Nama : Jufita Sari Sitorus

NIM : 4183550001

1. Kumpulkan source code (python) untuk merakit Reads dengan De Buijn

Graph!


define _LARGEFILE_SOURCE

#define _FILE_OFFSET_BITS 64

#include <stdio.h>

#include <stdlib.h>

#include <string.h>

#include "fasta.h"

#include "kmers.h"

// parse a set of fasta or fastq reads

unsigned long get_next_read(FILE *file, char *read)

unsigned char line[MAX_TIGHT_SIZE];

char *rv;

char *p;

char *read_buffer = read;

int nextchar=0;

rv=fgets((char *)line,MAX_TIGHT_SIZE,file); // read comment

('>read00xxxx...\n') and discard it
 if (rv==NULL)

printf("(reading read header) error or end of file reached!\n");

exit(1);

int reading_quality = 0;

int readlen = 0;

*read='\0';

// read the read content (can be multi-line)

do

if (reading_quality)

rv=fgets((char *)line,MAX_TIGHT_SIZE,file); // read quality and discard it

else

rv=fgets((char *)read_buffer,MAX_TIGHT_SIZE,file); // read the read content to

read_buffer (prevents a strcat)

if (rv==NULL)

printf("(reading read content) error, or unexpected end of file reached (current

read: %s)!\n",read);

exit(1);

}
 // remove trailing \n char; also update readlen

p = (char )strchr((char)read_buffer, '\n');

if (p)

*p = '\0';

readlen += (int)(p-read_buffer);

else

readlen += strlen(read_buffer);

// remove trailing \r char

p = (char )strchr((char)read_buffer, '\r');

if (p)

*p = '\0';

readlen -= 1;

// advance the read buffer:

read_buffer=read+readlen;

// reads the next '>|@|+' character to: (i) know whether the read continues, (ii)
whether there is a quality score, and (iii) in order to induce EOF

do
 nextchar=fgetc(file);

while (nextchar == '\n' || nextchar == '\r' ); // also, keep reading newlines.

if (feof(file)) // end of file (no newline at end of read)

break;

if (nextchar == '+')

reading_quality = 1;

else

if ((nextchar != '>') && (nextchar != '@'))

// the read content continues at the next line

if (!reading_quality)

// if it's not quality, append that read nucleotide

readlen++;

*read_buffer=nextchar;

read_buffer++;

else // the next line is a new read

break;
 }

if (readlen >= MAX_TIGHT_SIZE)

p = (char )strchr((char)line, '\n');

if (p) *p = '\0';

printf("error: bad input (line='%s', read='%s').\nthe input file must be reads, of

length <%d\n",line,read,MAX_TIGHT_SIZE);

exit(1);

while (1);

//printf("reading read %s of length %d (== %d)\n",read,readlen,strlen(read));

return readlen;

2. Tuliskan langkah-langkah untuk mendownload Data Sequence DNA dari

NCBI!
 Langkah-Langkahnya yaitu :
1. Buka halaman web ncbi pada link berikut https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Klik DNA yang terdapat pada kolom “Resource List” yang terletak di sebelah kiri
3. Klik pada salah satu data untuk meluhat info lengkap dari data yang kita pilih
tersebut
 4. Jika kita ingin menyimpan suatu data yang ada kita bisa klik FASTA pada
halaman tersebut
5. Setelah itu kita bisa copy FASTA tersebut ke notepad untuk kita buka dilain hari.

3. Tuliskan langkah-langkah untuk mendownload Data Protein!

 Langkah-langkahnya yaitu :
1. Buka halaman web https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Pada kolom “all database” ubah menjadi “protein”
3. Ketikkan protein apa yang ingin kita cari
4. Setelah muncul beberapa data pilih salah satu yang igin kita download
5. Tekan FASTA pada data yang kita pilih sebelumnya
6. Copy kode yang ada pada FASTA tersebut setelah itu simpan pada notepad.