Parte II Estrutura e Catdlise 5 Aminodcidos, Peptideos e Proteinas 6 Estrutura Tridimensional das Proteinas 7 Fungées das Proteinas 8 Enzimas 9 Carboidratos e Glicoconjugados 10 Nucleotideos e Acidos Nucléicos 11 Lipidios ‘12 Membranas 13 Biossinalizagao légicas e Transporte Na Parte I, ressaltamos 0 contraste entre a complexidade da estrutura e das fangdes das células vivas, com a relativa simplicidade das unidades mono- maericas com as quais sao construidas as enzimas, agregados supramolecu- lates ¢ organelas celulares. A Parte Il & dedicada ao estudo da estrutura e da fuxgao das classes principais de constituintes celulaces: os aminoacids e as proteinas (Capitulos 5 8), os agticares € os polissacarideos (Capitulo 9), os nucleotideos ¢ os écidos nucléicos (Capitulo 10), os dcidos graxos ¢ 0s li dics (Capitulo 11), finalmente, as membranas e as proteinas de membrana envolvidas na transduao de sinais (Capitulas 12 ¢ 13). Em cada um dos «2805, comesaremos considerando aestrutura covalente das subunidades sim- ples (aminodcidos, monossacarideos, nucleotfdeos ¢ écidos graxos). Essas su- bunidades séo a parte principal da linguagem dioquimica; adquirir familiari- dade com elas & um pré-requisito para a compreensio dos t6picos mais avan- ‘aos discutidos necte liveo, ber como da intercasante literatura bioquimica que eté em crescimento cada vez mais rapido. Depois de descrevermos a quimica da estrutura covalente das unidades monoméricas, consideratemos a estrutura das macromoléculas ¢ dos comple- 30s supramoleculares delas derivados. Um tema dominante ser aquele das macromoléculas poliméricas existentes nos sistemas vivos, as quais, embora muito grandes, siv cutiladcs quinivas allainente vrdeuadas, win seqaenuias sspecifcas de subunidades monoméricas dando origem a estruturas discretas que desempenham fungies especificis. Fsse tema fundamental pode ser dividi- do em trés principios inter-relacionados: (1) a estrutura singular de cada ma- romolécula determina a sua funcio; (2) as interagSes ndo-covalentes desem- retham um papel critico ne estrutura e na fungao das macromoléculas; (3) as, seyiéacias especiticas das subunidades unguunt ices, nao uiacionuleculs po- liméricas,sdo as portadoras da informardo,e sobre eas esté apoiada a ordem da ual depende o estado vivo. Ardacdo entre estrutura e fancdo 6 especialmente evidente nas protefnas, 4s quais exibem uma extraordingris diversidade de fungSes. Uma seqiiéncia polimérica particular de aminodcidos produr uma estrutura fibrosa forte en- ‘onrrada na la € no cabelo; ume outra sequencia produ uma proteina que trans- porta 0 oxigtnio no sangue, enquanto uma terceira seqtiéncia pode ligar-se a ‘outras proteinas e catalisar 2 quebra das gages quimicas existentes entre seus aminodcidos. Da mesma forma, as funcdes especiais dos polissacsrideos, Acidos tucéicos ¢ lipidios podem set compreendides como uma manifestacio direta as suas estruturas quimicas, com suas subunidades monoméricas caracteristi- Pagina de adorno Visualzacto da exzima quimotripsina, um dos cataisa- Hares holdgiens mais hem conhec los 087ose cas unidas em precisos polimeros funcionais, Os agicares, unidos entre si trans: formam-se cm substéncias que so verdadeiras estoques de energia, ou, em outros casos, em fidras estruturais; 08 nucleotideos polimerizados formam o DNA ou o RNA, cédigos estruturais necessérios para a construcao de toda um organismo, € 08 lipidios agregam-se para formar membranas. O Capitulo 13 unifica a discussdo das fungBes das biomoléculas, descrevendo a maneira pela qual sistemas especificos de sinalizagao podem regular asatividades das biomo- leéculas no interior de uma célula e entre os diferentes orgdos,a fim de manter @ homeostase de um organismo. A medida que caminhamos das unidades monoméricas para os palimerne cada ver maiores, 0 foco quimico muda das interagaes covalentes