Professional Documents
Culture Documents
Лекція 2
Лекція 2
1068
Історичний екскурс
До ХХ ст. методів визначення вмісту амінокислот в білках не існувало. У 1901 р.
Е. Фішер і Е. Фурно синтезували перший дипептид гліцил-гліцин. Синтезувавши до 1919 р.
октадекапептид, Е. Фішер встановив, що основним зв’язком амінокислот в білках є амідний
зв’язок між NН2-групою однієї амінокислоти і СООН-групою іншої. Цей зв’язок він назвав
пептидним.
Важливі досягненнями у розумінні біосинтезу білків пов’язані з успіхами у
вивченні нуклеїнових кислот. У 1941 р. Т. Касперсон і у 1942 р. Ж. Браше встановили, що
в тканинах з активним синтезом білків підвищена кількість РНК. У 1954 р. П. Замечник, Д.
Літлфілд і Р. Хесін-Лур’є встановили, що найактивніше синтез білків відбувається у
збагачених РНК фракціях мікросом (термін мікросоми введений у 1949 р. А. Клодом як
фракція дрібних гранул). У 1958 р. М. Хогланд і П. Замечник та інші дослідники виявили,
що для активації кожної амінокислоти необхідний особливий фермент, АТФ і специфічна
тРНК. Стала зрозумілою запропонована у 1957 р. Ф. Кріком адапторна функція тРНК –
знаходження на мРНК місця для відповідної амінокислоти у поліпептиді, який формується.
Ці та інші відкриття 50-х років минулого століття стали основою нинішніх уявлень
про біосинтез білків. Ці відкриття можна сумувати у вигляді трьох постулатів. 1. Місцем
синтезу білків із амінокислот є рибонуклеопротеїдні частки, які Р. Робертсон (1958) назвав
рибосомами. 2. Інкубація амінокислот з АТФ і цитозольною фракцією клітин печінки
приводить до активації амінокислот, які приєднуються до низькомолекулярної
термостабільної РНК, які тепер називають тРНК. Структура першої тРНК – аланінова тРНК
– була встановлена Р. Холлі у 1965 р., що сприяло роботам Г. Корани з синтезу молекул
ДНК, які кодують аланінову тРНК. Ці роботи завершилися у 1970 р. синтезом гена. 3. тРНК
виконує роль адаптора, зв’язуючись однією частиною молекули з амінокислотою, а другою
– з короткою нуклеотидною послідовністю мРНК.
У 1956 – 1957 рр. А. Білозерський і О. Спірін показали, що існує мінорна фракція
РНК, яка повністю відповідає за нуклеотидним складом ДНК і яка може бути істинним
переносником генетичної інформації – від ДНК до білка. Цілеспрямований пошук такої
РНК, який проводився в кількох провідних лабораторіях світу, успішно закінчився у 1961
р. В цьому році С. Бреннер, Ф. Жакоб і М. Месельсон та Ф. Гро і Дж. Уотсон з
співробітниками виявили ДНК-подібну РНК у бактерій. Протягом наступних кількох років
аналогічну РНК виявили у різних еукаріотичних клітинах. Для її позначення був
запропонований термін „інформаційна”, чи „матрична” (інколи – „месенджерна”) РНК.
Класичні дослідження рибосом були проведені у 1958 – 1959 рр. А. Тисьєром і Дж.
Уотсоном. Пізніше було встановлено, що рибосоми дисоціюють на дві різні за масою
1069
субодиниці, до складу яких входить по одній молекулі РНК. У 1963 р. О. Спіріну і Н.
Кисельову вдалося «розгорнути» рибосомні субодиниці і показати, що рибосома – це
компактно організований рибонуклеотидний ланцюг. У 1967 р. М. Номура реконструював
активну рибосому із РНК і білків. На роль рибосомної РНК як специфічної матриці для
зв’язування багаточисельних рибосомальних білків вказував О. Спірін у 1968 р. З 1962 р.
(А. Річ) стало відомо, що рибосоми існують не тільки поодинці, а й у складі полісом.
Виявлення полісом дозволило А. Річу і Дж. Уотсону (1963) припустити, що в процесі
синтезу білка рибосома рухається по мРНК і зчитує інформацію про черговість приєднання
нових амінокислот. В результаті досліджень М. Ніренберга, С. Очоа, Ф. Ліпмана, Г. Корани
і інших дослідників у 1963-1970 рр. стало зрозуміло, що поряд з мРНК, рибосомами, і
аміноацил-тРНК в процесі трансляції беруть участь багато різноманітних факторів, а сам
процес трансляції умовно поділяється на три етапи – ініціацію, власне трансляцію і
термінацію.
Перші спроби пояснити регуляторну активність генів, або, що те ж саме, регуляцію
синтезу білків, були зв’язані з вивченням гістонів. Е. і Е. Стедмани на початку 40-х років
отримали чіткі дані про відмінності хімічної природи гістонових білків. У 1961 р. Ф. Жакоб
і Ж. Моно запропонували схему регуляції активності генів. За цією схемою у ДНК, окрім
структурних генів, є гени-регулятори і гени-оператори. Ген-регулятор кодує синтез
репресора, який може приєднуватись як до гена-оператора, так і до індуктора (наприклад,
лактоза). Якщо в середовищі немає індуктора, то репресор зв’язується з геном-оператором
і виключає роботу всього оперону – блок структурних генів з оператором. Якщо з’являється
індуктор, то репресор зв’язується з ним, знімаючи блок гена-оператора. Окрім цієї схеми, в
клітині існують і інші механізми регуляції генів: клітинною мембраною (Ф. Жакоб, С.
Бреннер, 1963 р.), мутагенними факторами (Ф. Жакоб, 1954 р.), транскрипцією невеликих
молекул ДНК в цитоплазмі (Ф. Белл, 1970 р.) та ін.
Таким чином, у 80-х роках минулого століття сформувалось уявлення, що
регуляція активності генів відбувається на рівні реплікації, транскрипції і трансляції.
