Los aminodacidos y las proteinas Veinte aminoacidos diferentes eran encontrados en la mayoria de las proteinas de mamiferos y, por métodos analiticos, era posible afirmar con exactitud aceptable cuantos residuos de cada una de las veinte clases habia en una proteina particular: Praicticamente nada, sin embargo. se sabia acerca del orden relativo con el cual estaban ordenados estos residuos en las moleculas proteicas. Frederick Sanger EN 1943, ERA SABIDO QUE TODAS LAS PROTEINAS BSTABAN CON- FORMADAS POR AMINOACIDOS, QUE INTEGRABAN LARGAS CADENAS. La SECUENCIA PARE DERANDO QUE TODAS LAS PROTEINAS POSELAN APROXIMADAMENTE LOS MISMOS AMINOACIDOS, PERO DIFERIAN TANTO EN SUS PROPIE~ DADES FISICAS COMO BIOLOGICAS. LA TEORIA MAS AMPLIAMENTE DISCUTIDA ACERCA DE LA SECUENCIA DE LAS PROTEINAS ERA LA DE BERGMANN ¥ NIEMANN, QUIENES SUGERIAN QUE LOS AMINOACIDOS ESTABAN ORDENADOS EN MOTIVOS REPETITIVOS. EN EL OTRO EX- TREMO EXISTIAN QUIENES DECIAN QUE UNA PROTEINA PURA ERA EN REALIDAD UNA MEZCLA AZAROSA DE MOLECULAS SIMILARES, 1955, Ex BiOQUIMICO INGLES FREDERICK SANGER (N. 1918) DETERMINO LA SECUENCIA DE LOS AMINOACIDOS DE LA INSULINA ¥ | Frederick Sanger. ‘TENER UNA IMPORTANCIA ESPECIAL, CONSI- DEMOSTRO QUE CADA PROTEINA TLENE UNA SECUENCIA Y UNA ES~ TRUCTURA UNICAS. PARA ELLO, FRAGMENTO LA INSULINA -PROTEENA INVOLUCRADA EN EL METABOLISMO DE LOS AZUCARES~ ¥ SEPARO LOS PEPTIDOS OBTENIDOS POR CROMATOGRAFIA, Y OBTUVO UN PATRON CARACTERISTICO. SANGER DENOMINO A ESTE PATRON COMO LAS “HUB- LLAS DACTILARES” DE CADA PROTEINA, YA QUE CADA UNA POSEE SU PROPIO PATRON. LUEGO DE SUS EXPERIMENTOS, CONCLUYO QUE LAIN" SULINA TENIA UNA SECUENCIA PRECISA -NO AZAROSA NI REPETITIVA DE AMINOACIDOS, RESULTADO POR EL CUAL GANO EL PREMIO NOBEL DE QuiMICA EN 1958. Estructura de la insulina, teas Investiga acerca de la cromatografia, método utili- en 1980. Juntate con uno o dos compaiieros y ave= | zado por Sanger para separar os fragmentos pep- riglien por qué gané este premio. tidicos obtenidos a partir de a insulina. Releé el texto y contesta la siguiente pregunta: ¢cuay a) cEn qué consiste este procedimiento? les son los elementos constituyentes de todas lasy bb) Frederick Sanger gané un segundo Premio Nobel proteinas?‘Pero seme w, entonces, We extructurs de un sminokido? {Qt tipot ‘deaminoteidos forman les proteinas? Todos lor aminokcidos estan forms. doe aenine (NM) y wn grupo carboxilo (-CO,H). Y st Wien aminniridos posibles de acuerdo con la ubsacin de anther grupos, los de mayor importancia biolégica y que intervienen ‘en le-oatructurs de las proteinas son los «-aminoscidos, es decir, aquellos ‘en los que #i grupo amino ests unide a1 stomo de carbone a, contiguo al Brupo warbonilo y mumerado como 2 (P Gt eras) Con excepciin del Aminodeide proline, los restantes aminodcidos que forman las proteinas s0) amines primaries de formula HyN-RCH-COOH, en las que -H ex el ‘Mbre y At es we grupo funcional, que consiste en una cadena de eatructurs, tamano y carge eléctrice diferentes segan cada ami nomwide (figure © 1) Lam montbres de los aminodcidos suelen derivar de hor nombees de la Hants de le que se sislaron por primera ver: por ejemplo la asparapina derive del eapaery (Asparragus officinalis). Ror conwenciée, los amin Sidlos we prustion momibrar con las tres primeras letras de sw nombre o, a sxistan dor similares, se camibis le teroers letra: por ejemplo, Asp ese! teide aapartion y Aan le amparagine Lm aminoheitos 80M aOlidor criatalinor Konkoor, on geners! » = Agua, ¥ possen puntor de fusion semejantes « low de otros compruny HOniwe ¥ mucho mayores que los de los compuosos onghnicon de mane molacilor somajante, Le presence on le minme molécule de wn prope Amine 9 de wwe eatbonile, con caracreristicas bnimcas y sender ney Hamante, ke wouter wo carictor amtiter, ox forms de dipuion cancun 20% llamadion swttterionen, donde! grupo cartronte se encranmnre comme Avion catbvonilabe y ol grupo WIN, COM Keakion ammomde Em solon ‘Asidian or mestiorvones we prewentan ww forme catomace (ome Fatih amonio mn wer dell grupo anWNe), ew wehacroner tue inmente nb oF PrORENIAn LORY alone (ani6» cathrondlate on hagas del grape igure ©2). Cuando «i pit wr tal que be comcemtrchion de her vanibnicas ¥ cations put, ne dice que cexveyponde al pum ten Hist pro depend dea wawrvlene dul graye K gue wonmpumeProtine (ro) Isoleucine) Valina (va > Aminoscidos con grupo R aromitico. Los ami- nodcidos de este grupo son relativamente hidréfo- ‘bos, aunque la tirosina, por la presencia del grupo hidroxilo, puede formar puentes de hidrdgeno, y el triptéfano tiene un nitrogeno que le confiere cierta polaridad. : Oya toe mem ; baw OL” Onto OS ony Fenilalanina (Phe) Tigtotano (wr) > Aminoicidos con grupo R polar, sin carga. Son aminoicidos hidrofilos, es decir que son mis solu: bles en agua. Algunos de ellos pueden formar inte racciones por puentes de hidrégeno, como la serina yla treonina, que poseen grupos hidroxilos, y la as. = 110 > Aminoicidos con grupo R cargado negativa- ‘mente a pH neutro. Poseen un segundo grupo car- boxilo, lo que les confiere su carga negativa y su aci- dez. 4 psparato (hsp) -00C—CHi-C-COOH- NH 4 Glutamate (Glu) -0OC—CHy~ CH shay > Aminodcidos con grupo R cargado positivamen- te a pH neutro. Poseen un segundo grupo amino en la cadena carbonada, lo que les confiere su carga po- sitiva y su basicidad. " " prone ngewe ctp ctr cir t-c00- zt My “NH, ’ te -anolratrarran coo: a Wistidina oO oe omLa bradikinina es una sustancia que generan el organismo humano y el de otros mamiferos para inbibir la inflamacién como respuesta a las pica- duras de las avispas y que causa un fuerte dolor. Se trata de una sustancia constituida por nueve aminoicidos (figura 6-3). Pero gcémo se unen los aminodcidos entre si para formar sustancias, como la bradikinina? Dos aminoicidos pueden unirse eliminando una mo- Técula de agua, que esti formada pir el hidroxilo del grupo carboxilo del extreme de un aminoicido, y un étomo de hidrégeno del grupo amino de otro aminodcido, para dar lugar ala formaci6n de un enlace -CO-NH- que Pertenece a la familia de las uniones tipo amida, Esta reaccién es de conden- saci6n, un tipo frecuente en las células. Este es el mismo tipo de enlace que se produce en algunas fibras sintéticas como las poliamidas (figura 6-4) y se denomina enlace peptidico. i g ek Ho — 6 —C— G10 = nyn-cr-enn-ci-Lon «OB m Ry a y Cuando dos aminoscidos se unen por medio de enlaces peptidicos, se forma un dipéptido; si son tres, se forma un tripéptido; al unirse cuatro, resulta un tetrapéptido; al unirse cinco, un pentapéptido; etc. Cuando se une un pequefio mimero de aminodcidos, se habla de oligopéptido. Y cuando se une un gran ntimero de aminodcidos, el producto es un poli- péptido. En el caso de un tripéptido o péptido superior, los residuos de los extremos se conocen como residuos terminales y, en particular, se llama residuo amino-terminal al residuo que mantiene su grupo amino, y re- siduo carboxilo-terminal al que mantiene