Tin Sinh học

Bioinformatics

Chương 1. Giới thiệu sinh học

phân tử
TS. Nguyễn Hồng Quang
Viện Công nghệ thông tin và Truyền thông
Trường Đại học Bách Khoa Hà Nội
Tài liệu tham khảo
• Algorithms in Bioinformatics: A Practical
Introduction (nus.edu.sg),
https://www.comp.nus.edu.sg/~ksung/algo_in_bioinfo/
• Bioinformatic Methods I, Nicholas James Provart,
https://www.coursera.org/learn/bioinformatics-methods-
1
• Algorithms for DNA Sequencing:
https://www.youtube.com/playlist?list=PL2mpR0RY
FQsBiCWVJSvVAO3OJ2t7DzoHA
Nội dung
1.1. Ứng dụng của Bioinformatics
1.2. Hoạt động cơ thể người
1.3. Vai trò và chức năng của protein: enzyme,
hoocmon, kháng thể.
1.4. Cấu tạo của tế bào
1.5. Học thuyết trung tâm (Central Dogma)

4
1.1. Ứng dụng của Bioinformatics
⚫ Hội chứng Marfan khiến bé 11 tuổi cao 1,8 m:
− https://vnexpress.net/hoi-chung-marfan-khien-be-11-
tuoi-cao-1-8-m-4217740.html
− xét nghiệm DNA phát hiện thương tổn ở đoạn gene
(FBN1)
⚫ Điều trị bệnh ung thư
− https://benhvien108.vn/nhung-hieu-biet-ve-phuong-
phap-dieu-tri-dich.htm
− https://ungthubachmai.vn/gen-tri-lieu/vai-tro-cua-lieu-
phap-gen-trong-dieu-tri-ung-thu-vung-dau-va-co.html
Phương pháp điều trị đích
1. Điều trị đích là gì?
• Điều trị đích hay liệu pháp nhắm trúng đích (Targeted
therapy) là một trong những phương pháp điều trị ung
thư
• Sử dụng thuốc tác động vào gen hay protein chuyên biệt
có ở tế bào ung thư liên quan đến sự phát triển khối u.
2. Cơ chế tác động của liệu pháp điều trị đích
• Tác động thụ thể hormon: ngăn chặn sự phát triển của
các tế bào u nhạy cảm với hormon (các tế bào này cần
hormon để phát triển được)
• Ức chế con đường truyền tin: ngăn chặn hoạt động của
phân tử tham gia vào quá trình truyền tín hiệu gây tăng
sinh và phát triển tế bào u

https://benhvien108.vn/nhung-hieu-biet-ve-phuong-phap-dieu-tri-dich.htm 6
Hệ thống vận chuyển chỉnh sửa gen
CRISPR-Cas9
Với khả năng phá hủy vĩnh
viễn các gen chịu trách nhiệm
cho khả năng sống sót của tế
bào ung thư, công nghệ chỉnh
sửa gen CRISPR-Cas9 hứa
hẹn sẽ là một liệu pháp hiệu
quả giúp điều trị ung thư, khắc
phục được việc sử dụng lặp
lại nhiều lần của các loại thuốc
điều trị ung thư truyền thống
cũng như cải thiện hiệu quả
điều trị

https://vjst.vn/vn/tin-tuc/4236/he-thong-van-chuyen-chinh-sua-gen-crispr-cas9-moi-
hua-hen-dieu-tri-ung-thu-khong-tac-dung-phu.aspx 7
DNA Sequencing Costs

https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/DNA-Sequencing-Costs-Data 8
DNA Sequencing Costs

https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/DNA-Sequencing-Costs-Data 9
Cuộc cách mạng chữa ung thư không
cần hóa trị
• Công nghệ giải trình tự gene với chi phí thấp hơn
đóng vai trò quan trọng trong sự thay đổi này.
Công nghệ giúp bác sĩ kiểm tra khối u dễ dàng,
xem liệu chúng có đáp ứng với các loại thuốc hay
không.
• Các xét nghiệm di truyền có thể xem xét mảng
protein trên tế bào ung thư, dự đoán chính xác
bệnh nhân nào nên và không nên làm hóa trị.

