3 PERHIMPUNAN DOKTER SPESIALIS MIKROBIOLOGI KLINIK INDONESIA eZ (INDONESIAN SOCIETY FOR CLINICAL MICROBIOLOGY) PAMKI Nomor —_: 004/SE/PP-PAMKI/V/2020 Press Release Mutasi dan Varian SARS-CoV- Pengaruhnya pada Pemeriksaan Mikrobiologi dan Kemanjuran Vaksin Tulisan ini disusun untuk menanggapi kekawatiran masyarakat mengenai mutasi dan varian baru SARS-CoV-2 yang saat ini banyak diberitakan dan menimbulkan ketakutan masyarakat sehubungan dengan terjadi peningkatan jumlah kasus harian COVID-19 di India yang mencapai ‘400.000/hari pada bulan April 2021. Angka ini menembus rekor lonjakan kasus tertinggi di dunia. ‘Apakah yang dimaksud dengan MUTAN dan VARIAN? Mutasi adalah perubahan materi genetik dalam porsi kecil dan merupakan fenomena alamiah dalam siklus hidup suatu organisme, terutama mikroorganisme. Walaupun merupakan salah satu mekanisme adaptasi untuk bertahan hidup, mutasi virus terjadi secara acak, tidak selalu menguntungkan virus, dan hanya sekitar 4-5 persen yang membuat virus lebih “fit”. Dapat menyebabkan perubahan pada bagian struktural maupun non-struktural. Mutasi pada tiap jenis mikrorganisme bisa terjadi dengan frekuensi berbeda dan sebagai akibat dari berbagai faktor. Produk dari hasil mutasi ini disebut dengan mutan. Varian virus baru ditetapkan bila mutasi yang. terjadi mengakibatkan perubahan asam amino sehingga terdapat perubahan sifat fenotip jika randingkan virus asalnya. Mengapa virus mengalami mutasi? Mutasi merupakan upaya adaptasi virus terhadap perubahan lingkunganya yang terjadi secara alamiah, Dalam tubuh manusia atau pejamu lainnya, mutasi virus dapat berpengaruh atau tidak berpengaruh pada timbulnya gejala serta penatalaksanaan medis (medical countermeasures). Hal ini sangat tergantung pada regio gen yang bermutasi. Il muwan telah menemukan regio gen yang paling sering bermutasi, yakni area perlekatan virus pada sel manusia, yang dikenal dengan bagian dari protein § (Spike) yang disebut dengan Receptor Binding Domain (RBD). Apakah sudah terjadi mutasi dan varian baru dari SARS-CoV2, virus penyebab COVID-19? Virus SARS-CoV-2, penyebab COVID-19, terdiri dari materi genetik asam ribonukleat (ribonucleic acid atau disingkat RNA) dengan panjang kurang lebih 30 kilobase, dan akhir-akhir ini telah dilaporkan terjadinya perubahan asam nukleat atau mutasi pada beberapa lokasi dalam susunan RNAnya. ‘Sekretariat __: Departemen Mikrobiologi FKUI, JI. Pegangsaan Timur 16 Jakarta 10320, Telp/Fax 021-3816826 ‘Alamat Kontak. : Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Unversitas Alrlangga, I Prof. Dr. Moestopo 47 Surabaya 60286, Telp. (+62-31) 5020251 5030252-3 Ext. 159, Fax. 5501508PERHIMPUNAN DOKTER SPESIALIS MIKROBIOLOGI KLINIK INDONESIA (INDONESIAN SOCIETY FOR CLINICAL MICROBIOLOGY) PAMKI WHO menetapkan adanya Variant of Interest (VOl) dan Variant of Concern (VOC) pada virus SARS- CoV2. VOI adalah bila SARS-CoV2 terbukti mengalami perubahan sifat fenotip sebagai akibat mutasi dan telah teridentifikasi terjadi