Genetik-syf:Layout 1 1/26/12 12:10 PM
GENETİK
Özden HAKEM ONAYLI MAKALE
ÇOBANOĞLU1
Genetik markörler ve hayvancılıkta
çeşitli uygulamaları
Özet
Hayvan ıslahında temel esas yüksek verim kap-
asiteli hayvanların seçilmesi ve bu üstün verim özel-
liklerinin bir generasyondan diğer generasyona ak-
tarılması; böylelikle hayvan başına düşen verimin
yükseltilmesidir. Bu ise ancak gerek klasik gerekse de
moleküler temele dayalı seleksiyon programları yo-
luyla hayvanın genetik yapılarının iyileştirilmesi ve ay-
nı zamanda da hayvanın verimi üzerine etkisi olan
her türlü çevre faktörlerinin uygun hale getirilmesi
ile mümkün olacaktır. Bu işlem klasik seleksiyon uy-
gulamalarında uzun zaman gerektiren zorlu bir sü-
reçtir ve seleksiyon da ki başarı hayvanlarda gözle-
nen verim özellikleri üzerinde etkili hayvanların, ge-
netik potansiyelinin doğru olarak tahmin edilme
derecesine bağlıdır. Bu bağlamda DNA teknoloji-
sindeki gelişmeler ile DNA seviyesinde genetik poli-
morfizmi tespit etmemize yarayan çok çeşitli mole-
küler genetik markör tipler geliştirilmiş ve araştır-
malarda yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır.
DNA markörlerinin kullanımı ile hayvanlar arasındaki
genetik varyasyon daha kısa sürede ve daha doğru
olarak belirlenebilmektedir. Dolayısıyla markörlere
dayalı seleksiyon yöntemleri ile genetik olarak üstün
nitelikli hayvanların seçimindeki başarı daha yüksek
olmaktadır. Bu makalede farklı markör sistemleri
hakkında bilgi verilmiş ve bu sistemlerin çiftlik hay-
vanlarında çeşitli kullanım olanakları tartışılmıştır.
Anahtar kelimeler: Genetik markör, kantita-
tif özellik lokusu, markörlere dayalı seleksiyon, ge-
nom haritalaması.
1
Yrd. Doç. Dr., cobanog@yahoo.com, Uludağ Üniversitesi Veteriner Fakültesi Genetik Anabilim Dalı, Bursa
hasad hayvancılık, ocak-şubat 2012, y›l: 27, say›: 321
Page 1
Genetic Markers and Various Applications in Livestock Giriş
Abstract
The basic principle in animal improvement is to
iftlik hayvanları arasında süt sığırcılığı önemli rol
select the genetically superior individuals and to
transfer this superiority from one generation to next,
therefore to increase the production level per head
of animal in population. This target could only so ob-
tained by the selection program based on either
Ç oynamaktadır. Hayvanların verim seviyesini ar-
tırmada genetik olarak üstün olan hayvanların
damızlık olarak seçilmesi ve ebeveyn olarak kullanılması
classical or molecular genetics principles and also in- önemlidir. Bu amaç için klasik seleksiyon yöntemlerin-
clude the improvement of environmental conditions de hayvanların dış görünüşü ve verim seviyelerine göre
capable of manifesting genetic content. This process
hesaplanan damızlık değerlerine bağlı olarak en iyi da-
is a challenging process that requires a long time in
the classic selection applications and the success in mızlık baba ve analar seçilerek kullanılır. Bu süreçte el-
the selection depends on the degree of an accura- de edilen yavruların bir önceki generasyona göre üze-
te estimation for the genetic potential which af-
rinde durulan verim özellikleri için üstün olması bekle-
fects observed yield traits in animal production. With
recent development in DNA technology, the various nir. Fakat sadece gözlenen verim seviyeleri ve genetik
types of molecular genetic markers are developed to kabiliyetin tahmini esasıyla yapılan klasik seleksiyon
determine the level of genetic polymorphism and
yöntemler ile bu genetik ilerlemeyi sağlamak hayvan-
have become widely used in the research areas.
With the use of DNA markers, the genetic variation ların generasyon aralığından dolayı uzun süre gerekti-
among animals is determined more quickly and mo- ren zorlu ve masraflı bir süreçtir.
re accurately. Therefore, the success will be higher
Genetik markör, marker veya genetik işaretleyici
for the selection of genetically superior animals ba-
sed on marker assisted selection. In this article, the olarak adlandırılan kısa DNA dizileri, bireyler arasında-
informations were given about the different marker ki varyasyonu gösteren hayvan genomundaki belirli
systems and the possibilities of various usages of the-
DNA bölgeleridir ve bu bölgeler bireyin belirli özellikle-
se metods in livestock species were discussed.
Key words: Genetic marker, quantitative tra- ri üzerinde pozitif veya negatif etki yapacak şekilde iliş-
it loci (QTL), marker assisted selection (MAS), geno- kili olan bölgelerdir. Bireylerde farklı DNA parçacıkları
me mapping.
veya genetik varyantlar allel gen olarak isimlendirilir ki
her bir birey, birisi anadan diğeri ise babadan olmak
üzere iki alleli kalıtsal olarak taşımaktadır. Bu bireylerde
Genetik-syf:Layout 1 1/26/12 12:10 PM Page 2

