capitulo AMINOACIDOS, PEPTIDOS Y PROTEINAS 3.1. Aminodcidos 75 3.2 Péptidosy protefnas 85 3.3 Trabajar con proteinas 89 3.4 Estructura covalente de las proteinas 96 3.5 Secuencias de proteinas y evolucién 106 Quisiera que la palabra que fe propongo, protein... se entendiera como derivada de proteios, porque describe la sustancia primitiva 0 principal de la nutrcién animal ‘gue las plantas elaboran para los herbivoros y que éstos proporcionan a los carnivoros. J.J. Berzelius, carta a G. | Mulder, 1838 as proteinas son las macromoléeulas biologicas mas abun- antes y estén presentes en todas las eéulas y en todas las partes de las mismas. Las proteinas también presentan una gran variedad; en una sola célula se pueden encontrar miles de clases de proteinas diferentes, que varfan en tamano desde péptidos relativamente pequefios hasta polimeros enormes de ‘masas moleculares del orden de millones. demas, las protes- ‘pas muestran una gran diversidad en cuanto a su funcién bio- lgica y son Jos productos finales més importantes de las rutas de informacion que se discuten en la Parte III de este libro. Las protesnas son os instrumentos moleculares mediante los {que se expresa Ia informacién genética, La clave de la estructura de los miles de proteinas dife- rentes se encuentra en unas subunidadies monoméricas relati- vamente simples. Todas las proteinas, tanto si provienen de los linajes bacterianos mas antiguos como de las formas de vida rs complejas, estn construidas a partir del misma canjunto _ubicuo de 20 aminodcidos, unidos de forma covalente en se- ccuencias lineales caractorfsticas, Debida a que cada uno de es- {os aminodcidos tiene una cadena lateral propia que determina sus propiedades quimicas, se puede considerar este grupo de 20 moléculas precursoras como el alfubeto en el que esté es- crito el lenguaje de la estructura proteica. El hecho mids notable es que las células puedan producir proteinas con propiedades y actividades muy diferentes unien- do los mismos 20 anninoscidos en multitud de combinaciones y secuencias diferentes. A partir de estos bloques estructurales los diferentes organismos pueden fabricar productos tan diver 0s como enzimas, horrnonas, anticuerpos, transporcadores, f bras musculares, la protesna del cristalino del ojo, plumas, telaraites, cuernos de rinoceronte, proteinas de la leche, anti- biéticos, venenos de hongos y un sinfin de otras sustancias, con actividades biol6xicas distintas (Fig, 3-1). Rntre estos pro- ductos proteicos, los enzimas son los mds variados y speci: lizados. Pricticamente todas las reacciones celulares estan catalizadas por envinnas. [La estructura y funcion de las proteinas constituyen ¢] tema de este capitulo y de los tres siguientes. Empezamos con, una descripeidn de las propiedades quiinicas fundamentates, de los aminosicidos, péptidos y proteinas, 3.1 Aminodcidos © srqutectura de protenas ~ Aminoscidos las protenas son poimeros de artinncos, en los que cada realdvo aminogcldoesidunido a siguene através de un tio espetico de enlace covaente, (Bl ring "esi" re. flea peda de os elomentos de agua cuando un arinodcto serine a otro) Las protenas se pueden degradar (drokza) hasta ss aminaldes consitayentes mediante verso méta- doe y los esti inciales sobre Is protetnas se centaron, raturimento, on os anocdos bes procedentss de asi mas, Vent son os aninoicdos comnmenteencontrados ef 676 Capitulo3_Aminodcidos, péptidos y proteinas @ | FRSURA 3.2. Algunas funciones de las protenas.() La luz producida por as luciémagas es el resultado de una reaccién en que intervenen la protein luciferin y el ATR, catlizada por ef enzima lucierasa éa- se Recuadro 13-2). (b) Los ertrocitos contenen grandes cantidades de la proteinatransportadora de oxigeno hemogicbina (e) La proteina ‘queratina, producida por todos los vertabrads, es el componente es- pprotefnas. El primer aminoscido descubierto fue la asparagina en 1806. EI tltimo de los 20 que se enconixé fue la treonina, que no fue identificada hasta 1998. Todos Ios aminosicidos tie- ren nombres comunes o triviales que, en algunos casos, pro- vvienen de la fuente de la cual se aislaron inicialmente. La asparagina se encontré por primera vez.en el espétrago y el fcido glutémico se encontré en el gluten de trigo; Ja trosina se aisl6 por primera vez del queso (su nombre proviene del _griego tyros, “queso”) y la glicina (del griego glykos, “dulce") se denominé de esta manera debido a su sabor dulce. Les aminodcidos tienen caracieristicas estructurales comunes Los 20 aminodcidos estandar encontrados en las protelnas son @-aminodcidos. Tienen todos un grupo carboxilo yun grupo ‘amino unidos al mismo somo de carbono (el carbone a) (Pig, 3-2), Difleren unos de otros en sus cadenas laterales, 0 gru- pos R, que Varian en estructura, tamatto ¥ carga el6ctzica y que influyen en la solubilidad en agua de los arninodcidos. ‘Ademés de estos 20 aminodeldos existen muchos mas que se encuentran con menor frecuencia. Algunos de ellos son resi- duos que han sido modificados después de la sintesis de una protein; otros se hallan presentes en organismos vivos pero no como unidades constituyentes de las protefnas. A los arai- nodcidos estindar se les han asignado abreviaturas de tres le- tras y simbolos de una sola letra (Tabla 3-1) que se utilizan goo HAS oa [IOURA S-2 Estructura general de un aminodeido, fa estructura es comin todo los a-aminascidos, con una nica encepcién. (La excep- idm es fa protina, un aminodcidociclico) Hi grupo R o cadena lateral {nro} unide al carbono (azul es eiferente para cada aminoscido © ‘ructural principal del pelo, escamas, cuernes, lana, ufas y plumas. El Finoceronte negro esta casi extinguido en estado sahaje debido alos mitos prevalentes en algunas partes