Nama : Dinny

NIM : 10518056

1. Lakukan screenshot pada struktur protein dalam bentuk chain tanpa molekul ligand

2. Lakukan screenshot pada struktur protein dalam bentuk ribbon tanpa molekul ligand!
3. Lakukan screenshot pada struktur protein dalam bentuk ribbon dengan molekul
ligand!

4. Pilihlah asam-asam amino pembentuk heliks di dalam struktur protein. Lakukan

screenshot pada struktur heliks yang terbentuk!
5. Pilihlah asam-asam amino pembentuk sheet di dalam struktur protein (minimal 3
sheets). Lakukan screenshot pada struktur sheet yang terbentuk dan tunjukkan ikatan
hidrogen yang terbentuk (seperti slide halaman 42)!

6. Tunjukkan konformasi protein yang menunjukkan perbedaan jenis asam-asam amino

di dalam struktur protein yang dibedakan berdasarkan warna (seperti slide halaman
47). Klasifikasikan jenis asam amino dalam protein berdasarkan sifatnya (polar, non-
polar)!
Dari struktur asam amino diatas terdapat 4 warna yaitu merah, kuning, abu-abu, dan biru.
Warna merah menunjukkan sifat yang negatif, biru menunjukkan sifat positif, kuning
menunjukkan sifat polar dan abu-abu menunjukkan sifat hydropobik.

Berikut klasifikasi polar dan non polar:

Polar :
SER1, SER10, GLN19, THR21, THR24, THR25, THR26, ASN28, TYR37, THR45,
SER46, ASN53, TYR54, SER62, ASN63, ASN65, GLN69, ASN72, GLN74, SER81,
GLN83, ASN84, THR93, ASN95, THR98, TYR101, GLN107, GLN110, THR111,
SER113, TYR118, ASN119, SER121, SER123, TYR126, GLN127, ASN133,
THR135, SER 139ASN142, SER144, SER147, ASN151, TYR154, SER158,
TYR161THR169, THR175, ASN180, TYR182, GLN189, THR190, GLN`192,
THR198, THR199, THR201, ASN203, TYR209, ASN214, ASN221, THR224,
THR225, THR226, ASN 228, ASN231, TYR237, ASN238, TYR239, THR243,
GLN244, SER254, GLN256, THR257, SER267, GLN273, ASN274, SER284,
THR292, GLN299, SER301, THR304.
Hydropobik:
GLY2, PHE3, MET6, ALA7, PHE8, PRO9, GLY11, VAL13, GLY15, CYS16,
MET17, VAL18, VAL20, CYS22, GLY23, LEU27, GLY29, LEU30, LEU31,
LEU32, VAL35, VAL36, CYS38, PRO39, VAL42, ILE43, CYS44, MET49, LEU50,
PRO52, LEU57, LEU58, LEU59, PHE66, LEU67, VAL68, ALA70, GLY71, VAL73,
LEU75, VAL77, ILE78, GLY79, MET82, CYS88, LEU89, VAL91, ALA94, PRO96,
PRO99, PHE103, VAL104, ILE106, PRO108, GLY109, PHE112, VAL114, LEU115,
ALA116, CYS117, GLY120, PRO122, GLY124, VAL125, CYS128, ALA129,
MET130, PRO132, PHE134, ILE136, GLY138, PHE140, LEU141, GLY143,
CYS145, GLY146, VAL148, MET162, PRO168, PHE181, GLY183, ILE200,
LA193, ALA194, GLY195, TRP207, PHE223, LEU227, PHE230, GLY251, ILE249,
PRO252, ALA255, GLY258, ILE259, ALA260, VAL261, LEU268, LEU271,
MET264, MET276, GLY302, VAL303.
7. Identifikasilah sisi pengikatan antara protein (ribbon) dengan ligand. Pilihlah residu-
residu di sekitar sisi pengikatan, screenshot ikatan hidrogen di antara ligand dengan
sisi pengikatan di sekelillingnya (seperti slide halaman 56)! Sebutkan asam amino apa
saja yang berinteraksi dengan ligand!

Ikatan hidrogen antara ligand dengan sisi pengikatan sekelilingnya

Asam amino yang berinteraksi dengan ligand!

a. T9M404

Dari ligand T9M404 yang asam amino yang berinteraksi dengan ligand adalah :

THR24, THR25, THR26, LEU27, ASN28, HIS41, TYR118, ASN119, LEU141,

ASN142, GLY143, SER144, CYS145, GLY146.

b. DMS401

Dari ligand DMS401, asam amino yang berinteraksi dengan ligand adalah :

LEU142, GLY143, SER144, CYS145, GLY146

c. DMS402

Dari ligand DMS402, asam amino yang berinteraksi dengan ligand adalah :

VAL8, GLN74, LEU75, ARG76, VAL77, MET6, ALA7, PHE8, PRO9, THR111,
SER113, GLN127, ASN151

d. DMS403

Dari ligand DMS402, asam amino yang berinteraksi dengan ligand adalah :

GLU14, GLY15, CYS16, MET17, VAL18, TRP31, ALA70, GLY71, ASN95,

LYS97, GLY120.
 e. DMS405

Dari ligand DMS402, asam amino yang berinteraksi dengan ligand adalah :

PHE140, LEU141, ASN142, GLY143, SER144, CYS145, HIS163, HIS164,

MET165, GLU166, HIS172.

8. Carilah jenis protein yang sama dengan struktur yang berbeda pada laman Protein
Data Bank (PDB) https://www.rcsb.org/. Lakukan proses superimpose pada kedua
struktur protein tersebut. Lakukan screenshot pada struktur protein yang terbentuk
setelah dilakukan proses superimposition! Berapa ukuran kemiripan kedua protein
tersebut? Apa tujuan dilakukan superimposition protein dan kaitannya dengan drug
discovery? (20 poin) Selamat mengerjakan!
Protein yang dipakai : 5RG2 dan 5RG1

Taxon : SARS-CoV-2
Superimposition

RMS : 0.17 Å

Atom yang terlibat : 304

Superimposition dilakukan untuk mengetahui seberapa banyak asam amino

yang mirip di antara kedua struktur protein. Hal tersebut dapat dilihat dari nilai RMS.
Semakin kecil nilai RMS, maka akan semakin mirip kedua protein tersebut.
Kaitannya dengan drug discovery adalah suatu protein dapat menggantikan protein
yang lain dalam sintesis obat karena kemiripan dua struktur protein.

Adapun tujuan dari superimposition protein dalam penemuan obat adalah

sebagai metode untuk mengidentifikasi adanya bioisterik dan scaffold hopping dari
ligan yang ada. Bioisterik dan scaffold hopping merupakan konsep dalam desain dan
optimalisasi obat yang dapat didefenisikan juga sebagai pergantian fragmen senyawa
yang aktif secara biologis untuk meningkatkan aktivasi, mengurangi toksisitas,
memudahkan bahan, atau mendiversifikasi ruang scaffold.