BADAN KEBIJAKAN PEMBANGUNAN KESEHATAN ® Pe cron KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA Telepon : (021) 4261088 Faksimile : (021) 4243933, Laman : sesban@litbang.kemkes.go.id; Elektronik: https://mwewitbang.kemkes.go.id GERMAS Yth 41. Gubernur; 2. BupatiWalikota; 3, Kepala Dinas Kesehatan Provinsi; 4. Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota; 5. Direktur Rumah Sakit Vertikal Kementerian Kesehatan; 6. Kepala Laboratorium Kesehatan Daerah; 7. Kepala Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKL-PP); ‘Seluruh Indonesia SURAT EDARAN NOMOR SR.01.06//592/2022 TENTANG PENGUATAN DETEKS! KASUS VARIAN VIRUS SARS-CoV-2 DARI COVID-19 Menindaklanjuti Surat EdaranMenteri_- Kesehatan Nomor HK.02,01/Menkes/18/2022 tentang Pencegahan dan Pengendalian Kasus COVID- 49 Varian Omicron (B.1.1.528), serta untuk meningkatkan dukungan dan kerja sama antara pemerintah pusat, pemerintah daerah, fasilitas pelayanan kesehatan, dan pemangku kepentingan terkait pelaksanaan pencegahan dan pengendalian kasus Varian SARS-CoV-2 COVID-19, dibutuhkan penguatan surveilans untuk kepentingan deteksi kasus arian SARS-CoV-2 COVID-19 dengan mempertimbangkan situasi epidemiologi dan kapasitas respon. Surat Edaran ini dimaksudkan untuk meningkatkan surveilans_ untuk kepentingan deteksi kasus COVID-19 melalui pemeriksaan RT-PCR metoda S- gene Target Failure (SGTF) dan Whole Genome Sequencing (WGS). ‘Mengingat ketentuan: 4. Undang Undang Nomor 4 Tahun 1984 tentang Wabah Penyakit Menular (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 1984 Nomor 20, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 3237); 2. Undang-Undang Nomor 24 Tahun 2007 tentang Penanggulangan Bencana (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2007 Nomor 65, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 4723);10. " Undang-Undang Nomor 36 Tahun 2009 tentang Kesehatan (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2009 Nomor 144, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 5083); Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2014 Nomor 244, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 5587) sebagaimana telah beberapa kali diubah, terakhir dengan Undang-Undang Nomor 9 Tahun 2015 tentang Perubahan Kedua atas Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2018 Nomor 58, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 5679); Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2018 tentang Kekarantinaan Kesehatan (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2018 Nomor 128, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 6236); Peraturan Pemerintah Nomor 40 Tahun 1991 tentang Penanggulangan Wabah Penyakit Menular (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 1991 Nomor 49, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 3447); Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/413/2020 tentang Pedoman Pencegahan dan Pengendalian Coronavirus Disease 2019 (COvID-19); Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/446/2020 tentang Penggunaan Rapid Diagnostic Test Antigen dalam Pemeriksaan Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) sebagaimana telah beberapa kali diubah, terakhir dengan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/4794/2021 tentang Perubahan Kedua atas Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/446/2021 tentang Penggunaan Rapid Diagnostic Test Antigen dalam Pemeriksaan Coronavirus Disease 2019 (COVID-19); Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/4641/2020 tentang Panduan Pelaksanaan Pemeriksaan, Pelacakan, Karantina, dan Isolasi dalam Rangka Percepatan Pencegahan dan Pengendalian Coronavirus Disease 2019 (COVID-19); Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/4642/2021 tentang Penyelenggaraan Laboratorium Pemeriksaan Coronavirus Disease 2019 (COvID19); Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/4805/2021 tentang Indikator Penyesuaian Upaya Kesehatan Masyarakat dan Pembatasan So: Dalam Penanggulangan Pandemi Coronavirus Disease 2019 (COVID-19);12. 13. 14, 15. Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/4829/2021 tentang Pedoman Pelayanan Kesehatan Melalui Telemedicine Pada Masa Pandemi Corona Virus Disease 2019 (COVID-19); Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK,01.07/Menkes/4842/2021 tentang Jejaring Laboratorium Surveilans Genom Virus SARs-CoV-2; Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/567 1/2021 tentang Manajemen Klinis Tata Laksana Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) di Fasilitas Pelayanan Kesehatan; Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01,07/Menkes/6429/2021 tentang Panduan Penyelenggaraan Karantina Terpusat dan Isolasi Terpusat Dalam Rangka Penanggulangan Corona Virus Disease 2019 (COVID-19). Pemeriksaan RT-PCR S-gene Target Failure (SGTF) dan Whole Genome ‘Sequencing (WGS) dilaksanakan sesuai ketentuan sebagai berikut: Pemeriksaan SGTF: a. Seluruh spesimen kasus konfirmasi COVID-19 dilakukan pemeriksaan 1. Polymerase Chain Reaction (PCR) SGTF. b. Koordinator pemeriksaan SGTF di setiap provinsi adalah Laboratorium Pembina Provinsi yang ditetapkan dengan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor — HK.01.07/Menkes/4642/2021 tentang Penyelenggaraan Laboratorium Pemeriksaan Coronavirus Disease 2019 (COVID19), serta berkoordinasi dengan Dinas Kesehatan Provinsi setempat. c. Spesimen dikirimkan ke laboratorium pemeriksa Polymerase Chain Reaction (PCR) SGTF sesuai daftar sebagaimana tercantum dalam Lampiran 3 Surat Edaran ini. d. Pencatatan dan pelaporan hasil pemeriksaan SGTF dilaksanakan melalui aplikasi New All Record (NAR) TC-19. e, Kementerian Kesehatan akan mengirimkan reagen untuk pemeriksaan SGTF ke setiap provinsi berdasarkan perhitungan kasus konfirmasi COVID-19 yang telah dilaporkan melalui aplikasi New All Record (NAR) TC-19 dan akan di update setiap bulan. 2. Pemeriksaan WGS: a Pemeriksaan WGS dilakukan untuk monitoring varian SARS-CoV-2 dan penguatan surveilans genomik COVID-19 Koordinator pemeriksaan dan pengiriman spesimen WGS adalah Pusat Penelitian dan Pengembangan Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan. Semva pengirim spesimen wajib memberikan tembusan kepada PusatPenelitian dan Pengembangan Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan, Badan Kebijakan Pembangunan Kesehatan, Pemeriksaan WGS dilakukan sesuai target bulanan yang dinitung secara proporsional sebagaimana tercantum dalam Lampiran 1. Target pemeriksaan WGS diperbarui oleh setiap bulan per provinsi. Kriteria kasus untuk pemeriksaan WGS sebagai berikut: 1) semua penderita konfirmasi di rawat di rumah sakit dengan gejala berat dan/atau meninggal dunia; 2). hasil tracing dari kasus positf (Kontak): a. dirawat di rumah sakit dengan gejala Klinis sakit berat atau meninggal dunia sesuai ketentuan dalam Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/MENKES/4842/2021 tentang Jejaring Laboratorium Surveilans Genom Virus SARs-CoV-2; b._kasus luster pada kondisi khusus yaitu cluster dengan jumlah >25 kasus maka jumlah sampel ditambah 3-5 sampel dari setiap kasus indeks. 3) orang dengan riwayat infeksi dan infeksi ulang; 4) orang yang berpattisipasi dalam uji coba vaksin dan atau telah divaksinasi secara lengkap (full dose); 5) anak-anak dengan usia <18 tahun pada daerah yang terjadi peningkatan kasus pada anak; dan/atau 6) pelaku perjalanan internasional, pelintas batas negara, dan pekerja migran yang tiba di Indonesia, kriteria spesimen: 1) Spesimen yang telah positif virus SARS-CoV2 dengan Ct (cycle threshold) gen target (RT-PCR) < 30. 2) Spesimen dari kasus-kasus konfirmasi COVID-19 yang dikirim untuk WGS harus telah dilaporkan ke New All Record (NAR) TC-19. 3) Spesimen berupa sampel swab di dalam VTM (Viral Transport Medium) dengan volume 2 600L. 4) Spesimen yang tersisa untuk pemeriksaan WGS, disimpan di lemari pendingin suhu 2-8°C selama maksimal 12 sejak hari pengambilan 5) Jika pengiriman akan ditakukan lebih dari 7 hari sejak hari pengambilan, maka spesimen disimpan terlebih dahulu di lemari pendingin suhu -80°C. Hindari proses beku cair berulang yang akan menimbulkan kerusakan pada sampel.Mekanisme pengiriman Spesimen positif SARS CoV-2 dikirimkan ke Laboratorium untuk surveilans genom sebagaimana tercantum dalam Lampiran 2 Surat Edaran ini. Mekanisme pencatatan dan pelaporan Melalui aplikasi integrasi WGS dan New All Record (NAR) TC-19 serta melalui hitps:fbitly/Laporan WGS, Surat hasil_pemeriksaan dengan ditembuskan kepada Pusat Penell ian dan Pengembangan Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan, Demikian Surat Edaran ini disampaikan untuk dapat dilaksanakan sebagaimana mestinya, Ditetapkan di Jakarta pada tanggal 28 Januari 2022 KEPALA BADAN KEBIJAKANLampiran 1 LAMPIRAN SURAT EDARAN NOMOR $R.01.06//592/2022 TENTANG —PENGUATAN KASUS VARIAN VIRUS SARS-CoV-2 DARI COVID-19 DETEKS! ‘Target Jumlah Spesimen Bulan Februari 2022 Untuk Pemeriksaan WGS No Provinsi Jumlah Kasus | Jumlah Kasus | Konstanta | Jumlah sampel Provinsi (1-31 | Nasional (1-31 per bulan Desember | Desember 2021) 2020) 1. | Aceh 7 6311 1700 5 2. | Sumatera Utara 86 6311 1700 23 3. | Sumatera Barat 29 6311 1700 8 4. | Riau 121 6311 1700 33 5. | Jambi 25 6311 1700 7 6. | Sumatera Selatan 54 6311 1700 15 7. | Bengkulu 3 6311 1700 1 8. | Lampung 68. 