno: (1) captan componentes quimicos de su entorno (combustibles), extraen energfa libre mediante reacciones exergonicas a partir de estos combustibles, ¥ proce den a acoplar estas reacciones a reacciones endergonicas; o bien (2) uilizan la energia absorbida de la radiacién solar para llevar a cabo reacciones fotoquimicas exergénicas a las que acoplan reacciones ender- sonicas. Las células y organismos interconvierten diferentes formas de energia La primera ley de la termodinamica, desarrollada a partir de la fisica y la uimica, pero plenamente valida también para sistemas biolégicos, descri be el principio de conservacion de la energia: No fue hasta el siglo diecinueve que los fisicos descubrieron el fenéme- no de la transduectén de la energia (conversion de una forma en otra), a pesar de que las células vivas habian estado empleando este principio durante eones. Las células son consumados transductores de energia, capaces de interconvertir energia quimica, electromagnética, mecéuica y osmética con gran eficiencia (Fig. 1-7).' Los transductores de energia biol6gica difieren de las méquinas convencionales que dependen de dife- rencias en la presion o en la temperatura. La maquina de vapor. por ejemplo, convierte la energia quimica del combustible en calor, elevando la temperatura del agua hasta su punto de ebullicién para producir la presion de vapor que hace funcionar el dispositive mecénico. La maquina de combustién interna depende, de manera similar, de cambios en la tempera- tura y en la presi6n. En contraste con ello, todas las partes de un organismo vivo deben operar a unas condiciones précticamente idénticas de presion y temperatura, por lo que el flujo de calor deja de ser una fuente itil de cenergia. Las células son sistemas isotérmicos, que trabajan a temperatura constante. Energia potencial @ Transdveciones ‘de energia Aumento de entopia © Figura 1-7 Durante las transcuciofies metabélicas, la entropia aumenta a la vez que la energia potencial de las moléculas nutrientes complejas disminuye. Los organismos vivos (a) extraen energia de su entomo, (b) convierten parte de ella en formas de cenergia tiles para producir trabajo, y (€) develven parte de la energia al entorno en forma de calor, Junto con los productos finales, moléculas menos ‘organizadas que el combustible original; resultado 5 un incremento de la energia del universo10 Parte 1 Fundamentos de bioquimica Fotones de luz visible Figura 1-8 La energia solar es la fuente primaria de toda la energia biolégica. Las reacciones termonucleares del sol producen energia que es transmitida a la tierra en forma de luz y convertida alli en energia quimica por las plantas y ciertos microorganismos. El flujo de electrones proporciona energia para los organismos Virtualmente todas las transducciones energéticas de las células pueden asimilarse a un flujo de electrones desde una molécula a otra, ya sea en el caso de la oxidaci6n de un combustible o en la captacién de energia luminosa durante la fotosintesis. Este flujo de electrones se efectiia “cuesta abajo”, desde potenciales electroquimicos superiores a inferiores; siendo asi, es formalmente andlogo al flujo de electrones en un circuito eléctrico alimentado por una bateria eléctrica. Practicamente todos los organismos vivos derivan su energia, directa o indirectamente, de la energia radiante, que proviene de las reacciones de fusién termonuclear que producen helio en el sol (Fig. 1-8). Las células fotosintéticas absorben la energia radiante del sol y la utilizan para. dirigir electrones desde el agua al didxido de carbono, dando lugar a compuestos ricos en energia como el almid6n o la sacarosa. Al llevar a cabo estas transformaciones, la mayor parte de orga- nismos fotosintéticos liberan oxigeno molecular a la atmésfera. En ultimo término, los organismos no fotosintéticos obtienen energia para sus necesi- dades mediante la oxidacién de los productos ricos en energia de la fotosintesis, transportando electrones hacia el oxigeno atmosférico para formar agua, didxido de carbono y otros productos finales, que son recicla- dos en el medio ambiente. Todas estas reacciones que implican un flujo de electrones son reacciones de oxidacién-reduccién. Asi pues, podemos postular otra serie de principios del estado vital: Los enzimas facilitan las secuencias de reacciones quimicas El hecho de que una reacci6n sea exergénica no significa