‫الحصة التعلمية ‪ : 1‬العالقة بين بنية و وظيفة البروتين‬

‫‪ .1‬مستويات البنية الفراغية للبروتينات‪:‬‬

‫نظرا لتعقيد البنية الفراغية للربوتينات قسمها العلماء لتسهيل دراستها إىل أربع مستويات متدرجة من حيث درجة التعقيد ‪:‬بنية أولية‪ ،‬بنية ثانوية‪ ،‬بنية ثالثية‪ ،‬بنية رابعية‪.‬‬
‫ا‪.‬البنية األولية ‪:‬‬
‫وهي تتابع ألمحاض أمينية مرتبطة بروابط ببتيدية لتكوين سلسلة ببتيدية ‪) .‬الوثيقة ‪(1‬‬

‫الوثيقة ‪1‬‬

‫ب‪.‬البنية الثانوية ‪:‬‬

‫وهي )التفاف) إنطواء السلسلة الببتيدية ذات البنية األولية لتكوين بنيات ثانوية يف مناطق حمددة من السلسلة الببتيدية ‪ .‬ومييز يف البنية الثانوية نوعني من األشكال ‪:‬‬
‫‪ ‬البنية الحلزونية ‪ : α‬وهي إنطواء السلسلة الببتيدية يف مناطق حمددة لتأخذ الشكل احللزوين ‪.‬‬
‫‪ ‬البنية الثانوية ‪ : β‬وهي إنطواء السلسلة الببتيدية يف مناطق حمددة لتأخذ شكل الوريقات املطوية ‪.‬‬
‫حتافظ البنيات الثانوية على متاسكها بواسطة روابط هيدروجينية بني جمموعات ‪ CO‬و ‪ NH‬للروابط الببتيدية ‪.‬‬
‫باإلضافة اىل البنيات الثانوية ‪ α‬و ‪ β‬يالحظ يف السلسلة الببتيدية وجود مناطق بينية ليس هلا أشكال فراغية حمددة هي اليت تسمح للسلسلة الببتيدية بأن تأخذ البنية الثالثية ‪.‬‬
‫)الوثيقة ‪(2‬‬

‫الوثيقة ‪2‬‬

‫ج‪.‬البنية الثالثية ‪:‬‬

‫وهي إنطواء السلسلة الببتيدية احملتوية على عدد من البنيات الثانوية واملناطق البينية ‪ .‬حيدث اإلنطواء يف مستوى املناطق البينية لذلك يطلق عليها إسم مناطق اإلنعطاف ‪ .‬متثل‬
‫هذه املناطق مفاصل تسمح للسلسلة الببتيدية باإلنطواء لتأخذ بنية ثاليثية حمددة ‪ .‬قد حتتوي البنية الثالثية على بنيات ثانوية حلزونية فقط أو وريقات مطوية ‪ β‬فقط أو خليط‬
‫من بنيات ‪ α‬و ‪ β‬بنسب وتوزيع خمتلف من بروتني آلخر‪).‬الوثيقة ‪(3‬‬
‫تحافظ البنية الثالثية على إستقرارها بوجود أربع أنواع من الروابط هي ‪:‬‬
‫‪.1‬الروابط الهيدروجينية بني الوظائف الكيميائية للجذور ‪. R‬‬
‫‪.2‬الروابط الملحية ( الشاردية ) بني اجملموعات الكيميائية السالبة واملوجبة يف اجلذور ‪. R‬‬
‫‪.3‬تداخل ( تجاذب ) الجذور الكارهة للماء ‪.‬‬
‫‪.4‬الجسور الكبريتية الناجتة بني جذرين حلمضني من نوع ‪. Cys‬‬
 ‫الوثيقة ‪3‬‬