para as inte rages nio-covalentes, A natureza covalente das subunidades monomeéricas das ligagdes que as conectam em polimeros coloca fortes resiricdes sobre as possiveis formas a serem assumidas pelas moléculas grandes. Sio, portanto, as ‘numerosas interagOes ndo-covalentes que ditam a conformagio nativa estével ¢ Dermitem a flexibilidade necessiria para o exerccio da funcaa hinligien desea macromolécuilas, Veremos que as interagdes ndo-covalentes sio essenciais para « forga catalitica das enzimas, para a interayao critica dos pares complementa~ res de bases nos dcidos nucléicos, para o arranjo e propriedades dos lipidios em membranas e para a interagio de um horménio ou fator de crescimento com seu receptor de membrans. O prinefpie de que as seqiténciae das «em informagao aparece completo no Capitulo 10, na discussio sobre os dcidos amucléicos, Entretanto, as proteinas ¢ alguns polimeros curios de acicares (oli- gossacarideos) tambem sto moléculas ricas em informagao. A seqiléncia de aminoécidos € um tipo de informagdo que ditige o enovelamento da molécula de proteina em uma estrutura tridimensional iinica, e, em tiltima instincia, determina a fungia dela, Algune oligoeeacarideos também tém seqiitncias ini «as ¢ estruturas tridimensionais singulares que podem ser reconhecidas por outras macromoléculas. Para cada classe de moléculas, encontramos sempre uma hierarquia estru- tural similar, na qual subunidades de estruturas fixas s20 conectadas por liga- es de flexibilidade limitadla, para formar mactomoléculas com estruturas tri- dimensinnaic determinadas por interagSee n3o-covalentes. Ecoao macromolé cculas interagem, entdo, entre si, para formar estruturas supramoleculates € organelas que possibilitam a uma célula realizar suas diversas fungoes metabs- licas, As moléculas descritas na Parte II sdo, em seu conjunto, a “substincia” da vida. Comecamos, agora, a estudar os aminoacidos e as proteinas.CAPITULO 5 089 Aminoacidos, Peptideos e Proteinas As proteinas sio as macromoiéculas mais abundantes nas eélu- las vivas. Elas ocorrem em todas as células € em todas es partes destas, As proteinas também ocorrem em grande variedades mi- Ihares de diferentes tipos, desde peptideos de tamanho relativa- mente pequeno até cnormes polimeres com pesos moleculares nafaixa de milhdes, podem ser encontrados em uma tinica célu- la, Ainda mais, a5 proteinas também exibem uma grande diver- sidade de fungbes biolégicas, senco os produtos finais mais im- pastantes das vias de infisrmagio, disenitidas na Parte IV dosie livro. Em um sentido, elas si0 08 instrumentos moleculares por cio dos quai a informayao genética ¢ expressa. Assim, € apro- priado comecar 0 estudo das macromoléculas biologicas pelas proteinas, cujo nome vem da palavra grega protos que significa “aprimeira’ ou a “mais importante’, ‘Ak suas subunidades monoméricas relativamente simples fomnecema chave para a estrutura de milhares de protefnas dife- rentes. Todas as protefnas, sejam das linhagens mais antigas de bactérics,seiam das formas mais complexas de vie {ruidas com © mesmo ubiquo conjunto de 20 aminadcidos,li- sados covalentemente em seqiénciaslineares caracteristicas. Em Virtude de ead um desses aminodcidos ter uma cadeia lateral dis- tintiva, a qual determina as suas propriedades quimicas ese gru- pode 20 moléculas precursoras pode ser considerado como 6 al- fabeto com o qual a linguagem da estrutura protéica € escrita. 