editorial Ci —
Rol de los laboratorios publicos en el diagndéstico SARS-CoV-2 en la
pandemia de COVID-19: Experiencia, desafios y oportunidades
Marzo 2021
Role of public laboratories in the SARS-CoV-2 diagnosis in the COVID-19 pandemic:
experience, challenges and opportunities. March 2021
‘esfuerzo de los equipos de salud en todo el mundo, que han visto
/sobrepasada sus eapacidades, obligande a los gobiernos a im-
‘pulsar un trabajo coordinado entre las instituciones pablicasy privadas
para enfrentar esta pandemia, Esta situacién ha afectado el quehacer de
los laboratorios clinicos en general, y més ain, alos laboratorios que
‘cuentan con diagnéstico molecular, los que se han visto enfientados
fauna demanda de eximenes de reaccién en cadena de la polimerasa
/-PCR) para SARS-CoV-2 jams antes
Lea
‘diagnésticas mis econémicas, la utilidad clinica de estas técnicas
‘para el diagnéstico de enfermedades y monitorizacién de tratamiento,
{junto con situaciones epidemiologicas particulares, como por ejemplo
influenza AHINI, tuberculosis, infecciones de transmisién sexual,
‘ere otras, han failitado la incorporacién de téenicas de diagnostico
‘molecular al sector piblico, implementado laboratoris y capacitando
to con Ia implementacién de nuevos
laboratorios lo largo de pais, donde contribuyeron las universidades,
‘centros de investigacién, empresas salmoneras y entidades privadas,
‘conformando hasta diciembre de 2020, una red de laboratorios registra
«do porel Instituto de Salud Pablica (ISP) de 148 centros con capacidad
diagnéstica de PCR SARS-CoV-2 (Figura 1),
Este esfuerzo encomiable no estuvo ajeno a dificultades en su imple-
‘mentacién. En esta ocasién, dscutiremos los aciertos y errores, proble-
‘correspondencia 3
swmaeevedoegmat com
‘dona benaol area gous
inlstanauchled
‘mas y soluciones,dfcultades superadas y por superar del diagnéstico
‘de COVID-19 durante el aflo 2020, con una mirada constructiva para
seguir enfrentando
‘esta pandemia que tanta incertidumbre ha generado en el mundo,
Primer caso en Chile
Desde el primer caso detectado de SARS-CoV-2 en Chile, el 3 de
‘marzo de 2020, os laboratorios de diagnéstco se vieron enfrentados
‘a una situacién nunca antes vista Si bien existia consenso sobre el
impacto del COVID-19, los comentarios mas pesimistas no estuvieron
‘cerca de lo que ocurrié en las semanas posterior
‘momento del primer caso ‘en Chile, ya se habia puest
‘en marcha el diagnéstico de SARS-CoV-2 en una red de laboratorios
ppablicos y se anunciaba a la poblacién que el pais se encontraba
‘preparado ante un eventual aumento de solicitudes de exdmenes. Sin
‘embargo, tal como la peor pesadilla, nadie supuso lo que se vena: un
‘aumento sostenido de casos sospechosos, que al correr de las semanas,
‘sobrepasé la capacidad de los laboratorios hasta esa fecha establecidos.
Lainyeecién de recursos, contratacién y capacitacién de persona, junto
‘al compromiso de los equipos de salud, en pocas semanas permit un
‘aumento progresivo de laboratorios con la autorizacién del ISP para
realizar diagnéstico de SARS-CoV-2.
