NAMA : DIANA SAFITRI R

KELAS :A
PRODI/JURUSAN : D4 TEKNIK LABORATORIUM MEDIK
NIM : P07134121011

PEMERIKSAAN SPESIMEN MIKROBIOLOGI MENGGUNAKAN MIKROSKOP

Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari organisme yang berukuran sangat kecil
sehingga tidak dapat dilihat dengan mata telanjang melainkan harus menggunakan bantuan
mikroskop. Organisme yang sangat kecil ini disebut sebagai mikroorganisme, atau sering disebut
mikroba ataupun jasad renik. Saat ini, mikrobiologi sangat berkembang luas pada berbagai
bidang ilmu pengetahuan, misalnya pertanian, industri, kesehatan, lingkungan hidup, bidang
pangan, bahkan bidang antariksa (Waluyo, 2009). Dalam mikrobiologi, dibutuhkan suatu teknik
khusus untuk mempelajari mikroorganisme. Di laboratorium mikrobiologi dan bakteriologi
untuk menumbuhkan dan mempelajari sifat-sifat mikroorganisme seperti bakteri diperlukan
suatu media sebagai tempat pertumbuhan mikroorganisme (Collyn and Lyne, 1987).

PERBANDINGAN PENGAMATAN BEBERAPA MIKROBIOLOGI MENGGUNAKAN

MIKROSKOP
1. Letak Fungi Endofit yang Diisolasi dari Tanaman Cordilyne fruticosa (L.) A. Chev.
Menggunakan mikroskop cahaya
A. Alat dan bahan
Alat: laminar air flow (laf), beaker glass 500 ml steril, scalpel steril, lampu spiritus,
pinset steril, cawan petri steril, mangkok, inkubator, tabung reaksi, rak tabung, jarum
inokulasi ujung lurus, penyangga kaca, kaca benda, kaca penutup, mikroskop cahaya,
mikropipet 5 ml dan mikropipet 10 ml. Bahan: aquades steril, kapas, kasa , komponen
medium pda diantaranya adalah serbuk pda, dan aquades, alumunium foil, daun hanjuang
merah, kulit batang hanjuang merah, alkohol 70%, alkohol 95%, NaOCl 1%, larutan
lactophenol, dan larutan lactophenol cotton blue.
B. Isolasi Fungi Endofit Dari Daun dan Kulit Batang Hanjuang Merah
Pengamatan preparat dilakukan di bawah mikroskop. Apabila nampak ada pertumbuhan
hifa, miselium, konidiofor, sporangiofor, dan spora konidia yang tumbuh pada tepi kaca
 benda, maka kaca penutup dapat dibuka. Preparat pada kaca penutup ditetesi alkohol 95%
tepat pada bagian yang ditumbuhi fungi endofit, sedangkan potongan medium dibuang.
Selanjutnya kaca penutup tersebut direkatkan di atas kaca benda yang bersih dan telah
ditetesi dengan larutan lactophenol atau lactophenolcotton blue. Setiap macam fungi
endofit yang tumbuh menempel pada potongan daun dan kulit batang hanjuang merah
pada medium pada lempeng diberi kode dengan abjad kemudian di inokulasi kan secara
aseptik pada medium pada lempeng dan medium pada miring, selanjutnya di inkubasi
kan di dalam inkubator pada suhu 25oc selama 3x24 jam, untuk memperoleh biakan
murni fungi endofit. Setelah di inkubasi, dilakukan pengamatan terhadap morfologi
koloni secara makroskopis fungi endofit pada medium lempeng, meliputi: warna koloni,
diameter koloni, sifat koloni, dan warna bagian dasar koloni.
C. Hasil penelitian
Fungi endofit yang berhasil diisolasi dari bagian daun dan kulit batang hanjuang merah
sebanyak 8 macam koloni fungi endofit. Setiap fungi endofit yang berhasil diisolasi
kemudian diberi kode huruf a, b, c, d, e, f, g, dan h kemudian di inokulasi di medium
miring pada sebagai biakan murni. Isolat fungi endofit yang telah diberi kode kemudian
dideskripsikan berdasarkan ciri makroskopis dan mikroskopis nya. Hasil deskripsi
tersebut kemudian dirujukkan pada buku kunci identifikasi untuk menentukan nama
spesies fungi endofit. Deskripsi ciri setiap isolat murni fungi endofit dijelaskan sebagai
berikut ini.
D. Hasil identifikasi isolasi A
Ciri-ciri makroskopis isolat a adalah warna koloni putih keabu-abuan, diameter koloni
setelah 7x24 jam inkubasi adalah 47 mm, sifat koloni serupa kapas, dan warna bagian
dasar koloni putih pada bagian pinggir dan hitam pada bagian tengah. Ciri mikroskopis
dari isolat a adalah hifa hialin, terdapat sekat pada hifa, dan berdiameter 4 µm.
Konidiofor hialin, dan diameter pada konidiofor sebesar 2 µm. Konidia pada isolat a
memiliki panjang 10 µm, dan berdiameter 2 µm, berbentuk silindris. Klamidospora
hialin, dinding klamidospora halus, bentuk klamidospora subglobose berdiameter 6 µm,
dan letak klami-dospora terminal. Isolat a memiliki apresorium dengan diameter 4,5 µm,
panjang 10 µm, dan berbentuk silindris.
 Gambar 1. Foto Koloni dan Foto Mikroskopis Fungi Endofit Isolat A.
Keterangan: A. Koloni fungi endofit isolat A, B. Foto Mikroskopis spesies
Colletotrichum coccodes (Perbesaran 400x).