‫د‪.‬البنية الرابعية ‪:‬‬

‫وهي جتمع لسلسلتني ببتيديتني أو أكثر لكل منهما بنية ثالثية ‪ .‬وتسمى كل سلسلة ببتيدية ضمن البنية الرابعية بتحت الوحدة ‪ .‬تتماسك حتت الوحدات فيما بينها بروابط‬
‫ضعيفة عادة مثل الروابط اهليدروجينية والكارهة للماء والشاردية ‪ .‬تتواجد هذه البنية يف قسم من الربوتينات مثل الهيموغلوبين (‪4‬حتت وحدات ) سلسلتان من نوع ‪α‬‬
‫وسلسلتان من نوع ‪ ، β‬والبروتين اإلنزيمي تريوز فوسفات إيزوميراز (‪ ) TPI‬الذي يتكون من سلسلتني ببتيديتني ( حتت وحدتني ) ‪ ).‬الوثيقة ‪(4‬‬

‫الوثيقة ‪4‬‬

‫المطلوب‪:‬‬
‫‪ .1‬استخرج مستويات بنية الربوتينات و خصائص كل مستوى‪.‬‬
‫‪ .2‬حدد البنية اليت تسمح للربوتني بآداء وظيفته‪.‬‬
 ‫‪ .2‬مقارنة بين البنيات الفراغية لبعض البروتينات الوظيفية باستعمال برنامج محاكاة راستوب ‪: Rastop‬‬
‫إن إستعمال الكمبيوتر يف متثيل البنية الفراغية للربوتينات يسمح لنا بتغيري طريقة التمثيل ( النموذج) وباستعمال منوذجني يف آن واحد بسهولة مما ميكننا من مالحظة الفائدة من‬
‫إستعمال كل منها ‪ .‬كما يسمح لنا باجراء دراس ة مفصلة لبنية الربوتني وحتديد مواقع األمحاض األمينية داخل البنية الفراغية وربط العالقة بني موقع احلمض األميين والبنية‬
‫الفراغية ‪ .‬كما تسمح بتحديد املوقع الفعال وطريق إرتباط الربوتني أو اإلنزمي مبادة التفاعل ‪ .‬الوثيقة ‪ 5‬تبني بنيات ثانوية ‪ α‬و ‪ β‬ومناطق إنعطاف باستعمال برنامج راستوب‬
‫أو راسمول ‪.‬‬

‫الوثيقة ‪5‬‬

‫باستعمال برنامج راستوب قمنا بتمثيل البنية الفراغية ألربعة أنواع من الربوتينات يف شكل صورة ثابتة موضحة يف الوثيقة ‪.6‬‬

‫الوثيقة ‪6‬‬

‫المطلوب‪:‬‬
‫‪ .1‬ما هي فوائد استعمال برنامج راستوب يف دراسة بنية الربوتينات استنادا ملعطيات الوثيقة ‪5‬؟‬
‫‪ .2‬من خالل التحليل المقارن لبنية الربوتينات األربعة املوضحة يف الوثيقة ‪ 6‬إستخرج أوجه التشابه واإلختالف يف بنيتها ؟‬
 ‫‪ .3‬األحماض األمينية ‪:‬‬
‫ا‪ .‬تصنيف األحماض األمينية‪:‬‬
‫لتحقق من الفرضية السابقة حنتاج إىل معرفة مميزات وخصائص األمحاض األمينية اليت قد تسمح هلا بتحديد البنية الفراغية للربوتني ‪ .‬األمحاض األمينية هي مركبات عضوية‬
‫صيغتها العامة موضحة يف الوثيقة ‪.7‬‬

‫الوثيقة ‪7‬‬

‫كما بينت التحاليل الكيميائية اخلاصة بنوع األمحاض األمينية املكونة للربوتينات وجود ‪ 20‬نوعا من األمحاض األمينية موضحة يف الوثيقة ‪: 8‬‬

