南方医科大学实验报告

姓 名 梁云涛

学 号 3207020047

专业年级 生物技术 20 级

基础学院生物信息学教研室
 题 目 基因组测序技术和基因识别

日 期 2021.10.14

实验者 梁云涛

一、实验目的
1，掌握序列拼接软件 contigexpress 的应用，了解其原理。
2，初步掌握基因识别软件 GENSCAN 的使用。
3，掌握 PolyA 搜寻工具 POLYAH 的使用。
4，掌握 CpG 岛搜寻工具 Cpgplot 的使用。

二、实验器材

联网计算机

三、方法与步骤
1、将以下序列：
CATCAACTACAACTCCAAAGACACCCTTACACATCAACAAACCTACCCAC
（存于 test1.txt 中）复制 3 份，每条序列截为 3 段，构建 9 条 FASTA 格式的序列并
保存于另一 txt 文件中，截断时须尽可能将截断点之间相互错开（最好相隔 5 个字
符以上）。用软件 contigexpress 对这 9 条序列进行拼接，对比拼接结果是否与原
序列相同，要求截取结果页面图。
2、使用基因识别软件 GENSCAN 对序列 seq5 进行分析，记录第三个外显子的 type、s、
begin、end、len 值。
3、使用 PolyA 搜寻工具对序列 seq5 进行分析，记录所有发现的 PolyA 的位置及权重。
4、使用 CpG 岛搜寻工具 Cpgplot 对序列 AF192558.2 进行分析，记录所有发现的 CpG
岛的起始、结束点及长度。

四、结果与讨论

1、将以下序列：
CATCAACTACAACTCCAAAGACACCCTTACACATCAACAAACCTACCCAC
对比拼接结果如下图所示，与原序列相同。
 2、使用基因识别软件 GENSCAN 对序列 seq5 进行分析，记录第三个外显子的 type、
s、begin、end、len 值。

type：Intr
s： +
begin：7315
end： 7964
len 值：650

3、使用 PolyA 搜寻工具对序列 seq5 进行分析，记录所有发现的 PolyA 的位置及权重。

位置：9700 9721
权重：4.75 5.38

4、使用 CpG 岛搜寻工具 Cpgplot 对序列 AF192558.2 进行分析，记录所有发现的 CpG

岛的起始、结束点及长度。
起始点：48
结束点：432
长度：385