Professional Documents
Culture Documents
Biokim 2
Biokim 2
BIOKIMIA DASAR
MODUL 02
KINETIKA REAKSI ENZIM α-AMILASE
LABORATORIUM BIOKIMIA
PROGRAM STUDI KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG
2020
KINETIKA REAKSI ENZIM α-AMILASE
Alat Bahan
Tabung Reaksi Larutan enzim 10X pengenceran
Kuvet Larutan pati 0,012% (w/w)
Stopwatch Buffer Tris HCl pH 7
Inkubator Reagen I2KI
Spektrofotometer visible
Mikropipet
Gelas Ukur
2.2. Cara Kerja
2.2.1. Penentuan V0 untuk Konsentrasi Substrat Tertentu
Pertama, dibuat secara duplo beberapa larutan pati dengan konsentrasi: 0,002 M,
0,004 M, 0,006 M, 0,008 M, 0,01 M, 0,012 M. Selanjutnya untuk kontrol, dicampurkan
750 µL larutan pati, 100 µL HCl 1M, 30 µL I 2KI, 120 µL enzim pada kuvet. Untuk
kontrol diukur absorbansinya pada panjang gelombang 600 nm. Nilai absorbansi diamati
setiap 5 detik selama 3 menit pertama, 30 detik sampai lima menit pertama, dan 1 menit
sampai pada 8 menit. Sedangkan untuk perlakuan pada masing-masing konsentrasi
dilakukan pencampuran 750 µL pati, 100 µL buffer, 30 µL I 2KI, dan 120 µL enzim pada
kuvet. Setelah itu absorbansi diukur pada panjang gelombang 600 nm. Lalu data
absorbansi yang telah dicatat dialurkan terhadap waktu.
4. Hasil
Setelah itu dialurkan grafik absorbansi tersebut berdasarkan konsentrasi tertentu pada rentang
waktu tertentu.
Gambar 2. Grafik absorbansi larutan sampel hingga t = 120 s
Berikut disajikan hasil pengamatan mengenai nilai absorbansi maksimum pada masing-masing
konsentrasi larutan pati.
[Pati](%) Amaks(kontrol)
0.002 0,396
0.004 0,192
0.006 0,251
0.008 0,289
0.01 2,56
0.012 2,204
3
2.5
A maksimum
1
0.5
0
0 1 2 3 4 5 6 7
[Pati] (%)
Gambar 3. Grafik konsentrasi pati terhadap absorbansi maksimum
Berikut disajikan nilai-nilai yang akan digunakan dalam parameter kinetika Michaelis-Menten
dan Lineweaver-Burk.
6E-03.
5E-03.
4E-03.
3E-03.
V0
2E-03.
1E-03.
0E+00.
0.000 0.002 0.004 0.006 0.008 0.010 0.012 0.014
[Pati] (%)
16000
14000
12000
10000
8000
1/V0
6000
4000 f(x) = − 3.59349594087548 x + 5706.02574521693
2000
0
50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550
1/[Pati]
Gambar 5. Grafik Lineweaver-Burk
1 Km 1
= +
V 0 V max [S ] V max
Berdasarkan persamaan yang diperoleh dari plot grafik Lineweaver-Burk, dapat ditentukan nilai
1
=9621,5 μmol/s sehingga Vmax = 1,039 × 10-4 μmol/s. Lalu nilai Km juga dapat ditentukan.
V max
Dari persamaan regresi linear y=−12,786 x +9621,5 , dapat dimisalkan Vo pada saat x ~ [C] =
0,012 sehingga y ~ 1/V0 = 9621,34. Kemudian informasi ini dimasukkan ke dalam persamaan
Lineweaver-Burk untuk dapat didapatkan nilai Km.
Km 1
9621,34= +
1,039× 10 × 0,012 1,039× 10−4
−4
K m =−0,16
Setelah itu juga dapat ditentukan nilai aktivitas seperti unit aktivitas (UA), aktivitas total (AT),
dan aktivitas spesifik (AS).
