MORN Uae Os dcidos nucléicos; as proteinas e os polissacarideos:sGo os trés tipos de: polimeros naturais predominantes na. natureza. uo Nes Wo\——\\: OF s OSNH YN Saye $H:050; Pe 9 \ 4 ate. ji — Ye \ i 88; io EX heparina JOD peptide componente da teia-de a Aminodcidos Aminedcides sao, deidos carboxilicos: que tém uma fungtio amina. Uma ligagdo quimica entre a fungio ‘dcido: carboxilico. de um: aminodcido e a fungdo amina de outro é denominada ligagdo peptidica. Ligag@e peptidiea ° oO ° W ° I ‘ HNcHICO BBcHCOS si tice dock R R R p< NE; HNCH,CH;CO,7 | H.NCH;CH,CH,CO,~ C07 e « v Lip fg eaminodcido Baminodcide Kaminodcido Precursor bielégico —-Balanina, parte da | Participa da transmi: do etileno estrutura-da coenzima A: - - dos impulsos: nervoso:Aminodcidos SGo, conhecidos mais de 700 aminodcidos natunais, sendo qué um grupo de 20 sto aminodcidos padréeés e sdo utilizados na sintese protéica pelo DNA. Entre esses, aqueles produzidos pelo nosso organismo sGo'ditos ndo essenciais, enquanto os essenciais devem ser obtidos a partir da alimentacéo. Aminodcides com cadeia alifatica: 9 9 woot ae ohin = au soon et HIN-CHC-O"- H3N-CHG=O" H3N-GHC-O= = HN-GHC-O" -H3N-GHC-OF H CH; CHCH, CHCH, CH; CHs ici ni glicina alanina CH; valina leucina minodcidos Aminodcidos com a fungio ‘dlcooi e.enxofre: - fei oe x om HAN-GHC-O7.. HNTGHC-O7. ! HaN=GHC-O.g. HaN-GHC-O: GH2 HOH CHg GH OH CH; SH GHe § CHy metionia serina treonina cisteina, Aminodcidos dcidos € amidas de aminodcidos: 29 ae Q HaN=GHC-O- HN -CHC-O- Hali-CHC =0- chs CH CHz ¢=0 CHa NH G0 NH> glutamina glutanato ereAminodcidos Dois. novos. aminodcides codificados pelo. DNA . foram. relatados, a selenocisteifa e a pirrolising, A sua codificagtio ecorre com o cédon de parada UAG. O mRNA contendo o cédon de parada para esses aminodcidos tém uma sequéncia marcadora que sinalizactio a continuidade do processo de traducdo. o H3N7CHC-O" H3N-CHC-O" ie Gite SeH GH2 4 rrolisina selenocisteina one configuracées Aglicinaé 0 Gnico-aminodcido-aquiral apresentedo,. Entre osquirais, todos téma configuracao Z. CO, H AH, E=CO, R Determine a configuragdo dos aminodcidos abaixo: Cox < CHSH Hf oN HgN—[-H CH,OH coyPropriedades dos Aminodcidos Devido & presenca de grupos amino e dcido: na estrutura, os aminiodcides exibem propriedades ‘dcido-base dependentes do pH do meio. A forma dipolar do aminodcido é chamada de zwitterion. oO o forma +O see + 7: oe / “ez. - HiNCH3C, == HNCH.C, ; == FGNCH.C. forma catiénica \o a Naa \ aniénica OH zwitterior? HNCH,COjH + “HCHO; > HNCH,COS equivaléntes de OH" chico (CHchico CH,CHCO IN. NH since HN, NH Boil Ng_NH = NONn Nils p= pHs pH=8 pHa? pka (-COzH) = 1,82 pKa (-NHs") = 9,17 pKa (R) = 6,04 Aqui, chama-se atengdo para o ponto isoelétrico (PI) de um aminodcido é:o valor de pH em que ele no tem cargas liquidas, 9 pka=234 Pea) CH,CHCOH HSCH.CHLCHLCHCHCO “Ni aR Nh Sa 4-895 pKa = 9.69 yine NS SOF} 244 069 | i0 6 See =P 9s) pt = 2+ 969 1208 Sy 0 AeK=2i9 2 2 noccn.cu.cueor pK, 4257 *NH; ic acid PKO= 987 < 219+ 425 _ 6a =Propriedades dos Aminodcidos aed | pk pk, ph Ainino acid @-COOH e@Niis* sid chain 509 v.08 Asparagine 202 a4 Aspartic acid 2 982 ] ‘Cyrsicine 92 thae 513 a0 895 Methionine 22 921 Phenyialanine a6 ais Proline 9 10.60 9S Os principais métodos de andlise sto a cromatografia por trocaiénica, a cromatcgrafia de papel e a eletroforese. a) Cromatografia de papel E um processo fisico-quimico de separagdo que consiste na particdo liquido-liquido. Nesse processo, o: papel, constituido de celulose,.