del mundo de que un polvo deri- vvado de su cuerna tiene propiedades afrodisiacas. En realidad, las propiedades quimicas del polva de cuerno de rinoceronte no son di ferentes del de la pezurias de vides ode las uias humanas. ‘para indicar de manera abreviada la composicién y secuencia. de aminodcidos potimerizados en las protefnas. En una préctica que puede resultar confusa, se utilizan dos convenciones para identificar los carbonos dentro de un aminodcido. Los earbonos adicionales de un grupo R se desig- nan comiinmente B, 7,8, 2, ete., empezando a partir del car- bono a. Para la mayoria de las demés moléculas orgénicas, los 4tomos de carbono se numeran simplemente a partir de un extremo, dando la méxima prioridad (C-1) al carbono cuyos sustituyentes contengan étomos de mayor mimero atémico. Siguiendo esta altima convencién, el grupo carboxilo de un aminodcido seria el C-1 y el carbono a seria el C-2. En algunos ‘casos, como en aminodcidos con grupos R heterociclicos, el sistema de letras griegas es ambiguo y se utiliza por ello Ta ‘convencién numérica, Gt, Ct, Ci, —City—EH—CO0- oN, oN {sina En todos los aminodcidos estandar excepto la glicina, el car- ‘bono a esté unido a cuatro grupos diferentes: un grupo carbo- silo, un grupo amino, un grupo Ry un stomo de hidrogeno (Fig. 3.2; en Ia glicina el grupo R es otro tomo de hidrégeno). El ‘tomo de carbono « es, por tanto, un centro quiral (p. 17) Debido al ordenamiento tetraédrico de los orbitales de enlace alrededor del atomo de earbono a, los cuatro grupos diferen- tes pueden ocupar dos ordenamientos distintos en el espacio, ppor lo que los aminoscidos pueden aparecer en forma de dos estereoisimeros. Al ser imigenes especulares no superponi- bles entre si (Fig. 33), las dos formas constituyen un tipo de estereoisGmeros denomiinados enantiémeros (vase Fig. 1-19). ‘Todas las moléeulas con un centro quiral son también éptica- mente activas, es decir, hacen girar el plano de la luz polari- zaiia (véase Recuadro 1-2),Para especificar la eonfiguraci6n absoluta de los cuatro ‘sustituyentes de los atomos de carbono asimétricos se ha desa- rrollado una nomenclatura especial. Las configuraciones abso- Tatas de los azticares sencillos y los aminodicidos se especifican mediante el sistema p, 1 (Fig, 3-4), basado en la configuracién absoluta del aaticar de tres carbonos gliceraldehido, una con- veneién propuesta por Emil Fischer en 1891. (Fischer conocfa Jos grupos que rodean el étomo de earbono asimétrico del gli- cceraldehido pero tuvo que adivinar su configuracién absoluta; ‘su prediccién se confirmé posteriormente por andlisis de di- fracci6n de rayos X.) Para todos los compuestos quirales, los estereoisGmeros que tlenen una configuracién relacionada con 1a del L-gliceraldehido se designan 1 y los estereoisémeros re- lacionados con el p-gliceraldehido se designan p. Los grupos funcionales de la t-alanina se hacen coincidir con los del 1-gli- ceraldehido alineando aquellos que pueden interconvertirse ‘mediante reacciones quimicas simples en un solo paso. Asf, el ‘srupo carboxilo de la t-alanina ocupa la misma posicién res- ecto al carbono quiral que el grupo aldehido del i-gliceralde- hhido, puesto que un aldehido puede convertirse fécilmente en un grupo carboxilo en un solo paso mediante una oxidacién, ‘Historicamente, las denominaciones similares ly 4 se utlizaron ara levogiro (que gira Ia luz a la izquierda) y dextrégiro (que @ —— LAlanina D-Alanina ‘00 ONE, cH, ®) Alaina goo G00" HN—C—a 3-6, cH, cH, © rAlanina D-Alanina FIGURA 3-3. Estereoisomeria en los «-aminoicidos. (@) Los dos estereoisémeros de la alanina, lay la o-alanina, son imaigenes es- peculares no superponibles entre sf enantidmeros) (b, «) Dos con- venciones diferentes para mostrar la coniiguracién en el espacio de los estereoisimeros. En las férmulas de perspectva (b) los enlaces ‘con forma de cura se proyectan fuera dl plano del papel los enlaces 2 trazos lo hacen hacia ari. En las fmulas de proyeccién (se su- pone que las enlaces horizontales se preyectan fuera del plano dl Papel, los enlaces verticales hacia ats, No obstant, se utilizan a ‘menudo las frmulas de proyeccién de mado no sstemstico, sin pre= tender representar una configuraci6n esteeoquimica especies. de los estereoisémeros de I alanina con a configuracién absoluta del - o-gliceraldehido. En estas fr- ‘mulas de perspectva los carbonos estin alineados vertcalmente con 1 tomo quiral en el centro. Los carbonos de estas moléculas estén ‘numerados empezando por los carbonos aldehid- 0 carboxilo-termi- ales (en rojo) de 1 a3 y de arriba abajo tal como se muestra. Cuando se presentan de esta forma, el grupo R del aminoscido (en este caso © grupo metilo deta alanina ests siempre debajo del carbomo @. Los ‘caminoscidos son fos que tienen el grupo a-amino ala izquierd y los ‘> aminecidos los que tienen el grupo a-amino a la derecha, gira la luz ala derecha), Sin embargo, no todos los t-amino- ‘cidos son levogiros ¥ se hizo necesaria la convencién que se smuestra-en la Figura 3-4 para eviter posibles ambigtiedades so- bre la configuracién absoluta. Segin Ia convencién de Fischer, Ly hacen referencia solamente a la configuraciin absoluta de los cuatro sustituyentes alrededor del carbono quiral Otro sistema para especificar fa configuracisn alrededor de un centro quiral es el sistema RS, que se utiliza en la no- ‘menclatura sistematica de la quimica orgénica y describe con ‘mayor precisién la configuracién de las moléculas con més de ‘un centro quiral (véase p, 18). Los residues aminodcides de las proteinas son estereaisémeres Casi tds os compuests boligiens con un centro quiral se presenta en la natrseza en una soa de sus formas estereo- isémeras, aD oa. Las residuosaninoscidos de as