söz konusu iki allel gen bir birinin aynısı ise birey ho- Mendel kalıtımını takip eden, kodominant olarak ifade
mozigot, birbirinden farklı ise birey heterozigot yapı- edilen ve heterozigotluk oranı %70’den fazla olan çok-
dadır. lu allelik yapılardır.11 Hatta bu markörler, çevre faktör-
DNA markör testi veya genotiplendirme çalışmala- lerinden ve pleotropik etkilerden etkilenmeyen tipte
rı hayvanın DNA markör için hangi gen allelini taşıdığı- işaretleyicileridir. DNA teknolojisinde son yıllardaki ge-
nı belirleme işlemidir. Dolayısıyla DNA markörler yardı- lişmelere bağlı olarak bu tür markörler, DNA seviyesin-
mıyla belirli bir özellik için hayvanın genotipik yapısını de ki pek çok genetik polimorfizm tiplerinin ortaya çık-
ortaya çıkarmak mümkündür. Bazen bir özellik majör masına ve populasyonda gözlenen fenotipik çeşitliliğin
gen adı verilen genlerin allelleri tarafından kontrol edil- genetik temelini açığa kavuşturmada kullanılmaktadır.
diği için hayvanın fenotipik yapısı denilen fiziksel veya Dolayısıyla DNA seviyesinde genetik polimorfizmi belir-
morfolojik özellikler, bu genin allelleri ile doğrudan iliş- lemede kullanılan bu işaretleyiciler hayvan genetiği ça-
kilidir. Örneğin uzun zamandır piyasada, hayvanların bu lışmalarında önemli ve kilit rol oynayan elemanlardır.
tür özelliklerini, BLAD ve DUMPS gibi genetik hastalık- Moleküler markörlerin başlıca çeşitleri Çizelge 1’de ve
lara direncini, deri rengi ve boynuzluluk durumunu test moleküler markörlerin geliştirilmesindeki teknik gerek-
edebilmemizi sağlayan farklı farklı ticari testler bulun- sinimler ve özellikleri de Çizelge 2’de verilmiştir.
maktadır. Fakat hayvancılıkta çoğu ekonomik önemi
olan özellikler kompleks yapıda olup, pek çok farklı ge- Çizelge 1. Başlıca moleküler markör çeşitleri.
nin eklemeli etkisi ve çevre faktörleri tarafından kontrol Varyasyon Tipi Bilgi İçeriği
edilir. Bu gibi kompleks yapıdaki özelliklere hayvanın bü- Markör Tipi SNP1 INDEL2 VNTR3 İki İki Çoklu
yüme, karkas özellikleri ve üreme performansı örnek ve- Dominant Kodominant Kodominant
rilebilir. Herhangi bir DNA markörü bu kompleks yapılı Allel Allel Allele
özellikleri etkileyen pek çok genden sadece biriyle iliş- RFLP + + + - + +
kilidir. PCR-RFLP + + + - + -
RAPD + + + + - -
AFLP + + + + + -
Genetik Markörler
Microsatelit - + + - - +
SNP + + - - + -
Son zamanlarda morfolojik, kromozomal, biyokim- 1 SNP;Tek Nükleotid Polimorfizmi: Her türlü baz değişimi; 2 INDEL; İnsersiyon ve Delesyon;
yasal ve moleküler markörler gibi çok çeşitli genetik işa- 3 VNTR; Değişken Sayıdaki Ardışık Tekrarlar; Kaynak: Vignal ve ark, 2002.

retleyici tipleri, hayvansal üretimi arttırmak amacıyla

kullanılmaktadır. Bunlardan, deri
rengi pigmentasyonu ve bazı vü- Çizelge 2. Moleküler markörlerin geliştirilmesindeteknik ihtiyaçlar ve özellikler.
cut özellikleri gibi morfolojik, yapı- Teknik İhtiyaçlar Teknik Özellikler
sal veya sayısal varyasyonlar gibi Markör Tipi Kesim PCR Spesifik Jel Geliştirme Genotiplemede Tekrarlanabilirlik Doğruluk
kromozomal markör tipleri, poli- Enzimi Primer Çabası Gerekli Efor Derecesi
morfizm seviyesi düşük olan tipler- RFLP + - - + Yüksek Yüksek Yüksek Oldukça yüksek
dir. Ayrıca izoenzimler ve kan poli- PCR-RFLP + + + + Yüksek Orta Yüksek Oldukça yüksek
morfizmi gibi biyokimyasal markör RAPD - + - + Oldukça düşük Oldukça düşük Düşük Oldukça düşük
AFLP + + - + Düşük Oldukça düşük Yüksek Orta
tipleri de, yapılan çalışmalarda çok
Microsatelit - + + + Yüksek Düşük Yüksek Yüksek
kullanılmasına rağmen cinsiyetle sı-
SNP - + + +/- Yüksek Değişken Yüksek Oldukça yüksek
nırlı özellikler, yaşa bağlı durumlar
Kaynak: Vignal ve ark, 2002.
ve çevrenin önemli derecede etki-
sinden dolayı pek önerilmeyen tip
işaretleyiciler sınıfına girer. Bu gibi durumlarda bazen çe- Genetik polimorfizmin belirlenmesinde kullanılan
şitli genetik sınıflar, dominant allelin etkisinden dolayı teknikler yönüyle markörler 3 ana sınıfa ayrılır:
fenotipik seviyede birbirinden ayırt edilememektedir.
Ayrıca bu tür markörler toplam genomun %10’undan 1) Hibridizasyon Temelli DNA Markörler,
daha az bir bölgeyi ifade eder ki bu da genetik özellik- 2) PCR Tabanlı DNA Markörler,
leri kodlayan DNA dizilerinde gözlenen çeşitliliği tam 3) DNA Çip ve Sekans Temelli DNA Markörler.
olarak yansıtmamaktadır.20
Fakat moleküler markörleri dediğimiz işaretleyiciler Hibridizasyon temelli markör teknolojisi rad-
ise bu tür sınırlandırmalardan uzak hatta diğer mar- yoizotop ve enzimler ile prob adı verilen 100 ila 1000
körlere kıyasla daha polimorfik olarak DNA seviyesinde baz uzunluğundaki belirli oligonükleotid veya geno-
genetik varyasyonu doğru bir şekilde belirleyebilecek mik DNA dizilimlerinin, önemli bir gen bölgesinin ana-
tipten işaretleyicilerdir. Ayrıca bunlar, hayvanın bütün lizinde kullanıldığı moleküler bir tekniktir.3 Hedef DNA
genomu boyunca sıksık rastlanan ve genomu bütün ola- parçacığı 4-8 baz çifti uzunluktaki DNA dizisini tanıyan
rak genetik çeşitlilik açısından analiz edebilmemize im- kesme enzimleriyle kesilip, jel elektroforez ortamında
kan verecek tipten markörlerdir. Genetik markörler tipik ayrıştırılırlar. Southern Blot adı verilen bir yöntemle ª

