Chapitre | : Le monde micro! i Histoire de la microbiologic A- Définition Lamicrobiologie est l'étude @organismes vivants de trés petite taille quine peuvent éire pergus par Poeil nu On Tes appelle pour cela des naigro- ‘organismes ou microbes ou protistes (primutif ) . / Le terme microbe a été donné par un chirurgien Sedillot én 1878 pour désigner ics organismes microscopiques . L’ocil nu ne peut percevoir dos objets ou des micro-organismcs dont te diameire est égale & 1 mun . On peut dire que tout organisme dont fe diaméurs est < 0,Imm est un micro-erganisme . Dans cette catégoric d’étre vivants it ‘ya quelques métazoaires . fes protozoaites , un grand nombre dalgues , des myodtes , les bactéries et les virus . @. La découverte du monde microbien {a sévélation de ce monde fut Yocuvre d'un Hollandais Antonie van {4632-1723 ) Wa probablement pas Gié te promicr & observer les microbes . Cependant | il a ¢lé le premier 4 consigner ses observations dans des descriptions et des dessins précis On sait qu’il était un marchand de tissus vivant a Delft , en Hollande et qu'il utilisait des lentifles grossissantes pour inspecter ta qualité du tissage de ta marchandise qu'il achelait . On peut supposer qu’en testani un échantilion “@ean Pan: étang ou une autre source riche en microbes , if a &é surpris d’observer avec son petit microscope de minuscules organismes aux formes particuliéres se déplagant apparemment dans un but précis _ HI a alors fabrique des centaines “e microscopes , d'or et d’argent . observant tout sur sun passage , entre autre le tartre sur ses dents . Ses meilleures lentilles powvaicnt grossir de 300 a 500 fois , ce qui tui permit d’observer des algues microscopiques , des proiozoaires et ies phos grandes bactéries qu’il appelia a . Pépoque des Animalcules . ‘G- Génération spontanée contre biogenese La découverte d’un monde 4’ organismes invisibles 4 Pocil ou fit renaitre un grand débat sur Torigine de la vie . Don venaient ces Animaicules 7 ®4- Génération spontanée ou abiogenése : théorie selon laquelle la vie provient du non vivant . Certains prétendaient que les micro-organismes provenaient de la décomposition de tissus animaux ou végétaux morts En d'autres mots , iis croyaicat que , pendant la décomposition des tissus animaux ou végétaux . les organismes vivants sortaient des matiéres non vivantes . Les Grees eroyaient que la viande en décomposition produisait des asticots et que , dans des conditions climatiques convenables , les mouches et les grenouilles sortaient de fa vase . Non seulement un grand nombre de personnes prétendaient que {es micro-organismes apparaissaient par génération spontange , mais if y avait aussi beaucoup de partisans de ta genése spontance de vers ct d’insectes et méme de souris et de grenouiltes 2- Réfutation de ta génération spontanée et acceptation de la hiogenése Hy avait en méme temps des adversaires et des partisans de ia génération spontange , chacun avec une nouvell= explication . John Needham y observa ja présence de micro-organismes au début de Pexpérience et conclut qu’ils provenaient de fa viande . Vers 1a méme époque - Lazatro Spallanzani tentait de réluter Vabiogenése : il fit bouillir pendant une heure une soiution nutritive de bouillon de boeuf dans des flacons avant de les seeller hermétiquement . Aucun microbe n’apparut dans ces flacons Mais ces résultats , confirmés par d'autres expériences , ne purent convaincre Needham que les microbes ne pouvaient apperaitre spontanément Ce dermier prétendit simplement que Yair était essenticl a Pabiogenése des microbes : comme Pair avait été exch des flacons , aucun microbe ne pouvait y ‘apparaitre . Quelques 80 ou 90ans plus tard , deux autres chercheurs , Franz. Schulze et Theodor Schwann , réfutérent le raisonnement de Needham . Schulze fit passer ce Pair a travers de fortes solutions acides avant de Venvoyer dans un bouillon de boeuf . Schwann, de son o6té , fit passer de J'air-dans un serpentin chauffé au rouge - Aucun microbe n’apparut . Dans un cas, Pacide', dans "autre , la chaleur extréme , evaient tué les micro-organismes . Mais les partisans de la génération spontanée n’étaient pas encore convaineus . Ts prétendirent que Pacide et la chaleur avaient modifié Vair de fagon telle qu'il ne pouvait y avoir de croissance . Vers 1850, Schroeder et von Dusch firent une expérience plus convaincanie en faisant passer lair dans des tubes remplis de coton . ®Le coton retenait 1es micro-organismes de I'sit: 16 5 pouvaient done pas pénétrer dans les flacons et , par conséquent , aucun organisme ne pouvait ¥ croitre (fig. 1) Ua nouveau nom émergeait dans le domaine de la scenes” Louis Pasteur (1822-1895), Ce demier fit des expériences poor clore Je débat Il prépara des solutions nutritives dans des