penyebaran dalam suatu komunitas atau terdeteksi di beberapa negara. Selain itu, VOI juga ditetapkan berdasarkan hasil penilaian WHO SARS-CoV-2 Virus Evolution Working Group. Variant of concern (VOC) adalah VO! yang berhubungan dengan peningkatan penyebaran dan perubahan epidemiologi yang mengarah pada perburukan, atau peningkatan virulensi atau perubahan manifestasi klinis, atau penurunan efektivitas metode diagnosis, vaksin, dan terapi yang digunakan. Selain itu, VOC juga ditetapkan berdasarkan hasil penilaian WHO SARS-CoV-2 Virus Evolution Working Group. ‘Apakah SARS-CoV2 varian baru sudah ditemukan di Indonesia? Pemerintah Indonesia dalam hal ini Kementerian Kesehatan berkoordinasi dengan berbagai institusi untuk mengumpulkan data hasil sekuensing SARS-CoV2. Berdasarkan data tersebut, dilaporkan bahwa SARS-CoV? varian baru yang beredar di Indonesia saat ini (per 4 Mei 2021): * Variant of concern (VOC): © B.117 (UK) dilaporkan sejak Januari 2021 13 kasus, © B.1.351 (Afrika Selatan) isolat Januari 2021 1 kasus, ‘* Variant of interest (VON): © A.23.1 (UK) isolat Januari-april 2021 dengan 6 kasus. © B.1,525 (Nigeria) 1 kasus, © B.1.617.2 (India) 1 kasus, © B.1,617.3 (India) 1 kasus.. ‘Sampai tanggal press release ini dikeluarkan, varian dari kasus di India masih dalam penyelidikan. Bagaimana cara mengetahui bahwa suatu virus telah mengalami mutasi? Penyidikan mengenai perjalanan deteksi mutan dan varian SARS-CoV-2 bukan merupakan bagian dari aktivitas rutin laboratorium, karena memerlukan biaya yang besar ; analisa kompleks dan tidak segera mempengaruhi dalam pelayanan pasien COVID. Deteksi mutan dan varian SARS-CoV-2 dilakukan dengan metode pemetaan genomik (sekuensing) untuk mengetahui lokasi dan jenis mutasi. Pada saat ini terdapat beberapa institusi di Indonesia yang telah melakukan sekuensing dan melaporkan hasilnya ke Badan LITBANGKES, KEMENKES. ‘Sekretariat __: Departemen Mikrobiologi FKUI, JI. Pegangsaan Timur 16 Jakarta 10320, Telp/Fax 021-3916826 ‘Alamat Kontak : Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Unversitas Airiangga, JI. Prof. Dr. Moestopo 47 Surabaya 60266, Telp. (+62-31) 020251 5030252-3 Ext. 159, Fax. 5501508PERHIMPUNAN DOKTER SPESIALIS MIKROBIOLOGI KLINIK INDONESIA (INDONESIAN SOCIETY FOR CLINICAL MICROBIOLOGY) PAMKI ‘Apakah pemeriksaan PCR yang dilakukan saa k bisa mendeteksi SARS-CoV2 varian baru? Kualitas spesimen swab yang baik (cara pengambilan yang baik, jenis spesimen yang tepat, medium transpor yang sesuai dan waktu yang sesuai) sangat menentukan ketepatan hasil deteksi PCR. Pada saat ini pemeriksaan PCR rutin yang digunakan di laboratorium PCR di Indonesia telah menggunakan 2-3 set primer (sebagai pelacak) untuk mendeteksi gen ORF1AB, RdRp, E, S, dan N yang merupakan bagian dari protein struktur virus yang lestari. Regio gen virus yang dideteksi PCR pada mutan dan varian yang beredar saat dijangkau dengan metode PCR saat ini. Jumlah pelacak lebih dari satu meningkatkan kemampuan deteksi PCR. Pemeriksaan