Reels PRINCIPIOS DE BIOQUIMICA . % DAVID L. NELSON MICHAEL M. COXxlv Indice de materias indice general Prologo V 1 Fundamentos de bioquimica 1 TESTRUCTURAY CATALISIS 45 Elagia 47 Aminoscides, péptides y proteinas. 75, Estructura tridimensional de as protenas 116 Funcién de las proteinas 157 Ewimas 190 Nuclestides y dcidos nucleicos 273 Tocnologias de la informacién basadas fen el DNA. 306 Lipidos 343 Membranas biolégicas y transporte 369 Blosefalizacién 421 weoreneun BEES IL BIOENERGETICAY METABOLISMO 481 13 Principios de bioenergética 489 14 Gluodlisis, gluconeogenesis y ruta __delas pentosas fosfato 521 Principios de regulacién metabéli shucosa y lucdgeno 560 El ciclo del acido citrico 601 Catabolism de los cides grasos 621 Oxidacién de aminodcidos y produccién de urea 656 Fosfotilacién oxidativa yfotofosforlacién 690 Biosintesis de ghicidos en plantas ybacterias 751 Biosintesis de lipides 787 liosintesis de aminodcides, nuclestidos: Yymoléculas relacionadas 833 Integracién y regulacién hormonal del ‘metabolismo de los mamiferos. 881 j Ss sus oe a “IIL LAS RUTAS DE LA INFORMACION 921 24 Genes y cromosomas 922 (25 Metabolismo del DNA 948 26 Metabolismo del RNA 995 27 Metabolismo de las proteinas 1034 28 Regulacién de la expresién génica 1081 Apéndice A Abreviaturas comunes en la literatura cientifia bioquimica At Apéndice 8 Soluciones abreviadas de los problemas Sit Glosario G1 Procedencia de las iustraciones Pl-t Indice alfabético 1-1 1 Fundamentos de bioquimica 1 4.1. Fundamentos celulares. 3 Las células son las unidaces estructurales y funcionales, de todos los organisms vivos 3 Las dimensiones celulares est4n limitadas por Ia capacidad de difusién del oxigeno 4 Los seres vivos se clasifican en tres dominios 4 Escherichia coli es ia célula procariética mejor estuc Las células eucarioticas poseen diversos orgénulos membranosos que pueden aislarse para su estudio 6 El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto yesaltamente dinamico 9 Las células construyen estructuras supramoleculares 10 Los estudios in vitro podrfan no detectar interacciones importantes entre moléculas 11 1.2 Fundamentos quimicos 12 Las biomoléculas son compuestos de carbono con una diversidad de grupos funcionales 13, Las macromoléculas son los principales constituyentes de las eélulas 15 Recuadro 1-1 Peso molecular, masa molecular y las unidades ‘que deben utiizarse 15 La estructura tridimensional se describe en términos de configuracién y conformacién 16 Recuadro 1-2 Louls Pasteur y la actividad dptica: in vino, veritas 19 Las interacciones entre las biomoléculas son esterevespecificas 20 1.3 Fundamentos fisicos. 21 Los organismos vivos existen en un estado estacionario dinamico y no se encuentran nunca en equilibrio con sn entomo 21 Los organismos transforman energia y materia 22 1 lyjo de electrones proporciona energia para los organismos 22 rear y mantener el orden requiere trabajo y energia. 2 Elacoplamaiento energético conecta las reacciones biol6gicas 23 Recuatiro 1-3 Entropia: las ventajas do estar desorganizado 24 Ky AG miden la tendencia de una reaccién ‘para transcurrir espontaneamente 26 Los enzimas faciltan las secuencias de reacciones quimicas 26 Elmetabolismo esta regulado para conseguir equiibrio yeconomia 27 1.4 Fundamentos genéticos. 28 La continuldad genética reside en las moléculas de DNA 29 del DNA hace posible su replicacién con fidelidad casi perfecta 29 La secuencia lineal del DNA codifica protefnas con estructuras tridimensionales. 29 4.5 Fundamentos evoluthos. 31 Los cambios en las insimucciones hereditarias hacen posible laevohucién 31 Las primeras biomoléculas aparecieron por evolucién quimica 32 La evolucion quimica puede simularse en elaboratorio 32 Los primeros gertes y cataizadores podrian haber sido rmoléculas de RNA 0 precursores relacionados 22 La evolucidn biologica empens hace mas de tres mil ‘quinientos millones de anos 34 la 5La primera célula fue probablemente quimioheterétrofa 34 Las células eucaristicas evolucionaron a partir de las procaridticas a través de diversas fases 35 1a anatomfa molecular revela relaciones evolutivas 36 La gen6mica funcional permite deducir la correspondencia entre genes y procesos celulares especificos 38 ‘La comparacién de genomas tendré una importancia eada vez ‘mayor ena biologia ymedicina humanas 38 | ESTRUCTURAY CATALISIS 45 2 Elagua 47 21 Interacciones débiles em los sistemas acuesos 47 ‘Los puentes de hidrégeno confleren al agua sus propiedades extraordinarias 47 El agua forma puentes de hidrégeno con los sohutos polares 49 El agua interacctona electrostaticamente con los solutos cargados 50 Taentropia aumenta cuando se disuelve una sustancia cristalina 51 Los gases apolares se disuelven mal en elagua 52 Los compuestos apolares fuerzan cambios desfavorables energéticamente en la estructura del agua 52 Las interacciones de van der Waals son atracciones interatémicas débiles 54 Las interacciones débiles son cruciales para la estructura yfuncién de las macromoléculas 54 Los solutos afectan a las propledades coligativas de las disoluciones acuosas 56 Recuadro 2-1 Respuesta tactil en plantas: un fenémeno osmético 59 2.2 lontzacién del agua, acidos débiles y bases débiles 60 El agua pura esté ligeramente ionizada 60 La ionizacién del agua se expresa mediante una constante de equilibrio 61 La escala de pH representa las concentraciones de H* yOH 61 Recuadro 2-2 El producto inico del agua: dos problemas itustrativos 62 Los ticidos y bases débiles tienen constantes de disoriacién caracteristicas 63 Las curvas de titulacién proporcionan el pK de los dcidos débiles 64 2.3 Tamponamientos contra cambios do pH on os sistemas biolégicos 65 Los tampones son mezclas de decides déblles y sus bases conjugadas 66 Una expresién sencilla relaciona pH, pK; y concentracién, detampén 66 Los dcidos o bases débiles tamponan céhilas y telidos contra cambios de pH 67 Recuadro 2-3 Resolucién de problemas con la ecuacién de Henderson-Hasselbaich 67 Recuadro 2-4 Sangre, pulmones y tampén: el sistema tampén del bicarbonato 69 2.4 El agua como reactho 69 2.5 La adecuacién del ambiente acuoso a los organismos Wvos 70 Indice de materias xy 3 Aminodcidos, péptidos y proteinas 75 3.1 Aminoscidos 75 Los aminodcidos tienen caracteristicas estructurales comunes 76 Los residuos aminodcidos de las protefnas son estereoisémeros i. 77 Los aminodcidos se pueden clasificar segtin su grupo R78. Los aminodcidos no estndar tienen también importantes funciones 80 Los aminodcicdos pueden actuar como dcidos y bases 81 Recuadro 3-1 Absorcién de la luz por las moléeulas: ley de Lambort-Beer 82 Los aminodcidos tienen curvas de titulacin earacteristicas 62 La curva de titulacién predice la carga eléctrica de los aminofcidos 84 Log aminodcidos difieren en sus propiedades écido-base 84 3.2 Péptides y proteinas 85 ‘Los péptidos son cadenas de aminodeisdos 85 Los péptidos pueden distinguirse por su comportamiento aeionizacion 86 Existen péptidos y polipéptidos bioldgicamente activos de una gran variedad de tamafios 86 Los polipéptidos tienen una composicién de aminodcidos. caracteristica 87 Algunas proteinas contienen grupos quimicos diferentes alos aminoacidos 88 Existen varios niveles de estructura de las protefnas 88 3.3 Tabajar con proteinas 89 Las proteinas se pueden separar y purificar 89 Las proteinas pueden separarse y caracterizarse por electroforesis 92 Es posible cuantificar las proteinas no aisladas 4 3.4 Estructura covalente de las proteinas 96 La funcién de una proteina depende de su secuencia de aminodcidos 96 Se ha determinado la secuencia de aminogcidos de millones de proteinas 96 Los polipéptidos cortos se secuencian utiizando procedimientos autométicos 97 Las proteinas grandes deben secuencciarse a partir de fragmentos mas pequenios 99 Tas secuencias de aminodcidos se pueden deducir también mediante otros métodos 100 Recuadro 3-2 Investigacion de las proteinas mediante Ia espectromettia de masas 102 Pueden sintetizarse quimicamente péptidos y proteinas pequefias 104 La secuencia de aminodcidos proporciona informacién bioguimica importante 106 3.8 Secuencias de proteinas y evolucién 106 Las secuencias de protefna permiten deducit la historia delavidaenla Tierra 107 4 Estructura tridimensional de las proteinas 116 4.4 Visn general sobre fa estructura proteica 116 La conformacién de una protefna esta estabilizada principalimente por interacciones débiles 117 El enlace peptidico es planoy rigida 118xvi ndice de materias 4.2 Estructura secundaria do las protoinas 120 La hélice a es una estructura secundaria habitual en proteinas 120 La secuencia de aminodcidos afecta a la estabilidad de lahélice « 121 Recuadro 4-1 Cémo distinguir dextrégiro de levigiro 122 La-conformacién f organiza las cadenas polipeptidicas en forma de hoja 123 Los giros f son frecuentes en las proteinas 123 Las estructuras secundarias comunes tienen angulos de enlace y un contenido de aminoacidos caracteristico 124 4.3 Estructuras tereiaria y cuaternaria de las protefnas 125 Tas proteinas fibrosas estan adaptadas a una funcién estructural 126 Recuadro 4-2 La ondulaciin permanente es un ejemplo de Ingenieria bioquimica 127 En las proteinas globulares la diversidad estructural refleja la diversidad funcional 129 Recuadro 4-3 Razones para que los marineros, exploradores y ‘estudiantes universitarios consuman frutay verduras frescas 130, La mioglobina proporcioné las primeras claves acerca de la, complejidad de las estructuras proteicas globulares 132 Las proteinas globulares tienen estructuras terciarias diversas. 134 Recuadro 4-4 Métodos para determinar la estructura tridimensional dena proteina 136 El andlisis de numerosas proteinas globulares revela patrones estructurales communes. 139 ‘Los motivos proteicos constituyen la base de la clasificacién estructural de las protefnas 141 Las estructuras cuaternarias de las protefnas comprenden desde diimeros sencillos hasta grandes complejos. 144 Existen limites al tamafo de las protefnas 146 4.4 Desnaturalizacin y plegamiento de proteinas 147 La pérdida de la estructura conduce a la pérdida de funcién 147 La secuencia de aminodcidos determina la estructura terciaria 148, Los polipéptides se pliegan raipidamente y segtin un proceso de varias etapas 148 Recuadro 4-5 Muerte por un plegamiento incorrecto: las enfermedades priénicas 150 Algunas proteinas sufren un plegamiento asistido 151 5 Funcidn de las proteinas 157 5:L Unién reversible proteina figande: proteinas de unién a oxigeno 158 El oxigeno pnede estar unido a un grupo prostético hemo 158 ‘La mioglobina tiene un tinico sitio de fijacién para eloxigeno 159 Las interacciones proteina-ligando se pueden deseribir cuantitativamente 160 La estructura proteica afecta al modo de unién delligando 162 El oxigeno es transportado en la sangre por la mioglobina 162 Las subunidades de la hemoglobina son similares. estructuralmente ala mioglobina 163, La hemoglobina experimenta un cambio estructural al unirse aloxigeno 164 La hemoglobina une oxigeno de manera cooperativa 164 La:uni6n cooperativa de ligando puede ser descrita cuantitativamente 167 Existen dos modelos que explican los mecanismos de la, tunién cooperativa 167 Recuadro 5-1 Monéxide de carbono: un asesino silencloso 168, Lahemoglobina también transporta H* y Oz 170 La union de oxigeno a la hemoglobina esta regulada por el 2,3-bisfosfoglicerato 171 ‘La anemia falciforme es una enfermedad molecular de la, hemogiobina 172, 5.2 Interacclones complementarias entre protesnas y ligandos: cl sistoma inmunitario y las inmunoglobulinas 174 La respuesta inmunitaria es el resultado de la accién de una serie de céinlas y proteinas especializadas 175 Las eélulas distinguen lo propio de lo ajeno exponiendo péptidos en su superficie 176 Los anticuerpos poseen dos sitios idénticos de unién aantigeno 178 Los anticnerpos se unen fuertemente al antigeno de una manera especifica 180 las interacciones antigeno-anticuerpo son la base de diversos pprocesos analiticos importantes 180 5.3 Interacclones protolcas moduladas por energia quimlca: actina, mosina y motores moleculares. 182 as principales proteinas del miisculo son la actina ylamiosina 182 tras proteinas adicionales organizan los filamentos delgado ¥y grueso en estructuras ordenadas 184 Los filamentos gruesos de miosina se deslizan a lo largo de los filamentos delgados de actina 185 6 Enzimas 190 6.1 Introduceién a los enzimas 194 La mayoria de enaimas son proteinas 191 Los enzimas se clasifican segtin las reacciones que catalizan 192 6.2 Cémo funcionan los enzimas? 193, Los enzimas alteran las velocidades de reaceién pero no los equilibrios 193 Las velocidades de reacci6n y lo equilibrios tienen definiciones termodinamicas precisas 195 Unos pocos prineipios explican el poder catalitico yla especificidad de los enzimas 196 as interacciones déhiles entre enzima y sustrato son 6ptimas en el estado de transicién 197 Los enzimas utilizan Ja energia de fijacion para proporcionar especificidad de reaccion y catalisis 198 Grupos cataliticos especificos contribuyen ala catilisis 200 6.3 La cinética enzimética como método para comprender el mocanismo 202 La concentracién del sustrato afecta a la velocidad de las reacciones catalizadas por enwimas 202 La relaciOn entre concentracién de sustrato y velocidad de reaccidn se puede expresar de manera cuantitativa 204 Para comparar las actividades enziméticas se utilizan los pardmetros cinéticos 205, Recuadro 6-1 Transformaciones de la ecuacién de Michaelis-Menten: grfica de dobles reciprocos 206 Muchos enzimas catalizan reacciones en las que intervienen dos o més sustratos 207 La cinética en el estado pre-estacionario puede aportar pruebas sobre pasos especificos de la reaccion 208)‘Los enzimas estan sujetos a inhibicién reversible. irreversible 209) Recuadro 6-2 Pruebas cinéticas para determinar los mecanismos deinhibicién 240 El pH afecta a la actividad enzimdtica 212 6A Ejemplos de reacciones onziméticas 213 En el mecanismo de la quimotripsina se produce la acilaci6n ¥ desacilacién de un residuo de Ser 213 En la hexoquinasa se produce un encaje inducido durante laumion del sustrato 218 Elmecanismo de reaccion de la enolasa requiere la presencia de iones metilicos 219 Recuadra 6-3 Pruobas do la complementariedad entre el enzima yel estado de transicién 220 El lisozima utiliza dos reacciones de desplazamiento rnucleofilico sucesivas 222 6.5 Enzimas reguladores 225 Los enzimas alostéricos experimentan cambios conformacio- nales en respuesta ala union del modulador 25 ‘En muchas rutas las etapas reguladoras estén catalizadas por enzimas alostéricas 226 Las propiedades cinéticas de los enzimas alostéricos differen del comportamiento de Michaelis Menten 227 Algunos enzimas reguladores experimentan modificaciones covalentes reversibles 228 Los grupos fosforilo afectan a la estructura y la actividad. catalitica de las proteinas 228 Las fosforilaciones multiples permiten un exquisite control dela regulacion 230 Algunos enzimas y otras proteinas son regulados mediante la rotura proteolitica de un precursor enzimatico 231 Algunos enzimas reguladores utilizan varios mecanismos de regulacién 232 7 Gliicidos y glucobiologia 238 71 Monosacéridos y disacaridos 238 Las dos familias de monosacdridos: aldosas y cetosas 239 Los monosacéridos tienen centros asimétricos 239 Los monosacéridos comunes tienen estructura cfclica 240 Los organismos contienen numerosos derivados de las hexosas 243 Los monosacéridos son agentes reductores 244 Los disacaridos contienen un enlace glucosidico 245 7.2 Polisacétidos 247 Algunos homopolisacaridos son formas de almacenamiento de combustible 247 Algunos polisacdridos tienen funcidn estructural 248, Factores estéricos y los puentes de hidrégeno contribuyen al plegamiento de los homopolisacdridos 250 Las paredes celulares de algas y bacterias contienen heteropolisacdridos estructurales 252 ‘Los glucosaminoglucanos son heteropolisacaridos de la matria extracelular 253 7.3 Glucoconjugados: proteoglucanos, lucoproteinas Yeducolipides 255 Lbs proteoglucanos son macromoléculas de la superficie celular y dela matriz extracelular que contienen ghicosaminoglucanos 256 las glucoproteinas contienen oligosacdridos unidos covaleniemente 258 Los glucolipidos y los lipopolisacdridos son componentes dela membrana 260 Indice de materias ait 7A Los gldeides como moléculas portadoras de informacién: ‘el cédigo de los azicares 261 Las lectinas son protefnas que len el eddigo de los anicares « intervienen en muchos procesos biolégicos 262 Las interacciones lectina-glicido son muy fuertes y muy especificas 264 7.5 Anélists de ghicldos 267 8 Nucleétidos y dcidos nucleicos 273 8.1 Algunos conceptos béslens 273 {Los nuclestidos y acidos nmcleicos estén formadios por bases Ypentosas caracteristicas 273 Los nucledtidos sucesivas de los dcidos nueleicos estn ‘unidos por enlaces fosfodiéster 276 Las propiedades de las bases de los nucledtidos influyen en la estructura tridimensional de los acidos ncleicos. 