hasad hayvancılık, ocak-şubat 2012, y›l: 27, say›: 321

Genetik-syf:Layout 1 1/26/12 12:10 PM Page 3
GENETİK
Hayvanların verim sevi-
elektroforetik ortamda ayrıştırılan bu DNA parçacıkları
yesini artırmada genetik
naylon membran gibi katı bir zemine transfer edilip, he-
olarak üstün olan hay-
def DNA dizilimi radyoaktif problarca bağlanarak belir-
vanların damızlık olarak
lenmeye çalışılır.24 Bu tip teknolojiye en iyi örneklerden
seçilmesi ve ebeveyn birisi 1980’ler de geliştirilen ve Sınırlandırılmış Parça
olarak kullanılması Uzunluk Polimorfizmi olarak isimlendirilen RFLP mar-
önemlidir. körleridir ki bu markörler genom haritalama, markör
yardımlı ıslah çalışmaları ve bitki ve hayvan sistematiği
konularında sıklıkla kullanılan işaretleyicilerdir.2 Bu sis-
temde, restriksiyon enzimlerinin kromozomlar üzerinde
DNA dizilimini tanıyıp kesme işlemini yapabildiği bölge-
de oluşacak bir mutasyonla, enzimin hedef bölgeyi ta-
nımasının engellenmesi veya kromozom üzerinde yeni
mutasyonlar sonucu farklı enzim kesme bölgelerinin
oluşturulmasına bağlı olarak, elde edilen polimorfizm
test edilir. Polimeraz Zincir Reaksiyonunun (PCR) keşfin-
den önce hedef DNA bölgesinde nükleotid dizilerinin
varlığını tesbit edilebilmek için bölgedeki nükleotid di-
zisini tamamlayıcı nitelikte radyoaktif hybridizasyon
probları kullanılırdı. Dolayısıyla RFLP markörü kullanıla-
rak polimorfizmin doğru olarak belirlenmesinde, DNA
problarının ve kesme enzimlerin seçimi önemli rol oy-
namaktaydı. Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Karry Mullis
tarafından 1983 yılında geliştirilen ve kendisine Nobel
ödülü kazandıran biyokimyasal ve moleküler bir teknik
olup, canlı organizma ortamı olmaksızın enzimatik rep-
likasyon yardımıyla istenilen DNA fragmanının veya he-
def gen bölgesinin her bir döngüde ardışık sıcaklık de-
ğişimleriyle birebir kopyası şeklinde katlanarak çoğaltıl-
dığı veya yükseltildiği bir yöntemdir. Dolayısıyla PCR
metodu kan, sperma, kıl veya doku örneklerinden DNA
parçasının, gen bölgesinin veya genin kodlama yapma-
yan bölümününden alınan çok az sayıda ki örnekten,
birbiriyle aynı, milyarlarca kopyasının yapıldığı bir uy-
gulamadır. RFLP markörlerinde PCR kullanımıyla birlik-
te PCR-RFLP olarak ortaya çıkan yöntemde, radyoaktif
materyaller kullanılmadan sadece PCR ile çoğaltılan
hasad hayvancılık, ocak-şubat 2012, y›l: 27, say›: 321
DNA dizilerinin uygun enzimler yardımıyla
kesilerek o gene ait markör allelleri tespit
edilebilir.23
PCR tabanlı DNA markörler RAPD,
AFLP, SSR, SNP, ISSR, SCAR ve CAPS gibi
markörlerdir. Bunlardan RAPD; Rastgele
Çoğaltılmış Polimorfik DNA Yöntemi,
DNA segmentini çoğaltmak için PCR kulla-
nıldıktan sonra hedef kromozom bölgesine
yönelik varyant analizi yapmayı sağlayan
moleküler bir işaretleme yöntemidir.31
1990’lar da kullanılmaya başlanan bu yön-
tem genellikle 8-10 baz çifti uzunluğunda
primer adı verilen DNA dizilimi belirli küçük
DNA segmentleri ile genom boyunca rast-
gele kromozom bölgelerinin yükseltgen-
mesi esasına dayanır. Primerlerin kısa diziler
olmasından dolayı genom içerisindeki pek
çok farklı lokosyana bağlanma ihtimali var-
dır. Bu yöntemde PCR ile çoğaltılan ürün sayısı, primer
oligonükleotid dizisi ile birleşmiş, genomik DNA parça-
cığı sayısıyla doğrudan orantılıdır. Bu yöntemin en büyük
avantajı primer dizayn ederken önceden DNA dizilim bil-
gisine ihtiyaç olmamasıdır.29 RAPD sistemi basit, hızlı, ol-
dukça ucuz ve markörlere dayalı seleksiyon çalışmaların
da istenilen özelliğin belirlenmesi, genetik harita oluş-
turma ve populasyonlarda çeşitlilik gibi çalışmalarda
yaygın olarak kullanılan bir sistemtir. Fakat en büyük de-
zavantajı, RAPD markörü dominant yapıda bir markör
olup söz konusu gen alleli için homozigot ve heterozi-
got bireyler arasındaki farklılığı belirleyememesidir.19
AFLP; Çoğaltılmış Parçacık Uzunluğu Polimor-
fizmi, PCR tekniği ile RFLP’nin kombinasyonu olup ge-
nomik DNA’nın restriksiyon enzimi yardımıyla kesilme-
si ve PCR’la da ilgili bölgenin çoğaltılması esasına da-
yanır.30 1995 yılında geliştirilen bu teknikte, genomik
DNA’nın uygun enzimlerle kesildikten sonra genom
boyunca ortaya çıkan kesilmiş DNA fragmanlarının son-
larına yapay parçacık veya adaptör adı verilen küçük
DNA parçacıklarının eklenmesi ve bu adaptörlerin nük-
leotid dizilimine uygun olarak geliştirilen primerler yar-
dımıyla çoğaltılması yapılır. Daha sonra elde edilen frag-
manlar, bireyler arasında en küçük baz farklılıklarını bi-
le ayırt edebilecek jel ortamında ayrıştırılıp otoradyo-
grafik olarak görüntülenir. Bu teknikte polimorfizm, res-
triksiyon bölgelerinde ki DNA dizilim farklılığında veya
primerler yardımıyla belirlenen nükleotitlerde ya da ay-
nı zamanda çoğaltılan 50-100 PCR parçacıklarında or-
taya çıkar. RAPD sisteminde olduğu gibi AFLP de, do-
minant bir markör tipidir ve önceden DNA dizilim sıra-
sının bilinmesi gerekmemektedir. Fakat RAPD sistemin-
den farklı olarak AFLP’nin en belirgin özelliği belirli
adaptör nükleotid dizilimlerinin ve bazı DNA kesim en-
zimlerinin kullanılmasından dolayı yüksek oranda spe-
sifik ve tekrarlanabilir olmasıdır.19
Genetik-syf:Layout 1 1/26/12 12:10 PM Page 4