su grupo carboxilo. Algunos péptidos poseen una actividad biolégica importante, por ejemplo, la oxi. tocina, que es la hormona sintetizada en el hipotalamo y que estimula las contracciones uterinas en el parto y el reflejo de la secrecién lactea de la glindula mamaria. Las proteinas también estén formadas por muchos aminodcidos, por eso algunas veces se emplea la palabra “polipéptido” como sinénimo de proteina. Pero otros autores prefieren reservar el término “proteina” para aquellos compuestos de masa molecular superior a 10.000 dalton y nom- brar como péptidos (oligopéptidos o polipéptidos) alos compuestos “mas livianos’, es decir, los de masa molecular inferior a 10.000 dalton. ACTIVIDADES 4. Escribi la formula del tripéptido Phe-Val-Gly. ¢Cudles serian en este ‘caso ls residuos amino y carboxilo terminales? ‘Otras moléculas polipeptidicas son las inmunoglobulinas y la albdmina. © a) ,Donde Se forman estas moléculas? ') {Cul es su mecanismo de accion? Fig. 6-3. Secuencia de la bradikinina. | Arg-Pro-Pro-Gly-Fen-Ser-Pro-Fen-Ar Spee Fig. 6-4. La poliamida de algunas fibras sintéticas es un polimero constituido. por uniones iguales.a las que forman aminoscidos. los 1Fig. 6-5. En cada globulo rojo hay miles de moléculas de hemoglobina. Aqui se ‘observa un modelo de c6mo es cada una de estas moléculas. ened 6. Se conocen otros pigmentos sanguineos en (os anima- les, como la hemocianina, la _hemeritrina, ta hemovanadi- ‘ninay la cluorocruonina. Ave- us qué metales intervienen ‘estas proteinas. 12 ¥ ‘que las protefnas son p _ mero de aminodcidos. Una proteina puec tos a cuatrocientos aminodcidos, y tener una bs ee de 10.000 a 48.000 dalton. Las proteinas mas grandes pued. sas moleculares del orden de 106 dalton, como la proteina cono KLH (hemocianina de un molusco llamado “lapa agujero de lave”), ms pequefias pueden poseer unos pocos aminoacidos, como la bradikini- na, que solo posee nueve. Pero, concretamente, icémo esté constituida una proteina? ;Cémo es posible estudiar su complejidad estructural, su masa molecular y su se- cuencla? Los aminodcidos que componen las proteinas estin unidos por enlaces peptidicos y forman cadenas de gran extensién. Las protefnas se estructuran en base a una o més de estas cadenas polipeptidicas, unidas por enlaces no covalentes, como las fuerzas de Van der Waals, las interaccio- nes iénicas y las hidrofébicas, y por puentes de hidrogeno. Una de las proteinas més pequefias que se conocen es el citocromo ¢ | humano, de masa molecular 13,000 dalton, que esté formado por una inica cadena de 104 aminodcidos, Una de las proteinas mas grandes que existen sla apolipoproteina B humana, responsable del transporte del colesterol: con una masa molar superior a los 00.000 dalton, su estructura se compo- ne de una tinica cadena de mas de 4.500 aminodcidos. Clasificacion de las proteinas St SS Et DETAUE). ‘Midieron las longitudes de enlace C-N de los aminod- Gidos y observaron que resultaban mas cortos que en una amina. Por otro lado, observaron que los atomos adyacentes ena cadena polipeptidica son coplanares, es decir, el en- lace peptidico del grupo amida “se encuentra en un plano” (las uniones O = C-N-H forman Angulos de 180°). A partir de estas investigaciones, los quimicos llega- ron ala conclusién de que existen niveles en la estruc- tura de las proteinas (figura 6-6). > La estructura primaria, que ya analizamos, es la secuencia lineal de los aminodcidos y la ubicacion de los puentes disulfuro. > La estructura