flacons a col de cyg empécher le passage de [air qui n’était ni filiré , ni traité , ib chauifa les Pouiflons et les Iaissa reposer . Aucun micro-organisme n’y apparut . Les poussiéres qui transportent les microbes ne pouvaient entrer cn contact avec la olution nutritive car elles se déposaient cans Ia partie en U des tubes a cal de cygne et les courants Pair Gtaiemt réduits au point de ne pouvoir entrainer queune poussiére dans Jes bouillons ( fig 2. Pasteur langa quelques fléches @ ces opposanls . «Non . il n’y a aucune circonstance aujourd hui connue dans jaquelle on puisse sffirmer que des &tres microscopiques sont venus at monde sans germes, Sa'S parents semblabies & eux . Ceux gui le prétendent ont été te jouet illusions , d’expériences mal faites , entachées d’erreurs qu’ils n’ont pas su apercevors et gu’ils n’ ont pas su éviter » Jj an futon tere Boulton ie : a e Figure 1 Appareils utilises dans plusieurs experiences pour réfuter la theoric de la génération spontanée . Pour chaque. expérience , on supposait que fes pactéries étaient transportées sur des poussiéres en suspension dans Pair. Sion raitait lair pour enlever ou ter les ‘niero-organismes avant que lair ne penéire dans une solution nutritive . on evobservait aueune croissance de micro- organismes - {A JLes micro-organismes de Pair sont tués par un acide fort B hes micro-organismes sont détraits Par ta chaleur C) On élimine les micro-organisms de Vair par {iltcation (passage de Pais dans det coton) @Figure 2 : Reproduction du flacon A col de cygne utilisé par Pasteur pour réfuter Ia théorie de Ta génération spontanée . Ce flacon est conservé au Musée Pasteur (Institut Pasteur , Paris. ) D-Réle des micro-organiemes dans la transformation de ja matiére Les expériences de Spallanzani avaient démontré que le dévellopement danimalcuies dans une infusion s'accompagne d'une altération de |'infusion elle - méme . Cette altération ou fermentation ne se produit pas en Vabsence @animalcules . La fermentation provoque une transformation dans Je gout , texture , Papport nutritionnel (exemple: proportion des vitamines des aliments } Crest vers 1850 que Pasteur s'est interéssé & la fabrication du vin . Ba réfutant la théorie. de la génération spontanée , Pasteur avait ctabli fe réle des micro- organismes dans le fermentation . & Postu’-te de Robert Koch ‘Vers ta fin de la décennie de 1870 , un médecin de campagne , R. Koch svest intéressé au charbor, une maladie commune au fermiers et leurs animaux dans ie milieu rural . utilisant ux microscope , Koch a vu une grande bactérie dans te sang de vietimes du charbon . Tl a supposé qu’il s’agissait de Vagont patho} qnais jl savait que comme médecin de campagne , if aurait fe difficulté laocepter une théorie aussi coniroversée . En utilisant ua placard chez lui ebmune Aaboratoire , et en développent des techniques microbiologiques de base au fur wea mesure. Koch a finglemen! réussi a isoler la bactéric du charbon et Ia purifier . I! a alors injecté sa préparation des animaux sains ¢: a produit les Fiemes symptOmes cliniques . Em cxaminant te sang des animaux quit avait inoculé. jl ate a meme de ré-isoler Ia bactérie originale . ti répéta ainsi te cycle d isolation et infection jusqu’a ce qu'il soit cectain, qu'il avait touvé Vagent responsable du charbon . Sa procédure pour identifier Pagent responsable de rimporte quelle maladie est appellée tes postulats de Koch et compore 4 tapes: ‘ePremigrement , isoler agent suspect & partir d'une vietitne malade eDeuxigment , cultiver agent en culture pure eTroisiément , infecter un héte sain et montrer que Vorganisme produit Tes symptémes classiques de la maladie eQuatri¢ment , isoler le méme smicro-organisme 4 partir de Ja nouvelle victime F. Antiseptic Dans un sens large , «sepsie » signifie infection ; antiseptic . ce sont tes mesures prises pour combatire ou empécher Pinfection . Vers 1860 , le chirurgien anglais Joseph Lister cherchait une méthode pour éviter Pintection des plaies et des incisions chirurgicales . Le taux de morialité résultant de ces infections était wes élevé . Comme tels , les désinfectants étaient inconmus saut Pacide carbolique , ou phénol . reconnu pour tuer les bactéries - Lister utilise donc uné solution diluée de phénol pour y tremper les pansements chirurgicaux et pour vaporiser la salle Pepération . Ainsi protégées - blessures et incisions étaient rarement infectées et elles guérissaient rapidement . G- immunisation Vers 1880 , Pasteur isola la bactérie responsable du cholera des poules et fa fit croftre en culture pure . Afin de prouver qu'il avait séelleinent isoler fa bonne baetérie , Pasteur uti jes techniques de base mises au point par Koch It prépara une démonstration publique ou il répéta Pexpérience qwil avait si souvent