SCIENCE TECH: Jurnal Ilmu Pengetahuan dan Teknologi

Volume : 6, No. 2, Bulan Agustus, hal. 9-21

ISSN : 2460-6286 (Print)
ISSN : 2579-3624 (Online)
Jurnal : http://jurnal.ustjogja.ac.id/index.php/sciencetech

Eksplorasi Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon Oli dari Tanah Tercemar Hidrokarbon

dan Rhizosfer Tanaman

Exploration of Oli Hydrocarbon Degradation Bacteria from Hydrocarbon Contaminated Soil

and Plant Rhizosphere

*Indah Apriliya1, Nosa Tirtajaya Pradana2, Amanda Kusuma Dewi3

Fakultas Pertanian, Universitas Medan Area1

*indahapriliya93@gmail.com1
Fakultas Pertanian, Universitas Muhammadiyah Jakarta2
nosatp21@gmail.com2
Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor3
amanda_dewi93@yahoo.co.id3

Info Artikel Abstract

Soil contamination by hydrocarbons increase during
Naskah diterima: exploration, exploitation, transportation, processing and storage
21/4/2020 operation. This study was conducted to obtain the potential
isolates in degrading hydrocarbons which are expected to help
reduce hydrocarbon contamination in hydrocarbon
Naskah direvisi: contamination soils. Observation results found isolates I 10-4 Sp.
2/5/2020 14 of the Bamboo rhizosphere and D 10-5 Sp. 2 of soil polluted
hydrocarbons in the bus pool Pahala Kencana zone B with oil
content of 0.2 g/10 g soil and isolates of E 10-4 Sp. 17 of soil
Naskah disetujui: polluted hydrocarbons in the Forestry service zone A bus pool
17/7/2020 with oil content of 0.5 g/10 g soil after 4 weeks incubation. The
highest degradation efficiency indicated by the isolates of D 10-5
Sp. 2 amounted to 95.35%, followed by the I 10-4 Sp. 14 and E
10-4 Sp. 17 amounting to 94.12 and 87.18%. Thus bacteria D 10-
5 Sp. 2 and I 10-4 Sp. 14 are potentially in degrading the used
hydrocarbon oil based on the value of TPH with oil content of 0.2
g/10 g of soil and the efficiency of high hydrocarbon degradation.
Keywords: Bioremediation, Contamination, Degradation, TPH
Korespondensi Penulis:
indahapriliya93@gmail.com Abstrak
Pencemaran tanah oleh hidrokarbon minyak bumi semakin
meningkat akibat dari meningkatnya kegiatan eksplorasi,
eksploitasi, transportasi, pengolahan dan penyimpanan
hidrokarbon minyak bumi tersebut. Kajian ini dilakukan untuk
mendapatkan isolat yang berpotensi dalam mendegradasi

9
 Indah Apriliya, Nosa Tirtajaya, Amanda Kusuma, Eksplorasi Bakteri Pendegradasi …

hidrokarbon yang diharapkan dapat membantu mengurangi

cemaran hidrokarbon pada tanah-tanah tercemar hidrokarbon.
Hasil pengamatan ditemukan isolat I 10-4 Sp. 14 dari rhizosfer
bambu dan D 10-5 Sp. 2 dari tanah tercemar hidrokarbon di pool
bus Pahala Kencana Zona B dengan kandungan minyak sebesar
0.2 g/10 g tanah dan isolat E 10-4 Sp. 17 dari tanah tercemar
hidrokarbon di pool bus Dinas Kehutanan zona A dengan
kandungan minyak sebesar 0.5 g/10 g tanah setelah 4 minggu
inkubasi. Efisiensi degradasi tertinggi ditunjukkan oleh isolat D
10-5 Sp.2 sebesar 95.35%, diikuti oleh I 10-4 Sp.14 dan E 10-4
Sp.17 sebesar 94.12 dan 87.18 %. Dengan demikian bakteri D
10-5 Sp.2 dan I 10-4 Sp.14 berpotensi dalam mendegradasi
hidrokarbon oli bekas berdasarkan nilai TPH dengan kandungan
minyak sebesar 0.2 g/10 g tanah dan efisiensi degradasi
hidrokarbon yang tinggi.
Kata Kunci: Bioremediasi, Kontaminasi, Degradasi, TPH