278 8.2 Estructura de los écidos nucleicos 279 BIDNA almacena informacién genética 280 Las moléculas de DNA tienen diferente composicién de bases 281 EIDNA es unadoble hélice 282 ELDNA adopta diferentes formas tridimensionales 283 ‘Algunas secuiencias de DNA adoptan estructuras no hrabituales 285 Los RNA mensajeros codifican las catlenas polipeptidicas 287 ‘Muchos RNA tienen estructuras tridimensionales complejas 288 {8.3 Quimica de 1s deidos nucleicos 291 ELDNAy el RNA de doble heélice pueden desnaturalizarse 291 ‘Los dcidos nucleicos de especies diferentes pueden formar hibridos 292. Los nucleotides y los dcitos micleicos experimentan transformaciones no enzimsticas 293 Algumnas bases del DNA estén melladas 296 Es posible determinar la secuencia de largas cadenas de DNA. 296 La sintesis quimica de DNA ha sido automatizada 298 8.4 Otras funciones de los nueleétidos 300 Los nucle6tidos transportan energia quitnica enlas eslulas 300 Los nucle6tidos de adenina forman parte de muchos cofactores enzimaticos 301 Algunos nuclestidos son moléculas reguladoras 302 9 Tecnologias de la informacién basadas enelDNA 306 ‘9.4 Clonacién del DNA: fundamentos 308 ELDNA recombinante se produce con endonucleasas de restriccion y DNA ligasa 307 Los vectores de clonacién permiten la amptificacion de fragmentos de DNA insertados 311 La hibridacién permite la deteccién de secuencias especificas deDNA 314 La expresidn de genes clonados produce grandes cantidades deproteina 315 Laalteracién de los genes clonados produce protefnas modificadas 316 8.2 Do los gones alos gonomas 317 Las genotecas suministran catdlogos especializados de informacion genética 318>eill — Incice de materias See Lareaccion en cadena de la polimerasa amplifica secuencias de DNA especificas 319 Secuentciacion de genomas enteros 321 Recuadro 9-1 Un arma poderosa para la medicina forense 322 9.3 De los genomas a los proteosomas 325 Las relaciones entre las secuencias o las estructuras dan informacién sobre la funci6n de las protemas 326 ‘Los patrones de expresidn celular pueden revelar la funcién celular de un gen 826 La deteccion de las interacciones proteina-proteina es itil en el estudio de les funciones celulares y moleculares 327 8.4 Modificaciones de los genomas y nuevos productos biotecnolégicos 330 Un parésito bacteriano facilita la clonacién en plantas 330 ‘La manipulacién de los genomas animales suministra informacion sobre la estructura de los cromosomas ylaexpresin génica 332 Las nuevas tecnologias pueden facilitar el descubrimiento de nuevos férmacos 335 Rocuadro 8-2 El gonoma humana y la terapla génica humana 236 La tecnologia del DNA recombinante ofrece nuevos productos y nuevas posibilidades 338 10 Lipidos 343 10.1 Upidos de almacenamiento 343 Los dcidos grasos son derivados de hidracarburos 343 Ls triailaliceroles son ésteres de Acidos grasos yelicerol 345 Los triacilgliceroles aportan eneraia almacenada Yaislamiento 346 ‘Muchos alimentos contienen triacigliceroles 346 Recuadro 10-1 Cachalotes: eabezones de las profundiades 247 Las ceras sirven como almacenes de energia y como ‘cubiertas iimpermeables al agua 348 10.2 Lipdos estructural de fas membranas 248 Los glicerofosfolipidos son derivados del deico fostatidico 349 Algunos fosfolipidos tienen acidos grasos unidos por enlace eter 349 {Los cloroplastos contienen galactolipidos y sulfolipidas 951 Las arquebacterias contienen lipidos de membrana pparticulares 352 Los esfingolipidos son derivados de la esfingosina 352 Los esfingolfpidos de la superficie celular son sitios de reconocimiento biolégico 353 Los fosfolipios y los esfingolipidos se degradan en lisosomas ‘354 Los esteroles tienen cuatro anillos hidrocarbonados fuslonados 354 Recuadro 10-2 Algunas enfermedades gendticas humanas 400 consecuencia de una acumulacién anormal de lipidos. demembrana 356 10.3 Lipldos como sefiales,cofactoresy plgmentes 357 1.9 fosfatidilinositoles son derivados de esfingosina que actuan como sefiales intracelulares 357 Los icosanoides son portadores de mensajes a las células vecinas. 358 ‘Las hormonas esteroideas transportan mensajes entre tejidos $59 Las plantas utlizan fosfatillinositoles esteroides y compuestos tipo jeosanoide para enviar sefales 360 Las vitaminas AyD son precursores hormonales 360 Las vitarninas B y K y las quinonas lipidicas son cofactores de oxidacion-reduccin 362 Los dolicoles activan precursores glucfdicos para labiosintesis 363, 10.4 Trabajar con lipides. 363, Laextraccién de ipidos requiere la uilizacidn de disolventes organicos 364 La cromatografia de adsorci6n separa los ipidos de polaridad diferente 385 ‘La eromatografia gas-liquido separa las mezclas de derivados lipfdicos voldtiles 365 1a hidrolisis especifica ayuda a determinar la estructura lipidica 365 Laespectrometria de masas revela la estructura ipidiea completamente 365 11 Membranas bioldgicas y transporte 369 411.1 Composicién y arquitectura de las membranas 370 Cada tipo de membrana presenta una composicién, de proteinas y lipidos caractertstica 370 ‘Todas las membranas biolgicas comparten ciertas propiedades fundamentales 371 Bl elemento basico estructural de las memibranas es una bicapa lipidiea 971 Las proteinas periféricas de membrana se solubilizan ficilmente 373 Muchas proteinas abarcan la bicapa lipidica 373. Las proteinas integrales son sostenidas en la membrana Por interacciones hidrofbicas con lipidos 375 Puede predecirse la topologia de una proteina integral de membrana a partir de su secuencia 376 Lipidos unidos covalentemente anclan algunas proteinas de membrana 378 11.2 Dinémica de membranas 380 Los grupos acilo del interior de la bicapa estén ordenados cen grados diferentes 330 El movimiento de lipidos transbicapa requiere catélisis. 381 Lipidos y proteinas difunden lateralmente en la bieapa 382 Los esfingolipidos y el colesterol se agrupan conjuntamente enbalsas de membrana 383 Recuadro 11-1 Microscopia de fuerza atémica para visualizar proteinas de membrana 384 Las caveolinas definen una clase especial de balsas de membrana 385 Gierias proteinas integrales favorecen las interacciones intercelulares yla adhesion 386 La fusion de las membranas es erucial en rmuchos procesos. biolégicos 387 11.3 Transporte de solutes a través de mombranas. 389 Proteinas de membrana facilitan el transporte pasivo 389 Los transportadores pueden agruparse en superfamilias segan sus estructuras 391 E] transportador de ghicosa de los eritrocitos facilita el transporte pasivo 393 Elintercambiador de cloruro-bicarbonato eataliza el cotransporte electroneutro de aniones a través dela membrana eritrocitaria 305 Recuadro 11-2 Transporte defectuoso de glucosa y de agua (en dos formas de diabetes 398 BLtransporte activo da lugar al movimiento de sohuto contra un gradiente de concentracién o gradiente electroquimico 397 Las ATPasas experimentan fosforilacion durante sus ciclos cataliticos 398,Las bombas de Ca” tipo P mantienen tuna baja concentracion de calcio en el citosol 400 Las ATPasas tipo F son bornbas de protones reversibles mpulsadas por el ATP 401 Los transportadores ABC utilizan ATP para impulsar el transporte activo de una amplia gama de sustratos 402 Los gradientes de iones proporcionan la energia para eltransporte activo secundario 402 Recuadro 11-3 Un canal inico defectuoso en la fibrosis ‘quistiea 403 Las acuaporinas forman canales transmembrana hhidrofilicos para el paso de agua 406 Los canales selectivos de iones permiten el movimiento ripido de lones a través de las membranas 408 La funcién del canal iénico se mide eléctricamente 409 Laestructura de un canal de K* muestra las bases de su especificidad 409 El canal de Na* neuronal es un canal ionico de compuerta rregullada por voltaje 410 El receptor de acetilcolina es un canal iénico de compuerta regulada por ligando 411 Canales ionicos defectuosos pueden tener consecuencias fisioligicas adversas 415 12 Biosefializacion 421 12.1 Mecanismos moleculares de transduccién de sefial 422 Recuadro 12-1 Bl andisis do Scatchard euantifia la intraccin receptorligands 423 12.2 Canales i6nicos de compuerta regulada 425 {Los canales iGnicns son el fundamento de Ia sehalizacion eléetrica en célulasexcitables 425 Elreceptor nicotinico ce acetlcolina es un cane idnico de compuerta regulada por ligando 426 Los canalesidnicos de compuerta egulada por voltaje producen potenciales de accién neuronales 427 Las neuronas tienen canales receptores que respondden ‘una variedad de neurotranstasores 428 12.3 Encimas receptores 429 Elreceptor de insulina es una proteina quinasa especifica de tirosina 429, Las guanilil ciclasas de receptores generan el segundo ‘mensajero CGMP. 433 12.4 Receptores acoplados a proteina Gy segundos mensajeros 435 Elsistema receptor B-adrenérgico actia a través del segundo mensajero cAMP 435 Elreceptor B-adrenérgico se desensibiliza porfosforilacién 439 ELAMP cfclico acta como segundo mensajero para un conjunto de moléculas reguladoras 441 Dos segundos mensajeros proceden. de fosfatidilinositoles 442, El calcio es un segundo mensajero en muchas transducciones de seal 442 Recuadro 12-2 FRET: bioguimica visualizada en una célula va 448 12.5 Proteinas de armazén polvalentes y balsas de membrana 448 Médulos proteicos unen residuos de ‘yr, Ser o'Thr Tosforilados de proteinas asociadas 448 Las balsas de membrana y las eaveolas pueden segregar proteinas de seftalizaciin 451 12.6 Seliaizacién en microorganismos y plantas 452 La sefializacion bacteriana impone la fosforilacion enun sistema de dos componenites 452 Indice de matefas xx Los sistemas de sefalizacién en plantas tienen algunos de los componentes utilizados por micrabios ymamiferos 452 Las plantas detectan etileno a través de un sistera de dos componentes y una cascada MAPK 454 Proteinas quinasa tipo receptor transdueen sefiales de péptidios y brasinosteroides 455 12.7 Transduccién sensorial en la vista, el olfatoy el gusto 456 La luz hiperpolariza los conos y bastones del ojo devertebrados 456 La luz desencadena cambios de conformacién en el receptor de la rodopsina 457 La rodopsina excitada actita a través de la proteina G transducina reduciendo la concentracion de cGMP 457 ‘La amplificacién de la sefal visual tiene ugar en los bastones yeonos 458 Lassefial visual termina répidamente 458 La rodopsina se desensibiliza por fosforilacién 459 ‘Los conos estén especializados en la vision en color 460 E] olfato y el gusto en vertebrados utilizan mecanismos similares al sisterna visual 460 ‘Recuadro 12-3 Daltonismo: experimento de John Dalton desde la tumba 461 Los sistemas de receptores serpentina acoplados a protetna G presentan caracteristicas eomunes 462 ‘La interrupcién en la seftalizacion por proteinas G provoca enfermedades 464 12.8 Regulacién dela transcripcién por hormonas esteroldeas 465 12.9 Regulacién del ciclo colula por protefnas quinasa 466 Bi ciclo celular tiene cuatro etapas 466 Los niveles de las proteinas quinasa dependientes de ciclina, experimentan oscilaciones 467 Las CDK regulan la divisién celular por fosforilacién de proteinas clave 470 12.10 Oncogenes, genes supresores de tumores y muerte colular programada 471 ‘Los oncogenes son formas mutadas re genes de proteinas que regulan el ciclo celular 471 efectos en Jos genes supresores de tumores eliminan, restricciones normales de la divisién celular 472 La apoptosis es el suicidio celular programado 473 I BIOENERGETICAY METABOLISMO 481 13 Principios de bioenergética 489 13.1 Bioenergética y termodindmica 490 Las transformaciones bioloxicas de energia obedecen las leyes dela termodindmica 490 ‘Las células precisan fuentes de energia libre 491 La variaci6n de energia libre estandar esté directamente relacionada con la constante de equilibrio 491 La variacion de energia libre real depende de las concentraciones de reactivos y productos 493 Las yariaciones de energia libre estindar son aditivas 494 13.2 Transferencia de grupos fesforiloy ATP 496 La variacién de energia libre en ia hidrétisis del ATP. es grande y negativa 496 ‘Otros compuestos fosforilados y tioésteres también tienen ‘energias libres de hidrdlisis elevadas 497 Reouadro 13-1 Energia libre de hidrlists det ATP dentro de las células: el coste real de los procesos metabélicos 498x Indice de materias eee BLATP proporeiona energia por transferencia de grupo no por simple hidrélisis 500 BI ATP dona grupos fosforlo,pirofosforlo y adenililo 502 ‘Hocuadto 13:7 Los destellos de ta uciérnagas informes resplandecientes de! ATP 503 1a formacion de macroraoléeulasinformativas requiere fenergia 504 1 ATP aporta enensfa para el transporte activo ‘yla contraccién muscular 504 Las transfosforilaciones entre nucledtidos se dan en todos Tos tipos ealulares 505 El polifosfato inorginico es un dador potencial de arupos fosforilo 506 ‘Las ecuaciones bionuttleas y quimicas Tho son idénticas 506 13.3 Reacclones de oxidaclon-reduccién 507 El lujo de electrones puede realizar trabajo biol6gico 507 ‘Las reacciones de oxidaci6n-teduccién se pueden deseribir fen forma de semnirreacciones 508 En las oxidaciones bioldgicas interviene con frecuencia ladeshidrogenacion. 508 10s potenciales de reduceién son una medida de la afinidad porlos electrones 509 ‘Los potenciales de reduccién esténdar permiten el calculo de la variacion de energia libre 510 La oxidacién celular de ghicosa a diéxido de carbono ‘requiere transportadores de electrones especializados 512 ‘Unos euantos tipos de coenzimas y proteinas aciiian, ‘como transportadores universales de electrones 512 ELNADITy el NADPH actiian con las deshidrogenasas como transportadores solubles de electrones 512 Ja deficiencia en la dieta de niacina, forma vitaminica ‘del NAD y del NADP, produce pelagra 514 Los nucledtidos de flavina estan fuertemente unidos fenlas flavoproteinas, 515 14 Glucélisis, gluconeogénesis y ruta de las pentosas fosfato 521 a Gluconsis 522 Una vsiGn global: la glucblisis tiene dos faves 523 La fase preparatoria de Ia giucdlisis precisa ATP 525 La fase de beneficios de la gluedisis produce ATP yNADH 529 Bibalance global muestra una ganancia neta de ATP 533 {La glucdlisis est sometida a una regulacion estricta 533 Elcatabolismo de la glucosa est alterado en el tejido caneeroso 533 14.2 Rutasallmentadoras de la gluclisis. 534 El glucégeno y el almidon se degradan mediante fosfordlisis 534 1Los polisacéridos y disacaridos de Ia dieta se hidrolizan amonosacérides 535 Otros monosacéricos pueden entrar en diferentes puntos delaruta alucolitiea 536 414.3 Dostinas del pirwato on condiciones anaerdbicas: formentaciin 538 El piravato es el aceptor electronieo terminal en la fermentacién lictica 538 Bl etanol es el producto reducido en la fermentacion, alcohdlica 538 Recuadro 14-1 Atietas, calmanes y celacantos: a gucélsis ‘en condiciones linitantes de oxigeno $39 a tiamina pirofosfate transporta grupos “aldehido activos" 540 Algunas fermentaciones microbianas dan lugar a otros productos finales con valor comercial 541 Recuadro 14-2 Elaboracién dela cerveza 542 14.4 Gluconeogénesis 543 ta conversi6n de piruvato en fosfoenolpiruvato requiere dos Treacciones exergonicas 544 ‘La conversién de la fructosa 1,6-bisfosfato ‘en fructosa 6-fostfato constituye el segundo rodeo 647 La conversion de la ghucosa 6-fosfato en glucosa libre ‘constituye el tercer rodeo 547 La gluconeogénesis es eneraéticamente cara, pero €8 esencial 548 {Los intermediaries del ciclo del dcido eftrico y muchos, aminoicidos son glucogénicos 548 La gluconeogénesis y la glucélisis estén reguladas de forma reciproca 548, 14.5 Ruta de las pentosas fosfato de axidacion de la glucosa 549 “La fase oxidativa produce pentosas fosfato y NADPH 560 Recuadro 14-3 zPor qué no comia falafel Pitégoras’: deficiencia de glucosa G-fosfato deshidrogenasa $51 ‘La fase no oxidativa recicla las pentosas fosfato a glucosa Befosfato 552. Blsindrome de Wernicke-Korsakoff esté exacerbado por un defecto en la transcetolasa B54 ‘La glucosa 6 -fosfato se reparte entre la giuedliss y la ruta de las pentosas fosfato B54 15 Principios de regulacién metabdlica: glucosa y glucdgeno 560 15-1 Metabolismo del glucdgeno en animales 562 la degradacién del glucégeno esta catalizada ‘por la glucégeno fosforilasa 562 La glucosa L-fosfato puede entrar en la ghuc6lisis 0, ‘on el higado, reponer la glucosa sanguinea 563 Bi muclestido aztiear UDP-glucosa aporta glucosa para la sintesis de glucégeno 566 ‘Recuadme 18-1 Cafhy Gerty Gor: proneros Ge metabo y las enfermedades del glucégeno 566 a glucogenina incorpora los resicuos iniciales de azticar del glucogeno 569 15.2 Regulacin de ls rutas metabélleas S71 {as células vivas mantienen un estado estacionario dinamico 571 Los mecanismos reguladores se desarrollaron bajo fuertes presiones selectivas 571 Los enimas reguladores responden a cambios en la concentracion de metabolitos 572 1a actividad enzimstica se puede alterar de diversas maneras. 574 15.3 Regulacién coordinada de ta gludlisis vylagluconeogénesis 575 Los isozimias de la hexoquinasa de miscuto y de higado estdn afectados de forma diferente por su producto, Ta glucosa 6-fosfato 576 Recuadro 15-2 Isozimas: proteinas diferentes que catalizan Ja misma reaccién 577 1a fosfotructoguinasa-1 se halla sometida a una compleja ‘regulacién alostérica. 578 La piruvato quinasa es inhibida alostériearmente por el ATP 579Existen diversos puritos de control de Ia gluconeogénesis 580 La fructosa 2,6-bisfosfato es un regulador potente de la glucdlisis y de la gluconeogénesis. 581 {Son inttiles los ciclos de sustrato? 