Implementacién de la red de laboratorios
La mayoria de los laboratorios del sector piblico y hospitales de
alta complejidad no contaban con tecnologia operativa para realizar
wore 135 — ©>rCi Editorial
Figura 1. Red de labors
torios con capac iag-
sti de PER SARS-Cole2
hasta diciembre de 2020,
136 sreint
A Tipo de laboratorio
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RT-PCR de SARS-CoV-2. En un inci, la ro de lx
boratoros,considerada por la Subsecretara de Redes
Asistncales dl Ministerio de Salud para apoyaral ISP
como referencia, inluia os laboratorios dels siguientes
tstablcimientos: Cent Oncoldyico del Norte (Antfa-
‘gasta), Hospital San Camilo (San Felipe), Hospital San
Juan de Dios (Santiago), Hospital Clinico Repional de
Concepeién Dr, Guillerao Grant Benavente (Consep-
cidn), Hospital Dr. Henan Henriquez Aravena (Temuco)
1 Hospital de Puerto Mont Estos cenroscontaban con
Jas competences inicales para enrenar a contingencia
¢ implementaion de esta nueva tecnica, ya qu eran parte
dclareddevigilancia de viras epiratrisimmplementada
para el diaanético molecular de influenza AHINI
En una segunda instani
ra de Redes Asistencials estableci6 alianzas estatéicas
‘con otros ministerias ¢ instituciones piblicas y privadas
paraexplorar opciones de un mayor crecimiento de oferta
deeximenes. E] Ministerio de Ciencias, Tecnologia, Co-
‘nocimiento e Innovacién se cent tempranamente en ati
‘cular las universidades que contaban con equipamiento y
recurso humano altamentecalificado en investigacién que
utilizaban herramientas de biologia molecular. Al 23 de
‘marzo de 2020, se iniia la incorporacién de los primeros
6 laboratorios universitarios legando al 30 de noviembre
‘de 2020 acontar con 33 operativos en la red. Ademiés, se
incorporan los laboratorios de Estaciones Cuarentenarias,
de Lo Aguirre, perteneciente al Servicio Agricola y
Ganadero (SAG); empresas privadas pertenecientes a la
industria salmonera de la zona extrema sur del pais y la
Policia de Investigaciones de Chile (PDI) perteneciente
al Ministerio del Interior y Seguridad Pablica,
El incremento de laboratorios su capacidad de andl
sismuestra un aumento sostenido del nimero de eximenes
‘en el tiempo, destacando a nuestro pais, como uno de los
lideres mundiales en diagnéstico por total de habitantes,
(Figura 2). Hasta diciembre de 2020, se implementaron
148 laboratorios del sistema integrado de laboratorios
de diagndstico de SARS-CoV-2, con una capacidad de
procesamiento de cerca de 50,000 muestras dirias que ha
‘analizado un total de 6.424.004 muestras. Este encomiable
‘esfuerzo, es sin dudad uno de Tos logros mas relevantes
‘en el manejo de la pandemia.
eevee ec 2021 382 135:148 Editorial (2 -Cj —
‘Namero de laboratorios
®
‘Capacidad de analisis/ Nimero de laboratorios
‘capacidad de andlisis:
Figura 2. Crecimionto de a capacidaddiagndstca de PCR SARS-CoV? hasta diembre de 2020, Fuente: Deparamenta de Pniicacio Esatgica y Gestion tert
Registro de capacidad diagnéstica de
boratorios
Inicialmente en pandemia, toda la capacidad diagnos-
‘tice estaba centralizada en el ISP. Este mismo instiuto
‘capacit6 presencialmente al primer nicleo de laboratorios
‘de instituciones piblicas. Paralelamente el Ministerio de
Salud solicité al ISP velar pore! buen funcionamiento de
Jos laboratorios recutados progresivamente para procesar
RT-PCR de SARS-CoV-2 generando un registro de
‘capacidad diagnéstica. Para poder ingresar al registro y
‘procesar muestras inicialmente se realizaba una prueba
‘de concordancia de resultados con el laboratorio de re-
ferencia, se enviaban muestras postivas y negativas con
distinos valores de Ct (Cyele threshold). Posteriormente
se avanz6 en solicitar una mayor cantidad de requisites,
de calidad que incorporan registtos documentales de
‘controle, protocolos deextraccién y amplifcacién, junto
‘con dacumentos de trabajo para veificar a organizacion
Y flujo de trabajo.
Los resultados de la prueba de concordancia eran
‘evaluados directamente en el ISP; si la concordancia,
‘era 100% se autorizaba el registro y funcionamiento det
laboratorio para procesar muestras clnicas; de no haber
cconcordancia se enviaba un ser de muestras ciegas y se
retroalimentaba al laboratorio sobre las posibles fuentes
de error e instancias corregir hasta obtener 100% de
cconcordancia requerida para autorizarsu funcionamiento
como parte de Ia red nacional de laboratorio para el
diggnéstico de SARS-CoV-2.