que vaya necesa- riamente a transcurrir con rapidez. El diagrama de coordenadas de reac- cién de la Figura 1-6 (parte inferior) es en realidad una simplificacién. La trayectoria entre reactivo y producto transcurre de manera practicamente invariable a través de una barrera energética, denominada barrera de activacién (Fig. 1-9), que debe ser superada para que tenga lugar la reaccién. La rotura y formacién de enlaces implica generalmente y de manera previa el doblamiento o estiramiento de los enlaces existentes, lo que genera un estado de transicién de mayor energia libre que reactivos © productos, E] punto mas alto en un diagrama de coordenadas de reaccion representa el estado de transicién. Las barreras de activacién resultan cruciales para la estabilidad de las biomoléculas en los sistemas vivos. A pesar de que, una vez aisladas de otros componentes celulares, la mayor parte de biomoléculas son estables durante dias o incluso afios, en el medio celular sufren transformaciones quimicas en el espacio de milisegundos. Sin las barreras de activaci6n, las biomoléculas localizadas en el interior de las células se degradarian rapida-Capitulo 1 La Kigica molecular de la vida n Coordenada de reaccion (A -» B) mente dando lugar a formas simples de bajo contenido en energia. La vida media de las moléculas complejas seria muy corta, y resultaria imposible la extrzordinaria continuidad y organizacién de la vida. Précticamente todas las reacciones quimicas celulares tienen lugar gra- cias a los enzimas ~catalizadores capaces de provocar un gran incremento en la velocidad de reacciones quimicas especificas sin consumirse en el proceso (Fig. 1-10). Al actuar como catalizadores, los enzimas actiian disminuyendo la barrera energética entre reactivo y producto. La energia de activacién (AG"; Fig. 1-9) necesaria para sobrepasar esta bartera podria en principio obtenerse calentando la mezcia de reaccién, pero esta posibilidad no puede contemplarse en las células vivas. En lugar de ello, durante la reaccién los enzimas se unen a moléculas de reactivo en el estado de transicién, con lo que disminuyen la energla de activacion y aceleran en gran medida la velocidad de reacci6n. La relacién entre energia de activacion y velocidad de reacciOn es exponencial; una pequena dismi- tnucion en AG? da como resultado un gran incremento en la velocidad de reaecién. Las reacciones catalizadas por enzimas tienen lugar generalmente a velocidades equivalentes a multiplicar por entre 10" y 10" las de las reacciones no catalizadas. Salvo algunas excepciones que veremos més tarde, los enzimas son proteinas. Cada proteina enzimética esta disefiada para catalizar una reac- cién especitica, y cada una de las reacciones celulares esta catalizada por un enzima diferente. Es por tanto evidente que en cada célula son necesa- rios miles de enzimas diferentes. La muitiplicidad de los enzimas, la elevada especificidad por sus sustratos, y su susceptibilidad a la regulaci6n contfie- ren a las células la capacidad de disminuir selectivamente las barreras de activaci6n, Esta selectividad resulta crucial para la regulacion efectiva de los procesos celulares. Cantsed de producto formado (8) Tiempo Figura 1-9 El curso energético de una reaccién qulmica. En el proceso de conversion de los Teactivos (A) en productos (B) debe salvarse una tlevada barrera de activaciOn, a pesar de que los productos son mas estables que los reactivos, tal ‘como indica la gran variacion negativa de energla Tibre (AG), La enerata necesaria para superar la barrera de acivacion es la energia de activacion (AG), Los enaimas catalizan las reacciones tisminuyendo la barreta de activacin. Se unen fuertemente a los intermedios del estado de ttansicion, y la energia de enlace de esta interaccion hhace que exista una diferencia importante entre las fenergias de actvacion AG sx ¥ AG (Odservar ‘que la energia de activacién no esté relacionada con la variacion de energia libre de la reaccion, 4G) Figura 1-10 Los enzimas incrementan la velocidad de-una reaccién quimica especitica. En presencia de lun enaima especifico para la conversin del reactivo ‘Aen el producto B, la velocidad de la reaccién puede aumentar en un mln de veces 0 mis en ‘comparacién con la reaccion no catalizada. El fenzima no se consume en el proceso; una molécula de enzima puede actuar de modo repetido en la ‘conversion de moléculas de A en B.n Parte 1 Fundamentos de bloquimlca * vo] CH.CH»-G-CO0- i cH, cH, cH, —cH,—¢—b—co0- ou On oH Ht, —CH.