Pendahuluan
Produk berbasis minyak bumi/petroleum/hidrokarbon adalah sumber energi utama untuk
kegiatan industri dan kehidupan sehari-hari. Pencemaran hidrokarbon merupakan salah satu
masalah lingkungan yang serius karena tidak hanya menyebabkan efek buruk pada lingkungan
dan ekosistem namun juga merusak kehidupan makhluk hidup (Nilanjana & Preethy, 2011).
Terlepasnya unsur hidrokarbon ke lingkungan dapat terjadi secara tidak sengaja melalui
berbagai aktivitas diantaranya kegiatan eksplorasi, eksploitasi, transportasi, pengolahan dan
penyimpanan hidrokarbon tersebut. Pencemaran tanah oleh minyak bumi menyebabkan tanah
kehilangan sifat yang berguna seperti kesuburan tanah, kapasitas mengikat air, permeabilitas,
agregat, dan kontaminasi terhadap air tanah (Chithra et al., 2014). Hidrokarbon merupakan
komponen polutan organik yang bersifat karsinogenik dan neurotoksik sehingga terakumulasi
dalam tubuh manusia dan menyebabkan penyakit paru-paru, jantung, ginjal bahkan kanker
(Mandri & Lin, 2007). Berbagai metode telah dikembangkan untuk mengatasi masalah
pencemaran hidrokarbon seperti metode fisik dan kimia tetapi kedua metode ini sangat mahal
dibandingkan dengan metode biologi, yaitu bioremediasi.
Bioremediasi merupakan proses dimana mikroorganisme dirangsang untuk cepat
menurunkan polutan organik berbahaya ke tingkat yang aman lingkungan di tanah, sedimen,
zat, bahan dan air tanah. Polutan hidrokarbon dapat didegradasi oleh mikroorganisme seperti
bakteri, fungi, yeast dan mikroalga dengan memanfaatkan hidrokarbon sebagai sumber karbon
dan energi. Berbagai spesies mikroorganisme telah dilaporkan dapat menurunkan atau
mendegradasi hidrokarbon seperti Pseudomonas, Vibrio, Corynebacterium, Arthrobacter,
Brevibacterium, Flavobacterium, Sporobolomyces, Achromobacter, Bacillus, Aeromonas,
Thiobacillus, Lactobacter, Staphylococcus, Penicillium dan Articulosporium (Agu et al.,
2015). Bacillus cereus, Micrococcus spp, Pseudomonas aeruginosa dan Escheria coli mampu
mendegradasi benzen, toulen dan xilen (Jayanthi & Hemashenpagam, 2015). Pseudomonas
sp. SA044 mampu mendegradasi 5 jenis hidrokarbon aromatik, yaitu fenantrena, naftalin,
bifenil, antrasena dan xilen (Mujahid et al., 2015). Percobaan ini bertujuan untuk menemukan
isolat yang berpotensi dalam mendegradasi hidrokarbon oli dari tanah tercemar hidrokarbon
dan rhizosfer tanaman. Dengan ditemukannya isolat yang berpotensi dalam mendegradasi

10
Science Tech: Jurnal Ilmu Pengetahuan dan Teknologi, Volume: 6, No. 2, Agustus 2020, hal. 9-21

hidrokarbon diharapkan dapat mengurangi cemaran hidrokarbon pada tanah-tanah tercemar

hidrokarbon.

Metode
Isolasi Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon
Isolasi bakteri pendegradasi Hidrokarbon dilakukan dengan menggunakan kombinasi dua
metode yang dimodifikasi yaitu: metode spread plate-enrichment culture dan metode
enrichment culture. Metode spread plate-enrichment culture dilakukan dengan megencerkan 10
g sampel tanah ke larutan fisiologis 90 mL (NaCl 0,85%), lalu dishaker hingga homogen
sehingga konsentrasi 10-1. Selanjutnya 1 mL dari konsentrasi 10-1 dimasukkan ke dalam 9 mL
larutan fisiologis, kemudian dihomogenkan dengan vortex sehingga didapatkan konsentrasi 10-
2
. Pengenceran dilakukan dengan cara yang sama hingga konsentrasi 10-6.
Media Nutrient Agar (NA) disiapkan dan disterilisasi dengan autoklaf pada tekanan 121
atm selama 20 menit kemudian dituang ke cawan petri. Sebanyak 1 mL dari pengenceran 10-4
hingga 10-6 disebar pada cawan petri secara aseptik di dalam Laminar Air Flow kemudian
dilabel dan diinkubasi pada suhu ruang (±28oC) selama 7 hari. Setelah isolat tumbuh pada cawan
petri, kemudian diseleksi ke media minimal cair yang mengandung 1% oli dan diinkubasi
selama 14 hari. Isolat yang tumbuh pada media minimal cair ditunjukkan dengan kekeruhan,
kemudian isolat dimurnikan hingga didapat single colony dan disimpan dalam agar miring
sebagai stock culture.
Metode enrichment culture untuk isolasi bakteri pendegradasi hidrokarbon dilakukan
dengan mengadaptasikan 1 mL suspensi tanah dari seri pengenceran 10-4, 10-5, dan 10-6 pada
media minimal cair yang diberi 1% oli. Kultur cair berisi isolat tersebut dikocok menggunakan
shaker dan diinkubasi pada suhu ruang (±28oC) selama 14 hari dengan aerasi yang cukup.
Adanya bakteri pendegradasi hidrokarbon diindikasikan dengan perubahan warna media dari
bening menjadi keruh. Setelah isolat tumbuh pada media minimal cair, kemudian diisolasi pada
media NA dan diinkubasi pada suhu ruang (±28oC) selama 7 hari. Bakteri yang tumbuh
selanjutnya dimurnikan hingga single colony dan disimpan dalam agar miring sebagai stock
culture.

Uji Hipersensitif Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon

Uji hipersensitif dilakukan untuk mengetahui isolat yang berpotensi patogen bagi
tanaman. Uji hipersensitif mikrob pendegradasi hidrokarbon menggunakan modifikasi metode
Thapa et al., (2012). Mikrob tersebut diperbanyak dalam media cair Nutrient Broth (NB)
kemudian menyuntikkan 1 mL suspensi mikrob ke permukaan bawah daun tanaman tembakau
(Nicotiana tabacum L.) menggunakan syringe steril (tanpa jarum) dan diamati selama 1 minggu.
Jika terjadi nekrosis pada titik suntikan, mikrob tersebut berpotensi patogen bagi tanaman.

