EQS univou strukturne organizacije: DNK je u principu dvolanéani_ heliks, dok je RNK jednolanéani molekul. DNK se ne hidrolizuje u prisustvu alkalija, kao Sto je to slucaj sa RNK. RNK su mnogo manji molekuli izgradeni od nekoliko destina do nekoliko hiljada nukleotida. RNK se ne nalazi u obliku dvostrukog heliksa, mada unutar lanca moze do¢i do komplemen- tarnog sparivanja azotnih baza: A-U i C-G. Vazno je istati da éelija sadrzi pet do deset puta vecu koliginu RNK od DNK, jer dok DNK upravija sintezom proteina, RNK neposredno uéestvuje u realizaciji ovog procesa. Brza razgradnja RNK je razlog sto je ovaj molekul, koji je prvobitno imao ulogu naslednog materijala, u toku evolucije zamenjen mnogo stabilnijim i podesnijim molekulom DNK. STRUKTURA I ORGANIZACIJA HROMOZOMA Molekuli DNK kao glavni nosioci genetitke informacije organizovani su u hromozome. Prema tome, hromozomi (od gréke reéi: obojeno telo) u najgirem smislu predstavljaju zapakovane molekule DNK, u kojima su sadréane genetitke informacije svih organizama. U prokariotskoj éeliji u regionu nukleoida postoji samo jedan hromozom koji je najéeSée cirkularnog oblika, u kome je DNK “ogoljena” tj. nije povezana sa proteinima i nije odvojena membranom od citoplazme u kojoj se nalazi. Medutim, tak je i kod Prokariota duzina DNK u hromozomu mnogostruko veca od promera felije. Tako na primer DNK molekul Esherihie coli 850 puta premaguje dijametar bakterije. Ova disproporcija je jo8 daleko izrazenija kod eukariota, pa i kod goveka. Smatra se da je ukupna duzina DNK Jjudskih hromozoma u jednoj éeliji oko dva metra, dok je dijametar jedra svega oko 2 im, Sto znaéi da se DNK komprimuje ~ sabija vige stotina hiljada puta. Imajuéi u vidu da organizam toveka poseduje oko 10! éelija, jednostavnom raéunicom se dolazi do podatka da je ukupna duzina DNK molekula svih Ijudskih éelija veéa od rastojanja izmedu Zemije i Sunca, koje iznosi viSe od 150.000.000 km. Sve to govori da je proces pakovanja DNK u hromozome ne samo nuzan veé i zadivijujuée mogué. Specifiéno “pakovanje” molekula DNK dovodi do njegove spiralizacije i kondenzacije niti, gime je stvorena moguénost smeitanja naslednog materijala u tako malo éelijsko jedro. OSNOVNI ELEMENTI HROMOZOMA EUKARIOTA Ujedru telesne éelije kod Eukariota DNK je zapakovana (podeljena) u najmanje dva hromozoma. Ovo stoga 8to je za telesne éelije Eukariota karakteristiéan diploidan __set hromozoma (2n), koji gine parovi homologih hromozoma. Nasuprot tome, zrele polne éelije imaju samo po jedan hromozom iz para, tj. haploidan set hromozoma _(n). Broj hromozma je karakteristi¢an za vrstu, pa se tako u telesnim éelijama goveka nalazi 46 hromozoma, dok, na primer, voéna musica Drozofila (Drosophilla melanogaster) ima 8 hromozoma, mi 40, a pas 78 hromozoma. U svom stvarnom izgledu, kao telasca koja se dobro boje, hromozomi su dostupni posmatranju samo u odredenoj fazi ¢elijskog ciklusa. Van deobe, u periodu interfaze, oni nisu vidljivi pod svetlosnim mikroskopom, jer su despiralizovani a hromozomski materijal je rasprien u jedru. Medutim, i u ovom periodu je oéuvana njihova osnovna molekularna grada: “jedan molekl DNK u kompleksu sa proteinima Gini jednu hromatidu hromozoma. Svaka hromatida sadr#i po jedan linearni dvolanéani molekul DNK, koji se pruda titavom njenom ~ duzinom. Tokom pripreme za deobu éelije (uS_ fazi interfaze) dolazi do udvajanja molekulaoo DNK_ tj. replikacije, nakon koje se svaki hromozom sastoji od dve _identiéne sestrinske hromatide koje su medusobno povezane centromerom, Sa potetkom ¢elijske deobe dolazi do skra¢ivanja i zadebljavanja hromozoma, koji se vide kao konéiéi. U stadijumu metafaze hromozmi postaju jasno uoéljivi: tada su oni najkra¢i, najdeblji_i istovremeno se najbolje boje, pa su time i podesni za _posmatranje. Hromatida_ metafaznog hromozoma dostize promer_od_ ) 700nm, a DNK je __éak [350 puta) kondenzovanija)u odnosu na svoje izduzeno, “ogoljeno stanje. Napominjemo da maksimalno savijanje i kondenzacija DNK dovode do bloki- ranja transkripcije, pa je u ovoj fazi geneticki materijal neaktivan.) | |] Pod mikroskopom se jasno uotava tipitan oblik metafaznog hromozoma, koji se sastoji od dva identiéna i simetriéna dela - tj, od dve sestrinske hromatide. | Poéetkom anafaze hromatide. se_medusobno razdvajaju tinedi pojedinatne hromozome, koji u toj formi ostaju sve dok se ne replikuju u S$ fazi naredne interfaze. Dakle, u tom periodu se_ svaki hromozom sastoji od po jedne hromatide. Bez. obzira na razlike izmedu eukariotskih hromozoma, zajednitko za sve je da poseduju: centromeru, teleomere i vise replikacionih ‘potetaka. : in a Centromera - ili primarno suienje tj. primarna konstrikcija hromozoma je region koji spaja dve sestrinske hromatide. Istovremeno, ona deli hromozom na dva kraka. Kraéi krake se po dogovoru oznaéava sa “p”, od francuske regi petit, kratki, Dudi krak se dogovorno oznatava sa jer to slovo sledi posle “p” u francuskom alfabetu. | Prema polozaju centomere imedusobnom odnosu duzine p i q kraka, hromozomi mogu da budu: metacentriéni (kada je centormera postavijena na sredini, a ), submaracentriéni_(kada je centromera pomerena ka jednom kraju, a p 3 ii >t i ai a a 13 #14 #15 es rE ae te 19 20 21 22 Kariotip éoveka — G trake a 5 88 preparata je isti. Prvi korak je zaustavljanje Sto veceg broja ¢elijskih deoba u metafazi, delovanjem neke od supstanci koja spretava formiranje deobnog vretna (kolhicin, vinblastin).. U drugom koraku se ¢elije iziazu hipotoni¢nom rastvoru KCl, kada usled bubrenja_prskaju €clijske membrane, Hromozomi se zatim fiksiraju i “Sire” na predmetnim staklima. Nakon bojenja, hromozomski preparati se posmatraju pod mikroskopom. Odabrane —_hromozomske garniture zatim “mogu dase fotografiSu, hromozomi se isecajuiredaju.ukariogram. Klasiéno bojenje preparata bojom Gimza (Giemsa) omoguéava uogavanje hromozoma i svrstavanje po grupama. S obzirom da u kariotipu toveka vise parova hromozoma lige jedan na drugi, ovom metodom nije moguée njihovo pouzdano razlikovanje, Precizna__identifikacija _hromozomskih parova moguéa je posle obrade preparata specifiénim tehnikama. Primenom_tehnika_ traka dui hromozoma se pojavijuju svetle i obojenosti karakteristiéan za odredeni par. NajéeSée se_—_koristi tehnika G-traka, u kojoj se pod