réussie dans sou laboratoire : i} inocula & des poules en santé des cultures pures et “| attendit que se 3% ifestent les symptomes de ta maladie . A sa grande surprise . les poules demcurérent vivantes et en santé . Pasteur repensa A chacune des étapes de son expérience pour réaliser qu'il avait par mégarde utitiser des cultures Agées de plusieurs semaines au liew des cultures frafch préparées spécialement pour le démonstration Quelques semaines plus tard , il repéta ta méme explsicnes avec deux groupes de poutes : le premier groupe étant celui 4 qui on avait déja inoculé de vieilies a eves . le deuxiéme groupe n'ayant jamais été en contact avec ces culturesPasteur inocula’a ces deux groupes des cultures bactériennes fraiches : les poules du deuxiéme groupe furent malades et moururent., celles du premier groupe resterent en santé. Pasteur réalisa que Jes bactéries pouvaient , en quelque sorte , perdre leur virulence ; ow leur enpacité de causer des maladies , si on les laissait eillir . Mais ces bactéries atténnées , ou moins virulentes , ponvaicnt stimuler Phate (ici , Ja poule ) a produire des aaticorps « ‘substances qui le protégent contre Finfection aa suite d’un contact avec I’ organisme virulent ( fig 3) Pasteur utilisa ensuite ce principe dinoculation de cultures atiénuges DONE prévenir fe charbon of if obiint des résultats positifs | tt appela ees oultures Prrenuses des vaceins ot vaccination , "immunisation abtentie grage au cattures atignuées . Pasteur faisait ainsi honneur 4 Edward Jenner qui avait vaeciné avec ase un gargon contre Ta variole en 1796 . Jenner avait compris que les fenmigres qui tavaillaient avec Yes vaches , ot qui attrapaient Ia, vaccine des aches qu’elles trayaient , étaient protégées contre la forme plus viralente de 1a “ariole humaine . leaner formula done Vhypothése qu'une atten de vaccine vee seait conize fa variole . Il vérifia son hypothbse en inocalant jeune James Phipps dabord des croates de vaccine , puis des crodtes de variole jeune garcon n’eut pas la variole . Pout aba onsite fen A La pouie est nace 4 ¢ Poule jamais noculde Figure 3 - Le principe de Pimmunisation tel ave démontsé par Pasteur @Tableau 1: Quelques évenements impor tants dans le développement de la ee ee ES microbiologic Date Tsteire deta leroilogt 16 Frscatre sopghre que ds organs Incense ge mites 1590-608 Jansen dévelope le premier mictueoe 178 ‘Leanwennoek dcaevee les «anaes = rs deere soe val srlagedzaton paren det mits 1765-1796 Spalluraniataque indie donation apostate 16 Sea eran ta pemibye easifeaion ds basses 8 Foner inno eres cot wri Lnos-i8i9 Schwann et Seheidenémettnt oho etal Nee-1RIe gu agcouvre qu'une mal dvr 2sole x du dee 8 co use que bene Go MANES ak origins minnie rna7e8so Searels démorte qu a fey pepe. waned ar ence neck popose de” cs ariseptenss pow preven a maladie 19 snc ei le sévcoppement eure de choirs Dronates ist Poser oni gue J feriztainn dn s&h ah be ‘ijucen de hun nero-orzasmne is “Yidkoarpropece que nue orale sinned let 61 Fea pr gue lee micrvargnisines ne povienrent * tha dhuwe pevartion spmmaree wea {er aii an ot tec mersiqve - 1 Micschee ddonure es aides reli e177 eh demoirs et harbor 2 P i Bocilsanitrcte eo Laveran éésowre Pasian, response de asia vest et cv tes nds s gletnn Psosrddvloppe un veein cnet charbor va ah eouvas aba dea teres “Mycobnctrin baraless 884 de Koch sunt pais pote Rs « isch eto pingauyione Dereopperent de autclave ‘rotenone Cane est le 198s Foto ddelopa fe yeineoure : a ee Seer cof ce ons rhe 186 Fetha domve Steptocorns preureni eopanstle “Se prewsonie we? abel de Pel est ivorde par Richard Pee ET oy winngntnky euler bears lwcues ot ieiRantee 09 Pa ct des bacses de te Failie 90 Fe pene des anbtpines cme ihc eb anos 852 Teeny Slime Poiine vite ee rutaie de ‘ovate do hae v4 iter ven lent Yrs peri, pele es Hos Border dicount le complet 20 Sengrimengem uéeauvee Cosi bottinum, responstbie ‘de bocame 297 spachne oepare un ese elevure i mente aa fats partie de lrg ransponé yore oust 199 ‘ifanpee emote quae racic vise ext cause de St fade daw mestique du ub 900 ect comnts suet fee june est bance par Un mousigee ‘a csteneeJecouee es groupes sangsins @ ‘hates Events torques ‘open puble eo aval sure ayateme oie iocemtque (152) uespene (1600-1601 én ane ‘Nurmaree ce-S. Bichet de Hine! (1685) Jaane Newton pub ePrvepia (1687) aes pbc le Sema Nani (1735) atunance de More (1756) Revolucion range (789) FPromiars syrpmoniede Beitoven (1800) Battie do Wesoo ate de Nogoan (1815) Farulay demon Te pene soon ecigue 1821) Tange et son premier Snbrepete 1830) Manifete communis de Mare (481 Maite oy ube estes pou premise fit pur Fzea (143 CCousos forms prem ea scond ode a berondyrariue 18S {Graham fait une dniaetion ete eolides et salons Mehl dei Afoty ek 