‘Arabel Goneéles M. Actualcado 31 2013/2014 Fuente tehninges, Harpe, Blanco Resumen de Bioquimica y Biologia Molecular oe NA: te sun resumen de coracterticas personales que puede presenta por ende eres yalgnas de as fuegtes de ian par de temas no corresponden al bbiografa recomendada por la edtedra, Las fuenten principales, sin embargo, son { Jas mencionadas en elencabezado, Temario: -Pequefias moléculas Energia, termodindmica, enim, produccién energética j -Metabolismo de gicides H ~ -Metabolismo de | lipides Metabolismo de aminoscidos “Metabolismo de tejidos partcuares Hormonas y transduccign de seiaes Seadiunta al final una copia del programa de examen final (blillro) ordenado por temas,‘Anabel Gonzélex M- Actuallzado a! 2013/2014—Fuentes: Lehninger, Harpe, Blanco . Estructura de pequefias moléculas GLOCIDOS: Los ghicidos son polt-hidroxt-aldehidos 0 polt-hidroxi-cetonas (o blen compuestos que al hidrolizirse dan lugar 2 éstos}, I que signifiea que estén formados por cadenas de carbonos, cada uno unido a un oxhidrilo,y un oxigeno unido por doble enlace al carbono de uno de los extremos (en los aldehidos) o del medio {en fas cetonas). Ademas pueden tener btros grupos funcionales unios, con otros elementos: nitrégen, fésforo o ante. __Tas funciones de los_glicides son variadas; son muy importantes en la obtencién de energfa, sobre todo los ghicidos Spequerios” pere-lor polmeros”glicos/dicos-tambin-pucden- tener FuRGonesSUMICLitaeS-¥-te- DTOTEcconi=c-inelmsi"e sefalizacién entre o dentro de una célua. Los gldcidos mis simples se denominan monosacdrides, y son una sola molécula de polt-hidrox-aldehido o cetona; el ms gbundante es la D-glucosa; y por lo general cuando tienen mis de 4 carbonos se wuelven ciclicos. Sin embargo, los monosacéridos pueden unirse entre si por enlaces glicosidicas para formar estructuras denominadas oligosacaridos; éstos son cadenas cortas de entre dos y 20 monémeros (residuos de monosacéridos). Los de 2 residuos se denominan disacéridos y son los mas comunes; fa sacarosa, por ejemplo, es un disacérido de glucosa + fructosa. Si hay més de 20 residuos formando un polimero, estamos hablando de un polisacdrido; estos pueden llegar a tener millones de jemplos de ellos son elalmidén y fa celulosa. ‘monémeros; Estructura y clasificacién de los monosacérides: Los monosacéridos se dividen, de acuerdo a la posicién del grupo carbonilo, en aldosas y cetosas; y de acuerdo al N* de carbonos de su cadena (que pueden ser entre 3 y 7), triosas, tetrosas, pentosas, hexasas y heptosas, siendo las hexosas las mas comunes. ~ ° ~ Enantiémeros: Todos los monosacéridos tienen, a excepcién de'la di-hidroxi-acetona( Woon }, al menos 1. ‘carbone asimétrico 0 quiral (es decir, que esté enlazado a 4 elementos o cadenas diferentes); de acuerdo a la disposicién de ellos alrededor de dicho carbono, los monosacéridos pueden tener distintos isémeros Spticos (0 enantiémeros), amados asi por su actividad éptica (si bien tienen las mismas propiedades fiscas y quimicas, responden distinto a la luz polarizada), Sillamamos “n” al N° de carbonos quirales de-una molécula, 2" seré la cantidad de enantiémeros que presenta. En los enantiémeros, por convencién, se utiliza la nomenclatura D/L para nombrar a los enantiémeros; donde, si representamos en dos dimensiones la disposicién de los Stomos (proyeccién de Fischer), aquellas moléculas donde el grupo funcional quede a la ézquierda se denominan Ly aquellas donde quede a la derecha, D. En el caso de los glicidos, la cadena se representa verticalmente con el carbono més-oxidado arriba y el més reducido abajo (es decir, se coloca el grupo carbofilo lo rs arriba posible; en el caso de un aldehido, ‘en el extremo superior). La configuracién que se toma en cuenta es la del carbono quiral més distante al grupo carbonilo, que se encontraria en el Hero pendiltimo carbono. El isémero D es que deja el grupo hidroxilo det wr {Penitimo carbono.a la derecha, yl isémero el que lo deja ala aquierda on ahem p-phends Pret = Epimeres: Los epimeros son otra clase de ismero que pueden tener los glicidos, en los cuales un solo carbone tiene una disposicién distinta; por ejemplo, fa D-glucosa y la D-galactosa. Esto no se aplica si cambia el lugar del grupo carbonilo; en ese caso, una aldosa pasa a ser una cetosa o viceversa. “Tuten cte-eion Poder reductor de los ahicdes: Algunos menosacirdos, como la gucgsa, pueden ff «Se @xididos por agentes oxidantes suaves, con los iones férrico (Fe) ciprico 4 ME Ry (Cu"), oxidando su carbono anomérico. Ejemplos de dichas reacciones son las "tre tye Not etona ‘snot reacciories de Febling y de Benedict, ambas levadas a cabo con sulfato isiprico (varia ta roporcién entre ambas). Cu Cu? Reduccién por tautomerfa: ceto > enol-> aldehido:Anabel Gonzile M.-Actalizado at 2013/2014 ~ Fuentes: Lehninger, Harpe, Blanco Estructura ciclica: Por lo general, cuando se encuentran aldosas de 5 carbonos o mas en solucién acuosa, éstas no se encuentran fen forma lineal sino que, mediante un enlace entre el grupo carbonilo y el grupo aldehido de un carbono, adquieren cconfiguracién cicica, formando lo que se denomina hemiacetal. Esto les confiere un carbono quiral adicional, y por lo tanto otras, dos formas estereoisoméricas. Por ejemplo, la glucosa se cicla tuniendo el carbono de su grupo aldehido con el oxigeno del oxhidrilo del carbono 5, generando un anillo de seis Stomos; por pasGiusan Ghee Ohueonats su similitud con el pirano se denomina (gluco)piranasa (al igual (orma tines) {que todas las otras moléculas que adquieran esta configuracién al ciclarse). Las que al ciclarse forman anillos de sélo S ‘Stomos son menos estables, y por su similitud a la molécula furano se denominan furanosas. Las cetosas también pueden ciclarse, formando lo que se denomina hemicetal (no confundir con hemiacetal); la fructosa, por ejemplo, une el carbono del grupo cetona (carbono 2) al oxhidrilo del carbono 5 0 6; de acuerdo a lo cual se transformaré en fructofuranosa o fructopiranosa respectivamente, ‘Anémeros: Como hemos visto, el plegamiento le confiere al ‘monosacérido un carbono quiral extra (el carbonilico que se ha unido a un oxhidrilo), que pasa a llamarse carbono anomérico. | carbono anomérico, dependiendo de cmo queden dispuestos el oxidrilo y el hidrégeno, le ‘otorga a la molécula otra forma de isomeria dptica, donde, representando a la molécula en el plano (dado que ahora es ciclica, no se puede usar la proyeccién de Fischer, que es lineal; en su lugar se usa la proyeccién de Haworth, con una perspectiva tridimensional simple), si el oxhidrilo se encuentra abajo se denomina “a” y si se esté arriba se denomina “B”. Ambas formas son interconvertibles en solucién acuosa, lo que se denomina mutarrotacién, por lo que en el equilibrio, una disolucién de a-D-glucosa y una de B-D-glucosa tendrn las mismas propiedades épticas, Derivados de las hexosas: En muchos organismos, los gliicidos y en particular la glucosa, manosa y galactosa, pueden remplazar un hidroxilo por otro grupo funcional; esto da distintos compuestos con distintas funciones, como la glucosamina (que a su vez puede condensar su amina con cido acético para formar N-acetil-glucosamina). Cuando el carbono del grupo carbonilo de una aldosa se oxida para formar un carboxilo, obtenemos dcidos aldénicos; en el caso de la glucosa, nos da dcido glucénico. Si a éste ademés le oxidamos el carbono ‘del extremo opuesto obtenemos lo que se llama dcido urénico, que tiene un importante papel ° 9 enlamatriz extracelular. Porto general en elmetabolsmo de los giioe no Inteinen estos ens estado normal Hon sino que se hallan fosforilados; por ejemplo, la glucosa 6-fosfato ha formado un éster a partir alee de un dcido fosférico y uno de sus oxhidrilos. wom Ova pose medion es a surttuén de un osteo por un Sine tegen: porjemelo, ribose ele puede ar ol xgeno on oon delsegundo earono para formar desxraibom ww LRT [es itsstvenicosse ucdon etericarcon sles votroeradales py tucson: Un itd eg a UPAC (Uni Itemaciona de ulmi Pray Aix} clit molécuaon a val Un glicido se enlaza a través de su carbono anomérico a otro compuesto de diferente naturaleza quimica; por ende, no tienen poder reductor, ya que su extremo reductor se halla ocupado.Anabel Gonzslez M.