proefnas _son exclusvamente seestereolsdmeros. Solo se han encon- trado p-amninodcidos en unos pocos péptios, eneralmente Derwetos, que incugen algunos pépidos dels pares ce lates bacterianas y algunos antibiticos peptileas Es un hecho notable que casi tdos los atinnickos de as reins sean estereasémeres, Cuando se forman Compe. tos quizales en reaciones quicas orinaras, el resultado es una mezeiarucémica de isémeros by, que son diel dea Lingui yaisar por el quimico Sin embargo, para las sistemas vives los ismeros by son tan diferentes como la mane dere. chay la inquierda. La formacion de subestracturas estas 3 repetidas en 1s proteinas (Capitulo 4) require en general ue sus aminoécids sean de na misma sere estreoquiniea. a cul son eapaces de sintetzarespecicamente os isémeros 1 de los aminodeldos gracias a que los centros actives de los eimas son asimétrios, aque pica que ls reaelones que catalizan sean estereoespectica,78 Capitulo3 _Aminodicidos, péptidos y proteinas TABLA 3-1 Propiedades y convenciones asociadas con los aminodcidos estandar Valores de pk, Abreviatura/ py pi Pe indice _Presencia en las ‘Aminodcido simbolo. —-M, -(—COOK) (NHS) (gupoR) _p!_hidropético* _proteinas (%6)" Grupos R apotares aliftioos Gi Qa 7 234 960 597-04 72 ‘lenin ABA 892d O69 601 18 78 Prolina PoP 1151.99 10.96 648 16 52 Valina Vel Vo 117 +282, 9,62 597 42 66 Leucina lout © 131.—« 2336. 9,60 598 38 9,1 Isoleucina te | 131286968 60245 53 Metionina MetM 1492.28 9,21 5,74 19 23 Grupos R arométiens Pref = 1651.83 9413 548 (28 39 1 WY 18 220 911 1007 566 -13 32 Tiptsfeno Tp W 2042.38 9,39 589 -09 14 Grupos R polares sin carga Serina Serj shies tO gm 2 2.15 568-08 68 Teonina Figgas pS pee 2tt = 9.62 587-07 59 Cistefna gsc 121 «196 | 1028 B18 507 28 19 ‘Asparagina An = 132-202 8.80 5a -35 43 Glutamina GnQ 146 «279413 565-35 42 Grupos R cargados positivamente lisina bsk 146 «218-895 105874 3.9 59 isting tis H 155182 9AT 600789 - 8.2 23 Argiina AgR 174 «217 9,04 1248 10,76 4,5 51 Grupos R cargados negativamente Aspartato dspD 133.8860 365 TT 8.5 53 Glutamato GiusE Peguero 19 tee 9.G ge ed 20 gS 22d 63 zal cu mb lade ye ice de as ups pode tins pa recat Ges anaes {vor unset aco eles estos on enbite stSo ales ostes as Capi 1.De te, & Dect, [RECI962 A iol mss Sapang he Mpa tre apo, J Me tl 47, 105-132 “rainwear £250 pron De Dost, (196) Returdonesn pte seine. neon rt Souci and the Picea rata Conran (eam, De), 509-623, eran Pras Neo Los aminodcidos se pueden clasificar segiin su grupo R El conocimiento de las propiedasies quimicas de los aminosei- dos esténdar es de vital importancia para la comprensién de la bioqultica, Bl tema se puede simplifiar agrupando tos amino Jeidos en cinco clases principales basadas en las propiedades Ge sus grupos R (Tabla 3-1), en especial su polaridad, o ten- ‘deiicia a interaceionar con el agua a pH bioldgico (cerca de pH 17,0), La polaridad de los grupos R varia enormemente desde totalmente apolar o hidrofbico (insoluble en agua) basta alta~ mente polar 0 hidrofilico (soluble en agua). En la Figura 3-5 se muestran las esiructuras de los 20 aminodeidos estdndar y algunas de sus propiedades se mues- tran en la Tabla 3-1. Dentro de catla clase existen gradaciones e polaridad, tamatio y forma de los grupos R. Grupos R apolares alféticas Los grupos de esta clase de ami~ nnoécidos son apolares ¢ hidrofdbicos. Las cadenas laterales de Ia alanina, valina, leneina ¢ isoleneina [iencen a agruparse contre sien ls proteinas,estabilizando las estructuras proteicas a través de interacelones hidrofdbicas. La glieina tiene la es- tructura mas simple. Aunque formalmente es apolar, si muy pequetia cadena lateral no tiene una contsibucién real en las interacciones hidrofabieas. La metionina, uno de los dos ami- nodcidos que contienen azufre, tiene un grupo tioéter apolar en, su cadena lateral, La prolina tiene una carlena lateral alifética31 Aminodcidos 78 Asparegina FIGURA 3-5 Los 20 aminoacids estindar de las protelnas. Las fr- rmulas estructurales muestan el estado de ionizacién que predomina 1 pH 7,0. Las partes no somireadas son communes 2 todos os amino cides; las partes sombreadas en rojo son los grupos R. Aunque el con una estructura cfclica distintiva. El grupo amino secunda- ro (ino) de los residuos de prolina tiene una conformacién rigida que reduce la exibilidad estructural de las regiones po- lipeptidicas que contienen este aminodcido. Grupos R arométicos La fenilalanina, la tirosina y el tripto~ fano, con sus cadenas laterales arométicas, son relativa- ‘mente apolares (hidrofdbicos). Todos ellos pueden participar ‘en interacciones hidrofdbicas. Bl grupo hidroxilo de la tirosina puede formar puentes de hidrégeno y constituye un grupo Glutamina grupo R dela histidina se muestra sin carga, su pk (véase Tabla 3-1), 5 tal que una fraccibn pequere pero significatva de estos grupos 34 cargada postivamente a pH 7.0. funcional importante en algunos enimas. La tirosina y el trip- ‘tfano son signifcativamente mas polares que la fenilalanina ebido al grupo hidrosilo de la tirosina yal nitrégeno del ani- lio indético del tript6fano, Elwiptcfanoy a trosina, y en mucho menor grado la feni- Jalanina, absorben la luz ultravioleta (Fig, 3-5; Recuadto 3-1), ‘isto explica la fuerte absorbancia de la luz earacteristica de la ‘mayoria de las proteinas a una longitud de onda de 280 nm, ‘propiedad aprovechada por los Investigadores en la caracteri- zaciGn de las protetnas.80 Capfulo3_Aminodcidos, péptides y proteinas. ‘Grupos R polres sin carga Los grupos R de estos arminoscidos son més solubles en agua, ohidroficos, que ls de los aranos- ‘idos apolares, debido a que contienen grupos funcionales que forman puentes de hidrégeno con el agua. En esta clase de aimnodeidos se