583 La xilulosa 5-fosfato es un regulador clave de los metabolismos glucfdico y lipidico 583 15.4 Regulacién coordinada de la sintesisy degradacién, del gucégeno 583 La glucégeno fosforitasa est sujeta a control alostérico hormonal 584 ‘La glucdgeno sintasa también esta reguladia por fosforilacién ydesfosforilacion 586 La glucogeno sintasa quinasa 3 interviene en las acciones dela insulina 586 ‘La fosfoproteina fosfatasa 1 es clave para el motabolismo del ghicogeno 588 El transporte al interior de la célula limita la utilizacion de glucosa 588 El metabolismo glucidico estd enordinado por seflales alostéricas y hormonales 588 ‘La insulina modifica la expresién de muchos genes mplicados en el metabotismo ce ghicidos y de lipides 590 El metabolismo de ghicidos y de lipicios esta integrado ‘mediante mecanismos hormonales y alostéricos 591 15.5 Analisis del control metabélico 591 ‘Se puede medir experimentalmente la contribucién de cada enainma al fujo a través de una ruta 592 El coeficiente de control cuantifica el efecto de un cambio en una actividad enzimatica sobre el flujo metabslico através de una ruta. 592 El coeficiente de elasticidad est relacionado con. Ja sensibilidad de un enzima a cambios en la concentracién de metabolito ode regulador 593 Bl coeficiente de respuesta expresa el efecto de un ‘controlador externo sobre el flujo a través delaruta 593 El analisis del control metabslico se ha aplicado al ‘metabolistno ghuetidico con resultados sorprendentes 598. Recuadro 15-3 Andlisis del contro! metabjlico: aspectos ‘cuantitatives 594 El andlisis del control metabélico sugiere un método general para incrementar el flujo a través de una ruta 596 16 El ciclo del dcido citrico 601 416.1 Producelin de aceti-CoA (acetato actvado) 602 El piruvato se oxida aavetil-CoA y CO, 602 El complejo dela pirwvato deshidrogenasa necesita cinco coerzimas 603 Bl complejo de la piruvato deshidrogenasa esta formado por tres enzimas diferentes 604 En la canalizacion de sustratos, los intermediarios ‘numtca abandonan la superficie enzimtica 605 16.2 Reacciones del ciclo dol cio citico 606 B] ciclo del dcido eitrco tiene ocho pasos 608 Recuadro 16-1 Sintasasysintetasas; ligasasy liasas;quinasas, {fosfatasasyfosfriasas: jst, une nomenelatura confusal 613 1a energia de las oxidaciones del ciclo se conserva elicientemente 614 Recuadro 16-2 itrato: una moléculasimétrica que rescciona asimétricamente 614 ¢Por qué es tan complicada la oxidacin del acetate? 616 Indice de materias at Los components del ciclo del Acido cftrico son importantes intermediarios biosintéticos 616 Las reacciones anaplerdticas reponen los intermediatios del ciclo del écido eitrica 616 Recuadro 16-3 Citrato sintasa, limona alimentos 618 La biotina de la piruvato carboxilasa transporta grupos CO, 618 16.3 Regulacién del ciclo del dcido citico 621 La produecién de acetil-CoA por el complejo de la piruvato deshidrogenasa esté regulada por mecanismos alostéricos yeovalentes 621 El ciclo del acido citrico esta regulado en sus tres etapas exergénieas 622 Enel ciclo del écido cftrico puede darse la canalizacion, de sustratos a través de complejos multienaimsticos 622 16.4 El ciclo det gioxilato 623, El ciclo del glioxilato produce compuestos de cuatro carhonos a partir de acetato 623 Los ciclos del deido citrico y del glioxilato tienen una rregulacion coordinada. 624 1 suministro mundial de 17 Catabolismo de los dcidos grasos 631 17.1 Digestién, movilizacién y transporte de grasas 632 Las grasas de la dieta se absorben en el intestino delgado 632 {Las hormonas activan la movilizacién de triaciliceroles almacenados 634 Los cidos grasos son aetivados y transportados al interior elas mitocondrias 635 17.2 Oxidaclén de los Scldos rasos 637 [Lap-oxiducion de dcidos grasos saturados se produce en cuatro pasos bisicos 638. ‘Los cuatro pasos de la B-oxidaci6n se repiten para generar acetil-CoA y ATP. 639 El acetil CoA puede continuar oxiddndase a través del ciclo del cdo citrico 639 Recuadro 17-1 Los asaslevan a cabo la P-oxdacién durante la hibernacién 640 1a oxidacion de acidos grasos insaturados requiere dos reacciones adicionales G4 La oxidacién de dcidos grasos de cadena impar requiere tres reacclones adicionales 642 La oxidacién de acidos grasos esta regulada 642 Defectos aenéticos de las acil graso-CoA deshidrogenasas producen enfermedades graves 643 Recuadro 17-2 El coenrima 8, una solucén radical aun problema desconcertante 644 Los peroxisomas también Hevan a cabo la B-oxidacién 646 Los peroxisomas y glioxisonuas de las plantas utilizan acetl- oA procedente de la B-oxidacién como precursor Diosintético 647 Los enaimmas de la B-oxidacién de diferentes organlos han tenido una evolucién divergente 647 En el reticulo endoplasmatico tiene lugar la a-oxidacion de los écidos grasos 648 El dcido ftinico experimenta a-oxidacion entlos peroxisomes 649 17.3 Cuerpos ceténicos 650 Los cuerpos ceténicos formacdos en el higado se exportan otros érganos como combustible 650 Durante la diabetes y en situaciones de inanicién se da ‘una sobreproduecién de cuerpos ceténicas 652seat fice do materias $< 18 Oxidacién de aminodcidos y produccién de urea 656 418.1 Destinas metabélics doles grupos amino 657 las proteinas de Ia dicta se degradan enziméticamente ‘vaminofcidos 658 Bl piridoxal fosfato participa en la transferencia de grupos ‘amino al a-cetosiutarato 660 El glutamato ibera su grupo amino en forma ce amoniaco enel higadio 661 1a glntamina transporta amonfaco al higado 662, Recuadro 18-1 Determinacign de lesionestsulares 664 La slanina transporta amoniaco desde Tos miisculos esqueléticos al higado 664 Blamoniaco es t6xico para los animales. 665 118.2 Excreciin de ntrégeno ycilo dela rea 665 1a urea se produce a partir de amoniaco en cinco pasos enzimiticos 667 Las eiclos del dcido eitrico y dela urea pueden conectarse 668 La ctividad del ciclo de Ia urea esta regulada adosniveles 669 Las interconexiones entre ratas reducen el caste enersética del ciclo dela urea 669 Detects genéticos en el ciclo de la urea pueden. ser letales 660 18.3 Rutas de degradacién de los aminodcidos. 671 ‘Algunos aminodcidos se convierten en glucosa, otros en cuerpos eet6nicos 671 Varios cofactores enzimaticos juegan papeles importantes enel catabolismo de los aminoscidos 672 Seis aminodeidos se degradan a piruvato 674 Siete aminofcidos se degradan a acetil Co-A 677 En algunas personas el eatabolismo de la fenlalanina es genéticamente defectuoso 679 Cinco aminoscidos se convierten en a-cetaghutarato 681 Cuatro aminodeidos se convierten en succini-CoA 682 [Los aminofcidos de cadena ramificada no se degradan enel higado 683 Recuadro 18-2 Detectives clentifics resuelven tun crimen misteriosa 684 La asparagina y el aspartato se degradan a oxalacetato 685 19 Fosforilacién oxidativa y fotofosforilacién 690 FOSFORILACION OXIDATIVA 691 19.4 Reacciones de transferoncia de electrones, en ias mitocondrias 691 Los electrones son canalizados hacia transportadores universales de electrones. 692 Los electrones pasan a través de una serie de ‘wansportadores unidos a membrana. 693 Los transportadores de electrones acttian en complejos rmultionzimatieos 696 Laenergia de la transferencia de electrones se conserva eficieniemente en un gradiente de protones 701 Las mitocondrias de plantas tienen mecanismos alternativos para oxidar el NADH 704 392 Sintesis doarP. 704 Recuadro 19-1 Calor, plantas malotontes y rutas rsplatorlas atterativas 706 La ATP sintasa esté compuesta por dos dominios funcionales, FyyFy 708 En la superficie de F, el ATP esta estabilizado frente al ADP. 708 El gradiente de protones impulsa la iberacin del ATP de la superficie del enzima 709 Cada subunidad 8 de la ATP sintasa puede adoptar tres: conformaciones diferentes 709 {La catélisis rotacional es Ja clave en el mecanismo de union y cambio de la sintesis de ATP 711 Elacoplamiento quimiosmético permite que las estequiometrias del consumo de O, y de la sintesis de ATP no se correspondan con niimeros enteros 712 La fuerza protén-motriz suministra energia para el transporte activo 713 Sistemas de lanzaclera envian indirectamente NADH ‘ltoséiico a las mitocondrias para su oxidacion ‘714 19.3 Regulacién de la fosforiiacién oxidathva 718 1a fosforilaciGn oxidativa est regulada por las nevesidades ‘energéticas celulares 716 ‘Una protefna inhibidora impide la hidrdlisis de ATP durante Ta isquemia 717 ‘Las mitoconcirias desacopladas del telido adiposo marrén producen calor 717 Las rutas de formacién de ATP estan reguladas de forma ‘eoordinada 718 19.4 Genes mitocondriales: su origony los efectos do mutaciones 719 ‘Mutaciones en genes mitocondriales producen enfermedades Imumanas 719 Las mitocondiras evalucionaron a partir de bacterias endosimbidticas 721 419.5 Funclin de las mitocondrias en la apoptosis y en el estrés onldativo 721 FFOTOSINTESIS: CAPTACION DE LA ENERGIA LUMINOSA 723 19.6 Caracteristicas gonerales de la fotofosforilacién 723 a fotosintesis en plantas tiene lugar en los cloroplastos 724 La luz produce un flujo de electrones en los cloroplasios 724 19.7 Absoreién dea uz 725 as clorofilas absorben enengia luminosa paral fotosintesis 725 Los pigmentos accesorios aumentan la gama de absorcién dele Ina 728 a clorofila canaliza la energia absorbida a centros de reacci6n mediante transferencia de excitones 728 419.8 E acontecimiento fotoquimico central: o flujo olectrénico {impulsado por la iz 730 Las bacterias tienen uno de los dos tipos de eentros de Teaceién fotoquimicns individuales 730 Factores cinéticos y termodinamicas evitan la disipaclén de ‘energia por conversion interna 732 Dos centros de reaccidn actiian en tandem en plantas superiores. 7 Las clorofilas antena estn intimamente asocindas alos transportadores electrénicos 734 1a separacién espacial de los fotosistemas 1y Il evita el latrocinio de excitones 736 El complejo det eitocromo bf une los fotosisternas Iv 7317 Las cisnobacterias uilizan el complejo del eitocromo bat y el citocromo cx tanto en la fosforilacién oxidativa como ena fotofosforilacién 738 El agua es escindida por el complejo que desprende oxigeno 73819.9 Sintesis de ATP por fotofosforiacién 740 ‘Un gradiente de protones acopla el flujo electrénico con la fosforilacion 740 ‘Se ha establecido Ia estequiometria aproximada de la fotofosforilaeion 741 El lujo ciclico de electrones produce ATP, pero no NADPH nO, 741 ‘La ATP sintasa de los cloroplastos es como la de las mitocondrias 742 ‘Los cloroplastos evolucionaron a partir de bacterias endosimbisticas 742, Diversos organismos fotosintéticos utilizan dadores de hidrogeno diferentes del agua 743 En las bacterin haloflas una tnica proteina absorbe luz ‘y bombea protones para impulsar la sintesis de ATP 743 20 Biosintesis de gliicidos en plantas ybacterias 751 20 Sintosis fotosintétiea de ghieldes 751 Los plasticios son organulos propios de las eélulas vegetales ydelas algas 752. [La asimiiaciGn del didxido de earbono tienen lugar en tres fases 753 (Cada triosa fosfato sintetizada a partir de CO, cuesta seis NADPH y neve ATP 762 ‘Un sistema de transporte exporta triosas fosfato desde el loroplasto e importa fostato 763 (Cuatro enzimas del ciclo de Calvin son activados indirectamente por la luz 764 20.2 Fotorrospiracinyrutas C,y CAM. 766 1a fotorrespiracién es el resultado de la actividad oxigenasa dela rubisco 768 [ia ruta de recuperacisn del fosfogticolato es costosa 767 En las plantas Cy, a Sijacién del CO, y ta actividad rubisco estan separadas espacialmente 769 Enlas plantas CAM, la captacion de CO, y a accion de la rubisco estan separadas en el tiempo 770 20.3 Biosintesis de almidn y sacarosa_ 771 ‘La ADP-glucosa es el sustrato de la sintesis de almidén en los plastidios de las plantas y de la sintesis de gucégeno enlas bacterias 771 ‘La UDP-glucosa es el sustrato de la sintesis de sacarossa ertelcitosol de las eélulas de hojas 771 [La conversidn de triosas fosfato en sacarosa y almidén est estrechamente regulada 772 20.4 Sintests de pollsacdrdos dela pared celuar: celulosa vegetal Y peptidoglucano bacteriano 774 [La celulosa es sintetizada por estructuras supramoleculares ent la merabrana plasmética 775 Oligosacéridos unidos a lipides son precursores en la sintesis, de la pared celular bacteriana 77 Recuadro 20-1 El proyectil contra el chaleco antibalas: penletina y Prlactamase 773 20.5 Integraciin del metaboismo gluciico en ta eélua vegetal 80 La gluconeogénesis convierte las grasas y proteinas en ghucosa en las semullas en germinaciin 780 Fondos o reservas de intermediarios comunes unen mata endiferentes orginulos 781 21 Biosintesis de lipidos 787 21.4 Blosintess de écidos grasose lcosanoldes 787 El malonil-CoA se forma a partir del acetil-CoA ‘Yodel bicarbonato 788 indice de meterias xt eT La sintesis de dcidos grasos transcurre mediante una secuencia de reacciones repetidas 788 El complejo del Acido graso sintasa tione siete sitios activos diferentes 789 lia dcido graso sintasa recibe los grupos acetilo yialonilo 790 Las reacclones de la cido graso sintasa se repiten hasta formar palmitate 791 La dcido graso sintasa de algunos organismos esta compuesta or proteinas multifuncionales 794 La sintesis de dcidos grasos se produce en el citosol de snuchos organisios pero en las plantas tienen lugar en los cloroplastos 794 Blacetato sale de fa mitocondria en forma de citrato 704 a biosintesis de deidos grasns est estrechamente regulada 795 Los dcidos grasos de cadena larga se sintetizan a partir del palmitate 797 La desaturacion de los écidos grasos necesita una oxidasa de funcidn mixta 798 Recuadro 21-1 Oxidasas de funcién mica, exigenasas y ctocrome 450 798. Los icosanoitles se forman a partir de deidos grass pollinsaturados de 20 carbonos 800 Recuadro 21-2 €1 remedio esté en el sitio (acta): leosimas de fa ciclooxigenasa y la bisqueda de una aspitina mejor 802 21.2 Blosintess de tracligliceroles 804 Los triaclleiceroles y glicerofosfolipidos se sintetizan, a partir de los misos precursores 804 La biosintesis de triacilliceroles en los animales esta regulada por hormoras 804 El tejido adiposo genera glicerol 3-fosfato mediante sliceroneogénesis 806 21.3 Biosintests de fosfolipides de mombrana 808 Las células tienen dos estrategias para unir grupos de cabeza de los fosfolipiclos 809 La sintesis de fosfolipidos en. colé utiliza CDP-diacilglicerol $11 Los eucariotas sintetizan fosfolipides aniénicos a partit del CDP-diacilglicerol 811 tas rutas eucaridticas hasta la fosfatidilserina, fosfatidiletanolamina y fosfatiilcolina estan interrelacionadas 812 lia sintesis de plasmal6geno requiere la fortaci6n. de un alcohol graso unido por enlace éier 813 Las sintesis de esfingolipidos y glicerofosfolipidas eamparten recursotes y algunos mecanismos 813 Los lipidos polares estan destinados a membranas celulares especificas 814 21.4 Biesintests de colestorol, esteroides eisoprenoides 816 Blcolesterol se forma del acetil CoA en cuatro faces 816 Elcolesterol tiene varios destinas 820 Elcolesterol y otros lipides son transportados por lipoprotelnas plasmifeas 820 Recuadro 21-3 Los alelos dela apoE predicon Ia Ineidencla dela enfermodad de Alcholmer 824 Los ésteres de colesterol entran en las eélulas por endocitosis {acllitada por receptor 824 Labbiosintesis del colesterol esté regulada a diversos nniveles 825 Las hormmonas esteroideas se forman por rotura de la cadena lateral y oxidacion del colesterol. 827 {Los intermediarios de la sintests del colesterol tienen muchos destinos alternativos 828raly Indice de mateias 22 Biosintesis de aminodcidos, nucledtidos y moléculas relacionadas 833 22.1 Aspectos generales del metabolismo del ntrégeno 834 El ciclo del nitrégeno mantiene una reserva de nitrogeno disponible bioldgicamente 834 El nitrogeno es fijado por enzimas del complejo dela nitrogenasa $34 Elamonfaco se incorpora a las biomoléculas a través del glutamato y las glutamina 837 La glutamina sintetasa es un punto de regulacién principal en el metabolismo del nitrégeno 838, ‘Varios tipos de reaccfones tienen un papel especial en la biosintesis de aminodcidos y nucleétidos 840 22.2 Blosintesis de los aminodcidos 841 Ela-cotoglutarato es precursor del glutamato, la glutamina, laprolinay laarginina 842 La serina, la glicina y la cistefna proceden ‘del B-fosfoglicerato 842 “Tres aminosicidos no esenciales y seis aminodcidos esenciales se sintetizan a partir de oxalacetato y piruvato 845 El corismato es un intermediario clave en la sintesis, de triptéfano, fenilalanina y tirosina 849 La biosintesis de la histidina utiliza precursores de la biosintesis de purinas 851 La biosintesis de los aminodcidos se halla bajo control alostérico 851 22.3 Moléculas derivadas de aminodcidos 854 La glicina es un precursor de las porfirinas 854 Bl hemo es la fuente de los pigmentos biliares 854 Recuadro 22-4 Bloquimica de reyes y vampitos 857 La biosintesis de la creatina y del glutaticn se realiza ‘a partir de aminodcidos 857 Los D-aminodcidos se hallan bésicamente en las bacterias $58 Los aminodcidos aromaticos son precursores de muchos ccompuestos presentes en los vegetales 850 Los aminosicidos se convierten en amninas bidgenas por descarboxilaciin 859 Le arginina es el precursor de la sintesis biolégica del Gxido nitrico 860 Recuadro 22-2 Un caballo de Troya bioquimico para la euracién doa onfermedad del suefo africana 862 224 Biosintesis y dogradactén de los nuclestidos 862 Tasintesis de novo de los nucledtidos de purina empieza ‘con el PRPP_ 864 La biosintesis de los nuclestidos de purina esta regulada por retroinhubicion 866 Los nucleétidos de pirimidina se sintetizan a partir de aspartato, PRPP y carbamil fosfato 867 La biosintesis de los nuclestidos de pirimidina est regulada ‘Por retroinhibicién, 868 ‘Los mucledsidos monofosfato se convierten en mucleésidos trifosfato 868 Los ribonucledtides son los precursores ‘de los desoxirribonuclestidos 869 B! timilato se forma a partir de CDP y dUMP_ 872 ‘La degradacién de las purinas y las pirimidinas produce ‘cido tirico y urea, respectivamente 873 Las