sağladığı seviyede bilgi sağlayabilir. Dolayısıyla kromo-

Minisatelitler ve Mikrosatelitler
zomlarda 10 cM (santi Morgan) uzunluğundaki bir
mikrosatelit haritasına eşit bir alanı kapsayabilmek için
Çiftlik hayvanları gibi ökaryotik canlıların genomun- yaklaşık 2000 adet SNP işaretleyiciye ihtiyaç vardır.1 Fa-
da, kromozomlarda tipik olarak ekzon adı verilen ve pro- kat bununla beraber RFLP ve AFLP tipi markörler, res-
tein sentezinde rol oynayan bölgelerin yanısıra intron adı triksiyon kesim enziminin DNA dizilimini tanıma bölge-
verilen ve genleri kodlama yapmayan veya şifrelemeyen sinde elde edilen SNP’ler sonucunda ortaya çıkmakta-
çoklu tekrarlanan dizilere de rastlanır. Kromozomlarda dır. Buda SNP markörlerin ne derecede önemli olduğu-
bu tekrarlanan bölümler, binlerce ardışık nükleotid tek- nun bir göstergesidir.
rarları olarak karşımıza çıkan ve uydu veya satelit DNA Genetik analiz çalışmalarında SNP markör kullanı-
olarak isimlendirilen dizileri içerir. Bu bölgeler nükleotid mına ilginin artmasının başlıca 4 sebebi vardır. İlk olarak,
tekrar sayısına bağlı olarak mini ve mikrosatelit olarak SNP işaretleyiciler ilgilenilen kromozomal bölgede veya
isimlendirilir.26 Minisatelitler genellikle 10-100 baz çifti yakınında mikrosatelit gibi markörlerden daha fazla po-
uzunlukta olup çokça tekrarlanan bölgelerdir. Bütün tansiyel markör olarak karşımıza çıkarlar. Örneğin, insan
ökaryotik canlılarda, genom boyunca hem mini hem de genomunda yaklaşık her 1000 bazda bir SNP markör
mikrosatelit işaretleyiciler sıkca görülse de minisatelit tespit edilebilir.16 İkinci olarak, bazı SNP markörler gen-
tekrarlar, genelde kromozomların telomerik bölgesinde lerin kodlayan dizisinde yer alıp doğrudan doğruya sen-
veya rekombinasyon frekansı yüksek bölgelerde yer alır. tezlenen proteinin fonksiyonunu etkilerler. Bu tip SNP’ler
VNTR; Değişken Sayıdaki Ardışık Tekrarlar, SSR; Basit Di- hayvanlarda önemli sayılan özellikler açısından bireyler
zilim Tekrarı, veya STR; Kısa Ardışık Dizi Tekrarları gibi arasında gözlenen varyasyonda, doğrudan sorumlu ola-
isimlerle de anılan mikrosatelitler ise TGTGTG gibi 2-6 bilirler. Üçüncü durum ise SNP markörlerin mikrosate-
nükleotit tekrarı şeklinde olup, mikrosatelit markörlerin litlere kıyasla daha dengeli bir biçimde sonraki gene-
uzunluğu ise 100-300 baz çifti arasında değişmektedir.25 rasyonlara kalıtım yoluyla aktarılabilmesidir. Bundan
PCR amplifikasyonu ile 20-25 baz çifti uzunluğunda di- dolayı SNP işaretleyiciler uzun dönem seleksiyon prog-
zayn edilen spesifik primerler mikrosatelit bölgenin her ramların da kullanılmaya daha uygun tipten markör-
iki ucuna bağlanıp hedef genomik DNA’nın çoğaltıl- lerdir. Son olarak SNP markörler, DNA mikrodizilim
masını sağlarlar. PCR amplifikasyon ürünü daha sonra (microarray) teknolojisi gibi otomatik sistemlerin kulla-
agaroz jelde uzunluklarına göre ayrıştırılıp otomatik me- nılarak yapıldığı, yüksek seviyedeki genetik analiz çalış-
tot ile analiz edilir.21 Bu tip markörler ikili veya çoklu al- malarına daha uygun olan DNA işaretleyici sınıflarıdır.17
leller olarak sırasıyla, bireylerde ve populasyonda tespit SNP markörleri belirlemede kullanılan pek çok farklı
edilen kodominant yapılardaki markörlerdir. Ayrıca mik- moleküler yöntemler vardır. Bunlar, geleneksel jel taban-
rosatelitler, oldukça polimorfik ve güvenilir markörler ol- lı çalışmalarda uygulanan sekanslama, PCR, enzim kesi-
dukları için çok farklı türlerin populasyon çalışmalarından mi ve değişik biçimdeki jel elektroforez sistemleri gibi
babalık testlerine, bireylerin genotiplenmesi ve genetik standart moleküler tekniklerdir. SNP markörler allel gen
haritalama çalışmalarından sistematik taksonomi çalış- hibridizasyonu, primer genişletme ve oligonükleotid bağ-
malarına kadar çok geniş yelpazede uygulanma alanı lanması (ligasyonu) gibi metotlar yardımıyla genotiplen-
olan tip markörlerdir. Bunun yanı sıra mikrosatelit markör dirilirler. Ayrıca SNP işaretleyicileri, genom boyunca çok
çalışmalarının uzun zaman alması ve iş gücü gerektiren sayıda ve sıkça görüldüklerinden dolayı genom haritala-
pahalı bir metot olması, bu metodun temel dezavantaj- ma, markörlere dayalı ıslah ve harita tabanlı klonlama gi-
ları olarak sayılabilir.19 Fakat yine de otomasyon sistem- bi uygulamalarda da tercih edilen işaretleyici tipleridir.
lerinin gelişmesi ve kullanım sahasının artışı nedeniyle bu Genetik ve biyoteknoloji çalışmalarında sıklıkla kulla-
dezavantajlar zaman içerisinde azalmış ve azalmaya de- nılan başlıca markörlerin hem kullanım hem de maliyet
vam etmektedir. açısından karşılaştırılmaları Çizelge 3’de yapılmıştır. Yu-
karıda sözü edilen başlıca DNA markörler dışında ye- ª
DNA çip ve sekans temelli DNA markör siste-
minin en iyi örneklerinden biri olan SNP (Tek Nükleo- Çizelge 3. En yaygın olarak kullanılan moleküler markörlerin birbirleriyle karşılaştırılması.
tid Polimorfizmi) markörler kromozom üzerinde bir RFLP RAPD AFLP Microsatelit SNP
nükleotidin diğeri ile yer değiştirmesi ya da bir veya bir- Lokus Sayısı Yüzlerce Sınırsız Sınırsız Onlarca Onlarca
Polimorfizm
den fazla nükleotidin eklenmesi veya çıkarılmasını (IN-
Derecesi Orta-Yüksek Orta-Yüksek Orta-Yüksek Yüksek Yüksek
DEL) içerir.29 SNP işaretleyiciler iki allelli sistemler olup ge- Gerekli DNA ~ 10 ~ 10 ~ 25 ~ 50 ~ 50
nomdaki bir pozisyon için sadece iki alternatif nükleo- Miktarı miligram nanogram nanogram nanogram nanogram
tid ihtimali vardır. Her ne kadar SNP markörlerdeki tek Otomasyona Zor Kolay Kolay Kolay Kolay
nükleotid değişikliği, o kromozomal bölge için bireyler Uygunluk
Maliyet Durumu
arasındaki polimorfizmi ortaya çıkarsa da çoklu allelle-
Ekipman Pahalı Makul Pahalı Pahalı Pahalı
re sahip mikrosatelit markörlere kıyasla SNP markörler-
Geliştirme Pahalı Makul Makul Oldukça Pahalı Pahalı
de gözlenen polimorfizm düzeyi düşük seviyededir. Ör-
Test Pahalı Makul Makul Makul-Pahalı Makul-Pahalı
neğin 5 SNP markör ancak bir mikrosatelit markörün

