La degradación de las proteínas en las proteasomas forma los péptidos que pueden unirse a moléculas de la clase I del MHC.
Las proteosomas son grandes complejos enzimáticos multiproteínicos con actividad
proteolítica que presenta un compuesto cilíndrico con dos anillos β internos y dos anillos α externos, cada uno compuesto de 7 subunidades. Las proteínas de los anillos α externos carecen de actividad proteolítica, por otro lado, en los anillos β, 3 de sus 7 subunidades (β1, β2, β5) son lugares catalíticos que realizan la proteólisis. En la síntesis de proteínas tiende a haber error con el plegamiento de proteínas. Estos polipéptidos recién traducidos pero defectuosos y las proteínas dañadas son llevadas al proteosoma para su degradación por unión covalente del polipéptido ubicuitina. Las proteínas con cadenas con cadenas de 4 o más ubicuitinas son reconocidas por la capucha proteosómica, después son desplegadas, luego retiradas de la ubicuitina, finalmente son enhebradas a través de los proteosomas donde son degradadas en péptidos. Los proteosomas tienen especifidad al sustrato por el cual generan una variedad de péptidos mediante proteínas citosólicas. Con la citocina IFN-y (interferón gamma), existe mayor transcripción y síntesis de tres subunidades catalíticas (βli, β2i, β5i), las cuales reemplazan a las 3 subunidades del anillo β. La producción de estas subunidades da un cambio en la especificad por el sustrato del proteosoma, de modo que los péptidos producidos contendrán aminoácidos (leucina, valina, isoleucina y metionina o también la lisina o la arginina) hidrófobos en el carboxilo terminal. Estos terminales carboxílicos son típicos de los péptidos que se unen a moléculas de la clase I.