bases purinicas y pirimidinicas se reciclan a través ‘de rutas de recuperacion 875 Una sobreproduccién de Scido tirico es 1a causa dela gota 875 Muchos agentes quimioterapéuticos actian sobre enzimas de las rutas de biosintesis de nuclestidos 875 23 Integracidn y regulaci6n hormonal del metabolismo de los mamiferos 881 23,1 Hormonas: estructurasdlversas para funciones diversas 884 El descubrimiento y la purifieacion de las hormonas requieren un bioensayo 8&2 Recuadro 23-1 ,Cémo se descubre una hormona? El arduo ‘camino hasta la insulina purficada 883 Las hormonas nctian a través de receptores celulares do elevada afinidad $84 Las hormonas son quimicamente diversas 886 La liberacidn de hormonas esta regulada por senales neuronales y hormonales erarquizadas 889 22.2 Metabotsme especiico dels tldos: isin fel trabajo 892 El higado transforma y distribuye los mutrientes 803 El tejido adiposo almacena y suministra dcidos grasos 897 Elmiseulo utiliza ATP para realizar trabajo mecénico 898 El cerebro emplea energia paralatransmision 4e los impulses eléetricas 900 La sangre transporta oxigen, metabolites y hormonas 900 23.3 Regulacién hormonal de! metabolismo energético 902 El pancreas secreta insulina o ghieagn en respuesta a eambios en la glucosa en sangre 902 La nulina contrarrestala glucosa sanguinea elevada 904 El glueagin contrarresta los niveles bajos de glncosa en sanare 904 Durante el ayuno y 1a inanicién el metabolismo se modifica ‘para proparcionar combustible para el cerebro 906 La adrenalina es la sel de una actividad inminente 908 Bl cortsc indica estrés, incluyendo los bajos niveles de glucosa en sangre’ 909 La diabetes es un defecto en la praduecién o en la accion dela insulina 900 23.4 Obesidad y regulacién de la masa corporal 910 La teoria lipostatica predic la regulacion ‘por relzoalimentacion del telido adiposo 910 1a leptina estimula la produecion de hormonas peptidicas anorexigénicas 912 La leptina deseneadena una cascada de sefializacion que regula la expresién génica 913 El sistema de la leptina puede haber evolucionado para regular la respuesta ala inanicion 913 {La insulins aetia en e] ncleo arcusto para regular ia ingestay la conservacidn de energla 914 La adiponectina aotia através dela AMPK 914 Ta dieta regula la expresién de genes cruciales para ‘el mantenimiento de la masa corporal 915 La grelina y la PYYs.y5 establecen los habitos de ingesta acorto plazo 916 Ill LAS RUTAS DE LA INFORMACION 921 24 Genes y cromosomas 923 24.1 Elementos cromosémicos 924 [Los genes son searmentas de DNA que codifican cadenas olipeptidicas y RNA. 924 Las moléculas de DNA son mucho mas langas que las células que las contienen $25 Los genes y Jos cromosomas eucaristieos son muy complejos 928eee 24.2 DNAsuperenroliade 930 La mayor parte del DNA celular esti subenrollado 932 El subenrollamiento del DNA se define por el miimiero de enlace topologico 933 Las topoisomerasas catalizan cambios en el naimero de enlace del DNA 935, La compactacion del DNA requiere una forma especial de superenrollamiento 937 24.3 La estructura de los cromosomas 938 La cromatina esté compuesta por DNAy proteinas 938 Las histonas son pequefas proteinas bisicas 939 Los nucleasomas son las unidades fundamentales de organizacion de la cromatina 940 Los nucleosomas se empaquetan en sucesives érdenes superiores de organizacién 942 as estructuras de los cromosomas condensados ‘se mantienen mediante protefnas SMC 943 IDNA bacteriano también se encuentra altamente conganizado 943 25 Metabolismo del DNA 948 25.1 Replicacién del ONA 950 La replicacidn del DNA esta gobernada por un conjunto de reglas fundamentales 950 LDNA es degradado por nucleasas 952 IDNA es sintetizado por DNA polimerasas 952 La replicacién es muy precisa 954 E.coli posee al menos cinco DNA polimerasas 956 ‘La replicacién del DNA requiere muchos enzimas y lactores proteices 957 La replicacién del cromosoma de E.coli procede por etapas 958 La replicacién bacteriana corre a cargo de factorias replicativas ancladas en la membrana 963 La replicacién en las céhulas eucaristicas es mas compleja 964 25.2 Reparacién del DNA 966 Las mutaciones estan relacionadas con el cancer 966 ‘Todas Jas ehulas tienen miitiples sistemas de reparacién del DNA. 967 Recuadto 25-1 Reparacién del DNAy céneer 970 {a interaccién de las horquillas de replicacién con lesiones del DNA puede inducir sintesis de DNA propensa al error atravésdelalesion 976 25.3 Recombinacién del DNA 978 La recombinacidn genética homéloga tienen multiples funciones 979 La recombinacién durante la meiosis se inicia en roturas de doble cadena 980 Ja recombinacién requiere una multitud de enzimas y otras proteinas 982, ‘Todos los aspectos del metabolismo del DNA participan ‘en la reparacion de las horquillas de replicacién bloqueatlas 984 La recombinacién especifica de sitio produce reordenamientos precisos del DNA 985 La recombinacin espeeifica de sitio puede ser necesaria para completar la replicacién del cromosoma 988 Los elementos geneéticos transponibles se mueven de un lugar a otro 988 Los genes de las inmunoglobulinas se forman porrecombinacién 00 Indice de materias 26 Metabolismo del RNA 995 26.1 Sintesis de RNA dependiente de DNA 996 ELRNA es sintetizado por RNA polimerasas 996 La sintesis del RNA empieza en los promotores 998 La transeripcién esta regulada.a diferentes niveles 1001 La terminacién de la sintesis del RNA esta indicada or secuencias especifieas 1001 Recuadro 26-1 La RNA polimerasa deja su huclla ‘en un promotor 1002 Las células eucariéticas tienen tres tipos de RNA polimerasas nucleares 1003 La RNA polimerasa Il requiere otros muchos factores roteicos para su actividad 1003 La RNA polimerasa dependiente de DNA es inhibida selectivamente 1006 26.2 Maduractén dot RNA 1007 Los mRNA eucaridticas llevan un easquete enelextremo 5’ 1008 ‘Tanto los intrones como los exones son transeritos del DNA alRNA 1008 ELRNA cataliza el corte y empalme de los intrones 1009 Los mRNA eueariéticos tienen una estructura earacteristica enelextremo 3’ 1011 La maduraci6n diferencial del RNA da lugar a multiples productos a partir de un gen 1014 Los RNA ribosémicos y los tRNA también son modificados 1014 Algutnas etapas del metabolismo del RNA estén eatalizacas or enzimas de RNA 1017 Los mRNA celulares se degradan a velocidades diferentes 1020 1a polinucle6tido fosforilasa forma polimeros de tipo RNA, de secuencia aleatoria 1020 26.3 Sintesis de RNA DNA dependionte de RNA. 1021, La transcriptasa inversa produce DNA a partir de RNA virico 1021 Algunos retrovirus provocan efncer y sida 1023 Muchos transposons, retrovirus ¢ intrones pueden tener un origen evolutivo comin 1023 Recuadro 26-2 Tratamionto del sida con inhibidores de la transcriptasa inversa del VIM 1024 La telomerasa es una transcriptasa inversa especlatizada 1025 ‘Algunos RNA viricos se repliean por medio de una RNA olimerasa dependiente de RNA 1027 La sintesis de RNA ofrece pistas importantes sobre laevolucién bioguimnica 1027 Recuadro 26-3 E1 método SELEX para generar polimeras de RNA ‘con nuevas funciones 1030 27 Metabolismo de las proteinas 1034 27.4 El oédlgo genético 1034 El e6digo genético fue descifrado mediante moldes de mRNA artificiles 1035 Elbalanceo permite que algunos RNA reconozean ms de un eodén 1089 Recuadro 27-1 Cambio de montura 2 medio camine: desplazamiento ‘tel marco de traducciény edicién del mRNA 1040 Recuadro 27-2 Excepciones que confirman la regia: variaciones naturales del cédigo genético 1042 27.2 Sintesis de proteinas. 1044 La biosintesis de las protefnas tienen lugar en cinco tapas 1044 Elibosoma es una compleja maquina supramolecular 1045row Indice de materas Recuadro 27-3 De un mundo de RNA a un mundo de proteina 1048 Los RNA de transferencia tienen rasges estructurales caracteristicos 1049 Fase 1: las aminoacil-tRNA sintetasas tinen los aminodcidos ‘correctos a sus tRNA 1051 Fase 2: la sintesis de proteinas empieza con un aminodcide especifico 1054 Fase 3: los enlaces peptidicos se forman durante la fase de elongacion 1058 Fase 4: la terminacion de la sintesis de polipéptidos requiere ‘una sefal especificn 1061 Fase 5: plegamiento y modificacién de las cadena, ‘polipeptidicas recién sintetizadas 1062 Recuadro 27-4 Variacién Inducida on ol cédigo genético: supresién de mutacionos sin sentido 1085 La sintesis de proteinas es inhibida por muchos antibidticos vytoxinas 1065 27.3 Destino y degradacién de las proteinas, 1068 La modificacién postraduccién de muchas protefnas eucaridticas empieza en el retfeulo endoplasmético 1068 1a glucosilacién juega un papel clave en el destino de las proteinas 1069 Las secuencias seal para el transporte nuclear no son cortadas 1071 Las bacterias también utilizan secuencias sefial para el destino de las proteinas 1072 Las células importan proteinas mediante endocitosis faciltada por receptores 1074 ‘Todas las células disponen de sistemas especializados de degradacion de proteinas 1075 28 Regulacién de la expresién génica 1081 26.1 Prncpios de regulaciin nica 1082 La RNA polimerasa se une al DNA en los promotores 1082 Dl inicio de la transcripeion esté regulada por proteinas «que se unen @ los promotores o cerca de elles 1083 {La mayoria de los genes procariticos estan. agrupados Yyse regulan en operones 1085 El oper6n Jac esta sujeto a regulacién negativa 1085. Las proteins reguladoras tienen dotniniosindependientes de union al DNA 1087 Las proteinas reguladoras también tienen dominios de interacelin protefna-protefna 1090. 28.2 Regulaclén de la expresién génica on los procariotas 1092 El operén Jac esté sujeto a regulacion positiva 1093, ‘Muchos genes de los enzimas de la biosintesis de amino- cidos se regulan por atenuacién de la transcripeién 1094 La inducci6n de la respuesta S08 requiere la destrucclon. de protetnas represoras. 1097 La sintesis do proteinas ribosomicas est coordinada, con la sintesis de rRNA 1098 Algunos genes se regulan por recorbinacién genética 1100 28.3 Regulacién dela expresién génica en los eucariotas 1102 La cromatina transcripcionalmente activa es estracturalmente diferente de la cromatina ingctiva 1102, La cromatina se remodela por acetilacién y desplazamiento delosnnclecsomas 1103 Muchos promotores eucaristicos se regulon positivamente 1103 ‘Transactivadores y coactivadores que se unten al DNA. faciltan el ensamblaje de Ios factores de transeripcién generales 1104 Los genes del metabolismo de la galactosa en las levaduras cesian sujetos tanto a regulacién positiva como negativa, 1106 Los transactivadores de unin al DNA tienen una estructura modular 1106 La expresion génica eucariotica puede ser regulada ppor sefiales intercelulares e intracelulares 1108 1a fosforilacion de los factores de transcripeién nucleares, puede contribuir a su regulacién 1109 ‘Muchos mRNA eucaridticos estén somnetidas a represién traduccional 1109 El silenciamiento postranscripeional de los genes se produce ‘por interferencis del RNA 1110 El desarrollo esta controlado por cascadas de proteinas reguladorss 1111 Apéndice A Abreviaturas comunes en fa literatura cienttica bioquimica At Apéndice B Soluciones abreviadas de los problemas SA-1 Glosario Procedencia de las iustraciones I-t Indice alfabético 1capitulo FUNDAMENTOS DE BIOQUIMICA 1.1 Fundamentos celulares 3 1.2 Fundamentos quimicos 12 1.3. Fundamentos fisicos 21 1.4 Fundamentos genéticos 28 1.5 Fundamentos evolutivos 31 Con el descubrimiento de la célula, la biologia habia descubierto su tomo... A partir de entonces el estudio de la célula y el andlisis de su estructura resulté esencial para la caracterizacién de la vida con el objeto de identificar aquellas propiedades comunes y necesarias pata la vida de cada una de las células y también, altemativamente, Para identificar diferencias asociadas con el desarrollo de funciones especificas. —Frangois Jacob, La logique du vivant: une histoire de Phérédité, 1970 Debemos reconocer, y asi me lo parece, que el hombre, ‘con todas sus nobles cualidades... acarrea todavia en su estructura fisica el sello indeleble de su humilde origen. —Charles Darwin, The Descent of Man, 1871 H= ‘aproximadamente unos quince veinte mil millones de arose] universo nacié de un eatactismo explosive que esparcid particulas subatomicas extremadamente calientes y ricas en eneraa, En ctestion de segundos se: formar los ele- mentos mas simples. AI tiempo que el universo se expandia y cenfriaba, se condensaba la materia bajo la influencia de la gra- vedad y se formaban las estrellas. Algunas de ellas se hicieron fenormes, explotaron en supemavas y liberaron la energia ne- cesaria para prodiucir elementos mais complejos a partir de la fusion de Jos nfcleos atémicos mas simples, De este mode apa- recieron la Tierra y los elementos guimicos que hey se eneuen- tran en ella. La vida apareei6 haee unos exatro mil rillanes de anos en forma de microorganisms seneillos dotaclos de la ca pacidad de extraer enersia de los eompuestos organicns n dela thu sola Bsta energia sirvi6 para sintetizar una ampli variedad lo biomoléculas « pati de los elementos y compuestos nis simples presentes en la superficie de la ‘Tierra La biogutmica se pregunta acerca del modo en que miles de diferentes moléculas inanimadas deron hugar alas comple {2s propiedades le los onganismos vivos. Cuando estas mole caulas 5e aislan_¥ examinan individualmente cumpien todas las leves fisicas y quimicas que describen el comportamienta de Ia, materia inanimada, del mismo modo que ocurre con todos tos Dprocesos que tienen Ingar en organismuas vivos. El estudio de 4a bioquimiea muestra el modo en que las moléeulas inantima- ddas que constituyen los organismos vivos interaccioran para mantener y perpetuar la vida, rigiéndose por las mismas leyes fisicas y quimicas que gobiernan todo el universo. A pesar de ello, los organismos poseen cualidades que los dlistinguen de otras aurupaciones de materia, ;Cusles som las Ccaracteristicas distintivas de los organisinos vivos? Un elevado grado de complejidad quimica y de or- ganizacién microseépiea. Las intvincatas estructuras internas celulares estan formadas por miles de moléeulas dlferentes (Fig, 1-1a). Cada una posee su propia secuen- Ga de subunidades earacteristica, una estructura tridi- mensional nica e interacciona con una seleccin akamente especifica de moléculas de la edlula, Sistemas para la extraceién, transformacion y uso de energia del entorno (Fig. 1-19), que permniven a los “organismos construir y mantener sus complejas esteuctu- ras y llevar a cabo trabajo mecénico, quitmico, asmistica yeléetrieo, Contrariamente, la materia inanimada tiene a degradarse hacia un estado ms desordenado, equili- Uunincose con su extoro. ‘La capacidad para autorreplicarse y autoensamblar- se (Fig. I-Ie). Una tnica céula baeteriana coloeada en ‘un medio nutviente estéril puede generar mil millones de ‘células “hijas" idénticas 2 ella en 24 horas, Cada célula ccontiene miles dle moléculas eliferentes, algunas de elias dde-una gran complejidad; a pesar de ello, cada aeteria2 Capitulo 4 Fundamentos de bioquimica @) © FIGURA 1-1 Algunas caracteristicas de la materia viva. (a) En esta seccidn fina de tefido muscular de vertebrado, vista por el microsco- pio electénico, se aprecia su organizacién y complejidad microsed pica. (b) Us haledn de las prada ‘un pequeio pijaro, (€) La teproduccisn biolégica tiene lugar con fi delidad casi perieta nutre mediante el consumo de es una copia Hel del original y toda lt informacién para su vronstruceidn est contenida en el material genético de la lula original Mecanismos para detectar y responder a las altera- clones en su entorno, mediante un ajuste constante a estos cambios gracias a la aclaplaciin de sus procesos ‘quimicos internos. La existencia de funciones definidas para cada uno de sus componentes y la regulacién de las interac- ciones entre ellos. Hsto es cierto no tinieamente para estructuras macroscdpieas como hojas y tallos 0 el cor én y los pulmones, sino también para estructuras mé- crose6picas intracelulares y para compuestoss quitmicos inndividuales. Existe un relaeldn dinvamiea entre los com- pontentes quimicos de un organismo vivo; los eambios en ‘uno de los componentes produeen cambios compensato- ros en otro, de modo que el confunto posee un carscter propio, mis alla del de cada una de sus partes individua- Jes. El conjunto de moléculas lleva a cabo un programa ‘que tiene como resultado final la reproduecién del mismo y la perpetuacicn de este conjunto de moléculas; en defi- nitiva, el resultado final es la vida. Una historia de cambio evolutivo. Los organistnos varian sus estrategias vitales heredadas para sobrevivir cen situaciones nuevas. El resultado de eones de: de evolueién es una enorme diversidad de formas de vida, superficiamente muy diferentes (Fig. 1-2) pero relacionadas a través de sus ancestros eomunes. A pesar de estas propiedades comunes de las que se de- duce que existe una uniformidad fundamental en todas las manifestaciones dle la vida, existen muy pocas generalizaciones sollitamente correctas para todos los organisies vivos y bajo todas las condiciones, La diversidad es enorme. La ‘gama de hiibitats en que viven los organismos tiene su reflejo ‘on la gama igualmente-amplia de adaptaciones bioquimicas es pecifieas que tienen lugar en un entorne quittica compartido. Con el objeto de primar la claridad de exposicion, en este libro usaremos algunas generalizaciones que, aunque no perfectas, resultar iitiles; con frecuencia también comentaremos algunas cexcepeiones que pueden ayndar a aclarar aquellas generaliza- clones cientificas, FIGURA 1-2. Organismos vivos diferentes comparten caracteristicas ‘quimicas comures. Paros, bestias, plantas y microorganismas del suelo comparten con el hombre las mismas unidades estructurales basics (céllas)y los mismos tipos de macromoléculas (DNA, RNA, proteinas) compuestas por los mismos tipos de subunidades mono ‘méricas (auclestidos, aminoscidon). Utizan de sintesis de los componentes celular, compare el misma etidigo genético y descr el “arin del El Jen de los mismos ancestros evolutves. Detalle ‘obra de Jan van Kessel el Joven (1626-1679)La bioguimica pretende describir en términos moleculares aquellas estructuras, mecanismos y procesos quimicos com: partidos por todios los organismos y proporciona los principios de onganizacién que subyacen en todas las diversas formas de vida, principios a los que nos referiremos colectivamente como la togica molecular de ta vida. Aunque la bioquinuica pro~ porciona conocimientos y aplicaciones practicas, su preocup. ign ultima es el prodigio de la vida misma. or tanto, en este capitulo introductorio describiremos los fundamentas celulares, quimicos, fisieas (termodinsimicos) ¥ senéticos de la bioquiria y el principio general dela evolucion: 1 desarrollo de las propiedades de las células vivas ao largo de las generaciones, Durante fa lectura de este libro puede resultar Util referirse a este capitulo de vez en cuando con el objeto de refrescar la memoria sobre estos temas bisicos. 