Total Petroleum Hidrokarbon (TPH) dan Efisiensi Degradasi

Pengukuran TPH dilakukan dengan mencampur pencemar hidrokarbon 10 % ke 100 g
tanah yang telah kering udara dan diayak. Timbang nilai TPH awal, kemudian bakteri
pendegradasi hidrokarbon non-patogenik diinokulasikan pada tanah tercemar dan disediakan
sumber nitrogen berupa pupuk urea sebanyak 5 g/100 g tanah. Setelah 7 hari, pengukuran nilai
TPH dilakukan selama 4 minggu setelah inkubasi dengan cara botol berukuran 50 mL
dipanaskan didalam oven pada suhu 105ºC selama 1 jam, kemudian didinginkan di dalam
desikator dan ditimbang (A), kemudian 10 g tanah yang telah tercemar dimasukkan ke dalam
botol sentrifus dan ditambahkan N-hexana sebanyak 50 mL hingga sampel tanah tersebut
11
 Indah Apriliya, Nosa Tirtajaya, Amanda Kusuma, Eksplorasi Bakteri Pendegradasi …

terendam, kemudian divortex dan disentrifus selama 15 menit dengan kecepatan 900 rpm.
Supernatan hasil sentrifus disaring dan dimasukkan ke botol yang telah dioven (A). Botol yang
berisi supernatan dioven selama 1 jam pada suhu 105ºC. Setelah satu jam, botol yang berisi
residu ekstrak senyawa hidrokarbon hasil penguapan tersebut dimasukkan ke dalam desikator
dan ditimbang (B). Kemudian dihitung nilai TPH dan efisiensi degradasi dengan menggunakan
rumus berikut.
𝐵−𝐴
Rumus nilai TPH sebagai berikut : TPH = 𝐵𝑒𝑟𝑎𝑡 𝑠𝑎𝑚𝑝𝑒𝑙 × 100 %
𝑋−𝑌
Rumus efisiensi degradasi sebagai berikut : TPH = 𝑋 × 100%
dimana, X = TPH pada t=0
Y = TPH pada akhir proses bioremediasi (t=n)

Karakterisasi dan Identifikasi Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon

Pengamatan morfologi bakteri
Karakterisasi morfologi isolat mengacu pada metode Bergey’s Manual of Determinative
Bacteriology (Holt et al., 1994). Pengamatan morfologi single colony dari bakteri pendegradasi
hidrokarbon dilakukan dengan melihat ukuran, margin, bentuk, dan elevasi atau permukaan
bakteri pada media agar secara visual.

Uji Gram dan Bentuk Sel

Uji Gram dilakukan berdasarkan metode pewarnaan Gram (Lay, 1994). Setelah dilakukan
pewarnaan Gram, preparat diamati dengan mikroskop. Bakteri Gram positif tampak berwarna
biru keunguan sedangkan Gram negatif berwarna merah muda. Pada saat uji Gram ini, dilakukan
pengamatan bentuk sel dari masing-masing bakteri. Pada pewarnaan Gram diperlukan empat
jenis larutan yaitu zat warna basa (kristal violet), larutan iodium (lugol), alkohol dan safranin
(Mahal et al., 2014).

Uji Fermentasi Gula

Uji fermentasi gula oleh bakteri pendegradasi hidrokarbon dilakukan dengan mengambil
biakan murni dari NA miring menggunakan ose steril kemudian diinokulasi pada aquades steril
dan dihomogenkan dengan ose. Pada media NA semi-solid ditambahkan glukosa dan sukrosa
secara terpisah dengan 2 ulangan pada tabung yang telah diletakkan tabung durham. Selanjutnya
1 mL suspensi biakan diinokulasikan ke dalam tabung yang berisi media secara perlahan-lahan
dan diinkubasi pada suhu 37oC selama 24 jam. Fermentasi positif ditandai dengan adanya
gelembung pada tabung durham dan fermentasi negatif ditandai dengan tidak adanya gelembung
pada tabung durham baik untuk glukosa maupun sukrosa.

Uji Motilitas
Biakan bakteri diambil dengan aseptik menggunakan jarum ose, kemudian inokulasikan
secara vertikal pada media SIM (Sulfida Indol Motility) dan diinkubasi selama 24 jam. Motilitas
bakteri ditunjukan dengan adanya pertumbuhan pada permukaan medium dan menyebar dari
tusukan sedangkan non motil diindikasi dengan adanya pertumbuhan sepanjang tusukan.

Uji Kebutuhan Oksigen

Biakan bakteri diambil dengan aseptik menggunakan jarum ose, kemudian inokulasikan
ke dalam aquades steril di dalam tabung. Media NA semi-solid disterilisasi kemudian
diinokulasi 1 ml suspensi bakteri dan di inkubasi selama 24 jam. Pertumbuhan bakteri

12
Science Tech: Jurnal Ilmu Pengetahuan dan Teknologi, Volume: 6, No. 2, Agustus 2020, hal. 9-21

ditunjukan dengan adanya kekeruhan pada media di dalam tabung reaksi (pada permukaan
tabung, tengah media, dasar tabung maupun tersebar di dalam media).

Uji Katalase
Biakan bakteri pada cawan petri diteteskan hydrogen peroksida (H2O2) pada koloni bakteri
tersebut. Bila ada gelembung-gelembung udara pada media menunjukkan bahwa reaksi tersebut
positif dan bila tidak terdapat gelembung udara pada tabung reaksi maka reaksi tersebut negatif.
Reaksi positif menunjukkan bahwa biakan murni memiliki enzim katalase.

