‫تمرین ‪LAMMPS‬‬

‫شبیهسازی حرکت فولرین بر روی نانولوله کربنی توسط نرمافزار ‪LAMMPS‬‬

‫زمان تحویل‪ :‬تا ساعت ‪ 24‬شنبه ‪ 1‬تیر ‪1398‬‬

‫نتایج‪ :‬فایل ‪ ،data ،input‬گزارش ‪ pdf‬و فیلم کوتاهی از شبیهسازی تا زمان مقرر به‬
‫‪ smhlavasani@gmail.com‬فرستاده شود‪.‬‬

‫مشخصات نانولوله کربنی‪ :‬طول تعادلی پیوند کربن‪-‬کربن در نانولولههای کربنی در دمای ‪ 300‬کلوین را‬
‫یافته و مرجع آن را قید نمایید‪ .‬با این طول پیوند یک نانولوله کربنی با ضرایب کایرال )‪(n,m)=(20,20‬‬
‫توسط نرمافزار ‪ vmd‬بسازید که محور آن در راستای ‪ z‬و طول آن در این راستا ‪ 80‬آنگسترم باشد‪ .‬سپس‬
‫موقعیت مرکز جرم نانولوله را به )‪ (0,0,0‬انتقال دهید‪.‬‬

‫مشخصات فولرین‪ :‬فایل ‪ PDB‬فولرین (‪ )C60‬را از یک مرجع معتبر دریافت یا از مدلهای آماده نرمافزارهای‬
‫مدلسازی مولکولی استخراج نموده و مرجع آن را قید نمایید‪ .‬سپس موقعیت مرکز جرم فولرین را به مختصات‬
‫)‪ (r,0,0‬و خارج از نانولوله انتقال دهید که در آن ‪ r‬فاصله تعادلی مرکز فولرین از محور نانولوله است‪.‬‬

‫جعبه شبیهسازی‪ :‬مرز جعبه شبیهسازی در راستای ‪ x‬و ‪ y‬را ثابت و در راستای ‪ z‬تناوبی در نظر بگیرید‪.‬‬
‫ابعاد جعبه شبیهسازی بهصورت تقریبی از نقطه )‪ (-30,-30,-40‬تا )‪ (30,30,40‬در نظر گرفته شود‪ .‬توجه‬
‫نمایید که طول جعبه شبیهسازی در راستای ‪ z‬را به نحوی تعریف نمایید که اتمهای ابتدا و انتهای نانولوله به‬
‫علت وجود شرایط مرزی با فاصله مناسب از هم قرار گیرند‪.‬‬

‫پتانسیلها‪ :‬پتانسیل استفادهشده برای نانولوله و فولرین هرکدام بهصورت جداگانه از نوع ‪ Tersoff‬در نظر‬
‫گرفته شود‪ .‬راهنمایی‪ :‬دو گونه متفاوت اتمی برای نانولوله و فولرین در نظر گرفته و از دستورات زیر‬
‫‪pair_coeff * * tersoff 1 SiC.tersoff C NULL‬‬
‫‪pair_coeff * * tersoff 2 SiC.tersoff NULL C‬‬
‫برای تعریف جداگانه پتانسیل ‪ tersoff‬برای نانولوله و فولرین استفاده نمایید‪ .‬دقت نمایید که در ‪pair_style‬‬
‫نیز میبایست دو بار عبارت ‪ tersoff‬ذکر گردد‪ .‬همچنین پتانسیل مابین نانولوله و فولرین از نوع ‪ lj/cut‬با‬
‫شعاع قطع ‪ 12‬در نظر گرفته شود‪ .‬ضرایب پتانسیل لنارد‪-‬جونز از فایل ‪par_all27_prot_lipid_na.inp‬‬
‫نرمافزار ‪ VMD‬استخراج گردد‪ .‬ضرایب گونه اتمی ‪ CA‬که نماینده کربن آروماتیک است‪ ،‬برای این منظور‬
‫مناسب میباشد‪ .‬توجه داشته باشید که فرمول ارائهشده در پتانسیل ‪ Charmm‬با فرمت پتانسیل ‪12-6, LJ‬‬
‫کمی متفاوت است؛ بنابراین میبایست پارامترها برای استفاده در نرمافزار ‪ LAMMPS‬اصالح گردد‪ .‬به‬
‫اختالف واحدها نیز توجه فرمایید‪.‬‬
‫مراحل و شرایط شبیهسازی‪:‬‬
‫‪ .1‬دمای اولیه سیستم را ‪ 300‬کلوین در نظر گرفته و سرعت مرکز جرم و دوران مرکز جرم هر جز را‬
‫جداگانه صفر نمایید‪ .‬ابعاد باکس شبیهسازی را به نحوی تنظیم نماید که انرژی پتانسیل نانولوله‬
‫کمینه گردد‪ .‬این فرایند موجب خواهد شد تنشهای اولیه موجود در نانولوله به حداقل برسد و از‬
‫اعوجاجهای آتی نانولوله جلوگیری شود‪ .‬کاهش مقدار انرژی پتانسیل را ثبت و گزارش نمایید‪ .‬برای‬
‫این منظور از دستور زیر بهره گرفته و عملکرد جمالت این دستور را شرح دهید‪.‬‬
‫‪fix 1 CNT box/relax iso 0.0 dilate partial‬‬
‫پس از اتمام کمینهسازی انرژی و در صورت حرکت نانولوله‪ ،‬با دستور ‪ displace_atoms‬موقعیت‬
‫مرکز جرم آن را به )‪ (0,0,0‬بازگردانید‪ .‬سپس فولرین را نیز دقیقاً همانند نانولوله حرکت دهید تا‬
‫موقعیت تعادلی آنها نسبت به هم حفظ گردد!‬