inclayen a serina, treonina, eisteina, aspa- ragina y glutamina. La polaridad de la serinay la treonina proviene de sus grupes hidroxilo; la polardad de lacsteina de su grupo sulfhidrilo; y ia polaridad de la asparagina y uta mina de sus grupos aida, ‘ia asparagina y la glutamina son las amidas de otras dos aminodiidos que tambien se encuentran en las proteins, as- partato y glatamato,respeetivamente, alas que se hidrolizan ficilmente por écido o base, La cisteina se oxida fécilmente ~formando un aminosido dimérico unido covalentemente ln- mado elstina, en el que dos moléeulas de cisteina 0 sus resi- duos estan unidos a través de un enlace disulfuro (Fig. 3-7). Los residuos unidos por un puente disufuro son fuertemente hidrofobicos (apolares). Los puentes isulfro desempenan un, papel especial en la estructura de muchas proteins al formar tuniones covalentes entre partes de una molécula de proteina 0 entre dos eadenas polipeptdicas diferentes. Grupos R cargados positivamente (bésices) Los grupos Rimi hi- Arofilicos son los que estn cargados, sea positva 0 negaliva- mente. Los aminodcidos en los que los grupos R tienen una carga neta positiva significativa a pH 7,0 son la Hisina, que {dene un grupo amino primario adictonal en Ia posieton # de su Absorbancia 0 NS 230 240 250 260 270 280 290 300 310 ‘Longitad de onda (asm) [FISURA 2-8 Absorbcin de la luz ultravioleta por los aminodcidos aromiticas. Comparacién de los expectros de absorcién de luz de los _aminaicidos arcmsticostiptSfano y trosina a pH 60 Los aminadci- dos estin presents en cantidades equimolares (1 ~ men idénticas condiciones, La absorci6n de la luz por el tript6fano es cuatro veces mayor que lade fa tiresina. Obsérvese que el maximo de absorcion ‘tant para el tptéfano como para la rosin est eercano a\una longi- ‘ud de onda de 280 nm. La absorci6n de luz por el tecerarninocido aromatico, la ferilalanina (oo mostrado), generalmente contibuye Poco a las propiedades expecroscdpicas de las protenas. Cistina RQURA $-7 Formacién reversible de un puente disulfuro por oxida- Cid de dos moléculas de cisteina. 10s puentes diulfuro ente res duos de Cys estabilizan las estructuras de muchas proteoas cadena alifitica; la arginina, que tiene un grupo guanidino cargado positivamente; y Ia histidina, que contiene un grupo imidazol. La histidina es el unico aminoéeido estindar que tiene una cadena lateral ionizable con un pk préximo a la neutralidad. En muchas reacciones catalizadas por ervimmas, ‘un residuo de His fciita la reaeciGn al servir de dador/acoptor _de protones, Grupos R cargados negativamente (cides) Los dos aminoscidos ‘que tienen grupos R con una carga neta negativa a pH 7,0 son claspartato y glutamato, cada uno de los cuales tiene un segundo grupo carboxil, ‘Los aminodcidos no esténdar tienen también importantes fanciones Ademds de Ios 20 aminodcidos esténdar, las proteinas pueden contener residuos creados por modificaciGn de los residuos estdndar ya ineorporados a un polipéptido (Fig. 3-8a). Entre Jos aminodcidos no estindar estan Ia 4-hidroxiprolina, que es.un derivado de la prolina, ¥ la 5-hidroxilisina, derivada de |alisina, La primera se encuentra en la pared celular de plantas ‘¥ armbas se encuentran en el colégeno, una protetna fbrasa del ‘efido conjuntivo. La 6-N-metil-lisina es un constituyente de Ja miosina, una proteina contréctil del misculo. Otro amino- 4cido no estandar importante es el y-carboxiglutamato, que se encuentra en la proteina protrombina que intervene en la coagulacién de la sangre, asi como en cierias otras proveinas que unen Ca** como parte de su funcién biolégica. Mas com, pleja es la desmosina, que es un derivado de cuatro residuos diferentes de Lys y que se encuentra en la proteina fibrosa _elastina. La selenocisteina es un caso especial. Este residuo poco frecuente es introducido durante la sintesis de proteinas en lu- ‘gar de ser creado a través de una modificacién postsintética. Contiene selenio en lugar del azufre de la cisteina. La seleno- cisteina, que de hecho proviene de la serina, se encuentra en ss6lo unas pocas protefnas conocidas. Se han encontrado alrededor de otros 300 aminodcidos ens células. Estos tienen funciones diversas pero no formani BO mete HC___CH—coo™ Oe naa 4Hidrosiprtina cH, —cHct,cH,—¢H1-C00" On “NH S.Tlidresdlisina (ily -NH—CH,—CH,—CH;—CHiy—GH—COO “NH, 6.N.metil ising 600 Desmosina HSe—CH,—CH—COO™ *NEy @ Selonocisteina Hiil—CH,—CHy—Ciy—-CH—COO- ‘NH; omitina HN—G-N—CH,—CH,-CHy—CH—COO on Nite ) Citralina parte de protenas. La ornitina ya eitralina (Pig. 3-85) me- recen una mencién especial porque son intermediarios clave (metabolitos) en la biosintesis de la arginina (Capitulo 22) y nel ciclo de la urea (Capitulo 18) 21 Aminodcidos = FIGURA-8 Aminodcidos no estindar. (2) Algunos aminoScidos no cestindar encontrados en proteinas. Todos ellos provienen de aming- Jcidos estindar. Los grupos funcionales extra afiadidos a través de reacciones de modificacin se muestran en rojo. La desmosina se forma a partr de cuatro cesiduos de Lys los cuatro esquelets carbo snados asin sornbreados en amarillo). Obsérvese que se utilizan tanto -nmeros como letras griegas para identficar los étomas de carbono de estas estructura. (b) La omitina y la citrulina, que no se encuen ‘ran en proteinas, son intermediarios en la bosintsi de arginina y en el ciclo dela urea ° ° Ho-4 nxt h Forma no iéniea FIGURAS-S Formas no iénica y zwitteriGnica de los aminadcidos. Lia forma no iéniea no se encuentra en cantidades significativas en d- soluciones acuosas, El 2witteréin predomina a pH neuto. Los aminodcides pueden actuar como dcides yeome bases (Cuando un aminoicido se disuelve en agua, se encuentra en solucién en forma del ion dipolar, o zwitterion (en aleman “ion