1070
– мРНК, яка поступає до рибосом і там направляє синтез одного чи кількох
поліпептидів, амінокислотна послідовність яких була закодована геном (чи групою генів) у
хромосомі;
– тРНК, яка забезпечує постачання амінокислот до рибосом у визначений час;
– рРНК, що є матрицею для рибосомальних білків, які також синтезуються за
рахунок інформації генів. Окрім цього, синтезуються регуляторні послідовності, хвостові
послідовності і інші РНК. Між процесами реплікації і транскрипції існує важлива
відмінність. В процесі реплікації копіюється вся хромосома і утворюються ідентичні
батьківським дочірні ДНК. Процес транскрипції ДНК відбувається вибірково (окремих
генів чи групи генів), направляється регуляторними послідовностями, які визначають
початок і кінець ділянок ДНК, що підлягають транскрибуванню.
1071
РНК-полімераза
Транскрипція
Трансляція
Транскрипція
Поліаденилювання
Трансляція
Транспорт мРНК із ядра в цитоплазму відбувається через ядерні пори. Усі стадії
процесингу і транспорту регулюються. Час від початку синтезу мРНК до її виходу в
цитоплазму складає більше 10 хвилин. Враховуючи такий час і високу стабільність мРНК,
оперативна регуляція білкового синтезу у еукаріот на рівні транскрипції неможлива. Тому
в таких клітинах важливу роль відіграє регуляція білкового синтезу на
посттранскрипційному рівні. Частина синтезованих молекул мРНК знаходиться в
неактивному (репресованому чи замаскованому) стані.
мРНК прокаріот часто є поліцистронними, тобто мають інформацію для кількох
поліпептидних ланцюгів. Дозрілі мРНК еукаріот, як правило, є моноцистронними і кодують
лише один поліпептидний ланцюг. Ті частини молекули, в яких закодовані білки, є
транслюючими. Області молекули, які не транслюються, можуть досягти (і перевищувати)
довжини транслюючих. Такі нетранслюючі області (рис. 1) знаходяться на обох кінцях
молекули мРНК і називаються 5/- і 3/-нетранслюючими областями (5/- і 3/-НТО). У таких
1072
послідовностях локалізована інформація, яка визначає поведінку мРНК в клітині –
активність, час життя, внутрішньоклітинний розподіл.
Правила перекладу послідовності нуклеотидів РНК в амінокислотну послідовність
білків – генетичний код – були розшифровані у 1966 р. М. Ніренбергом і С. Очоа. Завдання
зводилось до того, щоб чотирма основами записати двадцять амінокислот. Звідси видно, що
код не може складатися із одного нуклеотиду, не може складатися і із двох нуклеотидів (4
х 4 = 16). Кожний триплет нуклеотидів – код − визначає включення однієї амінокислоти, а
кожна молекула мРНК може бути прочитана в будь-якій із трьох рамок зчитування в
залежності від того, з якого нуклеотиду молекули розпочинається процес декодування (рис.
2). Лише одна рамка зчитування дає функціональний білок. Оскільки інформація записана
в РНК (за виключенням початку і кінця кодуючої ділянки) „без знаків правопису”, рамка
зчитування встановлюється при ініціації трансляції і зберігається протягом всього процесу.
Рис. 2. Три рамки зчитування молекули мРНК. Зчитування йде в напрямку від 5 /- до 3/-кінця
по три нуклеотиди. Тому одна послідовність нуклеотидів у молекулі РНК, в залежності від
рамки зчитування (1, 2, 3), теоретично може кодувати три різні послідовності
амінокислотних залишків у молекулі поліпептиду.
1073
триплетом, з якого і розпочинається дешифровка інформації в мРНК (старт-кодон). Будь-
який наступний кодон АУГ просто кодує метионін (не є старт-кодоном). В кінці гена
обов’язково локалізований один (або два) стоп-кодон.
Б Друга буква
U C A G
UUU UCU UAU UGU U
Phe Tyr Cys
U UUC UCC UAC UGC C
Ser
UUA UCA UAA стоп UGA стоп A
Leu
UUG UCG UAG стоп UGG Trp G
CUU CCU CAU CGU U
His
C CUC CCC CAC CGC C
Leu Pro Arg
CUA CCA CAA CGA A
Перша Gln G Третя
CUG CCG CAG CGG
буква AUU ACU AAU AGU U буква
Asn Ser
A AUC Ile ACC AAC AGC C
Thr
AUA ACA AAA AGA A
Arg
AUG Met ACG AAG Lys AGG G
GUU GCU GAU GGU U
Asp
G GUC Val GCC GAC GGC C
Ala Gly
GUA GCA GAA Glu GGA A
GUG GCG GAG GGG G
Рис. 3. Генетичний код у вигляді кола (А) і у вигляді таблиці (Б). А– внутрішнє коло – перша
буква кодону, друге коло – друга буква кодону, третє коло – третя буква кодону, зовнішнє
коло – амінокислоти, НП і П – неполярні і полярні амінокислоти. Б – виділені три стоп- і
один старт-кодони.
Аналізуючи таблицю генетичного коду (рис. 3), можна зробити висновок, що для
кодування більшості амінокислот істотними є два перших нуклеотиди. Тобто, заміни
нуклеотидів у третьому положенні (мутації) багатьох кодонів просто не будуть виявлятися.
Це ж стосується і замін полярних амінокислотних залишків на інші полярні і неполярних –
на інші неполярні. Такі мутантні білки не втрачають повністю свою активність. Так, мабуть,
виникли в еволюції поліпептид-синоніми, які мають однакову геометричну структуру і
1074
ферментативну активність, але різну первинну структуру. Це ж означає, що генетичний код
має високий рівень стійкості по відношенню до місенс-мутацій (мутацій, які змінюють
зміст кодонів). Частіше проявляються місенс-мутації, які приводять до заміни полярних
залишків амінокислот на неполярні і навпаки.