‫الوثيقة ‪8‬‬

‫المطلوب‪:‬‬
‫‪ .1‬قدم تعريفا للحمض االميين من خالل صيغته الكيميائية العامة (الوثيقة ‪.)7‬‬
‫‪ .2‬اعتمادا على اجلزء املتغري صنف األمحاض األمنية العشرين (الوثيقة ‪. )8‬‬
 ‫ب‪ .‬سلوك األحماض األمينية في الوسط‪:‬‬
‫لغرض حتديد شحنة احلمض األميين أالنين ‪ Ala‬مت وضع قطرة من حملول احلمض األميين يف منتصف شريط ورق الرتشيح يف جهاز الهجرة الكهربائية عند ‪ . 2=pH‬مث‬
‫عند ‪ 12=pH‬مث عند ‪6=pH‬‬
‫نتائج التجربة موضحة يف الوثيقة ‪: 9‬‬

‫الوثيقة ‪9‬‬

‫المطلوب‪:‬‬
‫‪ .1‬فسر نتائج اهلجرة الكهربائية للحمض األميين ‪ Ala‬؟ ماذا تستنتج ؟‬
‫‪ .2‬استخرج قاعدة تسمح بتحديد شحنة احلمض األميين مبقارنة قبمة ‪ pH‬الوسط مع نقطة التعادل الكهربائي ) ‪ ( pHi‬؟ماذا تستنتج؟‬

‫ج‪ .‬تشكل الرابطة الببتيدية ‪:‬‬

‫متثل الوثيقة ‪ 10‬سلسلة ببتيدية مكونة من إحتاد ‪ 3‬أمحاض أمينية مرتبطة بروابط ببتيدية ( ثالثي الببتيد )‪.‬‬

‫الوثيقة ‪10‬‬

‫المطلوب‪:‬‬
‫‪ .1‬استخرج كيفية تشكيل الرابطة البيتيدية بني محضني أمينيني‪.‬‬
‫‪ .2‬شكل رباعي البيبتيد انطالقا من ثالثي البيبتيد‪.‬‬
‫‪ .3‬ما هو عدد الوظائف األمينية والكربوكسيلية احلرة يف ثالثي ورباعي الببتيد ؟و هل يتأثر عدد هذه الوظائف بطول السلسلة ؟‬
 ‫‪ .4‬العالقة بين البنية ثالثية األبعاد و وظيفة البروتين ‪( :‬تجربة العالم ‪)Anfinsen‬‬
‫‪ ‬تجربة ‪ : Anfinsen‬لدراسة هذه العالقة قام العامل ‪ Anfinsen‬بإجراء جتربة على إنزيم ريبونيوكلياز باستعمال مادتني ‪ -β‬مركبتوإيثانول ( تعمل على تحليل‬
‫الجسور الكبريتية ) و اليوريا ( تعمل على إعاقة اإلنطواء الطبيعي للبروتين ) ‪ ،‬مراحل التجربة موضحة يف الجدول و يف الوثيقة ‪: 11‬‬
‫النتيجة‬ ‫المعاملة‬ ‫المرحلة‬
‫فقدان البنية الفراغية (ختريب)‪ :‬إنزمي غري فعال‬ ‫ريبونيوكلياز‪ +‬مركب ‪ -β‬مركبتوإيثانول ‪ +‬اليوريا‬ ‫األولى‬

‫إستعادة البنية الفراغية الطبيعية ‪ :‬إنزمي فعال‬ ‫إزالة اليوريا ومركب ‪ -β‬مركبتوإيثانول‬ ‫الثانية‬

‫بنية فراغية غري طبيعية ( تشكل اجلسور يف غري األماكن الصحيحة) ‪:‬‬ ‫ريبونيوكلياز خمرب ‪ +‬اليوريا‬ ‫الثالثة‬
‫إنزمي غري فعال‬

‫ميكن تلخيص مراحل التجربة ونتائجها يف الرسومات التخطيطية املوالية ‪:‬‬

‫الوثيقة ‪11‬‬

‫المطلوب‪:‬‬
‫‪.1‬صف بنية إنزمي الريبونيوكلياز‪.‬‬
‫‪.2‬فسر هذه النتائج التجريبية‪.‬‬
‫‪.3‬من خالل نتائج التجربة استنتج دور تتابع ونوع األمحاض األمينية يف حتديد البنية الفراغية ووظيفة الربوتني ‪،‬علل إجابتك ‪.‬‬