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Guião do professor
VERSÃO B
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Guião do Professor
ÍNDICE Página
Introdução 3
Apêndices
Apêndice I – Guia prático de microbiologia 30
Apêndice II – Power-point “Kit BioExperimentando - Preparando a 33
actividade laboratorial”
Apêndice III – Power-point “Kit BioExperimentando - Análise e discussão 36
da actividade experimental”
Anexos 41
Anexo I – Plasmídios utilizados: pUC18 e pCR2.1.
Referências Bibliográficas 42
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Guião do Professor
Introdução
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Guião do Professor
Este kit foi concebido para alunos do Ensino Secundário do Curso de Ciências e Tecnologias do
12ºano, no âmbito da disciplina de Biologia. No entanto, e uma vez que é um kit com procedimentos e
actividades mais avançadas (versão B), nomeadamente na área da microbiologia, sugere-se que seja
implementado na disciplina de Área de Projecto, Roteiros/Feiras da Ciência, Clubes de Ciência ou oficinas
da Universidade Júnior, na área da Genética.
Estratégia de ensino
O kit BioExperimentando é uma actividade prática, de laboratório, que se baseia numa simulação
de uma triagem genética numa família que possui uma doença hereditária fictícia. Nesta actividade
pretende-se que se integre a compreensão de processos genéticos, com as técnicas associadas, e as
respectivas questões éticas.
A escolha de uma doença fictícia para esta análise, deve-se essencialmente ao facto de não se usar DNA
humano na actividade. Assim, embora se possa fazer paralelismo entre a doença fictícia apresentada e
doenças hereditárias reais que apresentem o mesmo padrão de transmissão, evitam-se constrangimentos
de ordem ética, quer referentes à manipulação de DNA humano, quer relativos a testes genéticos e seus
resultados.
Os alunos terão que determinar a probabilidade de um determinado casal ter um filho doente, através da
análise das amostras de DNA, após restrição e separação electroforética.
Medidas de segurança
Não é permitido comer, beber, fumar no laboratório ou área de trabalho.
É recomendado a utilização de luvas e de uma bata de algodão.
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Os alunos devem lavar as mãos com água e sabão antes e depois da actividade.
Se alguma solução entrar em contacto com os olhos dos alunos devem ser imediatamente
lavados com água.
Condições de armazenamento
Este kit deve ser guardado à temperatura ambiente, com excepção das bactérias que são
fornecidas em cultura “Stab”, e devem ser guardadas a uma temperatura de 4ºC. As enzimas de restrição
são fornecidas liofilizadas, e por isso podem ser mantidas à temperatura ambiente.
Na presente actividade simula-se o diagnóstico de uma doença fictícia, que afecta vários membros de uma
família. São vários os conceitos e técnicas inerentes à implementação e compreensão da actividade:
Cultura de bactérias
As bactérias são conhecidas desde 1674, sendo a sua estrutura ainda objecto de estudo. São os seres
vivos mais simples do ponto de vista estrutural, e os de menor tamanho. As bactérias são
microorganismos unicelulares, procariontes.
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Guião do Professor
A lise alcalina na presença de SDS é uma técnica flexível que resulta bem com todas as estirpes de E.coli.
O DNA plasmídico circular fechado recuperado da técnica de lise alcalina, pode ser purificado de diversas
formas e para diversos fins, de acordo com as necessidades da actividade experimental.
Enzimas de restrição
As endonucleases (endo = dentro, nuclease = enzima que corta ácidos nucleicos) são enzimas que
reconhecem sequências específicas de bases no DNA e são capazes de hidrolisar as cadeias de DNA.
Para além da sua função protectora na célula bacteriana, as enzimas de restrição têm também
extrema importância em investigação científica, nomeadamente nos processos de clonagem de genes,
execução de mapas de restrição ou na determinação do tamanho de moléculas de DNA.
Uma enzima de restrição liga-se a uma molécula de DNA e desliza ao longo da hélice até reconhecer
sequências especificas de pares de bases que indicam que esta deve parar de deslizar. A enzima corta
então quimicamente o DNA naquele local, chamado local de restrição. Se um local de restrição específico
ocorrer em mais do que um local numa molécula de DNA, a enzima de restrição irá cortar em cada um
desses locais, resultando múltiplos fragmentos. Do mesmo modo, se uma sequência linear de DNA é
cortada com uma enzima de restrição cujo local específico de reconhecimento é encontrado em dois locais
diferentes na molécula de DNA, o resultado irá ser de 3 fragmentos de diferentes tamanhos. Se o
fragmento de DNA é circular e é cortado com uma enzima de restrição cujo local específico de
reconhecimento é encontrado em dois locais diferentes na molécula de DNA, o resultado vai ser 2
fragmentos de diferentes tamanhos. O tamanho de cada fragmento vai depender da localização dos locais
de restrição na molécula de DNA.