secundaria consiste en la disposi- cién regular y repetitiva en el espacio de los residuos aminodcidos cercanos en la cadena polipeptidica, estabilizada por las interacciones entre los puentes de hidrégeno, lo que permite su plegamiento para maximizar el ntimero de estos enlaces en una tinica direccién. Las estructuras secundarias més habitua- les son la a-hélice y la hoja B. > La estructura terciaria incluye las interacciones entre segmentos laterales de la cadena polipeptidica de los aminodcidos que forman el esqueleto com- pleto de la proteina y que permiten un mayor grado de plegamiento hasta adoptar la forma tridimensio- nal final caracteristica. > Finalmente, la estructura cuaternaria es la que presentan aquellas proteinas que tienen més de una cadena polipeptidica. Cada cadena polipeptidica constituye una subunidad que se relaciona espacial- mente con las restantes. La estructura a-hélice, que se presenta cuando una cadena peptidica gira sobre s{ misma y se unen los ‘sectores de la cadena por puentes de hidrégeno intra- estéricos que le confieren los grupos R, se ejemplo, enla fibroina de la seda. Cuando las cadenas peptidicas adoptan la estructy tridimensional oe les penate cunplce as gaat todos sus niveles), decimos que las proteinas estan en su conformacién nativa, 0 natural, Y cuando las protet nas pierden su conformacién nativa por variaciones en el pH, cambios de temperatura o por reacciones quimicas, decimos que se encuentran desnaturalizadas, en cuyo ‘caso muchas veces ya no cumplen su funcién biol6gica. Fig. 6-6. Niveles de estructura de una proteina: primaria (1) secundaria (2); terciaria (3) y cuaternaria (4). Qué es la difracci6n de rayos X? La difraccién de rayos X es una técnica que permite inferir Fre] estructura de una sustancia crstalina a partir del patron de di- fraccién que sus cristales producen sobre un haz de rayos X. Es la técnica utilizada en la cristalografia, disciplina que se encarga de ‘analizar la estructura de diferentes sustancias a través de las pro= piedades de sus cristales. Esta misma técnica puede ser utilizada ‘para estudiar la estructura de las protenas,asicamo deotas bio, ‘moléculas. Sin ir ms lejos, es la técniea que utilisé Rosalind Franklin para sus estudios sobre el ADN en los que se basaron Watson y Crick para proponer el modelo de ADN que les lev Premio Nobel en 1962. : *Proteinas fibrosas y globulares ee {Todas las proteinas tienen la misma “forma”? ;Como es posible gens ren- lizar su estructura sila fancién biolégica de cada una de ee estan = ae te? Teniendo en cuentala estructura tercaria de las protelnas, est clasficarse en dos grandes grupos: las proteinas fibrosas y las proteinas ybulares. oe protefnas fibrosas se ordenan formando saree shoe a extensién, en general conformadas por un Gnico tipo de estructors {°°N daria. Todas ellas som insolubles en agua debido a la alta concentac | § aminoicidos hidrofébicos (es decir, no polares), que se encuentra (70 cn el interior como en la superficie de estas proteinas. En la siguient se incluyen algunas caracteristicas de las proteinas fibrosas mds represen Fig. 67. Las proteins globulares suelen inclayen alguna ‘star formadas por mas de una case de ——_‘tativas. estructura secundaria, “Tres nlceslevégitas formadas sobre todo por Gli Ala y Pro | Res [oH forman una superaie. clasticdad. Posflidad de estiramierto en dos ‘irecciones, Las cadenas estén formadas principaimente por Gl, la ¥ lye interaccionan eon aminosekdos especicas que