La proyeccién estimada del proyecto red de laborato-
tos en Chile fue en ascenso continuamente partiendo de
3.000 anilisis diarios en marzo a aproximadamente 50.000
diarios en el mes de diciembre, para cumplir con una tasa
de 200 test diario por cada 100.000 habitantes (consi-
derando una capacidad de 16.000 andisis en el sistema
privado), y una capacidad instalada de 90 laboratorios
piblicos que reaicen 300 andlisis en promedio cada uno,
Iegando a 260 test por 100,000 habitantes. Es important
rocalear que desde, septiembre en adelante, la capacidad
diggnésticasiguié aumentando debido ala instalacin de
jemas de extraccién automatizada y termocicladores,
acompatiado de la incorporacién de nuevos laboratorios
de biologia molecular a la red.
airtel — ©>rCi Editorial
wor evil
En comparacién con el resto de los paises, segin
btps://ourworldindata.org/ al 18 de diciembre se registra
‘un aproximado de 309,14 test por eada 1.000 habitantes,
Con respecto al niimero de test realizades por cada
‘muestra positiva la misma organizacién, registra a la
‘misma fecha 21 test por eada caso confirmado, poniendo
«Chile entre los paises que realizan un mayor tamizaje en
su poblacién,liderando Latinoamérica y posicionéndolo
centre paises desazrollados.
Registros de los resultados
Las estadisticas y registros a nivel pais se generaban
inicialmente desde los diferentes laboratorios que confor-
‘man la red. Se requeria la necesidad de programat y pro-
year la demand y oferta de RT-PCR para SARS-CoV-2,
porlo que la solicitud, organizacién y sistematizacién de
Tainformacién se coordiné desde el nivel central hacia la
rod de laboratorias desde inicios de marzo de 2020. Se
definié el uso de dos planilla: una planilla con acceso
restringido, que inclua el lstado completo de datos del
paciente junto con sus resultados, y una segunda planilla
‘con un consolidado de produccién de cada laboratorio.
Debido al alto flujo en la demanda de eximenes,
se gener una plataforma informatizada (Plataforma
‘Nacional de Toma de Muestra, PNTM) a solicitud de
la Subsecretaria de Redes Asistenciales para optimizar
la trazabilidad de los examenes y sus resultados. Esta
plataforma debuta en junio de 2020 con el objetivo de im-
pplementar un sistema de registro y trazabilidad en tiempo
real para todas las prestaciones de laboratoio clinico y/o
biologia molecular que se ejecuten en el pais en apoyo
al diagnéstico de SARS-CoV-2, permitiendo el ingreso
de informacién por part del profesional o téenico desde
la toma de muestra, trazabilidad al laboratorio a donde
cs derivada, Ia etapa del procesamiento y el resultado
cn tiempo real. Esta plataforma cuenta con niveles de
seguridad en el respaldo de la informacion y su implemen
tacién se realizé en tres etapas: conocimiento y difusibn
de la plataforma, integracin con sistemas informaticos
locales anivel de Servicios de Salud olaboratorios y, por
‘timo, inicio oficial y obligatorio que se ejecuté desde
septiembre por oficio.
En diciembre de 2020, 115 laboratorios a lo largo del
pals ostaban utilizando la plataforma, lo que conformaba
cen ese entonces el 80% de la oferta de eximenes a nivel
nacional, Otro de los objetivos que plantea la Division de
Gestin de Redes Asistenciales (DIGERA) en esta ins-
tanciaes la interoperabilidad con sistemas de notificacién
de enfermedades obligatorias EPIVIGILA donde se con-
centran las notificaciones de enfermedad por COVID-I9
¥, a su vez, poder alimentar las estadisticas nacionales
para el Departamento de Estadisticas ¢ Informacion de
Salud (DEIS), logrando una mayor eficiencia el recurso
‘humano que trabaja en los diferentes Ambitos relacionados
‘con esta pandemia’
Loanterior resume todo el esfuerzo de los laboratories
piiblico/privado/universitarios para incrementar el diag-
néstico molecular de SARS-CaV-2. Este colosal desaf
representa un hito en la salud piblica de nuestro pais,
Sin embargo, esta tarea no estuvo exenta de dificullades
¥y problemas, acompaniada con el desgaste de los profe-
sionales de laboratorios.