—F-¢—C00 # Hs Ht (Cth CH-CHH—-C-CO0 ONES ° 0 oO eee cae 0-P-0-P-0-P-0-CH; i 6 ‘Treonina (A) eCetobutirato wAceto«hidro sutiato (©) ap Diicrox-B met valerato (D) aCeto-B:meti Walerato () fsolevcina Ejemplo de una ita metabotica sintética (anabélica) tipica. En la bacteria E. coli, la treonina se converte en isoleacina en cinco pass, ‘atalzado cada uno de ellos por un enaima diferente. (En la figura s6lo se muestran los reactivos productos principales.) Por su parte, la treonina se Linttizaa partir de un precursor mas simple. Tanto ia treonina como la isoleucina som precursores de moléeulas mucho mayores ¥ mas comple: las proteinas, (Las letras A-P coresponden las de Ia Figura 114) Las miles de reacciones quimicas catalizadas por enzimas en el interior de las células se encuentran organizadas en muchas secuencias diferentes de reacciones consecutivas denominadas rutas, en las que el producto de una reaccién pasa a ser el reactivo de la siguiente (Fig. 1-11). Algunas de estas secuencias de reacciones catalizadas por enzimas degradan nutrientes orgénicos transformandolos en productos finales simples, con el fin de extraer de ellos energia quimica y convertirla en una forma util para la Célula. El conjunto de estas reacciones degradativas productoras de energia libre se denomina catabolismo. Otras rutas catalizadas por enzimas parten de pequefias moléculas precursoras convirtiéndolas en moléculas progres vamente mayores y mas complejas, entre las que se incluyen las proteinas y los Acidos nucieicos; estas rutas sintéticas requieren invariablemente un aporte de energia, y en conjunto se denominan anabolismo. La com- pleja red de reacciones catalizadas por enzimas constituye el metabolismo celular. EL ATP es el portador universal de energia metabélica y el nexo de unién entre catabolismo y anabolismo Las células captan, almacenan y transportan energia libre en forma quimica. El trifosfato de adenosina (ATP) (Fig. 1-12) actia como el transportador principal de energia quimica en todas las células. El ATP transporta energia, entre las diferentes rutas metabolicas gracias a ser un reactivo intermediario capaz de acoplar reacciones endergonicas con exergénicas. El ATP puede transferir su grupo fosfato terminal a una serie de biomoléculas aceptoras, que quedan en consecuencia activadas para posteriores transformaciones. uimicas, El difosfato de adenosina (ADP) producto de la transferencia de fosfato se transforma de nuevo en ATP, ya sea a expensas de energia quimica (durante la fosforilacién oxidativa) o de energia solar en las Ccélulas fotosintéticas (gracias al proceso de fotofosforilacién). El ATP es €l principal nexo de unién (el intermedio compartido) entre las redes ca tabolicas y anabélicas de reacciones catalizadas enzimaticamente en la célula (Fig. 1-13). Estas redes interconectadas de reacciones cataliza- das enzimaticamente son virtualmente idénticas en todos los organismos Figura 1-12 (a) Formula estructural y (b) modelo de bolas y vatilas del trifoslato de adenosina (ATP), La eliminacion del fosfato terminal del ATP es altamente exergénica, y esta reaccién se acopla a ‘muchas reaceiones endergonicas en la célula.Capitulo 1 La t6gica molecular de la vida 18 Figura 1-13 E] ATP es el intermedio quimico que Conecta los procesos que liberan energia con ‘aquellos que requieren aporte de energia. Su papel cn la célula es andlogo al del dinero en las relaciones comerciales: se “gana/produce” en reacciones exergonicas y se "gasta/consume’ en las endergénicas El metabolismo esté regulado para conseguir equilibrio y economia Las células vivas no son s6lo capaces de sintetizar simulténeamente miles de clases diferentes de moléculas de glicidos. grasas, proteinas y &ci- dos nucleicos y sus subunidades més sencillas, sino que ademas son ca paces de hacerlo en las proporciones precisas que son necesarias para la Célula. Cuando, por ejemplo, se produce un crecimiento celular rapido, deben sintetizarse grandes cantidades de precursores de proteinas y 4cidos nnucleicos, mientras que en condiciones de no crecimiento la necesidad de estos precursores se encuentra muy reducida. Los enzimas clave de cada ruta metabélica estén regulados de manera que cada tipo de molécula recutsora se sintetiza en la cantidad adecuada a las necesidades circuns- tanciales