Laporan Praktikum Hari/Tanggal : Kamis/26 Mei 2021

Bioinformatika Waktu : 08.00 – 11.00

PJP : Rini Kurniasih, S.Si,

M.Si

ANALISIS HOMOLOGI DAN CONSERVED DOMAIN ANGIOTENSIN

CONVERTING ENZYME-2 (ACE2)

Muhammad Iqbal G84180026

Mustika Luthfia G84180038
Salsabila Aida Fithri G84180043

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2021
 PENDAHULUAN

Analisis homologi merupakan suatu teknik yang digunakan untuk melihat

persamaan atau kekerabatan suatu organisme pada tingkat basa dan asam amino.
Urutan basa juga dapat digunakan untuk mengidentifikasi terhadap suatu
organisme yang baru ditemukan (belum diketahui) (Rismiarti et al. 2016). Teknik
homologi didasarkan atas pensejajaran barisan sekuens asam amino protein target
dengan protein mirip yang telah diketahui struktur tiga dimensinya secara
laboratorium dan sudah terdata pada database. Pemodelan homologi sering
digunakan untuk melakukan virtual screening, melakukan desain percobaan
mutagenesis, dan mempelajari efek variasi dari sekuen (Wijaya dan Hasanah
2016). Uji homologi dapat dilakukan dengan memanfaatkan informasi sekuen
yang tersedia di dalam pusat data Genebank menggunakan Basic Local
Alignment Search Tool (BLAST) (Rismiarti et al. 2016).
BLAST adalah program pencarian kesamaan urutan yang dapat digunakan
melalui antarmuka web atau sebagai alat yang berdiri sendiri untuk
membandingkan urutan sekuen protein atau nukleotida sampel dengan basis data.
Blast terprogram menjadi beberapa bagian yaitu BLASTn, BLASTp, BLASTx,
tBLASTx, tBLASTn. Menurut Syngai et al. (2013), BLASTn digunakan untuk
membandingkan urutan nukleotida dengan nukleotida basis data, BLASTp
digunakan untuk membandingkan urutan protein dengan urutan protein basis data
dan BLASTx digunakan untuk menerjemahkan sekuen nukleotida untuk
dibandingkan dengan basis data protein dalam satu langkah. Sementara tBlastx
digunakan untuk menerjemahkan protein untuk dibandingkan dengan basis data
nukleotida. tBLASTn digunakan untuk membandingkan kemungkinan transalasi
dari sekuen nukleotida dengan translasi pada nukleotida basis data. Pemilihan
program blast yang sesuai sangat penting dilakukan agar data yang dihasilkan
bersifat akurat.
Motif sekuen merupakan urutan sekuen yang dilestarikan pada protein di
setiap organisme dan menjadi suatu karakteristik khas dari suatu kelompok
organisme yang memiliki sekuen tersebut. Motif sekuen memiliki informasi
penting terkait penentuan fitur struktural atau fungsional suatu protein atau asam
nukleat seperti situ pengikatan, situs aktif, situs pengikatan ligan, situs pengikatan
transkripsi, atau daerah interaksi antarmuka. Sekuen konservatif dapat berperan
dalam pengulangan urutan pada basa mikrosatelit berkisar antara 4 sampai 6 motif
dimana marka tersebut berguna sebagai marka genetik karena bersifat kodominan
(Nuraida 2012). Praktikum bertujuan menganalisis homologi, conserved domain,
conserved sequence, serta mengidentifikasi asam amino penting dari protein
ACE2.
 METODE

Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan dari 2 September sampai 8 September 2021

secara daring di kediaman tempat tinggal praktikan masing-masing.

Bahan dan Alat

Alat yang digunakan dalam praktikum yaitu laptop ASUS Vivobook

A516EAO RAM 8 GB dan website https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi,
https://consurf.tau.ac.il, dan https://www.uniprot.org/. Bahan yang digunakan
adalah file FASTA ACE2 dengan kode PDB 6VW1.

Prosedur Percobaan

Analisis Homologi
Analisis homologi protein ACE2 (kode PDB: 6VW1) dilakukan pada
website https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi menggunakan BLASTp. Sekuens
gen diinput pada query sequence (format FASTA), pilih “PDB database” sebagai
database yang dibandingkan, lalu pilih blastp (protein-protein BLAST) sebagai
jenis algoritma yang digunakan. Hasil analisis homologi BLASTp berupa max
score, total score, query cover, E value, percent identity, dan accession.

Analisis Domain Lestari

Analisis domain lestari (conserved domain) dilakukan pada website
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi menggunakan BLASTp. Lima sekuens
teratas dipilih karena menandakan tingkat homologi tertinggi untuk dapat
dilanjutkan analisis domain lestari. Pilih “graphic summary”, lalu “show
conserved domains” untuk melihat domain yang lestari. Selanjutnya pada diagram
“superfamilies” terdapat tiga daerah domain fungsional dari sekuens protein
ACE2.

