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  • Composicao Da Microbiota Intestinal

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    Microbiota intestinal

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    Composicao da Microbiota intestinal(3)

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    2909/2020 {Qual & 2 compasigio da microbiota intestinal sauder? Um Ecossistema em Mudanga entre Idade, Melo Ambiente, Disia @ Dosn Microorganismos . Janeiro de 2019; 7 (1): 14. PMCID: PMC6351938 Publicado online em 10 de janeiro de 2019. PMID: 30634578 doi: 10.3390 / microorganismos7010014 Qual é a composigao da microbiota intestinal saudavel? Um Ecossistema em Mudanga entre Idade, Meio Ambiente, Dieta e Doengas Emanuele Rinninella, "?'” Pauline Raoul ,? Marco Gintoni , *Erancesco Franceschi , 5 Giacinto Abele Donato Miggiano , *"? Antonio Gasbarrin, ? ® e Maria Cristina Mele ":? 1U0C 6i Nutrizione Clinica, Dipartimento i Scienze Gastroonterologiche, Endoctino-Metaboliche e Nefro- Urologiche, Fondazione Policlinico Universitario A. Gemelli IRCCS, 00168 Rome, Italy; iacintoabele miggiano@unicattit (G.A.D.M.); mariacristina mele@unicatt.it (M.C.M.) 2istituto di Patologia Speciale Medica, Universita Cattolica del Sacro Cuore, 00168 Rome, Italy; pauline.raoult@gmail,com (PR.}; antonio gasbarrini@unicattit (A.G.) Scuola di Specializzazione in Scienza dell Alimentazione, Universita ai Roma Tor Vergata, 00133 Rome, Italy marco.cintoni@gmail.com UOC di Medicina d'Urgenza e Pronto Soccorso, Dipartimento di Scienze dellEmergenza, Anestesiologiche & della Rianimazione, Fondazione Policlinico Universitario A. Gemelll IRCCS, 00168 Rome, lly francesco franceschi@unicattit Srotituto di Medicina Intema @ Geriatria, Universita Cattolica del Sacro Cuore, 00168 Rome, Haly UOC ai Medicina Interna e Gastroenterologia, Dipartimento di Scienze Gastroenterologiche, Endocrino- Motaboliche e Neffo-Urologiche, Fondazione Policinico Universitario A. Gemelli IRCCS, 00168 Rome, ltaly “Correspondence: emanuele rininella@unicatit Received 2018 Nov 29; Accepted 2019 Jan 8. Copyright © 2019 by the authors. Licenciado MDPI, Basel, Suiga. Este artigo é um artigo de acesso aberto distribuido sob os termos © ccondigdes da licenga Creative Commons Attribution (CC BY) (tt licenses/by/4.0/ ) reativecommons.o Resumo Cada individuo recebe um perfil inico da microbiota intestinal que desempenha muitas fungdes especificas no metabolismo de mutrientes do hospedeiro, mamutengao da integridade estrutural da barreira da mucosa intestinal, imunomodulagao e protecdo contra patégenos. A microbiota intestinal & composta por diferentes espécies de bactérias classificadas taxonomicamente por género, familia, ordem e filos. A microbiota intestinal de cada ser humano é moldada no inicio da vida, pois sua composigdo depende das transigdes do bebé (data de nascimento gestacional, tipo de parto, alimentagio com leite, periodo de desmame) ¢ de fatores externos, como 0 uso de antibisticos. I microbiota nativa central, pessoal e saudével, permanece relativamente estivel na idade adulta, mas difere entre os individuos devido aos enterdtipos, nivel de indice de massa corporal (IMC), frequéncia de exercicios, estilo de vida e habitos culturais e dietéticos. Adequadamente, ndo hé uma composigo 6tima da microbiota intestinal, uma vez que é diferente para cada individuo, No entanto, um equilibrio saudavel entre hospedeiro e microorganismo deve ser respeitado para que as fungi imunolégicas sejam realizadas de maneira ideal e evite o desenvolvimento de doengas. Esta revisdo fomnecerd uma visio geral dos estudos que enfocam os equilibrios da microbiota intestinal no mesmo individuo e entre individuos e destacam a estreita relagdo mutualistica entre as variagdes da microbiota dos de metabélicas e hitps:lww.nebrim.nih.gowipmetarticles:PMCB351938) 8 2909/2020 Qual 6 a composigSo da microbiota inlestnalsaudvel? Um Ecossistema om Mudanga entre Idade, Meio Ambiente, Dieia @ Doen intestinal ¢ as doengas. Na verdade, a disbiose da microbiota intestinal est associada ndo apenas a distirbios intestinais, mas também @ varias doengas extra-intestinais, como