Professional Documents
Culture Documents
Bioinformatica
Bioinformatica
STARD3
Grupa # ___
Numele studentului
..........
Chisinau, 2019
Tabel I. Rezultatele căutării informaţiilor pe portalul NCBI
Database category Database name Database description Number of records
Literature MeSH ontology used for 4
PubMed indexing
Literature PubMed Scientific and medical 107
abstracts/citations
Literature PubMed Central Full-text journal 465
articles
Genes Gene Collected information 665
about gene loci
Genes GEO Profiles Gene expression and 6816
molecular abundance
Genes HomoloGene Homologous gene sets 2
for selected organisms
Genes PopSet Sequence sets from 1
phylogenetic and
population studies
Proteins Conserved Domains Conserved protein 4
domains
Proteins Identical Protein 246
Groups
Proteins Protein Protein sequences 1442
Proteins Sparcle 28
Proteins Structure Experimentally- 2
determined
biomolecular
structures
Genomes Genome Genome sequencing 78
projects by organism
Genomes Nucleotide DNA and RNA 2511
sequences
Genomes Probe Sequence-based 499
probes and primers
Genetics ClinVar Human variations of 38
clinical significance
Genetics dbSNP Short genetic 7145
variations
Genetics dbVar Genome structural 226
variation studies
Genetics GTR Genetic testing 3
registry
Genetics OMIM Online mendelian 5
inheritance in man
Chemicals BioSystems Molecular pathways 141
with links to genes,
proteins and
chemicals
Chemicals PubChem BioAssay Bioactivity screening 14
studies
Chemicals PubChem Substance Deposited substance 155
and chemical
information
2: Clinical Implication and the Hereditary Factors of NM23 in Hepatocellular Carcinoma Based
on Bioinformatics Analysis and Genome–Wide Association Study
Chengkun Yang, Chuangye Han, Xiangkun Wang, Xiwen Liao, Xiaoguang Liu, Wei Qin, Long
Yu, Guangzhi Zhu, Hao Su, Sicong Lu, Zhiwei Chen, Tingdong Yu, Zhen Liu, Ketuan Huang,
Zhengtao Liu, Yu Liang, Jianlu Huang, Tao Peng
J Oncol. 2018; 2018: 6594169. Published online 2018 Dec 18. doi: 10.1155/2018/6594169
PMCID: PMC6312618
3: RhoGAP domain-containing fusions and PPAPDC1A fusions are recurrent and prognostic in
diffuse gastric cancer
Hanna Yang, Dongwan Hong, Soo Young Cho, Young Soo Park, Woo Ri Ko, Ju Hee Kim, Hoon
Hur, Jongkeun Lee, Su-Jin Kim, Sun Young Kwon, Jae-Hyuk Lee, Do Youn Park, Kyu Sang
Song, Heekyung Chang, Min-Hee Ryu, Kye Soo Cho, Jeong Won Kang, Myeong-Cherl Kook,
Nina Thiessen, An He, Andy Mungall, Sang-Uk Han, Hark Kyun Kim
Nat Commun. 2018; 9: 4439. Published online 2018 Oct 25. doi: 10.1038/s41467-018-06747-4
PMCID: PMC6202325
8: Lipid transfer proteins rectify inter-organelle flux and accurately deliver lipids at membrane
contact sites
Kentaro Hanada
J Lipid Res. 2018 Aug; 59(8): 1341–1366. Published online 2018 Jun 8.
doi: 10.1194/jlr.R085324Correction in: J Lipid Res. 2018 Oct; 59(10): 2034.