Принципово інші можливості має перетворення змістовних кодонів на нонсенс-
кодони – нонсенс-мутації. Такі мутації блокують нормальну трансляцію мРНК, будуть
з’являтися N-термінальні фрагменти білків. Такі ж високі шанси свого виявлення мають
мутації зміщення рамок зчитування, які виникають в результаті вставки зайвої або
випадання пари нуклеотидів в ДНК гена. У цьому випадку фіксований початок зчитування
залишається незмінним, але, починаючи з місця вставки (випадання), зміст усіх наступних
кодонів буде змінений. Більше того, через певний час серед цих нових кодонів зустрінеться
один із трьох стоп-кодонів і трансляція зупиниться.
Таким чином, внаслідок специфічної організації генетичного коду кодонам-
нонсенсам відводиться особлива роль – термінаторів трансляції. Тому, виникаючи
мутаційним шляхом, вони, як і мутації зміщення рамки зчитування, проявляються частіше,
ніж мутації-місенси, які змінюють зміст кодонів. Нонсенси і зміщення рамки зчитування
часто зустрічаються у псевдогенах. Вони дуже схожі зі звичайними генами, але їх
активність заблокована мутаціями: зміщенням зчитування і нонсенсами. Псевдогени є
резервом еволюційного процесу. Їх фрагменти можуть використовуватися при виникненні
нових генів.
Усі триплети у мРНК, які кодують певні амінокисоти, впізнаються у рибосомах
специфічними молекулами тРНК з приєднаними до них амінокислотами. Термінуючі
кодони впізнаються спеціальними білками – факторами термінації. Для підвищення
надійності термінації стоп-кодони дублюються. Першим, як правило, виступає основний
термінуючий триплет – УАА, за яким на близькій відстані – один із двох інших. Старт-
кодон також впізнається при певних умовах. Інколи ініціація транскрипції з метионіну
може відбутися і на інших кодонах: АУА і АУУ (ізолейцин), УУГ (лейцин). Тобто, для
виконання ролі старт-кодону, важливим є не тільки послідовність самого кодону, а й певні
умови, які „роблять” його ініціюючим. У прокаріот для ефективної ініціації синтезу білка
кодон повинен знаходитися на вершині шпильки, яка утворюється суміжними
комплементарними ділянками мРНК, а передувати їй за 3 – 10 нуклеотидів повинна
поліпуринова послідовність (послідовність Шайна-Дальгарно, SD). Ця послідовність (рис.
4) комплементарна рибосомній РНК і сприяє зв’язуванню рибосом в області ініціюючого
кодону.
1075
Рис. 4. Приклади порушень загальних правил кодування. А – впізнавання ініціюючого
кодону на мРНК бактерій; Б – зчитування стоп-кодону УГА як кодону селеноцистеїну
(СеЦ); В – зміна рамки зчитування на – 1 при трансляції ретровірусної РНК; Г – стрибок
рибосоми на 50 нуклеотидів при трансляції мРНК бактеріофагу Т4.
У еукаріот ініціація відбувається з першого АУГ, але тільки тоді, коли за два
нуклеотиди до нього знаходиться один із пуринових нуклеотидів, а після нього – гуанін.
Найоптимальнішим для впізнавання ініціюючого кодону у ссавців вважається оточення:
ГЦЦГЦЦА(Г)ЦЦАУГГА. Якщо перший АУГ у мРНК знаходиться не у оптимальному
контексті, він пропускається, а ініціація розпочинається з наступного АУГ. Важливим для
ініціації трансляції є наявність кеп-структури на 5/-кінці і полі(А)-послідовності на 3/-кінці
мРНК. При такому способі ініціації трансляції у еукаріот послідовність мРНК ніби
оглядається (сканується) від кеп-структури для пошуку кодону АУГ в оптимальному
контексті. Така ініціація отримала назву кеп-залежна ініціація за скануючим механізмом.
Іншим механізмом є внутрішня ініціація. Специфічні білки, які здатні сприяти ініціації
трансляції, впізнають послідовності перед внутрішнім АУГ. За таким механізмом
ініціюється трансляція на багатьох вірусних РНК, а також на окремих клітинних мРНК, які
кодують дуже важливі регуляторні білки, наприклад, фактори росту. Вміст таких білків
завжди малий, а збільшення їх кількості в клітині може супроводжуватись трансформацією
клітин на ракові. Деякі віруси за цим механізмом здатні виключати ініціацію трансляції
клітинних мРНК за скануючим механізмом і переключати білок-синтезуючий апарат
клітини на синтез власних білків за механізмом внутрішньої ініціації.
Оточення кодона може навіть змінювати значення кодона. Так, амінокислота
селеноцистеїн (аналог цистеїну, у якого S замінена на Se) безпосередньо включається в
1076
білок, хоч власного кодону не має. Вона кодується стоп-кодоном УГА, якщо за ним
(безпосередньо чи на певній віддалі) знаходиться особлива послідовність (рис. 4, Б). Деякі
мРНК мають сигнали на зміну рамки зчитування на -1, + 1 і + 2 (рис. 4, В). Більше того,
зчитування не завжди є безперервним. Наприклад, при трансляції мРНК гена 6О фага Т4
значна послідовність може пропускатися (рис. 4, Г). При цьому рибосома «перестрибує» з
одного гліцинового кодону ГГА (який знаходиться перед стоп-кодоном УАГ) на інший
гліциновий кодон ГГА, який від першого знаходиться на віддалі 50 нуклеотидів. Частина
мРНК, яка при цьому пропускається, створює петлеподібну структуру.
Таким чином, наведені приклади порушення загальних правил кодування пов’язані
з існуванням певного контексту у мРНК (певної послідовності). Цей контекст, або
перекодуючі сигнали, інколи називають другим генетичним кодоном.
1077
Вибірковий вплив на активність мРНК виявляють специфічні регуляторні білки
або спеціальні регуляторні РНК. Обидва ці регулятори виявляють свою дію, зв’язуючись зі
специфічними послідовностями чи структурами в мРНК, які називаються регуляторними
елементами. У більшості такі елементи розміщуються в 5/-НТО поблизу ініціюючого
кодону. При зв’язуванні з мРНК на великих віддалях від місця ініціації регуляторні білки
впливають на процес ініціації шляхом зміни загальної просторової структури мРНК,
змінюючи таким чином доступність ініціюючого кодону. Регуляторні ефекти проявляють
спеціальні білки, які мають „свої” функції, а як регуляторні виступають „за сумісництвом”
і самі продукти трансляції (авторегуляція). Прикладом авторегуляції є трансляція мРНК
треоніл-тРНК-синтетази у бактерій, яка знаходиться під контролем самої синтетази.