Unit Aktivitas
V max
UA=
V enzim
−4
10 μmol
1,039 ×
s
UA=
120 μ L
−7
10 mol
UA=8,6 ×
Ls
Aktivitas Total
AT =UA ×V total
10−7 mol
AT =8,6 × ×1000 μL
Ls
mol
0,86
s
Aktivitas Spesifik
UA
AS=
menzim
mol
0,86
Ls
AS=
mg
27,95
mL
mol
AS=0,03
gs
5. Pembahasan
Metode Fuwa adalah suatu cara untuk menentukan aktivitas enzim secara kualitatif.
Secara prinsip, ketika reagen I2KI ditambahkan ke dalam larutan pati, maka kompleks pati-I 2KI
(iodometri) terbentuk dan akan menghasilkan warna ungu, tetapi apabila ditambahkan enzim
maka kompleks iodometri akan terdegradasi oleh aktivitas enzim yang mengurai pati. Ketika pati
terurai oleh enzim amilase maka I3- tidak dapat berikatan lagi dengan pati dan tidak akan
dihasilkan warna ungu sebagaimana hasil yang diperlihatkan pada uji positif (Arnold et al.,
2001).
Enzim amilase bekerja dengan cara menghidrolisis ikatan α-D-1,4-glikosidik pada pati
sehingga dihasilkan disakarida atau oligosakarida tertentu. Adapun mekanisme reaksi yang
berlangsung pada saat hidrolisis pati terjadi digambarkan sebagai berikut.
Gambar 6. Mekanisme reaksi enzimatis hidrolisis pati oleh amilase
Dalam reaksi yang terjadi, pada umumnya hidrolisis oleh α-amilase diawali oleh
likuefaksi, yaitu ketika enzim ini menurunkan viskositas hasil gelatinisasi pati dengan cara
mengurangi panjang rantai amilosa. Produk dari likuefaksi pati disebut sebagai maltodekstrin
yang berarti campuran produk hasil hidrolisis yang mengandung oligosakarida dan polisakarida
baik yang bercabang maupun yang tidak bercabang. maltosa berperan sebagai leaving group dan
molekul air akan berikatan pada daerah yang mengalami hidrolisis. Kemudian dalam reaksi yang
terjadi terbentuk intermediet (senyawa antara) yang memiliki karakteristik fisika dan kimia
sesuai dengan produk yang akan dihasilkan (MacGregor et al., 2001).
Ketika unit glukosa pada pati berikatan dengan sisi aktif pada enzim (di antara domain A
dan B), molekul polisakarida akan mengalami arrangement. Dari pembentukan ikatan ini
terdapat interaksi hidrogen dan hidrofobik di anatara residu asam amino pada enzim dan unit
glukosa pada pati (Hiromi et al., 1973). Ketika terbentuk ikatan, besaran energi yang diperlukan
dapat negatif ataupun positif. Apabila energi dalam ikatan bernilai negatif, hal ini berarti terdapat
atraksi yang kuat antara residu asam amino dan unit glukosa, sedangkan pada besaran energi
positif, hal yang terjadi adalah yang sebaliknya. Diperlukan energi dalam besaran negatif untuk
membentuk ikatan saat hidrolisis berlangsung, tetapi pada saat produk terbentuk dibutuhkan
energi dalam besaran positif untuk melepaskan produk tersebut (Arnold et al., 2001).
Berdasarkan hasil perhitungan yang telah dilakukan diperoleh parameter kinetika Michaelis-
Menten, yaitu Vmax dan Km yang masing-masing bernilai 1,039 × 10-4 μmol/s dan -0,16. Pertama
akan dibahas terlebih dahulu alasan diperoleh nilai Km yang negatif karena seharusnya nilai
konstanta tersebut tidak dapat bernilai negatif. Diduga karena data yang kurang baik karena
kontaminasi atau kesalahan saat dilakukan pengerjaan. Adanya nilai absorbansi oleh latar
belakang (ada sinyal selain sampel di kuvet yang dideteksi oleh sensor di alat) dan galat di saat
reaksi keadaan tunak dapat menyebabkan konstanta Michaelis-Menten yang bernilai negatif
(Liao et al., 2005). Sedangkan untuk laju maksimum reaksi enzimatis, memang tidak memiliki
nilai referensi yang absolut, jadi dapat dianggap bahwa secara eksperimental nilai Vmax yang
diperoleh rasional.