les Brndan elastidad ‘Telco conjuntvo. En cuanto alas proteinas globulares, las cadenas peptidicas se plieganen forma esférica y tienen una estructura mas compleja que las anteriores, ya que en general puede haber més de una estructura secundaria en la misma molécula (figura 6-7). Son solubles en agua y, en general, los residuos no polares se encuentran en el interior de la molécula, denominado “centro” © “coraz6n” (core, en inglés) mientras que los polares se ubican en la su- perficie. La siguiente tabla compara las caracteristicas de algunas proteinas slobulares importantes. setts option aoe BOLI a RiP A AN ARR ssw i BO ae} ‘Aimacenamiento y transporte | Presenta una nica cadena polipeptiica con un grupo hem. su estructura Miogiobina ‘e oxgeno. secundaria forma el 70% de a-helices. Oe componente dela ‘Tene una sola cadena de clen arinncdos yun grup hemo, ctocromo € cagena espratora de las. | Tete tens cles, idiots Cataliza ciertos enlaces, Presenta 142 aminodcidos, muy pocos residuos que forman la cchélice y una: Fibonuctessa, mternucledtidos det RNA. | mayor cantdad de hoja fi Presenta cuntro puentes deuloras eee Ym es 114P Funciones de las proteinas Las proteinas representan por lo menos el 50% del ‘peso seco dela mayoria de los organismos, y debido a esta abundancia cumplen variadisimas funciones biolégicas. Algunas de ellas las cumplen en el sitio donde son sinte- tizadas —funciones “Iocales"-, y otras las cumplen despla- zindose por el organismo -funciones “a distancia’. Funciones “locales” de las proteinas > Puncién estructural. Una gran cantidad de estruc- turas celulares esta constituida por proteinas que actian como filamentos y “anclas” de soporte. Por ejemplo, el colégeno es una proteina fibrosa que forma parte de los tendones y los cartilagos, de gran resistencia ala tensién; la elastina constituye los liga- mentos, mientras que la queratina forma el pelo y las uufias. Por su lado, la seda es una proteina fibrosa que forma parte del capullo que producen los gusanos de seda (figura 6-8). > Funcién contrictil 0 de movimiento. Algunas proteinas permiten que la célula 0 determinados or- génulos se muevan, cambien de forma, etc. La con- traccién delos miisculos se realiza a expensas de dos proteinas, la miosina y la actina. Las integrinas y las, tubulinas, por su lado, mueven el sistema citoesque Iético de la célula, y la dinefna de las cilias y los flage- los también se incluyen en este grupo (figura 6-9). | > Funcién de nutricién y reserva. Algunas protef- nas sirven como nutrientes celulares, por ejemplo, Ia caseina de la leche y la ovoalbtimina del huevo (figura 6-10), > Funcién de transporte. Algunas proteinas trans portan sustancias a ambos lados de la membrana plasmitica, y otras, en los liquidos extracelulares. Por ejemplo, la hemoglobina de los glébulos rojos transporta oxigeno a los tejidos (figura 6-11), Fig. 6-11. Los globulos roj0s contienen hemoglobina, que es un transportador de oxigeno aed eae Fig. 6-9. Organismos unicelulares flagelados. Fig. 6-10. Huevos de avestruz, con gran contenido en albamina (ovoalbamina) 15 =6-12. Estructura tridimensional de la peroxidasa Fig. 6-13. La insulina, la tiroxina ya hormona del crecimiento regutan la tala final que alcanzan las personas. Rae Funciones “a distancia” de las ina » Funcién enzimatica. Muchas proteinas globulares, como las catalasas, las permeasas, las peroxidasas y los itocromos, son capaces de acelerarla velocidad delas, reacciones quimicas, es decir, actian