2. Pengamatan pengamatan protozoa pada vesikula seminalis cacing tanah

menggunakan mikroskop cahaya
A. Alat dan bahan
a. Alat :
1) Pisau bedah
2) Gunting
3) Pinset
4) Jarum
5) Mikroskop cahaya
6) Kaca preparat
7) Cover glass
8) Cawa petri
b. Bahan :
1) Cacing tanah
2) Air ledeng
3) Alkohol 70 %
B. Pengamatan pada vesikula seminalis cacing tanah (Lumbricus terestris)
a) Siapkan alat dan bahan yang dibutuhkan.
b) Bersihkan cacing tanah dengan air.
c) Letakkan cacing tanah yang telah dibersihkan pada cawan petri.
d) Siapkan alkohol 70% dan masukkan pada gelas piala 150 ml.
 e) Jepit cacing tanah dengan pinset dan masukkan ke dalam gelas piala yang telah diisi
etanol 70%.
f) Biarkan sampai cacing tanah tidak bergerak lagi.
g) Ambil kembali cacing yang telah dibius tadi.
h) Lakukan pembedahan secara membujur mulai ujung anterior hingga batas akhir
clitellum (penebalan).
i) Ambillah vesikula seminalis nya yang berupa dua pasang gumpalan/bulatan warna
putih susu, ambil salah satu, tempatkan pada kaca preparat.
j) Teteskan air ledeng pada kaca preparat tadi.
k) Tutuplah kaca preparat dengan cover glass dan tekan-tekan lah secara perlahan.
l) Lakukan pengamanatan dengan mikroskop.
m) Identifikasi yang terlihat di mikroskop dengan gambar.
C. Hasi pengamatan
3. Isolasi dan pengamatan morfologi koloni bakteri kitinolitik
A. Alat dan bahan
Peralatan yang dipakai dalam penelitian ini adalah botol sampel, cawan petri, gelas
ukur, erlenmeyer, autoclave, magnetic stirer, inkubator, oven, penggaris, mikroskop,
kaca benda dan kaca penutup, timbangan digital, tabung reaksi dan rak tabung, pipet
tetes, batang pengaduk, alumunium foil, Laminar Air Flow (LAF), lemari pendingin,
bunsen, ose, alat tulis dan kamera digital. Bahan yang dipakai adalah sampel air (air
laut, air tambak, dan air sungai), akuades, media agar kitin, alkohol 96%, lugol,
safranin, kristal violet, minyak emersi, spiritus, dan tissue.
B. Prosedur penelitian
 Tahap pembuatan kitin
Sampel yang digunakan untuk pembuatan kitin adalah limbah cangkang udang.
Cangkang udang yang diperoleh dicuci hingga bersih dan dikeringkan di bawah sinar
matahari selama satu hari. Cangkang kering kemudian digiling hingga menjadi
serbuk halus. Proses pembuatan kitin selanjutnya meliputi tahap deproteinase dan
tahap demineralisasi.
1. Tahap deproteinasi
Sebanyak 100 gr serbuk kulit udang dimasukkan ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan
NaOH sebanyak 500 ml. Campuran kemudian diaduk di atas magnetic stirer selama 2
jam pada suhu 60ºC. Endapan yang terbentuk dipisahkan dari filtrat. Endapan dicuci
dengan akuades hingga pH netral dan selanjutnya dikeringkan dalam oven selama 4 jam
pada suhu 60ºC (Ramadhan et al., 2010).
2. Tahap demineralisasi
Sebanyak 64 gr kulit udang kering hasil deproteinasi dilarutkan dalam HCl pekat