Quando as enzimas de restrição são usadas para cortar cadeias de plasmídios circulares de DNA, tal
como acontece neste kit, fragmentos de diferentes tamanhos são produzidos. O DNA que se cortou pode
ser observado usando um processo conhecido como electroforese em gel de agarose. Os fragmentos
resultantes podem depois ser usados para criar um mapa do plasmídio.
As enzimas têm uma designação que deriva do nome científico da espécie bacteriana de onde é
extraída, como é o caso da enzima EcoRI, a primeira (I) a ser isolada da estirpe R da bactéria Escherichia
coli.
O gel de agarose
O gel de agarose prepara-se dissolvendo uma suspensão de agarose numa solução tampão e
deixando arrefecer num recipiente apropriado. A agarose é um políssacarídeo derivado do agar, com
estrutura tridimensional, altamente purificado e livre de cargas (não influencia deste modo a migração das
moléculas) e impurezas (não provoca impedimento da migração das moléculas).
A agarose deve ser previamente pesada para a concentração pretendida do gel e deve ser dissolvida na
solução tampão com a ajuda de uma fonte de calor (em banho –maria ou no microondas). Assim que a
solução levantar fervura deve ser retirada da fonte de calor, pois se deixarmos ferver a malha do gel pode
ficar laxa, o que poderá trazer implicações na electroforese e nos resultados que deveremos obter.
A solução deve ser vertida num molde apropriado quando atinge uma temperatura de cerca de 50ºC (ou
seja, quando pudermos pegar no recipiente directamente com a mão sem nos queimarmos).
Antes de vertermos a solução de agarose no molde, devemos colocar um pente junto da extremidade
orientada para o pólo negativo da tina de electroforese (uma vez que o DNA irá migrar para o pólo
positivo) para obtermos um gel com uma fileira de poços.
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Após solidificação do gel, vertemos tampão de electroforese sobre o gel, e cuidadosamente retiramos o
pente, tendo o cuidado de não danificar os poços (nunca retirar o pente sem o gel estar submerso em
tampão de electroforese!). Posteriormente vertemos um pouco mais de tampão de electroforese sobre os
poços para eliminar eventuais resíduos de agarose que não tenha sido polimerizada.
Dependendo da tina de electroforese que se utilizar, poderá ser necessário colocar fita isoladora no
recipiente onde se vai colocar a solução de agarose, no sentido de limitar a respectiva área de solidificação
da solução de agarose. Noutras tinas, não é necessário o uso de fita isoladora, uma vez que existem uns
adaptadores de borracha que se colocam nas extremidades do recipiente do gel (figura1). Em qualquer
um dos casos, chama-se a atenção para o facto de ser necessário retirar quer a fita isoladora quer os
adaptadores de borracha das extremidades do recipiente molde antes de submeter as amostras de DNA a
electroforese. Caso contrário, a corrente eléctrica não atravessará de forma eficaz o gel de agarose.
Electroforese
A electroforese consiste em fazer migrar biomoléculas por uma matriz, sob a influência de um
campo eléctrico, permitindo separá-las segundo os seus tamanhos. Podem realizar-se electroforeses de
proteínas, de RNA e de DNA. A electroforese em gel de agarose é um procedimento utilizado em várias
áreas da biotecnologia, em laboratórios de investigação, medicina e de biologia forense. Esta técnica
permite analisar fragmentos de DNA e determinar o seu tamanho.
O DNA antes de ser carregado nos poços tem que ser tratado com tampão de amostra que tem várias
funções: dá cor à amostra (azul de bromofenol ou xilenocianol), confere densidade (tem sacarose ou
glicerol) e mantém o pH alcalino. Os fragmentos de DNA são então descarregados em poços, no gel de
agarose, que é colocado numa tina cheia de tampão de electroforese (TAE ou TBE). O tampão de
electroforese fornece condutibilidade eléctrica e mantém o pH que é necessário para a manutenção da
carga e estabilidade das moléculas. O carregamento dos poços é um procedimento que deve ser feito com
muito cuidado para não danificar os poços do gel. Quando procedemos ao carregamento, devemos
adoptar a posição que melhor permita uma total estabilização da mão que segura a pipeta e que vai
carregar as amostras de DNA nos poços (figura 2). Assim pode-se adoptar uma posição em que com os
cotovelos bem pousados na bancada onde está a tina, se segure bem o punho da mão que vai pipetar
com a outra mão, para evitar tremer durante a pipetagem no gel, ou então adoptar uma posição em que
não se apoiem os cotovelos, mas se consiga estabilizar a mão que vai proceder à pipetagem nos poços
com a ajuda da outra mão, pois um simples toque nos limites do poço a carregar pode danificá-lo e
interferir nos resultados a obter pela electroforese (o poço pode furar e a amostra ser perdida). O
conteúdo deve ser expelido da pipeta devagar e continuamente, carregando no êmbolo da pipeta até ao
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primeiro ponto de resistência. Quando é sentida esta primeira resistência, deve-se aguardar uns breves
segundos antes de retirar, lentamente, a ponta da pipeta do poço.