de la célula. Considérese la ruta que se presenta en la Figura 1-14 Gver también Fig. 1-11), que conduce a la sintesis de isoleucina (uno de los aminodcidos, las subunidades monoméricas de las protefnas). Si una célula empieza a producir més isoleucina de la necesaria para la sintesis proteica, la isoleucina no utilizada se acumula. Concentraciones elevadas de isoleuci- na inhiben la actividad catalitica del primer enzima de la ruta, con lo que se frena inmediatamente la produccién del aminoacido. Esta retroalimenta- clén negativa mantiene el equilibrio entre produccién y utilizacién de cada intermedio metabélico. Las células vivas también regulan la sintesis de sus propios catalizado- res, los enzimas. De este modo, una célula puede detener la sintesis de un enzima necesario para producir un determinado compuesto, en el caso de que éste se encuentre ya en el medio. Estas propiedades de autoajuste y autorregulacion permiten a las células mantenerse en un estado estaciona- rio dindmico a pesar de las fluctuaciones en las condiciones ambientales. La regulacion de una ruta biosinética por retroinhibici. En la ruta de cinco pasos por Ia que se forma goleucina a pari de treonina Fig. 1-1, la acumulacion del producto isoleucina @ produce la inhibicibn de la primera reacelén de Ta‘rata por unién de la isoleucina al enaima que F Isoleucine14 Parte | Fundamentos de bioquimica Figura 1-15 Dos escrituras antiguas. (a) El Prisma de Senaquerib, inscrito aproximadamente en el 700 A.C., describe algunos hechos histéricos acaecidos durante el reinado del rey Senaquerib en caracteres del lenguaje asirio. E] Prisma contiene aproximadamente 20.000 caracteres, pesa 50 kg y ha sobrevivido practicamente intacto durante 2.700 afios. (b) La molécula de DNA de la bacteria E. coli, observada durante el proceso de filtrado hacia el exterior de una célula lisada, es centenares de veces més larga que la célula misma y contiene codificada toda la informacién necesaria para especificar la estructura y las funciones de la célula. El] DNA bacteriano contiene aproximadamente 10 millones de caracteres (nucledtidos), pesa menos de 10-!° g y solo ha sufrido cambios menores durante los Ultimos millones de aiios. Los puntos negros y las amanahas hlances sap aviataatas ae de reparacnde. Transferencia de informacién bioldgica La existencia continuada de una especie biologica exige el mantenimiento de su informaci6n genética en una forma estable y, a la vez, que esta informaci6n se exprese con el minimo de errores. El correcto almacena- miento y la expresiOn exacta del mensaje genético define a las especies individuales, permite distinguirlas entre ellas y asegura su continuidad a lo largo de las sucesivas generaciones. E] descubrimiento de la naturaleza quimica y la estructura tridimensio- nal del material genético, el DNA, se cuenta entre los hitos fundamentales de la biologia del siglo veinte. La secuencia de desoxirribonucle6tidos en este polimero lineal lleva codificadas las instrucciones para formar todos los demas componentes celulares y acta ademas de molde para la produc- cién de moléculas idénticas de DNA que seran distribuidas a la progenie al dividirse la célula. La continuidad genética reside en las moléculas de DNA Posiblemente, la propiedad mas remarcable de las células y organismos vivos es su capacidad para reproducirse con fidelidad casi perfecta a lo largo de incontables generaciones. Esta continuidad de rasgos heredados implica que, a lo largo de miles de millones de afios, la estructura de las moléculas que contienen la informacién genética ha debido permanecer constante. Muy pocas huellas histéricas de la civilizacion, incluidas las grabadas sobre cobre 0 talladas sobre piedra, han sobrevivido un millar de afios (Fig. 1-15). Pero existen convincentes evidencias de que las instruc- ciones genéticas de los organismos vivos han permanecido practicamente inalteradas durante periodos mucho mas largos; muchas bacterias tienen aproximadamente el mismo tamaiio, forma y estructura interna, y contienen el mismo tipo de moléculas precursoras y enzimas, que las que vivieron hace mil millones de afios. (a) (b)Capitulo 1 La légica molecular de la vida 15 La informacién hereditaria se conserva en el DNA, un largo y delgado polimero organico, tan fragil que se fragmenta por la simple acci6n de las fuerzas de cizalla que aparecen en una disolucién cuando