0 mais notdvel ¢ que as células podem produrir proteinas com propriedadeseatividades extraontinarizmente diferentes, pela reuniio dos mesmoa 20 aminodcidos em muitas combinagdee ¢ seqUencias diversas. A partir desses blocos formadores, os dife- rentes organismos podem sintetizar produtos largamente dif rentes entre si,como enzimas, hormdnios, anticorpos, transpor- tadores, misculos, proteinas do cristalino do olho, penas de pas- saros,teias de aranha, chifres de rinoceronte, proteinas do leite, anbisticus, vencvos de funngos e una mivtade de outvas substdir- cias, cada uma delas exibindo atividades biologicas caracteristicas (Fig. 5-1), Entre esses produtos protéicas, as enzimas so os que apresentam maior variedade © especializagao. Virtualmente, to- das as reagOes ceulares sao catalsades por enzimas.. Astratura ea fangao das protenas 60 tépieo para ese & os pro sli» és capfiulys Tnikiarenn wn atta dese yu lao propried= des quimicas fundéamentais de aminoacids, peptideos e proteinas. Aminoacidos Asproteinas s8o pelimeros resultantes da desidratagdo de amino- Acido, ¢ cada tesiduo de aminoacido liga-se a seu vizinho por um tipo espectfico de igagio covalente. (© termo “residuo” reflete a perda dos elementos quimicos da égua, quando um aminodcido € tnido a outro.) As proteinas podem ser reduzidas.a seus amino’ cidos constituintes(hidrolisidas) por uma variedade de métodos, ‘cosprimeiros estudossobre as proteins focalizaram, naturalmente, fa) © Figura 5-1 - Algumas funcBes das proteinas (a) uz produzde por vaga-lames @resutante de uma reacdo cue ewole a pro‘ena luciferin OAR, ess acto catalisada pela era luaerase va Aderdo 4- 3) (b) Os eritéitos contém arandes auanticades da rro'einatransne. ‘adora de oxigénio, hemoglcoina, (iA protena queratina é produzida for todos os anmais vertebrados. fla &o principal ompenente estrus fal de cabelo, unhas, ches, 1s, escamas e peras. 0 receronte nego sehagem estd em exingao, om vrtude cos ites exstentes em aigumas fates do mundo de que 6 pé obtido de seus cites tem propriedades afrodsiaces. No reaidade, suas propredaces quimicasnéo dierem em Tada as co pO obtid des ches Borinos ou das unhes humenes.090 08 aminodcidos delas derivados. © primeiro aminodcido desco- herto nas protefnas foi asparagina, em 1806, O altima dos 20, a treonina, somente foi identificado em 1938. Todos os aminosci- dos ifm nomes trviais ou comuns; em alguns casos, esses nornes Iriviais foram retirados ca fonte de que foram tsolados pela pei- meira vez. A asparagina foi encontrada primeiramente no aspar- 20; 0 Acido glutamico foi encontrado no ghiten do trigo:atirosina foi isolada primeira do queijo (assim, o sea nome é derivado da palavra grega tyro, “queijo").A glicina (do grego giykos,“doce”) j assim, nomeada em virtude de seu sabor adocicado, Os aminodcidos tém caracteristicas estruturais comuns ‘Todos 08 20 aminodcidos encontrados nas proteinas sdo a-ami- nofcidos. Fles tm um grupo carboxila e um grupo amino, liga- dos 20 mesmo étomo de carbono (0 carbono a} (Fig. 5-2). Di- ferem entre si por suas cadeias laterais ou grupos R, os cuais variam em estrutura, tamanho e carga elétrica ¢ influenciam a solubilidade do aminodcido em Agus. Os 20 aminodcidos das proteinas sio freqiientemente refericos como 0s aminodcidos primérios para distingui-los dos aminodcidos menos comuns, {que sa0 residuos modificados no interior das proteinas, depois que estas sZo sintetizadas, e de muitos outros tipos de amincd- cidos presentes nos organismas vivos, porém nao ras proteina Os aminodcidos primarios, por convengio internacional, tém sido designados por abreviagies de trés letras (derivadas de seus ‘nomes na lingue inglesa) ou por um simbolo de uma nica letra (Tabele 5-1); ambos usados como abreviataras para indicar a composicao e a seqiténcia dos aminoscidos nas proteinas. Figura 5-2 - Estrutura geral dos aminodcidos encontrados em pro- telnas. Esta esirutura & comum a todos os a-aminoacidos das proteins, exceto um (a prolina, um aminoacido ciclo, @ a excecio). O grupo Rou cadeia lateral em vermalho) igado 2o carbono « (em azul ¢ ciferente em cada um dos aminodcicos Duas convengées, que acarretam na prética ums ceria con- fusdo, sao utilizadas para identificar os carbonos de um amino- Acido. Os carbonos adicionais em um grupo R sao