como catalizado- res biolégicos. Por ejemplo, la pepsina rompe las pro- teinas en péptidos pequefos, yla renina separa laleche en fracciones liquidas y sélidas, mientras que la lipasa actiia sobre las grasas (Bgura 6-12). Funcién hermonal. Estas protefnas permiten regu. larla actividad fisiolégica y metabilica de las células, y actiian como mensajeros quimicos que disparan acciones determinadas en los érganos blanco. En esta categoria se incluyen la insulina, la tiroxina y la hormona del crecimiento (figura 6-13). Funcién de defensa. Algunas proteinas defienden el organismo ante una invasién o agresién externa, Los anticuerpos son protefnas que permiten recono- cer y neutralizar bacterias y virus. La trombina y el fibrinégeno, por su parte, son proteinas que actian ena coagulacién de la sangre (figura 6-14), Fig. 6-14. Estructura de un anticuerpo. (xsi Tanto la insulina como la tiroxina pertenecen a familia de las proteinas. Sin embargo, hay una dife Tencia sustancial entre ellas. Investiaa su estructutally y averigua cual es.“1S). Muchas reacciones no podrian ocurrir condiciones de pH neutro y de temperatura del epo sino fueran catalizadas por las enzimas. Pero, | porotra parte, las enzimas requieren, para su actividad - @ptima, un pH y una temperaturaaleterminados Ta inmensa mayoria de las enzimas son proteinas globulares, y su funcién depende de su estructura tri- dimensional. Existe un lugar en el interior de las enzimas que se conoce como sitio activo (figura 6-16) donde se fija, ppor interacciones débiles, la molécula sobre la que ac- ttia especificamente la enzima, denominada sustrato. La unién del sustrato con la enzima (complejo enzi- ma-sustrato) puede inducir un cambio de conforma- cién (una ligera alteracién de la estructura enzimitica) que permite una mejor interaccién del complejo. Algunas enzimas, ademas de la cadena polipeptidi- ‘, contienen grupos prostéticos. La figura 6-17 resume algunos términos utilizados para designar los compo- nentes de una enzima, Apoenzima + grupo prostético = holoenzima Casificacion de las enzimas Es muy usual denominar las enzimas empleando el nombre de la funcién que desempefan y la terminacién “asa”. Pero la gran cantidad de enzimas descubiertas hace dificil establecer una nomenclatura sistematica, de alli que se utilicen cuatro digitos para especificar, entre otras cosas, el tipo de reaccién que regula cada enzima, Las enzimas pueden clasificarse, de acuerdo con la reac ién que catalizan, en seis grandes grupos » Oxidorreductasas: reacciones en las que se trans- fieren electrones. mination: Se flection pminoscidos ™ a — complejo ES Fig. 6-15. Esquema de funcionamiento de una enzima, ~ ~ oe. Oe. Ser 8rupos quimico: > Hidrolasas: reacciones de hidrdlisis, . > Liasas: adicién de grupos a dobles enlaces 9 forma- cién de dobles enlaces por eliminac idn de, >” Tsomerasas:transferencia de grupos dente de léculas que dan formas isoméricas, oe » Ligasas: formacién de enlaces C-C, C-g C-N mediante reacciones de condensacion, C-Oy Fig. 6-16. El sitio activo de una enzima es la zona donde el sustrato se une especificamente. fo od Cofactor _| ton inorgénico por emo. Fe Mg o Coenzima | Grupo orgénico u organometdlic, | srupo | crupo que acompana a ta cadena peptcica y que Brostético | puede ser un cofactor o una Coens ‘Apoencima_| Sena peptic de erzna, bin ada ap Holoenzima | Cenlunto formado por fa apoenaims y el grupo poe Fig. 6-17. Componentes de un sistema enzimatico. ~ mr age dso acta) eS "4 3