hbrido"), mostrado en l Figura 3-9. tn zviterion puede actuar bien como sci (¢ador de protones) H i B-¢=c00- == R-G—C00- +H +NH, NE, ©.como base (aceptor de pro x 1 o-t-coo- sn —m-4-eo0n “NE SNH Las sustancias con esta naturaleza dual son anféteras ¥ a me- sudo se denominan anfolites (de “elecirolitos anf6teros") protonado -esto es, tiene dos grupos, el grupo —COOH y el grupo —NHj , que pueden dar protones: H H eee i Fo I -¢-co0H 4 n-t-coo- + n-f-coo Carga “NH ONT NH, potas HL ° a‘grupos R ionizables presentes. Por efemplo, el ghutamato tiene ‘un pl de 8,22, considerablemente inferior al de a glicina. Bsto cs el resultado de la presencia de dos grupos carboxila que, en elpromedio de sus valores de pK, (3,22), contribuyen con una carga negativa neta de —1 que equilibra la de +1 debida al ‘grupo amino. De modo semejante, el pl de la histidina, con dos ‘grupos cargados postivamente cuando estén protonados, es de 7,59 (el promedio de los valores de pK de los grupos amino e {midazol), mucho mayor que el de la glicina Finalmente, y como se ha indicado anteriormente, en Jas condiciones generales de exposici6n libre y abierta al entorno acoso, slo la histidina tiene un grupo R (pK, = 6,0) que pro- orciona poder tamponante significativo al pH cercano a la neutralidad presente normalmente on los Muidos intra- y ex- tracelulares de la mayoria de animales y bacterias (Tabla 3-1), RESUMEN 3.1 Aminodcidos & Los 20 aminodcidos que se encuentran normalmente ‘como residuos en las protesnas contienen un grupo a-carboxilo, un grupo a-amino y un grupo R caracterfstico unido al carbono a. El tomo de carbono a de todos los aminodcidos excepto la glicina es asimétrico, por lo que los aminodcidos pueden cexlstir en al menos ds formas estereolsomérieas. En. pprotefnas tan sélo se encuentran los estereoisémeros 1, cuya configuracién esté relacionada con la de la ‘molécula de referencia, t-giceraldehida, 1B También existen otros aminedcidos menos comunes, ya sea como constituyentes de las pproteinas (mediante la modifieacion de los _aminodcidos estandar después de la sintesis de protesnas) 0 como metabolites libres. 1 Los aminodcidos se clasifican en einco tipas en virtua de la polaridad y carga de sus grupos R (a pH 7). 1 Los aminoscidos se diferencian en sus propiedades fcido-base y tienen curva de ttulacion ccaracteristicas. Los aminofcidos monoamino- rmonocarboxiicos (con grupos R no ionizables) son Scidos dipréticos [* HjNCH(R)COOH] a pit bajo y existen en diversas formas diferentes ali aumentando el pH. Los aminoscidas con smupes R ionizables poseen especies iénicas adicionales, dependiendo de! pH del medio vy del pi, del grupo R. 3.2 Péptidos y proteinas Ahora nos ocuparemos de los polimeros de los aminodicidos, los péptidos y las proteinas. Los péptidos que se encuentran en la naturaleza varian en tamafio desde pequerias moléculas que contienen dos 0 tres aminodcidos hasta moléculas muy grandes que contienen miles de ellos. Aqui nos centraremos en. las propiedades quimicss fundamentales de estos polimeros. 32. Péptides y proteinas 85, Los péptidos son cadenas de aminodcidos ‘Dos moléculas de aminodcidos pueden unirse de forma cova- lente a través de un enlace amida sustituide, denominado en- lace peptfdieo,formando un dipéptido. Rste enlace se forma por eliminacin de los elementos del agua (deshidratacién) del grupo a-carborsilo de un aminodeido y el grupo a-amino 4e otro (Fig. 5-18). La formacién del enlace peptidieo es un sjemplo de una reaceién de condensacién, que es un tipo de reacci6n frecuente en las dlulas vivas, En condiciones bio- aquimicas normale, el equilibrio dela reacsign que se muostra enla Figura 3-13 favorece a los aminoscidos por encima del ‘ipéptido, Para conseguir que la reaccién sea tenmodindmica- mente ms favorable, es necesatio modifcaro activar quimi- camente el grupo carboxilo de modo que su grupo hidroxilo pueda ser eliinado més ficilmente, Al final de este capitulo se esquemmatiza una aproximacién guimica a este problema. La aproximacion bioigica ala formacién del enlace pepticico es un tera importante del Capitulo 27 Se pueden unir tres aminodciddos mediante dos enlaces peptiicos para formar un tripéptido; de manera similar se ‘pueden urir aminoscidos para dar tetrapéptidos, pentapépti- dos y asi sucesivamente, Cuando se unen uno m fcidos de este modo, la estructura resultante se denomina oligopéptido. Cuando se unen muchos aminogeidos el pro- ducto se denomina polipéptido. Las proteinas pueden tener infles do residuos aminodeidos. Aunque a veces los términos| *polipéptido”y “protein son intercambiables, las moléculas Alenominacas poipéptidos tienen generalente masas role culares inferiores a 10.000 y las que se denominan proteinas| tienen masas moleeulares superiores 1a Figura 5-14 muestra la estructura de un pentapeéptido. Como ya se ha indicado, las unidades de amainodcido de un éptido se denominan frecuentemente residuos (la parte que ‘queda tras perder un atomo de hidrégeno de su grupo amino y ‘una porcin hideailo de su srupo carbosilo) Bl residuo ari Er rE -b1-¢-o1t +11 E-000" ieee 8 @ HN—CH éx-coo FIGURA 9-43 Formacién de un enlace peptiico por condensaci EI grupo a-amino de un aminoscido (con el grupo R) acta como ‘nucleo desplazando el grupo hidreilo de osro aminascido (con s1upo R") para formar un enlace peptidico (sombreado en amarillo). Los grupos amino son buenos nuclesiiles, pero el grupo hidroxilo 0s ‘un mal grupo salente, por lo que no es desplazado ficilmente. A pH fisioldgic, a eeaccin, tal como se muestra, no tone lugar de forma apreciable86 Capiulo3_Aminodcidos, pptidos y protoinas Extremo carberilo-terminal FIGURA 3-14 £1 pentapéptido seillicitiosinialani-leucina, 0 Ser Gly-TyeAla-Leu, Los pépidas se nombran