Авторегуляція досягається за рахунок специфічної спорідненості треоніл-тРНК-синтетази
до своєї матриці. Таке зв’язування відбувається в 5 /-НТО зі специфічною послідовністю,
яка складається у вторинну структуру, що нагадує окремі елементи вторинної структури
треонілової тРНК. Коли фермента мало, він зв’язується зі своїм субстратом (треоніл-тРНК),
коли багато – зв’язується з 5/-НТО мРНК. Це приводить до утворення двохспіральної
структури, до якої входить і ініціюючий кодон.
Прикладом регуляції трансляції мРНК у еукаріотичних клітинах є синтез
феритину (залізозв’язуючий білок). Сам синтез феритину залежить від рівня вільних іонів
заліза: у присутності Fe феритин синтезується, при нестачі Fe – трансляція мРНК
зупиняється на стадії ініціації. Виявилось, що регуляція синтезу феритину залежить від
специфічної послідовності довжиною 26 нуклеотидів, яка утворює шпильку у 5/-НТО (рис.
5). Коли заліза мало, то шпилька зв’язує білок-репресор – аконітазу циклу Кребса, який
заважає скануванню 5/-НТО рибосомами. Коли заліза багато, білок-репресор зв’язується з
ним і дисоціює від 5/-НТО феритинової мРНК і трансляція активується. Синтезований
феритин „забирає” залізо у репресора, який знову зв’язується з мРНК і зупиняє синтез
феритину.
1078
А Б
АУГ АУГ
Елемент
нестабільності
Аконітаза Аконітаза
Феритин
АУГ
Регуляторний елемент
АУГ
1079
диференціювання цей білок буде синтезований. Схема розміщення цієї інформації на
молекулі мРНК показана на рис. 6.
Перекодуючі
сигнали
Сигнали
Зміни цитоплазматичного
Зсув Стрибок змісту і ядерного
рамки рибосоми кодону поліаденілювання
Сигнал Елементи
внутрішньої нестабільності
ініціації мРНК
Сигнал
внутриклітинної
Регуляторні локалізації
елементи
1080
Після приєднання до промотора, фермент розкручує невелику ділянку ДНК, один із
ланцюгів якої стає матрицею для синтезу РНК (рис. 7, А).
Сам синтез – це комплементарне спарювання основ рибонуклеозидтрифосфатів з
основами ДНК. Спочатку полімераза з’єднує два мономери, що і є початком синтезу. Після
цього, РНК-полімераза, рухаючись вздовж ДНК, додає по одному рибонуклеотиду до уже
синтезованого ланцюга, тобто нарощує РНК в напрямку 5/ → 3/. Рушійною силою реакції є
термодинамічно вигідні зміни вільної енергії при гідролізі пірофосфату до неорганічного
фосфату (рис. 7 Б). В процесі синтезу РНК утворюється гібридний дуплекс ДНК-РНК, що є
необхідним для правильного зчитування ланцюга ДНК. Такий дуплекс невеликий (у
бактерій – 17 п.н.), час його існування невеликий, оскільки за молекулою полімерази
спіраль ДНК-РНК відновлюється, бо зв’язування між мономерами ДНК є сильнішим, ніж
мономерами РНК і ДНК. Подовження молекули РНК продовжується до тих пір, поки
фермент не зустріне ще одну специфічну послідовність – сигнал термінації транскрипції
(стоп-сигнал). У цьому місці полімераза від’єднується і від ДНК, і від РНК, яка стає вільною
одноланцюговою молекулою з числом нуклеотидів від 70 до 10 000.
1081
6
3
2
А 1 8
7
4
5
4
1
2 3
Б Основа = Основа
Основа = Основа
РР→ РН + РН +Е
Основа = Основа
Рис. 7. Схема синтезу РНК ДНК-залежною РНК-полімеразою (А), реакція елонгації (Б) і
утворення „шпильки” РНК (В). А: 1 – промотор, 2 – синтезована РНК, 3 – РНК-полімераза,
4, 7 – сайти закручування і розкручування спіралі ДНК, 5 – дуплекс РНК-ДНК, 6 –
рибонуклеозидтрифосфати і місце їх використання, 7 – сайт розкручування, 8 – сигнал
термінації транскрипції. Б: 1 – РНК, що синтезується, 2 – основи рибо- і
дезоксирибонуклеотидів, 3 – водневі зв’язки між основами, 4 – матричний ланцюг ДНК, 5
– гідроліз пірофосфату з вивільненням енергії (Е), 6 – рибонуклеозидтрифосфат, що
поступає в реакцію. Стрілками показано напрямок росту ланцюга РНК. В: 1 – ДНК
(матриця), 2 – РНК (транскрипт), 3 – шпилька, утворення якої сприяє зупинці синтезу.
1082
Транскрибується лише один ланцюг ДНК, тому РНК, що синтезується, відповідає
за нуклеотидною послідовністю іншому нематричному ланцюгу ДНК (за виключенням
того, що замість Т у ДНК, у РНК стоїть У). Вибір ланцюга ДНК визначається промотором,
оскільки синтез РНК відбувається лише у напрямку 5/ → 3/. РНК-полімераза, не залежно від
вибору ланцюга ДНК як матричного, охоплює велику (біля 60 п.н.) ділянку ДНК. Фермент
впізнає в молекулі ДНК дві чітко визначені – консервативні – шестинуклеотидні
послідовності, розділені приблизно 17-ма нуклеотидами. Такі послідовності називають
консенсусними послідовностями (consensus sequences), вони розміщуються від початку
синтезу РНК на 10 і 35 нуклеотидів. Разом з точкою початку синтезу ці послідовності
утворюють промотор. Полімераза зупиняє синтез після того, як буде синтезована ділянка із
декількох залишків У (що відповідає залишкам А на матриці) і самокомплементарна
нуклеотидна послідовність. Відповідні нуклеотидні послідовності на ДНК є стоп-сигналом.
