PRIRODNO-MATEMATIČKI FAKULTET

UNIVERZITET U SARAJEVU

ODSJEK: Biologija

PROTEASOMI

Sarajevo, 2016.
Sadržaj

1. Uvod...............................................................................................................................................2
2. Proteasomi – struktura...................................................................................................................4
2.1 20S podjedinica............................................................................................................................4
2.2 19S podjedinica............................................................................................................................5
3. Proces razlaganja proteina (proteoliza)..............................................................................................6
3. Uloge proteasoma pri ćelijksom stresu i u imunom sistemu..........................................................8
4. Zaključak.........................................................................................................................................9
5. Literatura......................................................................................................................................10

2
 1. Uvod

Nakon što protein obavi svoju funkciju ili biva mutiran, on podliježe razgradnji. Prije otkrića
proteasoma, mislilo se da za razgradnju proteina su odgovorni samo lizosomi sa svojim
enzimima. Međutim, već 1977. godine Alfred Goldberg je otkrio da postoji i drugi
mehanizam razgradnje proteina, u ćelijama koje nemaju lizosome. Kasnija istraživanja su
potvrdila nove proteaze za koje se nije znalo te određene proteine (ubikvitine) koji sudjeluju
pri razgradnji. Prvobitno nazvan ATP-zavisni proteolitički kompleks je bio zaslužan za
ubikvitin-zavisnu degradaciju proteina. Ovaj multiproteinski kompleks kasnije je dobio ime
26S proteasom.
Proteasomi su, zapravo, kompleksi proteina koji imaju reciklirajuću funkciju. Oni
obezbjeđuju kontrolirani metod razgradnje proteina (proteliza) do malih peptida ili
aminokiselina koji se mogu ponovo upotrijebiti za npr. sintezu novih. Pomoću proteasoma,
degradacija proteina je selektivna. Oni proteini koji trebaju biti razloženi moraju se prvo
obilježiti i tek onda mogu ući u proces proteolize u proteasomima. Ovi kompleksi su nađeni
kod svih eukariota i Archaea, a i kod nekih bakterija.
U ovom semianrskom radu ću pobliže objasniti samu strukturu proteasoma, funkciju njihovih
komponenti te ću opisati proces proteolize. Pored toga govorit ću i o ulogama proteasoma u
određenim stanjima ćelije.

3
 2. Proteasomi – struktura

Najbolje opisani proteasomi su oni nađeni kod sisara. To su citosolni 26S proteasomi. Jedan
ovakav kompleks građen je od dvije vrste podjedinica: jedna 20S i dvije 19S podjedinice
(slika br 1.). Proteinska ili 20S podjedinica predstavlja jezgro ovog kompleksa cilindričnog
oblika sa dubokim centrom i u njoj se odvija veći dio razgradnje proteina. Reagulatorne ili
19S podjedinice su tzv. ''poklopci'' koji sa nalaze s oba otvora 20S podjedinice. Na ovim
podjedinicama se nalaze multipla ATPazna aktivna mjesta kao i ubikvitin-vezna mjesta.
Ubikvitin-vezna mjesta prepoznavaju i vežu poliubikvitirane proteine i proslijeđuju ih u
jezgru proteasoma, što ću
kasnije pobliže objasniti.

Slika br 1. – Prikaz struktura

proteasoma. Plavi dio
predstavlja 20S podjedinicu
dok crveni dijelovi 19S
podjedinice.

Postoje još i 11S podjedinice, tzv. alternativne regulatorne podjedinice koje su povezane sa
20S podjedinicom na isti način kao i 19S. Ovi proteasomi uglavnom vrše degradaciju stranih
proteina nastalih nakon virusne infekcije.

2.1 20S podjedinica

Postoji veliki broj različitih kombinacija komponenata koje čine 20S podjedinicu. Više se
razlikuju oni kod višećelijskih organizama nego kod jednoćelijskih, također i više kod
eukariota nego kod prokariota. Međutim, sve 20S podjedinice sadrže 4 heptamerna prstena i
svaki od njih je građen od dvije različite komponente: α-podjedinice (koje su uglavnom
gradivne) ili β-podjedinice (katalitičke). Svaki od dva vanjska prstena tj. koja su u kontaktu sa
19S podjedinicom, sastoji se od 7 α-podjedinice. Oni reguliraju prolaz supstrata u centar
čitave 20S podjedinice. Dva unutrašnja prstena, građena od po 7 β-podjedinica, sadrže

4
proteazna aktivna mjesta koja vrše proteolizu. Dosad su otkrivene tri različite vrste proteaznih
reakcija: himotripsinke, tripsinske i peptilglutamil-peptid hidrolizirajuće reakcije.