-Actualizado al 2013/2014 — Fuentes Linger, Harper, Blanco Monosaciridos més comunes: eyeon How gro 0 cro qHhoH ——_CykOH oe b-Froetosn -Rboss —_D-Desoximbora Para recordar: Rotacién dptica = La rotacién éptica o actividad éptica es la rotacién de la polarizacién lineal de la luz cuando viaja a través de ciertos materiales. Isémeros = compuestos quimicos que con igual férmula molecular que presentan estructuras moleculares distintas y, por ello, diferentes propiedades. - Tipos de isémeros: * Is6meros funcionales, varia sélo un grupo funcional manteniéndose el esqueleto carbonado (ej. aldehido > cetona). '* Isémeros de posicién, el esqueleto cabonado es el mismo, al igual que el grupo funcional, pero éste varia su posicién, ‘# Estereoisémeros, misma férmula molecular y la misma secuencia de étomos enlazados, con los mismos enlaces entre sus ‘tomos, pero difieren en la orientacién tridimensional de sus étomos en el espacio, ‘* Enantiémeros: Clase de estereoisémeros; un compuesto es imagen especular del otro y no son superponibles, es decir, cada uno es una imagen especular no superponible con Ia otra, lo mismo que una mano respecto a la otra. ‘ Diasteroisémeros: Clase de estereoisémeros que no son imagen especular uno del otro, es decir, no son enantiémeros, ‘¢ Epimeros: Estereoisémero que tiene una configuracién diferente en uno solo de sus centros estereogénicos. © Anémero: Clase de estereoisémeros donde que se aplica exclusivamente al carbono hemiacetal de un glicido ciclico, Enlace alicosidico: Los oligosacaridos son cadenas lineales de monosacéridos Unidos entre si por enlaces O-glicosidicos. Los enlaces glicosidicas se forman cuando el grupo oxhidrilo de un azticar reacciona con el carbono anomérico del otro, lo que genera un acetal (hemiacetal + oxhidrilo = acetal) si la estructura lineal del glicido era una aldosa, o un cetal (hemicetal + oxhidrilo = cetal) si era una cetosa. La unién puede producirse con los oxhidrilos de diversos carbonos, por lo {que es necesario especificar con una flecha (ej: 1-> 4) los carbonos envueltos enel enlace, os enlaces glicosidicos no se pueden hidrolizar por bases, pero si por dcidos, ‘Al mismo tiempo, si el carbono del grupo aldehido se halla ocupado, no tiene accién reductora; por ende, disacdridos como la sacarosa, que tiene ambos carbonos anoméricos ocupados en formar el enlace (el carbono 1 de la glucosa y el 2 de la fructosa), no tienen accién reductora, ‘i.un disacérido mantiene un carbono anomérico fuera del enlace glicostdico (por ejemplo la maltosa, con dos glucosas unidas por enlace 1->4), éste se denomina extremo reductor. Por convencién, los oligosacéridos siempre se escriben con su extremo no reductor a la izquierda, y especificando si cada ‘monémero es una piranosa o furanosa.Anabel Gonzslez M.- Actualizad 31 2013/2014 ~ Fuentes: Lehninger, Harper, Banco Polisacéridos: También llamados glucanos 0 glicanos, son elementos estructurales y de reserva energética muy importantes. Estén constituidos por cadenas de residuos de monosacaridos que pueden ser lineales 0 ramificadas, y que también pueden ser de un solo tipo (homopolisacéridos) o de varios tipos distintos (heteropolisacéridos) Los polisacdridos de mayor importancia en eucariotas son el glucégeno (polisacérido de reserva energética) en animales, y el almidén (reserva) y a celulosa (estructural) en plantas. - Almidén: El almidén esté formado por dos tipos de polimero de glucosa: la amilosa y la amilopectina, La amilosa es un polimero lineal (sin ramificaciones) de puros residuos de D-glucosa unidos entre si por enlaces ‘a1>4, La amilopectina también esté formada exclusivamente por O-glucosa con enlaces a14, pero cada 24-30 residuos presenta una ramificacién. En los puntos de ramificacién, el enlace glicosidico es a1-96 (con el carbono 1 perteneciente a la ramificacién, y el OH del carbono 6 a la cadena principal). ~ Glucégeno: Es también un polisacérido formado por residuos de D-glucosa, ‘que se hallan unidos por enlaces enlaces ai->4, con ramificaciones a1->6; pero a diferencia del almidén, los puntos de ramificacién son mucho mas cercanos entre si (cada 8 a 12 residuos, por lo que el glucégeno es més compacto. Para obtener los monémeros a partir del polimero, las enzimas » liberan a la glucosa de a una molécula, a partir de los extremos no reductores. Tanto glucégeno como almidén son importantes como reserva energética. Cada una de sus ramificaciones terminan en un ‘extremo no reductor, por lo que todo el polimero sélo tiene un carbono reductor. La principal ventaja para las células de almacenar la glucosa de esta forma radica en conservar una osmolaridad adecuada; un polimero de miles de monémeros cuenta como una sola particula polfmero lineal no ramificado de unas 15.000 unidades de glucosa; pero a y lugar de a. Esto le confiere propiedades muy distintas, ademds de on ¥ Y imposibilitar a muchos organismos de digerirla, a menos que posean [a __Unidudes de gluco unas por enlace (B1-o4) enzima celulasa, = Quitina: La quitina es un polisacérido estructural en artrépodos. Es idéntico a la celulosa excepto en que sus residuos son N-acetil glucosaminas; es decir, D-glucosas que han cambiado su oxhidrilo en el carbono 2 por una amina acetilada. Heteropolisacéridos: Las paredes bacterianas estén compuestas de distintos heteropolisacéridos derivados “del tentrecruzamiento por enlace glicosidico de las porciones glicosidicas de sus glicopéptidos; siendo los monémeros estructurales N-acetil_glucosamina y el dcido N-acetil-murdmico. La penicilina y lisozimas antibacterianas destruyen 0 impiden dicho entrecruzamiento, permitiendo el ingreso de agua ala bacteria y su destruccién por presién osmética Otro heteropolisacdrido comin es la agarosa, componente del dgar-dgar, formada por los monémeros sulfatados Dy L galactosa, El 4cido hialurénico, componente esencial del tejido conjuntivo, es un heteropolisacérido conformado por dimeros de dcido Jucosamina y dcido glucurénico, alternando enlaces B 1->4y B 13.Anabel Gonzalez M-Actualizado al 2013/2014 ~ Fuentes: Lehninger, Harper, Blanco NUCLEOTIDOS Y ACIDOS NUCLEICOS: Los nuclestidos estin formados por tres componentes basicos: una base nitrogenada, una pentosa, y un grupo fosfato. Si este tiltimo no se encuentra presente, la molécula se denomina nucledsido cen lugar de nuclestido. AcGatTA TABLA 8-1. Nonenciatra dels rucediosy dels Sos ruceicos base ed fio ito rc Pains ‘denna Adecsos esi HA, Desmiodeosica Desoaentata Dm Guin Gannosna anata cy Desaigunesina Sescigueino mua Pinas Chocna . Ching histo cr Desacia Destro Dia Tinea Tiina desitnine Ticino decaieisao DNA Wado ina ito RM Bauemes* Extremo’ Las bases nitrogenadas son compuestos ciclicos derivados de dos Estructura del esqueleto de posibles moléculas: la purina y la pirimidina. La adenina y la guanina fosfoazticares simplificado y extendido son purinas, mientras que la timina, la citosina y el uracilo son pirimidinas. Las purinas son siempre iguales en el ARN y el ADN, pero la timina y el uracilo se encuentran en el ADN y ARN respectivamente. En cuanto al azticar, hay dos tipos de pentosa posibles: O-ribosa, y D-desoxirribosa, ribosa a la cual le falta el oxigeno del ‘oxhidrilo del carbono 2. En los nucleétidos, ambos azticares se hallan en la forma de B-furanosas. Uniones entre las ribosas: Para formar ARN o ADN, los azticares de los nucledtidos forman un esqueleto, uniéndose covalentemente mediante “puentes” del grupo fosfato que se esterifica con los oxhidrilos; el 5’ de un nuclestido y el 3’ del siguiente, dando lugar a un enlace fosfodiéster. La unién de nucledtidos entre si forma dcidos nucleicos; y al igual que los anicares, dos nuclestides juntos forman un dinuclestido, hasta SO nucleétidos forman un oligonucleétido, y mas de 50, un polinuclestido. El esqueleto de fosfoazticares de los dcidos nucleicos es hidrofilico, con un pk, cercano a 0, y cargado negativamente a pH 7; estas cargas negativas interaccionan con iones y proteinas asociadas. Dado que todos los enlaces tienen la misma direccién, se establece una polaridad en la cadena, donde todos los extremos 5" se orientan a un lado y todos los 3’ a otro. Por convencién, siempre se esquematiza un dcido nucleico con el extremo 5 a la iaquierda y el 3’ ala derecha.