distarbios metabolicos neurolégicos. Palavras-chave: mictobiota intestinal, diversidade, saide, dieta, nutrigdo, idade, alimentagao com leite, enterocolite nectosante, desmame, enterdtipos, sindrome do intestino itritavel, doenga inflamatéria do intestino, doenga celiaca, cénicer colorretal, obesidade, diabetes tipo 2, doenga de Alzheimer, doenga de Parkinson , encefalopatia hepatica, distirbios do espectro do autismo, medicina personalizada 1. Introdugo 0 trato gastrointestinal (GI) humano contém uma comunidade microbiana abundante e diversa que reiine mais de 100 tilhdes de microrganismos [ 1 ]. A densidade das eélulas bacterianas no e6lon foi estimada em 10 '! a 10 |? por mililitro, © que torna o célon um dos habitats microbianos mais densamente povoados conhecidos na Terra [2 ]. 0 microbioma intestinal codifica mais de 3 milhdes de genes que produzem milhares de metabslitos, enquanto o genoma humano consiste em aproximadamente 23.000 genes [ 3 ]. Durante anos, os cientistas se interessaram pela microbiota intestinal, mas uma das maiores dificuldades nas pesquisas relevantes tem sido a capacidade de cultivar esses microrganismos { 4] Nos tiltimos anos, novas tecnologias permitiram aos pesquisadore {dentificar e / ou quantificar filogeneticamente os componentes da microbiota intestinal por meio da anilise de dcidos nucléicos (DNA ¢ RNA) extraidos dirctamente das fezes. A maioria dessas téenicas & bascada na extrago de DNA e na amplificagdo do gene 16S do RNA ribossomal (FRNA) [ 5, 6 ]. 0 sequenciamento de 16S rRNA tornou-se a técnica mais itil para destacar a diversidade e abundancia do microbioma, As sequéncias do gene 16S rRNA podem ser exploradas com a reago em cadeia da polimerase (PCR) e sequenciamento metagenémico para caracterizar as cepas microbianas [ 7 ] Considerando as caracteristicas da microbiota intestinal, como a grande diversidade, a estabilidade & resiligncia, ¢ interagdo simbidtica com o hospedeiro, podemos definir 0 hospedeiro e os microrganismos que o habitam como um “superorganismo” [ § , 9] que atua imunologicamente € metabélico fungdes | 1] As bactérias intestinais sfo os principais reguladores da digestio ao longo do trato gastrointestinal; bactérias comensais desempenham um papel importante na extracao, sintese © absorgdo de muitos nutrientes e metabslitos, incluindo acidos biliares,lipidios, aminodcidos, vitaminas € dcidos graxos de cadeia curta (SCFAs). A microbiota intestinal tem uma fungo imune crucial contra a colonizagio de bactérias patogénicas, inibindo seu crescimento, consumindo os nutrientes disponiveis @ / ou produzindo bacteriocinas. A microbiota intestinal também evita a invasio de bactérias, mantendo a integridade do epitélio intestinal [ 10] Os microrganismos previnem a colonizagdo patogénica por muitos processos de competigo: metabolismo de nutrientes, modificagao do pH, secregdes de peptideos antimicrobianos e efeitos nas vias de sinalizagao celular, Além disso, estudos recentes identificaram um papel critico para as bactérias comensais e seus produtos na regulagao do desenvolvimento, homeostase ¢ fungao das células imunes inatas ¢ adaptativas [ LL ]. 6 paradoxal notar que as fungdes da microbiota intestinal so altamente preservadas entre os individuos, enquanto a microbiota intestinal de cada individuo é caracterizada por uma combinagdo especifica de espécies bacterianas devido a variagdes interindividuais ¢ intraindividuais ao longo da vida humana. Esta revisdo tem como objetivo definir qual seria a composigao étima da microbiota intestinal, a fim de ‘manter essas fungdes imunol6gicas e metabélicas da microbiota ideal, Apés definir as variagdes da microbiota dentro e entre os individuos, destacamos o envolvimento da disbiose da microbiota intestinal no desenvolvimento de varios distirbios intestinais ¢ extra-intestinais ¢ descrevemos a forte relagdo entre a diversidade da microbiota intestinal ¢ a saiide, Veremos como essas variagdes da microbiota intestinal podem ter enormes implicagdes para distinbios intestinais ¢ extra-intestinais , conseqiientemente, podem influenciar a sade. 2. Variagées da microbiota intestinal A microbiota intestinal € composta