Hasil dan Pembahasan

Isolasi dan Seleksi Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon
Hasil pengamatan isolasi dan seleksi bakteri pendegradasi hidrokarbon dengan metode
spread plate-enrichment culture diperoleh sebanyak 11 isolat, sedangkan metode enrichment
culture plate diperoleh sebanyak 9 isolat dengan tingkat kekeruhan yang tinggi dibandingkan
dengan kontrol (Tabel 1.). Tingkat kekeruhan pada media minimal cair menunjukkan adanya
kemampuan bakteri dalam mendegradasi hidrokarbon. Evaluasi isolat dapat terlihat dengan
kemampuannya untuk tumbuh dalam medium minimal yang diberi hidrokarbon sebagai sumber
karbon tunggal (AlDisi et al 2016). Atlas et al., (2011) mengemukakan bahwa mikroorganisme
mampu mengkonsumsi hidrokarbon minyak bumi sebagai satu-satunya sumber karbon dan
energi untuk metabolisme, meskipun memungkinkan terjadi penghambatan pada
mikroorganisme karena bersifat toxic (Wenxiang et al., 2012).

Tabel 1. Isolasi dan Seleksi Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon

Metode
Jenis Tanah Kode Isolat
Pendekatan
A 10-4 Sp. 5
A-tanah tercemar oli di pool bus C 10-5 Sp. 28
IPB D 10-6 Sp. 11
Metode B- tanah tercemar oli di Terminal E 10-6 Sp. 34
spread plate- bubulak E 10-5 Sp. 24
enrichment C-tanah tercemar oli di pool bus F 10-5 Sp. 24
culture Pahala Kencana zona A G 10-4 Sp. 3
D-tanah tercemar oli di pool bus H 10-5 Sp. 5
Pahala Kencana zona B J 10-4 Sp. 5
E-tanah tercemar oli di pool bus I 10-4 Sp. 14
Dinas Kehutanan zona A A 10-6 Sp. 1
F-tanah tercemar oli di pool bus A 10-6 Sp. 2
Dinas Kehutanan zona B B 10-4 Sp. 1
Metode G-tanah sawah padi B 10-5 Sp. 1
enricment H-tanah rhizosfer jagung C 10-4 Sp. 1
culture I-tanah thizosfer bambu D 10-4 Sp. 2
J-tanah rhizosfer perkebunan D 10-5 Sp. 1
kelapa sawit IPB E 10-4 Sp. 1
E 10-5 Sp.1

13
 Indah Apriliya, Nosa Tirtajaya, Amanda Kusuma, Eksplorasi Bakteri Pendegradasi …

Uji Hipersensitif Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon

Hasil pengamatan hipersensitif pada daun tanaman tembakau menunjukkan sebagian
besar mikrob yang diisolasi berpotensi patogen bagi tanaman. Daun tanaman tembakau yang
tidak mengalami nekrosis menandakan mikrob yang diinokulasikan pada daun tembakau
memiliki pengaruh negatif terhadap tanaman artinya non-patogen bagi tanaman, tetapi apabila
terdapat nekrosis pada titik suntikan menandakan mikrob tersebut memiliki pengaruh positif
terhadap tanaman artinya berpotensi patogen bagi tanaman (Gambar 1). Hasil uji hipersensitif
pada daun tembakau disajikan pada Tabel 2.

Gambar 1. Uji Hipersensitif pada Daun Tembakau

Tabel 2. Hasil Uji Hipersensitif pada Daun Tembakau

Metode Pendekatan Kode Isolat Sifat Patogenitas
A 10-4 Sp. 5 -
C 10-5 Sp. 28 +
D 10-6 Sp. 11 -
E 10-6 Sp. 34 +
E 10-5 Sp. 24 +
Metode spread plate
F 10-5 Sp. 24 -
G 10-4 Sp. 3 +
H 10-5 Sp. 5 +
J 10-4 Sp. 5 +
I 10-4 Sp. 14 -
A 10-6 Sp. 1 +
A 10-6 Sp. 2 -
B 10-4 Sp. 1 +
B 10-5 Sp. 1 -
Metode enrichment
C 10-4 Sp. 1 -
culture
D 10-4 Sp. 2 -
D 10-5 Sp. 1 +
E 10-4 Sp. 1 +
E 10-5 Sp.1 -
Keterangan: - Non-patogen ; + Patogen

Berdasarkan hasil pengamatan pada Tabel 1. menunjukkan pada metode spread plate-
enrichment culture diperoleh 4 isolat yang non-patogen bagi tanaman, sedangkan metode
enrichment culture diperoleh 5 isolat yang non-patogen. Kemampuan mikrob dalam

14
Science Tech: Jurnal Ilmu Pengetahuan dan Teknologi, Volume: 6, No. 2, Agustus 2020, hal. 9-21

memproduksi enzim dan metabolit sekunder dengan jumlah dan karakteristik berbeda yang
kemungkinan menyebabkan mikrob berpotensi patogen bagi tanaman. Mekanisme patogenitas
ini terkait diduga adanya alelopati berupa interaksi antara makhluk hidup yang satu dengan
makhluk hidup lainnya melalui senyawa kimia (Rohman, 2001). Alelopati dari mikroorganisme
telah dilaporkan sejak tahun 1951, yaitu identifikasi senyawa griseofulvin dari Penicillium
griseofulvum yang menghambat pertumbuhan tanaman gandum. Beberapa Rhizobacteria juga
dilaporkan menyebabkan penghambatan perkecambahan benih, gangguan pertumbuhan akar
dan menjadi peka terhadap serangan patogen pada tanaman target (Rice, 1995).