[Anabel Gonzilez Mi Actuallzad 31 2013/2014 ~ Fuentes: Lhninger, Harper, Blanco ‘Apareamiento de las bases nitrogenadas: Entre los, carbonilos y los aminos de las bases nitrogenadas, se pueden estabcer puentes de hidrégeno. Cuando esto ‘ocurre, se dice que las bases estén apareadas; lo que puede suceder entre la citosina y la guanina, y la adenina ¥ la timina 0 uracilo, Dado que cada base tiene distinto rndmero de carbonilos y aminos, la cantidad de puentes de hidrégeno entre bases apareadas difiere; entre Cy G son 3, entre Ay T/U son 2. Tautomeria: Un tautémero es un isémero donde hay un ‘cambio en el grupo funcional, debido a la migracién de tun étomo o incluso catién; por lo general, es un étomo de hidrégeno. Tanto las bases paricas como las pirimidicas pueden presentar tautomeria: ceto-endlica y ‘amino-imino. En la ceto-endlica, un Stoo de hidrégeno {que se hallaba unido al nitrigeno migra al oxigeno del grupo carbonilo de una cetona (de allf viene la forma eto), conwirtiendo al grupo funcional en un eno! (OH Unido a un carbono con enlace doble a otro étomo). Las bases que presentan tautomeria ceto-enolica son aquellas que tienen un grupo carbonilo (timing, uracilo, ‘guanina y citosina; en el caso de que tengan mas de un carbonilo, como el uracilo, pueden ser hasta dobles- ‘enélicas) mientras que las otras, con su grupo amino, presentan tautomerfa amino-imino (adenina, citosina y guanina). Las formas predominantes de estas bases son siempre ceto y amino, pero se encuentran en equilibrio, con aproximadamente un 0,01% de los tautémeros raros (en forma endlica e imino). Por otra parte, en la tautomeria amino-imino el hidrégeno viaja desde un {grupo amino (NH,) a otro nitrégeno que se encuentra formando parte del anillo; al abandonar el grupo amino, el nitrégeno de éste forma un doble enlace en lugar de simple con su carbono, formando un grupo imino. La significancia biol6gica de la tautomeria de las bases festé en que, por la modificacién de los grupos que establecen los puentes de hidrégeno, las leyes del apareamiento se ven invertidas: keto tautomer of T pairs with A ‘A (amino) = C* (imino) ‘A* (imino) = C (amino) G (ceto) =T* (enol) G* (enol) = (ceto) Es decir que si una adenina o una citosina estén en su forma tautomérica, se produce un par A-C, y lo mismo para una guanina y una timina. Dado que un solo tautémero de una base puede causar tun cambio en el cédigo genético al aparearse en manera distinta a la normal, la tautomeria es de gran significancia para las mutaciones y la variabilidad genética. RARE: enol tautomer ofT pairs with 6 We 4 “enor oe, AM, y* a, oe Hy, are oat oar caltynine 7) jy — Guang N . 1 ons eee 4. | 8[Anabel Gonaélez M.-Actualzado a 2013/2014 ~ Fuentes Lehninger, Harper, lanco Funciones no codificantes de los nucleétidos: Los nucleétidos no sélo almacenan el cédigo genético ni lo transcriben 0 traducen por medio del ARN, sino que también pueden ser utilizados para el almacenaje de energia, como cofactores cenzimaticos, y como mensajeros quimicos. 1 8 ~ Ribonucleétidos de almacenamiento energético: Los ribonuclestidos no s6lo y pueden estar unidos a 1 grupo fosfato, sino a dos o tres (que se unen entre sty se o-b o Base ‘numeran, desde el més cercano al azdcar, a, B y v), lo que forma nucleétidos mono, di ytrifosfato. HR De acuerdo a la base que contenga el ribonucledtido y la cantidad de fosfatos a H adheridos se denominan: A/G/C/U ~ M/O/T -P (de fosfato}; GDP, ATP, AMP, etc. Oa On La hidrélisis de los grupos fosfato es la que libera grandes cantidades de energia; la unién entre el fosfato a y a ribosa, un éster, libera 14 kJ por mol, mientras que los enlaces entre los fésforos (anhidridos del dcido fosférico)liberan unos 30 ki por mol. yr - Nucledtidos ciclicos: El enlace fosfoéster entre la ribosa y el fosfato puede estar tanto en el chy carbono 3’ como en el 5’; por esta razén, a veces un mismo grupo fosfato puede unirse en <.AL AT ambos carbons, creando dos enlaces fosfoéster con la misma ribosa, y generando lo que se denomina un nucledtido ciclico; a la sigla del nucleétido, se le agrega un “c” de cilico adelante (E}: «AMP en el esquema-, cGMP). Por lo general, los nuclestides ciclados actian op como segundos mensajeros y moléculas reguladoras dentro de la célula, provocando cambios adaptativos al interactuar con receptores, = Cofactores enziméticos: Muchos cofactores enziméticos incluyen a la adenosina como parte de su estructura; y si bien ésta nunca lleva a cabo la funcién primaria, si desaparece puede haber una dréstica reduccién de la actividad, ya que su presencia se relaciona con la energia de unin entre enzima y sustrato, Un ejemplo de cofactor enzimatico muy comiin que contiene adenina es la coenzima A, 0 CoA, que contiene un dcido pantoténico (vitamina B.), una B-mercaptoetilamina, y un ‘ADP. En caso de que la 6-mercaptoetilamina se halle unida a un grupo acetilo (grupo metilo unido por un enlace simple a tun grupo carbonilo) mediante un enlace tioéster, la coenzima se denomina acetil-CoA. LIPIDOS: Los lipidos constituyen una gran familia con una caracteristica comiin y particular: su insolubilidad en agua. Tienen tuna gran versatilidad funcional, y pueden actuar como hormonas, como componentes estructurales de las membranas,Anabel Gonedlee M. Retuslizado a 2013/2014 ~ Fuentes: Lehningr, Harper, Blanco cofactores enzimaticos, pigmentos, chaperonas y moléculas de almacenamiento energético. Estos titimos aparecen en forma de grasas y aceites, compuestos derivados de los dcidos grasos, ‘Acidos grasos: Son Scidos carboxtlcos de cadenas hidrocarbonadas de 4 a 36 carbonos, que pueden presentar diversas Yariaciones; la forma mas bésica no presenta dobles enlaces (se halla completamente saturada de hidrégenos) ni ramificaciones; pero también puede ser insaturada, con anillos de tres carbonos, grupos hidroxilo o metilos ramificados. La nomenciatura de estos compuestos especifca la longitud de la cadena y el ntimero de dobles enlaces separados por dos puntos; con las posiciones de los dobles enlaces especificadas por un An (donde n = carbono participante del doble enlace més cercano al extremo del carbono 1 ~que es el del carboxilo-). Por ejemplo, 20:2" " es un dc. graso con 2 dobles enlaces, uno entre C-9 y C-10 y otro entre C-12 y C-13, ‘Acldon gras biolipicos comanes Simbolot__ Nombre comin Nootbre stotematico Rotructura ef C0) ‘eidos grees saturates : 120 Addolduico Acido dodecanolco CHJCH4COOH “2 140 Acide mititico Acid teradecancico ‘CHYCH {COOH 82 160 Aide palmiico "Acido hexadecanoico CH(CH,COOH 6 180° Acido estetrico Acido octadecancico CHYCH),COOH 6 20a ‘Addo araquidico Acido eicosanolco CHYCH),COOH 5A 320 Adda behénico Acido docosanaico CCH) 4COOH at 240 Acido lignoctrico Addo tetracosanoico CHYCH,COOK, 842 ‘cides grsosinstaredos (odes los dobes enlaces on ci . . 161 Acid pelmitoleco Addo $-hoxadecencieo CH, (CHsCH=CH(CH),COOH 05 181 Addo ole ‘Acido 9-octadecencico - CH(CH),CH-CH(CH),COOH 134 ‘Keio lincleico Acido 9.12-octadeeadienoico CH, (CH) (CH-CHCHCHCOOH~9 ‘Acido etinolénico Acido 9,12,18-octadecariencico CH,CH(CH=CHCH))(CH),COOH = =17 eide plinclénico Addo 69,12-cctadecatiensico CH, CH,){CH=CHCH)(CH),COOH. ‘Acido araquidonico Acido 5,8,11,14- CHC) (CH@CHCH)(CH),COOH-09,5, ecosatetraencico 205 EPA Acido 5,8,11,14,17- CH,CHYCH-CHCH(CH),COOH 54 tlcotapentancico 261 Addo nerénico _Atido 15-tetrcosencico (CH (CH),CH~CHICH,),COOH 39 “ Namere de Somos de cetbone:nirnero de dbles enlaces. Los dcidos grasos mas abundantes sin ramificar tienen numeros pares de atomos de carbono entre 12 y 24, lo que se debe a su sintesis, que utiliza acetato (compuesto de 2 carbonos). La posicién de los dobles enlaces también es regular; la mayoria tienen insaturacién de A9 en adelante, y casi siempre hay un grupo metileno entre insaturaciones, lo que genera ‘que éstas se den como maximo de cercania cada tres carbonos (CH=CH-CH2-CH=CH); por ejemplo, si un carbono es A9 poliinsaturado, los siguientes dobles enlaces seran 412, 15, etc Los dobles enlaces casi siempre tienen la configuracin cis, es decir, que los hidrégenos asociados a los carbonos asociados 2 los hidrégenos se encuentran del mismo lado, creando una fuerza de repulsién que angula al enlace, y genera un cambio de direccidn en la cadena. Los enlaces trans, al contrario, tienen a los hidrdgenos en lados opuestos, por lo que la cadena ‘contintia en la misma direccién; esto permite un mayor empaquetamiento de los acidos grasos, al ser mas rectos. Los carbonos de la cadena carbonada también se numeran; no s6lo del 1-n partiendo del carbono carboxlico, sino tambien con letras griegas; a, B, v, etc., donde a es