sebanyak 640 ml. Campuran kemudian didiamkan selama dua hari pada suhu kamar.
Endapan yang diperoleh dicuci dengan akuades hingga pH netral dan dikeringkan
kembali dalam oven selama 4 jam pada suhu 60ºC, diperoleh kitin (Ramadhan et al.,
2010). 20 sampel. Sampel air laut diperoleh dari Laut Ujoeng Batee, Ulee Lheue, Syiah
Kuala dan Alue Naga. Sampel air tambak diperoleh dari tambak di daerah Baet, Tibang,
Dayah Raya dan Lam Pasee. Sampel air sungai diperoleh dari Krueng Lamnyong, Kr.
Aceh, Kr. Raba dan Kr. Daroi. Masing-masing lokasi pengambilan sampel diambil
 sampel sebanyak 5 titik. Sampel air diambil dengan menggunakan botol sampel yang
sudah disterilkan dan dibawa ke laboratorium. Sampel yang diperoleh diambil sebanyak 1
ml sampel lalu dicawankan pada media agar kitin dan diinkubasi selama 48-72 jam pada
suhu 30ºC (Pujiyanto et al., 2008). Bakteri yang tumbuh kemudian diambil dan dibiakkan
kembali pada media agar kitin hingga diperoleh biakan murni.
 Teknik pewarnaan Gram
Diambil akuades diteteskan pada kaca objek ditambahkan 1 ose biakan sampel, lalu
difiksasi di atas api. Tetesi pewarnaan kristal violet dan biarkan selama 1 menit, cuci
dengan air mengalir, kemudian tetesi lugol biarkan selama satu menit dan kembali
dicuci dengan air mengalir. Selanjutnya tetesi alkohol 96% biarkan selama 10-20
detik, cuci dengan air mengalir dan tambahkan safranin biarkan selama 20-30 detik
kemudian cuci lagi dengan air mengalir. Tahap selanjutnya keringkan dengan
menggunakan kertas serap dan tambahkan minyak emersi dan amati di bawah
mikroskop. Bila hasil pewarnaan diperoleh bakteri berwarna merah maka bakteri
tersebut adalah bakteri gram negatif, sedangkan bila diperoleh bakteri berwarna ungu
maka bakteri tersebut adalah gram positif.
C. Hasil dan pembahasan
 Isolasi Bakteri Kitinolitik
Isolasi bakteri kitinolitik yang diperoleh dari penelitian ini berasal dari sampel air
yang diambil dari air laut, air sungai dan air tambak di kawasan Banda Aceh dan
Aceh Besar. Sampel air yang diambil dari ketiga sumber air tersebut sebanyak 60
sampel yaitu 20 sampel air laut, 20 sampel air sungai dan 20 sampel air tambak.
Seluruh sampel kemudian ditumbuhkan pada media agar kitin, sehingga didapat
sebanyak 18 isolat bakteri kitinolitik yang mampu tumbuh pada media tersebut.
Menurut Dewi (2008), isolasi bakteri merupakan pengambilan atau memindahkan
mikroba dari lingkungannya di alam dan menumbuhkan nya sebagai biakan murni
dalam medium buatan. Salah satu isolat tersebut dapat dilihat pada Gambar 1 berikut
ini. Pemurnian isolat bertujuan untuk mendapatkan biakan murni, pada penelitian ini
pemurnian isolat dilakukan sebanyak dua kali sehingga diperoleh isolat yang
benarbenar murni. Lay (1994) menyatakan bahwa biakan murni merupakan biakan
 yang hanya mengandung satu jenis bakteri. Di bawah ini adalah Tabel 1 kode isolat
dan asal isolat.