Após o carregamento dos poços, ligam-se os eléctrodos à fonte de alimentação, determinando
previamente a voltagem e o tempo de electroforese (figura 3).
A corrente eléctrica é passada entre os eléctrodos que estão nos terminais da tina de electroforese. Desde
que os fragmentos de DNA estejam carregados negativamente, eles vão avançar para o pólo positivo
(cátodo) quando estiverem sujeitos a um campo eléctrico. No decorrer da electroforese, verifica-se junto à
extremidade que contém o eléctrodo negativo a libertação de H2. Na extremidade que contém o pólo
positivo observa-se a libertação de O2. Se não estiver a ocorrer a electroforese não há formação deste
gases, pelo que a observação da libertação destes gases sob a forma de “bolhinhas” é um bom indicador
da ocorrência ou não deste processo.
A matriz do gel de agarose funciona como uma malha molecular através da qual cada fragmento
pequeno de DNA se move mais facilmente do que os fragmentos maiores. No entanto, a razão entre o que
cada fragmento de DNA migra através do gel é inversamente proporcional ao seu tamanho em pares de
bases. Após um determinado período de tempo, os fragmentos menores de DNA vão viajar até mais longe
do que os maiores. Fragmentos do mesmo tamanho ficam juntos, e migram numa única banda de DNA.
Estas bandas irão ser vistas posteriormente no gel após o DNA ser corado.
Visualização do DNA
O DNA é incolor, por isso os fragmentos no gel não podem ser vistos durante a electroforese. Um
tampão de amostra contendo dois corantes azuis é adicionado às amostras de DNA. O tampão de amostra
não cora o DNA, mas torna o processo de carregamento dos poços com o DNA mais fácil, assim como
permite uma monitorização do progresso do DNA durante a electroforese. As frentes do corante migram
em direcção à extremidade positiva do gel, como os fragmentos de DNA. Corando as bandas de DNA é
possível a sua localização no gel.
O corante mais comum para a visualização das bandas de DNA é o brometo de etídio, cuja visualização só
é possível recorrendo a uma transiluminador de raios UV. Contudo este corante não é usado em trabalhos
com alunos uma vez que apresenta propriedades mutagénicas. Em alternativa a este corante utiliza-se
habitualmente um outro corante – o Azure A - 100% inócuo, e com um grau de eficácia muito elevado, já
que permite uma boa visualização do DNA, num espaço de tempo reduzido (figura 4).
Quando o gel é imerso no corante Azure A, as moléculas
do corante atacam o DNA que se encontram na malha do
gel de agarose. Quando as bandas ficam visíveis, é possível
comparar os padrões de restrição do DNA em diferentes
amostras de DNA.
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Existe no mercado uma nova geração de corantes de
qualidade que permitem obter uma boa visualização das
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* O corante GelRed e Gel Green pode ser adquirido através do site www.biotium.com
Perfis de DNA
Cada indivíduo apresenta diferenças e semelhanças nas sequências de DNA. Para mostrar que
um determinado fragmento de DNA contém uma sequência específica de nucleótidos, uma sonda
radioactiva complementar pode ser feita para reconhecer e ligar-se a essa sequência. As sondas
radioactivas permitem aos biólogos moleculares localizar, identificar, e comparar o DNA de diferentes
indivíduos. Devido à especificidade, a sonda radioactiva pode ser utilizada para demonstrar semelhanças
genotípicas entre indivíduos. Num perfil de DNA, a posição relativa das bandas radioactivas num gel é
determinado pelo tamanho dos fragmentos de DNA em cada banda. O tamanho dos fragmentos reflecte
variações no DNA dos indivíduos.
A evidência necessária para um perfil de DNA pode ser obtida a partir de qualquer material biológico que
contenha DNA: tecidos, fluidos (sangue, esperma), folículos capilares, etc. A análise de DNA pode inclusive
ser feita a partir de material desidratado, como manchas de sangue ou tecidos mumificados. Se a amostra
de DNA for demasiado pequena, pode ser amplificada utilizando a técnica de PCR. O DNA é então tratado
com enzimas de restrição que cortam o DNA em fragmentos de diferentes tamanhos.
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Testes genéticos
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A família Antunes é afectada há quatro gerações sucessivas pela doença “Raritose”. A Ana, bisneta da D. Maria e do Sr Joaquim,
casou com o André, e pretendem ter um filho. Tendo o André conhecimento de que a família de Ana tem problemas com essa
doença, este sugere a Ana que façam um teste genético para averiguar a probabilidade dos seus eventuais filhos serem doentes
ou portadores da doença. A árvore genealógica desta família encontra-se disponível na figura 6.