Uji Total Petroleum Hidrokarbon (TPH) dan Efisiensi Degradasi Hidrokarbon

Hasil pengamatan menunjukkan bahwa penurunan nilai TPH tertinggi selama 4 minggu
ditunjukkan oleh kode isolat I 10-4 Sp. 14 dari metode spread culture- enrichment culture dan
D 10-5 Sp. 2 dari metode enrichment culture dengan kandungan minyak pada minggu ke-4
sebesar 0.2 g/10 g tanah. Selanjutnya diikuti dengan kode isolat E 10-4 Sp. 17 dari metode spread
culture-enrichment culture dengan kandungan minyak pada minggu ke-4 sebesar 0.5 g/10 g
tanah (Tabel 3.). Adanya penurunan nilai TPH disebabkan oleh aktivitas bakteri dalam
memecah rantai hidrokarbon menjadi senyawa karbon yang dimanfaatkan sebagai sumber
energi bagi bakteri. Menurut Manalu (2013), penurunan konsentrasi TPH ini juga disebabkan
karena pertumbuhan bakteri berada pada fase pertumbuhan puncak dimana bakteri
membutuhkan energi yang cukup besar, dimana energi ini didapatkan oleh bakteri dari senyawa
hidrokarbon.

Tabel 3. Hasil Pengukuran TPH Selama 4 Minggu

Metode Kode Inkubasi Minggu Ke- (g/10 g tanah)
Pendekatan Nomor Kode Isolat
Isolat 0 1 2 3 4
1 A 10-4 Sp. 5 3.5 2.5 1.4 1.1 0.6
Metode 2 D 10-6 Sp. 11 2.9 1.0 1.0 1.0 1.0
spread plate 3 E 10-4 Sp. 17 3.9 1.4 1.1 1.0 0.5
4 I 10-4 Sp. 14 3.4 1.9 1.8 1.2 0.2
5 A 10-6 Sp. 1 1.8 1.7 1.2 0.8 0.8
Metode 6 A 10-6 Sp. 2 2.9 2.3 1.5 1.3 0.8
enrichment 7 B 10-5 Sp. 1 3.3 2.3 1.8 1.4 1.1
culture 8 D 10-5 Sp. 2 4.3 2.3 1.4 1.0 0.2
9 E 10-4 Sp.1 4.3 4.1 2.0 1.5 0.9
Kontrol 3.8 3.4 3.2 2.6 2.0

Tabel 3. menunjukkan bahwa isolat D 10-6 Sp. 11 dan B 10-5 Sp. 1 dari masing-masing
metode belum memenuhi syarat sebagai agen bioremediasi. Menurut Keputusan Menteri
Lingkungan Hidup Nomor 128/2003, proses bioremediasi merupakan teknologi alternatif untuk
meminimalisasi dan memulihkan lahan tercemar dengan melibatkan aktivitas mikroorganisme
hingga persyaratan konsentrasi akhir limbah minyak bumi berupa Total Petroleum
Hydrocarbone (TPH) kurang dari 1% (Kurniawan et al 2014). Kemampuan bakteri dalam
menurunkan TPH dapat dilihat melalui nilai efisiensi degradasi yang ditunjukkan oleh Gambar
2.

15
 Indah Apriliya, Nosa Tirtajaya, Amanda Kusuma, Eksplorasi Bakteri Pendegradasi …

120,00
Efisiensi Degradasi (%) 100,00 87,18
94,12 95,35
82,86 79,07
80,00 72,41 66,67
65,52
55,56
60,00 47,37
40,00
20,00
0,00
1 2 3 4 5 6 7 8 9 Kontrol
Kode Nomer Isolat
Gambar 2. Nilai Efisiensi Degradasi Hidrokarbon
Efisiensi degradasi tertinggi pada Gambar 2. ditunjukkan isolat D 10-5 Sp.2 dengan nilai
efisiensi degradasi sebesar 95.35%, diikuti oleh I 10-4 Sp.14 dan E 10-4 Sp.17 sebesar 94.12 dan
87.18 %. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri yang diinokulasikan pada tanah tercemar
membantu mempercepat degradasi hidrokarbon jika dibandingkan dengan kontrol yang hanya
berisi mikrob indigenous dan memiliki efisiensi degradasi sebesar 47.37%. Terdapat beberapa
faktor yang mempengaruhi efisiensi mikrob dalam menurunkan senyawa hidrokarbon
diantaranya: jenis mikroorganisme, nutrisi, pH, suhu, kelembaban, oksigen, tanah, sifat, dan
konsentrasi kontaminan. Salah satu faktor penting dari biodegradasi adalah kuantitas bakteri
dengan aktivitas katabolik di tanah tercemar (Moond et al., 2015). Berdasarkan kemampuan
mendegradasi hidrokarbon, maka ketiga isolat tersebut menjadi isolat terpilih untuk
dikarakterisasi dan diidentifikasi morfologi, Gram, bentuk sel dan biokimia.