https://vnexpress.net/cuoc-cach-mang-chua-ung-thu-khong-can-hoa-tri-
4362980.html

10
Big Data: Astronomical or
Genomical?

https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002195

11
 Ứng dụng của Bioinformatics
⚫ Xét nghiệm virus COVID-19:
− https://www.vinmec.com/vi/tin-tuc/thong-tin-suc-khoe/dich-
2019-ncov/thong-tin-suc-khoe/cach-thuc-hoat-dong-cua-bo-
kit-xet-nghiem-covid-19/
− https://ncov.moh.gov.vn/-/xet-nghiem-sars-cov-2-tim-khang-
nguyen-hay-khang-the-
⚫ Tìm biến thể virus SARS-COV-2:
⚫ https://nhandan.com.vn/khoa-hoc/nhung-dieu-can-biet-ve-
cac-bien-the-cua-sars-cov-2-635321/
⚫ Kết quả giải mã thành công bộ gen SARS-CoV-2 bệnh nhân
1660 nghĩ nhiều đến chủng virus gây bệnh ở Hải Dương có
nguồn gốc từ Anh, châu Âu.
https://thanhnien.vn/thoi-su/tphcm-giai-ma-thanh-cong-bo-gen-sars-cov-2-
tren-benh-nhan-1660-1337252.html 12
Xét nghiệm tìm kháng nguyên
⚫ Do biết rõ cấu trúc bộ gen RNA của SARS-CoV-2, hiện
nay có thể làm xét nghiệm chẩn đoán một người đã bị lây
nhiễm SARS-CoV-2 hay chưa.
⚫ Sử dụng kỹ thuật Real-time PCR.
⚫ Xét nghiệm dùng kỹ thuật này hiện tại là phương pháp
duy nhất để phát hiện chính xác sự tồn tại của virus
SARS-CoV-2 trong cơ thể.
⚫ Cơ chế: tìm ra đoạn gen RNA của virus (kháng nguyên)
có trong mẫu, lấy từ phết mũi họng hoặc những vùng
khác của đường hô hấp như phết họng, dịch rửa phế
quản, nước bọt.
 Xét nghiệm tìm kháng thể
⚫ Tìm virus gián tiếp thông qua xác định kháng thể
trong máu.
⚫ Kháng thể là các protein đặc biệt (IgM, IgG) mà
cơ thể sản sinh ra để chống lại các bệnh nhiễm
trùng.
⚫ Thông thường, sau khi nhiễm bệnh, phải mất
một thời gian để cơ thể sản sinh ra các kháng
thể và có thể phát hiện được trong máu.
https://www.vinmec.com/vi/tin-tuc/thong-tin-suc-khoe/khang-la-gi-vai-tro-va-su-hinh-
thanh-khang/
https://www.vinmec.com/vi/tin-tuc/thong-tin-suc-khoe/nao-la-khang-nguyen-khang/
 Xét nghiệm tìm kháng thể
⚫ Kỹ thuật ELISA giúp định lượng nồng độ kháng
thể IgM và IgG trong máu, trung bình phải mất 1-
5 giờ để có kết quả nồng độ kháng thể trong
máu.
⚫ Kỹ thuật sắc ký miễn dịch (xét nghiệm nhanh hay
test nhanh): định tính kháng thể, tương tự như
que thử thai. Kỹ thuật này đơn giản, chi phí ít,
cho kết quả nhanh. Chỉ cần 15-20 phút đã có kết
quả có hay không có kháng thể.
1.2. Hoạt động cơ thể người
 1.2. Hoạt động cơ thể người

Tinh bột
Chất béo
Protein
Vitamin
Muối khoáng
https://dantri.com.vn/suc-khoe/co-the-con-nguoi-co-bao-nhieu-te-bao-
20170713111758906.htm https://belife.vn/tin_tuc/atp-la-gi.html
Hoạt động của hệ tiêu hóa và quang hợp