Questão- problema: Será possível pela análise do DNA descobrirmos se os filhos de Ana e André serão doentes?
Mulher
Homem
D. Maria Sr Joaquim
Sexo
Indefinido
Parte III – Procedimentos protocolares
Parte IV – Análise e discussão dos resultados
Legenda
Ana André 15
Carlos Pedro Vera
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Filho A Filho B
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- Material/Métodos
3 4 5 6 7 8 9 10 11
- Notas para o professor
- Informação adicional
Pipetagem
Electroforese
12 13 14 15 16 17 18
Legenda
20 21 Mulher
19 22 23
Homem
Sexo
Indefinido
Filho A Filho B
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Um marcador de DNA, que consiste num conjunto de fragmentos de tamanhos conhecidos, é sujeito a
electroforese juntamente com as amostras, para se poder confirmar que os fragmentos mais pequenos
obtidos, quando combinados, formam o fragmento maior (4000 + 2500 = 6500 bp).
As amostras de DNA
Nesta actividade não foi utilizado DNA humano. Usaram-se três plasmídios de diferentes tamanhos para preparar as
amostras (A, B e C) que corresponderão respectivamente a uma, duas ou três bandas no gel.
Os plasmídios são fragmentos circulares de DNA, mas uma preparação de plasmídio pode conter o plasmídio em
diferentes estados: circular (uma cadeia está quebrada), linear (duas cadeias quebradas) e super-enrolado. As
diferentes formas irão correr no gel de agarose a diferentes velocidades, originando diferentes bandas para um único
plasmídio.
Durante esta simulação cada plasmídio é tratado com uma enzima de restrição. Os plasmídios seleccionados tem
apenas um local de restrição para a enzima, por isso a enzima irá apenas cortar o DNA circular para formar um
fragmento linear que originará uma única banda após electroforese (ver anexo I).
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Culturas
pCR2.1 pUC 18 pCard
(meio LB+Ampicilina)
Volume final da
10mL 10mL 10mL
cultura
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c) Perto da chama transferir novamente 1,5 mL de cada cultura bacteriana para os respectivos tubos
de 1,5 mL.
d) Centrifugar à velocidade média durante 3 minutos para recolher as bactérias no fundo do tubo, e
verter o sobrenadante.
e) Ressuspender os sedimentos em 300 de STET e adicionar 4 uL de lisozima (50mg/mL) a cada
tubo.
f) Incubar à temperatura ambiente durante 5 minutos.
g) Ferver durante 45 segundos.
h) Centrifugar durante 5 minutos à velocidade máxima, para que as estruturas celulares sedimentem
no fundo.
i) Remover o sedimento de cada tubo com um palito.
j) Adicionar a cada tubo 300 µL de isopropanol (insolubiliza o DNA) e agitar.
k) Centrifugar os tubos à velocidade máxima, durante 10 minutos, para sedimentar o DNA.
l) Eliminar o sobrenadante e deixar secar até desaparecer o odor de isopropanol, evitando que os
sedimentos sequem em demasia.
m) Adicionar 100 µL de etanol, a 70% e deixar evaporar.
n)Ressuspender os sedimentos em 30-40 µL de água destilada estéril, agitando a base dos tubos com
os dedos.
o) Utilizar o DNA dissolvido directamente, ou conservar a preparação de DNA a -20ºC para posterior
utilização.
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(o,o6 µg/µL)
pUC 18 ------------------------ 60 µL 20 µL 80 µL
pCR 2.1 ------------------------ 60 µL 20 µL 80 µL
pCArd 45 µL 60 µL ----------------------- 105 µL
Água 135 µL 60 µL 40 µL
Volume total 180 µL 240 µL 80 µL
Nº de amostras
de 20 µL 8 tubos 11tubos 3 tubos
necessárias
Tubos que recebem a amostra de DNA A: tubos 3, 9, 10, 12, 14, 17, 18, 19, 22
Tubos que recebem a amostra de DNA B: tubos 1, 2, 4, 5, 6, 8, 13, 16, 20, 21, 23
Figura 8 – Distribuição das
Tubos que recebem a amostra de DNA C: tubos 7, 11, 15 diferentes amostras de DNA
5. Restrição enzimática
a) Com os tubos dispostos num suporte adequado, incubar as amostras de DNA numa estufa a 37ºC,
durante cerca de 40 minutos.
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o Agarose em tampão TAE (1x) (0,8% p/v) : 0,8 g de agarose para cada 100 mL de TAE (1x)
X ----------------------------- 50 mL Vfinal
Tampão TAE:
o Tampão de electroforese (tris-ácido acético – EDTA) – Tris é um tampão de pH e o EDTA é um agente quelante, isto é, capta catiões
bivalentes (neste caso Mg2+) necessários à actividade das DNAses evitando assim a destruição do nosso DNA alvo.