dejstvom —enzima__tripsina najpre vr8i delimigna hidroliza proteina iz hromozma, a zatim bojenje Gimzom. Pokazalo se da su tamne G trake mesta sa_ vecéom kondenzacijom hroma- tina, u njima se DNK tamnije_ boji, Sto ée reéi da odgovaraju heterohromatinu, Svetle G trake odgovaraju euhromatini iu njima je smeStena vedina aktivnih gena, —Strukturno, ‘tamne G trake sadrie veéu koliginu A-T parova, dok se u_ svetlijim trakama nalazi veéa kolitina G-C parova, v 12 17 16 iute a U_ specifignim- sluéajevima _koriste_se tehnike R traka (obrnut odnosno reverzan raspored u odnosu na G trake), C traka (boji se, ‘heterohromatin centromera i sekundarnih, konstrikeija) i dr. Prema Pariskoj konvenciji citogeneti¢ara (1971. god) hromozomi toveka obradeni tehnikom G ili R traka defini8u se samo rednim brojem, a ne i grupom, Na osnovu specifignog rasopreda traka izvrSena je i podela hromozomskih kraka na regione i subregione, koji se oznatavaju brojevima potevsi_od centromere ka telomerama, Na standardnim preparatima metafaznih hromozma toveka moze se uotiti oko 300-400 G-traka po haploidnom setu, Danas je moguéa i preparacija hromozoma koji se nalaze na prelazu profaze i metafaze, pa @ak iu profazi, Obzirom da oni jo8 uvek nisu potpuno Kondenzovani, po haploidnom setu se uotava tak i do 2000 traka. Nove tehnike u obradi hromozomskih preaprata gine spoj klasiéne citogenetike i metoda molekularne _genetike._ Metoda fluorescentne hibridizacije in situ - FISH omoguéava da se primenom_fluorescentno_ obetezenih proba prikazu odabrani_delovi_ _hromozoma. Iz nje se raavila tehnika nazvana “slikanje hromozoma” (engl. “chromosome painting”) kojom se na istom principu mogu dobiti ditavi hromozomi, pa i ceo kariotip, “obojeni” razligitim fluorescentnim bojama. ‘Ovim tehnikama postize se identifikacija i lokalizacija pojedinih hromozoma @ak i u jedru u interfazi. (Detalinije u poglaviju Metode molekularne genetike) Zahvaljujuéi analizi kariotipu éoveka doslo se do znatajnih saznanja o njegovim svojstvima u normalnim i patoloskim stanjima. Pored odgovora o broju i obliku hromozoma utvrdena su i mnoga genetitka odstupanja, koja mogu biti manje ili vie Stetna, a mnoga su i letaIna, Tako je kod dece sa Daunovim sindromom jo 1963. god. utvrden poveéan broj od 47 hromozoma u somatskoj éeliji, sa viskom jednog malog —_akrocentrika hromozoma 21. Time je po prvi put otkrivena direktna veza izmedu anomalije kariotipa i bolesti Coveka. Kako u oplodenoj ¢eliji dolazi do trizomije na 21 hromozomu je pitanje koje ée kasnije biti razmotreno. DEFINICIJA I STRUKTURA GENA U Klasignoj genetici gen je bio definisan kao deo molekula DNK molekula koji sadrZi informaciju za sintezu jednog polipeptidnog anca. Medutim, molekul DNK pored iRNK fj polipeptida, odreduje i sintezu razlititih drugih tipova RNK. Zato je po savremenoj definicij gen deo molekula DNK koji nosi informaciju za sintezu bilo kog molekula RNK. Drugim regima, gen je deo molekula DNK potreban za stvaranje funkcionalnog produkta, bilo da je to protein ili funkcionalni molekul RNK. Najve¢i broj gena su geni za polipeptide tj. za proteine, koji se Gesto oznatavaju i kao strukturni geni. Geni ¢iji je krajnji produkt neki od molekula RNK su i oznateni kao RNK geni. Pored samog regiona koji nosi genetitku informaciju i prepisuje se u RNK, sastavni delovi gena su i susedni segmenti koji imaju regulatornu ulogu. Najvaziniji je promotor, koji se nalazi na S' kraju gena i sadr2i nizove nukleotida neophodne za ispravno zapotinjanje transkripcije. Ostali regulatorni regioni kontroli8u kolitinu, vreme i mesto sinteze datog tipa RNK. Geneti¢ka informacija koja ée se prepisati u RNK, kao i pomenuti regulatorni delovi, su kod Prokariota i Eukariota, kao i u razligitim tipovima gena, organizovani na_specifitan natin.Ugenima Prokariota geneti¢ka informacija je kontinuirana, tj, prostire se bez prekida u -odredenom segmentu molekula DNK. Jedan promotor po pravilu kontrolige transkripeiju vise gena u nizu, a ostali regulatorni delovi su u blizini promotora ili se sa njim preklapaju. Geni Eukariota su slozenije strukture. Pre svega, za gene koji kodiraju polipeptide Jarakteristiéan je diskontinuitet genetitke informacije. Tipitan eukariotski gen sadrzi delove koji nose geneti¢ku informaciju - egzone, inmedu koji se nialaze segmenti koji ne nose getletitku informaciju - introni. Zanimljivo je da je postojanje egzona i introna utvrdeno tek pre + tri decenijé (1977. god.). Na to su najpre ukazali eksperimentalni podaci, Naime, tokom analize ekspresije brojnih gena zapazeno je da njihov iRNK prepis u citoplazmi ima znatno manju ‘inu od samog gena. Potom je testovima hibridizacije izmedu DNK i odgovarajuée iRNK npr. gena za B-globinski lanac hemoglobina kod pileta) dokazano da u okviru gena postoje segmenti koji se ne nalaze u sastavu iRNK, pa samim tim ne nose informaciju za sintezu eptida, Buduéi da su “umetnuti” u genetizku ru, ovi segmenti su oznaéeni kao interventne sekvence jli introni, Ubrzo je utrvrdeno da introni postoje u vetini eukariotskih gena za polipeptide, i da se oni javijaju jo8 kod najjednostavnijih organizama ovog tipa. Dokazano je da se. prilikom transkripcije prepisuje fitav gen dajuci_ ¢ egzoni_ medusobno_ povezuju u zrelu iRNK. —Utvrdivanje promotor egzon 1 intron 1 SS diskontinuiteta genetitke informacije je jedno od najznatajnijih otkriéa u molekularnoj_genetici eukariota. Time je objaSnjena struktura gena za polipeptide i pruzena moguénost za tumatenje vainih mehanizama regulacije njihove aktivnosti, osvetljeni su putevi evolucije _naslednog materijala, utvrdeni novi mehanizmi nastanka mutacija idr. Pored navedenog, u genima za polipeptide ina 5’ i 3" kraju se nalaze delovi koji neée biti prevedeni u protein, ali ulaze u satav zrele iRNK i imaju bitnu ulogu u_ regulaciji ‘anslacije. To su 5’ UTR region (eng. Untranslated region, region Koji se ne prevodi), “oznagen jo8 i kao éeoni niz, i 3’ UTR region oznagen i kao trailer. Vazno je naglasiti da svaki eukariotski gen za polipeptide ima svoj poseban promotor, pa samim tim predstavlja jednu (posebnu) jedinicu transkripcije. Ostali segmenti koji regulisu gensku aktivnost mogu da budu i znatno udaljeni od samog gena, kao na primer neki “pojativaéi” transkripcije. Geni za rRNK i tRNK kod