Dificultades en 1a implementacién del
diagnéstico de SARS-CoV-2
Durante el inicio de la pandemia, especialmente entre
los meses de marzo a mayo de 2020, se presentaron
variadas dificultades a las que se vieron enfrentados los
profesionales de laboratorios. A continuaciGn, se presen-
tan las mas importantes.
Obtencién de muestra
El proceso de capacitacién del personal técnica y
profesional para la toma de muestra fue normado desde
el nivel central y difundido dentro de la red de salud de
diversas maneras. Inicialmente se recomend6 el medio
de transporte viral como medio para la toma de muestra
‘desde el ISP, el cual suri6 quiebre de stock répidamente,
ademés de presentar como dificultad que no se podia
mantener la muestra previo al procesamiento por mis
de res dias en refrigeracién, pues alteraba la estabilidad,
Posteriormente, en el contexto de ta alta demanda del
‘examen RT-PCR y la necesidad de mantener estable
la muestra por varios dias, se migré al uso de medio de
transporte con estabilizadores de ARN, lo que si bien
permite una mayor bioseguridad para los operadores,
no estuvo exento de complicaciones para el manejo en
los Iaboratorios, asi como también en su compatibilidad
‘con los diversos sistemas de extraccién y amplificacién
utlizados. Otra difcultad, fue el quiebre de stock de las
torulas flexibles para toma de muestra nasofaringea, lo
‘que implicé que durante los meses entre abil y julio se
trabajé con tarulas orofaringeas (mis gruesas y menos
flexibles) por via nasofaringea. Esta situacién no estuvo
‘exenta de polémica, incluso mediatica, dado que se
adquirieron desde el nivel central para distribucién na-
‘ional, apesar de las ecomendaciones de las sociedades
Cientiicas que cuestionaban su uso masivo, También se
discutié ampliamente el uso de saliva como muestra en
lugar dl hisopado nasofaringeo. Esta téenia fue validada
para uso en algunos centros piblicos, universitarios y
privades, no prosperando su uso masivamente hasta la
fecha, siendo uno de los argumentos para no utilizara las,
‘especificaciones téenicas de los kts de RT-PCR, junto
4a falta de protocolos de validacién y verificacidn en
‘esta matriz de muestra ‘Transporte de muestras
La Regin Metropolitana concentra Ia mayor pobla-
‘cin del pais por lo que durante los meses mis élgidos
‘de demanda de RT-PCR para SARS-CoV-2 se debieron
enviar muestras a los laboratorios de regiones en for~
mato recomendado por ISP para traslado de muestras
‘en forma segura. Los contenedores se trasladaban por
courier contratados desde nivel central o por aviones de
insttuciones armadas, todo coordinado desde DIGERA.
Para no perder trazabilidad de las muestras, cada envio
rCi Editorial
wor evil
cextraceién del ARN viral para realizar la reaccién de RT-
PCR’, utilizar métodos in home de extraceidn de ARN‘,
téenicas de MALDI- TOF, muestras agrupadas o poo!
testing” y pruebas répidas de antigenos”, entre otras. De
estas estrategias,actualmente el pool testing y las pruchas
ripidas de antigenos han sido las metodologias adoptadas
por el MINSAL para diagnéstico de SARS-CoV-2.
Pool testing
La estrategia de poo! testing ha sido utlizada para
‘otro patégenos como para el VIH, virus hepatitis B,
virus hepatitis C, influenza, incluido el SARS-CoV-2.
