М. Поповић, М.
Минчева
Добијени масени удели елемената у ћелијској сувој материји
претворени су у једначине у молске фракције
, !
в
Ј
в
и
М. М.
р; р сар., 1991]. Садржај елемената који уфлЗбог тога су термодинамичка
Кс
кЈ ¼ Ј и ;и
где је хЈ је молски удео елемента Ј у ћелијској сувој материји и М р, Јје
моларна маса елемента Ј. Збир је над свим елементима присутним у
ћелији. Коначно, из података о молом уделу, формуле за јединицу
угљеника (УЦФ) су добијене дељењем молског удела сваког елемента са
уделом угљеника, кЦ.,
кЈ
н прецизнија [Вон Стоцкар и Лиу, 1999], коришћена је за израчунавање
Ј¼ кЦ
где је нЈ је број атома елемента Ј у УЦФ.
За вирусе познате капсидне структуре, елементарни састав израчунат
је из капсидне структуре, секвенце капсидних протеина и генетског
кода, како је описано у [Јовер и сар., 2014]. Сви анализирани вируси
састојали су се од генетског материјала (ДНК или РНК) упакованог у
протеинску капсиду. Капсид се обично састоји од много копија једне
или неколико врста протеина. Дакле, ако је познат број копија сваког
протеина, као и његова аминокиселинска секвенца, може се одредити
број атома сваког елемента у капсиди. Слично томе, генетски материјал
састоји се од једног или неколико дугих ланаца направљених од четири
нуклеотида (АТГЦ за ДНК, у случају РНК У уместо Т). Дакле,
користећи софтвер направљен по мери, атоми сваког елемента су
пребројани и сабрани у свим остацима који садрже секвенце вирусне
нуклеинске киселине и протеина. У случају протеина, ако постоји
неколико копија протеина у капсиди, број атома у једном протеину се
вишеструко сложи са бројем копија.
За вирусе код којих тачна структура капсида није била позната и
вирусе који садрже липиде, молекуларни састав је коришћен за
одређивање емпиријских формула, као што је описано у [Ванг и сар.,
1993]. Молекуларни састојци вируса припадајуфиве главне категорије:
РНК, ДНК, протеини, липиди и угљени хидрати не-нуклеинске киселине
[Витез, 1975]. Подаци о молекуларно-уларном саставу вируса преузети
су из литературе [Витез, 1975] у облику масеног удела и претварају у
молске фракције помоћу Ек. (4). Моларне масе молекуларних састојака
добијене су из њихових емпиријских формула. За емпиријску формулу
РНК узета је просечна РНК свих РНК вируса разматраних у методи
пребројавања атома ЦХ1.2316О.0.7610Н.0.3967П.0.1050, ДНК је узета као
просечна ДНК свих ДНК вируса разматраних у методи пребројавања
атома ЦХ1.2555О.0.5840Н.0.3796П.0.1022, протеински састав је узет као
просечан састав вирусног протеина свих вируса разматраних у методи
пребројавања атома ЦХ1.5692О.0.3085Н.0.2708С.0.0061, састав липида
представљен је саставом људских липида ЦХ 1.9216О.0.1176 [Ванг и сар.,
1993] и састав не-нуклеинске киселине угљених хидрата представљен је
емпиријском формулом угљених хидрата ЦХ2О. Количина сваког
елемента
1 1
Ц.нЦХ.нХО.неН.нНП.нПС.нСНанНаК.нКМгнМгЦанЦаКл
нЦл þ нЦ. þ =4нХ. þ 1 =4нП. þ 1 þ
1 1 1 1
О.2 → нЦ.ЦО2 þ =2нХ.Х.2О. þ
þ=2нН.Н.2 =4нП.П.4О.10 .нС.ТАКО3 þ =2нНаНа2О. þ=2нК.К.2О. .нМгМгО .нЦаЦаО .нКлХЦл
у вирусу је емпиријска формула пронађена као
н представља живу материју. Стандардна енталпија сагоревања живе
Ј;
н Икс
Ј и и (6)
¼ Кси
где је нЈ је број атома елемента Ј у вирусу емпиријски
формула, нЈ, и је број атома елемента Ј у емпиријској формули
Хелиион 6 (2020) е03933
молекуларног састојка и и кије молски удео састојка и у вирусу.