18S) Tiss Te armlrascenseue C8S4) san nits lianon du be 8g (1855) Suet’origine set exptces de Darin (1859) CBucreeivie emesine (1861-1865) ‘SeSGE pubic ss exposes de géatique (B69) Posed cable rnaanigne (86S) Cae rc mont de Doster (1856) Gere rancortlmande (1670-1871) {elt inveae le dephone (1878) tusson vonsuit a premeee ampoule etrque (1879) Ives tie preteen couleur (1884) reir cette Ceci onsite pr Hon (1882 ‘het aver se ukiotarry Pn Se Mack Toi (1884) Preis wes ater Dslr CIRRS HA este bésquvse ls oes rasioletigaes 85) ta comées (1888), Premios ferret dla (1898) Runigendksouve es ayont X (95) “Thompson dscuveeTeleewon 1887) Gere hapanesmesecine (1898) usc svetoppe fa tered quan (1990) Premitie mache 8 sie decique (190!)Tableau | suite “ Title a erate @ ‘Wagh esate souvent de noord feng ins (ns 105+ Seaton e Mottram cee Ppa ide sit incaue dee sy En ‘ategnar neopets de enon J orient hur tenphe ~ ike dance ie dea Montagne ivvutes et Minis a ese no wich elope ua agen sbnotcpetiqa cone phi Mm tous Scone ns responsible cecance cher expe NS-1927 rete gent ddcounet ies vinss nesses at slag course rose 5 reseed mane! So Erg = ra Sem cteouwe stroman te = so “Reming du apn ba Mn Ril moe gor unto pnythiges alent = dex compons rane ste dons Sesame me producing me faut dvlope penser spe eosonigu 8 ranewson 5 Siete ew sy noc Dore leone ears - nt ‘Chatelaine viva en rcieysa—~ ‘teocigeien Ms Beate Tt fermen hype an eS. we ewe Ma very mane ewe FADS wap nrg ‘hue dramas 3 yea coor le suepomycine 46 Lederberg et Taam décrivent i conjugaiaonbuctéicnns = a0 aes, ets Ronis pete ptt (ONG aes eclises humaine ena 250 _LvoiTnt des cerns pogtnes 32 ‘Meter et Gase dénancn ses btioge eto = 2 SOT Abs dais ets howe “inert Lesa fesorent nection pero 33 “Tamerscooi 8 conte de net slope _ Medevac azo a taacs inure ‘vaso Cask proponent este en cou vs 42 PADN os {Iago Woman duvet que eater Fest nposm ‘emect gure pope a noose deta econo 9590 Nae tte a eiguedes ages niinmunataciea sot {eo at owod propose moat ds opson pura eplon PS eae 61-1966 ~~ '~| Neng Rien xc autos cident le ce sénsie 962 “Poco ia sec de be Un mung bene, rower ntmlroben de ype lone Pestayaneie si. ‘Aber oS cow lo endless de es tion ‘Tenia t Blur teperert tana ches scar : os “Ames lope un x Soci de detection Ue ag : ~ Apangae occomergtce Cote; Hoyr Csang et eling se seve de pase ects e os elo oe nes can es aces os Kotler ts Mtn deooppe woe ecg por ore Mesantags mencconare convert dela bondhone de Lame on ‘Recomaane es chess ri 8 rape sinc Gemiow oentomen hues éncemends historigues Praia xt (ES) fon lav’ Stintin (15) Peary ct snscnaltcigien le ple Now (199) Raticrord peace thurie det ata (941) Premiere puive aanibate 1914) Tac gdral a vclatvi a Reyne se 947), m6 ot yansatinlique de Linders 1 ‘Orato me der dg (19291 ler devin ctomctior ABenaigne (195) kerbs dst lo ete es aches sabato 1927) ei crih (30 ‘tombe stnigucs Miri ed Nagwok (88 railalionds'O-ganton dex Soto Ue (1985) Premier dina (1945) Guerre de Cote (1950) Ephron do prenitre bom Bh e C19) Solin meu {1983} Prone reste commerinig (1952) {La eau spite des stUris eprovonee coe la égrégation ns tes ores (1884) Geer a Alstiec1984-62) [Gonttation dee Comsnuraad aropéeane (1957) “Lancesners dv sponie pat Uno Sen tge (1957) [Gontcle des asinanees pri ple (196. v6) reais borin dns Pesce (i ur de erin 951), (ig des meen 9 Cat (1962) Tra sr art de ann scl (1968) Le Privident Kemnay ea easing (963). Cuetec anbonsradiene (967) Feanerent So der siversée- ML King et are (1985) Nell Armaicong marcela lune (1968) “Take Sa (1972) Goetre 30 Kigpove (1973) Fines ta poste fa Vernon (1978) Dismistion da pride Noe dense Watergate (197 ue are cane de nara 2977)Tableau { suite Date wo so we 9s21983 oes 984 1986 190 smn (995 1995 1997 2000 ‘lire defo mlereblcogte Ter Sng acne rcv devequsggs AON “Ean Sang man ernie oT) : Cie a He ntchmlogc so ADM recannenCstopte de Tes See nd 27D Fdication de sine aveloppenere oa ncrseoge ees net st. yee Viscin contre hepatie B abt por des eshninoek “ie péoe BeNigDe cose Altman dstuvres! ARN ciialytiye Cee Atrain de Pimwaodefclnce ext ip Monaguer «Gallo i Derecpgnantceivztn de rolymesetion non roar wecern (patie BD peut par ne sértigue et ovo utleable ces orn * remorse dethdrple génique hua ‘Prinses tests che "homme une sarap eis ‘Raprobalon aux USA de Psiaation d3 vacinil-varieet> Séqience do genome ce Hacrcphilesieflenane ‘Sekoenee du genome Ga Prices jannascit [Sequence da gloom dover Detaovene deia pve pando dactsie eon; “iomargara nero ‘Sequnsee genome Eschericks oli Seer de chmonornedislinas cher Wbriocholage a ‘antes denen sorte 2) 85 ine sur le oescht entinatera personne Pasoayert du SIDA AIDS) (780) [35 Preinarener ari fmplné 1588 ‘Mersey a propastion anit | a Gertuighes deve octane Ginte