ésta se agita o pipetea. Un dvulo o un espermatozoide humano, al transportar la informa- cion hereditaria acumulada durante millones de afios de evolucién, transmi- te estas instrucciones en forma de moléculas de DNA, en las que la secuencia lineal de subunidades nucleotidicas unidas covalentemente codi- fica el mensaje genético. La estructura del DNA hace posible su reparacién y replicacién con fidelidad casi perfecta La capacidad de las células vivas de preservar su material genético y duplicarlo para su transmisi6n a la generaciOn siguiente es el resultado de la complementariedad estructural entre las dos mitades de la molécula de DNA (Fig. 1-16). La unidad basica del DNA es un polimero lineal de cuatro subunidades monoméricas diferentes, los desoxirribonuclestidos (ver Fig. 1-3), ordenados en una secuencia lineal precisa. En esta secuencia lineal se encuentra codificada la informacion genética. Dos de estas cade- nas poliméricas se enrollan una sobre la otra para formar la doble hélice de DNA, en la que cada subunidad monomérica de una cadena queda especifi- camente aparejada con la subunidad complementaria de la cadena opues- ta. En la replicacién o reparacién enzimatica del DNA, una de las dos cadenas sirve de molde para la construccién de otra cadena de DNA estructuralmente complementaria. Antes de producirse la division celular, las dos cadenas de DNA se separan y acttian de molde para la sintesis de otra cadena complementaria, con lo que se generan dos moléculas de doble hélice idénticas, una para cada célula hija. Si una cadena resulta dafiada, la continuidad de la informacién queda asegurada por la informa- cién presente en la cadena complementaria. Figura 1-16 La estructura complementaria del DNA de doble cadena explica su exacta reproduccion. El DNA es un polimero lineal de cuatro subunidades, los desoxirribonucledtidos desoxiadenilato (A), desoxiguanilato (G), desoxicitidilato (C) y desoxitimidilato (T), unidos covalentemente. Cada uno de los nucledtidos, gracias a su precisa estructura tridimensional, posee la capacidad intrinseca de asociarse muy especificamente, pero no de modo covalente, con otro de los nucledtidos: A se asocia siempre con su complementario T y G siempre con C. En la molécula de DNA de doble cadena, la secuencia de nucledtidos de una hebra es complementaria con la secuencia de la otra hebra; Cadena 1 Cadena 2 Cadena | vieja nueva nueva vieja ‘adena 2 siempre que aparece una G en la cadena 1, se encuentra una C en la cadena 2; siempre que haya una A en la cadena 1, habra una T en la cadena 2. Las dos cadenas del DNA, unidas por muchos puentes de hidrégeno (lineas verticales azules) entre los pares de nucleétidos complementarios, se enrollan una sobre la otra para formar la doble hélice del DNA. En la replicaci6n del DNA, previa a la division celular, las dos cadenas del DNA original se separan y se sintetizan dos cadenas nuevas, cada una con una secuencia complementaria a la secuencia de una de las cadenas originales. E] resultado es dos moléculas de DNA en doble hélice, cada una de ellas idéntica al DNA original.16 Parte | Fundamentos de bioquimica Figura 1-17 La gradual acumulacion de mutaciones durante largos periodos de tiempo da lugar a la aparicion de nuevas especies bioldgicas, cada una con una secuencia propia para sus moléculas de DNA. En la parte superior se muestra un segmento corto de un gen en un organismo progenitor hipotético. Con el paso del tiempo se producen cambios en la secuencia de nucledtidos (mutaciones, aqui indicadas por cuadros coloreados) a razon de uno en cada ocasién, dando como resultado una progenie con diferentes secuencias de DNA. Los mutantes de la progenie pueden a su vez sufrir mutaciones ocasionales, dando lugar a sus propios descendientes que difieren en dos 0 mas nucledétidos con respecto a la secuencia original. Los cambios en las instrucciones hereditarias hacen posible la evolucién A pesar de la fidelidad casi perfecta de la replicacion genética, ciertos errores muy poco frecuentes que no han sido reparados producen variacio- nes en la secuencia nucleotidica del DNA, lo que se conoce como una mutacion genética (Fig. 1-17). Una reparacién incorrecta de una lesién en una de las cadenas de DNA tiene el mismo efecto. Las mutaciones pueden hacer cambiar las instrucciones de produccién de componentes celulares. Muchas mutaciones son dafinas e incluso letales