Identifikasi Asam Amino Lestari

Identifikasi asam amino lestari (conserved sequence) dilakukan dengan
menggunakan website https://consurf.tau.ac.il. Asam amino yang digunakan yaitu
enzim ACE 2 dengan kode PDB: 6VW1. Kode protein tersebut diinput ke dalam
kolom ID protein. Selanjutnya pilih chain yang diidentifikasi. Selanjutnya pada
kolom pertanyaan Multiple Sequence Alignment (MSA) pilih “NO” jika belum
melakukan Alignment terhadap protein yang dipilih. Hasil analisis asam amino
lestari dikirimkan melalui email yang dilampirkan dalam kolom alamat email.

Identifikasi Peran Residu Asam Amino

Identifikasi residu asam amino dilakukan dengan menggunakan website
(www.uniprot.org). Residu asam amino yang digunakan berasal dari enzim ACE2
dengan kode PDB: 6VW1. Nama protein diketik pada kolom pencarian dengan
kode 6VW1. Informasi urutan asam amino penting dapat dilihat di bagian
Function Sites.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Analisis Homologi

Analisis homologi dengan menggunakan BLASTp pada protein ACE2

(kode PDB: 6VW1) chain A menunjukkan hasil bahwa sekuen memiliki panjang
sebesar 597 sekuens dan berasal dari superfamili Gluzincin spesifik peptidase
(Gambar 1).

mus nanti klo udah bilang yak, tapi klo mau sekalian rapiin juga boleh
wwkwwk. maaci bundd owkeeey

Analisis Asam Amino Lestari ( Conserved Sequence)

Alignment ditargetkan pada 150 sekuen asam amino yang paling homolog
dengan kemiripan maksimal 95 dihasilkan Multiple Sequence Alignment (MSA)
(Gambar 1). Hasil tersebut menunjukkan adanya persamaan dan perbedaan pada
protein-protein yang dilakukan penyelarasan. Beragam warna pada analisis asam
amino lestari menunjukkan tingkat kelestarian atau tingkat kesamaanya dari suatu
asam amino tersebut (Gambar 2). Warna biru menunjukkan asam amino yang
bersifat variabel atau berubah-berubah. Misalnya pada urutan kedua memiliki
variasi asam amino pada berbagai organisme. Semakin pekat warna menunjukan
asam amino semakin lestari atau sama antar organisme satu dengan yang lain.
 Gambar 2 Multiple Sequence Alignment (MSA) dengan posisi asam amino
konservasi.
Conserved sequence atau asam amino yang lestari ditunjukkan dengan
kolom yang memiliki warna merah. Berdasarkan Gambar 1 diperoleh asam amino
yang lestari pada protein ACE 2 yaitu asam glutamat (E), alanin (A), triptofan
(W), treonin (T), isoleusin (I) dan asparagin (N). Data tersebut diperoleh dari
analisis consurf. Menurut Chorin et al. (2020), consurf merupakan alat
bioinformatika untuk memperkirakan secara akurat tingkat evolusi setiap posisi
dalam famili protein. Asam amino lestari merupakan asam amino yang
dipertahankan dalam suatu protein. Residu yang terlibat dalam fungsi tertentu
seperti sisi aktif dan katalisator biasanya merupakan jenis asam amino yang
lestari.
Tabel 1 menyajikan data berupa color score, confidence interval score dan
variasi residu pada 15 sekuen protein dari ACE 2 kode 6WV1 yang bersifat
lestari. Color score pada consuft memiliki interval dari 1-9, dimana semakin
tinggi color score menunjukkan asam amino tersebut semakin lestari. Confidence
interval score yaitu interval kepercayaan pada tingkat evolusi yang dihitung, yang
memperkirakan kredibilitas hasil (Ashkenazy et al. 2016). Variasi residu yaitu
variasi asam amino yang ada pada color score tertentu. Tabel 1 untuk sekuen
GLU375 menunjukkan bahwa sekuen asam amino GLU375 pada protein ACE 2
bersifat lestari dengan color score 9 dan confidence interval color 9,9. Asam
amino tersebut dapat bervariasi menjadi asam amino glisin (Q), Leusin (L), asam
glutamat (E). Variasi residu tersebut dapat ditemukan lestari pada 150 dari 150
sekuen yang diselaraskan.