Con fecha 9 de septiembre de 2020, la Subsecretaria de
Salud Piblica del Ministerio de Salud a través del Ord,
BSI N"3833 describe el marco general para realizar poo!
testing en la red de laboratorios clinicos que cuentan con
registro de capacidad diagnéstico para SARS-CoV-2
entregado porel ISP, donde la positividad dela deteccién
por SARS-CoV-2 debe ser menor a 10% Esta estrategia
detesteo grupal se recomicnda sélo en la bisqueda activa
decasos. Hasta la fecha, cerca de 40 laboratoriosrealizan
‘pool testing, en su mayoria uilizando cinco muestras para
conformar el pool,
‘Test ripidos y la deteccién de antigenos
A pesar que las prucbas ripidas de antigenos presen-
tan valores de sensibilidad y especificidad menores que
las tBenieas de deteecién viral por PCR, el bajo costo,
rapidez (< 15 min) y su uso en estudios de campo sin
la necesidad de un laboratorio o equipamiento especial,
hhacen de estas prucbas una estrategia atrativa para su
uso masivo, Para el caso de SARS-CoV-2, existen en el
‘mercado varias pruebas ripidas de antigenos disponibles.
Hasta la fecha, los estudios publicados de validacién de
las pruebas ripidas de antigenos de SARS-CoV-2 en
personas asintomiticas que respaldan el uso de estas
pruebas en estrategias de bisqueda activa y vigilancia
epidemiologica, muestran valores de especificidad altos,
‘ransforméndolos en una herramienta itil para la pesquisa
de personas portadores SARS-CoV-2. Es importante
destacar que el estindar de oro para el diagnéstica clinico
de SARS-CoV-2 sigue siendo la RT-PCR. Considerando
la informacion disponible sobre el uso de las pruebas
ripidas de antigenos en pacientes sintomticos, se re-
‘comienda su uso en situaciones o condiciones donde no
sea posible realizar una RT-PCR, lo cual fue estipulado
rocientemente a través del Ord. BSI N° 536, con fecha 4
de febrero de 2020, de la Subsecretaria de Salud Publica
dl Ministerio de Salud,
‘Nuevas plataformas
Debido al aumento en la demanda de eximenes de
RT-PCR y el desarrollo de nuevas plataformas de ampli-
ficacién de dcidos nucleicos (nucleic acid amplification
test, NAAT), existen en el mercado numerosas tEenicas
de diagnéstico molecular. La mayoria de ellas presentan
niveles de sensbilidad y especificidad comparables con
las tgenieas de diagndstico molecular ya disponibles. Sin,
‘embargo, es importante siempre realizar una verificacién
Tocal de nuevas téenicas, independientes de los valores.
declarados por los fabricantes, independientes de las
‘ventajas comparativas que preseatan, como disminucién
‘de los tiempos de respuesta, nevesidad minima de equi-
;pamientoe infraestructua,
Fs relevante destacar, que algunas de estas platafor-
‘mas, sobre todo las del tipo point of care, pueden ser
una estrategia de testeo relevante para aquellos centros
‘que requieran resultados de forma répida para el uso de
pabellones, trasplante de érganos, ingresos a unidades de
‘cuidados intensivos, entre otras actividades clinicas que
requieran un diagnostico répido,
Centro de referencia
Tal como se ha mencionado anteriormente, la pande-
mia de COVID-19 ha puesto una presi6n, casi sin prece-
‘denies en la era contemporinea, alos sistemas de salud
‘del mundo entero, Pero en particular a constituido un reto
significative para las unidades de laboratorio clinico ya
‘queel diagnéstico, al menos en nuestro pas, sigue estando
focalizado en las pruebas moleculares de RT-PCR. Hasta
‘esta fecha, el recuento oficial de pacientes sintométicos!
asintomaticos coresponde a quienes tienen una prucbe de
RT-PCR positiva; por lo anterior, la estandarizacién dela,
‘éenica tiene un significado crucial parala valida de estos
datos, En este contexto, la tarea de un centro de referencia
ces de vital importancia dada la enorme variabilidad de
‘eentros que se incorporaron a la red de diagnéstico de
SARS-CoV-2 mediante téonicas moleculares
Hasta Ia Hegada de esta pandemia, los laboratorios
linicos, tanto pailicos como privados, posefan una
‘experiencia variable en diagnéstico molecular. Si bien
los laboratorios universitarios, dedicados prineipalmente
4 investigacién poseian las capacidades téenicas para
realizar diagnéstco de SARS-CoV-2,earecian del manejo
de crtetios clinicos para realizar pruebas de RT-PCR.