4. Identifikasi Fungi Mikoriza Arbuskular Secara Mikroskopis pada Rhizosfer

Tanaman Alang-Alang (Imperata Cylindrica L.)
A. Alat dan bahan
Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah 1 set penyaring (sieve) yang berukuran
garis tengah lubang 1 mm, 500 µm, 212 µm, 106 µm, 53 µm, gelas Beaker 1000 ml,
cawan petri, pipet mikro, kaca preparat, cover glass, mikroskop stereo, mikroskop
compound, jarum oose, timbangan analitik, kamera digital, dan, kalkulator. Sedangkan
bahan yang diperlukan dalam penelitian ini adalah 100 gram sampel tanah dan akar yang
 berasal dari tanaman alang-alang (Imperata cylindrica. L) di desa Sanur Kaja, 10% KOH,
3% H2O2, 1% HCL, lactoglycerol, Trypan blue, dan air kran.
B. Metode pelaksanaan
Pengambilan sampel dilakukan di Desa Sanur Kaja, Denpasar. Pengambilan sampel tanah
dilakukan dengan cara mengambil tanah di rhizosfer tanaman alangalang sekitar 1000 gr,
tanah yang diambil berkisaran antara 0-20 cm dari permukaan tanah karena spora
mikoriza banyak ditemukan pada bagian top soil. Dan pengambilan sampel akar
dilakukan dengan cara memegang pangkal alang-alang dan mencabut sampai akar terlihat
dan mengambil akar dari tanaman alang-alang tersebut sebagai sampel secukupnya. Akar
yang digunakan adalah akar yang masih muda karna akar yang masih muda merupakan
bagian akar yang menghasilkan eksudat paling tinggi, sehingga FMA cendrung
menginfeksi akar-akar tanaman yang masih muda untuk memperoleh nutrisi dari
tanaman. Adapun isolasi dan karakteristik spora jamur FMA pada penelitian ini yaitu :
tanah yang telah diambil dari rishosfer tanaman alang-alang ditimbang dengan sebanyak
100 gr, kemudian tanah dimasukkan kedalam gelas beaker 1000 ml dan kemudian
tambahkan air sampai menjadi 1000 ml. Pecahkan agregat tanah dengan tangan supaya
spora terbebas dari tanah, setelah agregat pecah tanah tersebut diaduk selama ± 5 menit.
Diamkan selama ± 1 menit sampai partikel-partikel yang besar mengendap. Setelah itu
cairan supernata tersebut dituang ke dalam saringan bertingkat dengan ukuran saringan
lubang 1 mm, 500 µm, 212 µm, 106 µm, 53 µm (ulangi prosedur ini 3-4 kali). Setelah
cairan supernata tersebut dituang dalam saringan bertingkat, dilakukan pembilasan
dengan air kran untuk menjamin bahwa semua partikel yang kecil sudah terbawa oleh air.
Hasil saringan yang berukuran 500 µm, 212 µm, 106 µm dan 53 µm dituang kedalam
tabung reaksi dengan bantuan botol semprot dan di sentrifugasi dengan kecepatan 5000
rpm selama 5 menit. Setelah itu hasil sentrifugasi dituang kedalam cawan petri kemudian
dilakukan pengamatan spora tahap pertama dibawah mikroskop sterio. Spora yang
ditemukan dari hasil pengamatan pertama kemudian dipindahkan ke preparat datar
dengan bantuan pipet mikro. Untuk melihat ciri mikroskopis spora dilakukakan
pengamatan dibawah mikroskop compound. Pedoman yang digunakan untuk
mengkarakterisasi jenis FMA dilakukan dengan deskripsi morfologi secara manual yang
digunakan INVAM.
C. Hasil dan pembahasan
1. Hasil Identifikasi Spora FMA pada Tanaman Alang-alan
Hasil identifikasi fungi mikoriza arbuskular pada tanaman alang-alang di Desa Sanur
Kaja memiliki banyak karakterisik. Keanekaragaman spora yang diperoleh dibedakan
berdasarkan bentuk spora mulai bulat, lonjong dan tidak beraturan. Bentuk dan warna
ukuran spora menggambarkan karakteristik dari masing-masing spora. Deskripsi dari
masing-masing spesies FMA yang berhasil diisolasi sebagai berikut:
 Glomus multicaule (Gambar 1)
Spora ditemukan tunggal, berwarna kuning – coklat tua. Permukaan dinding spora
dikelilingi lemak, dinding mulus, tampak berkilau, transparan, spora berisi hifa
berwarna orange membentuk granul yang akan bertambah saat tua. Dinding terdiri
atas 1 lapisan. Terdapat lapisan pertama dinding terluar yang tipis, hialin dan
meluruh saat dewasa. Lapisan kedua berwarna kuning sampai coklat kemerahan
(Gerdemann, J. W. and B. K. Bakshi. 1976).