gueede Benin 1989) 7 {Gr guche a Gulf cons Yih coms {Gh de ion soviet Cn toove oo pa we ae (988)Place du monde microbien parmi tes étres vivants introduction ‘Avant Ja découveste des micro-orgenismes , tows Jes cies vivants siaient classés A Pintérieur du régne animal et végétal . La découverte de ces nouvelles formes vivantes microscopiques rendait de plus en plus. difficile leur classernent dans le régne animal ou végétal . Parmi elles les algues et les champignons pouvaieat Gite rapprochés.des plantes . les premigres 4 cause de leur pouvoir de photosynthése , les seconds en raison de leur immobilité ; les protozoaires mobiles ei non photosynthétiques étaient plutét considérés comme des animaux ; Ja place des bactéries par contre restait a fixer Heureusement en 1886 , 1¢ zoologiste allemand Haeckel proposa une solution ique en demandant la création , pour ces formes microscopiques , d'un sme ragne’, celui des protistes qui rassemble les algues . les protozoaircs . jes champignons ct les bactéri Les plantes et les animaux sont des organismes pluricetialaires . lls laissent apparaitze une différenciation cellulaire extrémement poussée : par exemple les celfules rénates humaines ont une structure et des fonctions différentes des cellufes du cervean . Ces celiules hautement spécialisées et organisées en tissus constittiant eux-mémes des organes . Elles ue peuvent étre considérées comme des. unlités indépendantes car toutes contribuent a leur maniére propre au fonctionnement de Vorganisme tout on constituant des parties ioterdépencantes de celwi-ci . Les protistes , eux , sont caractérisés avant tout par une organisation biologique radimentaire . Unicellulaires ou pluricellulaires , ils présentent toujours le méme type de cellule indifférenciée . La celiule bactérienne , par exemple , est un organisme complet , indépendant , doug d’ua pouvoir autonome de reproduction li /Le systéme selon cing ragnes de Whittaker Whittaker a p:senté , ea 1969 , une classification. selon cing régnes teile qu illusinte dans la figure 4 On retrouve les micro-organismes dans wois de ces cing régnes: celui des Monéres , comprenant les bactéries et tes cyanobactéries { appelées autrofois algues bleues ) ; celui des protistes , comprenant les protozosires et les algues microscopiques, et oeui des Mycétes , coimprenant tes levures et les moisissures . Les virus n’étant pas des cellules , on ne les retrouve pas dans ces regnes .Figure 4 ; Représentation sohematiqne et stm tenes de Whittaker . on Gite IL Le rigns des Pracaryotes d’apet Determinative Bacteriology. Le manual sendird te ref pactérienne ost le Bergey's Manual of (1974). Ce mannal acsepre te rbgne des Mi copendint Ie ragne des proceryotes parce les Monises Procaryotes . Le “égne des procaryotes 3° eyanigbactéries et ive buoldrics . De fapon ge je monde entier te syst Bergey's Manual ig taxon { ulass 2 Bacteristogy . de Whites om= Uarbre universel du vivant L'évolution est le processus ayant mnené & l'apparition et & la transformation de nouvelles especes, Lirude de la formation et de 'évolution des organismes vvivunts se nome la phylogénie. Dun c6té, toutes les cellules procaryotes of eucaryotes conaues sont phylogénéiiquement Gistinctes ; de l'autre, routes les cellules procaryotes n’ont pas fenire elles de relations évolutives proches; Bacteria et ‘Archaea sont phylogénétiquement distinctes. La compacaison de la séquence de certaines macromolécu- Jes permet d°établir des Tiens de parenté phylogénétique. ls macromolécules constionant ie ribes ARN ribosomiques, sont é'excellents marqueurs phiylogéné- tiques, Or, toxtes les cellules contiennent des ribosomes, \ ‘est pourquoi les ARN ribosomiques ont été utilisés pour consintire Iarbze phylogénétique universe! de tous les argo. rnismes vivants Lslignement des séquonces codantes pout I’ ARN ribosomique, obtenues pat le Séquengage d'un ou plusienrs orgenismes, est naly8é avec st uti informatique, Pus a dférence des séquences de YARN ibosomigne entre deux ov plusieurs organises est impor~ tante, plus leur distance évotutive est grande. Ces distances sont ensuite transrites sous Ia forme d'un arbre phylogénéti- me Les trois domaines de ta vie ‘La comparaison des ARN ribosomigues a permis de ms Evidence trois domaines phylogénétiguement distincts qui sont les Bacteria, ies Archaea et les Eukarya (eucaryotss) (voir figure Lea deux premibres lignéeé sont constituées ‘uniqueient de cellules procaryotes, tandis que le oisiéme contient exeluxivement des cucaryotes. Les trois domaines pourraient avoir divergé d'un encétre commun on d'une ‘communavté d'organismes an début de Mapparition de ta vis surla Terre 9 ‘Outre le fait de mnontrer que tous Jes procaryotes me sent pas Aroitement apparentés, S'arbre universel du vivant