Professional Documents
Culture Documents
Tinggal Diraphinin - BIOMOL - SEQUENCE 5
Tinggal Diraphinin - BIOMOL - SEQUENCE 5
cgi)
a. identifikasi masing-masing urutan nukleotida yang diberikan
Sequence 5: Eschericia coli
b. tentukan apakah kedua urutan tersebut mengkode protein, jika yam aka cari
informasi terkait protein tersebut
2. Dari sekuens yang diberikan , carilah 10 sekuens DNA serupa yang berasal dari
beberapa spesies atau galur berbeda dan lakukan multiple alignment
pada tingkat DNA:
pada tingkat protein:
3. Carilah 20 sekuens organisme prokariot/eukariot dan buat pohon filogenetik.
Pohon filogenetik:
4. Dari sequence DNA/Protein yang diberikan, carilah apakah terdapat urutan promotor,
inisiasi transkripsi, Open Reading Frame dan Terminator
Promotor:
Start End Score Promoter Sequence
tccttgttgctgaagcatggggaataattgttcgcaaagtaaaacaccgttattcattgcgcctcgctttctgta
ttacgaaattgtcccaacacatgtgccagccgataaaaaccgaccgcggagaggtcattcgccagcaactctgc
ctgactaatagcgctctgttcctgatagcgccagccgttatggagcagttgaataagtaacgcctggcagcgcat
cagcaactgatgagcggtagacggcacaggcaaaacgctggcagaaggtagcggtgccacaggcgcagtttctgc
gtccagcgcccaggcgcgggtttttgtcatcatcacccgtggttccagtgtcaattgcccatcaacaaaactgac
aaagccagaaaccagactcacggggtcgtctgtttgttgcaaaagcgccgccatgcgttcaacggcaaaaggaga
acaggcagatgccggaagggataacgtcaggagattatcttcaccttcgccgctgattacctgcgcatccagcgt
ctggcggctgctatcccaaccgagcgaaatacactcagcgaccggcagaataaataagttatcgacctgattaag
aggccgtatgcaggcggggggacgctggcgtaaatattcccgcaaagccacaatgcccggctggcgtaacggcgc
gctcaacatttgccaggcatcaggcgacagcggcacaacgctgcttaagcggttgcgggtagctaacagcagctc
gccatcggcactgcgttttgctgcttgtgaaacaatttgcccacccgccagtgcgccagcctgaaaactaaacag
ccgacgcgtagctgccggtgagttttcctgttcacttcgcggccaactgcgcgaaaggtgcaaaatactgccggt
gtcgggatcggtaaaccagatgcgtaaaccataatgctcaatatcctgccagcaacgcatacctaaagacaccag
ccgcagatgatcaagctttgcttctccggcaatgccagagccaacgaccgtgcgccacggcacaggaggaacttc
accaacactgtcgcgccgggccatctcttgtgcgcaatttaatcgactgtttaatgccgcaagctgacgtaagca
g
ttctccggcatgata tggctggcgcgagtgtggaaggcatcaacgcttgcccgtactgtcgtagtgattcact
cacccagcgccagttgcaggcctctgccgcctgcaatgcgcggttgaatgctgcctcgtagtgaataagcggctg
gctgatgccgccaagccataatgcctggcttaattgctgaacatattgacgacacgtttggccttcttcgctggc
aaacggatcgtcagatgatgtgacgtgttcgctgcgcatctgccagattaaatggttaaattctgcttgctgcgc
tttggcctcgacgaaggcctgcacagccagtacgacatgttcgcaaagtgtgccttcaatacaatcacaacgggc
gaaacgaatactgctacgggaataaaaacgcacatcgctcatcggtaagcgggcagagggaatttcgcccggcgc
acagaacaactcaatggtgatgcctttagcgaccagcgcctgcgcgcgtttgcgggtggcatcgggcagggtagc
cagttcttccagccagattgccggatcccactcttcttctttttccgtgggctggacggtggcacaaagtcgttg
ataac ttaacaccagcatcacgcgatgacggcacatgccgctggccccgcagctgcactgagcctctttcagtg
cctggctgttcgccagctgggtacggacaccgtcactgaaggtggcgattaaagcgctgttctcatggctgattt
ccgggacgttgccattttccagttccttaagactgcgcttaacaaaaccggcattgcttaacgccgtcagggcct
gcggtgtcagttctaataattccggacgtagtgaattcat
ORF 1: 106-209
ORF10: 1113-1256
ORF4: 1759-1860
TERMINATOR
>CP055256.1:1821442-1823439 Escherichia coli strain AH25 chromosome, comple
te genome
294 Rnamotif + CAGGCGCAGTTTCTGCGTCCAGCGCCCAGGCGCGGGTTTTTGTCATCA -9.50
417 Rnamotif - TGTTCTCCTTTTGCCGTTGAACGCATGGCGGCGcTTTTGCAACAAA -7.80
1919 Rnamotif - GCAGGCCCTGACGGCGTTAAGCAATGCCGgTTTTGTTAAGCG -9.10
Total number of predicted transcription terminators: 3