é 0 suporte para a fase estaciondria, a dgua . Em geral, se emprega o papel Whatman: n°1 e para garantir um processo: mais eficiente, em geral, se utiliza HO como um dos componentes da fase mével. gi pn jot Hyl-gc-o a) HA-GHC-0 s Hyi-cHC-o- CHCH. Hs alanina: NHz hs glutaminaSeparacdo dos Aminodcidos Os principais métodos de andlise stio a cromatografia por troca iénica, a cromategrafia de papel e a eletroforese. b) Eletroforese E um método de separagio e purificagdio que depende do movimento de particulas carregadas em um campo elétrico. A mistura € aplicada.em.um.superficie contendo gel de poliacrilamida ou agarose ese emprega uma solugéo tampéo como eluente. I FJ eee NH cHycHcoy Oo vm Oxcri.cned, Separacdo dos Aminodcidos Em gera!, a revelacdio das-placas cromatograficas:e dos géis ocorre com ninidrina, um método destrutivo. r « co ; ° A Koi LAY a it 0. +. HO. 0. e N=CHR « + HO: 0 + H,0Separacdo dos Aminodcidos Os principais :métodos de ardlise sto a cromatografia por trocai6nica, a cromatografia de papel e a eletroforese. ¢) Cromatografiade troca iénica Nessa técnica, emprega-se uma resina que é: carregada positivamente ou negativamente como ‘recheio de’ uma colund e a separacdo. também .vai. depender do PI .do aminodcide e do pH.da solugdo-tampao empregada. SO;Na*: SOsNat So, Na* NON an y S ‘om! Y Y O QO =CHy- CH=CH, -CH=CH=CH=CH~CH, =CH~CH,“CH~CH,CH= Resina DOWEX com grupo R= -CHAN(CH,)stct O:0 SO,Na* Separacdo dos Aminodcidos Em uma solucdio-tampéo pH 4,0, em que ordeim os.aminodcides abaixo seriam eluidos em uma coluna que contém uma resina de troca idnica aniénica? + 9 + HN-GHC-O"> Hy-CHE-OF HN“ GHG=O; GHCH3 CH ce CHy OH om NH OH : valiina serina aspartate Corrs pka= 9,62 2,32 pka=915e2,21 pkg: 9,82: 3,86 e182 € 2,09Hwebiolian . Vole * + Swume » Ave poured PI= 461 5a? 5,68 is eed 198 ple Xo + Wn Vel bn lop Yretane wutdwitea O- a Undo Jo aduintie 2 qyuol seni primerue v nme. Unloxapoe 4) Use , 2) Vek, 3) Lon, 4) Rep Resolucdo de Aminodcidos Qs aminodcidos podem ser sintetizados por varios rotas.e uma das mais comung e baratas os fornece na forma de mistura racémica. As resolugées podem levar a obteng&o dos aminodcidos em melhores rendimentos, > fe) ° ° RCH,COH a ‘- OH. ita bo. Rnb acide carboxilico aminoacido Resolugdo p—fis p Res =estereoisdmeros dos substratos kg'@ ks = constantes de velocidade individuals. K | Krac! Kg 4 = SiS Oo Kae Kage! = constantés de racemizacao P eQ = esterecisémeros dos produtosResolucdo de Aminodcidos oi Ke p.. .ReS=estereoisémeros dos substrates kg-e kg = constantes de velocidade indi viduais Kpacl| Krac’ ac|| Krac 3 Pe