por varias espécies de microrganismos, incluindo bactérias, Jeveduras e virus. Taxonomicamente, as bactérias so classificadas de acordo com fils, classes, ordens, familias, géneros ¢ espécies. Apenas alguns filos so representados, contabilizando mais de 160 hitps:lww.nebrim.nih.goulpmetarticles/PMCB351938) 2128 2908/2020 Qual & 2 compasigio da microbiota intestinal saudével? Um Ecossistema em Mudanga entre dade, Maio Ambiente, Di espécies [ 12 ], Os filos microbianos intestinais dominantes so Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria, Fusobacteria e Verrucomicrobia, com os dois filos Firmicutes e Bacteroidetes [ 13 ] representando 90% da microbiota intestinal. O filo Firmicutes é composto por mais de 200 géneros diferentes, como Lactobacillus , Bacillus , Clostridium , Enterococcus ¢ Ruminicoccus Os géneros Clostridium representam 95% dos filos Firmicutes. Bacteroidetes consiste em géneros predominantes como Bacteroides ¢ Prevotella . O filo Actinobacteria é proporcionalmente menos, abundante ¢ representado principalmente pelo género Bifidobacterium [ 13 |, Exemplos de composigao taxonémica da microbiota intestinal so ilustrados emfigura_L hitps:lww.nebrim.nih.gowipmetarticles:PMCB351938) size 2909/2020 hitps:lww.nebrim.nih.gowipmetarticles:PMCB351938) Qual & 2 compasigio da microbiota intestinal sauddval? Um Ecossistema em Mudanga entre Idade, Maio Ambiente, Dieta @ Doen. PaYLUM cLass rapes rarples ORDER FAMILY Genus SPECIES examples amples examples examples Abra em uma janela separada Exemplos de composigio taxonémica da microbiota intestinal. No quadro sio citados exemplos de bactérias pertencentes aos Phyle Firmicutes e Bacteroidetes, representando 90% da microbiota intestinal 2.1, Variagées no mesmo individuo A microbiota intestinal humana varia taxonémica ¢ funcionalmente em cada parte do trato GI e sofre variagdes no mesmo individu devido as transiges infantis, idade e fatores ambientais, como o uso de antibiéticos. As variagdes da microbiota dentro dos individuos so resumidas emtabela 1 4124 2909/2020 tabela 1 ‘Variagdes da microbiota dentro dos individuos. Bifidobacterium Bacteroides * | {Qual é 2 compasigio da microbiota intestinal sauddver? Um Ecossistema em Mudanga entre Idade, Meo Ambiente, Disia @ Don + premature et ene Rumincoees pp, (<97 semanas Lachnospiraceae® — Enterococe m°5—Atopobium spp. | secttors) de gestasio) Pepiosreptococcaceae 1 Tage : sestacional Clostridiaceae * Ruominocoecus pp. Lachnospiraceae + Nascimento a Bifidobacterium ‘acteroidetes * Enterobacte “ Peprosreprococcaceae termo 0p. + " . Clostridiaceae * Bifidobacterium sont Prevotela, Lactobacillus Bifidobacterium arto vaginal Racteroides Staphylococcus t __Bschert longum t me Tipo de Bifidobacterium = Sreprococcus entrega catenatum Corynebacterium 1 cei sven Escherich i Propionibacterium +e Shige Métodos de alimentagio Bifidobacterium Lactobacilus Leite materno 7% Enterocoe (com tite) t Staphtococcus Clostridium Bifidobacterium + Bacteroides + Clostridium dificite- _Escheric Laciobacilas ns on Firmicutes “7 . Abracm uma janela separada * Gneros desconhecides 2.1.4, Regiées anatomicas do intestino A microbiota intestinal varia de acordo com as regides anatémicas do intestino, que variam em termos de fisiologia, pH ¢ tensio de O 2 , taxas de fluxo da digesta (rapido na boca para 0 ceco, mais lento depois), disponibilidade de substrato e secregdes do hospedeiro [ 14 ]. O intestino delgado oferece um ambiente mais desafiador para os colonizadores hitps:lww.nebrim.nih.gowipmetarticles:PMCB351938) 5120 2909/2020 Qual & 2 compasigio da microbiota intestinal sauddvel? Um Ecossistema em Mudanga entre Idade, Maio Ambiente, Di microbianos, dados os tempos de transito bastante curtos (3-5 h) ¢ as altas concentrayies de bile. O intestino grosso, que é caracterizado por taxas de fluxo lentas e pH neutro a levemente écido, abriga de Jonge @ maior comunidade microbiana (dominada por bactérias anaerobias obrigatérias) [ 14] Podemos observar um gradiente crescente quantitative da microbiota ¢ um gradiente decrescente qualitative da microbiota com uma diminuigdo progressiva de bactérias aerébias para o beneficio de