Lapisan ketiga tipis berupa membran berwarna kuning – coklat. Dinding

subtending hifa berlanjut dengan dinding spora subtending hifa hialin kuning
kecoklatan dan spora dalam keadaan pecah. Spora diatas menunjukkan bahwa
genus spora yang terdapat adalah spora Glomus multicaule. Spora berasal dari
rhizosfer alang-alang dari Desa Sanur Kaja, Denpasar
 Glomus ambisporum (Gambar 2)
Spora ditemukan tunggal, berbentuk bulat kuning tua – merah tua. Permukaan
dinding spora relatif halus, transparan, tampak berkilau, spora berisi hifa. Dinding
subtending hifa berlanjut dengan dinding spora subtending hifa hialin kuning
kecoklatan (Jhonson et al, 1997) . Spora berasal dari rhizosfer alang-alang dari
Desa Sanur Kaja, Denpasar.
2. Analisis Kolonisasi Mikoriza pada Akar Tanaman Alang-alang
Hasil pengamatan yang diperoleh setelah dilakukannya staining pada akar tanaman
alang-alang menunjukkan adanya struktur berbentuk bulat yang disebut vesikular,
sedangkan pada arbuskular adalah struktur hifa yang bercabang-cabang yang mirip
haustorium (membentuk pola dikotom). Struktur ini mulai terbentuk 23hari setelah
infeksi, diawali dengan penetrasi cabang hifa lateral yang dibentuk oleh hifa
ekstraseluler ke dalam dinding sel inang. Arbuskular merupakan struktur FMA
yang bersifat tidak konsisten didalam akar tanaman, sifat kelabilan tersebut sangat
tergantung pada metabolism tanaman, bahan makanan dan intensitas radiasi
matahari (Arnold, 1980; Andreas, 2002). Perkembangan kolonisasi FMA dimulai
dengan pembentukan suatu apresorium pada permukaan akar oleh hifa eksternal
yang berasal dari spora yang berkecambah. Apresorium tersebut masuk kedalam
akar melalui celah antar epidermis, kemudian membentuk hifa intraselular di
sepanjang epidermis akar. Setelah prose situ berlangsung terbentuklah arbuskular
dan vesicular (Rianto, 2004). Total kolonisasi mikoriza dalam satuan jumlah yaitu
5vesikular/3cm akar yang berarti dalam 1 cm akar terdapat 0,6 kolonisasi vesikular
pada akar tanaman alang-alang.
 DAFTAR PUSTAKA
Rochima, E. 2005. Pemurnian dan Karakterisasi Kitin Deasetilase Termostabil dari Bacillus
papandayan Asal Kawah Mojang, Jawa Barat. Makalah Seminar Nasional dan Kongres PA TPI,
Jakarta. Hal: 193- 209
Rostinawati, T. 2008. Skrining dan Identifikasi Bakteri Penghasil Enzim Kitinase Dari Air Laut
di Perairan Pantai Pondok Bali. Penelitian Mandiri. Fakultas Farmasi Universitas Padjadjaran
Jatinangor.
Suryanto, D., Munir, E. dan Yunarliza. 2005. Eksplorasi Bakteri Kitinolitik: Keragaman Gen
Penyandi Kitinse pada Berbagai Jenis Bakteri dan Pemanfaatannya. Laporan Hasil Penelitian
Hibah Bersaing Perguruan Tinggi. Universitas Sumatra Utara.