empezando por el residuo amine-erminal que, por convencin se sta a la izquierda. Los en laces peptidicos estan sombreados en amarillay los grupos R en rojo. nofcido del extremo de un péptido que tiene un grupo a-arino libre es el residuo amino-terminal (o N-terminal); el residuo dol otro extremo, que tiene un grupo carboxilo ibre, es el re- siduo earboxilo-terminal (C-terinal). ‘Aunque la hidrélisis de un enlace peptidico es una reaccion exergénica, iene Ingar lentamente debido a su ata energia de activacién. Bn consecuencia, los enlaces peptidicos de las pro teinas son bastante stables, con una vida media (yg) de alre- ‘dedor de 7 afos en la mayoria de condiciones intravelulates. Los péptidos pueden distinguirse por su comportamiento de ionizacién Los péptidos contienen un tinico grupo e-amino y un tinico grupo a-carboxilo libres, uno on cada extremo de la cadena (Big. $-16), Estos grupos se ionizan de la misma manera que lo hacen en los amminodcidos libres, aunque las constantes de ioni- zacién son diferentes debido a que el grupo con carga opuesta esti ausente del carbono a. Los grupos a-amino y a-carboxilo de todos los aminadcidos no terminales estén undos covalente- Gy CH Lys GH--CH,—CH,~CH,—CH;—Nily Coo FIGURA 3-15 Alanilglutamilglciltsina. Est tetrapéptido tiene un {grupo acamino libre, un grupo a-carboxil libre y dos grupos R ioni= Zabjes, Ls grupos ionizados a pH 7,0 se muesttan en rojo. ‘mente en forma de enlaces peptidieos, que no se ionizan y, por tanto, no contribuyen al comportamiento total cido-base de Jos péptidos, No obstanto, los grupos R de algunos aminosicidos ‘pueden jonizarse (Tabla 3-1) y contribuyen en un péptido @ las ‘propledades fcido-base globales de la molécula (Fig. 3-15). Por tanto, puede predecirse el comportamiento deido-base de un éptido a parti de sus grupos a-amino y a-carboxilo bres y de Ja naturaleza y mimero de sus grupos R ionizables. Al igual que los amninoscidos libres, los péptidos tienen ccurvas de titulacién caracterfsticas y pH isoeléctrices (pI) ca- racteristicos a los que no sufren desplazamiento en un campo eléctrico. Bstas propiedades se aprovechan en algunas de las, técnicas utilizadas para separar péptidos y protefnas, como ve- rernos posteriormente en este capitulo, Debe resaltarse que el valor del pf, de un grupo R ionizable puede cambiar ligera~ mente cuando un aminodeido se convierte en un residuo de tun péptido, La pérdida de carga en los grupos a-carboxilo ¥ eeamino, las interacciones con otros grupos R del péptido ryotras condiciones del entomo pueden afectar al pK. Los va- lores de pK, para los grupos R que se muestran en la Tabla 3-1 pueden ser una guia til para dedueir el intervalo de pH ex ‘que se ionizaré un grupo determinado, pero no pueden api cearse alos péptidos de modo estrieto. Existen péptidos y polipéptidos biolégicamente activos de una gran variedad de tamafios No puede hacerse ninguna generalizacién acerca de las ma- sas moleculares de los péptides y proteinas biolégicamente ‘activos en relaci6n. con su fancién, La longitud de los péptidos naturales varia entre dos y muchos miles de residuos amino- fcidos. Incluso los péptides més pequeitos pueden tener efec~ tos bioldgicamente irmportantes. Considérese por ejemplo el ipeptido sintetizado comercialmente rraspartil-ferijalanil ‘et éster, el edulcorante artificial ms conocido como aspar- ‘amo o NutraSweet. ww O Go Ho nai tr-b-y-dH-€-ocrt Aspartil-fonilalanil metiléster (aspartamo) Muchos péptidos pequefios naturales producen sus efectos a cconcentraclones muy bajas. Por ejemplo, diversas hormonas de vertebradas (Capitulo 23) son péptides pequenos. Entre Gstas se incluyen la oxitocina (nueve residuos aminodcidos), que es secretada por la hipdflsis posterior y estimala las con- traceiones uterinas; la bradiquinina (nueve residuos), que in- hhibe la inflamacién de los tejidos: ¥ el factor liberador de Ta tirotropina (tres residuos), que se forma en el hipotélamo y stimula la Hberacién de la hipéfisis anterior de otra hormona, la tirotropina. Alganos venenos de setas extremadamente t6- xxicos, tales como la amanitina, son también péptides peque~ nos, Jo mismno que muchos antibiéticos.Ago mayores son los polipéptidos pequetios y olgopépti- dos tales como la horriona paneresticainsulina, que conten dos cadenas potipeptidicas, una de ellas con 30 residuos ami- noacidos y la otra con 21. El glucagén, otra hormona panered- tiea que se opone ala accién de Ia insulin, tiene 29 residues La corticotropina es una hormona de 39 residuos de la hipéfi- sis anterior y stimula Ia corteza adrenal Qué longitud tienen las cadenas polipeptidicas de las proteinas? Como muestra la Tabla 3-2, ka longitud vara consl- derablemente. B citocromo c humano tiene 104 residuos ami- nodcidos unidos en una tiniea eadena; el quimotripsinégeno bovino tiene 245 residues. En el extrema se encuentra la t- tina, que tiene cerca de 27.000 residuos aminodcidos y una ‘masa molecular de alrededor de 8,000,000. La inmensa rayo- ra de los polipéntidos naturales son mucha menores y contie- nen menos de 2000 residues amrinodcidos. Algnnas proteinas estn constituidas por una sola cadena peptidiea, pro otras, denornadas proteinas con subunida- des miitiples, tlenen dos 0 mas polipéptides asociados de forma no eovalente (Tabla 3-2). Las cadenas polipeptidicasin- lio revs 0 _ # 1. = 199 mmm “180 ° 6 (grados) 180) (a) FIGURA 4-9. Representaciones de Ramachandran de diferentes es- tructaras, (a) Superposicion de los valores de & y para diversas es tructuras secundarias permitdas sobre la grafica de la Figura 4-3. ‘Aunque tecricamente son posible as helices a levdgiras de varios re- siduos aminoscidos, no se han observado en proteinas.