el carbono siguiente al carboxilico (seria el carbono 2). Al sitimo carbono, es decir el carbono del extremo metilo, invariablemente de su nimero, siempre se lo denomina w, y nos permite establecer luna nomenciatura alternativa, donde la cantidad de carbonos hasta un doble enlace se cuenta desde el extremo mas alejado al carboxilo; por ejemplo, si tengo un dcido graso 18:1~, significa que es un dcido graso con 18 carbonos, y que entre el 9° y el 10° contando desde la punta opuesta al carboxilo (o extremo metilo) hay un doble enlace. = Propiedades fisicas: Estén determinadas por la longitud de la cadena, la cantidad de insaturaciones, y la naturaleza de stas (cis/trans). La hidrofobicidad esta dada por la cadena hidrocarbonada, ya que el grupo carboxilo es hidrofilico; por[Anabel Gonaélez M- Actualizsdo a 2013/2014 ~ Fuentes: Lehninger, Harper, Blanco ‘eso, cuanto mas corta es la cadena, menos hidréfoba es. El punto de fusién también depende del largo de la cadena y del rnimero de insaturaciones; cuanto més larga y saturada es la cadena, més empaquetadas estan las moléculas; por lo que hhabra que darles més energfa calérica para que aumenten su fluidez. - Propiedades quimicas: Por su grupo carboxilo, los écidos grasos tienen diversas caracterisicas, que involucran reacciones con otras sustancias, asf como disinto comportamiento dependiendo del pH del medio. PH = pK + log [A]. Por ser dcidos, tienen la capacidad de disociarse. La mayor parte de los dcidos grasos tienen un [Wa] | pKa de 4.5 (a un pHi de 4.5 tienen un 50% de ionizacién) por lo tanto a un pH fisioldgico (7,4) estn ionizados como carboxilatos (R-COO}; si al pH es igual al pk, (4,5), una mitad estard disociada y la otra no. Siel pH es extremadamente écido, el grupo carboxilo no estaré ionizado en absoluto, - Formacién de otras sustancias: Los acidos grasos son, técnicamente, dcidos débiles, y reaccionan como tales cuando se ‘mezclan con otras sustancias. Con bases fuertes, los 4cidos grasos pueden formar sales, en una reaccién de saponificacién, ya que el resultado es jabén. Con aminas, los écidos grasos reaccionan para formar amidas (amina unida a un grupo acilo ‘con grupo funcional del tipo RCONH”, siendo CO un carbonilo, N un tomo de nitrégeno, y R, R’ y R” radicales orgénicos 0 ‘étomos de hidrégeno). Con los alcoholes, reaccionan por un proceso de esterificacién, formando un éster + una molécula de agua. Finalmente, con los tioles (o sulfhidrilos, grupo ~SH), los acidos grasos reaccionan para formar un enlace tioéster, por ejemplo con acetato para dar acetil-CoA 0 con grupos acilo para dar los correspondientes acil-CoA. = Familias de dcidos grasos: Las familias metabélicas de los dcidos grasos estén determinados de acuerdo a su nomenclatura w; la presencia de dobles enlaces contando a partir de ese carbono es lo que determina al grupo; el resto de carbonos y dobles enlaces adicionales en la porcién més carboxilica de la cadena no importan a la hora de determinar la familia La principal relavancia de esta nomenclatura est en Ia fisiologia de los mamiferos como los humanos, que tenemos las lenzimas necesarias para desaturar dcidos grasos, pero s6lo a partir del carbono 9; por lo que cualquier dcido graso con dobles enlaces en los carbonos 13 y «6 constituyen dcidos grasos esenciales: 3: a-linolénico 6: ylinolénico, araquidénico. ~ Dervados de fos Acids arses: Ekosanldes y_ docosaoldes: Los ttesanoldes son compucsosdervados deeds graves exces pra les mamiferos (omega-3 y omega-6) de 20 carbonos; e incluyen prostanoides, Ievctienestposnas tas prostanides, a” Su ver, comrenden prostaglandinas, prostactinasyromboranes tor posananins exten en cst sls ties de marr y atéan camo hotmonas locales? Goren inportarts.acdades fogs ¥ Neen tamacolegis Se sintetzon neve por mee de ciation por el centro de é ia cadena de carbone de eldos ross potnsturados de 2 carbons ° (icosocics camo’ dede arene) pra, formar un nil Clopentane, Uno see vlcona de compuestos los tombocanes, tiene FIGURA 153 Torino SHA? el anillo ciclopentano interrumpido con un atomo de oxigeno (anillo oxano). tor ieucotenosy los Ipoinas son un treet grupo de, dros Doe cicosaneldesfrmodes medante laa dela peongenass Se carcteran _ por la presencia de tres o cuatro dobles enlaces conjugados, { respecte as luctienos casan boncoanstiecio Son potent ee seus pronomateresy estan plados ene sma. Las sans por Ultimo, son también derivados ciclicos eicosanoides, que actian FIGURA 15-4 tevcomienoA,0IA3. penciament revitnd la frmacn yagregacion laueteroenrelacio ono coapulcién del sarre cos docsanades som similares ols eicosoeies pero dean de Sios sos eens de 2crbone en ar de 20 FIGURA 15-2 Prostaglancina (PCE) onAnabel Gonsilex M-Actuallzado al 2013/2014 Fuentes: Lehninger, Harper, Blanco - Derivados de los dcidos grasos: Acilgliceroles: Los acilgliceroles son moléculas formadas por la unién Reet ee cnmolcan de giceol skahal de tres oxvie, mediante un proceso de ‘SH testerfcacién. Segin el nimero de Scidos grasos que se unan (que pueden ser tantos como oxhidrilos “HOH tiene el glicerol), la molécula ser4 un monoacilglicérido, un diacilglicérido, o un triacilglicérido. Los que yn tienen mas de un dcido graso pueden ser simples (1 sola clase) 0 complejos, y, en caso de ser simples, se denominan de acuerdo al dcido graso y su cantidad (e}.:trioleina, tracillicérido de 3 dcidos oleico). Dado que los grupos polares (alcaholes y carboxilos) se encuentran esterificados, los triacilglicéridos son moléculas apolares e hidrofdbicas, Los triacilicéridos se denominan, en forma general, grasas y aceites; segiin si son sélidos 0 liquidos respectivamente a temperatura ambiente. - Derivados de los acilaliceroles: Fosfoglicéridos: Los acilglicéridos pueden unir su glicerol a un grupo fosfato; de esta forma, la molécula adquiere anfipatia (va que el fosfato es polar y el acilglicérido no). Hay muchos integrantes de la familia de los fosfoglicéridos: El fosfatidato o dcido fosfatidico es un intermediario comin en la sintesis de lipidos y acigliceroles, ya que es la forma mds simple que puede tener un fosfoglicérido; diacilglicerol-3-P. La fosfatidilcolina o lecitina es uno de los principales constituyentes de las bicapas lipidicas de las membranas celulares; también participa en la cesterificacién del colesterol de las lipoproteinas del SOP Pestatdttanataming SOT Fostatteoting Ryt-0-cH ata densidad. ConteneunScidosatuado en Cy wena, uno insaturado de 18 C en el C-2, ademas de un 1 2 " frupo fesfoo unido 2 una molécula de. colna (a fobs cuaternaria de amonio) en el C3 del glicerol. La fosfatidiletanolamina es un fosfol membrana compuesto por un diacilglicérido y un {grupo fosfato esterificado con con el aminoalcohol etanolamina, un derivado del etanol. la fosfatidilserina es un fosfodiacilglicérido donde el fosfato se halla unido al aminodcido serina. Es, también, un componenete estructural de las membranas plasmaticas, exclusivamente de la cara citosdlica. El fosfatidilinositol es un fosfodiacilglicérido de membrana unido a un grupo inositol (polialcchol ciclohexano).. La cardiolipina es un lipido que se encuentra en la membrana mitocondrial interna o en las bacterianas. Est formada por dos fosfodiacilglicéridos unidos a un tercer glicerol central por medio de los fosfatos. Muchos fosfoglicéridos presentan cargas que varian seguin el pH, debido a la presencia del grupo fosfato (que a pH neutro y esterificado tiene carga negativa) y la posible presencia de aminodcidos (como la serina). Esto genera ademas que algunos fosfoglicéridos, como la fosfatidilserina, la fosfatidiletanolamina y la fosfatidilcolina sean moléculas zwitteriénicas, es decir ‘que presentan en distintos étomos cargas negativas y positivas al mismo pl. ° fot, Diesaiigierot 4 (cael) - Derivados de los dcidos grasos: Esfingolipides: Los esfingolipidos también poseen colas de dcidos grasos, pero no glicerol. En su lugar, estén compuestos por una molécula de amino-alcohol de cadena larga llamado esfingosina, una molécula de cdo graso de cadena larga, y un grupo de cabeza polar unido por enlace glicosidico 0 fosfodiéster, dependiendo el caso. Cuando se tiene al écido graso unido a la amina de la esfingosina, se forma una ceramida. Los fosfolipidos se dividen en numerosas familias: Las esfingomielinas contienen una fosfocolina © fosfoetanolamina como grupo polar, por lo que también se clasifican como fosfolipidos; ¥ nsaatyite por ende son moléculas anfipaticas. Se smutura encuentran presentes en las membranas, y en grandes cantidades formando la vaina de[Anabel Goneslex M.