établit us autre fait important de évolution : les Archaea sont phy néliquement plus proches des Bukarya que des Bacteria figure). Ainsi ’arbre universel du vivant aurait diver Vancétre commun dans deux directions : une & Vorigise Bacteria et une deuxiéme, probablement, A Uorign Archaea et des Bukarya.Larhre phyloganétique universe! pROCARYOTES een aan Ju vivant defn’ a partir des = ‘camparaizons de séquences du fgane SYARNe. Uarbre se Mathano: ARCHAEA BACTERIA Hyper Gram post seul quelques organisms tiewy i m0 bisau ): pills eunbranaires , wyutes of procaryotes ( Structure baires } unigue ( haploids + i ‘ ns | | inttose sion binaive (mécanisee : ; i simple et asexué ) 2 merozygote i i | ‘ a plasmigue | * membrane i ‘ ; < i éaice ' i | a S “lysosomes | a S t stieutuen | ij :6- Respiration et | symthase * membrane | mitachondriale * membrane plasmique “ribosomes BOS-et 70S 708 Te flagelle Structure complexe Structure simpie ‘B-régulation des changes * transport passif + + i * transport actif = } as * endo-exocyiose + i 3 9 —Photosynthése chez ies cyanobactéries et chez membrane plasmique Lfes mycopiasmes cultives.sur dv * chloroplastes + | .,( chmomatophores’) | | Chez les eyamobaciéries: | | présence d’un systéme. i | membranaire analogue a celai | | des chioroplastes * membrane - | -{ sauf chez Jes bactéries i plasmigque. |. pourpres photosynthétiques } ) L i *Capsule ei e y i | “Toxicité-vis-a-vis des | + { +e i antibiotiques i 1 | *Paroi | _Présente chez les | Universelie sauf eiez Jes } plantes , absente chez | mycoplasmes { . | lesmétazoaires. | | | Distribution irréguligre | i | chez. les protistes | «| Nature-chimique. i Variable: cellulose , Peptidoglycare | chitine ; autres } | polyoses: i * Stéroles dans ta | + | Présence d'une faible qisansits | }Les Algues eucaryotes Aj Caractéres généraux La phycologie est étude des algues. Beaucoup d’algues sont unicellulaires : elles sont sphériques, ou en fuseau. Files peuvent étre mobiles ou non, Dautres espéces d’algues forment des colonies muhiceltalaires. Les algues mobiles possédent des flagelles uniques, en paires, on en amas & Pune ou Pautre des exirémités de ia celfule. Certaines algues posstdent aussi Cuntres structures extemes, comme des épines cu des boutons, ainsi que des tiges grace auxquelles elles se fixent au substrat Les algues se reproduisent de fagon sexuée et / ou ascxuée. Certaines espéces sc Himitent 4 Pune cu Pautre de ces fayons, mais beaucoup ont des cycles vitaux complexes comportant tes deux Les algues sont des organism: partout ov il y a assez de lumiére, leur croissance. nhotusynthétiques agrobies. On les retrouve ‘cau et de rustriments simples pour favoriser Des algues se développent sur ta neige et les glaces des régions polaires et des sommets de montagnes, Cestaines algues se multiptient dans les caux thermales a des températures aussi élevées que 70 °C. Certaines algues sont adaptées au sol humide, a 'écorce des arbres et méme 4 la surface des rochers elles dégradent cos rochers et contribuent ainsi A formes et & cnrichir le sol Les. algnes possédent trois sortes de pigments photosynthétiques : les chlorophylles, les caroténoides et les phycobillines . Tous ces pigments sont ptésents dans les chicroptastes. Toutes les algues possédent la chlorophylle a. On retrouve aussi dans'es algues les chiorophylies b, cd ete. Il y a deux sortes de caroténoides, !.s caroiénes ct tes xanthophylles; et deux sortes de phycobilines . la phycocyanine et la phycogrythrine “La présence des autres pigments peut masquer ta couleur verte de la chiorophytic, Par exemple, des algnes sont brunes a: cause de Pabondance relative de caroténes ct de xanthophylles. D’autres algues apparaissent violacées ou rougedtres a cause de la phycobilline La’ plupart des algues sont® aquatiques. Les minuscutes algues ‘flottantes forment uné partie du phytoplancion et constituent une importante source de nourriture pour d’autres organismes, comme fa baicine. A cause de leur activité photosymthétique, Jes algues sont & la base de ta majorité des chaines alimentaires : ce sont douc des producteurs de mati¢re organique. @Tableau 1: Caractéristiques importantes des principaies divisions d’algues Division _ f Se Chiorophyta (lgues TSurtout immobiles, mais vertes) | certaines cellules reproductrices | | peuvent étre flapeliées Tmmobiles ; gélase et | com oe Flageltes : 1 ou 2, égaux ou | inggaux ; certaines espéces ont | des Geailles caractéristign Baciflariophyia (diatomées) i ites, lbs patois siliceuses + ud etomementées | | Buglenopiyta t "Flagelies 1, 2,08 | (eugiénes) | | legérement apieats { 1 | paroi, mais une a = Be Baia: MasbaF er i | Slastise | Cryptophyta ( Amidon | cryptomonadines ) __ eo | Pysrophyta Gon, builes | Flagelles (dinoflagelté | rubang, I