Порядок нуклеотидів у самокомплементарній послідовності може бути різним.
Вирішальним для зупинки транскрипції є швидке утворення двохспіральної ділянки РНК –
шпильки (рис. 7, В).
У прокаріот усі типи РНК синтезуються однією РНК-полімеразою. Фермент
складається із 5-ти субодиниць: α, β, β/, ω і σ. σ-Субодиниця РНК-полімерази є фактором
ініціації транскрипції. Ця субодиниця забезпечує впізнавання консенсусних
послідовностей промотора, взаємодіючи в основному з великою борозною спіралі ДНК.
Тому РНК-полімерази, які працюють на різних промоторах, мають різні форми σ-
субодиниць, а бактерії мають кілька різних генів, які кодують їх утворення. Спочатку
фермент, зв’язуючись з ДНК, утворює „закритий комплекс”, у якому ланцюги ДНК не
роз’єднані (рис. 8). Наступним етапом є утворення «відкритого комплексу», у якому
матриця доступна для ініціації синтезу РНК. Полімераза, поки до її складу входить σ-
субодиниця, веде себе так, ніби вона прикріплена до області промотора і не здатна до
елонгації ланцюга РНК. Щоб відбулася елонгація, необхідно щоб від ферменту
дисоціювався фактор ініціації (на рис. 8 – це σ-субодиниця) і приєдналися інші білки –
фактори елонгації.
1083
Рис. 8. Схема взаємодії РНК-полімерази з промотором і початок синтезу РНК у бактерій. 1
– ДНК, 2 – РНК-полімераза з σ-субодиницею, 3 – дисоціація σ-субодиниці, 4 – відкритий
комплекс, 5 – фактор елонгації, 6 – матричний ланцюг ДНК, 7 – РНК, яка синтезується і на
якій синтезується білок (9) рибосомами (8) ще до закінчення синтезу РНК.
У еукаріотичних клітинах функціонує три ядерні РНК-полімерази (І, ІІ, ІІІ). РНК-
полімераза І локалізована у ядерці і бере участь в біосинтезі великих рРНК, РНК-полімераза
ІІ забезпечує синтез мРНК і малих ядерних РНК (мяРНК), а полімераза ІІІ відповідає за
синтез тРНК, малих рРНК і інших коротких стабільних РНК. На відіміну від
прокаріотичного ферменту, РНК-полімерази еукаріот не впізнають своїх промоторів на
очищених ДНК. Щоб відбулося впізнавання, ДНК повинна зв’язати специфічні білки –
фактори транскрипції (ФТ, ТF). Вони відрізняються від σ-субодиниць прокаріот тим, що
зв’язуються з ДНК незалежно від РНК-полімерази. Оскільки полімераз три, то і факторів
стільки ж: ФТ І, ФТ ІІ, ФТ ІІІ. Полімерази І і ІІ утворюють комплекси з тими факторами
транскрипції, які зв’язані на молекулі ДНК перед сайтом початку транскрипції, а
полімераза ІІІ – з факторами за таким сайтом. Важливим фактором для багатьох
промоторів РНК-полімерази ІІ є ФТ ІІ – ТАТА-фактор. Назва фактора походить від багатої
на А і Т послідовності ДНК – ТАТА-бокс, з яким фактор зв’язується і який розміщений за
25 – 30 нуклеотидів до сайта початку транскрипції (рис. 9).
1084
Рис. 9. Схема дії ТАТА-фактора, який стимулює транскрипцію РНК-полімеразою ІІ. 1 –
ТАТА-бокс, 2 – сайт початку транскрипції, 3 – приєднання ТАТА-фактора (ФТ ІІ), 4 –
приєднання РНК-полімерази (5), 6 – приєднання фактора ініціації (7), 8 – утоврення
відкритого комплексу (див. рис. 17.8). ТАТА-фактор залишається зв’язаним з ТАТА-
боксом під час синтезу РНК, що сприяє використанню одного промотора багатьма
молекулами РНК-полімерази.
1085
Рис. 10. Схема зображення ідеальної транскрипційної одиниці. 1, 8 – спейсерна ділянка
ДНК (яка не транскрибується); 2 – сигнал термінації; 3 – майже повний транскрипт; 4 –
напрямок транскрипції; 5 – молекули РНК-полімерази; 6 – транскрипційна одиниця; 7 –
молекули РНК в процесі елонгації; 8 – сигнал ініціації транскрипції.
Рис. 11. Кеп (7-метилгуанозин) 5/-кінця молекули РНК, синтезованої РНК-полімеразою ІІ.
Кеп приєднаний до 5/-кінця транскрипта РНК трифосфатним зв’язком.
1086
Такий 5/-кеп відіграє важливу роль в ініціації білкового синтезу (в т. ч. і у зв’язку
з рибосомою) і захищає РНК від деградації. 3/-Кінець транскриптів РНК-полімерази ІІ
утворюється в результаті модифікації: транскрипт розрізається в певному місці і до 3/-кінця
у точці розрізу спеціальна полімераза – поліаденілатполімераза – додає полі(А)-
послідовність від 100 до 200 залишків аденілової кислоти, утворюючи полі(А)-хвіст. Так
завершується утворення первинного транскрипту РНК. Сигналом до розрізання є синтез на
ланцюзі РНК за 10 – 30 нуклеотидів до сайту розрізання послідовності ААУААА. У
дріжджів полімераза ІІ зразу ж після розрізу РНК закінчує синтез. У вищих еукаріот
транскрипція продовжується, але транскрипти тепер не несуть на 5/-кінці кеп і тому швидко
руйнуються (рис. 12). Функція полі(А)-хвоста полягає у транспорті РНК із ядра і у зниженні
ферментативної деградації її в цитоплазмі.