7. Carregamento do gel
a) Após a solidificação do gel de agarose, cobrir toda a
sua superfície com TAE (0,25x).
b) Remover cuidadosamente o pente do gel bem como
as placas laterais.
c) Adicionar 2 µL de tampão de amostra que contém azul de
bromofenol a cada um dos tubos que contem as amostras de DNA.
d) Agitar suavemente no sentido de misturar o tampão de
amostra com a solução de DNA.
Figura 9 – Carregamento do gel de
e) Pipetar 5 µL do marcador molecular Lambda DNA/HindIII e adicionar agarose
o Por convenção, no 1º poço carregamos o nosso marcador. O marcador de DNA serve para podermos comparar o tamanho dos diferentes
fragmentos de restrição, pois o marcador provém de um DNA já cortado, em que o tamanho dos seus fragmentos são conhecidos (em kb).
Nesta actividade utilizamos o marcador Lambda cortado com a enzima HindIII, comercializado pela Fermentas Life Science.
o Os poços carregam-se da esquerda para a direita.
o No carregamento dos poços do gel com as amostras de DNA, devemos ter o cuidado de estabilizar a pipeta antes de expelir o conteúdo.
Para isso podemos apoiar os cotovelos na bancada e segurar a pipeta com as duas mãos, ou segurar a pipeta com uma das mãos enquanto
a outra estabiliza a mão que segura a pipeta.
o Não se pode introduzir toda a ponta da pipeta no poço, uma vez que se poderá furar o poço e assim perder a amostra de DNA.
o Durante o carregamento das amostras de DNA nos poços, o êmbolo da pipeta deve ser pressionado continuamente, sem interrupções, até
ao primeiro ponto de resistência.
o Retirar a pipeta do poço com o êmbolo ainda pressionado (se se largar o êmbolo antes de retirar a pipeta, a amostra de DNA vai ser
aspirada do poço.
8. A electroforese
a) Verificar se os eléctrodos estão bem colocados
(ver nota para o professor 4).
b) Regular a voltagem para os 120 volts.
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Figura 10 - Electroforese
A electroforese
o Na tina de electroforese, os poços de gel de agarose devem ocupar a posição junto ao pólo negativo (eléctrodo preto), pois o DNA migra
do pólo negativo para o pólo positivo (eléctrodo vermelho).
o Quando a tina de electroforese é ligada à corrente, podemos certificarmo-nos da passagem da corrente eléctrica se houver libertação de
bolhas no interior da tina, resultantes da hidrólise da água (há libertação de bolhas de oxigénio e de hidrogénio).
9. Coloração do DNA
a) Remover a solução tampão TAE da tina, reservando-a para posteriores utilizações (tem que se ter
o cuidado de segurar o gel, e assim evitar que este se parta).
b) Verter cerca de 10mL de corante do DNA, Azure A, na superfície do gel (ver nota para o professor
5).
c) Deixar actuar cerca de 4 minutos.
d) Retirar o corante da superfície do gel e guarda-lo para posterior reutilização, anotando no frasco o
nº de vezes que este já tinha sido utilizado.
e) Retirar o corante da superfície do gel, lavando-o com 5ml de etanol a 70%, durante uns segundos.
f) Eliminar o álcool e lavar o gel com água corrente, durante 3 ou 4 minutos, não deixando água no
gel, para que não seja removido do gel a totalidade do corante.
g) Aguardar até que as bandas se tornem visíveis.
h) Observar os resultados.
i) Registar o número de bandas na respectiva árvore genealógica.
Se a coloração for feita com GelRed, ou com GelGreen, a quantidade de DNA a pipetar é de 5 µL (passo1 do
procedimento experimental). Deve adicionar-se 5 µL de GelRed/GelGreen ao gel de 50mL antes de este polimerizar. Quando
tiver terminado a electroforese, deverá observar-se as bandas obtidas utilizando um transiluminador UV, ou um leitor com luz
azul, respectivamente.
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Questões e explorar:
2. Na árvore genealógica fornecida, registe o número de bandas obtido em cada indivíduo (para
cada amostra de DNA poderá visualizar uma, duas ou três bandas).
7. Comente a seguinte afirmação: A probabilidade de o André e a Ana terem um filho doente é igual
à probabilidade de terem um filho portador. (Sugestão: Faça um xadrez mendeliano).
8. A Ana e o André optaram na realidade pela realização de um teste genético, antes de terem filhos,
para saberem se há a possibilidade de terem um filho doente. Alguns membros da família apoiam a
decisão tomada pelo casal, mas há outros membros que se opõem. Enumera dois argumentos que
possam ter sido referidos a favor da realização do teste genético e dois argumentos que possam ter
sido referidos contra.