Karakterisasi dan Identifikasi Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon Pengamatan Sifat

Morfologi Bakteri
Pengamatan morfologi bakteri dilakukan dengan mengamati koloni bakteri yang meliputi
bentuk koloni, ukuran, margin, elevasi, pertumbuhan pada media miring dan tegak seperti
ditunjukkan pada Tabel 4 berikut :

Tabel 4. Morfologi Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon

Koloni pada Pertumbuhan
Kode Isolat Bentuk Ukuran Margin Elevasi
Media Miring Media Agar Tegak
D 10-5 Sp. 2 circular sedang Lobate raised Echinulate Papiliate
I 10-4 Sp.14 circular Kecil Entire raised Echinulate Echinulate
E 10-4 Sp. 17 circular Kecil Undulate raised Echinulate Echinulate

Pengamatan morfologi bakeri pendegradasi hidrokarbon menunjukkan bentuk circular,

elevasi raised, ukuran dari kecil hingga sedang, marginnya juga bervariasi, pada media miring
berbentuk echinuate, sedangkan media agar tegak berbentuk echimulate dan papiliate.
Pengamatan mikroskopis morfologi koloni mikrob pendegradasi hidrokarbon yang dilakukan
Panda et al., (2013) mengungkapkan bahwa koloni mikroba kecil dalam ukuran, bulat, cembung,
biasa dalam bentuk dan berwarna krem.

16
Science Tech: Jurnal Ilmu Pengetahuan dan Teknologi, Volume: 6, No. 2, Agustus 2020, hal. 9-21

Uji Gram dan Bentuk Sel Bakteri

Hasil pewarnaan Gram dan pengamatan bentuk sel bakteri pendegradasi hidrokarbon
menunjukkan bentuk dan warna bervariasi yang ditunjukkan oleh Tabel 5.

Tabel 5. Pewarnaan Gram dan Bentuk Sel Bakteri

Isolat Gram Bentuk Gambar

D 10-5 Sp. 2 Negatif Basil

I 10-4 Sp.14 Negatif Coccus

E 10-4 Sp. 17 Positif Coccus

Hasil pewarnaan Gram dan bentuk sel pada Tabel 5. menunjukkan bahwa ketiga isolat
memiliki bentuk dan warna yang sangat bervariasi yaitu isolat E 10-4 Sp. 17 merupakan bakteri
Gram positif berbentuk coccus, isolat I 10-4 Sp.14 merupakan Gram negatif berbentuk coccus,
dan D 10-5 Sp. 2 merupakan bakteri Gram negatif berbentuk basil. Jimenez et al., (2011)
menyatakan bahwa umumnya bakteri pendegradasi hidrokarbon minyak bumi termasuk dalam
bakteri Gram negatif dan berbentuk coccus. Namun bakteri gram positif lebih berpotensi
mendominasi di daerah terkontaminasi minyak. Bakteri gram positif memiliki dinding sel lebih
kuat dari bakteri gram negatif dan memungkinkan untuk berkembang dalam lingkungan
sedimen intertidal sangat bervariasi. Endospora tahan terhadap kondisi seperti panas,
pengeringan, radiasi, oksidan dan protease dan memungkinkan bakteri untuk bertahan dan
menjadi mana-mana di lingkungan tanpa kehilangan kapasitas perkecambahan dan
perkembangan (Bhasheer et al., 2014).

Pengujian Fermentasi Gula (Glukosa dan Sukrosa)

Pengamatan fermentasi gula dengan menggunakan sukrosa dan glukosa disajikan pada
Tabel 6. Pengujian fermentasi gula dilakukan untuk mengetahui substrat yang mampu
difermentasikan oleh bakteri baik secara aerob atau anaerob sebagai sumber karbon dan energi
bagi pertumbuhan dan perkembangan bakteri tersebut.

17
 Indah Apriliya, Nosa Tirtajaya, Amanda Kusuma, Eksplorasi Bakteri Pendegradasi …

Tabel 6. Pengujian Fermentasi Gula

Pengujian Fermentasi
Kode Isolat
Sukrosa Glukosa
E 10-4 Sp. 17 - -
I 10-4 Sp.14 - -
D 10-5 Sp. 2 - -
Keterangan: (-) = Negative, (+) = Positif

Hasil pengamatan fermentasi glukosa dan sukrosa menunjukkan nilai negatif dari ketiga
isolat yang ditandai dengan tidak terbentuknya gelembung. Ketiga isolat tersebut tidak
menggunakan sukrosa dan glukosa sebagai sumber karbon dan energi. Tidak berlangsungnya
fermentasi karbohidrat tidak berarti mikrob tidak tumbuh karena mikrob dapat menggunakan
mikrob lain dalam media sebagai sumber karbon dan energi. Menurut Cappuccino et al., (1992)
mikrob dapat menggunakan berbagai karbohidrat tergantung sistem enzim yang dimiliki.
Mikrob dapat memfermentasi gula seperti glukosa dan sukrosa atau hidrokarbon sebagai sumber
karbon secara anaerob atau aerob untuk memperoleh energi.
Masalah yang terkait dengan fermentasi hidrokarbon oleh mikrob adalah sulitnya
menyediakan hidrokarbon yang cukup untuk mikrob. Sebagai organisme hidup di fase air,
dimana hidrokarbon yang tidak larut, penggunaan hidrokarbon terbatas ke antarmuka
hidrokarbon-air (Hitzman, 1965). Oleh karena itu dibutuhkan suatu sistem cometabolisme
dengan menggunakan sumber gula sederhana sebagai sumber karbon primer dan hidrokarbon
sebagai sumber karbon sekunder.