1
4
2 3
Г
6
7
8
10
Г
9
1087
полі(А)-послідовність. Це дає підставу для припущення, що поліаденілат-полімераза має
щонайменше один фактор, який після завершення реакції поліаденилювання,
відщеплюється від фермента. Тому інші сигнали поліаденилювання (ААУААА) ферментом
„ігноруються”.
Первинний транскрипт є точною копією гена, до складу якого входять як екзони,
так і інтрони. Гени ссавців мають більше інтронних послідовностей, ніж екзонів. Через це
довгі молекули гяРНК (50 000 нуклеотидів) перетворюються у більш короткі молекули
мРНК (500 – 3000 нуклеотидів) в результаті процесу, який називається сплайсингом (англ.
splice – зрощувати). Це процес вирізання інтронів і з’єднання екзонів за допомогою малих
ядерних РНК (мяРНК), які складаються приблизно із 100 нуклеотидів. Нуклеотидна
послідовність мяРНК комплементарна послідовностям на обох кінцях кожного інтрону. В
результаті спарювання основ мяРНК і кінців інтронів утворюються „інтронні петлі”, що
наближує два сусідні екзони один до одного. Після цього стає можливим видалення інтрона,
що локалізований між двома екзонами і ферментативне з’єднання (сплайсинг) кодуючих
фрагментів – екзонів.
На відміну від прокаріот, у еукаріот синтезована РНК після синтезу зразу ж
конденсується з утворенням рибонуклеопротеїнів (РНП). По мірі елонгації транскрипту
РНК гяРНП швидко утворюються у місцях сполучення екзонів та інтронів і зливаються з
утворенням великих агрегатів – сплайсосом (60S), які і каталізують сплайсинг (рис. 13).
1088
А 2
1
Б 2 3 5 6
1 7
U1 4 U2
10
11
12
Рис. 13. Схема формування сплайсосом (А) і каталіз сплайсингу РНК сплайсосомою (Б). А:
1 – 5/-кінець транскрипту РНК; 2 – РНП-частки, при злитті яких утворюється сплайсосома
(3); 4 – ДНК. Б: 1, 7 – екзони молекули-попередника мРНК; 2 – донорний 5/-сайт сплайсинга;
3, 5 – мяРНП; 4 – інтрон; 6 – акцепторний 3/-сайт сплайсинга; 8 – формування сплайсосоми;
9 – утворення петлеподібної структури і розщеплення 5/-сайта сплайсингу; 10 –
розщеплення 3/-сайта сплайсингу і зв’язування екзонів; 11 – лассоподібна структура
інтрону (потім вона розпадається в ядрі); 12 – дозріла мРНК.
Окрім гяРНП, у ядрі існують і малі ядерні нуклеопротеїни – мяРНП, які довільно
були позначені U1, U2 …U12-РНК (рис. 13). РНК цих комплексів за розмірами невелика (~
250 нуклеотидів). мяРНП на основі комплементарності впізнають специфічні послідовності
нуклеїнових кислот, беручи участь у сплайсингу, в реакціях розрізання РНК, утворення
полі(А) та ін.
Щодо ферментативних механізмів реакцій сплайсингу, то відомо, що у них беруть
участь як мяРНП, так і сама РНК. Каталітичні властивості РНК обумовлені утворенням
1089
складних трьохвимірних структур, у яких „незвичайне” розміщення атомів може
деформувати ковалентні зв’язки і надавати окремим атомам реакційну здатність. Такі
молекули РНК можуть вирізати частину своєї власної нуклеотидної послідовності –
самосплайсинг.
Один і той же транскрипт в ході сплайсинга може дати кілька мРНК, що надає
клітині додаткову генетичну пластичність. Така пластичність вперше була відкрита у
аденовірусів (ДНК-вірусів). Геном цих вірусів детермінує синтез дуже довгих транскриптів
РНК, яка кодує різні білки. У нормальній еукаріотичній клітині такого не відбувається:
кожна молекула РНК кодує лише один білок. У аденовірусів існує інший механізм
сплайсингу РНК, за яким певні кодуючі послідовності «визначаються» як інтрони і
видаляються. При цьому один і той же 5/-кеп може з’єднуватися з будь-яким екзоном,
утворюючи різні мРНК у співвідношеннях, які необхідні для життєдіяльності віруса. Такий
альтернативний сплайсинг дає можливість використовувати один 5/-кеп як сигнал для
ініціації синтезу різних білків. Альтернативний сплайсинг дозволяє невеликому числу
транскриптів РНК вірусів кодувати значну кількість білків.
Втрата першого сайту сплайсингу в результаті, наприклад, мутації, не веде до
зупинки сплайсингу. Наступний нормальний сайт «шукає» найближчу відповідну ділянку і
з’єднується з нею. При цьому може реалізуватися кілька варіантів сплайсинга. Тобто,
мутаційний ген здатний детермінувати кілька змінених білків. Завдяки цьому сплайсинг
РНК може відігравати вирішальну роль в еволіції вищих еукаріот. У нижчих еукаріот
(наприклад, дріжджі) сплайсинг регулюється однозначно, що обмежує ймовірність
утворення нових мРНК, чим знижується швидкість дивергенції форм і функцій у нижчих
еукаріот.
Гени рРНК транскрибуються РНК-полімеразою І з утворенням первинних
транскриптів, відомих як 45S-РНК, і які мають 13 000 нуклеотидів. Такі транскрипти
розщеплюються у ядрі з утворенням 28S-РНК (5 000 нуклеотидів), 18S-РНК (~ 2 000
нуклеотидів) і 5,8S-РНК (~ 160 нуклеотидів), які утворюються в рівних кількостях і є
компонентами рибосом. Формування рибосомних часток відбувається у ядерці, у якому
розміщені петлі ДНК – ядерцеві організатори, які ефективно транскрибуються РНК-
полімеразою І.