1,1 Fundamentos celulares. La unidad y diversidad de los organismos es evidente incluso a nivel celular, Los organismos mas pequefios son unicelulares ¥ microsc6picos. Los organismos mayores contienen muchos ti- pos de eélulas de tamafio, forma y funciones diferentes. A pesar de estas diferencias obvias, todas las e¢lulas eomparten ciertas propiedades fundamentales, observables a nivel bioquimico. Las células son las unidades estructurales y funcionales de todos los organismos vivos ‘Todas las células comparten ciertas caracteristicas estructura. les (Fig, 1-3), La membrana plasmatica define la periferia de Ja célula, separando su contenido del medio externo. Esta com- ‘puesta por moléculas de Lipidos y de proteinas que forman una barrera hidrofébica fina y flexible. Acttia como una barrera ala libre circulacién de iones inorginicos y de la mayor parte de compuestos cargados 0 polares, Las proteinas de transporte de la membrana plasmatica permiten el paso de ciertos iones y ‘moléculas; las receptoras transmiten seflales hacia el interior de 1a célula; por su parte, los enzimas de membrana participan en. ‘algunas reacciones, Gracias a Ia interacclén no covalente entre Jas subunidades individuales de lipidos y proteinas de la mem- brana plasmtica, la estructura global tiene un elevado grado de flexibilidad que permite que se produzean cambios en Ia forma. eel tamario de la célula. Al crecer la eélula se insertan en la ‘membrana nuevas moléculas de lipido y proteina recién sintet zzadas; la divisién celular produce dos eélulas, cada una con su propia membrana. El crecimiento y la divisién (fisi6n) celular ‘se producen sin pérdida de la integridad de la membrana. El volumen interno limitado por la membrana celular, et citoplasma (Fig. 1-3), esta compuesto por una disolucién acuosa, el eitosol, y una variedad de particulas en suspensién. con funciones especificas, El citosol es una solucién muy con- centrada que contiene: enzimas y las moléculas de RNA que Jos codifican; las subunidades monoméricas (aminoacidos y nuclestides) a partir de las cuales sé forman estas macromolé- cullas; centenares de pequefias moléculas orginicas denomina- das metabolitos, intermediarios de las rutas biosintéticas y 1.1 Fundamentos celulares 3 Niicleo (cucariotas) ‘© nucleoide (hacterias) ‘Contione material genético: DNA ‘yproteinas asociadas, E] nucleo esta rodeado por una membrana. Bicapa lipfdica resistonto ¥ flexible. Scloctivamente permeable para sustancias polares. También incluye roteinas de membrana que JPA, setian en el transporte, Citoplasma Contenide acuoso de la cohula y particnlas y gills suspends centiugasién a 180.000 | die enzimas, RNA, Subunidades monoméricas, imetatalits e ones inorgdnicos. @ Pellet: particulas y orgsxilos. Ribosomas, gramulos de almacenemiento, ‘mitocondrias, cloroplastos, isosomas, reticulo endoplasmatico, FIGURA 1-3 Caracteristcas universales de las eélulas vivas. Todas las célula tienen un ndcleo o nucleoide, una membrana plasmatica y citoplasma. El citosol es la parte del citoptasma que permanece en el sobrenadante después de una centrifugacién del extracto celular a 150.000 g durante 1 hora degradativas; coenzimas, compuestos esenciales en muchas reacciones catalizadas enziméticamente; iones inorgénicos; ¥ ribosomas, pequetias particulas compuestas por protelnas y RNA en las que tiene Ingar la sintesis de proveinas. ‘Todas las células tienen, al menos durante una parte de st cicto vital, un mieleo o un nueleoide, en el que se almacena y replica el genoma (el conjunto de genes, compuestos de DNA), Ei micleoide bacteriano no se encuentra separado del cito- plasma por una membrana, pero en los organismos superiares el nicleo contiene el material nuclear que se halla englobado en el interior de una membrana doble, la envoltura nuclear. Las células que poseen envoltura miclear se denominan euea- riotas (del griego eu, “verdadero”, y karyon, “niicleo”); Ins que no poseen envoltura nuclear ~las eélulas bacterianas— se denominan procariotas (el griego pro, “antes”.4 Capitulo 1 Fundamentos de bioquimica Las dimensiones celulares estén limitadas por la capacidad de difusién del oxigeno La mayor parte de células son de tamario microse6pico. Bl dig metro tipico de las eélulas animales y vegetales es tle unos 6 a 100 jm, ¥ muchas bacterias tenen tna longitid de tan sélo 1 82 um (v6ase la contracubierta posterior para encontrae in- formacién sobre las unidades y sus abreviaturas). ‘que limita las dimensiones de una célula? Blin inferior vie ne probablemente marcade por el numero mainimo de eada tuna de las diferentes biomoléculas necesarias. Las células ccompletas mas pequefts, los micoplasmas, tienen un didmmetro de 300 nm y unt volumen de aproximadamente 10°" mi, Un solo ribosoma bacteriano tiene una longitu de aproximada- ‘mente 20 nm en su dimensién mas alargada, de modo que un ‘pequefio nimero de ribosomas ocupan ya una fraccién signifi cativa del volumen de una célula de micoplasmaa, BB limite superior del tamano celular viene mareado por la velocidad de difusion de las moléculas disueltas en sisteraas aetosos. Por ejemplo, una eélula bacteriana que depende de Feaeciones que consurmen oxigeno para la produccién de su cenergia debe obtener el oxigero molecular del medio en el que se encuentra mediante difusion a través de su membrana plas- matica, La célula es tan pequefiay la relacion entre el érea de su superficie y su volumen tan grande, que el Q, aleanza con facilidad todas las partes de su eitoplasma por difusién. Sin embargo, al aumentar el tamanto de ta célula, lesciende ka re Jacién superticie/volumen hasta Tegar al punto en que sti me bes lo ‘Bubacterias ee ae Baceibejiapicn, SER, Site lachactrnn Plavobacteris Thermotoga “See tabolismo consume O, a una velocidad superior a la del su nistro mediante difusion. En esta situacion, el metabolismo que requiere Oy se hard imposible euando el tamafo celular crezea por encima de un determinadio punto, que representari el te6rico limite superior del tamato de la cétula Los seres vivos se clasifican en tres dominios ‘Todos los organismos vivos pertenecen a uno de Jos tres gran: {des grupos (reinos o dominios) que representan las tres rama de la evolucién a partir de un progenitor eorain (Pig. 1-4) Desde un punto de vista bioquimico se puede distinguir entre dos grandes grupos de procarioias: las arqnebacterias (del ariego ayche, “origen”) y las eubaeterias (del griego eu, “ver dadlero”). Las eubacterias habitan en el suelo, en las aguas superficiales y en los tejidos de otros organismos vivos a en descomposicidn. La mayor parte de las bacterias mejor estu- diadas, incluyendo a Bscherichta colt, son eubacterias, Las anquebacterias 5¢ han descubierto mas recientemente y estén mucho menos caracterizadas bioquimicamente, La mayor parte de ellas habitan en medios muy extremos, Las pruebas de que se dispone sugieren que las arquebacteriasy las eubac- teriasdivergieron pronto y constituyen dos dominios distintos, Hamados también Archaea y Baeteria, Todos los organismos ‘cucaridticos, que constituyen el tercer dominio, Bucarya, evo- Iucionaron a partir de la misma ramua que dio origen a los Ar- ‘chaea; las arquebacterias estin, por tanto, mas estrechamente relacionadas con los eucariotas que con las eubacterias FIGURA 1-4 Filogenia de los tes dominios de la vida. Las relacionesfllogenétieas se ilustran a menude mediante un “Srbo genealigico” de este tino, La relacn evolutiva entre dos organisms seré tanto ms esirecha cuanto menores sean los puntos de ramificaciOn entre ellos,1.1 Fundamentos celulares 5 (cnergia proveniente {energia proveniente de dela luz) ‘compuestos quimicos) Autotrofos Heterétrofos Heterétrofos {carbono “carbono {carbono proveniente de proveniente -proveniente de campuesias organicos) de COs) compuestos organicos) Bjemplos: Bjemplos: sCianobactorias —*Bacterias poepura *Plantas *Bacterias verdes Litétrofos Organstrofos onergia proveniente _(energia proveniente ‘de compaestos. ‘de compuestos ‘norginicos) organicos) Bjemplos: Bjemplos: ‘“Bacteriasdel anufre La mayoria de FIGURA 1-5. Los organismos pueden clasiicarse segin su fuente ‘sBacterias del los procariotas Principal de energia (uz solar o eompuesos quimicos oxidables) y su tone iti ka cae fuente de carbono para la sinvesis de material celula Dentro de los dominios de Baceria¥ Archaea exisen sub- grupos que se isting por us habitats los habitats ard bios, con abundante oxigeao, muchos onganisinos residents btienen si energtia mediante la transferencia de electrones desde las motéculas de combustible al oxigen. Otros ambien- tes son anaerdbieos, privatos de oxigeno, o que obliga a que Jos microorganismos adaptados ellos obtenan su eneriia ‘mediante la transferencia de clectrones hacia el nitrato (gene- ranalo N,), lito (generinda HS) 0 CO» (generando CHy) Muchos de los organismos que han evolucionaia en estos am- bientes son ainaeribios obligados que moririan por exposi- ci al oxigen, os organisnoos pueden clasificarse a partir de su forma dt obtener fa eneraiay el carbon que necestan paral snte- sis de material celular (Fig. 1-5). Se pueden establecer dos mplias categoria a partir de ls fuentes ce enersa: los fot6- trofos (cel aries rope, “nutricion”) recoloctan y tiizan la ‘uz solar, mientras qu los quimistrofos obticnen su enersia aipartir de Ia oxidacion ce combustibles quimicos. Todos los nwimistrofos necesitan una fuente de mitrientes orginicos pesto que no pueden iar CO, en forma de compiestos ong nicos. Las fotétrofos pueden dividirse, a su vee, entre los que pueden obtener todo el carbano necesario a partir de COy (autétrofos)y los que requieren mitientes onginicos (hete- rétrofos). Ningiin quimiétrofo puede obtener sus atomos de_ carbon exclusivamente del CO, (es decir, no existen autotro- fos en esta caegoria) pero ls quimiétrofos pueden ser casifi- aos sein un critetio diferente: ie combustible que oxidan es inorgariico (litétrofos) u organico Corganétrofos). La mayoria de los organismos conocitios se encuentran dentro de wna de estas cuatro amplias categorias ~autotrofos 0 Ieterstrofos entre los organismos fotosintéticos; Lit6trofos w organdtrofos entre aquellos que oxidan compuestos qui c0s~, Los provariotas disponen de diversas alternativas gene- rales para la obiencién de carbono y energia, Por ejemplo, Escherichia coli es un quimioorganoheterdtrofo; necesita ‘compuestos orginioos cel medio ambiente como combustible -¥ como fuente de carbono. Las elanobacterlas son fotolitoauts- trofns; tilizan la luz solar camo fuente de energia y convierten, €1 CO, en biomoléculas. Los individuos le la especie humana somas quimnioorganoheterstrofos, como B. col. Escherichia coli es la célula procariética mejor estudiada Las células bacterianas comparten ciertas caracteristicas es- tructurales comunes, pero tambien presentan especializacio- nes especificas de arupo (Fig, 1-6). La célula de £. colt tiene aproximadamente 2 jum de longitud y un poco menos de 1 pm de diémetro, Posee una membrana extema protectora y una ‘membrana plasmatica interna que engloba el citoplasma y el ucleoide, Entre las membrana interna y externa se sitila una ‘capa fina pero resistente de peptidoglicanos que proporciona, ‘ala célula su forma y rigidez earacteristicas. La membrana plastica y las capas que la rodean constituyer Ia envoltwra ‘celular, E11 el dominio Archaea, la rigilez es conferida por una, Polimero diferente (pseudopeptidogiiecano). Las membranas, plasmiéticas de eubacterias consisten en una fina bicapa deCapitulo 1 Fundamentos de bioquimica Ribosomas Los ribosomas bacterianos son més pequelios que los eucariétios, pero levan a cabo la misma fancion: sintesis de proteins a partir de un RNA mensajero, Nucleoide Contiene una ‘iniea y simple molécula larga y cireular de DNA, Pili Proporeionan puntos de adhesin ‘ala superficie de otras stuns, Flagelos Propulsan la celula a traver eeu medio, Bacterias gram-negativas Bacterias gram-positivas ‘Membrane externa; ‘No hay membrana externa: capa de poptidoglucanes, capa de peptidoglucanoe sms gress, Cinnobacterias ‘Bacterias gram-negatives; ‘eapa de peptidoglucanos ‘mds resistente; Voluminoso externa ala membrana ‘No hay membrana externa; capa de peptidoglucanos sistoma de membranas ‘nternas que contiene pigmentos fotosintstioos plasmatica. FIGURA 1-6 Caracteristicas estructurales comunes de las células ‘acterianas, A causa de diferencias en la estructura de la envotira ee (ular, algunas eubacteriasretienen la tneiGn do Gram (gram positvas) ¥y otras no lgram-negativas). £. colt es gram-negativa, Las clanabacte- Fiag son también eubacterias, pero se distinguen por su voluminoso sistema de meribranas internas, en el que se localizan los pigmentos fotosintéticos. Pose a que las envolturas cellar de ls arquebacterias y las eubacteras gram-postivas patecen similares al microscopio elec: tuGnico, la estructura de fs lipidos de membrana y de los polsacéri= dos de la envottura cellar son may diferentes en estos organisoos, 1moléculas de lipid en la que se insertan protenas Las mem branas arquebacterianas tenn ua arquitectura sila aun- ‘que sus tipidos difieren de los presentes en eubacteras $5 citoplasma de , colt contiene unos 16.000 nibosomas, rules de copies de cad uno de Tos miles de enzinsdiferen- tes, numerosos metaboliosy cofactoes yuna variedad de io nes inorgAnicos, El nucleoide eontiene una vinica molécala circular de DNA y el sitonlasma contiene uno o ms segment tos ciroulares de DNA de tamano mucho menor que reciben el nombre de plésmidos. En la naturaleza, algunos plismidos confieren resistencia a toxinas y antibstieos presentes en el medio. Bn el lnboratoro, estos segmentos de DNA son muy adecuados para la manipulacién. experimental y resultan de extrema utilidad para el genético molecular La mayor parte de bacteria existen como cfu indiviaa- Jes, aunque en alguns eapeciesbacteranastienden a asociarse fen racimos ofilamentos eincius nigunas (ls mixobacteras) ‘muestra un prinitivocomportamiento social Las células eucariéticas poscen diversos orgénulos membranosos quo pueden aislarse para su estudio ‘Las eélulas eucariticas tipicas (Pig. 1-7) son mucho mayores ‘que las células procariéticas -tienen normalmente un dime fo de 5 a 100 wm y un volumen celular que es entre milly un milion de veces superior al de las bacterias~. Las caracteristi- cas distintivas de los eueariotas son el rticleo y los orgénulos rodeados de membrana que llevan a cabo funciones especifi- ‘cas: mitocondtrias, reticulo encioplasmiético, complejos de Golgi ¥¥ lisosomas, Las células vegetales contienen ademés vacuolas ¥ cloroplastos (Pig. 1-7) En el citoplasma de muchas células ‘también se observan grnulos o goticulas que contienen 1 ttientes de reserva como almidén o grasas, En lo que constituy6 un importante avance bioquimico, Albert Claude, Christian de Duve y George Palade desarrella- ron métedos para la separacién de orgénulos citosslicos -un ‘paso esencial para el aislamiento de biomoléculas y otros com- ponentes celulares y para la investigacion de su estructura y funeiGn-. En un provedimiento de fraccionamiento celular ti pico (Fig. 1-8) se disgrogan células o tefidos en solucién me- diante una homogeneizacién suave, que rompe la membrana, celular pero respeta la integridad de la mayoria de los oraé= nnulos. A continuacién se centrifuga el homogenado, proceso en el que organulos como el nicleo, las mitoconerias y los liso1.1 Fundamentos celulares 7 (a) Célula animal ‘Ribosomas: méquinas sintotisadoras de proteinas Peroxisoma: destruye peréidos : Cotati ‘cect ea lan & SG Torito ce ptainn Bins: dgrada los restos intracstlares Fei dt ranaporte: tonaportn Lupidos y proteinas entre el RE, complejo 6 Golgi ya membrana plasmaétiea Complejo de Golgi: procesa, empagueta ¥y distribuye proteinas a otros orgaziulos para su exportacion, Reticulo endoplasmético liso (REL): lugar de sintesis de lipidos y metabolismo de farmaces Bavoltura nucle la cromatina (DNA 1 protsina) del