18
 Hệ tiêu hóa
• Enzym tiêu hóa có bản
chất là protein
• Amylase nước bọt
• Các enzyme dạ dày:
Pepsin, Chymostrypsin,
Trypsin

https://vi.wikipedia.org/wiki/Enzyme_ti%C3%AAu_h%C3%B3a
Cấu trúc tinh bột và glucoz

Enzim

20
 Hô hấp tế bào
• Hô hấp tế bào là một chuỗi các phản ứng ôxy hóa
khử.
• Thông qua chuỗi các phản ứng này, phân tử
glucoz được phân giải từ từ, năng lượng giải
phóng không ồ ạt.

https://vungoi.vn/lop-10/chi-tiet-ly-thuyet-ho-hap-te-bao-5b1f49a235d73264599a12e8.html
21
Hệ tuần hoàn
và hệ hô hấp

22
Vai trò của hemoglobin
đột biến
nhiễm sắc
thể

https://gentis.com.vn/hemogolobin-va-cac-benh-lien-quan-d299 23
Tổng kết hoạt động cơ thể người
• 37,2 nghìn tỷ tế bào.
• Các tế bào này tạo ra các protein để duy trì hoạt
động sống của cơ thể

Hình ảnh bên trong

khoang tủy sống.
Nơi các tế bào
máu được tạo ra
để nuôi sống cơ
thể.

https://dantri.com.vn/suc-khoe/co-the-con-nguoi-co-bao-nhieu-te-bao-
20170713111758906.htm
https://www.ohay.tv/list/ngam-cac-te-bao-trong-co-the-duoc-phong-dai-len-gap-hang-trieu-
lan/58257509a3 24
1.3. Vai trò và chức năng của protein
1.3. Vai trò và chức năng của protein
a. Cấu trúc cơ thể và tế bào - Protein sợi
• Protein sợi bao gồm các phân tử duỗi
thẳng và dài như sợi dây.
• Do đó protein sợi có chiều hướng không
tan và bền vững với biến động của nhiệt độ
và pH.
• Các tính chất này làm cho protein sợi trở
nên các nguyên liệu cấu trúc lý tưởng.
• Ví dụ:
• Collagen và elastin : protein chủ yếu của
da và mô liên kết
• Keratin: trong tóc, sừng, móng và lông
https://vi.strephonsays.com/fibrous-and-vs-globular-proteins-10881

26
Vai trò của collagen
• def

27
Vai trò của Elastin
• Elastin được
xem là một
chất “cao su”
có nhiệm vụ
làm đàn hồi
làn da

28
Vai trò của keratin

• Keratin hay chất sừng là một họ các protein cấu trúc dạng
sợi.
• Keratin là vật liệu cấu trúc chính tạo nên những lớp bên
ngoài của da người.
• Keratin là thành phần cấu trúc quan trọng của mái tóc và
móng tay, và nó cung cấp sức mạnh và độ dẻo dai cần thiết
cho cơ quan nhai, như lưỡi và vòm miệng cứng.
https://suckhoe.vn/tong-hop/keratin-la-chat-gi-keratin-co-trong-nhung-loai-thuc-
pham-nao.html 29
1.3. Vai trò và chức năng của protein
b. Protein dạng hạt (viên)
• Các protein này dễ dàng hòa tan trong nước.
• Là protein hoạt động chính của quá trình trao đổi
chất
• Sử dụng làm enzym, hoocmon, kháng thể, tác
nhân đông máu…
Amylase là một
enzymes có trong
nước bọt của con
người và một số
động vật, xúc tác
sự thủy phân của
tinh bột