Eukariota takode imaju svoje specifitnosti. Tako su geni za 18S, 28S i 5,85 rRNK u nizu, pod kontrolom istog promotora, dok geni za tRNK imaju promotor u okviru samog segmenta koji se prepisuje. Imajuéi sve ovo u vidu, u mnogim sluéajevima je te8ko sasvim precizno odrediti dimenzije gena. Svaki_gen zauzima odredeno mesto na Ke a genski lokus. Pos- utvrduje polc poloza} gena na hro- egzon 2 egzon 3 intron 2 L poéetak transkripcije Struktura eukariotskog gena za polipeptide18 GENOM COVEKA DEFINICIJA | ODLIKE GENOMA Dok je gen osnovna jedinica nasledivanja, genom je kompletan nasledni materijal jednog_ “organizma. Qvaj pojam obuhvata sve gene, ‘Ukljucujuéi i njihove regulatorne delove, ali i segmente DNK koji ne nose geneti¢ku informa- ciju ine prepisuju se u RNK. Genom eukariota se preciznije definise kao kompletan nasledni materijal sadrZan u haploidnom setu hromozoma, tj. u polnim Gelijama date vrste. Mnogi pak pod genomom podrazumevaju ukupnu koliginu naslednog materijala ~ DNK jedne diploidne telesne éelije. $ obzirom na to da su sve éelije jednog organizma nastale mitotskim deobama zigota, Kojima se odrZava stalna koliéina i sadrzaj DNK, to ukazuje da sve one imaju isti genom. Zato se i moze govoriti o genomu organizm: kao o koligini i sadréaju DNK karakteristi¢nim za njene telesne éelije. Osnovne karakteristike genoma su njegova ukupna veligina, izrazena u baznim parovima i broj i vrsta gena koje sadrdi. Pored toga, od interesa je i organizacija genoma, koja moze da se analizira sa stanovi8ta njegove grade i funkcije. U pogledu grade, posmatra se da li su neki segmenti genoma po svom nukleotidnom sastavu jedinstveni, ili se javljaju vise puta u haploidnom setu naslednog materijala, Odatle proizilazi podela na jedinstvene nizove nukleotida i nizove nukleotida koji se ponavljaju tj. koji su repetitivni, Nizovi koji se ponavljaju se, prema broju kopija, dele na umereno-repetitivne (10-105 kopija) i visoko-repetivne nizove (vise od 105 kopija). U pogledu funkcije, osnovna klasifikacija se odnosi na sadrzaj genetitke informacije. Regioni koji nose geneti¢ku informaciju za bilo koju RNK se nazivaju Kodirajuéi regioni, dok su regioni koji ne sadraze genetiéku informaciju oznateni kao nekodirajuéi. Kodirajuci regioni se dalje Klasifikuju prema tome koji molekul je njihov krajnji produkt - polipeptid ili neki molekul RNK. ‘Treba napomenuti da se analiza grade i funkcije genoma medusobno dopunjuju i éesto, barem delimiéno, preklapaj Pre nego Sto budu detaljno obradene karakteristike genoma toveka, ukratko éemo izneti evolutivni pregled organizacije genoma prokariotskih i eukariotskih organizama. Genomi prokariota su mali po velitini (proseéno nekoliko miloiona baznih parova) jer nasledni materijal prokariota predstavlja jedan jedini krugni molekul DNK, uz eventualno postojanje plazmida. Organizacija ovakvo haploidnog genoma je jednostavna: veéinu molekula DNK zauzimaju kodirajuéi regioni tj. geni, dok je mali deo DNK bez genetitke informacije. Kod prokariota se, kao Sto je regeno, geni srodne funkcije najéesée nalaze u nizu, pod kontrolom istog promotora. Segmenti koji se ponavijaju su retki, i odnose se uglavnom na RNK gene. Genomi eukariota imaju znatno slozeniju strukturu i organizaciju. DNK eukariota se nalazi u okviru hromozoma u jedru, ali i u mitohondrijama, pa se radi zapravo 0 dva genoma: jedarnom i mitohondrijskom. * Genom jedra obuhvata nasledni materijal sadrZan u haploidnom setu hromozoma, polnim ¢elijama date vrste. U neki definicjjama pod genomom jedra se podrazumeva ukupna kolitina naslednog materijala - DNK u jedru jedne diploidne je. Moze se takode reci da jedarni genom telesnih ¢elija eukariota sadrai dva haploidna genoma: jedan nasleden od oca, a drugi od majke. * Mitohondrijaini genom predstavija kruzni molekul DNK - mitohondrijaini hromozom. On sadrdi relative mali bro} gena koji kontrloisu sintezu proteina u samim mitohondrijama, a po strukturi je vrlo sliéan genomu prokariota,EI Sto je u skladu sa evolutivnim poreklom mitohondrija, Veliéina i organizacija mitohon- drijanog genoma su se menjali tokom evolucije, i to u pravcu smanjenja veliéine i povetanja udela kodirajuéih regiona. Tako mitohondrijalni je genom kvaséeve gliivice, sa oko 78.000 bp, 5-6 puta veti od mitohon- drijlanog genoma éoveka, a ima i drugatiji raspored gena i znatno vei broj nekodira- judih regiona. Kako su u DNK jedra su sadrzane geneti¢ke informacije za gotovo sve karakteristike grade i funkcije organizma, opste analize analize genoma fukariota se u najveéoj meri odnose upravo na jedarni genom. Ukupna kolitina DNK u genomu je forakteristiéna za odredenu vrstu organizma. To jeu literaturi oznateno kao tzv. C-vrednost, koja se izrazava brojem baznih parova (bp). Pokazalo se da je u naéelu C-vrednost u neposrednoj torelaciji - zakonitom odnosu sa stepenom slosenosti grade organizma. Tako ona kod fukariota raste sa evolutivnim napretkom vrsta, i kre€e se u rasponu od oko 10 Mb do preko 100,000 Mb, Pored veligine genoma i broj gena se u naéelu poveéava sa evolutivnom slozenos¢u. (orimer..). Istovremeno, poveéava se i udeo nekodirajuée DNK u sastavu _naslednog materijala. Tagna funkcija ovih izvangenskih segmenata nije poznata. Oni mogu da imaju regulatornu, srtukturnu, ili neku drugu, jo8 nepoznatu, ulogu. Medutim, kod pojedinih vrsta C-vrednost i broj gena ne slede ovu zakonitost. Tako je npr. genom nekih vodozemaca oko 30 puta veci od genoma toveka. Ova “nezakonita” pojava omatena je kao C-paradoks. OPSTA ORGANIZACIJA GENOMA COVEKA PREGLED GENOMA COVEKA Pod pojmom genom éoveka podrazumeva se ukupan nasledni materijal tj, sadréaj DNK u €elijama toveka, Buduci da se DNK nalazi u jedru ali i u mitohondrijama, genom goveka u stvari ukljuéuje dva genoma: genom jedra i mitohondrijalni genom. * Slozeni genom jedra_je podeljen u 24 hromozoma Coveka: 22 autozoma i polne hromozome X i Y. Pri tom haploidan hromozomski set u gametima sadréi 22 autozoma i jedan polni hromozom, X ili Y. Ovakav genom ima priblizno 3 200 000 000 bp (8. 