hasad hayvancılık, ocak-şubat 2012, y›l: 27, say›: 321

Genetik-syf:Layout 1 1/26/12 12:10 PM Page 5

GENETİK

ni generasyon DNA markörler olarak karşımıza çıkan pek
çok yeni tip DNA işaretleyicileri hem insan, hem hayvan,
hem de bitki genetiği çalışmalarında yaygın olarak kulla-
nılmaya başlanmıştır. Bu yeni tip DNA markörlerinden ba-
zıları ISSR; Basit DNA Dizileri Arası Tekrarlar, ASAP; Allel
Spesifik İlişkili Primerler, SAMPL; Mikrosatelit Polimorfik
Lokusun Seçici Amplifikasyonu, MSAP; Metilasyona Has-
sas Amplifikasyon Polimorfizmi ve SRAP; Sekans ilişkili
Yükseltgenme Polimorfizmi gibi markörlerdir.18
DNA Markörlerin Çiftlik Hayvanlarında Çeşitli Uygulamaları
DNA markörlerin hayvan ıslahı ve genetiğinde ol-
dukça geniş bir alanda uygulama potansiyeli vardır.
Bunlar, çeşitli uygulama alanlarına göre kısa ve uzun sü-
re gerektiren amaçlar olmak üzere temel olarak iki sı-
nıfta irdelenebilir. Bu moleküler teknikler çiftlik hay-
vanlarında ıslah çalışmaları yapan araştırmacılar için
doğrudan ve pratik uygulama imkânı sağlamaktadır.
Genetik markörler ile kısa bir süre içerisinde sonuç al-
mamızı sağlayacak uygulama alanlarına, babalık tayini
ve doğrulaması, birey belirleme, genetik mesafe tah-
mini, hayvanlarda ikizlik tespiti, cinsiyet belirleme ve çe-
şitli genetik hastalıkların tayin ve tespiti gibi alanlar ör-
nek olarak verilebilir.22 Bunlara ek olarak uzun süreli
amaçlarda ise bu tür markörler, çeşitli hayvan türlerin-
de genom haritalama çalışmaları ve özellikle çiftlik hay-
vanlarında markörlere dayalı seleksiyon (MAS) çalışma-
ların da yoğun bir şekilde kullanılırken, ayrıca bu işa-
retleyiciler biyoçeşitlilik çalışmalarından hayvanlarda
klonlama ve transgenik ıslah stratejilerine kadar geniş
bir alanda ve yaygın olarak kullanılmaktadır.
Genom Haritalama Çalışmaları
Genom çalışmaları deyince ilk olarak 1990’larda
başlayan İnsan Genom Projesi akla gelmektedir. Proje so-
nunda genomda var olduğu düşünülen 100,000 civarı
gen yerine, yaklaşık 30,000 genin varlığı tespit edilmiş
ve kromozomların DNA diziliminin haritalanması yapıl-
mıştır.12 Bu proje özellikle çiftlik hayvan türleri başta ol-
mak üzere pek çok hayvan türünde genetik haritalama
çalışmalarının başlamasına neden olmuştur. Çiftlik hay-
van türleri arasında ilk genetik harita oluşturma fikri ka-
natlı hayvan genomunda 1936’lar da yapılmaya başlansa
da 1990 yılında farklı kanatlı hayvan referans populas-
yonları belirlenerek değişik araştırma gruplarınca pek
Çizelge 4. Başlıca çiftlik hayvanlar için genom haritalarının mevcut durumu.
Türler Gen Lokus PCR Mikrosatelit Markör
Sayısı Sayısı Primeri Referans
Sığır 1507 4125 4764 2244 INRA Bovmap Veritabanı
Koyun 367 1464 3717 1715 Koyun Veritabanı
Keçi 263 622 1170 323 INRA Keçi Haritalama Veritabanı
Tavuk 586 2349 2959 1251 Kanatlı Veritabanı
Domuz 641 2108 3974 1292 Domuz Veritabanı
Kaynak: van Marle-Köster ve Nel, 2003.
çok haritalama çalışmaları yapılmış ve bunlar daha son-
ra biraraya getirilerek ilk kanatlı hayvan genom haritası