Q= estereoisémeros d08 produtos. S'S Q Kgge € Kya’ = constantes de racemizagao Métodos enzimaticos, em-geral; sdo cinéticos, Ex.: A enzima aminoacilase catalisa a hidrélise de N-acetil-L-aminodcidos, que podem. ser -separados posteriormente, oO 2 9. ? ©. . . amingacilase do I sCOCCH, ! J rim do poteo ” 20 ® R mistura D+ 2 mistura D+ 2 ° 1. Co ¢ HN | Ho + CHyCo R © aminodcido L Bele loko am eae) As ligagées peptidicas unem fragmentos de aminodcidos: levando a formaciio. de peptideos. Por convenctio, peptideos e proteinas: sto escritos como grupo amino: livre (aminodcido A- terminal): a esquerda e o: grupo carboxilato livre (aminodcido terminal) a direita, . C HsNCHC—NHCH;CO,* CH, Alanilglicine (Ala-GlyouAG) Glu, Cys, His, Val, Ala Val-Cys-Ala-Glu-His sequancia desconhecida sequéncia conheLigacées Peptidicas Nos peptideos, a ligagdo peptidica apresenta em torno de 40% de cardter-de ligagdo dupla e com os-carbonos aem diregées opostas, oO R Cys igacdes Dissulfeto ‘As ligagdes dissulfeto sdo realizadds entre os: dtomos de enxofre des aminedcidos.. Via quimica, ocorrem utilizando Br, ouT, em solugdo bdsica, 2R—SH — RS—SR eridacie redgaoLigacdes Dissulfeto As~ ligagées . dissulfete _ podem. acontecer. intercadeia . e intracadeia como:na insulina. Wai Gi Gir > og Sow TE Gin g Ow i Vat sc: Ansa Dy Gy) lie el jay Hin Lew” 8 s cvafasn Gin H Pre ys Gy’ Ser) Hig) Lew Val2Gta) Ala) Lew TT Lea yy on Gy Gw Ag Controle da glicemia. A Py! PotieDe ‘na hye Gys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gy NH ¢ s s 49 S—+—__$ oO oie ru e VAs aa, Controlaa pressdio sanguinea, 3 of NL oon oe nif eh s——___5 induz as dores do parto e estimula a:producao de Sintese de Peptideos A sintesé de peptideos a partir da Gly e da ‘Ala pode resultar em 4 peptideos: > HaN-CHE-O~ © -HzN-CHC-O> H CH3 glicina alanina Rel, i oo) mi HNCHSC-—NHCHCO: . | HsNCHC—NHCHCO: . | .HyNCH,C—NHCH,CO: HANGHE =NHCH:CO’ CH, Sly.Ala ‘Ala-Ala Gy-6ly ‘AleGly Para direcionar a sintese do produto desejado, deve-se fazer uso de estratégias de sintese como:a aplicacéio de grupos de protectio.Sintese de Peptideos *Adigdo de um aminodcido: CH; O i CHC OCNHCHIC-0-°¢ >. CHC OCNHCH ? CH; HB ‘CH;CH chy 6 ° 6 Ni CH,C—OCNHCH,C—NHCHCO™ + 0=C CH; cry NHEstrutura das Proteinas As: protefnas podem apresentar 4 ‘niveis de ‘organizacéo estritural. . Até: .o. momento, . estudamoes . as... conexdes . entre. os: aminodcidos por meio das ligacdes peptidicas e das ligagdes dissulfeto. Esse é consideradasuaestrutura primdria. a) primdria: sequéncia de aminodcidos ¢ ligacées dissulfeto. b) secunddria: conformagdo assumida pelo segmentoprotéico, ) tercidria: descreve a estrutura tridimensional do peptideo ou da protefna, d) quaterndria: forma como as cadeias individuais estéo arranjadas umas em relagdo as outras. Estrutura Primaria de Proteinas A primeira etapa na determinagdo da estrutura primdria das proteinas consiste na quebra das ligagdes dissulfeto para que os aminodcides fiquem. conectados. apenes por ligacdes. peptidices. Nesse processo, se emprega 2-mercaptanol, o agerw redutor mais.comum. I —NHCH—C-— Cs bu SH +. 