PMCID: PMC6071762
Allelic variants
Numbe Phenotype Mutation SNP gnomAD ClinVar
r
.0001 Hyperphosphatas PGAP3,GLY92A rs58777725 - RCV000111462
ia with mental SP 1
retardation
syndrome 4
.0002 Hyperphosphatas PGAP3, 1-BD rs86931281 rs86931281 RCV000210253
ia with mental DUP, 439C 5 5
retardation
syndrome 4
.0003 Hyperphosphatas PGAP3, rs58777725 rs58777725 RCV000111464
ia with mental ASP305GLY 2 2 …
retardation
syndrome 4
.0004 Hyperphosphatas PGAP3, rs37154994 rs37154994 RCV000111465
ia with mental PRO105ARG 8 8
retardation
syndrome 4
Clinical Synopsis
Protein 3D structures
(nu este)
IBS
GBR
C
FIN T
CEU
EUR
Genotype frequences
CC CT TT
EUR 100% 0% 0%
CEU 100% 0% 0%
FIN 100% 0% 0%
GBR 100% 0% 0%
IBS 100% 0% 0%
TSI 100% 0% 0%
TSI
IBS
GBR
CC
CT
FIN TT
CEU
EUR
Reviu personal
Bioinformatica in secolul XXI este un subiect foarte important pentru fiecare doctor, fie legat cu
domeniu chirurgical fie terapeutic, deoarece fiecare maladie are la bază defect genetic sau
predispoziţii genetice pentru apariţia maladiei. Daca analizam cele mai raspândite maladii sau
chiar mai mult cele rar întâlnite, putem să găsim o modificare genetica, care a fost împlicată în
patogeneza maladiei. Fiecare medic, accesând OMIM, PubMed, ENSEMBL, poate să gaseşte
informaţie despre maladie, genele, care sunt împlicate în dezvoltarea maladiei, publicaţiile,
legate de tratament, metode de diagnostic şi alte informaţii folositoare, care pot sa ajută în tactica
curativa, în diagnostic prenatal (în opinia mea, foarte important şi binevenit pentru fiecare cuplu
cu factori de risc), în preveniţie.
Pentru mine a fost foarte interesant să lucrez cu gena, să analizez diferite resurse, mi s-a părut
mai utile şi uşoare pentru analizarea resursele PubMed şi ENSEMBL. Nu pot să spun, că altele
au fost inutile, dar ele necesită cunoştinţele aprofundate, având în vedere utilizarea lor practica.
Mi-a fost interesant cât de des se întâlneşte maladia în diferite populaţii, care sunt metode de
diagnostic şi tratatment, cred că această informaţie este mai „aplicabilă” în condiţii medicinei de
fiecare zi (de rutina). În general, toate resursele sunt folositoare, au fiecare valoarea sa, sunt bine
structurate şi uşor de analizat.
Eu personal cred, că valoarea informaşiei genomice este foarte mare în contextul medicinei de
viitor, chiar şi ideea testelor molecular-genetice, bazele de date pentru fiecare persoana aparte.
Cred că ar fi foarte folositor în planificarea de exemplu sarcinei să ai analiza întreagă a
informaţiei genomice mamei şi tatei. Începând de analizarea genului, proteinelor, produselor
explicaşiei lor, factorilor de risc noi putem să facem analiza întreagă pentru populaţie sănătoasă.
Indeplinind sarcinile, eu am intîlnit dificultăţi cu nivelul meu de limbă engleză, ce cred că este
problema raspândită ţi trebuie să fie schimbată. Nu pot să spun, că a fost uşor de amintit toate
aspectele biologiei moleculare şi cred, că trebuie să ne axăm pe problema dată, că, fiind student,
eu am uitat careva aspecte, bineînţeles ca medicii vor uita pe parcursul practicii. Trebuie să
lucrezi nu cu o gena, dar mai des pentru formarea deprinderii, fiindcă timpul pierdut este foarte
preţuos. O gena poate fi împlicată în câteva patologii şi eu ca medic trebuie să inţeleg cum să
caut anume ceea, ce îmi trebuie pentru pacient dat. Multe articole de exemplu la PubMed sunt
foarte complicate şi estrem de înguste, nu este de ajuns limbajul şi abilităţi tehnice, pentru
analizarea efectivă şi repede.
Mie imi place model, când vine pacient şi eu pot să ştiu tot despre maladia lui, despre
predispoziţii lui genetice, despre defecte, care pot să provoacă maladii, sa-l ajut cu tratament
potrivit şi la timp sau chiar cu preveniţia cea mai precoce.
Un pacient, în opinia mea, este în primul rând om cu expresia lui subiectiva faţă de maladia sa şi
pentru mine este important să inţeleg anume viziunea lui şi să înţeleg maladia aşa, cum el o
înţelege. Pe primul plan eu pun aspect emoţional, fiindcă eu, fiind o persoana emotiva foarte
sensibil exprim şi emoţiile altora. Pentru mine pacient ideal este om, care mă crede şi din start
este deschis pentru să-şi expune toate semnele, simptomele, emoţiile legate cu maladia lui.
Nu în ultimul rând un pacient trebuie să fie educat macar cu cele mai simple aspecte în medicina,
de aceea cred, că noi medicii trebuie să fim mai deschişi cu pacienţii, să le dăm cât mai multă
informaţie, numai aşa se formează relaţia ideală, chiar şi din aspect genetic.