(b) Los valo- Halicoa _Conformacién p Giro B Se =. Met Als Len ay FIGURA 4-20 Probabilidades relativas de que un aminosicldo con- roo se halle en los tes tipos de estructura secundaria més comune, 4,3 Estructuras terciaria y cuaternaria de las proteinas Ansputectra de proteina ~ ntoducin al estructura tera via dsposcn tridimensional global de todos los atte e una protease conoce como estructura terciaria, Mientras aque el término “estructura secundarin se refiere al ordena- Irieato eapacial do residuns aminoacids adyacencs en a © trucnaraprimara, la estictura rears inchuyeaspectos de largo alcance en la secuencia de aninoécios. Aminascidos «a etn leads en a secuencia polpeniica que se ex- Cuentranen ips de estructura secundaria diferentes pueden interacionar dentro de la estructura totalmente plegada dela proven. La localize de gros (nhidos lo gros) ens c3- 43 Estructuras terciaria y cuatermatia de las proteinas 125 5 “180 0 “+180 © 4 (grades) res de @ y# de todos los residuos aminodcldos con excepcién de Gly el enzima pirwvato quinasa (aislado de conejo) se superponen en la representacin tecnica de as conformaciones permitidas (ig. 43). Se ‘excluyeron los residuos de Gly pequefios y lexbles ya que frecuente- mente ezen fuera de los intervalos esperados (azul dena polipeptiiea y la direccién y el éngulo de estos sires es- ‘sn determinados por el mimero y la localizacion de aminosci- dos espectticns promotores de su formacién, tales como Pro, ‘Tha, Ser y Gly. Los segmentos que interaccionan dentro de la cadena polipeptdica se mantienen en su posicion terciaria ca- racteristica gracias a diferentes tipos de interacciones enla- antes débiles (7-a veces mediante enlaces covalentes tales como puentesdisulfuro) -Algunas protenas estan constiuldas por dos 0 mas ede nas polipeptidicas 0 subunidades, las cuales pueden ser idénti- ‘cas o diferentes. La disposiién de estas subunidades protolcas fen complejos tridimensionales constituye la estructura cua~ temnaria. ‘Al considerar estos niveles superiores de estructura, es de uta clasifea ls proteinas en dos grupos principales: pra- tefnas fibrosas, que presentan cadenas polipeptidicas dis ‘puestas en largas hebras u hojas, y protelnas globulares, con las cadlenas polipeptidicas plegadas en formas globulares 0 es- ferieas, Los dos grupos son estructuralmente diferentes: las proteinasfbrosas constan mayoritariamente de un iio tipo de estructura secundaria; las protefnas globulares contienen a menudo varios tipos de estructura secundaria. Estos grupos diifleren en su furci6n en cuanto que las estructuras que dan soporte, forma y proteecién extema a los vertebrados eatin formadas por proteinasfibrosas mientras que 1a mayoria de fenzimas y proteins reguladoras son glabulares. Ciertas protei- nas fbrosas desempettan un papel crucial en el desarrollo de ‘nuestra actual comprerssion de Ia estructura de las proteinas y aportan elaros ejemplos de la relaci6n entre estructura y fur- con, Empezaremos nuestra discusién con las protelnasfrosas antes de pasar los patranes de plegamiento mas complejos 0b- servados en las proteinas globulares128 Capitulo 4 Estructura tridimensional de las proteinas Las proteinas fibrosas estén adaptadas @ una funcién estructural G Acquitectura de proteinas ~ Estructura terciatia de las protei- os ibrosas La a-queratina, el colgeno y la fibroina de la seda son ejemplos claros de la relaciGn entre estructura proteica y funcion biolégica (Tabla 41). Estas proteinas comparten pro- piedades que confieren fuerza, elasticidad, o las dos cosas, a Jas estructuras en las que se encuentran. En cada caso, la uni- dad estructural fundamental es Ia repeticién de un elemento simple de estructura secundaria. Todas las proteinas fbrosas son insolubles en agua, una propiedad debida ala elevada con- centracién de residuos aminodcidos hidrofébicos presentes tanto en el interior de estas proteinas como en su superficie. Estas superticies hidrofébieas se encuentran sepultadas en .sran parte en el interior debido al emmpaquetamiento de m= chas cadenas polipeptidicas similares para formar elaborados complejos supramoleculares. La simplicidad estructural sub- ‘acente en las proteinas fibrosas las Nace especialmente ites para ilustrar algunos de los principios fundamentales de la es- ‘ructura de proteinas tratados anteriormente, ‘@-Querating Las a-queratinas son proteinas que han evolucio- nado para poder soportar esfuerzos mec‘nicas. En los verte- brados, estas proteinas constituyen la practica totalidad del peso seco de cabellos, lana, ufias, garras, cafiones de las phi ‘mas, cuemos, pezufias ¥ gran parte de la capa externa de la piel. Les «-queratinas pertenecen a una familia més amplia de ‘Proteinas denominadas proteinas de los flamentos interme dios (FI). Otras proteinas de esta familia estén localizadas en, elcitoesqueleto de las eélulas animales. Todas las proteinas FI Hilieea de pen squeratina Superenrollamiento, dedoscadenas__t#eweneceaenas Protontamento{ acme cosa aera 20-20 4 ‘enen una funei6n estructural y comparten las caracterfsticas cestructurales ejemplificadas por Ia a-queratinas. La hélice de ls a-queratina es la misma héliee dextrogira, que se observa en muchas otras proteinas. A principios de la década de 1950 Francis Crick y Linus Pauling sugirieron indo- pendientemente que la hélices a de la queratina estaban dis- puestas formando un superenrollamiento, Dos hebras de ‘a-queratina orientadas en paralelo (con los extremos amino cen el mismo lado) se enrallan una sobre otra formando un en- rollamiento superhelicoidal. La resistencia de la estructura std amplifieada por el enrollamiento en superhélice, de modo muy similar a como las cuerdas se enrollan para formar una soga mas resistente (Fig, 4-11). La torsién del ele de una hé- lice a para formar