çıkarılmıştır.6 Bu çalışmaların yanı sıra özellikle sığır, do-
muz, koyun, at ve keçilerde de genetik haritalama ça-
lışmaları yoğun bir şekilde devam etmekte ve hatta baz
türler için tamamlanma aşamasına gelmiştir. Son veriler
doğrultusunda çoğu çiftlik hayvan genom çalışmalarının
geldiği nokta Çizelge 4’de verilmiştir.28 Hayvanların ge-
nom haritalama çalışmaları komplike ve uzun zaman ge-
rektiren çalışmalar olsa da haritaların tamamlanmasın-
dan sonra ekonomik verim özellikleri, genetik hastalık-
lara direnç ile ilgili fonksiyonel genlerin ve QTL bölgele-
rinin tesbiti çok daha kolay bir şekilde yapılabilecektir.
Kantitatif Özellik Lokusları (QTL) ve Markörlere
Dayalı Seleksiyon (MAS) Çalışmaları
Çiftlik hayvanlarında ekonomik önemi olan pek çok
genetik özellik kantitatif niteliktedir. Dolayısıyla belirli bir
özellik ile ilgili QTL bölgesini tespit edebilmek için geno-
mun bütününü kapsayacak şekilde farklı kromozomlar-
daki çok sayıda ki markörün, hayvanların akrabalık du-
rumlarına göre, çok sayıda hayvanda genotiplenmesi
gerekir. Ayrıca bu işlemde ilgili özellik için mutlaka feno-
tipik verim kayıtlarına da ihtiyaç vardır. İstatistik analizler
yardımıyla markör allellerine ilişkin genotipik, ve verim
özelliklerine ilişkin fenotipik veriler bir araya getirilip ana-
liz edilerek, kromozom bölgesi üzerinde belirli bir özel-
liği etkileme ihtimali en yüksek bölge veya lokasyon ara-
lığı belirlenmeye çalışılır.4 Fakat bu tür çalışmalarda çoğu
zaman bütün genom taraması yerine aday lokus veya
aday gen belirmeye yönelik yaklaşımlar, QTL çalışmala-
rında takip edilen ve geçerli bir yoldur.8 QTL bölgesinin
belirlenmesi ve doğrulanması çalışmaları karışık, zaman
alan ve oldukça masraflı bir süreç olsa da, sonuçları iti-
bariyle kısa sürede genetik ilerlemenin sağlanması, do-
layısıyla hayvanların ekonomik verim seviyelerinin arttı-
rılması mümkün olacak, bu da doğrudan doğruya yetiş-
tiricinin ticari kazancını olumlu yönde etkileyecektir.
Çiftlik hayvanlarında Markörlere Dayalı Seleksiyon
(MAS) programı genel olarak belirli bir özellik için QTL
bölgesinin bulunması, bu bölgenin hedef populasyonda
test edilmesi ve sürüdeki hayvanların genotiplerinin be-
lirlenerek hayvanın genetik niteliğinin istatistiki olarak
tahmini prensibine dayanır.9 MAS çalışmaları sonucunda
çiftlik hayvanlarında verim özelliklerine yönelik genetik
kazanç, klasik metotlara kıyasla %15-30 oranında art-
mıştır.14 Dolayısıyla sürüler için hazırlanan seleksiyon in-
dekslerinde, hayvanların markörlere ilişkin genotipik ve-
rileri de kullanılarak sürüde seleksiyonun başarısı arttırı-
labilir. Genetik markörler kullanılarak yapılan araştırma-
larda gerek sığırlarda süt ve besi gerekse de hayvanın ya-
pısal özellikleri için pek çok gen bölgesi tespit edilmiş-
tir.13,15 Bunlardan süt ineklerinde süt verimini ve süt pro-
tein ve yağı gibi bileşenlerini etkileyen DGAT1 ve ABCG2
gibi genler ve koyunlarda ve domuzlarda kas kütlesi yo-
ğunluğunu etkileyen sırasıyla myostatin (GDF8) ve IGF2