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pCard (resulta da adição de um insert de 1500bp no plasmídio pCR 2.1 TOPO). Foi utilizada a enzima de
restrição BamHI, embora outras enzimas pudessem ter sido utilizadas para cortar estes plasmídios
(exemplo da enzima HindIII). Os locais de restrição são marcados no mapa com um número que indica o
local de restrição. Uma vez que o plasmídio é circular, existe um local zero arbitrário. Todos os locais de
restrição são indicados com um número entre zero e o número total de pares de base do plasmídio. O
tamanho dos fragmentos pode ser calculado pela simples subtracção (e nalguns casos adição) entre
pontos do plasmídio.
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Questões:
1. A partir do mapa do plasmídio pCR2.1 enumere as enzimas de restrição que podem cortar o plasmídio.
3. Utilizando o plasmídio pUC18 como exemplo, procure os locais de restrição para a enzima AvaII.
Quantos locais de restrição existem? Se a enzima AvaII for usada para restrição deste plasmídio, quantos
fragmentos iremos obter?
4. Determine o tamanho dos fragmentos obtidos da restrição do plasmídio pUC18 com a enzima AvaII.
Confirme que a soma dos fragmentos obtidos é igual ao tamanho total do plasmídio.
Proposta de solução
1. As enzimas que podem cortar o plasmídio são: Hind III; Kpn I; Sac I; BamH I; Spe I; EcoR V; Not I;
Xho I; Nsi I; Xba I; Apa I; Dra III; AspEI; Rsr II; Neo I; MscI; Bgl II; BssH II.
3. Existem dois locais de restrição para a enzima AvaII. Iremos obter dois fragmentos.
4.
3678+222=3900bp
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1. Instale o programa pDRAW no seu computador. O programa é gratuito e terão que ser
feitas as actualizações.
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Glossário
Ácido desoxirribonucleico – vulgarmente conhecido por DNA, é um polímero orgânico complexo formado por duas
cadeias de nucleótidos emparelhadas entre si, com uma disposição antiparalela. Cada nucleótido que constitui o DNA é
composto por um açúcar, a desoxirribose, um grupo fosfato e uma das quatro bases azotadas (timina, adenina,
guanina e citosina).
Ácido ribonucleico – vulgarmente conhecido por RNA, é um polímero orgânico formado por uma cadeia simples de
nucleótidos. Cada nucleótido que constitui o RNA é composto por um açúcar, a ribose, um grupo fosfato e uma das
quatro bases azotadas (adenina, guanina, citosina e uracilo).
Adenina – base azotada púrica presente nos nucleótidos que constituem o DNA e o RNA.
Agarose – polímero constituído por unidades de galactose. Após dissolução em água a ferver, seguido de
arrefecimento, toma uma consistência gelatinosa.
Base Azotada – moléculas que entram na constituição dos ácidos nucleicos. No DNA podemos encontrar quatro bases
azotadas: a adenina, timina, citosina e guanina. A adenina e a timina são bases complementares, emparelhando entre
si. De igual modo a citosina e a guanina emparelham por complementaridade.
No RNA encontram-se também quatro bases azotadas: guanina, citosina, adenina e uracilo em vez da timina. As bases
emparelham do mesmo modo que no DNA à excepção da adenina que vai emparelhar com o uracilo.
Cariótipo – conjunto dos cromossomas presentes nas células de cada ser vivo.
Centrómero – parte central dos cromossomas. O centrómero é importante no processo de mitose e de meiose para a
separação dos cromossomas.
Citosina – base azotada pirimídica presente nos nucleótidos que constituem o DNA e o RNA.
Co-dominância – situação em que há expressão individual dos dois alelos de um locus, num heterozigótico.
Cromossoma – estrutura filamentosa constituída por DNA associado a proteínas estruturais (histónicas e não
histónicas). Os cromossomas encontram-se no núcleo das células eucarióticas.
Cromossoma homólogo – cada um dos cromossomas de um par de cromossomas idênticos, que apresenta os
mesmos loci genéticos. Cada cromossoma de um desses pares é homólogo do outro e emparelha com ele durante a
meiose.
DNA fingerprinting – técnica de separação de segmentos de DNA que permite a identificação genética dos
indivíduos.
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DNA polimerase – enzima presente nas células procarióticas e eucarióticas, responsável pela polimerização das novas
cadeias de DNA.
Dominante – refere-se a um carácter que se exprime quando há heterozigotia para o gene que o determina. A
expressão ocorre na presença de uma cópia normal do alelo.
Enzimas de restrição - enzimas responsáveis por cortar o DNA. Estas enzimas são produzidas por bactérias e
recebem o nome da espécie da bactéria de onde foram extraídas. Enzimas de restrição diferentes reconhecem e cortam
DNA em diferentes sequências de bases.