autre orienté vers Cieyactininaie : [ nétérocontes ) _[uiles_De plus, les algues libérent de Voxygene au cours de la photosynthése. Ce gaz est ulilisé par les animaux et d’auires organismes pour la respiration Beaucoup d’algues synthétisent tes vitamines A et D. Quand une algue est mangée pat un poisson, les vitamines sont entreposées dans Jes tissus du poisson {par exemple, dans le foie). Pour notre alimentation, on peut exiraire ou utiliser directement ces lissus ou organes comme source de vilamines (comme I’huile de foie de moruc). Les algues vertes, contiennent des quantités appréciables de vitamines B1, C et K Les algues rouges produisent deux polysaccharides importants, a carragénine et Pagar ou gélose. Des algues brunes, on extrait des alginates, ‘tilisés dans tes aliments et les produits pharmaceutiques. Peu d’algues sont pathogenes, mais Proiotheca est probablement la cause d’infections systémiques et sous — cutanées. Certaines algues aquatiques produisent des toxines létales pour les poissons et autres animaux, Certaines sigues ‘marines tuent des animaux aquatiques avec ne neurotoxine, ou poison nerveux. Les mollusques bivalves {mnoules. wsitees, etc.) concentrent dans leur glandes digestives des toxines de certaines de ces algues ; Pingestion de ces fruits de mer contamines peut Provagues une paralysie B Classification Mame si les biologistes ne sont pas tous d'accord sur les détails de ta classification des algues, ces demitres sont ordinairement classées en fonction des caractéristiques suivantes = © j- Pigments : leur composition chimique 2- Now: iture en réserve : leur composition 3- Flogelies : leur nombre et leur morphologic 4- Parois cellulaires 5- L’organisation cellulaire 6 Cycle vital et reproduction Le Tableau I donne un résumé des caractéristiques les plus importantes des divisions d’algues (ou embrancheneats, selon certains),juauedde inb seuowso. ‘sgueog 3g WOAop 1p VON np aaap wou 9 “(ishmpDounBud 1d saqquasgidar sen3jey e200e “AyoH,0 "BPHOH | uid Sap asse1 sed sagunsgedat ‘seanhydouponya Sap a5) “(e2vau0Bejoq 21008 2] spiuasgidos sande) E664 apuy avaakysetejag 59p 935 ‘ewueg | sry aj aise sesokydoaetys a adopequauagvanninsed 94s 90 nd. 9590) % swuou Sep uns cb sane xnap xne (snang ava 2 cong) syd wiou 29 039395 3p yoor uap wep aeaakydoued sap 2557/9 | seu0W9} e661 10} 05 suONLes protozoaires A/ Caractéres genéraux L’étude des protozoaires s’appelle la protozoologie. La protozoologie est étude des promiéres formes animales et surtout les moins évoluées. La dimension et la forme des protozoaires varient de fagon considérable Certains sont ovales ou sphériques, ou alloagés, et d'autres sont polymorphes {ils ont des formes différentes a différentes phases de leur eycle vital), Certains mesurent A peine 1 ym de diamétre, et d'autres, comme tinoeba proteus, mesurent 600 pi ou plus, Certains ciliés alteignent 2000 pm (2 mm) et sont ainsi facilement visibles a Pazil nu. Ce sont des eucaryotes unicellulaires, sans chlorophylle et sans parol cellulaire Tis sont mobiles pendant au moins une phase de leur cycle vital On connait plus de 64000 espeves de protozoaires : environ 32000 sont des fossiles, 22000 ont une existence inndépendante, et 10000 sont di parasites. De ces demiers. seulement quelques espéces causent des maladies chez tes humains, Les protozoaires constituent un important chainon alimentaire dans les milieux aquatiques. Par exemple, dans les océans, le Zooplancton (plancton animal) est constitug en partie de protozoaires qui se nourrissent de phytopiancton (plancton végétal). Le zooplancton sert de nourriture pour les organismes marins plus gros. On peut représenter ‘cette chaine de la fagon suivante < Energie lumineuse carnivores | ‘onsommateurs secondaires) if | Phytoplancton - » zooplancton (Producteurs) (Consommateuts: primaires) Les protozoaires saprophytes et ceux qui se nourrissent de bactéries sont aussi tr8s importants pour F’équilibre écologique de nombreuses communautes, aussi bien dans les marécages que dans tes autres milicux aquatiques. Ils se nourrissent des organismes impliqués dans la demiére phase de decomposition de matigres organiques et ausst des substances produiies par ces organismes. On peut représenter cela de la fagon suivante : 6)Cadavres des producteurs et des consommateurs, ainsi que teurs produits d'excrétion et leurs excréments ‘ Décomposition par des fertries et des mycétes, + Ingestion par des protozoaires De nombreux protozoaires peuvent former des enveloppes temporaires, appelées kystes. Les formes végétatives, ou trophozottes . se protégent ainsi des dangers de l'environnement , comme Ja dessiccation , fa diminution de nourriture , ou encore Pacidité gastrique af intérieur de leur héte - La plupart des protozoaires sont