3.2x10° bp ili 3 200MB) i 20 000 - 25 000 gena U diploidnom seta hromozoma, u telesnim éeiljama, postoje po dve kopije svakog autozoma, i par polnih hromozoma: XX u zenskom i XY u mu’kom polu. Celokupni diploidni genom goveka ima oko 6x10° bp. Zanimljive je podatak da on zauzima zapreminu od 1,9 @im?, dok bi knjiga sa istim brojem slova brojala preko milion stranica. * Vrlo jednostavni mitohondrijski_genom_ predstavija jedan molekul DNK koji ima 16569 bp i sadrzi svega 37 gena. GENOM JEDRA U €elijama goveka vise od 99% ukupne DNK se nalazi u jedru, rasporedena u 22 auto- zomna hromozoma i polne hromozome Xi Y. Kao &to je pomenuto, haploidni genom éoveka sadr4i ukupno oko 3 milijarde i dvesta hiljada-baznih parova, odnosno 3200 Mb. !! Proseéna velitina hromozoma toveka je oko 140 Mb, sa varijacijama od 260 Mb, koliko ima najveéi hromozom br. 1, do 50 Mb koje grade najmanji hromozom br. 22.U celokupnom genomu najveéi deo - blizu jarde baznih parova (3000 Mb) tini euhromatin. Preostalih 200 Mb predstavlja i heterohromatin. Konstitutivni heterohromatin zauzima segmente od oko 3 Mb u regionu centromere svakog hromozoma. Pored toga, veliki segmenti ovog tipa hetero- hromatina se nalaze u regionima kratkih kraka akrocentriénih autozoma (hromozomi br. 13, 14, 15, 21 i 22), dugog kraka Y hromozoma, i na dugim kracima hromozoma 1, 9, i 16, gde ine sekundarne konstrikcije. BAZNI SASTAV JEDARNOG GENOMA COVEKA Prema podacima dobijenim iz Projekta genoma éoveka, u euhromatinu ima prosetno 41% baznih parova G/C i 59% baznih parova A/T. Medutim, bazni sastav znatajno varira i duz istog hromozoma. Utvrdeno je da je G/C sadréaj u obrnutoj korelaciji sa intenzitetom boje G-traka hromozoma. BROJ GENA COVEKA Kao Sto je reéeno, prema _najnovijim podacima ukupan broj gena u genomu toveka iznosi izmedu 20.000 i 25.000. Madutim, ove procene sigurno nisu konatne, a pomenuti broj je daleko manji nego &to se do skora mislilo, Treba naglasiti da postoje znatajne pote’koée u identifikaciji_gena. Kada je 2001. ’ godine objavijena prva varzija genoma éoveka, svega oko 11,000 gena je identifikovano sa sigurno¥éu, a postojanje vie hiljada drugih je moglo da se pretpostavi na osnovu kompjuterskih analiza, koje nisu apsolutno pouzdane. U svakom sluéaju, relativno mali broj gena €oveka je bio iznenadenje za istrazivate i geneti¢are Sirom sveta. Vaino je istaéi da oko 90% gena kodira 0 90% gena kodira_ Polipeptide dok preostalih 10% odreduje rreostalih 10% odreduje RASPORED GENA Utvrdeno je da su geni toveka neujedna- geno rasporedeni_na hromozomima,—U regionima konstitutivnog heterohromatina nisu identifikovani geni, dok u~ euhromatiénim regionima genoma gustina gena znatajno varira Karakteristitna je visoka gustina genau regionima ispod telomera svih hromozoma. Izvesni hromozomi, kao npr. hromozomi br. 19 i 22 imaju veliki broj gena, dok su drugi, npr. X i 18, siromaéni genima. Pomenuti razlititi procenat GC parova u svetlim i tamnim G trakama hromozoma je u vezi i sa razlikom u genskoj gustini. Hromozomi koji imaju vee regione svetlih traka, kao Sto je hromozom br. 19, su ujedno bogati GC parovima i ‘imaju veéu gustinu gena. Jo jedan vazan primer je svetla traka na kratkom kraku hromozoma br. 6. Ovde je u regionu 6p21.3 smeten genima bogat MHC (HLA) lokus za leukocitne antigene Coveka, u kome se 180 gena se prostire na 4 Mb. Suprotno, svih 24 Mb jednog jedinog mamutskom gena, gena za distrofin, lezi u tamnoj G traci na Xp21. U genomu oveka geni su daleko manje grupisani u odnosu na sabijene genome jednostavnih organizama. Ipak, i ovde se povremeno nailazi na gene koji su smesteni vrlo blizu. Neki od njih su razdvojeni sa samo nekoliko stotina nukleotida na svojim 5’ krajevima, i prepisuju se sa razliéitih lanaca. Takva tzv. dvosmerna organizacija gena je esta u sluéaju gena za popravku DNK, time se obezbeduje njihova zajednitka regulacija. Medutim, geni koji se delom preklapaju su izuzetno retki, a karakteristiéno je da se prepisuju sa razlititih lanaca DNK. Tako wu pomenutom regionu HLA lokusa, gde je izuzetno velika gustina gena, ima nekoliko primera preklapaju¢ih gena. Na drugoj strani, poznat je neobitan i redak je i primer da su neki geni smesteni unutar introna drugih gena. Takvi su geni za snoRNK (male RNK jedarca) vecinom smesteni upravoEMail unutar gena koji kodiraju ribozomske proteine i proteine nukleolusa. Pretpostavka je da se takvom organizacijom ostvaruje _uskladena produkcija proteina i RNK ribozoma. Poznati su i geni za polipeptide u intronima vecih gena. lustrativni primer je NF1 gen (*éijom mutacijom nastaje neurofibromatoza tipa 1), u okviru koga se nalaze tri mala unutraSnja gena koji se prepisuju sa suprotnog lanca. Gen za faktor igruSavanja - koagulacije krvi VIII (*tijom mutacijom nastaje hemofilija A) takode ima dva unutragnja gena. KoDIRAJUCI 1 NEKODIRAJUCI REGIONI U GENOMU COVEKA. Od ukupne koligine naslednog materijala u genomu foveka Svega 15% tine | Tegioni, Koji imaju kao krajnji proizved proteine ili RNK. U kodirajuéim regionima nalaze se li RNK uglavnom jedinstveni ili _umereno-repetitvni rizovi nukleotida. Kao Sto je naglaseno, oko 90% kodirajuge DNK se koristi za stvaranje iRNK i ‘ime za sintezu polipeptida. Geni za polipeptide — predstavijaju jedinstvene nizove genoma. Preostali deo od 10% kodirajucih regiona gine RNK geni koji odreduju druge tipove RNK, a koji pripadaju umereno-repetitivnim regionima, [Ogroman deo - vise od 95% genoma Eoveka | (ni nekodirajuéa = DNK, U__ strukturi “Tekodirajudih delova_genoma je Cesta pojava ponovaka, tj, segmenata koji se ponavijaju vise. puta, Najveéi deo nekodirajuée DNK ine raspreni ponovei koji su nastali od RNK prepisa (tanskripata) u postupku retrotranspozicije. U prvom koraku retrotranspozicije _specifitni emzimi reverzne transkriptaze vr8e transkripciju u obrnutom fj, reverznom smeru, Pri tom se na osnovu molekula RNK kao matrice sintetige najpre jednolanéana a potom dvolanéana DNK, koja se oznatava kao komplementarna ili cDNK. Zatim se tako nastale kopije ugraduju u DNK hromozoma na razliéitim mestima, Preostali deo nekodirajuée DNK je orga- nizovan u ponoveima u nizu, koji su nazvani uzastopni tj, tandemski ponovci. FAMILIJE GENA Mnogi_geni_u_naslednoj_osnovi_toveka pokazuju medusobnu sli¢nost, na osnovu koje-se mogu svrstati_u familije_gena_ Prema tome, familje gena su grupe gena koji imaju sli¢nost u_ sastavu nukleotida, ili slignost w aminokiselinskoj strukturi polipeptida koje kodiraju. Geni koji pripadaju jednoj familiji mogu da budu grupisant