2.2 19S podjedinica

Ove podjedinice, nazvane ''proteasomalni poklopci'', su multifunkcionalni kompleksi koji

reguliraju proteasomlanu funkciju. Na supstrat, odnosno proteine, djeluju višestruko:

1. Vrše identifikaciju,
2. Vezuju proteine označene ubikvitinima,
3. Vrše deubikvitinizaciju,
4. Razmotavaju proteine,
5. Translociraju ih do proteolitičke unutrašnjosti 20S podjedinice.

Svaka 19S podjedinica je dalje građena od 2 podkompleksa: baze i poklopca. Baza sadrži 6
ATPaznih komponenata poredanih u prsten i 4 regulatorne komponente koji su zapravo
receptori za ubikvitin. Poklopac sadrži 9 različitih podkompleksa koji imaju ulogu odvajanja
ubikvitina od supstrata. Vezanjem ATP-a i njegovom hidrolizom obezbjeđuje se energija za
odmotavanje proteina, ali samim vezanjem ATP-a pospješuju se ostali procesi kao što su
otvaranje poklopca, translokacija supstrata i proteoliza.
Regulatorna 19S podjedinica je odgovorna za stimuliranje 20S podjedinice da degradira
proteine. Njena ATPazna regulatorna komponenta ima funkciju da otvori ulaz 20S
podjedinice, obezbjeđujući prolaz supstratu u unutrašnjost proteolitičkog dijela jezgre.

5
3. Proces razlaganja proteina (proteoliza)

Proteoliza predstavlja proces razglaganja proteina na manje polipeptide ili aminokiseline.

Ovaj proces je kataliziran ćelijskim enzimima pod nazivom proteaze. Ove proteaze s enalaze
u lizosomima i unutar proteasoma. U ovom dijelu ću opisat proces proteolize posredovan
proteasomima.

Proces počinje označavanjem određenih proteina za razgradnju. Proteini se označavaju tako

što se za njih vežu molekule ubikvitina. Taj proces kataliziraju enzimi ubikvitin-ligaze.
Protein za razgradnju mora biti označen sa najmanje 4 ubikvitin monomera u obliku
poliubikvitinskog lanca kojeg će proteasom prepoznati.

Nakon što je protein ubikvitiniran, on biva prepoznat od strane 19S regulatorne podjedinice
uz vezanje ATP-a. Nakon ovog, proteinski supstrat mora ući u unutrašnjost 20S podjedinice.
Unutrašnjost centralnog dijela 20S podjedinice je veoma uska i regulirana je vratima od trane
α-prstenova. Zato proteini koji trebaju ući u 20S podjedinicu se moraju razmotati. Proces
razmotavanja i ulaska proteina u 20S podjedinicu se naziva translokacija. Za razmotavanje
proteina potrebna je energija koja se dobija hidrolizom ATP-a dok za samo translokaciju nije
potrebna energija.

Nakon prodora supstrata u unutrašnjost 20S podjedinice nastupa degradacija. Unutršanjost

20S podjedinice sačinjena je od 2 β-prstena i normalno ne propušta djelomično degradirane
produkte, već ona reducira supstrast na 7-9 dijelova mada taj raspon ide i od 4 do 25.
Mehanizam proteolize u navedenim prstenovima je vršen pomoću tzv. trionin-zavisnog
nukleofilnog napada. Ovakav mehanizam može da ide uz prisustvo molekula vode koje služe
za deprotonizaciju reaktivnih hidroksilnih grupa (slika br 2.). Trionin proteaze za katalizu
koriste sekundarni alkohol svog N-terminalnog dijela kao nukleofil. Kataliza ide u dva
koraka:

6
 1. Nukleofilni dio
napada supstrat
gradeći kovalentni
acil-enzim
intermedijer i daje
prvi produkt
2. Nakon toga ovaj
intermedijer biva
hidroliziran uz
molekule vode da bi se oslobodio enzim te daje drugi produkt

Slika br 2. – Hidroliza proteina uz prisustvo molekula vode.