para el organismo; pue- den, por ejemplo, provocar la sintesis de un enzima defectuoso que no sea capaz de catalizar una reaccion metabdlica esencial. De manera ocasional, una mutacién le confiere a un organismo una mejor disposicién para sobrevivir en su medio ambiente. E] enzima mutante puede haber adquirido, por ejemplo, una especificidad ligeramente diferente, de manera que ahora Mutacion Mutacion 4 Mutacién 5 sea capaz de utilizar como reactivo algan compuesto que hasta el momento no podia ser metabolizado por la célula. Si una poblacién de células se encontrara en un medio en el que este compuesto fuera el Gnico combusti- ble disponible, la célula mutante se encontraria en ventaja con respecto a las otras células no mutantes (salvajes) de la poblaci6n. La célula mutante y su progenie sobrevivirian en el nuevo medio, mientras que las células salvajes no podrian alimentarse y moririan. : Las variaciones genéticas al azar en individuos de una poblacién, com- binadas con la seleccién natural (supervivencia de los individuos mas preparados en un medio ambiente selectivo y cambiante), han dado como resultado la evolucién de una enorme variedad de organismos, cada uno de ellos adaptado a la vida en un particular nicho ecolégico.Capitulo 1 La légica molecular de la vida 17 La anatomia molecular revela relaciones evolutivas La bioquimica ha confirmado y ampliado en gran medida la teoria evoluti- va. Carolus Linnaeus observé las similaridades y diferencias anatémicas entre organismos vivos y disefié un marco de referencia para valorar el grado de relacién existente entre especies diferentes. Charles Darwin nos proporcioné una hipotesis unificadora para explicar la filogenia de los organismos modernos —el origen de las diferentes especies a partir de un ancestro comin. La bioquimica ha empezado a revelar la anatomia molecu- lar de las células de especies diferentes —las secuencias de subunidades en Acidos nucleicos y proteinas y las estructuras tridimensionales de moléculas individuales de Acido nucleico y proteina. Existen razonables expectativas de que en el amanecer del siglo veintiuno sepamos ya la secuencia nucleoti- dica completa de todos los genes que constituyen la herencia bioldgica del ser humano. A nivel molecular, la evolucion es la aparici6n a lo largo del tiempo de secuencias diferentes de nucledtidos en los genes. Actualmente se determi- nan nuevas secuencias genéticas con frecuencia casi diaria; con ello, los bioquimicos poseen un repertorio de datos enormemente rico con el que analizar las relaciones evolutivas y refinar la teoria evolutiva. La filogenia molecular elaborada a partir de las secuencias genéticas esta de acuerdo con la filogenia clasica basada en estructuras macroscépicas, aunque a menudo es mucho mas precisa. Las estructuras y mecanismos moleculares se han conservado durante la evolucién a pesar de que los organismos han estado en continua divergen- cia a nivel anatémico. A nivel molecular se evidencia claramenite la unidad basica de la vida; las estructuras y mecanismos moleculares fundamentales del mas simple y el mas complejo de los organismos son muy similares. La bioquimica hace posible el descubrimiento de las caracteristicas unificado- ras comunes a toda forma de vida. Este libro examina muchas de estas caracteristicas: los mecanismos de conservaci6n de la energia, la fotosinte- sis, la replicacién y la expresién genética. La secuencia lineal del DNA codifica proteinas con estructuras tridimensionales La informacién esta codificada en el DNA en forma de una secuencia lineal (monodimensional) de unidades nucleotidicas de DNA, pero la expresion de esta informaci6n da como resultado una célula tridimensional. La transi- cién entre una y tres dimensiones ocurre en dos fases. Una secuencia lineal de desoxirribonucleétidos del DNA codifica (a través de un intermedio, el RNA) la produccién de una proteina con una secuencia lineal correspon- diente de aminoacidos (Fig. 1-18). La proteina se pliega adoptando una conformaci6n tridimensional particular, que viene dictada por su secuencia de aminoacidos. La adopcién de una estructura tridimensional precisa - (conformacién nativa) es crucial para la funcién de la proteina como catalizador 0 como elemento estructural. De ello se deduce el siguiente principio: Una vez la proteina se ha plegado adoptando su conformaci6n nativa, puede asociarse de modo no