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QVASP

User’s Guide
中文手册
Version 2.0

Aug 17, 2017


功能描述
QVASP 是一款 VASP 输入输出的辅助软件,它能够很好地方便用户输入正确
的输入文件以及很好地辅助用户处理输出文件,包括且不限于软件的图形输
出。这一则简单的手册是为了引导用户了解 QVASP 的功能,如何安装以及
方便地使用它。这一则工具大部分的工具由易文才所编写,并有部分功能来
自常年来在网络间的收集,此部分代码难以联系到作者,且我个人对源码均
已做了进一步的修正,为了避免纠纷,暂时仅提供 bash 源码,凡 fortran 编写
的代码均只提高二级制执行文件,如果需要某功能源码的小伙伴,在承诺不
外传的情况下,请联系我。这一则程序学术免费,您可以在网络间任意传播,
但如果真的觉得对您的科研有所帮助,请在论文的致谢中加上一句“We
thank Dr Wencai Yi for his useful tool qvasp”。对该程序有任何的改进建议,
请联系我:yi.wencai@163.com

它是如何工作的?
了解它是如何工作的对您将来的高校地使用比较重要,首先来看它的文件结
构:

qvasp 作为主程序会伴随着后面接的关键字调用不同的功能的子程序,以产
生 或 处 理 相 应 的 文 件 。 比 如 , 使 用 qvasp -fix , 则 程 序 会 首 先 调 用
$qvasp/exefile/POSCAR/fix-pos.x 这个小程序来固定原子位置,之后会调用
$qvasp/exefile/Tools/defaultpre.sh 来产生 INCAR, KPOINTS, POTCAR 以及提
交任务用的 vasp5.pbs 脚本程序,之后再您详细检查和修正各输入参数后,提
交作业。
这样做的好处是,可以把这个大工具分为无限多的模块小工具,非常利于程
序的模块化和随时加入新的工具。

如何调出帮助文档?
如果你觉得 qvasp 后面接的关键字太多太复杂,记不住,那么调出帮助文档
是最好的选择。通常,调出帮助文档的方式为 qvasp -help,而当你任意输入
错误的指令,比如 qvasp -catanddog 这个时候,qvasp 默认为你现在需要它的
帮助文档,即立即会打印出帮助文档供你参考。

它能帮我干哪些活儿?
这个时候,不如我们机智地使用 qvasp -help 来调出帮助文档来瞅一瞅:

我们可以看到,它可以依照咱们的需求帮助咱们的需求产生 INCAR 文件,简


单处理得到 POSCAR,产生 K-mesh 的 KPOITS 文件和方便地产生各种
POTCAR 文件,还有计算完成后处理数据的各种软件(读能量,处理能带
DOS 等),并且将来这些工具来会进一步增加,学术宝宝们再也不用四处去
找这些工具发愁了。
如何安装它?
1. 解压: tar –zxvf qvasp.tar.gz (需要在 linux 用命令解压,而不是在 windows
中解压好后再上传,这样你会失去文件的权限)
2. 补全 VASP 赝势文件,vtstscripts, 修改 INCAR, vasp5.pbs 至自己合适的版本
3. 选择合适的 showstatus.sh
4. 添加环境变量(sh install.sh)

使用、测试和算例
安装好后,我们来详细介绍每一个命令的功能
qvasp 显示作业状态,路径
qvasp -h 打印帮助文档
qvasp -del jobid 杀作业
qvasp -sub foldername 批量提交作业

INCAR 产生一类
qvasp -optim 产生优化结构的 INCAR,注意 ISIF 默认为 2,如果优化晶体需
要改为 3
qvasp -ts 产生搜索过渡态的 INCAR
qvasp -scf 产生静态自洽的 INCAR
qvasp -elf 产生输出电荷局域信息的 INCAR
qvasp -vacp 产生计算真空能级,功函数的 INCAR
qvasp -band 产 生 计 算 能 带 的 INCAR , 注 意 计 算 能 带 需 要 自 洽 产 生 的
CHGCAR
qvasp -dos 产生计算态密度的 INCAR,注意计算态密度需要自洽产生的
CHGCAR
qvasp -bader 产生能进行 bader 电荷分析的 INCAR
qvasp -hse 产生计算包含 HSE06 能带或者态密度的 INCAR
qvasp -md 产生跑分子动力学的 INCAR,默认系综 NVT
qvasp -elastic 产生计算弹性常数的 INCAR
qvasp -partchg 产生输出 Patical Charge 的 INCAR,注意计算需要 WAVCAR,
且修改 INCAR 中的 IBAND 和 KPUSE
qvasp -freq 产生计算过渡态频率分析的 INCAR
qvasp -optics 产生计算光学性质的 INCAR,通常包含 HSE06
qvasp -phono 产生计算声子谱的 INCAR