‘con estas caractoristicas. Los laboratorios dedicados a la
agroindustria y acuicultura debieron realizar una incor-
poracién compleja de todos los aspectos relacionados
salud humana que necesité la mejor de las disposiciones
4 cooperar en esta gigantesca tarea. Hasta esta fecha, y
‘cuando la red de aboratorios para diagnéstice de SARS-
‘CoV-2 ya supera el centenar, es imperiosa la necesidad
de fortalecer el rol del ISP (y quizis una subred de
laboratorios de referencia) que entreguen directrices
¥ protocolos comunes, claros y consensuados, de los aspectos relacionados al diagnéstico de SARS- CoV-2,u
‘otros patdgenos emergentes que requieran de una ripida
respuesta del sistema de salud en su conjumt,
“En momentos donde se espera un rebrote de contagios
‘de SARS-CoV- 2, se debe evita improvisar y cometer los
:mismos errores que al inicio de la pandemia, consideran-
‘do, ademis, la amplia variabilidad de los test diagnésticos
disponibles y la existencia de enormes diferencias entre
los test serol6gicos, de antigenos y/o moleculares, que
ameritan indicaciones claras de uso y cobertura.
La irrupeién en el mercado de las pruebas ripidas
inmunoctomatogriticas de antigenos y anticuerpos IgG
IgM, que se venden en el mercado, requieren de un
‘control mis estricto de su uso y eporte de los resultados,
junto con verificaciones del ISP. Lo mismo aplica ala
‘amplia variedad de dispositives para toma y transporte
‘de muesiras, De lo anterior se desprende la necesidad de
fortaecer la red de referencia y en particular, modificar
ta legislacion, para regular téenicamente los dispositives
édicos. Del mismo modo, se requiere que las directrices
cemanadas desde un centro tnico de referencia que cuente
‘con un comité ampliado que incorpore al sistema de
rCi Editorial
wor evil
cexperto para interpretacién de resultados. La incorpora-
cid de tantos actores a la red de laboratorios para diag
néstico de SARS-CoV-2 requiere no solo la voluntad de
quienes participan dela red sino también a incorporaciéa
de recursos (teenolégicos, humanos y econémicos) que
ppermita mantener un esténdar homogéneo y active para
larealizacin de los eximenes de RT-PCR.
‘Hasta no tener un control dela pandemia, la estrategia
de TTA, resulta de vital importancia para la deteccién
preeoz de eas0s y control de brotes. Por otro lado, des-
‘conocemos cudn extensa sea la proteccidn inmunolégica
{que nos provean las vacunas y por lo tanto resulta impres-
cindible mantener la red de laboratorios activa
‘Tal como se produjo una reconversién de camas, en
Jos dstntos centros de salud piblios y privados del pais,
ces importante generar niveles de actividad de laboratorios
que permita ir activéndolos aun cuando la pandemia
pueda mostrar signos de retroceso. Ya son ampliamente
‘conocidas las experiencias de Europa y otras partes del
mundo que demuestran que ls olas de contagio pueden
resultar tanto 0 mis complejas que las precedentes y por
ellos vital contar con un diagnéstico precoz de los casos.
Hasta ahora, uno de los obsticulos més importantes
‘ue se ha debido sortear es Ia falta de integracion de la
red de salud, La integracién pareciera ser un sueBo para el
‘manejo de cualquier dato clinico debidoa la movilidad de
los pacientes y en particular dada la necesidad de contar
con dicha informacién a la brevedad. Son muchos los
‘beneficios que una red integrada de salud puede producit
cn la poblacién; sin embargo, el requerimiento que ha
significado para el manejo de esta patologia, cl poder dis-
poner la brevedad de los resultados de laboratorio quizas
‘constituya un pequeio gran salto en la incorporacién de
tun sistema unificado de salud que permita, guardando
la confidencialidad de los datos, contar con un sistema
integrado de laboratorios y que permita un fio expedito
de la informacion. En la actualidad existe un sistema
para todo Chile respecto a los datos de Iaboratorio para
patologias especificas como VIH, hepatitis B y hepatitis
, que podtrian contribuir aun desarrollo masivo a nivel
nacional para ottos eximenes.
En particular, para la RT-PCR de SARS-CoV-2 seha
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