Утворення рибосомних часток розпочинається із зв’язування 45S-транскрипта з
білками, які транспортуються із цитоплазми. У такі комплекси включається і 5S-рРНК, а
сам процес утворення таких комплексів каталізується мяРНП. Під час процесингу 45S-РНК
поступово губить частину білків і послідовностей РНК, потім розщеплюється, утворюючи
самостійні попередники великої (5,8S- і 28S-рРНК) і малої (18S-рРНК) рибосомних
1090
субодиниць (рис. 14). Спочатку малі субодиниці рибосом виходять із ядра, а формування
великих дещо затягується в часі. Через це в ядерці накопичується більше великих
субодиниць рибосом. Заключні стадії процесингу рибосом відбуваються в цитоплазмі. Цим
досягається ізоляція функціонуючих рибосом від недозрілих ядерних транскриптів.
1091
Низка онкогенних РНК-вірусів мають унікальний фермент РНК-залежну ДНК-
полімеразу, який каталізує синтез ДНК у еукаріотичній клітині на вірусній РНК як на
матриці. Результатом такого синтезу є ДНК, що має гени, експресія яких обумовлює
онкологічні перетворення клітин. Така ДНК вбудовується в геном еукаріотичної клітини,
де знаходиться, як правило, у неекспресованому стані (неактивованому стані). При
активації таких генів онкогенними факторами відбувається реплікація вірусної РНК, що
часто закінчується перетворенням нормальної клітини в ракову. Такі ферменти названі
зворотніми транскриптазами. Відкриття цих ферментів стало доказом того, що генетична
інформація передається не тільки від ДНК до РНК, а й навпаки. Через це такі РНК-віруси,
які мають зворотню транскриптазу, називають ретровірусами. (лат. retro – назад).
Уже накопичено багато експериментальних даних про те, що в ДНК вищих
еукаріот є гени, які беруть початок від РНК-вірусів, навіть у таких тварин, які не були
інфіковані вірусами. Одним із найбільш вірогідних пояснень такого явища є те, що гени
РНК вірусів на ранніх етапах біологічної еволюції транскрибувалися на ДНК, яка
вбудувалася в еукаріотичні хромосоми (рис. 15). Потім вони передавалися наступним
поколінням при реплікації усієї ДНК клітини.
Отриману синтезовану ДНК називають комплементарною ДНК (кДНК). Таким
чином можна отримати синтетичний ген, тобто кДНК, яка кодує конкретний поліпептид,
використавши як матрицю відповідну РНК. кДНК використовується і для клонування
рекомбінантних ДНК.
1092
Рис. 15. Схема утворення комплементарної ДНК (кДНК) на вірусній РНК-матриці з
наступним вбудовуванням кДНК в геном клітини-хазяїна. 1 – плазматична мембрана; 2 –
вірусна РНК; 3 – одноланцюгова кДНК; 4 – двохланцюгова кДНК; 5 – геном клітини-
хазяїна; 6 – кДНК, вбудована в геном клітини.
1093
Рис. 16. Схема основної догми молекулярної біології (А) і розширеного тлумачення
передачі генетичної інформації. 1 – реплікація; 2 – транскрипція; 3 – синтез білка; 4 –
зворотня транскрипція; 5 – реплікація РНК; 6 – принципово можлива, але експериментально
не підтверджена, передача генетичної інформації з ДНК на білок.
Синтез білків
Синтез білків залежить від одночасної дії кількох класів РНК і йому передують
кілька підготовчих етапів. Спочатку в результаті транскрипції утворюються м(і)РНК.
Одночасно в клітині до кожної із 20 амінокислот, із яких будується білок, приєднується
молекула тРНК, а до субодиниць рибосоми, на якій відбувається синтез, приєднуються
допоміжні білкові фактори. Початком синтезу білка є момент, коли усі ці компоненти
об’єднуються в цитоплазмі, утворюючи функціональну рибосому.
Таким чином, біосинтез білка – це центральний процес клітини: тільки через нього
біоорганічні молекули нуклеїнових кислот можуть забезпечити основні властивості
живого. Такий синтез – створення хімічної структури молекули білка (синтез
поліпептидного ланцюга) і в значній мірі її згортання у функціонально активну білкову
глобулу забезпечує рибосома.
Кількість рибосом в клітині варіює від тисяч до десятків тисяч, що залежить від
інтенсивності білкового синтезу. Кожна рибосома прочитує одну молекулу мРНК і у
відповідності з її програмою (яку вона «запозичила» у ДНК) синтезує одну молекулу білка
1094
(рис. 7). Після цього рибосома може перейти на іншу молекулу мРНК і синтезувати іншу
молекулу білка і т.д.
4 4
4
6 5
Білок
Рис. 17. Загальна схема біосинтезу білків в клітині за схемою: ДНК → РНК → білок. 1 –
транскрипція; 2 – процесинг РНК; 3 – трансляція; 4 – рибосоми; 5 – тРНК; 6 – аміноацил-
тРНК; 7 – амінокислоти; 8 – процесинг поліпептиду.
Транспортні РНК
1095
А А
Ц
Ц
2
4
6
7
Б
O
O
H C N
H C H N C
N N C H
C C C
H N N
O C H
HO-CH2 HO-CH2
O O
H H H H
H H H H
OH OH OH OH
Псевдоуридин Інозин
O O
H
H C H3C C N
H N C
N C
C H
C C C C
H H2N N N
O N
H
HO-CH2
HO-CH2
O
O
H H H H
H H
H H
OH OH OH
OH
Дигідроуридин 1-метилгуанозин
Рис. 21. Схема структури молекули тРНК (А). Нумерація нуклеотидних залишків – від 5/-
кінця. Прямі лінії – Н-зв’язки, що формують спіральні ділянки. Пунктиром позначена
непостійна пара. Овалами показані нуклеотиди, які відсутні в структурі багатьох тРНК,
вони мають спеціальну нумерацію. 1 - акцепторна гілка; 2 – Т-гілка; 3 – Т-петля; 4 – D-
петля; 5 – D-гілка; 6 – U-петля; 7 – антикодонова петля; 8 – антикодонова гілка. Б. Приклади
деяких з незвичайних чи модифікованих нуклеозидів тРНК.