bactérias, estritamente anaerébias (tabela 1) 2.4.2. Transigdes infantis Idade Gestacional de Nascimento A idade gestacional de nascimento é um dos principais determinantes da colonizago da microbiota intestinal. A composi¢ao da microbiota de bebés prematuros (<37 semanas de gestago) ¢ diferente de seus homélogos a termo (tabla 1) Em bebés prematuros, apés 0 nascimento, a colonizagio da microbiota é desafiada pela imaturidade dos érgios ¢ fatores ambientais, como uso de antibisticos, internagdo hospitalar [ 15 Je alimentago enteral [ 16 } Por essas razdes, a maturagio pés-natal do intestino ¢ a imunidade sistémica podem ser altamente afetadas pelo nascimento prematuro [ 16 ]. Em um modelo de porco recém-nascido, uma anilise da composigdo da microbiota intestinal de porcos prematuros ¢ a termo mostrou que Ruminococcus spp., Alguns Enterobacterium spp., Lachnospiraceae ; Peptostreptococcaceae ¢ Clostridiaceae foram géneros dominantes em suinos prematuros ¢ a termo. No entanto, um maior Enterococcus spp. abundancia em porcos prematuros do que a termo foi encontrada [ 16 }. Bebés prematuros apresentam baixa diversidade com uma colonizagao aumentada de bactérias potencialmente patogénicas da familia Enterobacteriaceae do filo Proteobacteria [ 15 ] niveis, reduzidos de anaerdbios estritos, como Bifidobacterium ( 117 ], Bacteroides e Atopobium ( 15}. ‘A composigao do leite humano depende de fatores genéticos e do secretor da mie ¢ dos grupos sanguineos de Lewis que definem quatro fenétipos caracterizados por diferentes niveis de quantidades de oligossacarideos [ 18 ]. Niveis mais altos de Proteobacteria e niveis mais baixos de Firmicutes si ‘observados em bebés prematuros de mies ndo secretoras [ 19 ]. Um estudo recente de Praticé et al. [20 | caracterizando a composigao do leite materno humano demonstrou que os oligossacarideos do leite humano (HMOs) relacionados a diferentes fenétipos matemos modulam a composigdo da microbiota intestinal em bebés. Especificamente, HMOs associados a mies secretoras podem tet um efeito prebiético protetor ao diminuir os patégenos associados a sepse e enterocolite necrosante (NEC) [ 19] Isso indica que os HMOs podem influenciar a microbiota intestinal ¢ prevenir a disfungdo intestinal e NEC em bebés prematuros [ 21} ‘A lactoferrina (LF) é outro componente bem conhecido do leite humano, favorecendo a colonizagio intestinal de bebés com bactérias benéficas e, consequentemente, representando um papel crucial na microbiota de bebés prematuros [ 22 ]. Na verdade, correlagdes entre LF e microbiota benéfica no leite ‘materno e nas fezes do bebé foram demonstradas [ 22 ]. Altos niveis de FL fecal, particularmente em bebés prematuros, podem representar um fator importante na iniciagdo, desenvolvimento ¢ / ou composigao da microbiota intestinal neonatal, contribuindo para a maturagao inmunolégica e bem-estar do recém-nascido, especialmente em bebés prematuros [ 22 ] Portanto, o préprio leite matemo ajuda a formar a microbiota intestinal em desenvolvimento, que pode melhorar 0 crescimento e o neurodesenvolvimento ¢ diminuir 0 risco de NEC e sepse de inicio tardio [ 19,21 ]. F por todas essas razSes que o leite humano deve ser a dieta enteral primaria de bebés prematuros. est Tipo de entrega Ao nascer, 0 int ie desprovido de bactérias. Apés o nascimento, um ecossistema rico e dindmico se desenvolve a partir dos contatos da pele da mae, da microbiota vaginal ¢ fecal e da microbiota ambiental. A colonizago da microbiota varia de acordo com o tipo de parto [ 23,24, 25 ] (tabela 1 No que diz respeito ao parto vaginal, os recém-nascidos adquirem uma composi¢ao microbiana semelhante a da mae, De fato, uma andlise do mecdnio de bebés recém-nascidos [ 24 ] revelou uma forte correlagdo entre a microbiota do trato digestivo do recém-nascido e as comunidades microbianas da vagina da mae: Lactobacillus , Prevotella e Sneathia . Biasucci et al. [25 ] mostraram que a hitps:lww.nebrim.nih.gowipmetarticles:PMCB351938) ize 2909/2020 microbiota de bebés nascidos de parto normal também é caracterizada por grupos predominantes, como Bifidobacterium longum ¢ Bifidobacterium catenulatum . Outras espécies