Tabel 1 Asam Amino conservation score

No 3LATOM Color Confidence Interval MSA/Data Residue
color Variety

1. GLU375:A 9 9,9 150/150 Q,L,E

2. HIS505:A 9 9,9 147/150 H,L

3. ARG273:A 9 9,9 150/150 Q,R

4. TRP477:A 9 9,8 148/150 Y,V,F,W

5. GLU402:A 9 9,9 150/150 E,D

Protein dengan kode PDB 6VW1 manusia memiliki 10 residu asam amino
penting. Terdapat 2 situs aktif dari protein 6VW1 manusia berdasarkan Uniprot
yaitu asam amino ke-375 dan 505. Sisi aktif pada protein 6VW1 manusia terdapat
pada asam amino dengan kode Glu375 dan His505 seperti yang terlihat pada
gambar 1 (Wang et al. 2016; Towler et al. 2004). Rantai samping Arg273, His505,
dan His345 pada protein reseptor ACE2 terikat-H ke karboksilat terminal inhibitor
(Towler et al. 2004).
Protein dengan kode PDB 6VW1 manusia berdasarkan Uniprot memiliki 5
residu asam amino yang bertindak sebagai situs pengikat antara lain pada posisi
ke-169, 273, 477, 481, dan 515. Residu ACE2 Arg169 berperan sangat penting
dalam sensitivitas klorida (Rushworth et al. 2008). Gugus guanidino dari Arg273
membuat ikatan H bidentat dengan terminal karboksilat MLN-4760 (Towler et al.
2004). Trp477 dan Lys481 termasuk ke dalam situs pengikat CL1 pada ACE2
(Rushworth et al. 2008). Gugus fenolik Tyr515 menyumbangkan ikatan H ke
gugus karboksilat yang terikat seng dari inhibitor (Towler et al. 2004). Data residu
asam amino yang bertindak sebagai situs pengikat yang ada di Uniprot sesuai
dengan literatur yang ada.
Berdasarkan Uniprot protein dengan kode PDB 6VW1 manusia memiliki 3
residu asam amino yang berperan sebagai situs pengikatan logam, yakni urutan
protein ke-374, 378, dan 402. His374, His378, dan Glu402 berkoordinasi dengan
logam seng (Towler et al. 2004). Data residu asam amino yang bertindak sebagai
situs pengikat logam yang ada di Uniprot sesuai dengan literatur yang ada.

(a) (b)

Gambar 1 Situs aktif protein 6VW1 (a) Glu375; (b) His505 (Wang et al. 2016;
Towler et al. 2004).

SIMPULAN

Consurf digunakan untuk menganalisis kelestarian asam amino tertentu

yang dibandingkan dengan organisme lain. Asam amino dikatakan conserved atau
lestari jika memiliki score 7-9. Semakin pekat warna yang dihasilkan pada analisis
MSA maka asam amino tersebut bersifat lestari.

DAFTAR PUSTAKA

Chorin AB, Masrati G, Kessel A, Narunsky A, Sprinzak J, Lahav S, Ashkenazy H,

Ben-Tal N. 2020. ConSurf-DB: An accessible repository for the
 evolutionary conservation patterns of the majority of PDB proteins.
Protein Science. 29:258–267.
Ashkenazy H, Abadi S, Martz E, Chay O, Mayrose I, Pupko T, Ben-Tal N. 2016.
ConSurf 2016: an improved methodology to estimate and visualize
evolutionary conservation in macromolecules. Nucleic Acids Research.
44. doi: 10.1093/nar/gkw408

Nuraida D. 2012. Pemuliaan tanaman cepat dan tepat melalui pendekatan marka
molekuler. El-Hayah. 2(2): 97-83.

Rismiarti A, Kusmaningrum HP, Zainuri M, Pujiyanto S. 2016. Karakterisasi dan

identifikasi molekuler fusan hasil fusi protoplas interspesies Chlorella
pyrenoidosa dan Chlorella vulgaris menggunakan 18SrDNA. Jurnal
Bioma. 18(1): 30-40.

Rushworth CA, Guy JL, Turner AJ. 2008. Residues affecting the chloride
regulation and substrate selectivity of the angiotensin-converting enzymes
(ACE and ACE2) identified by site-directed mutagenesis. FEBS J. DOI:
10.1111/j.1742-4658.2008.06733.x.

Syngai GG, Barman P, Bharali R, Dey S. 2013. BLAST: An introductory tool for
students to Bioinformatics Applications. Keanean Journal of Science. 2
67-76.

Towler P, Staker B, Prasad SG, Meon S, Tang J, Ryan TPD, Fisher M, Wiliams D,
Dales NA, Patane MA, et al. 2004. ACE2 X-Ray structures reveal a large
hinge-bending motion important for inhibitor binding and catalysis. The
Journal Of Biological Chemistry. 279(17): 17996–18007. DOI:
10.1074/jbc.M311191200.

Wang W, McKinnie SMK, Farhan M, Paul M, McDonald T, McLean B, Cortes

CL, Hazra S, Murray AG, Vederas JC, et al. 2016.
Angiotensin-Converting enzyme 2 metabolizes and partially inactivates
Pyr-Apelin-13 and Apelin-17. Hypertension. 68(2): 365-377. DOI:
10.1161/HYPERTENSIONAHA.115.06892.

Wijaya H, Hasanah F. 2016. Prediksi struktur tiga dimensi protein alergen pangan
dengan metode homologi menggunakan program SWISS-MODEL.
BIOPROPAL INDUSTRI. 7(2): 83-94.