- Actualizado al 2013/2014 ~ Fuentes: Lehinger, Harper, Blanco mietina en el sistema nervioso. Los glucoesfingolipides no contienen fosfato, sino un azar unido al grupo OH del carbono 1 de la ceramida; en caso de ‘que sea sélo 1 se denominan cerebrésidos, y si son dos, globésidos. Ninguno de ellos tiene carga a pH neutro. Si bien no son fosfolipidos, se encuentran en las membranas celulares. Los ganglidsidos, por dltimo, son los esfingolipidos més complejos; contienen oligosacétidos, y a veces dcido sidlico, que les porta una carga negativa que los distingue de los globésidos. Esteroles: Son lipidos estructurales formados a partir de un anillo esteroideo, que consiste en cuatro anillos fusionados, tres de sels carbonos y uno de cinco. Por la ciclacién, el nicleo es rigido y no permite la rotacién libre. EL colesterol es uno de los esteroles més comunes. Al presentar un a 22 Os oxhidrilo, es una molécula levemente anfipatica, que ademas puede ser esterificada por dcidos, como el dcido oleico, lo que facilta su transporte. En cuanto a sus funciones, es muy abundante en membranas de las ‘células animales, donde por su relativa rigidez, acta regulando la fluidez; si hace mucho frio, por su forma distinta a las colas de los fosfolipidos, impide que éstas se empaqueten demasiado; y por su rigidez ciclica, si hace demasiado calor, no permite una fluidez excesiva. E! colesterol también es el precursor de numerosas hormonas esteroideas y sales HO" ¥ ” 6 biliares. ‘COLESTEROL, Terpenos: Los terpenos son hidrocarburos orgénicos 0 derivados hidrocarbonados construidos a partir de unidades de isopreno (SC) repetidas. Su funcién biol6gica suele ser como aromatizantes y saborizantes naturales en vegetales, o como precursores de vitaminas (el caroteno y la vitamina A son isoprenoides ~sinénimo de terpenos-). Cada 10 unidades de isopreno = “1” terpeno; 10 = monoterpeno, 20= diterpeno, etc. Los esteroides son en algunos casos considerados triterpenos. ¢f CH, = C -CH=CH, Isopreno o metilbutadieno pH: La concentracién de H+ habitualmente se expresa por medio de la funcién “p", en donde "px = -log(X)". Por lo tanto: pH=-log [H+] _] en donde [H+] es la concentracién de iones H+ en moles/L (Molar, M). pH y [H#] estén por ende relacionados en forma inversa: cuando la [H+] aumenta, el valor de pH disminuye, y viceversa El agua a 25° C esta parcialmente disociada en 10-7 moles/L de H+ y 10-7 moles/L de OH, es decir que su pH es 7,0. Soluciones de pH 7,0 son neutras; cuando el pH es mayor que 7,0 la solucién es alcalina, y cuando es menor que 7,0, dcida.[Anabel Goncélex M- Atualzado al 2013/2014 ~ Fuentes Lehninger, Harper, Blanco Estructura y funcién de aminoacidos y proteinas AMINOACIDOS: Los aminodcidos son una familia de moléculas que cuentan con un grupo amino y un grupo carboxilo. Si bien son muy numerosos, sélo 20 tienen la capacidad de unirse mediante enlaces peptidicos para formar proteinas. Todos Jos aminodcidos que forman proteinas son a-aminodcidos, lo que significa que tanto el grupo amino como el carboxilo ‘estan unidos al mismo carbono, el carbono a. EI resto de la cadena R puede variar, pero esto no. ‘Al igual que con los dcidos grasos, hay varias nomenclaturas posibles; segiin la numérica, el carbono del carboxilo es el carbono 1, pero numerdndolo con letras griegas, el carbono ates el carbono al que se une el carboxilo (es deci, el carbono 2). Elresto, contando del alfa o el dos, son beta, gamma, delta, etc. 03, 4 5, etc. En todos los amino‘icidos con excepcién de la glicina, el carbono alfa est8 unido a cuatro grupos distintos, por lo que es un carbono quiral, por lo que los aminodcidos (menos la glicina) son dpticamente activos y tienen enantiémeros. La nomenciatura de estos enantidmeros es igual a la de los azicares (también esta basada en el gliceraldehido) pero en lugar de con los oxhidrilos con el grupo amino; siesta a la izquierda es un aminodcido L, y siesta a la derecha es D. Casi todos los ‘aminoécidos que se hallan formando proteinas presentan la forma L. eee cisem rati Pe a le wid widen ie‘Anabel Gonaslex M.-Actualizado al 2013/2014 ~ Fuentes: Lehinger, Harper, Blanco Clasificacién de los aminodcidos: Dado que todos los carbonos alfa son iguales, se clasifican segtin su grupo R, y las principales propiedades que éste le confiere: + Apolares alifiticos: Asi se denomina a los aminodcidos cuya cadena R no es ni polar ni aromstica. Las interacciones que va a establecer esta cadena (de ser lo suficientemente larga) van a ser hidrofobicas. + Aromaticos: Los aromiticos tienen todos grupos aromiticos ciclados y apolares {como el fenilo) que pueden participar en interacciones hidrofébicas. + Polares sin_carga: Presentan oxhidrilos, sulfhidrilos © aminas que le dan polaridad,pero a pH neutro no estin cargadas ni positiva ni rnegativamente; por ser polares son hidroflicos. * Polares con carga: Pueden ser positivos 0 negativos a pH neutro; fa presencia de aminas extra les da carga positiva, mientras que carboxilos, extra les da carga negativa Carga eléctrica de los aminodcidos: Los aminodcidos en solucién acuosa son zwitteriones, es decir que tienen cargas negativas y positivas, provenientes de la amina y el carboxilo; esta naturaleza dual los categoriza como anféteros. Por la presencia de estas cargas, el aminoacido tiene distintos estados de protonacién, que van a variar de acuerdo al pH y con la cantidad de ~COOH y -NH. que tenga la cadena R. La desprotonacién comienza por los carboxilos y termina por las aminas. la eliminacién gradual de protones con los cambios de pH se puede representar mediante lo que se conoce como curva de titulacién de los ‘aminodcidos, que es caracteristica a cada uno; y donde se puede observar que, cuanto més bajo es el pH y por ende mayor es la ‘concentracién de protones, mas protonado va a estar el aminodcido. Al igual que con otros dcidos y bases, los aminodcidos tienen un pk, que representa un punto en el cual se encuentran cantidades iguales de la forma ionizada y de la forma no ionizada de la molécula; para un ‘aminodcido con una sola NHs y un solo COOH, habré dos pk, a distintos pH, uno de disociacién de la amina y otro de ionizacién del carboxilo, Por otra parte, también tenemos el punto isoeléctrico, que es el pH al cual el aminoacido no presenta carga ni positiva ni negativa. En el caso de la glicina, esto seria cuando el carboxilo ya perdié su hidrégeno, y la amina todavia no, A pH més bajo la carga del aminodcido es positiva, ya pH mas alto, es negativa. Otra caracteristica que podemos intuir a partir de una curva de titulacién son los intervalos de pH tamponantes, donde los aminodcidos pueden actuar como buffer (es decir, donde adiciones importantes de OH varian muy levemente el pH; por lo que estén representadas en el grafico como las zonas més planas horizontalmente de la curva, en el caso de la glicina, a pH cercano a 2,34 y de vuelta a pH cercano a 9,60. En aminodcidos més complejos, con més aminas y carboxilos, la forma de la curva varia, y también varia la cantidad de pk, (que seran tantos como grupos funcionales ionizables/disociables haya). El “pk,” hace referencia al pK del grupo funcional en particular que se quiere analizar —s R-¢-coou — R-—coo- + C00" fone as Coren ‘NE, 8 OF Cenuivalents)Anabel Goneser M. Valores de DX, Abrevigwsra/ Phe Pr Pi Aminodeido ‘smoot My (COOH) (RMS) (arpon) pt alatieos Glicina ays 1s 2.60 397 anion aia k 59 9.69 601 Protna PoP 11s 2098, 6.48 ating’ vel yo 117 ‘9.62 597 Leueina tout 13h 3.60 598 leoleveins le 1 BL 988 6.02 Metionina Mec 149 21 574 ‘Grupos R aromsticos Fenitatanina pref 65183 5.48 Trosina jy 381 «2202 ot oor 586 ‘Wiptstano tw 208238939 559 Grupos R polares sin carga ‘Serena se S 10522185 S08 Teanina mr 192A ‘9,62 Sar Cisteina Osc 1 0-188) 10.28 ae 507 Asparagina an 43220280 sat Ghxamina en@ 9146247, a 5.65 ‘Grupos R cargados pesitivamente ising eK «1452S 9S SST Misvaina We 155482 OAT B00: 7.59. Argnina ag R «7A 2aT Goa az (10.76 Grupos R cargados negathvamente ‘Aspartato apd 8 1338S O65 IT ‘Glutamate Gue 147219 9.87 4250 322 Aminodcidos no proteicos: Son todos aquellos que no cumplen los requisitos del grupo anterior, como los D-aminodcidos 0 aquellos que no tienen la