2)HSCH,CH,OH. —> t, 2-mercaptoetairol CH, O — nada * ee CH,CH,OHEstrutura Primaria de Proteinas Para a segunda etapa, ‘uma possibilidade consiste na hidrélise da cadeia da: proteina com posterior quantificagéo dos aminodcidos presentes: roteina—- NHS, aminoacidos B 100 °c 24h Problemas: a) . Quantificagée equivocadade aspartato e glutamato; 9° ah H3N-CHCZO™ oe G=0 NHZ aspartate asparagina glutamate b) Degradagio de triptofand em meio fortemente dcido. Cia lace ati De forma eficiente, reagées catalisadas por enzimas podem remover os aminodcides terminal ou promover a hidrdlise ‘de ligagées peptidicas especificas. Jé o residuo-A-terminal pode ser identificado via quimica. 1) Tdentificagdo:do residuo \-terminal como Reagente de Edman: Forma um. derivado. contendo ©: grupo R caracteristico do aminodcido hidrolisado. mo HO—¢ HN. NWA SS AEstrutura Primaria de Proteinas 1) Identificagde do residue N-terminal como Reagente de Edmer: | ae a Gi pise 7 cae Reagents de Edm ant r « = $0.) 9S, = Peak: etic tog nani Sy chy go BA , ; LST par Nas bf § 6! siendnucne “| Coe Rr Estrutura Primdria de Proteinas 2) . Uso.de exopeptidases: Carboxipeptidase A: ndo hidrolisa arginina ou lisina; Carboxipeptidase B: hidrolisa somente arginina ou lisina. 3) Hidrélise parcial. com deido, -dilufdo. fornece. es residuos. de aminodcidos do peptideo. Exereicio: Um decapeptideo-sofre hidrélise parcial; que ‘resulta em peptideos cujas composigées de aminodcidos sae apresentadas a seguir. A reagiio do decapeptideo intacto com o reagente de Edman libera PTH-Gly. Qual é a sequéncia do decapeptideo? a) Ala, Trp |b) Val, Pro, Asp ¢)Pro,Val d) Ala,Glu e) Trp, Ala, £) Arg, Gly 9) Glu, Ala,Leu h) Met, Pro, Leu, Glu ’29) Qucapaptiche Surgertti ode Edman: PTH- Gy Widetlins ponciall: A) Alec *toep ORV Tp AMA, Ang C) Gli Ala, Let Dred BE Ane dM Ff) Ang Gly W) Me€ Rie, ee, GG Gy ap. Te Ma la, Ltn Net Bowe Yo Ao Vv V an Nat Pre SSH aed otal Smee Age) 4) . Identificagéo do residuo. terminal. com-endopeptidases: Tripsina: hidrolisa arginina ou lisina (Arg-e Lys) no lado do C; Ala-Lys}Phe-Gly-Asp-Trp-Ser-Are}Met-Val-AtelTyr-Leu-His Quimiotripsina: hidrolisa residues com anéis arométicos (Phe, Tyre Trp) no lade do C. ‘ Ala-Lys-Phe}Gly-Asp-Trp|Ser-Arg-Met-Val-Arg‘Tyr|Leu-His Elastase: hidrolisa glicinae alanina (Gly e Ala) no lade do C. AlafLys-Phe-GlyAsp-Trp-Ser-Arg-Met-Val-Arg-Tyr-Leu-His . Obs. Nenhuma’ das enzimas :catalisa as reagées se a prolina for 0 residuo que: participe da ligagde peptidica. 5) Identificagdo de metionina com BrC=N: Hidrolisae metiorina do lade de carbone.Estrutura Primdria de Proteinas 5) Identificagiode metionina com BrC=N: 4 EN oe a s: é 1 tty ca 9 CHO 9 ° i 9 ° I Wr SNHGHENTCH—E—NHEHES SNC HENHEHE Nee R ® R R 1 CHSC=N cH oN 0 ‘cio ° NHCHCNHCH~C-=NHCHC — R Rr oH H41 | 0 chy Cth 0 “CH: oO ° cho 9 4 | I SNACHCNHCH—COH fC —NHCHENHCH—C=0' + HNCHC R R x strutura Primdria de Proteinas Por que o brometo de cianogénio ndic reage com residues de cisteina? ok 5 4 HaI-GHC-0" © Hail-cHC-oF