Electroforese – é uma técnica que permite a separação de moléculas (DNA, proteínas…) de acordo com o tamanho,
carga e forma que apresentam, quando sujeitas a uma corrente eléctrica. As moléculas vão movimentar-se no meio de
suporte (gel de agarose ou de poliacrilamida, por exemplo) a velocidades diferentes consoante as características que
apresentam (tamanho, carga e forma).
Fenótipo – características observáveis num organismo. O fenótipo resulta da combinação de factores genéticos e
ambientais.
Gene – é a unidade básica da hereditariedade. Corresponde a uma sequência nucleotídica de DNA que codifica uma
determinada sequência polipeptídica, responsável por determinada característica ou função no organismo. Cada gene
encontra-se num local específico de um cromossoma (locus) e pode apresentar várias variantes (alelos) que
determinam uma forma particular dessa característica (exemplo: a característica “cor dos olhos” pode ter vários alelos:
alelo que determina a cor azul, alelo que determina a cor castanha, etc).
Genótipo – constituição génica de um indivíduo no que diz respeito aos alelos de um locus.
Guanina - base azotada púrica presente nos nucleótidos que constituem o DNA e o RNA
Hereditariedade – mecanismo através do qual as características genéticas passam dos progenitores para os
descendentes.
Heterozigótico – um indivíduo diz-se heterozigótico quando possui dois alelos diferentes para o mesmo gene.
Histona – proteínas básicas, associadas ao DNA nos cromossomas. Têm baixo peso molecular, e são ricas nos
aminoácidos lisina ou arginina.
Homozigótico – um indivíduo diz-se homozigótico quando possui alelos iguais para o mesmo gene.
Primer – pequena sequência específica de oligonucleótidos que se liga ao DNA alvo, para permitir o início da síntese da
cadeia complementar pela DNA polimerase.
Reacção de polimerização em cadeia (PCR) - reacção que permite a amplificação de porções específicas de DNA
que estejam presentes numa mistura complexa de DNA, desde que sejam conhecidas as suas extremidades.
Recessivo – gene ou carácter que só se manifesta em homozigotia ou em hemizigotia (presença de um único alelo no
genoma).
SNP (Single nucleotide polymorphism) – variação numa sequência de DNA que envolve uma alteração num único
nucleótido.
Southern blot – método descrito por E.Southern em que fragmentos de restrição são separados num gel de
electroforese e transferidos para uma membrana de nitrocelulose ou de nylon. Esta membrana é posteriormente
tratada com uma sonda (fragmento de DNA ou RNA com uma sequência de bases conhecida, e complementar ao DNA
contido na membrana) que vai hibridar com o fragmento de DNA que se pretende identificar. A sonda de DNA é
marcada radioactivamente para permitir a sua detecção.
Taq polimerase – é uma DNA polimerase termoestável, utilizada na amplificação de fragmentos de DNA através da
técnica de PCR. O seu nome é devido a ter sido identificada pela primeira vez na bactéria Thermus aquaticus. A Taq
polimerase suporta as elevadas temperaturas usadas em PCR, tendo uma semi-vida enzimática de 40 minutos (a 94ºC).
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Guião do Professor
Teste genético – teste que permite detectar a presença, ausência ou alteração, num gene particular, cromossoma ou
num produto genético.
Timina – base azotada pirimídica presente nos nucleótidos que constituem o DNA (ausente no RNA).
Apêndices:
Apêndice I
Meio Liquido
Culturas líquidas de E.coli, podem geralmente fazer-se crescer no meio LB (Luria-Bertani). Há diferentes
meios LB, com diferentes composições. Fórmulas diferentes contêm diferentes concentrações de NaCl e
dão origem a quantidades variadas de DNA plasmídico. Para obter grande quantidade de DNA plasmídico
a composição LB recomendada é a seguinte:
Triptona 10 g
Extracto de
5g
levedura
NaCl 10 g
Preparação do meio LB
Para preparar um litro de meio LB, adicione 10g de NaCl, 10 g de triptona e 5 g de extracto de levedura a
950 mL de água destilada e desionizada, e agite até se dissolver. Ajuste o volume da solução para um litro
com água destilada e desionizada. Decante para pequenos reservatórios e esterilize na autoclave.
Nota 1: é aconselhável autoclavar o meio líquido em vários frascos pequenos, do que apenas num frasco
grande, para evitar uma possível contaminação de todo o meio. Depois de autoclavar, não utilizar o meio
durante 24 h para garantir que está devidamente esterilizado e livre de contaminação por microorganismos.
Esterilização do meio
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Guião do Professor
Esterilize o meio líquido ou sólido na autoclave, utilizando uma pressão e um período de tempo adequado
ao tipo de meio, tamanho do frasco, e tipo de autoclave.
