Năm 1884, Pháp đã tiến hành cuộc chiến tranh xâm lược Việt Nam tới giai đoạn

cuối,
Bắc Kỳ gần như đã nằm trong tay quân viễn chinh Pháp. Hai Hiệp ước Hácmăng (1883)
và Patơnốt (1884) được ký kết dưới áp lực quân sự của tư bản Pháp đã đánh dấu sự sụp
đổ hoàn toàn của nhà nước phong kiến độc lập Việt Nam và sự đầu hàng của triều
Nguyễn trước chủ nghĩa tư bản Pháp. Sau khi vua Tự Đức mất, Tôn Thất Thuyết là một
trong ba Phụ chánh đại thần, đồng thời giữ chức Thượng thư Bộ binh nắm trong tay mọi
binh quyền, đang ráo riết liên kết xây dựng lực lượng chờ ngày tấn công quân thù.
Ngay tại kinh thành Huế có quân Pháp chiếm đóng, ông vẫn lợi dụng được hiệp ước năm
1884 để ráo riết tuyển mộ, tổ chức và đẩy mạnh huấn luyện các đội quân Phấn Nghĩa và
Đoàn Kiệt.
Tại Pháp, chủ trương đẩy mạnh việc hoàn thành chiếm đóng Việt Nam lúc này cũng được
nhất trí. Ngày 31-3-1885, Hạ nghị viện Pháp thông qua 500 triệu phơrăng cho ngân sách
tiếp tục xâm lược Việt Nam. Ngày 31-5-1885,Nội các Pháp còn cử tướng Cuốcxy (De
Courcy) sang Việt Nam nắm toàn quyền quân sự và chính trị.  Ngày 27-6, Cuốcxy đưa 4
đại đội lính thủy đánh bộ và hai tàu chiến đi thẳng từ Hải Phòng vào Huế. Cuốcxy định
tới Huế sẽ dùng áp lực quân sự để loại bỏ phái chủ chiến, giải tán quân đội tập trung của
triều đình, bắt cóc người cầm đầu là Tôn Thất Thuyết.
Tình hình ngày càng căng thẳng, nhưng Tôn Thất Thuyết không hề nao núng. Ông cho
gấp rút chấn chỉnh quân đội, đào hào đắp lũy ngay trong kinh thành Huế; chuẩn bị súng
đạn và khí giới, cho dàn đại bác trên mặt thành sẵn sàng chiến đấu.
Biết trước âm mưu của địch nên mặc dù việc chuẩn bị chưa thật đầy đủ, Tôn Thất Thuyết
vẫn nổ súng trước nhằm giành thế chủ động bằng cách tấn công vào tòa Khâm sứ Pháp.
Ngày 4/7/1885 (tức 22 tháng 5 âm lịch), Tôn Thất Thuyết lệnh cho binh sĩ đặt đại bác
hướng về phía tòa Khâm sứ và đồn Mang Cá, là hai địa điểm đóng quân của địch. Gần
tối, Trần Xuân Soạn lần lượt cho đóng hết các cửa thành và đặt thêm súng thần công ở
phía trên.
Đêm ngày mùng 4, rạng sáng 5/7/1885, quân Pháp đang khao thưởng quân đội, thì 1h
sáng, Thuyết và Soạn cho bắn một phát đại bác làm hiệu lệnh để nhất tề tấn công vào trấn
Bình Đài, đồng thời cánh quân của Tôn Thất Lệ ở bên kia sông cũng đồng loạt tấn công
vào tòa Khâm sứ và sứ quán Pháp.
Khi mặt trời mọc, quân Pháp phản công. Họ chở súng lên đài và nóc tàu bắn qua hạ được
quân Nguyễn rất nhiều, Hoàng thành và cung điện nhiều nơi bị phá hủy. Bị tấn công bất
ngờ, ban đầu quân Nguyễn anh dũng chống cự, hạ gục Thiếu úy Pellicot, sử dụng các
vọng lâu làm pháo đài, gây cháy nổ và làm nhiều quân Pháp bị thương. Quân Pháp tiến
được vào thành, họ hạ cờ triều đình Huế xuống, treo cờ tam tài lên kỳ đài. Sau đó, họ tiếp
tục tiến vào Đại Nội, rồi ra sức đốt phá, giết chóc, cướp bóc không từ một ai.
Một toán quân Pháp đốt trụi trụ sở Bộ Lại, Bộ Binh và các kho thuốc súng. Quân Pháp
chia nhau chiếm giữ các kho tàng, cung điện, thu được nhiều vàng bạc và số tiền hơn một
triệu quan, là số tiền mà triều đình không kịp mang đi... Trưa hôm đó, họ chia nhau đi đốt
hoặc vùi lấp những thi hài của quân và dân Nam chết trong trận đánh.
Kết thúc trận đánh ngày 5/7/1885, thất bại hoàn toàn về triều đình Huế. Quân Nam hi
sinh tới 1.200 - 1.500 người, trong khi quân Pháp chỉ chết có 16 người và 80 bị thương.
Quân Pháp khi chiếm được kho vũ khí. Mặc dù, quân Nguyễn đã có sự chuẩn bị cẩn thận
trong việc tấn công, nhưng vì thiếu thông tin liên lạc, nhất là khi phải đánh đột kích trong
đêm tối, hơn nữa vũ khí yếu kém, không có sức công phá lớn và không thể bắn được tầm
xa nên quân Nam đã thua trận. 
 Quân Pháp chiếm được một số lớn của cải mà triều đình chưa kịp chuyển đi,  trong số
này chỉ có một phần rất nhỏ sau này được hoàn lại cho triều đình Huế. Trước cục diện đó,
vua Hàm Nghi đã kịp xuất cung, Tôn Thất Thuyết đưa vua chạy ra Tân Sở trong sự truy
nã của quân Pháp. Tại Kinh thành, Hoàng Thái hậu Từ Dũ, và Đại thần phụ chính
Nguyễn Văn Tường ở lại giảng hòa với quân Pháp.
Cuộc phản công của nhóm “Chủ chiến” triều đình Huế năm 1885 là một trận chiến có ý
nghĩa quan trọng trong lịch sử chống Tây xâm lược của dân tộc ta, nó cho thấy đây là trận
kháng cự cuối cùng, được dẫn dắt, lãnh đạo bởi chính quyền trung ương nhà Nguyễn.