POSCAR 产生一类
qvasp -fix 固定表面模型特定层原子的位置。输入为 VESTA 导出的.vasp 文件,
记住务必需要加上后缀.vasp 以便 qvasp 来识别这个要转化的文件,之后输入
要固定层数的区间,来产生新的 POSCAR 文件
qvasp -t number 为过渡态插点,实际调用的 vtstscripts 的 nebmake.pl,初态以
POSCAR 的格式命名为 R,末态命名为 P,number 为拆点数目
qvasp -t2 为提供的另外一种过渡态插点方法,即使用 Materials studio 的插点
方式插点,初态命名为 POSCAR1 放于文件夹中,用 MS 插点文件*.arc 重命
名为 POSCAR2, number 为插点个数。
qvasp -sc POSCAR 为 POSCAR 扩展超胞,同理,如果想扩展 CONTCAR,后
面接 CONTCAR 就可以了,之后会提示您要扩几倍的超胞。
qvasp -zc 为搜索反应过渡态搜索出含有多个虚频的结果尝试消虚频,直接在
计算频率的文件夹中输入这个命令,会进一步提示输入矫正因子,即可产生
新的 POSCAR,再算频率。

KPOINTS 产生一类
qvasp -k number 自动产生 K-mesh 的命令,能够自动分辨结构维度,并将含有
真空的方向设置为 1。后面的 number 也可以省略,默认为 0.2。K-mesh 的单
位为2π×0.2 Å-1 。

POTCAR 产生工具
qvasp -pw91 NameOfElements 产生 PAW_PW91 的赝势,比如要产生 C O H 的
赝势,则直接用 qvasp -pw91 C O H 即可,避免用户自己去复制的过程出错。
qvasp -pbe NameOfElements 同上,PAW_PBE
qvasp -lda NameOfElements 同上,PAW_LDA
qvasp -cp 检查产生的 POTCAR 是否正确

Tools 后处理工具集
qvasp -e 从 OUTCAR 读取能量
qvasp -bandd 处理能带计算结果
qvasp -dosd 处理态密度计算节点,实际调用 vtstscripts 的 split_dos
qvasp -vacpd 处理计算真空势,功函数的计算结果
qvasp -elasticd 从 OUTCAR 读取计算出来的弹性常数
qvasp -opticsd 处理计算光学性质的结果
qvasp -ldos DOS* 得到 LDOS.dat,例如要将 DOS2 DOS4 DOS8 加起来,那么
则利用命令 qvasp -ldos DOS2 DOS4 DOS8 即可得到 LDOS.dat
qvasp -findsym 默 认 从 CONTCAR 中 读 取 结 构 空 间 群 信 息 , 如 果 没 有
CONTCAR,则读 POSCAR。默认 tolerance 为 0.2,如果要用 0.1,则 qvasp -
findsym 0.1 即可
qvasp -findcell 转化 CONTCAR 或者 POSCAR 为 primal cell, 输出为 cell.vasp
qvasp -zpe 从过渡态频率计算中读出零点能校正值
qvasp -cif 将 CONTCAR 或者 POSCAR 转化为 out.cif,这个文件可以直接由
MS 或者 Gauss View 或者 VESTA 打开,方便查看结构。
qvasp -gauss 将 OUTCAR 优化过程转化为 Gauss View 打开的 log 文件,输出
为 VASP.log,该 log 文件可以方便生成优化过程中的动画。

在 qvasp 根目录我和特意添加了测试的算例(文件夹名字为 test),欢迎一试。

此软件录有其配套的教学软件,欢迎移步到直答理工网观看:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=195

提问讨论组:http://www.goscience.cn/group/groupInfo?id=74

欢迎关注我的 RearchGate: https://www.researchgate.net/profile/Wencai_Yi

刚 刚 推 出 时 , bug 再 所 难 免 , 若 有 改 进 建 议 , 欢 迎 发 送 到 我 的 邮 箱 :
yi.wencai@163.com,我会尽量抽取时间集中一起处理 bug,预计两个月后会
出 v2.1 的版本,请关注 qvasp -help 抬头软件的版本号,以正确使用更新版本,
避免 bug 版本。

易文才
2017/08/28 于 csun

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