U većini slučajeva proteasomi produkuju veoma kratke peptidne fragmente, međutim

nekad su i ti fragmenti biološki aktivne i funkcionalne molekule.

7
 3. Uloge proteasoma pri ćelijksom stresu i u imunom sistemu

Kao odgovor na ćelijski stres (toplinski šok, oksidativna oštećenja, infekcije), proteini
toplinksog šoka prepoznavaju proteine koji su pogrešno presavijeni ili su razmotani te ih
označavju za proteasomalnu degradaciju. Neki od tih proteina eksponiraju hidrofobne dijelove
na površini razmotanih proteina te stimuliraju ubikvitin-ligaze na označavanje proteina. Slični
mehanizmi postoje i za degradaciju proteina koji su oksidativno oštećeni. Proteasomi koji se
nalaze u blizini jezgre, regulirani su pomoću ADP-riboziltransferaza. Ovakvi proteasomi
razgrađuju nepravilno oksidirane histone. Oksidirani proteini često stvaraju velike amorfne
agregate koji se nakupljaju u ćeliji. Oni mogu biti razloženi direkto od strane 20S podjedinice
bez 19S regulatornog dijela i ne zahtijevaju hidrolizu ATP-a niti označavanje ubikvitinom.

Proteasomi igraju veoma važnu ulogu u adaptivnom imunom sistemu. Peptidni antigeni koji
su izloženi na površinu antigen-prezentirajućih ćelija su zapravo produkti proteasomalne
degradacije patogenih proteina. Proteasomi koji uglavnom vrše ovu degradaciju su inducirani
γ-interferonom. Ovakvi proteasomi obično imaju 11S podjedinice umjesto 19S podjedinica i
one imaju ulogu produkcije MHC liganada (major-histocompatibility-complex). Pored 11S
pdojedinica, njihove 20S podjedince su građene od specijaliziranih β-prstenova, te kao takvi
kompleksi se nazivaju imunoproteasomi. Nešto drugačije varijante ovih su nađene u timusu,
nazvane timoproteasomi i njihova uloga još nije poznata.

8
 4. Zaključak

Proteasomi su ćelijske čestice koja vrše reciklažu proteina. Proteini trebaju biti razloženi iz
više razloga. Oni podliježu razlaganju kada su oštećeni, kada su dio virusa ili kada
jednostavno nisu više potrebni. Proteasomi obezbjeđuju konotrliranu razgradnju unutar ćelije.
Može se reći da oni ''sjeckaju'' proteine na manje dijelove koji su građeni od samo 2
aminokiseline, maskimalno do 25 aminokiselina. Unutar njihovog dijela, 20S podjedinice,
svaki dio ima poseban afinitet prema određenoj sekvenci aminokiselina te tako razlikujemo i
tri vrste spomenutih proteaznih reakcija.

Obrađujući ovu temu zaključila sam da ćelije produkuju specijalizirane proteasome za

degradaciju određenih proteina. Na primjer, kada je ćelija inficirana virusom, inducirani
proteasomi razgrađuju virusne proteine te ih ćelija eksponira na površinu i na taj način
obavještava imuni sistem o infekciji. Sve u svemu, proteasomi su neophodan dio ćelije jer
sami lizosomi ne mogu razgraditi proteine i omogućiti njihovu dalju upotrebu. Kao što sam
već navela i nakon razgradnje proteina u proteasomu, nekad nastaju i produkti koji imaju i
dalje neku biološku funkciju u ćelijskom ciklusu.

9
 5. Literatura

Cooper, G.M., & Hausman R. E. (2006)“. The cell: A molecular approach, ASM, Press and Sinauer
Associates, Inc.

https://pdb101.rcsb.org/motm/166
(Preuzeto dana 17.11.2016.)

http://www.hhmi.org/biointeractive/proteasome
(Preuzeto dana 17.11.2016.)

https://en.wikipedia.org/wiki/Proteolysis
(Preuzeto dana 17.11.2016.)

http://www.nature.com/cr/journal/v26/n8/full/cr201686a.html?cookies=accepted
(Preuzeto dana 17.11.2016.)

https://en.wikipedia.org/wiki/Proteasome#Discovery
(Preuzeto dana 17.11.2016.)

https://en.wikipedia.org/wiki/Threonine_protease#mechanism
(Preuzeto dana 18.11.2016.)

10
11