designados por B. ¥, 8, ete. e, assim, s30 nomeados a partir do carbone o. Para a maioria das outcas moléculas organicas, os dtomos de catbono sao simplesmente numerados a partir de uma extremi dade, com maior prioridade para os carbonas com substituin- tes que contém do étomos com os niimeros atémicos mais ele- vados. Por esta iltima convengio, 0 grupo carboxila de um ami- nodcido seria C-1, e 0 carbono a, C-2, Em alguns casos, tais como nos aminoicidos com grupos R heterociclicos, o sistema que utiliza letras gregas ¢ ambiguo, por esse motivo, utiliza-se a convengio numérica e o8 fe GH, —CH, CH, —CH—CH—COO™ ‘NHS “NH, ‘Tabela 5-1 ~ Propriedades e convengies astocladas com os aminoaddos primarios lores de pK, Amineseide Homes ™ °K PK PR et Indice corséncia abrevisdos (00H) (CNH) (grupo A) hhidropético* nas proteinas (%)' Grupos W alifétices, niicrpoleres Glicne wy G8 2 960 397-08 72 Ravina Aa AB 234 i) 601 18 78 Proline Po POI 4991056 6.48 16 52 ating Ml oY 9 232 oe S97 42 co teucina tou Lt 236 9.60 5.98 38 94 Isoleucina le 13 236 968 5.02 45 53 Metonina Met Mas 28 9.21 5.74 19 23 Grupos R aromiticos Feniabrina Pre F165 183 9.13 39 Trosina we Year 2200 9,11 10,07 32 Tiptotane Te W204 2389.39 14 Grupos & ndo-carreg mas polares Serina ser S105 221 9.15 568-08 68 Treonina tw T 19 21 92 587-07 58 Cisteina Gs C12 196 ©1078 8B 507 25 19 Asparagina psn N 132 202 3.80 sar 35 43 Glutamina Gn 0188 217 98 ses as a2 Grupos A carregades positivamente lisira ys kK 146 2188851053939 53 Histdina His W188 tie 917 60078932 23 Auginina wg R174 217 oo 124810768 51 Grupos R carregados megativernerite ‘Aspartate fp D133 8936S 53 Giutamato cue 147 219367425 3.2235 63. Uma escala que coribna hurofobiedade © hirfila dos grupos A pode ser empreyada para preduer qual ammnoaciiosseraa encontagcs em umn ambiente «quo. (valores negatives) ou em un erbente hidrofébico (vdores positives). Yea Capitulo 12. Read de Kyte ) & Doolate RF. (1982) M0. ia. 157, 105-132 * Ocorencis media calclaca emregancowse valores de mas de |.150 proteins. Retrado de Doolitle RF (1989) Regundances in protein sequences, in Preacton of rote Structure and the Pipes of Protein Confarmatin (Fasman GD, ed), Plenum Press, NY, op. 599-623.Lh ia NH. cH, t-Alenina (a) L-Alanina 091 00" 00" £00" 00 ba: ban wt Dono Ld ‘i poe f bu, di ny an o-Alanina t-Alnina——p-Alanira © Figura 5.2 Eeterenieamaria nne awaminnéeldne (a) Oc daic ettereaichmamc da alarina, | eNalanina, cio imagens especilarns nhc supemnniveis lenaniémeros) bie fe) Duas convenctes diferentes para mostrar as canfigurazées esnacias das estereoikdmetas. Nas férmulas em perspectwa (), aS Igagbes em forma de cunha projetam te para a frente do plano do rapel, as ligacdes representadss por linhas pontilhadas projetam-se para tr deste plano, Nas férmblas em projegBo (), a igacSes horizontals sdo assumidas corto projetadas para a frente do plano do papel, as igacées vertcas, para & parte de trés deste plano, Entretento, a3 formulas em projezso séo freqlentemente usadas ao acaso, sem inten8c ce enibir ume configuragso. (stereoquimica espeatica. Para todos os aminoacidos primarios, exceto a glicina, 0 carbone a lige-se a quatro grupos substituintes diferentes: um. grupo carbaxila, um grupo amino, um grupo R ¢ um étomo de hidrogénio (Fig. 5-2; na glicina, 0 grupo R é outro stoma de Iiiugéniv). 