30
b. Vai trò và chức năng của enzym
Các enzym và sự trao đổi chất
• Bất kỳ lúc nào trong tế bào sống cũng có hàng
trăm phản ứng hóa học xảy ra.
• Các phản ứng này cung cấp năng lượng và duy trì
sự cung cấp rất nhiều chất cần thiết cho tăng
trưởng và tái tạo.
• Điều phối toàn bộ các quá trình chuyển hóa dựa
vào sự tạo ra các chất đặc biệt gọi là enzyme.
• Ví dụ:
• enzyme amylase tạo ra bởi tuyến nước bọt xúc tác sự
thủy phân của tinh bột
• enzyme lipase tiết ra bởi tuyến tụy để thủy phân chất
béo lipid
32
Vai trò của enzyme
• Enzym hoạt động như các chất xúc tác rất đặc
hiệu, làm tăng lên ghê gớm tốc độ các phản ứng
hóa học mà nếu không có xúc tác thường xảy ra
quá chậm.
• Do vậy enzyme tạo ra cơ chế kiểm soát các phản
ứng hóa học cá biệt, số lượng enzyme có mặt sẽ
xác định tốc độ của phản ứng tương ứng.
• Ví dụ:

33
Enzym Thủy phân tinh bột

https://canhgiacduoc.org/su-thuy-phan-tinh-bot.html 34
c. Vai trò và chức năng của hoocmon
c. Tính chất và vai trò của hoocmon
• Hormone có nhiệm vụ giống như "người đưa thư".
Chúng gửi các tín hiệu đến các cơ quan, các mô
và các tế bào nhất định thông qua đường máu để
thực hiện chức năng vốn có tại khu vực nhận.
• Tính chất của hoocmôn:
• Tính đặc hiệu: Mỗi hoocmôn chỉ ảnh hưởng tới một
hoặc một số cơ quan xác định.
• Hoocmôn có hoạt tính sinh học rất cao, chỉ với một
lượng nhỏ cũng gây hiệu quả rõ rệt.
• Hoocmôn không mang tính đặc trưng cho loài.
• Vai trò của hoocmôn:
• Duy trì tính ổn định môi trường bên trong cơ thể.
• Điều hòa các quá trình sinh lí diễn ra bình thường.

36
Các cơ quan sản xuất hormone
• Tuyến tùng: Nằm gần phía sau của hộp sọ, tuyến
này sản xuất hormone melatonin giúp não bộ phản
ứng khi có bóng tối, nhằm kích thích cơn thèm
ngủ.
• Tuyến tụy: Cơ quan này đóng vai trò quan trọng
trong việc điều tiết lượng đường trong máu bằng
cách sản xuất insulin, amylin và glucagon.
• Tuyến yên: Còn được gọi là "tuyến tổng thể", có
kích thước bằng hạt đậu, nằm ở đáy
não. Hormone được sản xuất bởi tuyến yên là:
Hormone tăng trưởng (GH), quyết định đến sự
phát triển của cơ thể.
37
Insulin
• Insulin là một hormone được sinh ra từ các tế bào
ở tuyến tụy

https://mpsuno.vn/insulin-la-gi-insulin-co-vai-
38
tro-nhu-the-nao-doi-voi-con-nguoi/
Cơ chế tác dụng của insulin
• Sau khi ăn, hàm lượng glucose máu tăng (do ăn nhiều
tinh bột, uống nước nhiều đường,…) sẽ kích thích các
tế bào beta đảo tụy ở tuyến tụy sản sinh insulin.
• Insulin kiểm soát lượng glucose trong máu (đường
huyết) bằng cách tác động đến quá trình sử dụng và
dự trữ glucose tại gan, cơ và mô mỡ.
• Insulin giúp các tế bào hấp thụ glucose để sản sinh năng
lượng.
• Khi cơ thể đã có đủ năng lượng, insulin sẽ truyền tín hiệu tới
gan (bằng cách tăng cường hoạt tính của các enzyme tại
gan) để hấp thụ đường và lưu trữ dưới dạng glycogen.
• Gan có thể lưu trữ lên đến khoảng 5% khối lượng của
nó dưới dạng glycogen. Khi lượng glucose máu bị
giảm thì glycogen lại được phân ly để giải phóng thành
glucose vào máu.
39
d. Vai trò và chức năng của kháng thể
d. Vai trò và chức năng của kháng thể