Nota 2: Encha apenas ¾ da capacidade dos frascos com meio, e solte as rolhas antes de autoclavar para
evitar que o meio a ferver verta para fora. Aperte as rolhas quando o meio estiver frio (por volta dos 40ºC)
para o manter completamente estéril.
Nota 3: Os antibióticos e os nutrientes como os aminoácidos são inactivados pelas altas temperaturas de
uma autoclave. Eles devem ser adicionados ao meio frio e autoclavado a partir de soluções stock
adequadas.
Meio sólido
Estirpes de E. coli podem geralmente ser riscadas e armazenadas em placas de petri com meio LB que
contenham 1,5% de agar e o antibiótico apropriado.
Preparação: prepare o meio LB de acordo com a composição dada na tabela acima. Mesmo antes de
autoclavar, adicione 15 gramas de agar por litro e misture. Depois de autoclavar, agite o meio suavemente
para distribuir o agar dissolvido por toda a solução. Tenha o cuidado para que o líquido quente não verta
para fora enquanto o agita.
Nota 4: Deixe arrefecer o meio de agar autoclavado até aos 50ºC, antes de adicionar antibióticos e nutrientes
sensíveis ao calor. Misture muito bem.
Nota 5: Faça o plaqueamento das placas com o meio numa câmara de fluxo laminar, ou numa superfície
limpa, próximo de uma chama. Use 30-35 mL de meio para placas de petri de 90mm de diâmetro (1 litro de
meio dá para cerca de 30 placas).
Nota 6: Após o plaqueamento, quaisquer bolhas de ar podem ser removidas passando rapidamente uma
chama perto da superfície da placa. Não se deve demorar com a chama pois esta pode destruir os
antibióticos.
Seque as placas directamente quer após a solidificação ou logo antes de usar removendo as tampas e
colocando as placas na câmara de fluxo laminar durante 1 hora. Em alternativa, se não houver câmara de
fluxo laminar, as placas podem ser secas com as tampas ligeiramente abertas numa estufa a 37ºC durante
30 minutos, ou deixe-as invertidas com as tampas à temperatura ambiente durante 2-3 dias.
Nota 7: Guarde as placas invertidas a 4ºC, protegidas da luz, para preservar os antibióticos sensíveis à luz.
Não guarde as placas por períodos superiores a 3 meses, já que os antibióticos podem degradar-se.
Antibióticos
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Estirpes bacterianas que contêm plasmídios ou genes com marcadores selectivos de antibióticos devem
sempre ser postas num meio de cultura liquido ou sólido que contenha o agente selectivo. Os antibióticos
devem ser adicionados ao meio apenas quando este estiver a uma temperatura abaixo dos 50ºC.
Culturas “Stab”
As estirpes de E.coli podem ser mantidas durante um ano em cultura “Stab”. As culturas “Stab” são
utilizadas para transportar bactérias de uns laboratórios para outros.
Placas de agar
Placas com riscado de bactérias podem ser seladas com Parafilme, e guardadas invertidas a 4ºC durante
várias semanas.
O riscado de bactérias deve ser sempre feito em placas que contenham o antibiótico apropriado.
Para se obter colónias de bactérias bem isoladas, riscar uma placa de agar como se descreve de seguida:
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Apêndice II
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Apêndice III
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Neste momento, o professor poderá levantar outras questões éticas relacionadas com a realização de testes
genéticos:
Dilemas relacionados com o sigilo médico.
Permanecer na ignorância vs atitude responsável.
Dilemas relacionados com as seguradoras.
Confidencialidade por medo de discriminação.
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Guião do Professor
Anexo I
Plamídios utilizados
1) pUC 18
Plasmídio pUC 18
Fonte da imagem: http://www.taq-dna.com/puc18-dna-_149.html
2) pCR 2.1
Plasmídio pCR2.1
Fonte da imagem: http://www.imagenes-bio.de/info/vectors/pCR2.1_pic.shtml
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Guião do Professor
Referências Bibliográficas
Sambrook J., Fritsch E. F., e Maniatis T. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring
Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory.
Corantes
Biotium Microbiologia
www.biotium.com
QIAGEN News
Carolina www.qiagen.com
http://www.carolina.com
BioRad Plasmídios
http://www.bio-rad.co.jp/LifeScience/pdf/
Invitrogen
www.invitrogen.com
Biotecnologia – conceitos e técnicas
The European Initiative for Biotechnology Education Source BioScience ImaGenes
http://www.eibe.info/ http://www.imagenesbio.de/info/vectors/pCR2.1_pic.shtml
Kits comerciais
Nature`s dice – Teacher`s guide
http://www.ncbe.reading.ac.uk/NCBE/MATERIALS/DNA/PDF/DiceTG.pdf
Bio-Rad Laboratories
http://www3.bio-rad.com
Testes genéticos
Understanding Gene Testing
http://www.accessexcellence.org/AE/AEPC/NIH/gene19.php
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