1096
Ізоакцепторні тРНК. У будь-якій клітині є більше 20 тРНК. Наприклад, у E. coli є
45 типів тРНК, які кодуються різними генами. Це означає, що кілька різних тРНК можуть
з’єднуватися з однією амінокислотою. Такі тРНК називаються ізоакцепторними. Вони
впізнають різні кодони на мРНК, хоч несуть одну і ту ж амінокислоту. Ізоакцепторні тРНК
можуть мати різні антикодони, однакові чи подібні антикодони і впізнають однакові
кодони. Існують ізоакцепторні тРНК, які кодуються одним і тим же геном. У цьому випадку
ізоакцептори з різною первинною структурою виникають в результаті хімічної модифікації
окремих нуклеотидів.
Аміноацилювання тРНК
1097
мРНК зчитується рибосомою в даний момент. У рибосомі використовуються переваги
єдиного плану будови усіх тРНК. Універсальна L-форма молекули тРНК дозволяє усім
аміноацил-тРНК однаково ефективно зв’язуватися з рибосомними субчастинками і
спеціальними білковими факторами, які є відповідальними за ініціацію, елонгацію і
термінацію синтезу білкової молекули.
1098
I II
II
COO-
В
H C NH C H
O CH2
CH2
S
CH3
Рис. 26. Схеми термінальної ініціації еукаріот (А) і внутрішньої ініціації прокаріот (Б)
процесів трансляції. В – N-формілметионін-ініціююча амінокислота у всіх прокаріот. N –
формільна група показана пунктиром.
1100
30S
40S
ФІ3/еФІ3
F-Мет-тРНК/Мет-тРНК
ФІ2/еФІ2 мРНК
ГТФ
30S ФІ3:мРНК:(F-Мет-тРНК:ФІ2:ГТФ)
40S еФІ3:мРНК:(Мет-тРНК:еФІ2:ГТФ)
ФІ2:ГДФ/еФІ2:ГДФ
ФІ3/еФІ3
70S:мРНК:(F-Мет-тРНК (Р)
80S:мРНК:(Мет-тРНК (Р)
70S:мРНК:F-Мет-тРНК(Р):Ак-тРНК(А)
80S:мРНК:Мет-тРНК(Р):Ак-тРНК(А)
Рис. 27. Схема послідовних етапів ініціації трансляції. ФІ – фактори ініціації; F-мет –
формілметионін; А – ділянка, яка зв’язує аміноацил-тРНК, Р – ділянка на рибосомі, яка
зв’язує мет-тРНК. Пояснення в тексті.
1102
H H R2 R3 H H R2 H R3 O
O O - тРНК (2)
H2N C C N C C + H2N C C H2N C C N C C N C C
O O - Н2О O
R1 O H H R1 O H O H
тРНК(2) тРНК(3) тРНК(3)
1103
1 4
2 5
Рис. 29. Схема елонгації синтезу пептиду. 1 – перенесення залишку метионіну від
ініціаторної тРНК на аміноацил-тРНК у А-ділянці з утворенням дипептидил-тРНК (за
показаними кодонами – це Мет-Вал- тРНК); 2 – транслокація тРНК із А- у Р-ділянку, а
нового кодону (ЦУГ) – в А-ділянку; 3 – аміноацил-тРНК, яка комплементарна кодону ЦУГ
(лей-тРНК), зв’язується з А-ділянкою; 4 – перенесення дипептиду в результаті реакції
транспептидації на Лей-тРНК в А-ділянці: утворюється трипептидил-тРНК (Мет-Вал-Лей-
тРНК); 5 – транслокація тРНК із А-ділянки у Р-ділянку, що приводить до переміщення
мРНК ще на один трипелет і у А-ділянці встановлюється новий кодон УСУ.
1104
необхідний ще один фактор елонгації – транслоказа (ФЕ-G, ФЕ2) і гідроліз ще однієї
молекули ГТФ. І сама транслокація, і зміни конформації рибосоми, які сприяють
протягуванню мРНК, забезпечується енергією гідролізу ГТФ.
У прокаріот ДНК не відділена мембраною від цитоплазми і рибосом. Тому останні
розпочинають трансляцію на ланцюгах мРНК ще тоді, коли їх синтез не закінчився (рис.
30). Тобто, молекули РНК-полімерази рухаються по ДНК і синтезують ланцюги мРНК в
напрямку від 5/-кінця РНК, а рибосоми, приєднуючись до того ж 5/-кінця, ініціюють
трансляцію і рухаються в процесі елонгації в тому ж напрямку. Це явище отримало назву
спряженої транскрипції-трансляції. У бактеріальних клітинах швидкість транскрипції 30 -
50 нуклеотидів за секунду (при 37оС) строго координована зі швидкістю трансляції 10-15
триплетів за секунду. Тобто, один триплет нуклеотидів синтезується приблизно за той же
час, за який він прочитується і забезпечує синтез одного пептидного зв’язку. Таким чином,
спряження транскрипції і трансляції у прокаріот організовано як у просторі (комплекс
ДНК–РНК-полімераза–мРНК), так і у часі – координація швидкостей транскрипції-
трансляції, що є одним із прикладів просторово-часової організації клітини.
Транскрипція
РНК-полімераза
Трансляція
1105
Таким чином, етап елонгації складають три послідовні процеси: зв’язування
аміноацил-тРНК, утворення пептидного зв’язку і транслокація.
1106
1
4
ФТ 1 ФТ1
2 ФТ3:ГТФ
ФТ3
5
ФТ1
ФТ3 : ГТФ
Н2О
3 ФТ1
ФТ3
ФТ1
ФТ3 : ГТФ
ГДФ
Рис. 31. Схема термінації трансляції: 1 – кодон термінації УАА; 2 – зв’язування ФТ1 (або
ФТ2) з малою субчастинкою і ФТ3 з великою субчастинкою рибосоми; 3 – гідроліз зв’язку
між тРНК і поліпептидом; 4 – внаслідок гідролізу ГТФ, деацильована тРНК вивільнюється
із рибосоми; 5 - дисоціація рибосоми і факторів термінації.
1107