Kemudian terdapat beberapa terminologi terkait kinetika enzim, yaitu V0, Vmax, Km, unit
aktivitas, aktivitas total, dan aktivitas spesifik. Pertama, laju awal (V0) adalah laju ketika pertama
kali substrat dikonversi menjadi produk. Laju reaksi enzimatis maksimum (Vmax) yang tidak
lagi mengalami peningkatan dan tampak stasioner dikarenakan semua enzim sedang berikatan
dengan substrat dan membentuk kompleks enzim-substrat atau semua substrat telah diubah
menjadi produk. Kemudian, Km adalah konstanta Michaelis-Menten yang menunjukkan
konsentrasi substrat ketika laju reaksi sama dengan setengah dari laju maksimum (Vmax). Nilai
Km dapat menunjukkan efisiensi pengikatan substrat oleh enzim. Semakin besar konstanta
Michaelis-Menten, maka semakin tidak efisien pembentukan kompleks enzim-substrat dan
dibutuhkan substrat dalam jumlah besar agar enzim mencapai laju maksimumnya. Ketika Km
bernilai kecil, hal ini bermakna kompleks enzim-substrat dapat terbentuk dengan efisien dan laju
maksimum dapat dicapai hanya dengan konsentrasi substrat rendah (Lehninger et al., 2008).
Kemudian unit aktivitas adalah satuan yang dipakai ketika 1 μmol substrat dikonversi menjadi
produk. Sedangkan aktivitas spesifik adalah ukuran kemurnian enzim yang nilainya terus
meningkat selama proses pemurnian dan menjadi konstan ketika enzim telah berada pada
keadaan murni. Lalu Aktivitas total adalah hasil kali dari aktivitas enzim dengan volume total
enzim.
6.1. Kesimpulan
Adapun berdasarkan hasil praktikum yang diperoleh dapat disimpulkan:
1. Laju awal reaksi enzimatis pada konsentrasi tertentu adalah sebagai berikut V0,002 = 2,44 X
10-4 μmol/s; V0,004 = 1,55 X 10-4 μmol/s; V0,006 = 2,39 X 10-4 μmol/s; V0,008 = 1,37 X 10 -3
μmol/s; V0,01 = 5,63 X 10-3 μmol/s; V0,012 = 7,04 X 10-5 μmol/s.
2. Parameter pada kinetika Michaelis-Menten adalah Vmax = 1,039 X 10-4 μmol/s dan Km = -
0,16.
3.
DAFTAR PUSTAKA
Arnold FH, Wintrode PL, Miyazaki K, Gershenson A. 2001. How enzymes adapt: lessons from
directed evolution. Trends in Biochemical Sciences. 26(2):100-106.
Aslanzadeh, S., Ishola, M., Richards, T. and Taherzadeh, M. (2014). An Overview of Existing
Individual Unit Operations. Biorefineries, pp.3-36.
Moreno, A., Bloom, D., Singh, P., Fantry, J., Gorton, S. and Mhadeshwar, A. (2013). A Novel
Enzymatic Technology for Removal of Hydrogen Sulfide from Biogas. New and Future
Developments in Catalysis, pp.17-32.
Van Der Maarel, M. J., Van der Veen, B., Uitdehaag, J. C., Leemhuis, H., & Dijkhuizen, L.
(2002). Properties and applications of starch-converting enzymes of the α-amylase
family. Journal of biotechnology, 94(2), 137-155.
Voet, D., & Voet, J. G. 1995. Biochemistry. New York: J. Wiley & Sons.