aquatiques. J.a classification est basée sur le mode de locomotion. La température optimale de croissance varie entre 16 et 25 °C, avec un maximum de 36 a 40 °C. Des protozoaires peuvent tolérer une grande variation de pH, par exemple, de 3,08 9,0. Mais pour la majorité, te pH optimal se situe entre 6,0 et 8,0. Pour les protozoaires qui ont des pigments photosynthétiques, ia lumitre est essentielle. Mais généralement, les protozoaires ne sont pas photosynthétiques. Certains peuvent absorber des substances organiques travers leurs membranes cytoplasmiques, comme le font les bactéries. D’autres sont holotrophes « ils ingérent des aliments solides dans une ouverture buccal ou bien par phagocytose. Ces aliments sont habituellement des bactéries, des algues ou autres protozoaires. Si le protozoaire est un parasite, il peut se nournir des cellules et des liquides tissulaires de V’hdte. TI peut pénétrer & Yintericur des cellules de "hdte et se nourrir:du contenu intracellulaire. La majorité des protozoaires sont aérobies stricts ou anaérobies facultatifs On a signalé que quelques anaérobies stricts. Les protozoaires se reproduisent selon une grande varighi. de mécanismes sexués et asexués. Certains protozoaires ont des cycles de reproduction fort compiexes : une partic de leur cycle vital doit s’accomplir 4 Vintérieur dun vertébré, et l'autre partie. & Viniéricur dhdtes différents. Par exemple, plusieurs especes de trypanosomes passent une partic de leur vie dans le systéme circulatoire des vertébrés, et autre partie, dans des invertébrés suceurs de sang, comme les moustiques. Q- Classification Lrembranchement des protozoaires peut tre divisé en quatre classes différentes (ow sous — embranchements, selon les auteurs) basées sur le mode de focomotion : les flageliés, les amibes, les ciligs et les sporozoaires (Tableau 1) &Tableau | ; Les principaux groupes de protozoaires Caract GTOUpES _ a ees pes ct Bae L Flagelle (un ou plus) "Les protazoaires du genre \ Mastigophora | Reproduction par fission | Leishmania causent ta ‘ (flageliés) binaire longitudinale : | eishmaniose qui provoque des i reproduction sexuée chez | Jésions de la peau ou des viscéres quelques — uns. selon les espéces. \ Nutrition phototrophe. Trypanosoma rhodesiense Ce | | | hétérotrophe, ow les deus. | | protezoaire passe une partie de sa | vie chez les invertébrés. fl est i responsable de la maladie du | sommeil transmise par la mouche Beecroe a | TSE- TSE TSarcodina | Présence de pseudopodes Entamoeba histolvtica , est (amibes) _| ou faux pieds | Pagent de Ia dysenterie amibieane | i | (prolongements | on amibiase , chez les humains . | | | cytoptasmiques). [Les infections amibiennes des j Reproduction par fission _| humains se limitent binaire ; pas de | habitueltement aux intestins. Mais | i | ‘ reproduction sexuée } it peut arriver que le sang p@ comue. | transporte des amibes ailleurs La majorité des espéces ont | dans je corps. causant ainsi des | i | une existence | aboes du foie, des poumons, de fa: | | indépendante ; rate, du péricarde et du cerveau. | hétérotrophe. | i ta Tet (oombreu). is || ® Paramécie | (ciliés) | permettent leur | ® Balantidium cali est ke seal | | deplacement rapide dans les | parasite humain quise | \ miliewx aqueux et quand ils traduit par une diarchée | | sont situs autour d'un i sanguine. | orifice buccal ou dune | | cavité, ils ergent wn i i tourbilion qui attire les | particules alimentaires. Fission binaire transverse ; | | reproduction sexuée par | | conjugaison. [ls possédent au moins un | micronuciéus et un i | macronucleus par cellule. || une existence | indépendante - |p hétérotrophe. ___ "WV “Sporozoa | immobile (forme adulte) ou | (sporozoaires) |mobile par glissement ; pas a appendices locomoteurs | extemes. | ission mutes des microgamétes flagelles | peuvent étre présents dans Ha reproduction sexuée. | Yous parasites. | | | | | 1 Toxoplasma gondic est Pagent | étiologique de Ia toxoplasmose | Chez les humains cette maladie | est généralement bénigne et | asymptomatique. Une guérison | rapide a lieu habituetlernent | Cependant une infection | teansplacentaire de'Yembryon | peut occasionner des troubles | sérieux. Cela peut provoquer la | naissance d'un enfant mort —né jou mentaiement retardé, par Lexemple, | *Plasmodium : | La malaria est une maladie | transmise par des moustiques = fe t pathogene fait partie da genre \ Plasmodium qui envahit tes | cellules hépatiques et sangaines | {hate primaire est la femelle du | moustique anophéle of a lieu 1a | reproduction sexuse du parasite. | Quatre espéces de Plasmrodium | causent chez, les humains Tes | formes suivantes de malaria | P.vivar : fievre bénigne | Povale + fievre bénigne | P.malariae ; fievre bénigne __| Pfalepparun - fevre maligne __