el superenrollamiento explica la discrepan- cia entre los 5,4 A por vuelta predichos para una hélice a por Pauling y Corey y los 5,16 5,2 A observados por difraccién de rayos X en la estructura repetitiva de un cabello (p. 120). El ‘enrollamiento superhelicoidal es levégiro, en sentido opuesto al de la Rélice a. La superficie donde las dos helices a entran ‘en contacto consta de residuos de amtinodicidos hidrofdbieos y sus grupos R se engarzan entre ellos formando un patrén de entrecruzamiento regular. Esto permite un empaquetamiento compacto de las cadenas polipeptflicas en la superhélice lev «ira. No es sorprendente que la.a-queratina sea rica en los re- siduos hidrofobicos Ala, Val, Leu, Ie, Met y Phe. Un polipéptide de a-queratina superenollada tiene una es- ‘ructura terciaria relativamente simple, dominatla por la estrue- ‘tra secundaria de la hélice a con su eje helicoidal girado en luna superhlice Ievégira El ersoliamiento de los dos polipépti- dos en hélice « es un ejemplo de estructura cuatemarla. Los superenrollamientos de este tipo se presentan con frecuencia @ FIQURA4-11 Estructura del cabello. (a) La a-queratina del cabello es una slice a alargaca que presenta elementos ligeramente més graesos cerca de 2's extiemos amino y carboxil. Las hélices se enollan entre ellas por parejas «= sentido levdgro,formando superenrollamientos de dos cadenas. Estas forman Su vez unas estructuras de orden superior denominadasprotoilamentos y protofibillas, Cerca de cuatro protofirillas ~12 hebtas de a-queratna en total se combinan para formar un filament intermedia, Las hélices superenrolladas <= dos en dos cadenas presentes en las diversas estructraeestin entrelazaclas, ero se desconoce el sentido de este enrollamientasupetior as como otros ‘Setalles estructural, (b) Un cabello es una dsposicién de muchos filaments = e-queratna, formados por subestructuras como las que se muestan en (a. Superenrollamiento dodos cadenas Holice a (b) Seceién transversal de un eabello43 3 Estructuras terciaria y cuatemaria de las proteinas a7 Hele a, entvecruzada mediante enlaces disulfuro Conformacién ‘le hétice del cogen Filamentos suaves yflexibles Elevaca resistencia a la tensi de estiramiento Estrucuras protectoras insolubles y resistentes, de dureza y flexibilidad variables -Queratina de bello, plumas y uitas Fibroina de la seda in, sin capacidad _Colégeno de los tendones, matrz 6sea ‘en bos elementos estructurales de las proteinas filamentosas y ‘ena proteins muscular miosina (véase Fig. 5-29). La estructura ‘cuaternaria de Ia a-queratina puede ser muy complefa. Muchas estructuras superenrolladas pueden ensamblarse en grandes complejos supramoleculares del mismo modo en que la a-que- ralina forma los Mlamentos intermedios del cabello (Fig. 4-116), La resistencia de las proteinas fibrosas se refuerza tam= bbién gracias a entreerizamientos covalentes entre las cadenas polipeptidicas que forman las “cuerdas” de helices multiples ¥ centre cadenas adyacentes de una superestructura molecular, En las a-queratinas los entrecruzamientos que estabilizan la estructura custemaria son enlaces disulfuro (Recuadro 4-2) En las a-queratinas més duras y resistentes, tales camo las de Tselt/-1o) (0 a La ondulacién permanente es un ejemplo de ingenieria bioquimica Gnando se expone el cabello al ealor humedo, se puede estl- zr. nivel molecular, las helives cde la a-queratina del cabe To seestian hasta que logan a adoptar una conformacton totalmente exiendida, Al enfriarse revierten esponténea- mente a la conformacion de héice a, Esta caracteristica“es- tirabilidad” de las a-queratinas y su elevado contenido en enlaces disulfuro constituyen la base dela ondulactén per- manente. El cabello que se quiere ondular se arrolla primero de la manera deseada, A continuacién se aplica en caliente ‘una solution de agente reductor, generalmente un compuesto ‘que contiene un grupo tol osulhidrllo (—SHD. El agente re- ductor rompe los entrecruzamientos mediante la reduecion de cada ence disullur a dos residuos de Cys. El calor hi- | ena tans aot es | (em | Lee! FL pes} | sme} Kemet! los cuernos de rinoceronte, se observa que hasta un 18% de los residiuos son cisteinas que forman puentes disulfuro Colégeno, El coligeno ha evolucionado para proporelonr her za, Se encuentra en el tefido conjuntivo de, por ejemplo, ten- ones, cartilngos, matriz organica de los huesos y cémea del ojo, La hice del coldgeno es una estructura secundaria tinkea distinta de la hélice a. Bs levogira y tiene tres residues amino 4cidos por vuelta (Fig. 4-12). £1 coldgeno también es una es- tructura superenroliada, pero con estructuras terciaria y cuaternaria distintas: tres cadenas polipeptidicas separadas, denominadas cadenas a (no deben confundirse con hélices a), ‘stan superenrolladas una alrededor de la otra (Fig. 4-120). No eM ToL] ‘medo rompe los enlaces de hidrégeno y hace que Ia estruc- ‘ura helicotdl de las cadenas polipeptidicas se desenrelie Después de transeurrido un cierto tiempo, se elimina la solu- cidn de agente reductor y se aflade un agente oxidante que * cstabiliza los enlaces disulfuro nrievos formadas entre pares de ‘Gys de cadenas polipeptidicas adyacentes, que no se corres- pponden ya con las anteriormente presentes. Al lavar y enftiar 1 cabello, a cadena polipeptidica revierve a su conformacton enélice a. Asfel cabello ques ondulado del modo deseado, puesto que los nuevos enlaces disulfuro formados efercern, algdn tipo de torsion giro sobre los haces de hélices a de las fibras del cabello, La ondulacién permanente no es realmente permanente debido a que el cabello crece; en el cabello nuevo ‘que reemplaza al antiguo, la a-queratina presenta el patron, natural de enlaces disulfuro, no ondulado, = i ssn oe