Uji Kebutuhan Oksigen

Hasil pengamatan kebutuhan oksigen pada Tabel 7. menunjukkan bahwa ketiga isolat
bersifat aerob, yang membutuhkan oksigen untuk bertumbuh dan berkembang di lingkungan
baik di tanah, air, maupun jaringan tanaman. Hal tersebut ditunjukkan dari pertumbuhan bakteri
pada tabung uji yang dominan tumbuh di permukaan medium. Bakteri melakukan pergerakan
ke atas permukaan media untuk memperoleh oksigen.

Tabel 7. Hasil Uji Kebutuhan Oksigen

Isolat E 10-4 Sp. 17 I 10-4 Sp.14 D 10-5 Sp. 2
Kebutuhan Oksigen + + +
Keterangan: (+) Butuh oksigen

Uji Motilitas Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon

Hasil pengamatan motilitas pada Tabel 8 menunjukkan isolat E 10-4 Sp. 17 dan D 10-5
Sp. 2 bersifat motil sedangkan isolat I 10-4 Sp.14 bersifat tidak motil. Sifat motilitas yang
dimiliki oleh bakteri ditunjukkan dengan penyebaran koloni bakteri tidak hanya pada daerah
tusukan media.

Table 10. Hasil Uji Motilitas

Isolat E 10-4 Sp. 17 I 10-4 Sp.14 D 10-5 Sp. 2
Motilitas Motil Tidak Motil Motil

18
Science Tech: Jurnal Ilmu Pengetahuan dan Teknologi, Volume: 6, No. 2, Agustus 2020, hal. 9-21

Uji Katalase Bakteri Pendegradasi Hidrokarbon

Hasil pengamatan uji katalase menunjukkan ketiga bakteri positif memiliki enzim
katalase. Hal ini menunjukkan bahwa ketiga isolat tersebut merupakan bakteri aerob yang
memerlukan enzim katalase untuk menguraikan H2O2 menjadi oksigen dan air karena bersifat
toxic bagi mikrob aerob, sedangkan mikrob anaerob tidak memiliki enzim katalase. Isolat E 10-
4
Sp. 17 menghasilkan enzim katalase lebih banyak, ditandai dengan terbentuknya gelembung
lebih banyak dibandingkan isolat I 10-4 Sp.14 dan D 10-5 Sp. 2.

Tabel 9. Hasli Uji Katalase

Isolat E 10-4 Sp. 17 I 10-4 Sp.14 D 10-5 Sp. 2
Motilitas ++ + +
Keterangan: + Gelembung sedikit; ++ Gelembung banyak

Kesimpulan
Hasil isolasi dan seleksi bakteri pendegradasi hidrokarbon dengan metode spread plate
diperoleh 11 isolat dan 9 isolat dengan metode enrichment culture dari tanah tercemar dan
rhizosfer tanaman. Hasil pengujian hipersensitif pada daun tanaman tembakau diperoleh 4 isolat
non-patogen dari metode spread plate dan 5 isolat non-patogen dari metode enrichment culture.
Penurunan nilai TPH tertinggi selama 4 minggu ditunjukkan oleh yaitu isolat I 10-4 Sp. 14 dari
rhizosfer bambu dan D 10-5 Sp. 2 dari tanah tercemar hidrokarbon di pool bus Pahala Kencana
Zona B dengan kandungan minyak sebesar 0.2 g/10 g tanah kemudian diikuti isolat E 10-4 Sp.
17 dari tanah tercemar hidrokarbon di pool bus Dinas Kehutanan zona A dengan kandungan
minyak sebesar 0.5 g/10 g tanah. Efisiensi degradasi tertinggi ditunjukkan oleh isolat D 10-5
Sp.2 sebesar 95.35%, diikuti oleh I 10-4 Sp.14 dan E 10-4 Sp.17 sebesar 94.12 dan 87.18 %.
Ketiga isolat terpilih memiliki karakteristik berwarna putih, berbentuk Circular, berukuran kecil
dengan elevasi raised, bentuk koloni pada media miring dan pertumbuhan pada media agar tegak
enchinulate, memiliki margin dan motilitas yang bervariasi. Ketiga isolat bersifat aerob, Gram
positif dan negatif dengan bentuk sel coccus dan basil, tidak memfermentasikan glukosa dan
sukrosa, dan memiliki enzim katalase. Dengan demikian bakteri D 10-5 Sp.2 dan I 10-4 Sp.14
berpotensi dalam mendegradasi hidrokarbon oli berdasarkan nilai TPH dengan kandungan
minyak sebesar 0.2 g/10 g tanah dan efisiensi degradasi hidrokarbon yang tinggi.

Daftar Pustaka

Agu, K.C., Edet, B.E., Ada, I.C., Sunday, A.N., Chidi, O.B., Gladys, A.C., Uche, E.C., Uchenna,
O.M., & Chinedu, O.A. (2015). Isolation and Characterization of Microorganisms from
Oil Polluted Soil in Kwata, Awka South, Nigeria. American J Current Microbiol. 3(1):
114.

AlDisi, Z., Jaoua, S., Al-Thani, D., AlMeer, S., & Zouari, N. (2016). Isolation, Screening and
Activity of Hydrocarbon-Degrading Bacteria from Harsh Soils. World Congress on Civil,
Structural, and Environmental Engineering (CSEE’16); 2016 March 30-31; Prague (CZ):
AWSPT 104.