‫‪ .2‬یک گروه متشکل از ‪ 4‬اتم که در سرتاسر طول و زوایای نانولوله توزیعشده باشد در نظر گرفته و‬
‫موقعیت مکانی این اتمها را با دستور زیر و با یک فنر نسبتا ضعیف به موقعیت اولیه خودشان وصل‬
‫نمایید‪ .‬با این روش بهصورت تقریبی نانولوله را در جای خود ثابت میکنید‪ ،‬درحالیکه اتمهای نانولوله‬
‫میتوانند آزادانه در حال ارتعاش باشند‪ .‬عملکرد جمالت این دستور را شرح دهید‪.‬‬
‫‪unfix 1‬‬
‫‪fix 2 4atoms spring/self 0.1 xyz‬‬

‫اکنون با هنگرد ذره‪-‬فشار‪-‬دما ثابت (‪ )NPT‬دمای سیستم را بر روی ‪ 300‬کلوین و فشار را بر روی‬
‫‪ 0‬بار تنظیم نموده و سیستم را به مدت ‪ 1 ns‬واهلید‪ .‬با دستور ‪ compute temp/com‬دمای‬
‫فولرین را به نحوی حساب نماید که سرعت مرکز جرم از آن کاسته شده باشد‪ .‬سپس با دستور‬
‫‪ fix_modify‬از دمای اصالحشده برای هنگرد ‪ NPT‬استفاده نمایید‪ .‬ضرایب دمپینگ مناسب را‬
‫گزارش کنید‪ .‬گام زمانی حل را ‪ 1 fs‬در نظر بگیرید‪.‬‬

‫‪ .3‬درنهایت‪ ،‬از هنگرد ذره‪-‬حجم‪-‬دما ثابت (‪ )NVT‬استفاده نموده و در دمای ‪ 300‬کلوین سیستم را به‬
‫مدت ‪ 5 ns‬شبیهسازی نمایید‪ .‬همانند مرحله قبل از دستور ‪ fix_modify‬و دمای اصالحشده برای‬
‫محاسبات هنگرد ‪ NVT‬نیز استفاده نمایید‪ .‬در این قسمت حرکت فولرین بر روی نانولوله را مورد‬
‫ارزیابی قرار دهید‪.‬‬

‫نتایج مطلوب و نحوه گزارش دهی‪ :‬نتایج زیر را در تمامی مراحل با دستورات ‪ variable‬یا ‪compute‬‬
‫محاسبه کرده و هر ‪ 100‬گام زمانی در فایل ‪ log‬ثبت نماید‪ .‬مختصات اتمی را نیز هر ‪ 1000‬گام زمانی در‬
‫فایل ‪ dump‬ثبت نمایید‪ .‬سپس توسط نرمافزار ‪ MATLAB‬متغیرهای خواستهشده را برحسب زمان رسم‬
‫نمایید و همراه با تحلیل در گزارش ‪ pdf‬بیاورید‪ .‬همچنین توضیح مختصری درباره دستورات استفادهشده در‬
‫فایل ‪ input‬و ‪ data‬آورده و شرایط فرض شده در مسئله خود را بنویسید‪.‬‬
‫‪ .1‬انرژی پتانسیل‪ ،‬فشار و دمای کل در مرحله ‪ 2 ،1‬و ‪3‬‬
 ‫انرژی پتانسیل‪ ،‬فشار و دمای نانولوله و فولرین در مرحله ‪ 2 ،1‬و ‪3‬‬ ‫‪.2‬‬
‫مکان‪ ،‬سرعت و سرعت دورانی مرکز جرم فولرین در هر سه راستای مختصات در مرحله ‪ 2 ،1‬و ‪3‬‬ ‫‪.3‬‬
‫مکان‪ ،‬سرعت و سرعت دورانی مرکز جرم نانولوله در هر سه راستای مختصات در مرحله ‪ 2 ،1‬و ‪3‬‬ ‫‪.4‬‬
‫پتانسیل و نیروی مابین فولرین و نانولوله در هر سه راستا در مرحله ‪ 2 ،1‬و ‪3‬‬ ‫‪.5‬‬
‫متوسط مجذور جابجایی (‪ )mean square displacement‬فولرین در راستای ‪ z‬را برحسب زمان‬ ‫‪.6‬‬
‫برای مرحله ‪ 3‬ترسیم کنید‪ .‬سپس ضریب پخش (‪ )coefficient of diffusion‬فولرین در این‬
‫راستا را به دست آورید‪ .‬روش و فرموالسیون محاسبه ضریب پخش را شرح دهید‪.‬‬

‫با آرزوی موفقیت‪،‬‬

‫حسینی لواسانی‬