covalente con otras proteinas, o bien con acidos nucleicos o lipidos, para formar complejos supramoleculares como Carolus Linnaeus 1707-1778 Charles Darwin 1809-188218 Parte I Fundamentos de bioquimica Gen 2 Gen 3 = ae SS a a a => zm => =: = a =x a Transcripcion de la secuencia de] DNA en una v de RNA & 1 RNA Traducci6n sobre el ribosoma de la secuencia del RNA en una secuencia de proteina, y plegamiento J de la proteina en su conformacién nativa J Proteina 1 Proteina 3 er Formaci6n del complejo supramolecular Figura 1-18 Las secuencias lineales de desoxirribonucledtidos en el DNA, distribuidas en unidades denominadas genes, se transcriben en moléculas de acido ribonucleico (RNA) cuyas secuencias de ribonucledtidos les son complementarias. Las secuencias de RNA se traducen posteriormente en cadenas lineales de proteina, que se pliegan espontaneamente para adoptar sus conformaciones tridimensionales nativas. Las proteinas individuales se asocian a veces con otras proteinas para formar complejos supramoleculares, estabilizados por numerosas interacciones débiles. cromosomas, ribosomas y membranas (Fig. 1-18). Estos complejos se forman en muchas ocasiones por autoensamblaje. Las moléculas individua- les de estos complejos poseen sitios de unién especificos y de alta afinidad por las demAs y son capaces de formar espontaneamente complejos funcio- nales en el medio celular. Las interacciones no covalentes estabilizan las estructuras tridimensionales Las fuerzas que proporcionan estabilidad y especificidad a las estructuras tridimensionales de las macromoléculas y los complejos supramoleculares son principalmente interacciones de tipo no covalente. Entre estas interac- ciones, individualmente débiles, pero fuertes consideradas colectivamente, se cuentan los puentes de hidrégeno, las interacciones idnicas entre grupos cargados, las interacciones de van der Waals y las interacciones hidrof6bi- cas entre grupos apolares. Estas interacciones son transitorias; se forman y se rompen individualmente en minimas fracciones de segundo. La naturale- za transitoria de las interacciones no covalentes confiere a las macromolé- culas una flexibilidad que resulta critica para su funcién. Ademas, la coinci- dencia de un gran nimero de interacciones no covalentes en una misma molécula hace que sea altamente improbable que todas ellas se rompan en un momento determinado; de este modo, las estructuras macromoleculares son estables con respecto al tiempo. Las propiedades de flexibilidad y estabilidad de la estructura en doble hélice del DNA son debidas a la complementariedad de sus dos cadenas y al gran numero de interacciones débiles que se establecen entre ellas. La flexibilidad de estas interacciones permite la separacion de las dos hebras durante la replicacién del DNA (ver Fig. 1-16); la complementariedad de la doble hélice es esencial para la continuidad genética. Las interacciones no covalentes también juegan un papel central en la especificidad y eficiencia catalitica de los enzimas. Los enzimas se unen a intermedios en el estado de transicién a través de numerosas interacciones débiles orientadas de modo preciso. Gracias a la flexibilidad de las interac- ciones débiles, e] complejo es capaz de sobrevivir a las distorsiones estruc- turales que se producen en la conversién de reactivo a producto. La formacion de interacciones no covalentes proporciona la energia necesaria para el autoensamblaje de macromoléculas mediante la estabili- zacién de las conformaciones nativas con prioridad sobre las formas desplegadas. La conformacion nativa de una proteina es aquella en la que el balance energético favorable de la formacién de interacciones débiles compensa con ventaja la tendencia de la cadena proteica a adoptar confor- maciones al azar. A partir de una secuencia lineal determinada de amino- acidos y dadas unas condiciones especificas (temperatura, fuerza iénica, pH), una proteina asumiré su conformaci6n nativa de modo espontaneo, sin que sea necesario ningGn molde o patron para dirigir su plegamiento.Capitulo 1 La légica molecular de la vida Las raices fisicas del mundo bioquimico Podemos ahora resumir los diversos principios de la l6gica molecular de la vida: En nuestro examen de la légica molecular de las células vivas no hemos encontrado jamas ninguna violacién de las leyes fisicas conocidas; tampo- co ha sido necesario recurrir a la definicién