amina y el carboxilo en el carbono ar; por ejemplo: los w-aminodcidos (con la amina en el carbono ‘omega} como el GABA (Scido gamma-amino-butirico, principal neurotransmisor inhibitorio); pero también hay aminodcidos Ly alpha que no son proteicos, como la ornitina y a citrulina, precursores de la arginina y participantes del ciclo de la urea. Hes He gy x2 Hooc CoonAnabel Gonzilez M-Actullzado al 2013/2014 ~Fuentes:Lehninger, Harper, Blanco Péptidos y proteinas: Los aminodicidos pueden unirse entre si mediante enlaces peptidicos para formar péptidos y proteinas. Si hay relativamente pocos residuos de aminodcidos unidos se habla de un oligopéptido, y si es una estructura {que alcanza los 10.000 Daltons o mas se habla de una protefna. - Enlace peptidico: el enlace peptidico es una reaccién de condensacién, 7 HR donde el oxhidrilo del carboxilo y un hidrdgeno de la amina (que deben HAN-OH-C_On1 + -At—-UEE—-COO™ pertenecer al carbono a en ambos casos) se juntan expulsando una i molécula de agua 0 Como se modifican los grupos funcionales, ya no se puede llamar al aminoscido como tal, sino que pasa a ser un residuo de aminodcido. Los 10 a dos extemos del péptido van a llamarse extremo N-terminal (el que presenta una amina inalterada) y extremo C-terminal (el que presente un R HR carboxiloinalterado) A it Los enlaces peptidicos son el resultado de una reaccién exergénica HyN-CH-G-N—CH-COO™ reversible; pero ésta sucede muy lentamente a causa de su alto estado ro de activaci6n. Es por esto que son, tambign, enlaces muy duraderos lonizacién y titulacién de los péptidos: Al igual que los aminodcidos, los péptidos se ionizan, tienen puntos isoeléctricos y curvas de titulacién. En ellas hay que tener en cuenta a los extremos amino-terminal y carboxilo-terminal (todas las otras aminas y carboxilos del carbono alfa se hallan enlazadas entre si y no cuentan), ademds de todos los grupos funcionales ‘onizables de las cadenas R de todos los aminodcidos. Cabe destacar que estos ultimos pueden presentar un pk, distinto al que tienen normalmente en los aminodcidos, ya que las interacciones con las cadenas de otros aminodcidos y el hecho de ue se hallan en un residuo y no tienen la influencia de la amina y el carboxilo puede alterar su comportamiento. = Angulos del enlace: &\ enlace peptidico, si bien es un enlace simple, posee una serie de caracteristicas que lo aproximan mas a un doble enlace. Como el nitrégeno es menos electronegativo que el oxigeno, el enlace C- tiene un 60% de cardcter de doble enlace mientras que el enlace C-N tiene un 40%, Por tanto, los enlaces C-O y N-C del enlace peptidico tienen ‘aracteristicas intermedias entre el enlace sencillo y el enlace doble, lo que genera quese forme un plano que contiene los ‘étomos C’, C’ y O de un resto aminodcido y N, H y C* del resto siguiente. Ast, dos grupos peptidicos, consecutivos en la secuencia, forman un dngulo diedro (un dngulo diedro es cada una de las dos partes del espacio delimitadas por dos semiplanos que parten de una arista comiin), ya que la rigidez del doble enlace limita las posibilidades conformacionales de los péptidos a dos posibilidades: ‘© Configuracién cis: los dos C*se sitdan del mismo lado del “doble enlace”. QO fe # Configuracién trans: los dos C* se sitdan a distinto lado del “doble enlace”. yw Normalmente, la configuracién trans esta favorecida, Sélo en el caso de que an cl segundo aminodcido del enlace peptidico sea la prolina puede resultar favorecida la configuracién cis, por la disrupcidn que causa su cadena R. En cada aminoscido, el C* puede establecer dos ngulos de torsién con los planos de los dos enlaces peptidicos contiguos los llamados ¢ (phi) y W (psi). El carbonilo, © una hoja antiparalela, en la cual proceden en direcciones opuestas. Una u otra configuracién permite el nimero maximo de enlaces de hidrégeno entre segmentos, 0 hebras de la hoja. Casi ninguna hoja B es perfectamente plana, sino que tiende @ mostrar una torsién hacia la derecha. Las agrupaciones de hebras torcidas de hoja B forman el centro de muchas proteinas globulares. « Asas v fiexiones: La estructura secundaria de una proteina no es hélice o lémina en toda su extensién, sino que presenta segmentos donde no presenta puentes de hidrégeno; por ejemplo, entre dos segmentos adyacentes de ldmina beta, tiene que haber un punto donde a cadena se doble sobre si misma (ya que no pueden ser cadenas distintas si estamos hablando de estructura secundaria). A grandes rasgos, la mitad de los residuos en una proteina globular “tipica” reside en hélices ay hojas B, y a otra mitad en asas, giros, flexiones y otras caracteristicas conformacionales extendidas. "Giros y flexiones” alude a segmentos cortos de aminodcidos, a menudo con abundante prolna yglicna, que unen dos unidades de estructura secundaria, como dos hebras adyacentes de una hoja B antiparalela. Un giro B com prende cuatro residuos aminoacilo, en los cuales el primer residuo est enlazado con hidrégeno al cuarto, lo que da por resultado una vuelta de 180° cerrada. Las “asas’, por otra parte, son regiones que contienen residuos mas alld del niimero minimo necesario para conectar regiones adyacentes de estructura secundaria, y tienen conformacién irregular; por lo que desempefian funciones biol6gicas clave, como la formacién de epitopos y sitios activos enzimaticos. Los motives estructurales, como el motivo de hélice-asa-hélice que son intermedios entre estructuras secundarias y terciarias,a menudo se denominan estructuras supersecundarias. - Estructuros tercioria y cuaternaria: €1 término “estructura terciaria” se refiere a toda la conformacién tridimensional de un polipéptido, indicando de qué modo las caracteristicas estructurales secundarias —hélices, hojas,flexiones, giros y asas— ‘se montan para formar dominios, y cémo estos tiltimos se relacionan desde el punto de vista espacial entre si. Un dominio es una seccién de estructura proteinica suficiente para desempefiar una tarea quimica o fisica particular, como la unién de Un sustrato u otro ligando. Las proteinas simples que unen un solo ligando a menudo constan de un dominio tinico. Otros dominios no se dan en base a la funcién enzimatica sino a las propiedades fisicas, como la hidrofobicidad, ‘A veces una proteina que funciona como un todo esti formada por varios protémeros, (polipéptidos independientes). Las proteinas monomeéricas constan de una cadena polipeptidica tinica; las proteinas diméricas contienen dos cadenas polipeptidicas. Los homodimeros contienen dos copias de la misrma cadena polipeptidica, mientras que en un heterodimero los polipéptidos difieren. Se usan letras griegas (a, B, y, etc.) para distinguir diferentes subunidades de una proteina heterooligomérica, en tanto que los niimeros en subindice indican el nimero de cada tipo de subunidad. Por ej, ay designa tuna proteina homotetrimérica, y asB:y una proteina con cinco subunidades de tres tipos diferentes.‘anabel Gonzsle M1 Actuniado a! 2013/2014 ~ Fuentes: Lehninger, Harpe, Blanco « Factores que estabilizan las estructuras terciaria y cuoternaria: Los érdenes superiores de la estructura de proteinas se estabilizan de manera primordial por medio de interacciones no covalentes. Entre éstas, las principales son interacciones hidrofébicas que impulsan casi todas las cadenas laterales hidrofébicas de aminodcidos hacia el interior de la proteina y las protegen contra el agua. O tros contribuidores importantes comprenden enlaces de hidrégeno y puentes salinos entre los carboxilatos de écidos aspértico y glutémico, y las cadenas laterales con carga opuesta de residuos lisilo, arginilo e histidilo protonados. Si bien son individualmente débiles en comparacién con un enlace covalente tipico de 80 a 120 kcal/mol, en Conjunto estas m uchas interacciones confieren un alto grado de estabilidad a la conformacién funcional ‘Algunas proteinas contienen enlaces disulfuro covalentes (S—S) que enlazan los grupos sulfhidrilo de residuos cisteinilo. La formacién de enlaces disulfuro com prende oxidacién de los grupos cisteinilo sulfhidrilo y requiere oxigeno. Los enlaces disulfuro intrapolipeptidicos aumentan mas la estabilidad de la conformacién plegada de un péptido, mientras que los enlaces disulfuro interpolipeptidicos estabilizan la estructura cuaternaria de ciertas proteinas oligoméricas. ~ Desnaturalizacién: Se denomina desnaturalizacién