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中文手册
Version 2.0
它是如何工作的?
了解它是如何工作的对您将来的高校地使用比较重要,首先来看它的文件结
构:
qvasp 作为主程序会伴随着后面接的关键字调用不同的功能的子程序,以产
生 或 处 理 相 应 的 文 件 。 比 如 , 使 用 qvasp -fix , 则 程 序 会 首 先 调 用
$qvasp/exefile/POSCAR/fix-pos.x 这个小程序来固定原子位置,之后会调用
$qvasp/exefile/Tools/defaultpre.sh 来产生 INCAR, KPOINTS, POTCAR 以及提
交任务用的 vasp5.pbs 脚本程序,之后再您详细检查和修正各输入参数后,提
交作业。
这样做的好处是,可以把这个大工具分为无限多的模块小工具,非常利于程
序的模块化和随时加入新的工具。
如何调出帮助文档?
如果你觉得 qvasp 后面接的关键字太多太复杂,记不住,那么调出帮助文档
是最好的选择。通常,调出帮助文档的方式为 qvasp -help,而当你任意输入
错误的指令,比如 qvasp -catanddog 这个时候,qvasp 默认为你现在需要它的
帮助文档,即立即会打印出帮助文档供你参考。
它能帮我干哪些活儿?
这个时候,不如我们机智地使用 qvasp -help 来调出帮助文档来瞅一瞅:
使用、测试和算例
安装好后,我们来详细介绍每一个命令的功能
qvasp 显示作业状态,路径
qvasp -h 打印帮助文档
qvasp -del jobid 杀作业
qvasp -sub foldername 批量提交作业
INCAR 产生一类
qvasp -optim 产生优化结构的 INCAR,注意 ISIF 默认为 2,如果优化晶体需
要改为 3
qvasp -ts 产生搜索过渡态的 INCAR
qvasp -scf 产生静态自洽的 INCAR
qvasp -elf 产生输出电荷局域信息的 INCAR
qvasp -vacp 产生计算真空能级,功函数的 INCAR
qvasp -band 产 生 计 算 能 带 的 INCAR , 注 意 计 算 能 带 需 要 自 洽 产 生 的
CHGCAR
qvasp -dos 产生计算态密度的 INCAR,注意计算态密度需要自洽产生的
CHGCAR
qvasp -bader 产生能进行 bader 电荷分析的 INCAR
qvasp -hse 产生计算包含 HSE06 能带或者态密度的 INCAR
qvasp -md 产生跑分子动力学的 INCAR,默认系综 NVT
qvasp -elastic 产生计算弹性常数的 INCAR
qvasp -partchg 产生输出 Patical Charge 的 INCAR,注意计算需要 WAVCAR,
且修改 INCAR 中的 IBAND 和 KPUSE
qvasp -freq 产生计算过渡态频率分析的 INCAR
qvasp -optics 产生计算光学性质的 INCAR,通常包含 HSE06
qvasp -phono 产生计算声子谱的 INCAR
POSCAR 产生一类
qvasp -fix 固定表面模型特定层原子的位置。输入为 VESTA 导出的.vasp 文件,
记住务必需要加上后缀.vasp 以便 qvasp 来识别这个要转化的文件,之后输入
要固定层数的区间,来产生新的 POSCAR 文件
qvasp -t number 为过渡态插点,实际调用的 vtstscripts 的 nebmake.pl,初态以
POSCAR 的格式命名为 R,末态命名为 P,number 为拆点数目
qvasp -t2 为提供的另外一种过渡态插点方法,即使用 Materials studio 的插点
方式插点,初态命名为 POSCAR1 放于文件夹中,用 MS 插点文件*.arc 重命
名为 POSCAR2, number 为插点个数。
qvasp -sc POSCAR 为 POSCAR 扩展超胞,同理,如果想扩展 CONTCAR,后
面接 CONTCAR 就可以了,之后会提示您要扩几倍的超胞。
qvasp -zc 为搜索反应过渡态搜索出含有多个虚频的结果尝试消虚频,直接在
计算频率的文件夹中输入这个命令,会进一步提示输入矫正因子,即可产生
新的 POSCAR,再算频率。
KPOINTS 产生一类
qvasp -k number 自动产生 K-mesh 的命令,能够自动分辨结构维度,并将含有
真空的方向设置为 1。后面的 number 也可以省略,默认为 0.2。K-mesh 的单
位为2π×0.2 Å-1 。
POTCAR 产生工具
qvasp -pw91 NameOfElements 产生 PAW_PW91 的赝势,比如要产生 C O H 的
赝势,则直接用 qvasp -pw91 C O H 即可,避免用户自己去复制的过程出错。
qvasp -pbe NameOfElements 同上,PAW_PBE
qvasp -lda NameOfElements 同上,PAW_LDA
qvasp -cp 检查产生的 POTCAR 是否正确
Tools 后处理工具集
qvasp -e 从 OUTCAR 读取能量
qvasp -bandd 处理能带计算结果
qvasp -dosd 处理态密度计算节点,实际调用 vtstscripts 的 split_dos
qvasp -vacpd 处理计算真空势,功函数的计算结果
qvasp -elasticd 从 OUTCAR 读取计算出来的弹性常数
qvasp -opticsd 处理计算光学性质的结果
qvasp -ldos DOS* 得到 LDOS.dat,例如要将 DOS2 DOS4 DOS8 加起来,那么
则利用命令 qvasp -ldos DOS2 DOS4 DOS8 即可得到 LDOS.dat
qvasp -findsym 默 认 从 CONTCAR 中 读 取 结 构 空 间 群 信 息 , 如 果 没 有
CONTCAR,则读 POSCAR。默认 tolerance 为 0.2,如果要用 0.1,则 qvasp -
findsym 0.1 即可
qvasp -findcell 转化 CONTCAR 或者 POSCAR 为 primal cell, 输出为 cell.vasp
qvasp -zpe 从过渡态频率计算中读出零点能校正值
qvasp -cif 将 CONTCAR 或者 POSCAR 转化为 out.cif,这个文件可以直接由
MS 或者 Gauss View 或者 VESTA 打开,方便查看结构。
qvasp -gauss 将 OUTCAR 优化过程转化为 Gauss View 打开的 log 文件,输出
为 VASP.log,该 log 文件可以方便生成优化过程中的动画。
此软件录有其配套的教学软件,欢迎移步到直答理工网观看:
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=195
提问讨论组:http://www.goscience.cn/group/groupInfo?id=74
刚 刚 推 出 时 , bug 再 所 难 免 , 若 有 改 进 建 议 , 欢 迎 发 送 到 我 的 邮 箱 :
yi.wencai@163.com,我会尽量抽取时间集中一起处理 bug,预计两个月后会
出 v2.1 的版本,请关注 qvasp -help 抬头软件的版本号,以正确使用更新版本,
避免 bug 版本。
易文才
2017/08/28 于 csun