Dewi, I. M. 2008. Isolasi Bakteri dan Uji Aktifitas Kitinase Termofilik Kasar dari Sumber Air
Panas Tinggi Raja, Simalungun, Sumatera Utara. Tesis. Sekolah Pascasarjana Universitas
Sumatera Utara, Medan
Hastuti, U. S., Rahmawati, D., Sari, R. Y., Fitri, R. D. & Al-Asna, P. M. 2018. Antimicrobial
Actuvuty of Endophytic Fungi Isolated from a Medicinal Plant, Hedychium acuminatum Roscoe.
AIP Conference Proceedings.
Hsiao, Y., Cheng, M., Chang, H., Wu, M., Hsieh, S., Liu, T., Lin, C., Yuan, G., & Chen, I. 2015.
Six new metabolites produced by Colletotrichum aotearoa 09F0161, an endophytic fungus
isolated from Bredia oldhamii. Natural Product Research. 1-8.
Lakra, N.S., Koul, M., Chandra, R., Chandra, S. Histological Investigations of Healthy Tissues
of Catharanthus Roseus to Localize Fungal Endophytes. Int. J. Pharm. Sci. Rev. Res, (20) 1, 205
- 209.
Orlandeli, R. C., Alberto, R. N., Filho, C. J. R. & Pamphile, J. A. 2012. Diversity of endophytic
fungal community associated with Piper hispidum (Piper-aceae) leaves. Genetics and Molecular
Research, (11) 2, 1575- 1585.
Palem, P. P. C., Kurlakose, G. C. & Jayabaskaran, C. 2015. An Endophytic Fungus, Talaromyces
radicus, Isolated from Catharanthus roseus, Produces Vincristine and Vinblastine, Which Induce
Apoptotic Cell Death. Plos One. 1 -22.
Schulz, B., Guske, S., Dammann, U. & Boyle, C.1998. Endophytehost interac-tions II. Defining
symbiosis of the endophyte-host interaction. Symbiosis, (25) 213- 227.
Zhang, H. W., Song, Y.C., & Tan, R. X. 2006. Biology and chemistry of endophytes. Nat Prod
Rep. 23, 753-771.
Kastawi, Y. dkk. (2005). Zoologi Avertebrata. Malang : Universitas Negeri Malang.
Djuhanda, Tatang. (1980). Kehidupan dalam Setetes Air. Bandung : Institut Teknologi Bandung.

Pujiyanto. 2001. Penamfaatan Jasad Mikro, Jamur Mikoriza dan Bakteri Dalam Sistem Pertanian
Berkelanjutan Di Indonesia. Tinjauan dari perspektif falsafah sains. Makalah Falsafah sains
program pasca sarjana institute pertanian Bogor : Bogor.
Rahmawati, 2003. Isolasi dan karakteristik mikoriza vesikular-arbuskular di lahan kering masam,
Lampung Tengah. Berk. Penel. Hayati: 12 (99-106).
Sieverding, E (1991). Vesicular Arbuscular Mycorrhizal management and Tropical
Agrosystemms.(GTZ). Federal Republic of Germany.pp.371.
Sitompul, M. dan Guritno, 1995, Analisis Pertumbuhan Tanaman, Gajah Mada University Press,
Yogyakarta.
Subika, IGM. 2002. Pemanfaatan Mikoriza Untuk Penanggulangan Lahan Kritis. Institut
Pertanian Bogor: Bogor.
Santoso, D.A., 1989, Teknik dan Metode Penelitian Mikoriza Vesikular-Arbuskular,
Laboratorium Biologi Tanah, Jurusan Tanah, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor,
Bogor, 59 h