na jednom hromozomu, da se nalaze na vise hromozoma, ili da budu rasuti u genomu. Smatra se da je svaka familija gena nastala tokom evolucije od odgovarajuceg predatkog ili ancestralnog gena, Najpre su razli¢itim mehanizmima duplikacije formirane kopije predaéke sekvence, koje su zatim menjale strukturu tj, mutirale, Kopije gena ne moraju uvek da budu funkcionalne. Moguée je da dode do njihovog o8tecenje, kada nastaju genski fragmeti. Tako u genomu éoveka postoje brojni fragmenti RNK gena. Ukoliko genske kopije pretrpe promenu u strukturi koja ih inaktivira, nastaju pseudogeni, koji se oznaéavaju prefiksom (psi). Pretpostavlja se da je ukupan broj pseudogena u naSem genomu éak oko 20 000, a oni se najéesée javijaju u okviru familija gena za polipeptide. ORGANIZACIJA I RASPORED GENA KOJI KODIRAJU POLIPEPTIDE ORGANIZACIJA GENA U genomu foveka zapaza se znatajno variranje u veligini gena koji _kodiraju polipeptide. Njihova proseéna velitina je 27.000 bp. tj. 27 kb, pri éemu najkraéi geni imaju nesto vise od 1000 bp, a najdudi22 au mi aju_nekoliko stotina hiljada pa i na bp. Primeri malih gena su gen za insulin koji ima oko 1400 bp, i gen za B- globinski lanac hemoglobina sa oko 1700 bp. Sa druge strane gen za distrofin, koji se smatra najvecim u genomu sisara pa i éoveka, ima tak 2.400.000 bp (2.4 Mb). lako u nagelu postoji korelacija izmedu veliéine gena i velitine njihovih produkata, uogavaju se i znaéajna odstupanja. Na primer, gen za apolipoprotein B ima 45 kb a njegov proteinski produkt 4563 aminokiseline, dok gen za distrofin koji je 50 puta veti, kodira protein od svega 3685 aminokiseline, Velo mali broj gena éoveka nema introne, i ukupna duzina tih gena je po pravilu mala. Ovde spadaju npr. geni za histone i interferone. Kod tipignih gena, koji sadrie introne, zapaza se da duzina introna jako varira, a dugi geni esto imaju i velike introne-Vaéno je istaéi da geni koji se intenzivno prepisuju. najée&¢e imaju kratke introne, Sto se povezuje sa uStedom vremena i energije u procesu transkripcije i obrade primarnog prepisa iRNK. Nasuprot tome, velitina egzona malo varira, a prosetno iznosi oko 200 bp. Postoje i primeri dugih egzona u Ijudskom genomu, ali je njihova pojava uglavnom nezavisna_ od celokupne duzine gena, U_genima za polipeptide preoviaduju jedinstveni nizovi, ali su nadeni i nizovi koji se ponavijaju tj. repetitivna DNK. Ova DNK se najée8ée nalazi unutar introna, medutim, postoje primeri repetitivnih sekvenci i u okviru kodirajuée DNK. Razlititi geni mogu da imaju segmente duzine od nekoliko do preko 100 bp, koji se ponavljaju od svega par do preko 50 puta. RASPORED FUNKCIONALNO SLICNIH GENA Geni u vise jednakih kopija U_ genomu oveka je vrlo mali broj primera da neki polipeptid kodiraju 2 ili vise identinih gena. Takvi geni se uglavnom nalaze PVE ea KA u grupi na istom hromozomu, sto svedoti da je do udvajanja do8lo u ne tako davnoj evoluti- vnoj proslosti. Primer su geni A1 i A2 za alfa- globinske lance hemoglobina, koji se nalaze na kratkom kraku hromozoma br. 16. Izuzetno retko, postoje i identiéni geni na razlititim hromozomima. Primer su geni za histone koji su rasporedeni na 10 razliditih hromozoma, a dve velike grupe se nalaze na hromozomu 6p. GENI SLICNIH SEKVENCI Veliki deo gena za polipeptide kod éoveka pripada genskim familijama. Clanovi familija su najéeSée vrlo slitni ali nisu identitni. Takvi geni su éesto grupisani, kao u sluéaju familije alfa-globinskih gena na hromozomu br. 16 i beta-globinskih gena na hromozomu br. 11. Druga zanimljiva familija je familija HOX (homeoboks) gena, éiji produkti su transkripci- oni faktori kljuéni u kontroli embrionalnog razviéa. Svim HOX genima i proteinima je zajedniki tzv. homeoboks region, po kome su i dobili naziv. Kod Eoveka postoji 39 HOX gena, koji su grupisani u éetiri grupe: HOX A, B, CiD, locirane na razlititim — hromozomima. Zanimijivo je da su pojedini HOX geni na radliitim hromozomima su medusobno sligniji nego oni koji se nalaze u istoj grupi, na istom hromozomu. Interesantno je da se geni koji kodiraju vrlo slitne oblike enzima, koji su specifi¢ni za razligita tkiva, najée8ée nalaze na razliditim hromozomima. Postoje i familije gena Giji proteinski produkti imaju sliéme samo neke delove: (funkcionalne domene, strukturne motive itd.). Clanovi ovih familija se najéesée nalaze na razliéitim mestima u genomu. KLASICNE FAMILIJE GENA Geni koji su élanovi klasiénih_genskih familija imaju visok stepen homologije tj. slignosti u sekvenci u najveéem delu gena, ili barem u kodirajuéem delu gena. PrimerLi takvih familija gena smo veé opisali: to su geni x histone, i familije a- i B-globinskih gena. Smatra se da su familije a- i B-globinskih gena u toku evolucije, nastale duplikacijom predaékog gena pre oko 500 miliona godina. Ove dve familije sadrie gene koji kodiraju vrlo sliéne globinske lance, a eksprimiraju se na razlititim stupnjevima razvoja, od embriona do adulta, Pojedinaéni geni unutar svake grupe imaju medusobno slinije sekvence, nego geni izrazligitih grupa. FAMILIJE GENA KOJE KODIRAJU PRODUKTE, SA VELIKIM, VRLO OCUVANIM DOMENIMA Postoje familije gena sa izrazenom homologijom unutar odredenih visoko otuvanih genskih regiona. Pritom, slitnost u preostalim delovima njihovih__kodirajuéih sekvenci moZe da bude sasvim mala. Cesto geni - @anovi takvih familija kodiraju transkripcione faktore koji igraju vrlo vainu ulogu u regulaciji genske aktivnosti. Sekvence sa otuvanom homologijom kodiraju upravo domene proteina koji su neophodni za specifitno vezivanje za DNK odabranih gena, (detaljnije u poglaviju Regulacije genske aktivnosti) U nekim familijama gena sliénost u DNK sekvenci njihovih anova nije o¢igledna, pa ipak produkte tih gena karakterige zajedni¢ka osnovna funkcija kao i prisustvo vrlo kratkih motiva sa zajedni¢kom, otuvanom strukturom. Takav je na primer DEAD niz tj, niz aminokise- lina Asp-Glu-Ala-Asp (*DEAD je ret koju daju jednoslovne oznake navedenih aminokiselina). SUPERFAMILIJE GENA Superfamilije sadrze vise genskih familija pa stoga imaju izuzetno veliki broj anova. lako se pojedini geni i njihovi produkti u okviru superfamilijamogu znatajno razlikovati, medu njima se uogavaju opste ujednitke karakteristike u gradi kao i funkcionalna slignost. Hlustrativan primer