citoplasma Nucleolo: lugar de la sintesis de RNA ribosémico Rotioulo endoplasmatio ragoso (RERY: aqui tiene lugar la mayor parte de sintesis de proteinas ‘Membrana plasmética: separa In célula de'su entorno, regula ‘el movimienta de materiales hacia, Citoesqueleto dentro fuera de la eétula eras Cloroplasto-almacena la energia solar, produce ATP y ghicidos inulna de almvidn: almacén temporal de ghicidos producto de Ia fotosintesis ‘Tilacoides: donde tiene lugar. Ja sintesis de ATP que aprovecha Ja energia de la luz Pared celular: eonfiere forma ¥ rigider; protege ala cdlula ‘ol hinchamiento osmético Vncuola: degrada y reciela ‘macromoléealas ¥ almacena smetabolitos Plasmodesmos: permite Pared colular de una eélula el paso entre dos eélulas adyacente yaar Glioxisoma contione los enzimas ol ciclo del plioxilato FIGURA 1-7 Estructura de la célula eucariética.Nlustracién esquemitica de las) Célula vegetal dos principales tipos de célula eucarétca: (a) una célula animal representativa y (©) una célula vegetal representativa. Las células vegetaes tienen aproximadamente lentre 10 y 100 jm de digmetso-son mas srandes ave las células animales, que presentan tipicamente un intervalo de $a 30 jm. Las estructuras rotuladas en rojo son exclusivas de células animales o de células vegetales.8 Ceptule 1 Fundamentos de bioquimica somas sedimentan a velocidades diferentes a causa de su dife- rente tamafio, Al tener diferente densidad espeeifiea “flotan” a niveles distintos en un gradiente de densidad. La centrifugacién diferencial permite obtener wn fraccio- amiento grosero inicial del contenido citoplasmético, que puede puriflearse con més precisién mediante una centrifu- gacidn isopicnica (‘misma densidad”), Mediante esta metodo: Jogta, los orgénulos de densidad diferente (resultado de Ins (@) Centrifugacién diferencial Homogeneizacion CConisfupaein a baja velocidad subrenadante Drotsinas soluble Spey Eipullet fontiene sibosomas, snseremelectias ‘randes diferentes relaciones entre cantidad de lipidos y proteinas en cada clase de orginuo) se separan en un gradiente de densi- dad. Recogienclo cuidadosamente el material de cada regién del graitiente y observandolo al microscopto, el bioquimico ‘puede establecer la posicién de cada orgénulo y purificarlo para su estudlo posterior. De esta manera se supo, por ejem: ‘lo, que los lisosomas contienen enzimas degradativos, que las ‘itocondrias eontienen enzimas oxidativos y que los cloro- FIGURA 1-8 Fraccionamiento subcelular de un tejido. En primer lu {gar se homogeneiza mecnicamente un tejido, como por ejemplo el hrigado, para romper las céluas y dispersar su contenido en un medio acuoso. £1 medio de sacarosa tiene una presiGn osmética similar a la de los orgéaulos; con eso evita la difusién de agua hacia el interior de los orgdnulos, lo que provocaria su hinchamiento y explosién. (a) Las particulas en suspensidn de diferente tamafio se pueden separar por coniritugaciGn a elferentes velocidades © bien (b) es posible sepacar particulas con diferente densidad mediante centrifugacién isopicnica, En la contifugaciGn ioprenica se llena un tubo de centrifuga con una dlisolucién, cuya densidad aumenta desde la supeticie hasta el fon- «do; para produc este gradiente de densidad se disuelve un soluta tal ‘como sacatosa a diferentes concestraciones. Cuando se deposita una mezcla de orginulos sobre este pradiente de densidad y se centrifuga tubo a ata velocidad, los orgénulos individuales sedimentan hasta «que su densidad se comesponde exactamente con la del gradient. Enonces puede recogerse cada capa separadamente, (b) Centrifagacién isopienica (en gradiente de saearosa) Gradient de eaceresa ‘Componente ‘ents dens Componente mia densoplastos cortienen pigmentos fotosintéticas. El aslamiento de ‘un orginulo enriquecido en un cierto enzima suele ser el pri- ‘mer paso en la purificacién de dicho enzima El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto yes altamente dindmico La mieroseopia electronica permite observar distintos tipos de fflamentos de proteina que se entreeruzan ent la eéiula euca. ridtica y forman una tram tridimensional ¢ interconectada, el eltoesqueleto, Eixisten tres clases principales de filamentos citoplasmdtieos -1os filamentns de actina, los micratibulos ¥ los fllamentos intermedios (Fig.1-9)~ que dlfieren en anchara (entre 6 ¥ 22 nm), composicién y funcién especifiea. Todos ellos proporcionan estructura y organizacidn al eitoplastaa ¥ rmantienen la forma de la eétula, Los filamentos de actina y 10s microttibulos colaboran también en el movimiento de los org rnulos o en el movimiento celtlar global Cada tipo de componente citoesquelético esti compuesto por subunidades simples de protefna que polimerizan para for ‘mar fllamentos de grosor uniforme. Estos filamentos no son esiructuras permanentes, sino que estén en constante fuck ign entre su forma monomérica y su forma estructurada en fl- Iamentos. Su localizacién celular no esté fjada rigid sino que varia en gran medida durante la mitosis, Ja eitoqu FIGURA 1-9 Los tres tipos de ilamentos citoplasmaticos. Los pane 1s epitliales ftograiadas despues de un tataniento con anicuerpos que se unen ay tien expecfcamen- te) flamentos de actina que dan lugar a "bras de ets, ¢) i otibulos que radian desde et cen de la ela y (€ laentos intermedios que se extienden pot todo el etoplasma Los anticuerpos Jes superiores muestran célu 1.4 Fundamentos celutares 3 sis, el desplazamiento ameboide o a causa de los cambios en la forma de la célula, La regulacién de la formacion, disgregacién, yy localizacién de los diversas tipas de filamentas corre a cargo de otras proteinas encargadas de unir o entrelazar los filamen- tos o de desplazar orgémnlos citoplasmaticos, De este breve repaso de la estructura celular poddemos ex- truer la idea general de que la célula euearidtica esté formada por una trama de fibras estructuraies y un complejo sistema, de compartimientos limitados por membratas (Fig. 1-7). Los fMlamentos se desagregan para reestructurarse en otro lugar distinto, Las vesiculas membranosas brotan de un orginulo ¥ se fusionan con otro. Los orgénulos se rmueven por el cito- plasma a To largo de filamentos de protesna gracias ala energia ide motores proteicos, El sistema endomembranoso sears procesos metabélicos especificos y aporta las superficies en Jas que tienen lugar clertas reacefones enzimaticas, La exoel tosis y la endocitosis, mecanismos de transporte (hacia el exterior y el interior de las eélulas, respectivamente) que in pillean fusion y fsi6n de membranas, permiten la eommunicacién, centre el citoplasma y su medio externo mediante la seerecion lo sustanclas producidas en la célnla y la captacion de materi les extracelulares, A pesar de su complejidad, la organiencién del citoplasma ‘est lejos de ser un procineto del azar. El movimiento y la posi- cidn de los orgnulos y de los elementos del citoesqueleto es- intermedios ©) que reconocen especificamente actina,tubulina © proteinas de fila mento intermedia se fijan covalentemente a un compuesto fluores cente. Cuando se visuaiza la célula al microseapio de fluorescencia, slo son visibles las estructura teas. Las paneles inferiores mucs- tran eada tipo de filamento al microseopio eletrénico de tansmisién (a,b) o de arrido (0.10 Capitulo 1 Fundamentos de bloquimica ‘an sometidos a una estrecha regulacién y en el transeurso de Ja vida de la céhula eueari6tica se producen importantes reor sanizaciones finamente orquestadas, como la mitosis. Las interacciones entre citoesqueleto y orginulos gon reversibles, de tipo no covalente y estén sujetas a regulacién en respuesta «a diversas sefiales intra. y extracelulares, (a) Algunos de los aminodeidos de lax proteinas (b) Los componontes de los deidas nucleicos Las células construyen estructuras supramoleculares Las macromotéculas y sus subunidades monoméricas son de ‘tamanio muy diferente (Fig. 1-10), Una molécula de alanina mide menos de 0,5 nm. La hemogiobina, proteina transporta- dora de axigeno en los eritrocitos (al6bulos rojos), contiene ccerea de 600 subunidades de aminoscido formando cuatro lar- gas cadenas que se pliegan de forma globular y se asocian en, estreturas de 5,5 nm de diametro. Las proteinas gon, a stu vez, mucho menores que los ribasomas (cuyo didmetro es de aproximadamente 20 nm), orginulos de tamafio muy inferior al de las mitocondrias, que miden aproximadamente 1000 nan de diimetro, Existe, pues, una gran diferencia entre las biomolé ealas simples y las estructuras celulares que pueden obser varse al microscopio éptico. La Figura 1-11 ilustra la jerarquia estructural en la organizacién celular FIGURA 1-10 Los compuestos orgénicos a partir de los cuales se forman la mayorta de los componentes celulares:e1 ABC de la bio- ‘quimica. (a) Seis de los 20 aminocidos a pate de los cuales se conse twuyen todas las proteinas (las cadena laterals se destacan en rosa); (b) las cinco bases nitrogenadas, dos azdcares de cinco carbonos y el Scido fosférico a partir de los cuales se construyen todos los dcidos rucleicos; (cinco componentes de lpidos de membrana y () gla ‘cosa, | azdicar del cual se derivan la mayor parted ls gcd. Ob sérvese que el écido fosférico es un componente tanto de los Scidos ‘ucleicos como de los lipides de membrana, (©) Algunos componentes de los lipidos ? NH, I BN Nop aye PS aan aed of NT x x CHs oF" a Uracilo On OH oD Ribose 2-Desoxi-e-n-ribosa, Axticares de cinco earbonos | oo" ge enon dx ea, buon | fee lane ie ode srl ¢ Hy om a eaiae ae én, ba, te (@) Axicar principal CH, rl he sa CH, H oe i ig z rh & ciateNivel 4: La cehula, FIGURA 1-11. Jerarquia estructural en la organizaciém molecular de ‘as células En esta célula vegetal, el ncleo es un orgénulo que con Jiene diversos tinos de compilejos supramoleculares, entre ellos los ‘cromosomas. Los cromosomas estan formados por macromoléculas ‘las subunidades monoméricas de protesnas, écidos muclei- ‘008 y polisacériddos se unen mediante enlaces covalentes. Sin ‘embargo, en complejos supramoleculares, as macromoléculas ‘se mantienen unidas mediante interacciones no covalentes “mucho mds débiles, individualmente, que los enlaces eovalen- ‘te5-. Ente las interacciones no covalentes se cuentan los enla- ‘ees de hidrogeno (entre grupos polares), las interacciones ‘Gnicas (entre grupos cargados), las interacciones hidrafébicas (entre grupos no polares en solucién acuosa) y las interaceio- ‘nes de van der Waals, todas ellas cle enexgia bastante menor ‘que la de los enlaces covalentes (Tabla 1-1). En el Capitulo 2 se describe la naturaleza de estas interacciones no covalentes. Los ‘complejos supramoleculares se estabilizan gracias al gran ril- ‘mero de interacciones no covalentes que se establecen en ellos, “que son las responsabiles de sus estructuras tinicas. Los estudios in vitro podrian no detectar ‘Interacciones importantes entre moléculas ‘Uno de tos métodos para entender un proceso biol6gieo con- ‘siste en el estudio de las moléculas purificadas in vitro (en el Interior del tubo de ensayo), evitando la interferencia con otras -moléculas presentes en la célula intacta 2s decir, in vivo-. “Avpesar de que esta metodologta ha resultado muy itil, debe mos recordar que el interior de una célula es muy diferente del ‘entorno que pueda haber en un tubo de ensayo. Los compo- _nentes “interferentes” que se eliminan mediante purificacién ‘pueden resultar eriticos para la funcién biolégica o para la re- -sullacion de la actividad de la molécula purificada. Por ejemplo, Js estuios in vitro de enzimas puros se llevan a eabo normal ‘mente a concentraciones muy bajas y en soluciones acuosas en Nivel 3: acNil 1.2 Fundamentos colulares 14 ‘Nivel 1: Unidades Complejos ‘monoméricas ide DNA y muchas protenas diferentes. Cada tipo de macromolécula se construye a partir de subunidades simples, como por ejemplo el DNA, que est formado por mucledtidos (desoxiribonuclestidos en realidad). agitacién constante. En la célula, el enzima se encuentra di- ‘suelto o suspendlido er un citosol de textura parecida a un gel yacompafiado de miles de protesnas diferentes, algunas de las, ‘cuales se unen al enzima y Varian su actividad. Algunos enei- ‘mas forman parte de complejos multienzimaticos en los que los TABLA 1-1. Energias de enlace en biomoléculas ‘comunes Energia de Energia de disociacién disociacién Tipo de del enlace* Tipo de del enlace* enlace _(Kd/mol) enlace _(Ki/mol) aes simples Enlaces dobles 470 c=0 2 a 435 c=N 615 Po 419 c=o eit c-H aa P=0 502 NH 389 co 352 Enlaces triples cc 348, c=c 816 s-H 339 N=N 930 CN 293) cs 260 N-0 222 S-S 214 ‘uno mre tens neces pr dls ot) cl eae, ms ete12 Capitulo Fundamentos de bioquimica reactivos son canalizados de un enzima a ntro sin que leguen a tener contacto con el disolvente. La difusién se halla dist nitida en el denso citosol y la composicién del mismo varia en ‘sus distintas regiones. Resumiendo, una moléeula determinada puede actuar de modo muy diferente en la eéhula que in vitro. Uno de los retos de la bioquimica es comprencler la influencia, de la organizacion celular y las asoeiaciones sypramoleculares en Ia funcién de enzimas y otras biomoléculas ~comprender la funcidn tanto in vivo como in vitro, RESUMEN 1.1 Fundamentos celulares ‘Todas las eélulas esi4n rodeadas por tina miemibrana plasmatica, poseen un citosol que contiene ‘metabolitos, enenzimas, iones inorginicos y enzimas ¥ poseen im conjunto de genes contenidos en tin zucleoide (procariotas) o un niieleo (eucariotas) Los fotstrofos utitizan fa luz del sol para realizar trabajo; los quimistrofos oxidan combustibles ‘mediante la transferencia de electrones a buenos aceptores electrénicos: compuestos inargénicas, ‘compuestos orgénicos u oxigeno molecular. @ Las cétulas bacteriarns contienen in citosol, lun nucleoide y plismidos. Las eélulas eucaristicas tienen un micleo y estan multicompartimentadas, ‘can ciertos procesos confinados en ergémulos espectficos, los cuales pueden ser separados ‘¥ estudiados de modo aislado, m Las proteinas del citoesqueleto se asocian formanda largos filamentos que eonfieren forma y rigidez alas cétulas y son el soporte para el movimiento de los orgéntilos a través de la célula. '® Los complejos supramoleculares se mantienen cestables mediante interacciones no covalentes y dan lugar a estructuras de diversas tamafios, algunas de ellas visibles al micrascopio dptico. Interacciones importantes en el medio celular pueden perderse @ causa de la eliminacién de rroléculas individuales de «estos complejos para su estudio in vitro, 1.2 Fundamentos quimicos La bioquimica tiene como abjetivo expliear en términos quit ‘cos las estrcturas y funciones bioldgicas. Uno de los enfoques ‘que se han mostrado mis productivos para la comprensién de Jos fendémenos biolégicos parte de la purificacion, a partir de or- -ganismios vivas, de componentes quimicos individuales, como pueden ser las proteinas, para caracterizar sus propledades festruicturales y quimicas. A finales del siglo xvm los quimicos legaron a la conclusion de que la composicién de la materia viva era sorprendentemente diferente de la del mundo inanimado, Antoine Lavoisier (1743-1794) observ6 la relativa simplicidad ‘quimica cel “mundo mineral” en contraste con la complejidad de {os “mundo animal y vegetal”; se sabia que estos iltimos esta ban formados por compuestos ricos en carbono, oxigeno, ni- trogen y f6sforo, Durante la primera mitad del siglo xx, investigaciones Dioquimicas paralelas acerea de la degradacién de ghucosa en levaduras y en células musculares de animales permitieran ob- servar grandes similitudes quimicas entre estos dos tipos de céhilas, aparentemente muy diferentes: la degradacion de la alucosa en Jevadura y en células musculares tiene lugar a tra- -vés de los mismos diez intermediarios quimicos. Exhaustivos estudios posteriores confirmaron la universalidad de esta ob servaci6n, resumida por Jacques Monad: “Lo que es cierto par B. colt es cierto para el elefante”, La nocidn actual de que Jos todos organismos tienen un origen evolutivo comin se basa ‘en parte en esta universalidad cle los intermediarios y las trans- formaciones quimicas. ‘Tan s6lo alrededor de 30 de los mais de 90 elementos qui- ‘micos presentes en la naturaleza son esenciales para los seres vivos. La mayoria de los elementos de Ja materia viva tienen un riimero atémico relativamente bajo; sélo cinco de ellos tienen lun miimero atérnico superior al del selenio, 34 (Fig, 1-12). Los cuatro elementos ras abundantes en los organismos vivos, en. ‘erminos de porcentaje sobre el niimero total de dtomos, son el hidrageno, el oxigeno, el nitrégeno y el carbono, que en con junto representan més del 999% cle Ia masa de la mayorfa de Ins celulas, Son Jos elementos mas ligeros capaces de formar tno, ‘dos, tres v cuatro enlaces covalentes, respectivamente; en ge- neral, os elementos rads ligeros forman los enlaces més fuer: FIGURA 1-12 Los elementos esenciales para la vida y la salud de ls animales. ‘1 Elementos principales © Oligoelemontas ‘os elementos principales (en naranja) son Componentes estructurales de eélulas y tejidos y deben estar presents en la dita en ‘cantdad de gramos diaros, Las necesidades de oligoelemenios (en amarillo) son mucho imenores en el caso del hombre son suficientes unos paces miligramos al dia de Fe, Cu y Zn, e incluso menos de los demas elementos. Las necesidades elementales de las plantas y los microorganisms son thuy similares a las aqut presentadas,tes. Los oligoclementos (Pig, 1-12) representan una fraccién ‘mindscula det peso del cuerpo humana, pera todos ellos son esenciales para la vida, generalmente porque tesultan impres- ‘cindibles para la funcién de proteinas espeeificas, inchs los cenzimas. La capacidad transportadora de oxigeno de la molé- ‘ula de hemioglobina, por ejemplo, depende totalmente de cune ‘tro jones hierro que constituyen slo el 0.39% de su masa. Las biomoléculas son compuestos de carbono con una diversidad de grupos funcionales ‘La quimica de los organismos vivos se organiza alrededor del carbono, que representa ms do la mitad del peso seco de las Ccélulas, El carbono puede formar enlaces simples con dtomos de hidrogeno y tanto enlaces simples como dobles con los ‘tomos de oxigeno y de nitrogena (Fig. 1-13). La capacidad de Jos atoms de carbono para formar enlaces simples carbono- earbono de gran estabilidad es crucial en la biologia. Cada ‘tomo de carbono puede formar enlaces simples con hasta ‘euatto dtomos de carbono diferentes. Dos dtomos de carbono pueden compartir también dos (0 tres) pares de electrones, dando lugar a enlaces carbono-carbono dobles (0 triples) {Los cuatro enlaces simples que puede formar un tomo de ‘carbono se distibuyen tetraclricarente, eon un énguilo de 109,5° -bon i C4 A on bie, apa FHQURA 1-13 versie elace del etho. Econo puede fear eric calc simple, doblry teen ohne tal con os son de catbono os nace perce rvne forse eda, 4.2 Fundamentos quimicos 13 () FIGURA 1-14 Geometra de los enlaces del carbomo, (a) Los dtomnos de carbono preseotan la distibucién tetraédica caracteritica de sus {cuatro enlaces simples. (b) Los enlaces simples carbono-carbono Dresentan libertad de rotacién, que aqui se muesira para el etano (CH.