de leyes nuevas. La maquinaria organica de las células vivas esta gobernada por el mismo conjunto de leyes que gobierna el funcionamiento de las maquinas inanimadas, pero las reacciones quimicas y los procesos reguladores de las células son el resultado de un alto grado de refinamiento conseguido a lo largo de la evo- lucién. Este conjunto de principios ha sido plenamente confirmado en estudios con organismos unicelulares (como la bacteria E. coli), que son extraordi- nariamente adecuados para el estudio bioquimico y genético. A pesar de que los organismos pluricelulares deben resolver ciertos problemas con los que no se encuentran los organismos unicelulares, tales como la diferencia- cin del évulo fecundado para dar lugar a las lineas celulares especializa- das, se ha encontrado que en ambos casos rigen los mismos principios generales. éEs posible que definiciones tan simples y mecanicas sean aplicables también a seres humanos, con su extraordinaria capacidad para el razona- miento, el lenguaje y la creatividad? El ritmo con el que se ha venido progresando recientemente hacia el conocimiento bioquimico de procesos como la regulaciOn génica, la diferenciacion celular, la comunicacion intercelular y la funcién neuronal ha sido extraordinariamente rapido y lo sigue siendo cada vez mas. El éxito de la metodologia bioquimica en la resolucion y redefinicién de estos problemas justifica la esperanza de que las funciones mas complejas de los organismos mas desarrollados seran finalmente explicables en términos moleculares. Muchos son los detalles relevantes de la bioquimica; el estudiante que se asoma por vez primera a esta disciplina puede sentirse quiza abrumado. 1920 Parte | Fundamentos de bioquimica Posiblemente el descubrimiento mas alentador de la biologia del siglo veinte sea la confirmaci6n de la existencia de una unidad y simplicidad fundamentales para la vida de toda la enorme diversidad de especies que forman el mundo bioldgico. Los principios organizativos, la unidad bioqui- mica y la perspectiva evolutiva de la diversidad, contemplados a nivel molecular, nos serviran de marcos de referencia Utiles para el estudio de la bioquimica. Bibliografia Asimov, I. (1962) Life and Energy: An Exploration of the Physical and Chemical Basis of Modern Biology, Doubleday & Co., Inc., New York. Una atractiva discusién sobre el papel que las trans- formaciones energéticas juegan en biologia, escrita para el lector interesado no especializado. Blum. H.F. (1968) Time's Arrow and Evolution, 3.* ed., Princeton University Press, Princeton, NJ. Una excelente discusién sobre la influencia de la segunda ley de la termodinamica en la evolucion bio- logica. Dulbecco, R. (1987) The Design of Life, University Press, New Haven, CT. Una inhabitual y excelente introduccion a la biologia. Fruton, J.S. (1972) Molecules and Life. Historical Essays on the Interplay of Chemistry and Biology, Wiley Interscience, New York. Esta serie de ensayos describe el desarrollo de la bioquimica desde los estudios de fermentacién de Pasteur hasta los presentes trabajos sobre el metabo- lismo y la transferencia de informacion. Estos ensayos pueden ser un buen punto de referencia a lo largo de este libro. Hawking, S. (1988) A Brief History of Time, Bantam Books, Inc., New York. Jacob, F. (1974) The Logic of Life: A History of Here- dity, Pantheon Books, Inc., New York. Edicién original en francés (1970) La logique du vivant: une histoire de I’hérédité, Editions Gallimard, Paris. Una fascinante descripcion hist6rica y filosdfica del camino por el que hemos llegado al actual grado de comprension de la vida a nivel molecular. Kornberg, A. (1987) The two cultures: chemistry and biology. Biochem. 26, 6888-6891. La importancia de aplicar técnicas quimicas a proble- mas bioldgicos descrita por un eminente investigador. Monod, J. (1971) Chance and Necessity, Alfred A. Knopf, Inc., New York. [Edicién en libro de bolsillo (1972) Vintage Books, New York.] Edicién original en francés (1970) Le hasard et la nécessité, Editions du Seuil, Paris. Una exploracién de las implicaciones filoséficas del conocimiento bioldgico. Schrédinger, E. (1944) What is Life? Cambridge Uni- versity Press, New York. [Reimpreso (1956) en What is Life? and Other Scientific Essays, Doubleday Anchor Books, Garden City, NY.] Una profunda y atractiva visién sobre la vida, escrita por un eminente quimico fisico.