19
 Indah Apriliya, Nosa Tirtajaya, Amanda Kusuma, Eksplorasi Bakteri Pendegradasi …

Alrumman, S.A., Standing, D.B., & Paton, G.I. (2015). Effects of Hydrocarbon Contamination
on Soil Microbial Community and Enzyme Activity. J King Saud University Sci. 27: 31–
41.

Atlas, R., & Hazen, T. (2011). Oil Biodegradation and Bioremediation: A Tale of the Two Worst
Spills in US History. Env Sci Technol. 45: 6709 - 6715.

Bhasheer, S.K., Umavathi, S., Banupriya, D., Thangavel, M., & Thangam, Y. (2014). Diversity
of Diesel Degrading Bacteria from A Hydrocarbon Contaminated Soil. Int J Curr
Microbiol App Sci. 3(11): 363-369.

Cappucino, J.G., & Sherman, N. (1992). Microbiology: A library Manual. Ed ke-5. Fox D,
editor. Canada (US): Wesley Longman Inc.

Chithra, S., & Hema, S.N. (2014). Isolation and Identification of Oil Degrading Bacteria From
Oil Contaminated Soil and Comparison of Their Bioremediation Potential. GJRA. 3(8):
181-184.

Hitzman, D.O. (1965). 3,212,993 Hydrocarbon Fermentation Process. United States Patent
Office, Patented Oct.19, 1965.

Holt, J.G., Krieg, N.R., Sneath, P.H.A., Staley, J.T., & Williams, S.T. (1994). Bergey’s Manual
of Determinative Bacteriology. 9th ed. Williams and Wilkins. Baltimore, USA. 787 p.

Jayanthi, R., & Hemashenpagan, N. (2015). Isolation And Identification of Petroleum

Hydrocarbon Degrading Bacteria from Oil Contaminated Soil Samples. International
Journal of Novel Trends in Pharmaceutical Sciences Volume 5, 102-106.

Jimenez, D.J., Montana, J.S., & Martinez, M.M. (2011). Characterization of Free Nitrogen
Fixing Bacteria of The Genus Azotobacter in Organic Vegetable E-grown Colombian
Soils. Brazilian J Microbiol. 42: 846-858.

Kurniawan, A., & Effendi, A.J. (2014). Biodegradasi Residu Total Petroleum Hidrokarbon di
Bawah Konsentrasi 1% (W/W) Hasil Proses Bioremediasi. J. Manusia dan Lingkungan.
21(3): 286-294.

Lay, W., & Bibiana. (1994). Analisis Mikroba di Laboratorium. PT. Raja Grafindo Persada.
Jakarta.

Mahal, R., Schicklberger, M., & Chakraborty, R. (2014). Isolation and Classification of
Nitrogen Fixing and Phosphate Solubilizing Bacteria. California (US): TTE REU
Program, Berkeley Laboratory.

Manalu, R.T. (2013). Aplikasi Bakteri Lokal Indonesia dalam Bioremediasi Tanah
Terkontaminasi Minyak Berat, Minyak Ringan, dan Limbah Oli Bekas [tesis]. Bogor (ID):
Institut Pertanian Bogor.

20
Science Tech: Jurnal Ilmu Pengetahuan dan Teknologi, Volume: 6, No. 2, Agustus 2020, hal. 9-21

Mandri, & Lin, J. (2007). Isolation and Characterization of Engine Oil Degrading Indigenous
Microrganisms in Kwazulu-Natal, South Africa. African Journal of Biotechnology, 2007,
6(1), 023-027.

Moond, M., & Lowry, M. (2015). A Strategy to Improve Efficiency of Hydrocarbon Degrading
Microbial Flora Through Biostimulation Approach. Int J Curr Microbiol App Sci. 4(6):
111-117.

Nilanjana, D. & Preethy, C. (2011). Microbial Degradation of Petroleum Hydrocarbon

Contaminants: An Overview. Biotechnology Research International, 1-13.

Panda, S.K., Kar, R.N., & Panda, C. R. (2013). Isolation and Identification of Petroleum
Hydrocarbon Degrading Microorganisms from Oil Contaminated Environment. Int J Env
Sci. 3(5): 1314-1321.

Rice, E.L. (1995). Biological Control of Weeds and Plant Diseases: Advances in Applied
Allelopathy. Univ. of Oklahoma Press, Norman.

Ratnaningsih et al., (2020). Isolasi Bakteri Pendegradasi Pestisida dan Herbisida. SCIENCE
TECH: Jurnal Ilmu Pengetahuan dan Teknologi. 6(1): 17-25.

Rohman, F. (2001). Petunjuk Praktikum Ekologi Tumbuhan. Malang: Universitas Negeri

Malang.

Talat, Y. M., Wahab, A., Padhiar, S.H., Subhan, S.A., Baloch, M. N., & Pirzada, Z.A. (2015).
Isolation and Characterization of Hydrocarbon Degrading Bacteria from Petrol
Contaminated Soil. Journal of Basic & Applied Sciences: 11: 223-231.

Thapa, B., Kumar, K.C., & Ghimire, A. (2012). A Review on Bioremediation of Petroleum
Hydrocarbon Contaminants in Soil. Kathmandu University J Sci, Eng Tech. 8(I): 164-170.

Wenxiang, X., Jincheng, L., Song, Z., Zhou, J. (2012). Optimization of Diesel Oil
Biodegradation in Seawater Using Statistical Experimental Methodology. Water Sci
Technol. 6: 6668.

21