je superfamilija imunoglobulina - vrlo velika 23 familija koja obuhvata gene za imunoglobuline (Ig), gene za T-Celijske receptore, HLA gene i mnoge druge. Ovi geni kodiraju proteine koji su se znagajno udaljili po svojoj strukturi, ali svi imaju ulogu u imunom sistemu i sadrée tzy. Ig-nalik domene. Mozemo pomenuti i superfamiliju globina, koja nije velika kao prethodna. Pored élanova familija a- i B- globinskih gena, tji produkti imaju vaznu ulogu prenosu kiseonika, ovde spadaju i geni koji kodiraju globine mi8i¢a i mozga, mioglobin, neuroglobin i citoglobin. Izvanredan primer je i najveéa genska superfamilija receptora za miris, Ovi geni kodiraju raznovrstan spekter receptora koji nam omoguéavaju da razlikujemo_hiljade razligitih mirisa, Vise od 900 tlanova ove superfamilije su organizovani u velike grupe na vise od 25 mesta u genomu, Oni se nalaze na svim hromozomima osim hromozoma 20 i Y hromozoma. U genomu savremenog éoveka je funkcionalno svega 40% gena iz ove superfamilije, dok su preostali prisutni kao inaktivirani pseudogeni. RNK GENI COVEKA Smatra se da u jedarnom genomu toveka ima oko 2000-3000 RNK gena, tj. gena Giji su krajnji produkti RNK molekuli koji se ne pre- vode. To je napomenuto, oko 10% od ukup- nog broja gena éoveka. Pored funkcionalnih RNK gena u genomu postoji i veliki broj njihovih pseudogena i fragmenata gena. Vetina poznatih RNK gena je posveéena proizvodnji molekula RNK koji uéestvuju wu procesu sinteze proteina, Vrlo su znatajne familije rRNK i tRNK gena koje su neposredno ukljugene u translaciju iRNK. Neke, za sada manje poznate familije RNK imaju ulogu u sazrevanje24 drugih tipova RNK, Sto ukljutuje isecanje i modifikaciju odredenih baza. Za mnoge RNK molekule je poznato da imaju vaine uloge u regulaciji ekspresije gena, za druge gene se takva uloga pretpostavlja, Sto upucuje na vrlo veliku funkcionalnu raznovrsnot molekula RNK. GENI ZA RIBOZOMSKU RNK (RRNK) U_ eukariotskoj <éeliji postoji éetiri tipa citoplazmatitnih rRNK: tri su sastavni deo velike subjedinice ribozoma: 285, 5.85 i 5S rRNK, a jedna, 18S rRNK, ulazi u sastav male subjedinice ribozoma. Molekule 285, 5.85 i 18S rRNK kodira jedna jedinica transkripcije. Ovaj segment - TRNK gen se u vidu 30-40 tandemskih ponovaka (ponovaka u nizu) nalazi na kratkim kracima 5 akrocentriénih autozoma éoveka: br. 13, 14, 15, 21 i 22. Posto se oko ovih regiona formira jedrace ili nukleolus, oni su oznateni kao regioni organizatori nukleolusa ili NOR-ovi. Geni za 5S rRNK se takode ponavljaju u vise kopija na odredenim hromozomskim mestima, Najveée podrugje je na hromozomu iq blizu telomere, u kome se nalazi 200-300 pravih SS gena. Dakle, familija rRNK gena ¢oveka sadrai priblizno 700-800 lanova,_—_ve¢inom organizovanih u grupama (tandemima) koje se uzastopno ponavljaju. Ovako veliki broj kopija gena za citoplazmatitne rRNK omoguéava éeliji da zadovolji potrebe za ribozomima, na kojima se vr8i sinteza proteina. Otkriven je i veliki broj njima srodnih pseudogena. GENI ZA TRANSPORTNE RNK (TRNK) U jedranom genomu toveka otkriveno je 500 gena koji kodiraju tRNK, i jo3 324 tRNK pseudogena. tRNK geni mogu da se grupigu u 49 familija, koliki je i broj razlititih molekula tRNK u citoplazmi. Geni za tRNK su rasuti u genomu, i nadeni su na svim hromozomima izuzev hromozoma br. 22 i Y hromozoma. Ipak, upadljivo je nji grupisanje na hromozomima br. 6 i 1. Zanimljivo je da se osamnaest od ukupno 30 tRNK gena za aminokiselinu cistein nalazi na uskom podrugju hromozoma 7. Pored rRNK i tRNK postoje jo nekoliko velikih klasa RNK koje imaju va%nu ulogu u ekspresiji gena: male jedarne RNK (snRNK ~ small nuclear RNK), male RNK jedarceta (snoRNK - small nucleolar RNK), mikro RNK (miRNK), anitisens RNK idr. Geni za snRNK i snoRNK éine dve familije &ji_su Ganovi uglavnom rasuti u genomu. Najnoviji podaci, iz 2003. god. ukazuju da u genomu foveka ima oko 200 gena za mikro RNK i fak oko 1500 antisens RNK gena. NEKODIRAJUCA DNK Ne kodirajuéa DNK u genomu toveka se javija u vidu jedinstvenih sekvenci, ili kao vi- sokorepetitivna DNK, koja se sastoji od velikog, broja ponovaka. Visokorepetitivna DNK moze da bude grupisana u tandemskim ponoveima, ili pak sa kopijama rasutim u genomu. NEKoDIRAJUCA DNK U GRUPISANIM TANDEMSKIM PONOVCIMA Visoko repetitivna nekodiraju¢a DNK éoveka najée8ée zauzima Gitava_podrutja. Blokovi sa ponovcima se nalaze na razliéitim mestima u genomu. Prema veligini ovih blokova - podrugja postoje 3 glavne potklase: satelitna DNK, minisatelitna DNK i mikrosatelitna DNK. SATELITNA DNK Satelitna DNK zauzima rio velika podrugja, od 100 kb do nekoliko Mb, u kojima se nalaze tandemski ponovei velitine 5-171 bp. Ovaj tip DNK ulazi u_ sastav veéine heterohromatitnih regiona_hromozoma, narotito u blizini centromera kao pericentro- merni heterohromatin.HUMANA GEN! Kada je jedinica koja se ponavija kratka ona odreduje bazni sastav celokupne satelitne DNK, koji mote znatajno da se razlikuje od bamnog sastava u preostaloj DNK. Zbog toga se ova DNK izdvaja od ukupne osatle DNK centrifugiranjem u rastvoru razligite gustine - gradijentu koncentracije, Naziv satelitna DNK uravo i potiée od éinjenice da se pri centrifugiranju ona javlja kao prateéa u odnosu ra ostalu DNK. Na taj natin su u genomu foveka izdvojene tri satelitne DNK, oznaéene rimskim brojevima: 1, If i IIl,. Svaka klasa satelitne DNK sadr2i brojne tandemske ponovke razlititih familija DNK sekvenci. Druge tipove satelitnih DNK nije bilo moguée izdvojiti ovim postupkom centrifugiranja one su kasnije otkrivene. Jedna od njih je alfa satelitna ili alfoidna DNK, koja predstavija mjveéi deo centromernog heterohromatina svih hromozoma. Jedinica koja se ponavija sadrdi 171 bp, i poseduje mesto za vezivanje specifignih centromernih proteina. Postoje razlike unutar ove DNK specifiéne za svaki hromozom goveka. Pored alfa _satelitne, pomenu¢emo i B satelitnu DNK éiji su nizovi koji se ponavijaju dugi 68 bp a zastupljena je u heterohromatinu hromozoma 1, 9, 13, 14, 15, 21, 2,iY. MINISATELITNA DNK Minisatelitna DNK je sastavijena od tandemskih ponovaka koji zauzimaju podrugja umerene velitine, od 100-20000 bp, a jedinica koja ponavlja iznosi 9-64 bp. U ovu kategoriju DNK spadaju regioni tzv, hipervarijabiIne minisatelitne DNK koje su visoko polimorfne (raznolike) i prostiru se u preko 1000 podruéja genoma. Znaéaj i uloga hipervarijabilne minisatelitne DNK nisu jasni, iako se navodi da predstavija vaino mesto opste tekombinacije u éelijama toveka. Zbog svoje velike raznolikosti regioni minisatelitne DNK su bili prvi upotrebljeni za dobijanje tzv. DNK 25 “fingerprint-a” - DNK otiska, koji je analogno otisku prstiju specifitan za svaku osobu. Druga velika familija__minisatelitnih sekvenci DNK je nadena na_krajevima hromozoma - telomerama. DNK telomera hromozoma éoveka grade jedinice od Sest nukleotida (posebno TTAGGG), koje se ponavijaju u duzini od 3-20 kb. Ovi jednostavni ponovci su odgovorni za funkciju telomera od kojih zavisi linearni integritet hromozma. IKROSATELITNA DNK Mikrosatelitna DNK se nalazi u regionima koji su manji od 100bp, a sastavijeni su od kratkih tandemskih ponovaka, velitine do 10bp. Ovaj tip DNK je identifikovan uglavnom van gena ili u okviru introna, a njena uloga za sada nije poznata. Mikrosatelitna DNK se nalazi rasuta na svim hromozomima éoveka, a njena ukupna koligina je preko 60 Mb, dakle éak 2% genoma. Najée8¢i tip ove DNK su ponovci od dva nukleo- tida, koji predstavljaju oko 0.5% genoma. Medu njima se najée8ée sreéu CA/GT nizovi (1 na 36 kilobaza), dija je karakteristika da su obi¢no vrlo polimorfni tj, raznoliki u pogledu broja ponovaka, CG/GC ponovci su vrlo retki (1 na 10Mb), posto su CpG dinukleotidi podloZni mutacijama. (‘p” - oznatava fosfodiestarsku vezu i ukazuje da se radi o nukleotidima u istom polinukleotidnom lancu). Napominjemo da su zastupljeni u okviru tzv. CpG blokova (ostrva) koja su karakteristiéna za genetitki aktivne regione genoma. Od mononukleotidnih ponovaka, vrlo éesti sunizovi A/T. Postoje i klase tandemskih ponovaka nizova od tri, éetiri ili pet nukletida, koje su takode vrlo polimorfne. Upravo zbog velkie raznolikosti u broju ponovaka mikrosateliti se danas Siroko koriste u DNK identifikaciji osoba.26 REPETITIVNA NEKODIRAJUCA DNK KOJA JE RASUTA U GENOMU Nekodirajuéa repetitivna DNK koja je rasuta u genomu po svojim odlikama se razlikuje od grupisane repetitivne DNK. Ona je nastala od transpozona, segmenata DNK koji imaju sposobnost da se premestaju. Blizu 45% naseg genoma se moze svrstati u ovu klasu DNK. Podseéamo da je i veliki deo preostale “jedinstvene” DNK nastao od starih transpozonskih kopija, koje su se u toku dugog vremenskog perioda znatno promenile. Ova DNK je éesto ranije nazivana “junk” (otpadna) DNK. Ipak, pretpostavija se da transpozoni mogu biti korisni za éelije sisara. Kod Zoveka i drugih sisara postoje 4 glavne klase transpozona: LINES, SINES, LTR i DNK transpozoni, ali se samo sasvim mali deo njih i danas aktivno premeta. U zavisnosti od natina nastanka, ove 4 klase transpozona se mogu svrstati u dve grupe: -Retrotranspozoni, koji nastaju transkri- pcijom DNK elemenata u RNK a potom kopiranjem te RNK reverznom transkriptazom u cDNK. To je tzv. replikativna transpozicija, kod koje prvobitna sekvenca ostaje na svom mestu a kopija prelazi i ugraduje se na druga mesta u genomu. Mehanizam se slikovito moze opisati kao" copy and paste” tj. “kopiraj i zalepi”. Ovo} grupi pripadaju tri klase: dugi rasuti jedarni elementi (eng. long interspersed nuclear elements - LINES); kratki rasuti jedarni elementi (eng. short interspersed nuclear elements - SINES) i elementi koji su slitni genomima retrovirusa (posebna grupa RNK virusa) koji sadre duge terminalne ponovke (long terminal repeats -LTR). -DNK transpozoni su Getvrta klasa trans- pozona koja pripada posebnoj grupi; krecu se po genomu tzv. konzervativnom transpozici- jom. U ovom slutaju ne dolazi do kopiranja segmenta, ve¢ se on iseca i zatim ponovo in- tegriée na drugom mestu u genomu (mehani- zam “cut and paste” tj. “iseci i zalepi”). U genomu éoveka najznagajniju ulogu imaju LINES i SINES tipovi transpozonskih sekvenci. U okviru LINES najzastupljenija je LINE1 (L1) familija, koja cini 17% genoma. Od SINES elemenata znatajna je Alu familija, koja je specifiéna za toveka i druge primate. Ova familija je dbila naziv po specifiénom nizu nukleotida koji prepoznaje i sete restrikciona endonukleaza Alul, Alu ponovak,, éija je puna duzina 280bp, predstavija najzastupljeniji nukleotidni niz u genomu toveka. Izvestan broj kopija Alu i L1 familija je jo8 uvek aktivno i stvaraju sopstvene kopije koje mogu da se ugrade na drugim mestima u genomu. Na taj nagin one mogu prouzrokovati inaktivaciju nekog znatajnog gena, to uslovijava oboljenje. Smatra se da su mehanizmi retrotranspozicije odgovorni za jednu od 500 genskih mutacija u naslednoj osnovi goveka. Pored toga, nepravilne rekombinacije izmedu razlititih kopija rasutih ponovaka takode mogu uzrokovati mutacije uogene kod nekih genskih bolesti. MITOHONDRIJSKI GENOM COVEKA Mitohondrijski genom toveka se sastoji od dvolanéane DNK u obliku prstena, diji je kompletan redosled (sekvenca) nukleotida utvrden jo8 osamdesetih godina proslog veka. Dugina mu je 16 569 bp i 44% tine G + C parovi. Dva lanca mtDNK se znatajno razlikuju po sastavu baza: te’ki H (eng. - heavy) lanac je bogat guaninom, dok je laki L (eng. ~ light) A ogat citozinom. Celije toveka obi¢no hiljade_kopija_ _ dvolanéanog mitohondrijskog DNK molekula. Stoga, iako je jedan molekul mtDNK oko 8000 puta manji| cos Gly od molekula DNK hromozoma prosetne veligine, ukupna mtDNK moze da bude Eini i we od (0.5%) naslednog materijala_u_ telesnoj éeliji'sa jedrom. Vaino je napomenuti da u toku oplodenja, \ ujajnu ¢eliju ulazi samo glava spermatozoida u_| ojoj se nalazi kondenzovano haploidno jedro, dok segment sa mitohondrijama ostaje vani. Na taj nadin, spermatozoid unosi_u jajnu ¢eliju genom svog jedra, ali_ne i mitohondrijski genom. Prema tome, zigot nasleduje kompletnu citoplazmu, a time i miotohon- drije, od neoplodene jajne éelije, pa je| mtDNK iskljutivo majéinog porekla. Zato se kaze da se mitohondrijski genom nasleduje | iskljuzivo po majci, materinski ili matrokilno. | U toku mitotitke deobe ¢elije, prilikom podele ‘ATPase a ATPase 6 citoplazme mitohondrije a time i mtDNK se razdvajaju sasvim sluéajno u dve éerke éelije. Molekul mtDNK jeu vidu dvolanéanog prstena koji je ogoljen, tj. nije vezan za histone. Oblik i organizacija mitohondrijskog genoma veoma su slitni karakteristikama