PCR yang dirancang untuk mendeteksi beberapa target genetik SARS- CoV-2 lebih mampu mendeteksi variasi genetik daripada pemeriksaan yang mendeteksi hanya satu target genetik. Disarankan jika didapatkan hasil PCR negatif pada pasien dengan gambaran klinis yang sangat mencurigakan kearah COVID-19, maka dilakukan pengulangan PCR menggunakan set primer atau pelacak yang berbeda, atau pemeriksaan juga dapat dikombinasi dengan pemeriksaan deteksi antigen. masih bisa ‘Apakah vaksin yang digunakan saat ini bisa melindungi tubuh dari infeksi oleh SARS-CoV2 varian baru? Beberapa studi klinis membuktikan adanya sedikit penurunan efikasi pada sebagian produk vaksin terhadap virus varian baru. WHO mengisyaratkan, selama efikasi masih di atas 50%, vaksin yang saat ini sudah dikembangkan dan digunakan, dapat tetap digunakan. Tentunya pengamatan terhadap mutasi yang terjadi harus terus menerus dilakukan untuk menentukan perlunya penyesuaian jenis vaksin. Penutup Diperlukan kehati-hatian dalam melakukan interpretasi mengenai nilai diagnostik RT-PCR potensi penularan, tingkat keparahan penyakit, dan kemanjuran vaksin COVID-19. Masyarakat tidak perlu ketakutan yang berlebihan dengan berbagai berita yang beredar. Ikhtiar secara terus menerus harus tetap dilakukan bersama untuk mengakhiri pandemi ini. Ketaatan pada protokol kesehatan 5M dan 3T merupakan langkah efektif dalam mencegah penyebaran Covid-19, meskipun sudah mendapatkan vaksinasi. ‘Sekretariat —_: Departemen Mikrobiologi FKUI, J. Pegangsaan Timur 16 Jakarta 10320, Telp/Fax 021-3916826 ‘Alamat Kontak: Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Unversitas Airlangga, JI Prof, Dr. Moestopo 47 Surabaya 60286, Telp. (+62-31) 5020251 5030252-3 Ext. 159, Fax. 5501508GI PERHIMPUNAN DOKTER SPESIALIS MIKROBIOLOG! KLINIK INDONESIA Kea (INDONESIAN SOCIETY FOR CLINICAL MICROBIOLOGY) PAMKI Rujukan: 1. WHO, Covid-19 Weekly Epidemiological Update 2. GISAID database 3. Konsorsium Riset dan Inovasi COVID-19 Kemenristek/BRIN 2021 4. httos://cov-lineages.org/pango_lineages.htm| 5. https://doi.org/10.1101/2021.01.27.427998 ; Neutralization of SARS-CoV-2 spike 69/70 deletion, E484K, and NSO1Y variants by 2 BNTI62b2 vaccine-elicited sera https://ir. novavax.com/node/15506/pdf https://papers.ssrn.com/so13/papers.cfm?abstract_id=3777268 https://www.the-scientist.com/news-opinion/covid-19-vaccine-frontrunners-67382 https://investors.modernatx.com/news-reléases/news-release-details/moderna-covid-19- een 10. https://www.bbc.com/news/health-55857530 Jakarta, 22 Mei 2021. Ketua Umum Pengurus Pusat P: kretaris Jenderal Pengurus Pusat PAMKI = Prof. Dr. dr. Kuntaman, MS, Sp.MK(K) _ : __ dr.Anis Karuniawati, PhD, Sp.MK(K) PENGURUS PUSAT ‘Sokretariat __: Departemen Mikrobiologi FKUI, Jl. Pegangsaan Timur 16 Jakarta 10320, Telp/Fax 021-3916826 ‘Alamat Kontak: Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Unversitas Airiangga, JI. Prof. Dr. Moestopo 47 Surabaya 60286, Telp. (+62-31) 5020251 5030252-3 Ext. 159, Fax. 8501808