0 dtunniv de casbuno & & assim, um centro quiral (veja Fig, 3-9), Por causa do arranjo tetraedrico das orbitais de ligegzo a0 redor do car’xono « dos aminodcidos, os quatro dife- rentes grupos substituintes podem ocupar duas disposicées es- paciais distintas, estas sto, entre si, imagens especulares rio- superponiveis (Fig: 5-3). Essas duas formas representam uma dlasse de estereolsomerus, chamada de enaidmervs (veja Fig, 3-10), Todas as moléculas com centtos quitais s4o também op- ticamente ativas isto é, podem girar a lu2 plano-polarizada (veja ‘Adendo 3-1), Uma nemenclatura especial foi desenvolvida para expeci- ficara configuracio absoluta dos quatro substituintes no éto- smo de carbono assimeurico. As configuraydes ebsulutas de w= cares simples e aminoicidos sao especificacas pelo sistema D, 1 (Fig, 5-4), baseado na configuracdo absoluta do aciicar de trés carhonos, o gliceraldetdo. Essa convengio foi proposta por Emil Fischer em 1891. (Fischer conhecia os grupos em torno do carbono assimétrico do gliceraldeido, mas nao tinhe idéia ‘desua contiguragdo absoluta; sa suposigao for mais tarde con- 1-Gliceraldeido ‘cH CHO 4 HOCH He ¢ ont *CH.OH CHOH D-Gliceraldetde 00 00 nse don nb atin, ty on lana eae Figura 5-4 ~ Relacionamento estérico entre os estereols6meros de alanina e a configuracéo absoluta do L e D-gliceraldeido. Nestas {errs ers nerspectiva. ns cathonns seo alinhadas verticalmente, com ‘.4tomo auiral no centro. Os carbons nessas moléculas sdo numeredos, Inidando-se pelo arupo aldeido ou carboniia de uma extremidade (em vermelho), de 1 2 3, de cima para baixo, conforme mosirado, Quando apreseniado dessa forma, o grupo R do amnodcido (neste caso, 0 grupo rmetia da alenira) esta sempre avaixa do carbene 0. Os L-arrinodcidos so 05 que apresentem o grupo c-amino a esquerda e 0s D-arrinodcidos osque o tém a direita firmada por andlises de difracao de raios X). Para todos os com- postos quirais, os estereoisémeros com configuragao semelhan- te& do L-gliceraldefdo sto denominados L, € os estereoisomeros assemelhados a0 D-gliceraldeido sio designados D. Os grupos fancionais da L-alanina axsemelham-s¢ aoa do 1. gliceraldeido, podendo ser convertidas um no outro por reagdes quimicas. Assim, 0 grupo carboxila da L-alanina ocupa a mesma posiglo em torno do atomo de carbono quiral que o grupo aldeido do L-gliceraldeido, e um aldeido pode ser facilmente convertido (oxidado) em um grupo carboxila. Historicamente, as desig- hayes seunelhautes fed (rains usadas para levuitviatsri (pu ‘voca a rotacdo da luz para a esquerda) e dextrorrotat6rio (pro- voca a rotacio da lu para a direita) (veja Adendo 3-1). Entre- tanto, nem todos os L-aminodcidos slo levorrotatéries, a convencdo mostrada na Figura 5-4 foi necesséria para se evita possiveis ambigidades com respeito a configuracio absoluta, Pela wonvenau de Fischer, Le D refereurse upenus & Luufigu- ragdo absoluta dos quatro substituintes em torno do carbono cuiral. Outro sisteme para especificar a configuracio em toro de ‘um centro quiral &0 sistema RS (explicado no Capitulo 3), que €usado na nomenclatura sistematica de quimica orgénica ¢ des- reve de forma mais precisa a configuragao de moteculas com mais de um centro quiral. Os residuos de aminodcidos nas proteinas sio L-estereolsémeros Quase todos os compostos biclégicos com centro quiral ocor- rem naturaimente em apenas uma forma estereoisomerica, D ou 1. Os aminnécidos nas moléculas protéicas séo sempre L-este- reoisdmeros. Os D-aminodcidos foram encontrados apenas em pequenos peptideos da parede de células bacterianas ¢ em al- guns peptideos que agem como antibisticos. £ notdvel que os aminodcidos das proteinas sejam todos L- estereoisémeros, Como observamosno Capitulo 3, quando com= postos quirais sio formados por reagdes quimicas comuns, re- sulta uma mistura racémica dos ismeros De L. Embora as for- mas De L de moléculas quirais sejam difieeis de ser diferenciadas, ¢ isoladas por um quimice, para um sistema vivo, sdo tao dife- rentes como a mao direita e a esquerda. A formacao de subes- truturas repetitivas estaveis nas proteinas (Capitulo 6) requer, geralmente, que seus aminodcidos constituintes pertengam a uma série estereoquimica. As células podem sintetizar especifi- camente os isomeros | dos aminodcidos, porque o sitios ativos das enzimas sdo assimétricos, 0 que leva 2 esterevespecificidade das reagdes por eles catalisadas,