a la pérdida de la configuracién tridimencional suficiente como para ‘que la proteina realice su funcién. Los principales métodos mediante los cuales se pueden desnaturalizar las proteinas son: mediante cambios significativos del pH, mediante cambios significativos de la temperatura, por accién de solventes orgénicos como la acetona y el alcohol, por accién de detergentes, y por solutos tales como la urea (éstos tres ditimos, los detergentes, la urea y los solventes, afectan principalmente las interacciones hidrofébicas, mientras que el pH cambia las cargas de la proteina y por lo tanto las interacciones electrostaticas). Lo importante es que ninguno de estos métodos debe ofectar la estructura primaria, es decir, no se deben alterar los aminodcidos y su orden ni romper enlaces peptidicos. = Plegado de la proteina: Si bien la forma tridimensional que adquiere una proteina esta dada por su estructura primaria, los enlaces phi y psi, la secundaria, terciaria y cuaternaria, si debiera ir cambiando su forma en todos los posibles sentidos y “ingulos hasta encontrar la més termodindmicamente estable tardarfa muchisimo en plegarse correctamente; por e50 es que el plegado es modular, y por lo general ocurre mediante un proceso por pasos. En la primera etapa, a medida que el polipéptido recién sintetizado surge a partir del ribosoma, segmentos cortos se pliegan hacia unidades estructurales 2° que proporcionan regiones locales de estructura organizada. En la segunda etapa, las regiones hidrofébicas se segregan hacia el interior de la proteina, lejos del solvente, lo que forma un “glébulo fundido”, un polipéptido parcialmente plegado en el cual los médulos de estructura secundaria se reordenan hasta que se logra la conformacién madura de la proteina. Este proceso es ordenado, mas no rigido; hay considerable flexibilidad en las formas y el orden en el cual los elementos de estructura secundaria pueden reordenarse. En el caso de proteinas oligoméricas, los protémeros individuales tienden a plegarse antes de que se asocien con otras subunidades. = Proteinas que ayudan al plegado: Si bien algunas prateinas pueden plegarse por su cuenta, gracias a los distintos drdenes estructurales, muchas, cuando pierden su plegamiento no lo pueden volver a establecer correctamente por si mismas. Esto se debe a que muchas proteinas adquieren su forma funcional con la ayuda de otras proteinas; como la familia de las chaperoninas, que con su estructura hueca proporcionan un espacio seguro para que la proteina en formacién se pliegue correctamente y no forme agregados insolubles. COtras proteinas también ayudan a establecer las estructuras cuaternaria y terciaria correctas; por ejemplo, la disulfuro isomerasa es una enzima que cataliza la unién por puentes disulfuro entre cisteinas, que si bien es un enlace que se da naturalmente, es inespecifico y podria suceder entre residuos incorrectos; por lo que la disulfuro isomerasa también tiene la capacidad de deshacer estos enlaces entre las cisteinas equivocadas. La prolina-cis, trans-isomerasa, por iltimo, es una enaima que se encarga de cambiar el enlace X-Pro (donde X es cualquier otro residuo) trans, que es el que sale naturalmente de los ribosomas, a cis, que es necesario en muchas circunstancias y sobre todo en los giros de las ldminas beta. - Proteinas globulares y fibrosas: De acuerdo a su funcién y solubilidad, las proteinas se pueden clasificar en dos grandes grupos: fibrosas y globulares. Las proteinas fibrosas son todas insolubles en agua, y suelen ser de funcionalidad estructural; ‘ejemplos de ellas son la queratina, la miosina y el colégeno. Las proteinas globulares son por otra parte solubles en agua, y tienen funciones muy variadas; pueden ser transportadoras (como la hemoglobina), pertenecer al sistema inmune (como las inmunoglobulinas), ser enzimas, etc.‘Anabel Gonesles M. Actualizado a 2013/2014 ~ Fuentes Lehninger, Harper, Blanco + Coligeno: EI colégeno es la més abundante de las proteinas fibrosas y constituye mas de 25% de la masa proteinica en el organismo humano. Tres hebras polipeptidicas entrelazadas, que se tuercen hacia la izquierda, se envuelven entre si en direccién hacia la derecha para formar la triple hélice de coldgeno. Una triple hélice de colégeno tiene 3.3 residuos por giro, donde los grupos R de cada hebra polipeptidica de la triple hélice se aprietan de manera ‘tan estrecha que, para que se ajusten, uno de los tres debe ser glicina, Los otros dos pueden variar, pero son en general prolina ¢ hidroxiprolina. Las triples hélices de coldgeno se estabilizan mediante enlaces de hidrégeno entre seca Be G1 X-Y- Gh K-¥-G-K-Y- Srootcone Est Ayatyetyetyeteeny secede — SZ residuos en diferentes cadenas polipeptidicas, Hiseaina FO proceso auxiliado por los grupos hidroxilo de residuos hidroxiprolina. Enlaces covalentes entre residuos lisilo modificados (hidroxilisilo) tanto dentro de cadenas polipeptidicas como entre las mismas, proporcionan estabilidad adicional.. Para hidroxilar a los residuos lisilo y prolina es necesaria la vitamina C, por lo que una deficiencia de ésta causa la enfermedad que afecta a las fibras colégenas conocida como escorbuto. + Hemoglobina: fs una heteroproteina cuya principal funcién es el transporte de O; y CO; entre los tejidos y los pulmones. Esté constituida por cuatro cadenas polipeptidicas (elobinas) a cada una de tas cuales se une un grupo hemo, cuyo tomo de hierro Fe" (el Fe" no puede es capaz de unir de forma reversible una molécula de oxigeno. El grupo hemo es una estructura plana formada por un anillo de porfirina os con el dtorno de hierro en el medio. La porfirina a su vez se compone de cuatro grupos pirrol_(anillos, aromaticos de cuatro carbonos y un nitrégeno que —forman un a pentégono) enlazados por puentes ‘aemetileno (=CH-). El grupo hemo se halla “hundido” en la parte proteica de la hemoglobina para Grupo hemo evitar la unién simulténea de dos ° moléculas de oxigeno, lo que jgeneraria la reaccién irreversible de Fe"? a Fe”. zs 30, (kPa) En cuanto a la parte proteica de la hemoglobina, es una proteina RAURAS-12 Cora de wie sipoides(oopertva Una cna tetrémera con dos pares de subunidades (los polipéptidos de cada Sunn smc pn contenslane como una cna Nid got refs a ras de un esto de ba aida su etd de a ar son idénticos entre si. Hay cuatro tipos de cadenas de Snide Ls un copersna, tl cone e noniossper scone te polipéptidos posibles en al hemoglobina humana; a, B, y, 6; todas las unis sgmoies, hace que la hemoglobon sea mie sel x pe hemoglobinas tienen invariablemente 2 cadenas alfa, y un par de las _quetss diferencias en la concenvackn de 0 ent ot edo lt beta, gamma o delta. De acuerdo a su composicién, las hemoglobinas Ptmores. pemtiendo que la hemoglobine uns axigeno fs pul ‘mone Sod a 90; 5 2a) yl libre ns efi nce eps se denominan: HbAL (ayB.-0, en forma extendida, B,rarBr), HOF (aay2) y HbA2 (a,6,). La forma HbA1 es la mas comin en adultos; la HOF ("Ede fetal) sla presente en la vida intrauterina (donde la afnidad dela hemoglabina por el oxigeno debe “ganarle” a la hemoglobina de la madre); y la HbA2 es un tipo menos comiin de hemoglobina humana en adultos,‘Anabel Gonzslez M- Aetuallzado al 2013/2014 ~ Fuentes: Lehninger, Harper, Blanco Las hemoglobinas unen cuatro moléculas de 0, por cada tetrémero, uno por cada grupo hemo. Una molécula de O, se une a un tetrémero de hemoglobina con mayor facilidad si otras moléculas de O, ya estén unidas. Este fendmeno, llamado unin cooperativa, permite a la hemoglobina maximizar tanto la cantidad de O, cargada a la PO; (presién parcial de ‘oxigeno) de los pulmones, como la cantidad de O, liberada a la PO: de los tejidos periféricos. La cantidad Po, una medida de la concentracién de O., es la presién parcial de O, que satura el 50% de una hemoglobina ‘dada. Dependiendo del organismo, la Psa puede variar de m anera significativa, pero en tados los casos excederd la PO; de los tejidos periféricos. En la HbA el Psy es de 26 mmHg, mientras que la HDF tiene un Pzo a 20 mmHg (por eso le “gana” en afinidad a la hemoglobina materna). La presién de 0, en los pulmones es de aproximadamente 13,3 kPa, mientras que en los tejidos periféricos es de sélo unos akPa, La razén por la cual la afinidad de la hemoglobina por el oxigeno es mayor cuando ésta a unido a otras moléculas de O; est en su estructura tetramérica; la unién de la