hasad hayvancılık, ocak-şubat 2012, y›l: 27, say›: 321

Genetik-syf:Layout 1 1/26/12 12:10 PM Page 6

gibi genler ile yine sığırlarda büyüme ve karkas yapısını
etkileyen myostatin sayılabilir. Besi sığırlarında kaslar
arası yağın mermerimsi görünümü ve etin yumuşaklığı gi-
bi özelliklerden sorumlu olan major etkili genlerin belir-
lenmesi için geneSTAR* ve D C Nicol & Genetic Soluti-
ons gibi ticari tanı testleri bulunmaktadır.7
Biyoçeşitlilik Çalışmaları
Çiftlik hayvanları populasyonlarında klasik seleksi-
yon, ıslah ve melezleme çalışmaları sonucunda ırklar-
arası genetik varyasyonun gittikçe daralması ve hatta
bazı yerli ırklarda saf ırk sayısının oldukça azalması ve-
ya bazı ırkların neslinin neredeyse tükenme aşamasına
gelmesi kaçınılmaz bir durumdur. 1992 yılında FAO ta-
rafından bir programla, uluslararası boyutta genetik
kaynakların azalması ve kaybına dikkat çekilmiş ve DNA
markörler yardımıyla pek çok çiftlik hayvanlarının ge-
netik karekterizasyonu yapılmaya başlanmıştır.10 Bu
amaç için RAPD, mikrosatelit ve SNP gibi markörler ge-
netik çeşitlilik çalışmalarında kullanılmaktadır.5
Populasyonlar arası genetik çeşitlilik oldukça önem-
li olup genetik kaynakların korunmasında ciddi katkılar
yapmaktadır. Ülkemiz, yerli evcil hayvanlar bakımından
çok farklı tür ve ırkların yetiştirildiği ve genetik çeşitlilik
açısından oldukça zengin bir ülke de olsa, genel olarak
hayvanların verim seviyesi kültür ırkı hayvanlara kıyasla
oldukça düşük durumdadır. Bunun bir nedeni yerli ırk-
larımızın genotipik yapılarının ve bulundukları çevre şart-
larının buna imkan vermemesidir. Buna karşın yerli ırk-
ların yüz yıllardır bu coğrafyanın bir parçası olması, ye-
tiştirici koşullarına adaptasyon ve hastalıklara karşı gös-
termiş oldukları direnç bu ırkların selektif avantajını oluş-
turmaktadır. Ülkemizde kültür ırkı hayvanların sayısının
hızla artması ve yerli ırklarının aleyhine oluşan seleksiyon
baskısı nedeniyle, zaman içerisinde yerli ırkların sayısının
oldukça azaldığı görülmektedir. Ekonomik şartlar ne
olursa olsun birer kültürel mirasımız olan yerli ırkların ko-
runması ve bazı bölgelerde yetiştiriciliğin sürdürülmesi
gerekmektedir. Bu amaçla ülkemizde Tübitak tarafından
desteklenen ve Tubitak-MAM, birçok üniversite ve araş-
tırma enstitüsünün koordinasyonu ile yürütülen TÜRK-
HAYGEN-1 isimli bir proje çercevesinde pek çok yerli çift-
lik hayvan ırklarının genetik karekterizasyonu yapılmak-
ta, hem yetiştirici hem de araştırma enstitüleri bünye-
sinde koruma altındaki ırklar saf olarak yetiştirilmekte,
ayrıca ırklardan kan, sperm, embriyo, kıl ve doku gibi her
türlü örnek toplanarak genetik ve biyoteknolojik çalış-
malar yapmak üzere koruma altına alınmaktadır.27
Sonuç
Hayvanlar arasında ki genetik varyasyonu doğru ola-
rak belirlemek ve sonraki generasyonlarda genetik iler-
leme sağlamak, klasik ıslah ve seleksiyon uygulamala-
rında uzun zaman gerektirir. Fakat özellikle son yıllarda
hayvan ıslahında üstün nitelikli hayvanların seçiminden,
ekonomik verim özelliklerinin hayvan populasyonların-
da iyileştirilmesine kadar pek çok alanda QTL, buna
bağlı olarak MAS çalışmaları, bireylerin ve ebeveynlerin
belirlenme testleri, bazı genetik hastalıkların tespiti ve
genetik kaynakların belirlenip korunması gibi çok deği-
şik alanlar da moleküler genetik markörler veya işaret-
leyiciler, yapılan araştırmalarda ve piyasada satılan tica-
ri tanı testlerinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Sonuç
olarak bu markörler çiftlik hayvanlarında ıslah ve gene-
tik çalışmaların önemli bir bölümünü teşkil etmekte ve
günden güne daha pratik, geniş kullanım alanı olan ve
daha az masrafla hızlı sonuçlar alınmasını sağlayan mar-
kör tipleri de geliştirilmektedir. I