genoma Prokariota. Ova sliénost upuéuje na evolutivno poreklo_mitohondrija, 0 kome postoji vise hipoteza. Najfire je prihvacena simbiotska hipoteza, po kojoj su mitohondrije nekada bile slobodni, samostalni prokariotski organizmi sa aerobnim disanjem. Simbioza ovih aerobnih prokariota sa anaerobnim predatkim Celijama je, koz dugi vremenski period, dovela potpune nesamostalnosti aeroba i formiranja mitohon- drija. Veligina mitohondrijskog genoma i broj njegovih gena su se tokom evolucije znatajno28 smanjili, jer je do8lo do prenosa vatnih segmenata u jedarni genom. Ovaj proces je omagen kao horizontalni transfer genetitkog materijala. Svojevrsna potvrda porekla mitohondrija je i injenica da npr. antibiotik hloramfenikol blokira sintezu proteina kod bakterija i u mitohondijama, ali ne i na ribozomima u citoplazmi éelije. MITOHONDRIJSKI GENI Mitohondrijski_genom toveka sadr#i_ 37. gena, Giji produkti kontroligu sintezu proteina una ribozomima u samim mitohondrijama. Od toga je 22 gena za tRNK, 13 gena za iRNK tj polipetide i 2 gena za rRNK. Proteini koje kodira mitohondrijski genom uéestvuju u osnovnoj funkciji mitohondrija, proizvodnji ATP-a, Medutim, broj razliitih proteina u mitohondrijama je mnogo veti, a geni za sintezu vecine njih se nalaze u jedarnom genomu. Produkti mitohondrijskih gena za TRNK su 23S rRNK i 16S rRNK, koje su komponente velike odnosno male subjedinice mitohondrijskih ribozoma. Od ukupno 37 gena_mitohondrijskog genoma éoveka, dvadeset osam genase prepisuje sa jednog lanca a devet sa drugog. GENETICKI KOD MITOHONDRIJA, ODSTUPANJE OD UNIVERZALNOG GENETICKOG KODA Mitohondrijski geneti¢ki kod od éoveka daje Sifru za sintezu_samo_13 razlititih polipeptida, Ovako malo funkcionalno optereéenje mtDNK omoguéilo je mitohondrijskom geneti¢kom kodu promene u odnosu na univerzalni genetitki kod, koji je saguvan u jedarnom genomu. Sezdeset tripleta nukleotida u mtDNK su kodoni za aminokiseline, sto je za jedan manje nego u jedarnom genomu. Preostala éetiri kodona su signali za prekid sinteze proteina - stop kodoni. Dva od éetiri stop kodona u mitohondrijama, UAA iUAG, su stop kodoni iu jedru, dok druga dva stop kodona, AGA i AGG, odreduju arginin u jedarnom genetikom Kodu. Tre¢i stop kodon jedra, UGA, u mitohondrijama kodira triptofan, dok AUA u mitohondrijama —odreduje—_aminokiselinu metionin, a ne izoleucin kao u jedru. Mitohondrijski genom kodira__ sve mitohondrijske rRNK i tNK molekule koji su potrebni za sintezu proteina, ali ostale komponente potrebne za ovaj proces zavise od jedarnih gena. Kako postoje samo 22 razliéita tipa mitohondrijskih gena za tRNK kod éoveka, potrebno je da pojedinaéni tRNK molekuli budu sposobni da interpretiraju vise razlititih kodona. Pored razlika u njiho- vim genetigkim moguénostima i razlikama ge- netiékog koda, mitohondrijski i jedarni genomi se razlikuju i u drugim aspektima organizacije i ekspresije. KODIRAJUCA I NEKODIRAJUCA MTDNK Mitohondrijski genom éoveka je izrazito sabijen tj, kompaktan: priblizno 93% mtDNK sekvence predstavljaju kodirajuée sekvence. Ni jedan od 37_mitohondrijskih_gena nema introne i gusto su rasporedeni (u proseku 1 na 0.45 kb). Kodirajuée sekvence izvesnih gena se éak delimigno preklapaj Prilokom transkripcije genau _jedru eukariota gotovo uvek se pojedinatni geni odvojeno prepisuju i koriste individualne promotore. Nasuprot tome, transkripcija mtDNK u mnogome podseéa na transkripciju kod prokariota. Prepisivanje RNK kontroliSu svega 2 promotorska regiona, a ono se odvija u suprotnim smerovima na dva razlitita lanca. Tom prilikom se stvaraju veliki prepisi koji su zajednicki transkripti vise gena. Odmah nakon: toga, isecanjem ¢e nastati pojedinatne zrele RNK. MUTACIJE MTDNK I MITOHONDRIJSKE BOLESTI Buduéi da je ogoljena i izlozena produktima metabolizma mitohondrija, mtDNK je vrlo podiozna mutacijama. Mutacije u mtDNK narwSavaju normalnu proizvodnju ATP-a ux Uporedni prikaz jedarnog i mitohondrijskog genoma éoveka 29 Jedarni genom mitohondrijski genom © veligina + br. razlititih molekula DNK * ukupan broj molekula DNK po éeliji + udruzeni proteini + brojgena * gustina gena + repetitivna DNK + transkripcija 3200 Mb 23 (w XX Eel.) ili 24 (uXY éel,) svilinearni 46 u diploidnim éelijama, ali varira u zavisnosti od ploidnosti nekoliko klasa histonskih i nehistonskih proteina ~20 000-25 000 ~1/100 kb preko 50% genoma velika veéina gena se pojedinatno prepisuje (monocistronski) 16.6 kb jedan prstenasti molekul esto nekoliko hiljada (promenjjivi broj) uglavnom nema vezanih proteina 37 1/05 kb jako malo transkripcija veéeg broja ‘gena sa oba lanca (policistronska) * introni + %kodirajuée DNK + upotreba kodona + rekombinacije 1.5% univerzalna paru u mejozi + nasledivanje prisutni u veéini gena bar jedan po svakom homologom mendelski za sekvence na Xi odsutni ~93% odstupanja nisu otigledne iskljucivo materinski autozomima; paternalno za Y Geli, Sto najvise pogadaja tkiva i organe koji imaju veliku potroSnju energije. Stoga bolesti foje su posledica ovih mutacija pogadaju pre svega nervno i mi8iéno tkivo. Poremeéaji vezani za mtDNK se nasleduju iskijutivo preko majke - matroklino. Mutacije ne moraju da pogode sve molekule mtDNK u éeliji i tkivu. U istoj eliji mogu da postoje i mtDNK sa mutacijom inormalne mtDNK, Sto je pojava koja se naziva heteroplazmija. U zavisnosti od udela mutiranih i nemutiranih molekula variraée i stepen ispoljavanja poremeéaja. Kod éoveka je registrovano nekoliko stotina poreme¢aja koji su vezani za mtDNK. Najée8¢i od njih su Leberova optitka atrofija, neke vrste migiénih distrofija, epilepsije idr. REPLIKACIJA DNK Replikacija (lat. replica, duplikat, kopija) je proces udvajanja molekula DNK. Pri tom se od ‘jednog molékula DNK dobijaju dva nova molekula Koja su identiéna sa njime kao i medusobno. Proces replikacije mora da prethodi deobi éelije. Naime, pre nego sto se éelija podeli, ona mora produkovati~-novu™ Kopiju svakog hromozoma, dakle mora obaviti replikaciju_ DNK da bi majka éelija mogla da prenese identiénu kopiju naslednog materijala obema éerkama ¢elijama. Time je omoguéeno da se celokupna genetska informacija majke éelije prenese na ¢erke éelije. Na taj natin proces replikacije obezbeduje_stalnostu_koliinii sadrZaju DNK, a time i konstantnost u prenosu