primera molécula de O, a la desoxiHtb desvia el hierro hemo hacia el plano del anillo hemo desde una posicién alrededor de 0.04 nm més allé del mismo. Este movimiento se transmite a la histidina proximal y a los residuos fijos a ella lo que, a su ver, causa la rotura de puentes salinos entre los residuos carboxilo terminal de las cuatro subunidades. Como resultado, un par de subunidades a/B rota 15 grados respecto del otro, lo que compacta el tetrémero y genera profundos cambios de las estructuras secundaria, terciaria y cuaternaria, transformando a la hemoglobina desde el estado T (tenso) de baja afinidad hacia el estado R (relajado) de alta afinidad, ya que los eventos de tunién subsiguientes requieren la rotura de menos puentes salinos y por ende es més facil para la hemoglobina unir al ‘oxigeno. (Nota: Los términos T y R también se usan para hacer referencia a las conformaciones de afinidad baja y alta de enzimas alostéricas, respectivamente). Liberacién del oxigeno en los tejidos: Ademés de transportar 0; desde los pulmones hacia los tejidos periféricos, la hemoglobina transporta CO; y protones H" desde los tejidos periféricos hacia los pulmones, pero no en el mismo sitio que cel oxigeno: el CO, se une al nitrdgeno amino terminal de las cadenas polipeptidicas de la fraccién apoproteica (fraccién que no presenta al grupo funcional) como grupo carbamato, y los protones H’ se pueden unir a distintos residuos de ‘aminoécidos. La incorporacién de CO, y iones H* cambia la carga en las terminales amino desde positiva hacia negativa, lo ‘que favorece Ia formacidn de puentes salinos entre las cadenas ay B y estabillza a la desoxihemoglobina en su estado T. Gran parte del CO, restante se transporta como bicarbonato, que se forma en 42 los eritrocitos mediante la hidratacién de CO, hacia 4cido carbénico (HCO), un proceso catalizado por la anhidrasa carbénica, Al pH de la sangre venosa, el H,COs se disocia hacia bicarbonato y un protén. La desoxihemoglobina une un sins protén por cada dos moléculas de 0; liberadas, lo que contribuye de manera signficativa a la capacidad amortiguadora de la sangre. El pH un poco més bajo de los tejidos periféricos, auxiliado por la carbamacién, estabiliza el estado T y, ‘aumenta la liberacién de 0. En los pulmones, el proceso se revierte por dos razones: a mayor pH, Ia forma R es mds estable ya que los protones unidos a la hemoglobina se disocian y permiten la ruptura de puentes salinos, y ademas el dixido de carbono unido es liberado por la alta presién de oxigeno en los "®t Sw ppulmones (la unién de CO; es inversamente proporcional a la del oxigeno ~es decir, una hemoglobina puede unir 40, 6 4 CO) nde a afinidad de la Hb por el evienn de acuerdn ata varaciin ap otros factores que alteran a la hemoglobine: Hay algunos 9 = SA ligandos que compiten con el oxgeno por esto hemo: Uno itoteentn | : bo de ellos es el monéxido de carbono, gas 250 veces mis afin hin & t we ? Varia por la hemoglobina que el O,. El principal problema no es 610 que ocupa las hemoglobinas que tendria que ocupar el Pome rin osB8aS8aa8 . ‘oxigeno, sino que ademés por su asombrosa afinidad se ce aie queda en la subunidad de Hb que ocupa de forma indefinida, orate r volviéndola inutil para el transporte de oxigeno, y cambia la oat saunas Sinad dela ote cobundades pore O, nao eRe moe[Anabel Gonzsles M.- Actualiado al 2013/2014 ~ Fuentes: Lehringer, Harper, Blanco ‘Ademas de sustanclas que compiten por el grupo hemo, hay otras que generan una modulacién alostérica uniéndose a ‘otras partes de la proteina; un ejemplo de ello es el diéxido de carbono ya visto; otro modulador alostérico, presente en cconcentraciones altas en los eritrocitos, es el 2,3-bisfosfoglicerato (BPG). 1 BPG tiene un papel importante en la adaptacién del cuerpo a las presiones de oxigeno de las alturas, ya que reduce la afinidad de la hemoglobina por el oxigeno uniéndose 1 la cavidad existente en las subunidades B en el estado T e interactuando, mediante sus cargas negativas, con las cargas, positivas de los residuos aminoacidicos de ésta. Una sola molécula de BPG se une por tetrimero de hemoglobina, @ diferencia del O, y del CO,. Cuando una persona se traslada a un nivel mds alto donde la presién de oxigeno es menor, el BPG aumenta su concentracién sanguinea; si bien esto no altera en gran medida la captacién de O; en los pulmones, si ‘genera que en los tejidos la liberacién del 0; sea més eficiente, y alcance el 40% necesario. Mioglobina: La mioglobina es una proteina que almacena al oxigeno en el musculo. Es estructuralmete similar a la hemoglobina, pero en lugar de ser un tatrémero esté formada por una Unica unidad polipeptidica unida a un Gnico grupo hemo. Por su falta de subunidades, no presenta algunos fenémenos de la hemoglobina como el efecto Bohr 0 la unién cooperativa, y su curva de porcentaje de saturacién en relacion a la PO, ne es sigmoidea. Andlisis de aminodcidos y proteinas en el laboratorio clinico: Las proteinas pueden estudiarse mediante numerosos ‘métodos para determinar su tamafio y diversos 6rdenes estructurales, Purificacién de las proteinas: Las protelnas, para poder estudiarlas, se deben purificar desde su muestra de obtencién, !o ‘que se puede lograr mediante el centrifugado de células lisadas o humores (plasma, secreciones, etc.). Una vez que se ‘obtiene un preparado de diversas proteinas de las cuales se quiere aislar una o varias, se debe realizar un fraccionamiento de las mismas, que puede basarse en sus diferencias de cargas, tamafio, masa y estructura. Los métodos més comunes de fraccionamiento proteico son la didlisis, las cromatografias, y la electroforesis. « Dilisis: La didlisis es el proceso de separar las moléculas en una solucién por la diferencia en sus indices de difusién o presién osmética a través de una membrana semipermeable. Una solucién de varios tipos de moléculas es puesta en un bolso semipermeable de dialisis, como por ejemplo, en una membrana de la celulosa con poros, y el bolso es sellado. El bolso de didlisis sellado se coloca en un envase con una solucién diferente, o agua pura, lo que genera que las moléculas lo suficientemente pequefias como para pasar a través de los poros (agua, sales, proteinas muy pequefias) tienden a moverse en la direccién de la concentracién mas baja. Moléculas mas grandes (a menudo proteinas, ADN, o polisacéridos) que tiene dimensiones significativamente mayores que el diémetro del poro son retenidas dentro del bolso de didlsis. La didlisis no es muy especifica para el fraccionamiento de proteinas, salvo que éstas tengan tamafios muy diferentes. ‘* Cromatografia en columna: La cromatografia en columna puede ser de varios tipos y puede separar a las proteinas por tamafio, carga, y afinidad de unién, pero en todos los casos consta de una columna llena de un material sdlido y poroso llamao fase estacionaria, por la que se hace pasar una solucién que contiene a las proteinas y que se denomina fase mévil, Las proteinas individuales migran mds répido o mas lento en funcién de sus propiedades. La caracteristica de la proteina que sirve como criterio para su fraccionamiento va a estar dada por las caracteristicas del material poroso, y cémo éste interacciona con ellas. En la cromatografia de intercambio catiénico ta matriz solida esté cargada negativamente, por lo que las proteinas con carga negativa son repelidas y migran répidamente, mientras que las de carga positiva son retenidas por mas tiempo. En la cromatografia de exclusién molecular la matriz esté formada por “perlas” esféricas que dejan espacios entre ellas y que poseen tdneles y pores; las proteinas grandes no pueden entrar a éstos y toman el camino més corto, mientras que las mas pequefias entran por los poros y recovecos y salen mas tarde; esto permite fraccionar a las proteinas por su tamafio. La cromatogrofia de afinidad utiliza grupos quimicos unidos covalentemente en la matriz que tienen una afinidad por un tipo particular de proteina (por ejemplo, si son el ligando de una enzima), por lo que las retrasaran en su trayecto. Algunos métodos modernos se pueden emplear para mejorar la resolucién de todas estas cromatografias, como la cromatografia liquida de alta resolucién, donde se utilizan bombas de alta presién para acelerar a las particulas en la ‘columna cromatogréfica y limitando la expansién de las bandas, aumentando su resolucién,