6311 1700 18 9. | Bangka Belitung 92 6311 1700 25 10. | Kepulauan Riau 330 6311 1700 89 11. | DKI Jakarta 1.350 6311 1700 364 12. | Jawa Barat 1,056 6311 1700 284 13. | Jawa Tengah 531 6311 1700 143, 14, | DI Yogyakarta 247 6311 1700 67 45, | Jawa Timur 635 6311 1700 176 16. | Banten 149 6311 1700 40No Provinsi Jumlah Kasus | Jumiah Kasus | Konstanta | Jumiah sampel Provinsi (1-31 | Nasional (1-31 per bulan Desember | Desember 2021) 2020) 17. | Bal 175 6311 1700 47 18. |NTB 32 6311 1700 9 19.) NTT 237 6311 1700 64 20. | Kalimantan Barat 143 6311 1700 39 21. | Kalimantan Tengah 43 6311 1700 12 22. | Kalimantan Selatan 38 6311 1700 10 23. | Kalimantan Timur 100 6311 1700 27 24, | Kalimantan Utara 56 | 6311 1700 15 25. | Sulawesi Utara 85 6311 1700 23 26. | Sulawesi Tengah 116 6311 1700 34 27. | Sulawesi Selatan 83 6311 1700 22 28. | Sulawesi Tenggara 16 6311 1700 4 29. | Gorontalo 16 6311 1700 4 30. | Sulawesi Barat 16 6311 1700 4 31. | Maluku 10 6311 1700 3 32. | Maluku Utara 4 6311 1700 1 33. | Papua 37 6311 1700 10 34, | Papua Barat 293 6311 1700 79Lampiran 2 Daftar Laboratorium Pemeriksa WGS No Laboratorium ‘Wilayah Asal Sampel Fakultas Kedokteran UIN Syarif Hidayatullah Banten Laboratorium Penelitian dan Pengujian Terpadu (LPPT) Universitas Gadjah Mada DI Yogyakarta dan Jawa Tengah Balai Besar Tehnik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit Yogyakarta DI Yogyakarta dan Jawa Timur Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada/Balai Besar Veteriner Wates Yogyakarta DI Yogyakarta dan Jawa Tengah Pusat Pengujian Obat dan Makanan Nasional DKI Jakarta Genomik Solidaritas Indonesia (GS!) DKI Jakarta (untuk Non Pelaku Perjalanan Luar Negeri) Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia DKI Jakarta (untuk Non Pelaku Perjalanan Luar Negeri) Pusat Penelitian dan Pengembangan Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan a. DKI Jakarta (untuk Pelaku Perjalanan Luar Negeri); b. Sumatera; cc. Kalimantan; d. Sulawesi; e. NIT; NTB; Bali Maluku; dan =e Maluku Utara.2 No Laboratorium Wilayah Asal Sampel 9. | Laboratorium Kesehatan Daerah | Jawa Barat | Provinsi Jawa Barat 10. | Sekolah limu dan Teknologi Hayati, | Jawa Barat Institut Teknologi Bandung 11. | Badan Riset Inovasi Nasional/LIPI Jawa Barat dan Banten 12.| Laboratorium Kesehatan Daerah | Jawa Tengah Provinsi Jawa Tengah 13.| Institute of Tropical __Desease | Jawa Timur dan Pelaku Perjalanan Universitas Airlangga Luar Negeri melalui pintu masuk ‘Surabaya 14, | Balai Penelitian dan Pengembangan | Papua dan Papua Barat Kesehatan Papua 15.|Fakultas Kedokteran Universitas | Jawa Barat Padjajaran-10- Lampiran 3 Daftar Laboratorium Pemeriksa PCR SGTF 1. Pusat Penelitian dan Pengembangan Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan 2. Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyal Jakarta 3. Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit, DI , DKI Yogyakarta 4, Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit ‘Surabaya, Jawa Timur 5. Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit Batam, Kepulauan Riau 6. Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit Manado, Sulawesi Utara 7. Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit Ambon, Maluku 8. Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit Makassar, Sulawesi Selatan 9. Balai Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit Medan, Sumatera Utara 10, Balai Besar Laboratorium Kesehatan Makassar, Sulawesi Selatan 11. Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi DKI Jakarta 42. Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi Jawa Barat 13. Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi Kalimantan Barat 14. Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi Kalimantan Timur 18. Laboratorium Kesehatan Daerah Provinsi Jawa Tengah 46. Rumah Sakit Universitas Sumatera Utara 17. Fakultas Kedokteran Universitas Tanjungpura, Kalimantan Barat 48. Rumah Sakit Umum Pusat Nasional DR. Cipto Mangunkusumo 19, Rumah Sakit Umum Pusat Persahabatan 20, Rumah Sakit Penyakit Infeksi Prof. Dr. Sulianti Saroso KEPALA BADAN KEBIJAKAN ASURANGUNAN KESEHATAN,