~CHis).(e) Los enlaces dobles son mis cortos y no permite la li- be rolacdin. Los dos carbone unidos por el enlace dole y es tomas sdenomvinados A,B, X eY estén stuados en el mismo plano rigid, enue ellos (Fig. 1-14) y una longitud media de 0,154 nm, Bxiste libertad de rotacion alrededor de cada enlace simple carbono- cearbow1o a no ser que ambos atomos dé carbono estén unidos a ‘Srupos muy voluminosos o cargados, en euyo caso la rotaciémt buede estar restringida. Un enlace doble carbono-carbono es és corto (mide aproximadamente 0,134 nm) y rigid, y per- ‘mite urwrotacién cast nula alrededor de su ej, Los dtotnos de carbono enlazados cavalentemente en las ‘biomoléculas pueden formar cadenas lineales, ramificadas y estnucturas cireulares. A esos esqueletos de carbono sé les afiaden grupos de otros dtomos, Uamados grupos funciona Jes, que conficren propiedades quimicas especificas a la molé- ‘cula. Es probable que la versatilidad de enlace del carbono fuera una de las causas principales de la seleccidn de los com- uestos de carbono para formar parte de la maquinaria mole- cular de las células durante el origen y la evolucidin de los ‘eres vivos. Ningtin otro elemento quimico puede formar mo: {geulas con formas y tamafios tan diferentes o con tanta varie- dad dle grupos fancionales, Puede considerarse que la mayor parte de las biemoléentas ‘son derivadlos de los hidrocarburos, con dtomos de hidrégeno rreemplazados por grupos funcionales para dar lugar a las difee rentes familias de compuestos organicos. Las ms comuines son los alcohioles, con uno o mds grupos hidroxilo, las aminas, ‘con grupos arnino, los aldehidos y las cetonas, eon grupos car. ont, ¥ ls deidos carboxiticos, eon grupos carboxito unidos (Fig. 1-15), Muchas biomoléculas son polifancionales y contio- ‘ren dos o mis tipos de grupos fincionales (Fig, 1-16), eada uno ‘con propiedadies quimicas y reactividad propins. La “personali- ac” quimica de cada compuesto viene dleterminada por la qui- ‘mica de sus grupos funcionales y su disposicion tridimensional4 Ceopiulo1 Fundamentos de bioquimica H a ee - y a x Bile = RCO Aido R-0-1 TY é HH un cmt a me Peas ne “pu Oumidne nto _d ‘a aH he Carbonilo | RCH Tnnidazal Ran (ath) Bae Sultidrito SSH) Dinafare nage Hidroxilo R—O—H Tivéster RE Re (aleahol) oe pe & toe FIGURA 1-18 Algunos grupos funconates comunes de as biomoléculs. Er esta ee eee HS ae figura, asf como en ots alo largo de todo i lio, se tliza la R para representa un susttuyente cualquiera. Puede ser tan simple como un étomo de hidégeno, pero rormament sun grpocarbonado. Kite BEER saames . © ‘Cuando se representan dos 0 mas (dos deidos (Gcido enrboxilicn susttuyentesen una molécula, se emplea carbine) Y eid totéreo; el superindice R, RE, et: Las eélulas contienen un conjunto universal de moléculas pequefias Bn la fase acuosa de una célula (citosol) se encuentran di sueltas de 100 a 200 pequefas moléculas orgénicas diferentes (@f, ~100 4 ~500), que son los metabolitos centrales de las ru- tas principales presentes en la practica totalidad de las célu- 1as—los metabolites y rutas que se han conservado a lo largo de la evolucion-. (Bin el Recuadro 1-1 se encuentra una expli- ccacién de las diversas maneras de referirse al peso molecular ‘tambien llamado acil fosfato) de una sustancia.) En este conjunto de moléculas se incluyen los aminodeidos, nuclectides, azsicares y sus derivados fosfori lados y ciertos dcidos mono-di- y tricarboxilicos, Las molécu- Jas son polares 0 cargadas, solubles en agua y se encuentran ‘en concentraciones que van desde micromolar a milimolar. Se mantienen dentro de la célula porque la membrana plasmé- tica es impermeable g ellas ~aungue algunos transportadores ‘especificos de membrana pueden catalizar el movimiento de ciertas moléeulas hacia el interior o el exterior de la célula 0 centre compartimlentos de las eélulas eucaridticas-. La presen-Sovator snide sito HE ote Fee peenon ig t cate ot bo ie ° neti afore 1.2. Fundamentos quimicos 15 a I mle c tsi el FIGURA 1-16 Algunos grupos funcionales comunes ee enna nica biomoléela !acet-coenzima A -o-P=0 (comdnmente abreviado acetil-CoA) es portador de a ete ups acto en algunas reacciones encimaticas Acetilcoenzima A ‘ia universal del mismo conjunto de compuestos en Jas célu- las vivas es una manifestacién de la universalidad del diseiio metabélico y refleja la conservaci6n evolutiva de las rutas me- ‘tabslicas que se desarrollaron en las células primitivas. Bxisten otras biomoléculas de pequetia masa molecular ue son especificas para ciertos tipos de céhilas u organismes, Por ejempio, las plantas vasculares contienen, ademas de los ‘metabolites ya comentados de cardcter universal, otras molé- culas denominadas metabolites secundarios, que juegan un papel especifico en la vida de la planta. Entre estos metabo: tos se ineluyen compuestos que proporcionan a las plantas su aroma caracteristico y otros como la morfina, quinina, nieotina y cafefna. El conjunto de pequefias moléculas de una eélula determinada ha recibido el nombre de metaboloma de la cé- Lula, sugiriendo un paralelismo con el térinino “genoma” (deti- nido anteriormente y que se comentari mas ampliamente en la Seccién 1,4). $i supiéramos la composicién del metaboloma de una eélula, serfamos capaces de predecir qué enzimas y ru- tas metabdlicas son activos en su interior. Las macromoléculas son los principales constituyentes de las células Gran parte de las moléculas biolégicas son macromoléculas, polimeros de alta masa molecular construldes a partir de pre- ccursores relativamente simples, Las proteinas, los fcidos nu- cleicos y los polisacsrdos son el resultado de la polimerizacicm de subunidades relativamente pequefias de masa molecular relativa igual inferior a 500. E] ntimero de unidades polime- rizadas puede variar entre cecenas y millones. La sintesis de macromoléculas es una de las actividades celulares que mis energia consume, Las macromoléculas pueden formar luego es- Tere) V0); Co) les em =NCoXeNOT I TCer Warce Cente Peso molecular, masa molecular y las unidades que deben utilizarse Existen dos maneras comunes y equivalentes de definir la ‘masa molecular y ambas se utlaan en este texto, La primera ‘es el peso molecular, o masa molecular relativa, represen tados por e simbolo , BI peso molecular ce una sustancia se define como la relacion entre la masa de una molécula de esta sustancia y la duodécina parte de la masa del carbono- 12 (°C), Al definrse como una relacién entre dos valores com las mismas unidades, M-no tiene dimensiones no tiene unidades asociadas-. La segunda es la masa molecular, representada por m. Esta es simplentente la masa de una ‘molécula, ola masa molecular dividida por el rimmero de Avo- gadro. La masa molecular, m, se expresa en dalions (abre- ‘iad Da). Un dalton equivale a una duodécima parte de la ‘masa del carbono-12; an kilodalton (kDa) equivale a 1000 daltons y un megadalton (MDa) a un mulén de daltons Considérese, por ejemplo, una molécula de masa 1000 veces la del agua. De esta molécula podemos decir lo si- guiente: Mf; = 18,000 0 m = 18,000 daltons, Tambien la po- demos deseribir como “una molécula de 18 kDa”. Sin embargo, la expresién M, = 18,000 daltons es incorrecta, tra unidad que stzve para describir la masa de un tnico lomo o una tiniea molécula es la unicad de masa atémica (anteriormente denominada uma, abreviatura que ahora ha sido cambiada por u). Una unidad de masa atémica (I ui) se define como la duodécima parte de la masa de un étomo de ccarbono-12. Puesto que la masa de un ftom de carbono-12. medida experimentalmente es de 1,996 x 10- g, 1 u 1,606 x 10° g. La unidad de masa atémica resulta ade- ‘cuada para deseribir, por ejemplo, la masa de un pico obser~ vado por espectrometria de masas (véase Recuacro 1-2). EO16 Capitulo Fundamentos de bioquimica mnentes moleculares ‘tructuras supramoleculares, dando lugar a unidades fineiona- les fales como Jos ribosomas. En la ‘Tabla 1-2 ge muestran las Drincipeles clases de blomoléculas dle la hacteria E.coli Las proteinas, largos polimeros de aminosicidos, eonstitu- ‘ven, excluyendlo el agua, Ia fracci6n celular ms importante, Al ‘unas proteinas tienen propiedades cataliticas y actiian como enaimas, otras sirven como elementos estructurales, receptores de senales o transportadores que acarrean sustancins especifi- ‘cas hacia o desde el interior de las células, Las proteinas son ‘uizé las biomoléculas mas versitles. Los éeidos nucleicos, DNA y RNA, son polimeros de nuclecitidos. Almacenan y trans- tmiten la informacién genética y algunas moléculas de RNA de- semipefian papeles estructurales y cataliticas en complejos Supramoleculares. Los polisaearidos, polimeros de azicares ‘simples como la glucosa, tienen dos funciones: sirven corn alae ccén de combustibles energéticos y como elementos estructura- Jes extracelulares que proporcionan sitios de Bjacién especticas bara determinacias proteinas. Los polimeros ms cortos de azii- cares (oligosacaridos) acttian como sefiales especificas cuando ‘se presentan umidos a proteinas 0 ipidos de la superficie celular Los lipidos, derivados grasos 0 aceitosos de hidrocarbures, sirven como componentes estructurales de las membranas, re serva de combustible rico en energla, pigmentos y series in- ‘racelulares. En proteins, dcidos nucleicas y polisacdricios el ‘nlimero de subunidades monoméricas es muy grande: la masa ‘molecular relativa de las proteinas oscila entre 5000 y mas de ‘L millén, es de hasta varios miles ce millones en acids nuclei- ‘cos y del orcen de millones en polisacaritlos coma el almidén. ‘Las moléculas individuales de lipido son mucho mais: pequenias (Mf, 760 a 1500) y no se consideran macromoléeulas. Pero la asociacién no covalente de un gran nimero ce molécuilas de I ldo produce la formacién de estructuras de gran tamatio. Las ‘membranas celulares se construyen a partir de enormes agresa- os no covalentes de moléculas de lipides y de proteinas. Las proteinas y los écidlos nucleieos son moléculas in- formativas: cada proteina y cada deido mucleico posee tina secuencia caracteristica rica en informacidn, Algunos oligosa- vidos de estructura ramificada y formacdos por seis o mas aaiicares diferentes son también moléculas portadoras de. informacion y acktan en la superficie celular externa como Puntos altamente espectficos de reconocimiento en muchos: Dprocesos celulares (como se describiré en el Capitulo 7), La estructura tridimensional se describe en términos de configuracién y conformacién {Los enlaces covalentes y los grupos funcionales de las biomo- ‘éculas son de importancia central para su funcién, a igual que la distribuci6n de tos tomas ce una biomolécula en el espacio. tridimensional (su estereoquimica). Los compuiestos de car- bono existen normalmente como estereoisémeros, molécu- las que contienen ios mismos enlaces quimicos pero con una estereoquimica diferente, es decir, con diferente eonfigura- ion o relacin espacial entre sus storos constituyentes. Las interacciones entre las biomoléculas son invariablemente es tereoespecificas, lo que implica que las moléculas que inter- actin deben tener una estereoquimica cancreta. La Figura 1-17 muestra tres formas de llustrar la estruc- tura estereoquimica de moléculas simples. El diagrama en @ ) © FIGURA 1-17 Representacién de moléculas. Tres maneras de repre: senfar la estructura del amjnodcido alanina. a) Féemula estructural ‘en perspectiva: el simbolo (-) representa. un enlace en el que el ‘tomo del extremo més ancho se prayecta hacia el exterior del plano ‘del papel y hacia el lector; el simiolo (=) representa enlaces que es tin dirigidos hacia la parte posterior del plano del papel. (b) Modelo de bolas y varias, donde se observan las longitudes relatvas de los enlaces y ls dngulos de enlace, (c) Mode espacial lleno, en el que cada tomo se presenta con su radio de van der Waalssey Scot oS “coou Acido maleieo (cis) Acid fumarieo (trans) @ oe LU-cis Retinal o -perspectiva especifica la estereoquimica de forma no ambigua, ‘pero los angulos y las distancias de enlace se representan me- Jor con modelo cle bolas yvarills, Br los modelos espacial- rence lenos el radio de cada tomo es proporcional asi radio de van de Waals y 10 contamos del modelo definen el espacio ocupado por la moléela. La configuracin es el resultado de la presencia de (1) en- laces doles, alteddor de los cuales no esis libertad de rota- cin, 0 (2) centros quirales, alrededor de los cuales los grupos: ‘sustituyentes se disponen segiin una secuencia especifica, La caraeterstica que identifica alos isomeros contiguracionaes 5 que no pueden ser intereonvertidos sit romper temporal- mente uno o mas enlaces covalentes, La Figura 1-18a muestra Jas configuraciones del acido maleico y de su isémero, el acido. fumérico, Bstos compuesios son isémeros geométricos © is-trans;lileren en a disposielén de ss grupos sustinyen- 165 con respecto al dable enlace que no posee eapacidad de rotacon (de! atin os, “a este lado” -os arupos se encuentran en el mismo lado el enlace dole; trans, “al otro lado" os grupos se hallan en laos opuestos). Bl ido maico es esd mero cis y el Acido fumarico es el trans; cada uno de ellos es un compuesto ien definide que puede ser xislado y pucif- caso, tenienco cada uno de ellos sus propias caracteristicas quimicas. Un sitio de unién (por ejemplo, en un enzima) que sea complementario para una de estas moiéculas no Jo ser ara Ia. otra, lo cual expliea por qué estos dos campuestos tie- 1.2 Fundamentos quimicos 17 FIGURA 1-18 Configuraciones de isimeros geométricos. (a) Los sé eros como el dcido maleicoy el écido fumstico no pueden inter- ‘converte sin la rotura de enlaces covalentes, proceso que consume ‘mucha energia, (b) En la retina de los vertebrados, el paso inicial del proceso de deteccién de la luz es a absorcién de la luz visible por parte del 11-cis-retinal. La enerpla de la luz absorbida (aproximada- ‘mente 250 kJ/mol) convierte | 11-ci-etinal en todo-tran-retinal, lo ‘que produce variaciones eléctricas en las células de la retina que dan lugar al impulso nervioso. (Obsérvese que en fos models de bolas y ‘arllas de los retinas se omiten los Stomos de hicrégero.) nen papeles bioldgicos diferentes a pesar de ser quimicamente ‘muy parecidos. En el segundo tipo de isomerfa eonfiguraconal, los cus ‘tro sustituyentes diferentes unidos a un dtomo de carbono te traédrico pueden ordenarse en el espacio de dos maneras diferentes (tener dos configuraciones, Fig. 1-19), dando lugar a dos estereoisémeros con propiedades quimicas similares 0 idénticas, pero que difieren en algunas propiedades fisicas y bioldgicas. Se dice que un tomo de earbono con cuatro susti- tuyentes diferentes es asimétrico y los carbonos asimétricos se denominan centros quirales (del griego chives, *mano") ‘Una molécula con un solo earbono quiral puede tener das es: tereoisémeros, mientras que puede haber 2" estereoisémeros ‘cuando tos carbonos quirales son dos © mas (n). Algunos este- reoisémeros son imagenes especulares unto de! otro; son los, Iamedos enantiémeros (Fig. 1-19). Las parejas de esterec- {sdimeros que no son imégenes especulares entre sf se clenomi- ‘an diastereémeros (Fig, 1-20). ‘Tul como observ6 Louis Pasteur (Recuadto 1-2), los enan- tiémeros tienen propiedades quimicas casi iénticas pero se di- ferencian en una propiedad fisica caraeteristiea, su interaccién ‘con la Iuz polarizada. En soluciones separadas, los dos enan- tiGmeros rotan el plano de la luz polarizada en direcciones ‘opuiestas, pero soluciones equimolares de los dos enantiome- ros (mezelas racémicas) no provocan rotaciGn éptica. Los ‘compuestos sin centros quiales no rotan la luz polarizada,18 Capitulo 1 Fundamentos de bioquimica Molécula quiral: Despucs de: ‘hacer roar la molécula noes