https://suckhoedoisong.vn/khang-the-moi-giup-chong-lai-sars-cov-2-n186641.html
41
Vai trò của thụ thể (receptor)
• Năm 1878, Langley đề ra khái niệm “thụ thể” với
định nghĩa “thụ thể là một vị trí trên màng tế bào có
khả năng tiếp nhận một phân tử ngoại lai”
• Thụ thể là một phân tử protein nằm trên màng tế
bào hay nằm trong tế bào chất của tế bào, nó là
nơi gắn kết của nhiều loại phân tử tín hiệu khác
nhau.
• Các phân tử tín hiệu gắn kết với thụ thể được gọi
là ligand, có bản chất là một peptide hoặc các loại
phân tử khác như neurotransmitter, hormone, phân
tử thuốc hoặc là độc chất
https://docsachysinh.com/dsys-ebook/thuthe/

42
Thụ thể ACE2
• ACE2 là một enzyme tồn
tại trong nhiều loài, và
trên người chúng nằm ở
mặt ngoài của các tế bào
phổi, động mạch, tim,
thận và ruột
• Thực hiện các hành động
giãn mạch, bảo vệ mạch
máu, chống xơ hóa,
chống tăng sinh và chống
viêm
• là một protein xuyên
màng, ACE2 đóng vai trò
là điểm xâm nhập chính
vào các tế bào của một
số coronavirus, bao gồm
HCoV-NL63, SARS-CoV,
và SARS-CoV-2, virus
gây ra dịch COVID-19
http://bvdkquangnam.vn/index.php
/ao-to-nckh/tp-san-y-hc/3533-2020-
12-16-14-12-49 43
Vai trò và sự hình thành kháng thể
• Khi sinh vật xâm nhập vào cơ thể con người thì cơ
thể sẽ nhận biết được sự xâm nhập này và bạch
cầu sản xuất ra những chất gọi là kháng thể
(antibody).
• Kháng thể này tiêu diệt vi khuẩn có hại, và bảo vệ
cơ thể.
• Cơ thể nào có khả năng hình thành kháng thể
càng mạnh thì khả năng miễn dịch chống lại các
bệnh nhiễm khuẩn càng cao.
• Liên kết với kháng nguyên: các kháng thể kháng
protein capside của virus sẽ ngăn chặn chúng gắn
vào các tế bào đích.
https://www.vinmec.com/vi/tin-tuc/thong-tin-suc-khoe/khang-la-gi-vai-tro-va-su-
hinh-thanh-khang/ 44
e. Tác nhân đông máu
e. Tác nhân đông máu
Giai đoạn 1. Sự hình thành và giải phóng
• def tromboplastin
Tromboplastin ngoại sinh: do mô của cơ
thể tiết ra khi mô bị tổn thương.
Tromboplastin nội sinh: do tiểu cầu bị vỡ
giải phóng ra.
Giai đoạn 2: Tromboplastin kết hợp với chất
prothrombin có trong huyết tương thành
thrombin.

https://medlatec.vn/tin-tuc/xet-nghiem-dong-mau--vai-tro-trong-phat-hien-chan-
doan-va-xu-tri-cac-roi-loan-dong-cam-mau-s159-n11152 46
Cơ chế đông máu
• Giai đoạn 1. Sự hình thành và giải phóng tromboplastin
• Tromboplastin ngoại sinh: do mô của cơ thể tiết ra khi mô bị
tổn thương.
• Tromboplastin nội sinh: do tiểu cầu bị vỡ giải phóng ra.
• Giai đoạn 2: Tromboplastin kết hợp với chất
prothrombin có trong huyết tương thành thrombin.
• Giai đoạn 3: Dưới tác dụng của trompin, chất
fibrinogen ở dạng hòa tan liên kết lại thành các sợi
mảnh fibrin. Những sợi này kết thành mạng lưới,
chăng giữa các tế bào máu (hồng cầu) tạo thành cục
máu đông.
• Thời gian đông máu ở người trưởng thành là 3-4 phút.
https://www.vinmec.com/vi/tin-tuc/thong-tin-suc-khoe/suc-khoe-tong-
quat/xet-nghiem-prothrombin/ 47
Tiếp theo: 1.4. Cấu tạo của tế bào
49
50