Kaynaklar
1. Beuzen ND, Stear MJ, Chang KC. 2000. Molecular mar-
kers and their use in animal breeding. Vet. J. 160, 42-52.
2. Bishop MD, Hawkins GA, Keeler CL. 1995. Use of DNA
markers in animal selection. Theriogenology, 43, 61-70.
3. Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW. 1980. Cons-
truction of a genetic linkage map in man using restriction frag-
ment length polymorphisms. Am. J. Hum. Genet., 32, 314-331.
4. Bovenhuis H, Van Arendonk JAM, Davis G, Elsen J-M, Ha-
ley CS, Hill WG, Baret PV, Hetzel DJS, Nicholas FW. 1997. Detec-
tion and mapping of quantitative trait loci in farm animals. Livest.
Prod. Sci. 52, 135-144.
5. Buchanan FC, Adams LJ, Littlejohn RP, Maddox JF, Crawford
AM. 1994. Determination of evolutionary relationships among
sheep breeds using microsatellites. Genomics 22, 397-403.
6. Bumstead N, Palyga J. 1992. A preliminary linkage map
of the chicken genome. Genomics 13, 690-697.
7. Casas E, Shackelford SD, Keele JW, Stone RT, Kappes SM,
Koohmaraie M. 2000. Quantitative trait loci affecting growth and
carcass composition of cattle segregating alternate forms of
myostatin. J. Anim. Sci. 78, 560-569.
8. Cobanoglu O, Zaitoun I, Chang YM, Shook GE, Khatib H.
2006. Effects of the Signal Transducer and Activator of Trans-
cription 1. (STAT1) Gene on Milk Production Traits in Holstein Da-
iry Cattle. J. Dairy Sci. 89: 4433–4437.
9. Davis GP , Denise SK. 1998. The impact of genetic markers
on selection. J. Anim. Sci. 76, 2331-2339.
10. Gandini GC, Oldenbroek JK. 1999. Choosing the con-
servation strategy. In: Genebanks and the conservation of farm
animal genetic resources. Ed. Oldenbroek, J.K., DLO Institute for
Animal Science and Health, The Netherlands.
11. Geldermann H. 1975. Investigations on inheritance of
quantitative characters in animals by gene markers I. Methods.
Theor. and Appl. Genetics Vol. 46, Number 7, 319-330.
12. Human Genome Project; http://www.ornl.gov/sci/tech-
resources/Human_Genome/home.shtml.
13. Ibeagha-Awemu, E M, Kgwatalala ,PZhao X. 2008. A cri-
tical analysis of production- associated DNA polymorphisms in
the genes of cattle, goat, sheep, and pig.
14. Kashi Y, Hallerman E, Soller M. 1990. Marker assisted
selection of candidate bulls for progeny testing programs. Anim.
Prod. 52:21-31.
15. Khatkar MS, Thomson PC, Tammen I, Raadsma HW.
2004. Quantitative trait loci mapping in dairy cattle: Review and
meta-analysis. Genet. Sel. Evol. 36:163–190.
16. Landengren U, Nillson M, Kwok PY. 1998. Reading bits
of genetic information: Methods for single-nucleotide poly-
morphism analysis. Genome Research 8, 769–76.
17. Lipshutz RJ, Fodor S.PA, Gingeras TR, Lockhart DJ. 1999.
High density synthetic oligonucleotide arrays. Nature Genetics 21,
(supp. 1), 20–4.
18. Maheswaran M. 2004. Molecular Markers: History, Featu-
res and Applications. Advanced Biology. Issue; August, Page 17-24.
19. Mburu D, Hanotte O. 2005. A practical approach to microsa-
tellite genotyping with special reference to livestock population gene-
tics. ILRI Biodiversity project A manual prepared for the IAEA/ILRI trai-
ning course on molecular characterisation of small ruminant genetic re-
sources of Asia, October-December 2005, ILRI, Nairobi, Kenya.
20. Montaldo HH, Meza-Herrera CA. 1998. Use of mole-
cular markers and major genes in the genetic improvement of li-
vestock. Journal of Biotechnology, 1, 2, 1-7.
21. Morgante M, Olivieri AM. 1993. PCR-amplified micro-
satellite as markers in plant genetics. Plant J 3:175–182.
22. Smith C, Simpson S P. 1986. The use of genetic poly-
morphisms in livestock improvement. J. Anim. Breed. Genet.
Vol. 103, Issue 1-5. 205–217.
23. Spike CA, Bumstead N, Crittenden LB, Lamont SJ. 1996.
RFPL mapping of expressed sequence tags in the chicken. J. He-
red. 87, 6-9.
24. Southern E. 1979. Gel electrophoresis of restriction
fragments. Method Enzymol 68: 152-176.
25. Tautz D. 1989. Hypervariability of simple sequences as
a general source for polymorphic DNA markers. Nucl. Acids Res.
17, 16-18.
26. Turner PC, McLennan AG, Bates AD, White MRH. 1998.
Instant notes in molecular biology. BIOS Scientific Publishers Li-
mited, Oxford, UK.
27. Türkhaygen; http://www.turkhaygen.gov.tr.
28. Van Marle-Köster E, Nel LH. 2003. Genetic markers and
their application in livestock breeding in South Africa: A review.
South Africa Journal of Animal Sci. 33 (1) 1-10.
29. Vignal A, Milan D, Sancristobal M, Eggen A. 2002. A re-
view on SNP and other types of molecular markers and their use
in animal genetics. Genet. Sel. Evol., 34, 275-305.
30. Vos ,PHogers R, Bleeker M, Reijans M, Van de Lee T, Hor-
nes M, Frijters A, Pot J, Peleman J, Kuiper M Zabeau M.1995.
AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucl. Acids. Res.
23(21): 4407-4414.
31. Williams JGK, Kubelik AR, Livak KJ, Rafalsk JA, Tingey
SV. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are
useful as genetic markers. Nucl. Acids. Res. 18: 6531-6535.

hasad hayvancılık, ocak-şubat 2012, y›l: 27, say›: 321