posible Ssuperponerla sla imagen specular Gel original @ Moléoula aquiral Despucs de hhacer rotar Inmolecula, sta puede superponerse ala imagen fespecuilar del original co} ‘Bnantiomeros (imigencs eapeculares) FIGURA 1-19 Asimetria molecular: moléculas quirales y aquirales. {a Cuando un dtomo de carbona tiene cuata susituyentes diferentes (4, B, X,Y), éstos pueden disponerse de dos maneras diferentes, que den lugar a dos moléculas no superponibles, senda cada una de ellas [a imagen especular de la otra (enantidmeros). Estos stomos de car- ‘bono asimétricos se denominan tomas quiales 0 centios quiales, (b) Cuando alrededor del Stomo de carbona ttraédrico se disponen ‘inicamente tres susttuyertescifeentes (es dect, hay dos susituyentes ‘quale, solamente es posible una configuracin espacial y la molé- ula es simétrica © aquial En este caso la molécula puede superpo- nerse asu imagen especuiar: la molécula de laizquierda, rotando en sentido contrario alas agujas del relo| (cuando se mira hacia abajo porel eje vertical que une A y C), da lugara la molécula del espejo. Dada la importaneta de la estereoquinica en las reaccio- nes entre biomoléculas (como se verd mas adelante), el bio ‘quimico debe poder denominar y representar la estructura de. las biomoléculas de modo que su estereoquimica quede defi- nida sin ambigedad. El sisteraa de nomenclatura RS es el ms uit para compuestos con mas ce un centro quiral. En este sis- tema se asigna una prioridad a cada uno de los grupos unidos ‘un carbono quiral. La prioridad para algunos sustituyentes ‘comunes es la siguiente, —OCH, > —OH >—NH, >—COOH > —CHO> —CH,OH > CH, > Segiin el sistema RS, el atomo quiral ha de mirarse de ‘modo que ol grupo de prioridad més baja (4 en el diagrama de Ja pagina siguiente) quede situada en direecién opuesta al ob- sservador: Si la prioridad de los otros tres grupos (1 a 3) aistni- ‘nuye segiin el sentido de las agtujas de reloj, la eonfiguracién seri (R) (del latin rectus, “derecha") y si va en contra del sen- ‘Bnantiomeros (imagenes espoculares) Diasteroomeros (imagenes no especulares) FIGURA 1-20 Dos tipos de estereoisémeros, Hay cuatro butanas dé Serentes 2,3-bisusituidos (n=2 carbonos asimétieos, por consiguiente 2" 4 estereoisomeros). Cada uno de ellos se muestra en un recta ‘dro como una féumula en perspectiva y como in modelo de bolas varias, el cual se ha rotado para permitr que elector vea todos los ‘pos. Alguns pares de estereoisdmeros son imagenes especulares tuna del oto, siendo por tanto enantismeras. Otros pares no son im genes especulares yreciben el nombre de diastereémeros.RECUADRO. Louis Pasteur y la actividad éptica: in vino, veritas Louis Pasteur fue, en 1843, el primero en en- contrar tuna explicacién correcta para el fené~ meno de la actividad 6ptica. Investigando sobre el sedimento cristalino que se acumulaba enTos barriles de vino (una forma del did tar- tirico denominada cido paratartérico, también conocido como ficido raeémico, del latin race- Sess net teas i ee finas para separar dos tipos de cristales cuva forma era idéntica pero de los que cada uno de ellos era la imagen especular del otro. Ambos posefan todas las propiedades quimicas del 4cldo tartarico pero, al disolverios, uno de ellos ‘haofa rotar la luz polarizada hacia la izquierda (levouiro) y el otro hacia la derecha (dextr6giro). Pasteur describe inter~ pretd el experimento de este modo: Louis Pasteur 1422-1895, En los cuerpos isoméricos, los elementos y las proparcio- nes en las que estén combinados son los misinos, tan s6lo Ta disposicign de los atoms es diferente... Sabemos, por ‘un lado, que las disposiciones moleculares de Ios dos fect dos tartéricos son asimétricas y, por el otro, que estas dis- posiciones son absolutamente idénticas, a excepeién de que exhiben asimetria en direcciones opuestas. {Se en- ‘cuentran los dtomos del deido dextro agrupados en forma do una espiral dextrogira, situados en el apice de un te- ‘racciro irregular, o bien ordenados sein ésta 0 aquella| disposicion asimétrica? No lo sabemos.* 1.2 Fundamentos quimicos 19 Mee LeTO No Mast CHIT Ahora posemos dar una respuesta, Los es tucios eristalograticos con rayos X confirmaron en 1951 que las formas levégira y dextrogira de] cio tartérico son entre ellas imsgenes espect- lares y permitieron establecer la configuracién absoluta de cada tna de ellas (Pig. 1). Se ha uti- lizado la misma metodologia para demostrar ‘que, aunque el aminodcido alanina existe en dos formas enantioméricas (denominadas p y 1), en las protesnas la alanina se presenta s6lo en umta de las formas (el sémero t; véase Capi- tlo 3). BOO aes ore wee Pe pe Hy you nog Vit Acido (2R,3R)-tartérico Acido (28,88)tartérico (dextrogiro) Gevégiro) FIGURA 1 Pasteur separ cristales de dos esteeoisémeros del cid tartirico y demost que las disoluciones de los dos compuestos por separado daban lugar al mismo grado de rotacin de luz polari- 2zatla pero en direcciones opuestas, Mis tarde se demosté que las formas dextgiray lev6gira de Pasteur comespondian a las formas Isoméricas (R.A) y (5,5) aqui mosradas. En el texto se describe el sistema de nomencatura RS, ‘Extraidlo de la conferencia de Pasteur en la Société Chimique de Paris en 1887, citada en Dubos, R. (1976) Lous Pasteur: Free Lance ‘of Science, p. 95, Charles Sribmer’s Sons, New York. tido de las agujas del reloj la configuraciin sera (S) (dol latin sinister, “izquierda”). De esta manera cada carbono quiral es llamado (R) o (5) y la presencia de esas designaciones en el nombre del compuesto proporciona una deseripelén inequi- ‘voea de la estereoguttniea de cada centro qual Dexirogiro Levogiro @ ‘s En el Capitulo 3 se deseribe otro sistema de nomenclatura, el sistema p y 1. Una moléeula eon un solo centro quiral (como el liceraldehido) recibe un nombre no ambiguo con eualauiera de los dos sistemas, Sie CHO, 0-6-4 = OH, ‘enon CH.OH,, 1-Gliceraldehido (S)-Gliceraldehido Bl concepto de conformacién molecular describe Ia dis- posicién espacial de los grupos sustituyentes que tienen liber- tad para adoptar diferentes posiciones en el espacio sin necesidad de romper enlaces, gracias a su libertad de rotacién, Asi, en el etano, un hideocarburo seneill, existe libertacl cast total de rotacién alrededor del enlace simple carbono-carbono. Por lo tanto, son posibles muchas conformaciones diferentes € interconvertibles de la molkcula de etano, segiin el grado de rotacién del enlace (Fig. 1-21). Dos conformaciones son de es- pecial interés: Ia extendida, ms estable que las demds y por tanto la predominante, y Ia forma eclipsada, la menos estable, [No es posible aislar ninguna de estas dos formas conformacio~ rales puesto que se hallan en equilibrio y son interconverti-20 Capitulo 1 Fundamentos de bioquimica ‘Energia potencial (kfmol) Angulo de torsi6n (grados) FIGURA 1-21 Conformaciones.&t cian tione muchas conformacio- res posibles al exist libertad de rotacin alrededor del enlace simple carbono-carbono. En el modelo de bolas y varias, cuando el Stomo ‘de carbono anterior (desde et punta de vista del lector) y sus tres to- mos de hidr6geno rotan com relaci6n al étomo de carbano posterior, la enengia potencial de fa molécula aumenta hasta un maximo en la conformacién completamente eclipsada (angulos de torsién de 0°, 1207, etc) y disminuye hasta el minimo en la conformacién comple- tamente extendida (ingulos de torsidn de 60°, 1807, ete). Las diferen- 6CO, + 610+ energia (reaecién de oxidacién dea glueosa que produce encrgfa) Pricticamente todas las transducciones energéticas de las cé- ulas pueden entenderse como un flujo de elecirones desde ‘una molécula a otra, eri un proceso “cuesta abajo" desde po- ‘tenclales electroquimicos superiores a inferiores; siendo asi, ‘esto es formalmente andlogo al fujo de electrones en un cir- ceuito eléctrico alimentado por una bateria eléctrica. Todas las reacciones que implican un flujo de electrones son reaecio- nes de oxidacién-reduccién: in reactivo se oxida (pierde electrones) y otro se reduce (gana electrones).. Crear y mantener el orden requiere trabajo y energia IDNA, el RNA y las proteinas son macromoléculas informati- ‘vas. Ademas de usar eneraia quimica para formar los enlaces ‘covalentes entre las subunidades de estos polimeros, las eélu- Jas deben invertir energia para ordenar las subunidades en su secuencia correcta. Es extremadamente improbable que los. aminoacidos de una mezcla se condensen esponténeamente ‘para formar una proteina de secuencia tinica. Ello implicaria un ‘aumento del orden en una poblacién de moléculas, lo que con- ‘rastaria con la segunda ley de la termodinamica segiin la eual Ja tendencia de cualquier proceso naturales la de incrementar ‘el desordien del universo: ta entropia total del wniverso esta ‘en consiante crecimiento. Para dar lugar ala sintesis de ma- cromoléculas a partir de sus subunidades monoméricas debe ‘suministrarse energia libre al sistema, en este caso, la cétula 1 desorden de los componentes de un sistema quimico se expresa como entropfa, § (Recuairo 1-2). Cualquier va- rineién en el grado de desorden de un sistema equivale a una va- riacién de entropia, AS, que, con- vencionalmente, adopta valores ositivos cuando aumenta el de- orden. J. Willard Gibbs, que desa- rroll6 la teorfa de las variaciones ‘energéticas durante las reacciones quimieas, demostré que el con- tenido en energia libre, G, de cualquier sisterma cerrado puede definirse a partir de tres magnitire des: entalpia, H, que refleja el iimero y el tipo de enlaces; en- ‘tropia, S; y la temperatura absoluta, 7 (en grados Kelvin). La definicion de energia libre es: @ = /f — TS. Si una reaccion, quitnica tiene lugar a temperatura constante, la variacién de ‘energia libre, AG, viene determinada por la variacién de en- talpia, AH, que refleja el tipo ¥ la eantidad de enlaces quimicos ¢ interacciones no covalentes que se rompen y forman, ¥ la va rlacién de entropia, AS, que describe el cambio en el grado de desoriden del sistema: AG=AH-TAS L.Willard Gibbs, 1839-1903 1.3 Fundamentos fisicos 23. NH Maky a a lm. nt Cv ptt TO-F0-P-0-F-0-CH NPA" 6 8 8 uo Bp fa on On (@®HPHP)-Ribosa—Adenina FIGURA 1-25 Adenosina trifosfato (ATP). La eliminacién del fosfato terminal de ATP (en rosa} mediame rotura de un enlace fosioanh- Arido es altamente exergdnica y se acopla a muchas reacciones en- tdergonicas en la edlula (como on el ejemplo de la Figura 1-266) Un proceso tiende a ocurti esponténeamente solo si AG es negativa, No obstante, la funcién celular depende principal- mente de moléculas ales como proteinas y dcidos nucleic, para las que la energi bre de forinacion es positiva: son me nos estables v més ordenadas que una mezcia de sus compo- nentes monoméricos, Para llevar a cabo estas reacciones que requieren energia (endergénicas), la célula las acopla a otras que desprenden energia libre (reacciones exergénicas), de modo que el proceso sea globalmente exergonico: la surna de las variaciones de energia libre es negativa, Lafuente habitual de energia libre en las reacciones biolégicas acopladas es la. eneraialberada por la hidrdlisis de enlaces fosfoarhirido ta- Jes como los que se encuentran en la molécula de adenosina trifosfato (ATP; Pig. 1-25, véase también Fig. 1-15). Aqui, cada @represeata un grupo fosfoilo: ‘Aminoécidos—+ polimero AO, os psitiva enderpénies) —@®-D—-—O+ PH sees negativa (exergsinica) Cuando estas reacciones estén acopladas, la suma de AG, ¥ AG, es negativa (el proceso glotal es exergénico). Mediante esta estrategia, la célula puede sintetizar y mantener los poli- smeros ricas en informacién esenciales para la vida El acoplamiento energético conecta {as reacciones biolégicas La cuestion central de a bioenergeética es el modo mediante el ‘cual Ia energia obtenida de la huz 0 del metabolisno de los com bbustibles se acopla a la energfa requerida por las reacciones celulares. Para comprender el acoplamiento de la energia es ins tructivo considerar un ejemplo mecanico simple como el mos- trado en la Figura 1-26a, Un objeto situadlo en la parte superior de un plano inclinado pose una cierta cantidad de energia po- tencial como resultado de su elevacidn, Tienda a deslizarse por cel plano, perdiendo su energsa potencial al acercarse al suelo. Si al objeto deslizante se le acopla, mediante un mecanismo de cuerda y polea, un objeto més pequerio, el movimiento espon- tineo hacia abajo del mas grande puede hacer elevar al was pequefo, realizindose trabajo. La cantidad de energia trans- formable en trabajo la variacién en energia libre, AG; esto24 Capitulo 1 Fundamentos de bioguimica RECUADRO 1-3 BIOQUIMICA PRACTICA Entropia: las ventajas de estar desorganizado ‘Bl término entropia, que lterslmente significa “eaaibio en et interior’, fue utilizado por primera vea en 1851 por Rudolf ‘Clauss, uno de los autores que formularon la segunda ley de la termodinamiea, La definieién cusruitativa rigurosa de | entropia implica consideraviones estalistioas v probabslis- seas, No obsiante, se puecle lustrar six naburaleva de forma cualitativa con tres ejemplos sencillos, eada uno de los ca- Jes muestra un aspecto de ln entropia. Los rasyus clave que doseriben la enteopia son azary dsorte, que se manifies- {an en formas diversas, Caso 1: La tetera y fa distribucién aleatoria del calor Sabemos que el vapor que se genera a partir del agua en ebullicion puede realizar trabajo dil. Pero supongamos ‘que apagamos el fogon debajo de uma tetera lena ee agua 100°C (el *sisterua") en la cocina (el “entorno”) y la deja- ‘mos enfriar. A medida que se ena, no se produce trabajo, pero el calor pasar de la tetera al entorno, elevancio la tem- peratura del entorno (la cocina) en uns eantidad infinleest- malmente pequetia hasta aleanzzar el equilibrio completo. En este momento todas las partes de la tetera y de la co- ina estarin exactamonte a la misma temperatura. La ener- sia libre que en un momento estaba concentrada en a tetera de ania caliente a 100 °©, notenciotmnte capa de reall- var trabajo, ha desaparecido. Su equivalents en extensia ca loriea esté ain presente en la tetera + cocina, es decir, el “universo”, pero se Iw disteibnido por completo aleatoria- ‘mente en todo el misiao. Rsta energia ya no sirve para res lizar trabajo porque no hay derencil de Lemperinra dentro de Ia cocins. Ademiés, el aumento de entropia de la cocina (elentamo) es irreversible, Sabemos por experiencia que Plealor nunca vuelve alrés espanineamente desde It co- cia a Ia tetera para valver a elevar la temperatura del agua 210°C, Caso 2: Oxidacién de fa glucasa ‘La entropia es un estado no s6lo de la energfa sino también dle la materia. Los organismos aerdbicos (helerstrofos) ex- ‘raen ener bre de la glicosa obtenida de su entorno a ‘raves de la oxidaci6n de la glacosa con Os, también obte- hida del entomo. Los productos finales de este metabo- lismo oxidative, COy y HO, son devueltos al entorno, En este proceso el entero experimenta un increment de en- ‘ropfa, mientras que el propio orgariisnio permanece en es tado estacionario y no experimenta ningfin cambio en sw ‘orden intemo. Aunque parte dea entropia surge de la disi- pacién de calor, Ia entropia también proviene de otro tipo de desorden, ilustrado por la ecuacion cle la oxidacién de ln lucosa: CqHz20q + 80, —+ 6002 + 6HLO ‘que poddemos representar de manera esquematica coma Tmoléealas 12 moles a se 4 * 0s (eas ee) aa 4 Guess 10 (Gali) FR tH Cintdo) ‘Los slomos contenidos en una moléeula de glueosa mis 6 rmoléculas de oxigen, un total de 7 moléeulas, se dispersan ‘mis al azar por la reuci6n de oxidacién y estén ahora pre- sentes en un total de 12 moléeulas (600, + 6Hy0), ‘Siempre que una reaccién quitmica transcurre de mado que hay un aumento en el nimero de moléeulas, @ cuando ‘na sustancia lida se convierte en praductas liquids « g- sr0808, que permuiten mus libertad para el movimiento mo- lecular que un sdlido, hay un incremento en el desorden -molectilar , par tanto, le entrap. Caso 3: Informacién y ontropia Bl siguiente fragmento ue Julio Geiser Arto IV, Excend 3, es declanado por Bruto cuando se da cuenta de que se ha de en- Irentaral ejército de Marco Antonio. Bs un ordenamiento no al azar yrico en informaciin de 125 letras de alabeto ingles valor serd siempre igeramente inferior ala cantidad teériea de energftlerada, tia cuenta de que una pate de la energin se cisipa en forma de calor de trieeion. Cuanto mayor sea la levacisn del objeto grande, mayor sext el cambio energétion al destizarse hacia abajo (AG) y mayor sera la canted cle bajo que: puede realizar {aGnal es cl equivalente de este proveso en reaceianes qu. cas? En sistemas cerrados, las reaceiones qumicas se pro- dducen espontineamente hasta que se alcanza el equilibrio.. Cuando el sistema esta en equilibria, la velocidad. de forma ld de producto es exactamwente igual ala velocidad en que el ‘producto se convierte en reactiva, Aqui no ay um eanbio nto en la concentraciGn de reactives y productes ¥ se aleanza ‘un estado estacionario, La variacién de energia que se pro- duce cuandy el sistema evolneiona desde su estado inicial al de equilibrio, sin variaciones en la presién y la temperatura, viene daca por la variacién de energya libre, AG. La manitud de AG depende deta reaceién quimmica en particulary de lo le- os que el sistema se eneuentre inicialmente del equilibrio, Cada uno de los compuestes implicados en una reaecién qui mica contiene una elerta cantidad de energia potencial, que uarda relacién con el dmero y el tipo de enlaces. En las