PLANTS

Protein-Ligand ANT System

version 1.1

author: Oliver Korb

scientific contributors: T.E. Exner, T. Stuetzle

contact: Oliver.Korb@uni-konstanz.de

CHEMPLP = 1.00*CHEMPLP_PLP +1.00*CHEM_HB +1.00*CHEMPLP_CLASH2 +2.00*TRIPOS_TORS

-20.00

ID: 0 1
Parameter settings for partial scoring function CHEMPLP-PLP:

PLP hydrogen bonding:

parameter A: 2.30
parameter B: 2.60
parameter C: 3.10
parameter D: 3.40
parameter E: -1.00
parameter F: 20.00

PLP steric:
parameter A: 3.40
parameter B: 3.60
parameter C: 4.50
parameter D: 5.50
parameter E: -0.40
parameter F: 20.00

PLP buried polar atoms:

parameter A: 3.40
parameter B: 3.60
parameter C: 4.50
parameter D: 5.50
parameter E: -0.10
parameter F: 20.00

PLP metal:
parameter A: 1.40
parameter B: 1.70
parameter C: 2.80
parameter D: 3.00
parameter E: -1.00
parameter F: 20.00

PLP acceptors coordinating metal:

parameter A: 2.60
parameter B: 2.80
parameter C: 4.50
parameter D: 5.50
parameter E: -0.40
parameter F: 20.00

PLP repulsive:
parameter weight: 1.00
parameter A: 3.20
parameter B: 5.00
parameter C: 0.10
parameter D: 20.00

Parameter settings for partial scoring function CHEM-HB:

parameter dgHBond: -3.00

parameter rZero: 1.85
parameter dr1: 0.25
parameter dr2: 0.65
parameter alphaZero: 180.00
parameter dAlpha1: 30.00
parameter dAlpha2: 80.00
parameter betaZero: 180.00
parameter dBeta1: 80.00
parameter dBeta2: 100.00
parameter enableCHO: 1
parameter dgHBondCHO: -3.00
parameter rZeroCHO: 2.35
parameter dr1CHO: 0.25
parameter dr2CHO: 0.65
parameter alphaZeroCHO: 180.00
parameter dAlpha1CHO: 50.00
parameter dAlpha2CHO: 100.00
parameter betaZeroCHO: 180.00
parameter dBeta1CHO: 80.00
parameter dBeta2CHO: 100.00
parameter dgMetal: -6.00
parameter chargedHBweight: 2.00
parameter chargedMetalWeight: 2.00
parameter waterWaterHBweight: 1.00
parameter waterProteinHBweight: 1.00
parameter waterLigandHBweight: 1.00
parameter noWaterLigandHBondPenalty: 0.00
parameter waterEnablePenalty: 8.00
parameter voidDonAccPenalty: 0.00

ID: 2 1
Parameter settings for intra-ligand scoring function CLASH2:

parameter distPolarPolar: 2.50

parameter distPolarPolar1-4: 2.50
parameter distNonpolarPolar: 2.75
parameter distNonpolarPolar1-4: 2.50
parameter distOther: 3.00
parameter distOther1-4: 2.75
parameter distHH: 2.00
parameter includeHH: 0
parameter score: 50.00

ID: 3 0
Parameter settings for intra-ligand scoring function TRIPOS TORSION:

parameter discretizationStepSize: 0.10

parameter includeHtors: 1

parameter atomOutsideBindingSitePenalty: 50.00