Збрајање је завршенофиве класе молекуларних састојака.
Да би се осигурало да подаци буду конзистентни, добијени су
елементарни састави полиовируса коришћењем обе описане методе и
упоређени са литературном експерименталном вредношћу [Молла и
својства највише Ц, Х, О и Н била у сагласности са тачношћу од 2%.
(4)
2.2. Термодинамичка својства животне материје
На основу елементарног састава термодинамичка својства живе
материје могу се израчунати на два начина: методом Баттлеи и Роелс.
Обе методе су прегледане у наставку. Пошто је Баттлеи метода
(5) термодинамичких својстава живе материје представљене у одељку
Резултати и дискусија. Роелс метода је коришћена за проверу да ли ће
промена модела за процену термодинамичких својставафлутичу на
закључке рада.
2.2.1. Баттлеи метода
Термодинамичка својства вируса и ћелија израчуната су из
елементарног састава, како је описано у [Поповић, 2019]. Елементарни
састав живе материје може се користити за одређивање њене енталпије
формирања путем Пател-Ерицксонове једначине и класичне реакционе
термохемије. Једначина Пател-Ерицксон заснива се на чињеници да је
топлота која се ослобађа током сагоревања пропорционална броју
електрона пренетих у кисеоник. За живу материју, Пател-Ерицксонова
једначина има облик [Пател и Ерицксон, 1981; Баттлеи, 1998]
кЈ
Ц. Х0 ¼ 111: 14 мол ⋅ Е. (7)
гдеЦ.Х.⁰ је стандардна енталпија сагоревања живе материје и Е је број
електрона пренетих у кисеоник током сагоревања у ЦО 2(г), Х.2О (л),
Н.2(г), П.4О.10(с) и СО3(г) (за дискусију о другим конвенцијама које се
тичу СО3 Молим те погледај [Поповић, 2019]). Током сагоревања, атом
Ц даје своја 4 валентна електрона О, Х даје 1, Н не даје ниједан, јер се
þ
претвара у Н2, П даје 5, а С 6. 6. Неоргански јони, попут На и Мг
2þ
нису укључени, јер су већ у свом највишем оксидационом стању и не
могу да преносе ниједан електрон у кисеоник [Баттлеи, 1998]. Дакле, Е
се израчунава помоћу једначине
Е ¼ 4 нЦ þ нХ 2 нО 0 нН þ 5 нП þ 6 нС (8)
где је нЦ., нХ., нО., нН., нП. и нС. су број атома Ц, Х, О, Н, П и С у
емпиријској формули биомасе [Пател и Ерицксон, 1981; Баттлеи, 1998].
Ако било који од ових атома није присутан, само се занемарује током
прорачуна [Баттлеи, 1998].
Процес сагоревања живе материје може се представити општом
хемијском реакцијом облика
1 1 1 1 1 3 1 1
=2нС.
=4нНа þ =4нК. þ =2нМг þ =2нЦа þ=4нФе =2нО. =4 нКл
1 ð9Þ
где је формула Ц.нЦХ.нХО.неН.нНП.нПС.нСНанНаК.нКМгнМгЦанЦаКлнЦл
материје
Ц.Х.⁰, то је енталпија реакције (9), може се наћи једноставним
термохемија [Аткинс и де Паула, 2014], као разлика
између
стандардних енталпије од формација, фХ.⁰, производа и
реактанти
 3

Коначно, комбиновањем стандардне енталпије и ентропије

формирања могуће је израчунати стандардну Гиббсову енергију
формирања живе материје,