anaerdbicas facultativas, como Escherichia coli, Staphylococcus, Bacteroides fragilis ¢ Streptococcus colonizam o intestino da cerianga [ 26, 27, 28] ‘Ao contriio, os bebés nascidos de cesariana (cesariana) adquirem bactérias oriundas do ambiente hospitalar e da pele materna: Staphylococcus, Corynebacterium, Propionibacterium spp. [24 , 22]. As espécies de Escherichia, Shigella ¢ Bacteroides estio sub-representadas em bebés nascidos de cesariana [ 29 ]. A microbiota intestinal de recém-nascidos por parto cesareo & menos diversa em termos de espécies de bactérias do que a microbiota de bebés nascides por parto normal [ 25 ]. Diferencas entre a microbiota de criangas nascidas de parto cesireo e de parto normal também foram detectadas em analises realizadas aos 7 anos de idade [ 23 ]. O parto ceséreo tem sido associado a um risco aumentado de doengas imunolégicas crénicas, como asma, doengas sistémicas do tecido conjuntivo, artrite juvenil, doenga inflamatéria intestinal [ 30 ] e obesidade [ 31]. Métodos de alimentagao com leite Estudos demonstraram que bebés alimentados com formula so mais frequentemente colonizados por Escherichia coli , Bacteroides e Clostridium difficile em comparac3o com bebés amamentados [ 29 , 32 J. Em relago a abundancia de Actinobacteria, Bifidobacterium spp. tém sido associados & amamentagdo e ao leite em pé [ 33 , 34 ]. No entanto, bebés amamentados geralmente abrigam uma microbiota de Bifidobacterium mais complexa e diversa do que bebés alimentados com férmula [ 34 ]. Bebés amamentados recebem microbiota com aumento de mais de duas vezes no nimero de Bifidobacteriumeétulas em comparagao com bebés alimentados com férmula [ 33 |. Bebés amamentados tém uma microbiota intestinal mais benéfica, com maior riqueza e diversidade de Bifidobacterium spp. e um mimero menor de Clostridium difficile e Escherichia coli do que bebés alimentados com formula [ 32 ] (labela 1) Bifidobacterium spp. sio responsiveis pela fermentagao do galactooligossacarideo (GOS), um dos principais componentes do leite mateo, para a produgo de SCFAs [ 35 ]. De fato, Bifidobacterium spp. possuem uma enzima chamada lacto-N-biosidase, que facilita a assimilagao do GOS [ 36 ]. Sea quantidade de Bifidobacterium aumenta, a quantidade de HMOs nas fezes diminui, causando concentragées elevadas de acetato ¢ lactato e diminuigao do pH [ 37 ]; um consumo de HMO por Bifidobacteria no intestino do bebé pode sugerir um efeito prebidtico dos HMOs na microbiota intestinal infantil, estimulando seletivamente Bifidobacterium spp. [ 32] Outro efeito prebidtico do B- palmitato, um écido graxo natural do leite humano ¢ um componente de algumas formulas infantis, na microbiota intestinal infantil foi demonstrado por influenciar positivamente o Bifidobacterium spp. (e Lactobacillus spp.) abundancia [ 38 ] Além disso, a manutengio de uma microbiota intestinal de uma mie saudavel e equilibrada durante a gravidez também é considerada um fator importante em influenciar positivamente a composi¢ao da microbiota do leite [ 39 ]. Além disso, a suplementagaio de probiéticos orais em mies com parto vaginal pode aumentar o leite matemo Bifidobacterium spp. e Lactobacilli spp. abundancia [ 39 ] Esses estudos mostraram que a microbiota central nativa é formada durante o inicio da vida: o perfil da microbiota intestinal em bebés a termo, nascidos por parto normal e amamentados com microbiota de leite matemno saudével é considerado saudavel. As pesquisas devem buscar demonstrar 0 papel da composigdo dessa microbiota central nativa na saide intestinal e doengas subsequentes. Perlodo de desmame A introdugao de alimentos sélidos ¢ o fim da alimentagdo com leite / desmame coincidem com grandes mudangas na microbiota intestinal. A abundancia dos géneros Bifidobacterium ; Clostridium coccoides ¢ Bacteroides so predominantes apés o desmame [ 40 ]. A microbiota das criangas amamentadas ¢ a microbiota das criangas anteriormente alimentadas com leite artificial tomam-se mais préximas uma da outra (tabela L) 0s hébitos alimentares, 0 desmame infantil e as praticas de alimentagdo tomam-se determinantes ©

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