Gh 5H metionina cisteina CHs Determine a estrutura primaria de um octapeptideo a partir dos seguintes dados: +A hidrélise dcida fornece os residuos: 2 Arg, Leu, Lys, Met, Phe, Ser, Tyr. +O reagenté de Edman libera Leu +O brometo de cidnogénio forma dois peptideos: 0) Arg; Phe, Ser b) Arg, Leu; Lys; Met, Tyr +A tripsina fornece os seguintes aminodcidos e peptideos:BDWar dine ded: 2 Ang, LEC, Leh, MCE Phe hyd +Conberipaptions A; don : Edman: PTH Low sBacu: A) Ang , Phu, Stn B) Ang Late bys, Met, Ty + Tai patna Cing a’ly) BD Roly) Rory Ct Poh BS& ©) Like sbi, Tyo Wa Estrutura Secunddria de Proteinas - A estrutura secunddria das proteinas descreve a conformagdo da cadeia peptidica e trés fatores sto responsdveis pela energia do sistema: a) Aplanaridadeao redor da ligagdo peptidica. b) A maximizagiio do’ ndimero de grupos peptidicos que participam de ligagées de hidrogénio: i ¢) A separagio dos grupos R para evitar impedimento -estérico e aumento do momento -de dipelo:strutura Secunddria de Proteinas Na hélice @, 0 -polipeptideo se enrola:em torno de um: eixo longitudinal, Cada hidrogénio ligado-a um nitrogénio faz uma ligacgto de hidrogénio com 0 oxigénio carbonilico de urn aminodcide quatro ligagées depois. » | strutura Secunddria de Proteinas Na -folha:f pregueada, o polipeptideo é estendido em: uma estrutura em ziguezague e essa estrutura é praticamente estendida. As ligagdes de hidrogénio dessa conformagdo podem estar na mesma directo ou diregées opostas. Niefmirial, ” N-térinvnal titerminal’ 4 S R-CH Hic-R 56=0°-H-N / \ HON ‘c=0 He=R. R-CH o < o=¢ NH N-H--O=c7 Ss R-CH CH—R C=0--H-N_ 4 Se C=0 R R—CH sEstrutura Secunddria de Proteinas Na folha B pregueada, o polipeptideo é estendido em: uma estrutura em ziguezague e essa estrutura é praticamente: estendida. As ligagées de hidrogénio dessa conformacio podem estar na mesma directo ou direcdes opostas. aig hi get keel tales meh tale) A estrutura tercidria se refere ao arranjo tridimensional de todos os dtomos dessa :cadeia, Quanto mais estdvel for esse sistema, menor serd a sua energia livre. As interagdes intermoleculares questrutura Quaterndria de Proteinas A estrutura quaterndria é observada quando mais de uma cadeia peptidica se retine para formar um oligémero. Esse oligémero pode se organizar em diferentes arranjos espaciais como o hexdmero'a 883 8 eB seguir: Simuilagio | computacional para a hemoglobina: ‘subunidades laranjas'e rasas siio idénticas; subunidades azuis e verdes sido idénticas. Os cilindros representan ‘as ‘cadeids péptidicas ‘e os grdios ‘os dnéis’ porfirinices contendo ferro, OC aral ners (Maen alee OQ processo de destruigéo de uma cadeia peptidica é denominado desnaturagdo e pode ocorrer devido aos seguintes fatores: @) ‘Mudangade pH do meio: b) Reagées com uréia € cloreto de guanidina: ¢) Contate com detergentes contendo dodecilssulfato de sédio: d) . Solventes organicos: e) Altatemperatura: f) Agitacdo. Quando um peptideo ou uma proteina esttio desnaturados, diz- se que a cadeia esté em'uma conformacio espiral randémica. fu